Changeset 4299


Ignore:
Timestamp:
08/07/08 15:17:18 (12 years ago)
Author:
curtis
Message:

Better support for mixed Java versions; more OMEROWriter cleanup.

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/build.properties

    r4289 r4299  
    4040# files requiring Java 1.5 (rather than Java 1.4) 
    4141java15.dirs = loci/apps/flow/** \ 
    42               loci/formats/auto/** 
     42              loci/formats/auto/** \ 
     43              loci/ome/io/** 
    4344 
    4445# files to avoid copying into the build source tree 
     
    110111formats.resources      = loci/formats/*.txt \ 
    111112                         loci/formats/bio-formats-logo.png 
     113formats.java-version   = 1.4 
    112114 
    113115### LOCI Plugins for ImageJ ### 
    114116 
    115 loci-plugins.jar         = loci_plugins.jar 
    116 loci-plugins.main        = loci.plugins.About 
    117 loci-plugins.source      = loci/plugins/*.java \ 
    118                            loci/plugins/config/*.java 
    119 loci-plugins.classpath   = bio-formats.jar 
    120 loci-plugins.files       = loci/plugins/* \ 
    121                            loci/plugins/config/* 
    122 loci-plugins.extra-root  = loci/plugins 
    123 loci-plugins.extra-files = plugins.config 
    124 loci-plugins.resources   = loci/plugins/config/*.txt 
     117loci-plugins.jar          = loci_plugins.jar 
     118loci-plugins.main         = loci.plugins.About 
     119loci-plugins.source       = loci/plugins/*.java \ 
     120                            loci/plugins/config/*.java 
     121loci-plugins.classpath    = bio-formats.jar 
     122loci-plugins.files        = loci/plugins/* \ 
     123                            loci/plugins/config/* 
     124loci-plugins.extra-root   = loci/plugins 
     125loci-plugins.extra-files  = plugins.config 
     126loci-plugins.resources    = loci/plugins/config/*.txt 
     127loci-plugins.java-version = 1.4 
    125128 
    126129### OME I/O ### 
    127130 
    128 ome-io.jar       = ome-io.jar 
    129 ome-io.main      = loci.ome.io.OMEWriter 
    130 ome-io.source    = loci/ome/io/**/*.java 
    131 ome-io.classpath = bio-formats.jar 
    132 ome-io.files     = loci/ome/io/** 
    133 ome-io.resources = loci/ome/io/ome-logo.png 
     131ome-io.jar          = ome-io.jar 
     132ome-io.main         = loci.ome.io.OMEWriter 
     133ome-io.source       = loci/ome/io/**/*.java 
     134ome-io.classpath    = bio-formats.jar 
     135ome-io.files        = loci/ome/io/** 
     136ome-io.resources    = loci/ome/io/ome-logo.png 
     137ome-io.java-version = 1.4 
    134138 
    135139### OME Plugins for ImageJ ### 
    136140 
    137 ome-plugins.jar         = ome_plugins.jar 
    138 ome-plugins.main        = loci.plugins.ome.About 
    139 ome-plugins.source      = loci/plugins/ome/*.java 
    140 ome-plugins.classpath   = loci_plugins.jar \ 
    141                           ome-io.jar 
    142 ome-plugins.files       = loci/plugins/ome/* 
    143 ome-plugins.extra-root  = loci/plugins/ome 
    144 ome-plugins.extra-files = plugins.config 
     141ome-plugins.jar          = ome_plugins.jar 
     142ome-plugins.main         = loci.plugins.ome.About 
     143ome-plugins.source       = loci/plugins/ome/*.java 
     144ome-plugins.classpath    = loci_plugins.jar \ 
     145                           ome-io.jar 
     146ome-plugins.files        = loci/plugins/ome/* 
     147ome-plugins.extra-root   = loci/plugins/ome 
     148ome-plugins.extra-files  = plugins.config 
     149ome-plugins.java-version = 1.5 
    145150 
    146151### VisBio ### 
    147152 
    148 visbio.jar       = visbio.jar 
    149 visbio.main      = loci.visbio.VisBio 
    150 visbio.source    = loci/visbio/**/*.java 
    151 visbio.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    152                    ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    153                    ${libs.omero} \ 
    154                    forms-1.0.4.jar \ 
    155                    ij.jar \ 
    156                    looks-1.2.2.jar \ 
    157                    visad-lite.jar 
    158 visbio.files     = loci/visbio/** 
    159 visbio.resources = loci/visbio/classes.txt \ 
    160                    loci/visbio/*.png \ 
    161                    loci/visbio/*.gif \ 
    162                    loci/visbio/help/*.html \ 
    163                    loci/visbio/help/**/*.png \ 
    164                    loci/visbio/overlays/*.png \ 
    165                    loci/visbio/view/*.png 
     153visbio.jar          = visbio.jar 
     154visbio.main         = loci.visbio.VisBio 
     155visbio.source       = loci/visbio/**/*.java 
     156visbio.classpath    = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     157                      ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
     158                      ${libs.omero} \ 
     159                      forms-1.0.4.jar \ 
     160                      ij.jar \ 
     161                      looks-1.2.2.jar \ 
     162                      visad-lite.jar 
     163visbio.files        = loci/visbio/** 
     164visbio.resources    = loci/visbio/classes.txt \ 
     165                      loci/visbio/*.png \ 
     166                      loci/visbio/*.gif \ 
     167                      loci/visbio/help/*.html \ 
     168                      loci/visbio/help/**/*.png \ 
     169                      loci/visbio/overlays/*.png \ 
     170                      loci/visbio/view/*.png 
     171visbio.java-version = 1.4 
    166172 
    167173visbio.dist-files  = bsd-forms.txt \ 
     
    190196### Slim Plotter ### 
    191197 
    192 slim.jar       = SlimPlotter.jar 
    193 slim.main      = loci.slim.SlimPlotter 
    194 slim.source    = loci/slim/**/*.java \ 
    195                  loci/visbio/util/**/*.java 
    196 slim.classpath = bio-formats.jar \ 
    197                  lma.jar \ 
    198                  visad-lite.jar 
    199 slim.files     = loci/slim/* \ 
    200                  loci/visbio/util/* 
     198slim.jar          = SlimPlotter.jar 
     199slim.main         = loci.slim.SlimPlotter 
     200slim.source       = loci/slim/**/*.java \ 
     201                    loci/visbio/util/**/*.java 
     202slim.classpath    = bio-formats.jar \ 
     203                    lma.jar \ 
     204                    visad-lite.jar 
     205slim.files        = loci/slim/* \ 
     206                    loci/visbio/util/* 
     207slim.java-version = 1.4 
    201208 
    202209slim.dist-dir = ${dist.dir}/slim/SlimPlotter 
     
    207214### LOCI Checkstyle checks ### 
    208215 
    209 checks.jar       = loci-checks.jar 
    210 checks.main      = loci.checks.About 
    211 checks.source    = loci/checks/**/*.java 
    212 checks.classpath = checkstyle-all-4.2.jar 
    213 checks.files     = loci/checks/** 
    214 checks.resources = loci/checks/*.properties 
     216checks.jar          = loci-checks.jar 
     217checks.main         = loci.checks.About 
     218checks.source       = loci/checks/**/*.java 
     219checks.classpath    = checkstyle-all-4.2.jar 
     220checks.files        = loci/checks/** 
     221checks.resources    = loci/checks/*.properties 
     222checks.java-version = 1.4 
    215223 
    216224### Testing framework ### 
    217225 
    218 tests.source   = loci/tests/**/*.java 
    219 testng.classes = loci/tests/testng/FormatReaderTestFactory.class 
    220 testng.memory  = 1024m 
     226tests.source       = loci/tests/**/*.java 
     227tests.java-version = 1.4 
     228testng.classes     = loci/tests/testng/FormatReaderTestFactory.class 
     229testng.memory      = 1024m 
    221230 
    222231### JVMLink ### 
    223232 
    224 jvmlink.jar    = jvmlink.jar 
    225 jvmlink.main   = loci.jvmlink.JVMLinkServer 
    226 jvmlink.source = loci/jvmlink/**/*.java 
    227 jvmlink.files  = loci/formats/DataTools*.class \ 
    228                  loci/formats/ReflectException*.class \ 
    229                  loci/formats/ReflectedUniverse*.class \ 
    230                  loci/jvmlink/*.class 
     233jvmlink.jar          = jvmlink.jar 
     234jvmlink.main         = loci.jvmlink.JVMLinkServer 
     235jvmlink.source       = loci/jvmlink/**/*.java 
     236jvmlink.files        = loci/formats/DataTools*.class \ 
     237                       loci/formats/ReflectException*.class \ 
     238                       loci/formats/ReflectedUniverse*.class \ 
     239                       loci/jvmlink/*.class 
     240jvmlink.java-version = 1.4 
    231241 
    232242### OME Notes ### 
    233243 
    234 ome-notes.jar       = ome-notes.jar 
    235 ome-notes.main      = loci.ome.notes.Notes 
    236 ome-notes.source    = loci/ome/notes/**/*.java 
    237 ome-notes.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    238                       ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    239                       ${libs.omero} \ 
    240                       forms-1.0.4.jar \ 
    241                       ij.jar 
    242 ome-notes.files     = loci/ome/notes/** 
    243 ome-notes.resources = loci/ome/notes/templates/* \ 
    244                       loci/ome/notes/editor/* 
     244ome-notes.jar          = ome-notes.jar 
     245ome-notes.main         = loci.ome.notes.Notes 
     246ome-notes.source       = loci/ome/notes/**/*.java 
     247ome-notes.classpath    = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     248                         ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
     249                         ${libs.omero} \ 
     250                         forms-1.0.4.jar \ 
     251                         ij.jar 
     252ome-notes.files        = loci/ome/notes/** 
     253ome-notes.resources    = loci/ome/notes/templates/* \ 
     254                         loci/ome/notes/editor/* 
     255ome-notes.java-version = 1.4 
    245256 
    246257### OME Metadata Editor ### 
    247258 
    248 ome-editor.jar       = ome-editor.jar 
    249 ome-editor.main      = loci.ome.editor.MetadataEditor 
    250 ome-editor.source    = loci/ome/editor/**/*.java \ 
    251                        loci/ome/viewer/**/*.java 
    252 ome-editor.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    253                        ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    254                        forms-1.0.4.jar \ 
    255                        ij.jar 
    256 ome-editor.files     = loci/ome/editor/** \ 
    257                        loci/ome/viewer/** 
    258 ome-editor.resources = loci/ome/editor/Template.xml \ 
    259                        loci/ome/editor/Icons/* \ 
    260                        loci/ome/editor/TypeDefs/** 
     259ome-editor.jar          = ome-editor.jar 
     260ome-editor.main         = loci.ome.editor.MetadataEditor 
     261ome-editor.source       = loci/ome/editor/**/*.java \ 
     262                          loci/ome/viewer/**/*.java 
     263ome-editor.classpath    = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     264                          ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
     265                          forms-1.0.4.jar \ 
     266                          ij.jar 
     267ome-editor.files        = loci/ome/editor/** \ 
     268                          loci/ome/viewer/** 
     269ome-editor.resources    = loci/ome/editor/Template.xml \ 
     270                          loci/ome/editor/Icons/* \ 
     271                          loci/ome/editor/TypeDefs/** 
     272ome-editor.java-version = 1.4 
  • trunk/build.xml

    r4289 r4299  
    471471      <doctitle><![CDATA[<h1>LOCI Software</h1>]]></doctitle> 
    472472      <bottom><![CDATA[${copyright.begin} ${YEAR} ${copyright.end}]]></bottom> 
    473       <link href="http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/"/> 
     473      <link href="http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/api/"/> 
    474474      <link href="http://hudson.openmicroscopy.org.uk/job/OMEJAVA/javadoc/"/> 
    475475      <link href="http://rsbweb.nih.gov/ij/developer/api/"/> 
     
    641641    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    642642      includes="${formats.source}" excludes="${formats.source-exclude}" 
    643       classpath="${ext.jars}" 
    644       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     643      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     644      source="${formats.java-version}" 
     645      target="${formats.java-version}"/> 
    645646  </target> 
    646647 
     
    676677    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    677678    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    678       includes="${loci-plugins.source}" classpath="${ext.jars}" 
    679       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     679      includes="${loci-plugins.source}" 
     680      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     681      source="${loci-plugins.java-version}" 
     682      target="${loci-plugins.java-version}"/> 
    680683  </target> 
    681684 
     
    715718    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    716719    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    717       includes="${ome-io.source}" classpath="${ext.jars}" 
    718       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     720      includes="${ome-io.source}" 
     721      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     722      source="${ome-io.java-version}" 
     723      target="${ome-io.java-version}"/> 
    719724  </target> 
    720725 
     
    750755    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    751756    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    752       includes="${ome-plugins.source}" classpath="${ext.jars}" 
    753       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     757      includes="${ome-plugins.source}" 
     758      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     759      source="${ome-plugins.java-version}" 
     760      target="${ome-plugins.java-version}"/> 
    754761  </target> 
    755762 
     
    790797    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    791798    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    792       includes="${visbio.source}" classpath="${ext.jars}" 
    793       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     799      includes="${visbio.source}" 
     800      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     801      source="${visbio.java-version}" 
     802      target="${visbio.java-version}"/> 
    794803  </target> 
    795804 
     
    981990    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    982991    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    983       includes="${slim.source}" classpath="${ext.jars}" 
    984       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     992      includes="${slim.source}" 
     993      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     994      source="${slim.java-version}" 
     995      target="${slim.java-version}"/> 
    985996  </target> 
    986997 
     
    10351046    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    10361047    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    1037       includes="${checks.source}" classpath="${ext.jars}" 
    1038       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     1048      includes="${checks.source}" 
     1049      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     1050      source="${checks.java-version}" 
     1051      target="${checks.java-version}"/> 
    10391052  </target> 
    10401053 
     
    10631076    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    10641077    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    1065       includes="${tests.source}" classpath="${ext.jars}" 
    1066       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     1078      includes="${tests.source}" 
     1079      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     1080      source="${tests.java-version}" 
     1081      target="${tests.java-version}"/> 
    10671082  </target> 
    10681083 
     
    10801095    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    10811096    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    1082       includes="${jvmlink.source}" classpath="${ext.jars}" 
    1083       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     1097      includes="${jvmlink.source}" 
     1098      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     1099      source="${jvmlink.java-version}" 
     1100      target="${jvmlink.java-version}"/> 
    10841101  </target> 
    10851102 
     
    11151132    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    11161133    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    1117       includes="${ome-notes.source}" classpath="${ext.jars}" 
    1118       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     1134      includes="${ome-notes.source}" 
     1135      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     1136      source="${ome-notes.java-version}" 
     1137      target="${ome-notes.java-version}"/> 
    11191138  </target> 
    11201139 
     
    11501169    <mkdir dir="${classes.dir}"/> 
    11511170    <javac srcdir="${dest.dir}" destdir="${classes.dir}" 
    1152       includes="${ome-editor.source}" classpath="${ext.jars}" 
    1153       debug="true" deprecation="true" source="1.4" target="1.4"/> 
     1171      includes="${ome-editor.source}" 
     1172      classpath="${ext.jars}" debug="true" deprecation="true" 
     1173      source="${ome-editor.java-version}" 
     1174      target="${ome-editor.java-version}"/> 
    11541175  </target> 
    11551176 
  • trunk/loci/ome/io/OMEROWriter.java

    r4298 r4299  
    282282  public boolean canDoStacks() { return true; } 
    283283 
    284   // -- StatusReporter API methods -- 
    285  
    286   /* @see loci.formats.StatusReporter#addStatusListener(StatusListener) */ 
    287   public void addStatusListener(StatusListener l) { 
    288     synchronized (statusListeners) { 
    289       if (!statusListeners.contains(l)) statusListeners.add(l); 
    290     } 
    291   } 
    292  
    293   /* @see loci.formats.StatusReporter#removeStatusListener(StatusListener) */ 
    294   public void removeStatusListener(StatusListener l) { 
    295     synchronized (statusListeners) { 
    296       statusListeners.remove(l); 
    297     } 
    298   } 
    299  
    300   /* @see loci.formats.StatusReporter#getStatusListeners() */ 
    301   public StatusListener[] getStatusListeners() { 
    302     synchronized (statusListeners) { 
    303       StatusListener[] l = new StatusListener[statusListeners.size()]; 
    304       statusListeners.copyInto(l); 
    305       return l; 
    306     } 
    307   } 
     284  // -- Helper methods -- 
    308285 
    309286  private static boolean isValidLogin() throws Exception { 
     
    319296    return true; 
    320297  } 
     298 
     299  // -- Main method -- 
    321300 
    322301  public static void main(String[] args) throws Exception { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.