Changeset 4336


Ignore:
Timestamp:
08/27/08 12:58:56 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:
  • Added 'String getInputOrder()' API method to IFormatReader, which returns the input dimension order (CoreMetadata.inputOrder; see below).
  • Removed 'currentOrder' field from CoreMetadata, and replaced it with two String fields: 'inputOrder' and 'outputOrder'. IFormatReader.getInputOrder() returns the value of inputOrder for the current series, and IFormatReader.getDimensionOrder() returns the value of outputOrder for the current series.

All readers *must* populate inputOrder; low-level readers should not populate outputOrder. If outputOrder is null, it is assumed to be the same as inputOrder. As a result, DimensionSwapper.swapDimensions(String) will override CoreMetadata.inputOrder (setting CoreMetadata.outputOrder to the original value of inputOrder), and DimensionSwapper.setOutputOrder(String) will override CoreMetadata.outputOrder.

  • Fixed FileStitcher to correctly handle the cases when input order != output order.
Location:
trunk/loci
Files:
72 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/CoreMetadata.java

    r4335 r4336  
    5050  public int[] cLengths; 
    5151  public String[] cTypes; 
    52   public String currentOrder; 
     52  public String outputOrder, inputOrder; 
    5353  public boolean orderCertain, rgb, littleEndian, interleaved; 
    5454  public boolean indexed, falseColor, metadataComplete; 
  • trunk/loci/formats/DimensionSwapper.java

    r4335 r4336  
    3838 */ 
    3939public class DimensionSwapper extends ReaderWrapper { 
    40  
    41   // -- Fields -- 
    42  
    43   /** The input dimension order for the image series. */ 
    44   protected String inputOrder; 
    4540 
    4641  // -- Constructors -- 
     
    126121    core[series].sizeT = dims[newT]; 
    127122    //core.currentOrder[series] = order; 
    128     inputOrder = order; 
     123    if (core[series].outputOrder == null) { 
     124      core[series].outputOrder = core[series].inputOrder; 
     125    } 
     126    core[series].inputOrder = order; 
    129127 
    130128    if (oldC != newC) { 
     
    149147   */ 
    150148  public void setOutputOrder(String outputOrder) { 
    151     //this.outputOrder = outputOrder; 
    152     if (inputOrder == null) inputOrder = getDimensionOrder(); 
    153     getCoreMetadata()[getSeries()].currentOrder = outputOrder; 
    154   } 
    155  
    156   public String getOutputOrder() { 
    157     return getDimensionOrder(); 
     149    FormatTools.assertId(getCurrentFile(), true, 2); 
     150    getCoreMetadata()[getSeries()].outputOrder = outputOrder; 
    158151  } 
    159152 
     
    193186  public String getDimensionOrder() { 
    194187    FormatTools.assertId(getCurrentFile(), true, 2); 
    195     return getCoreMetadata()[getSeries()].currentOrder; 
     188    String output = getCoreMetadata()[getSeries()].outputOrder; 
     189    if (output != null) return output; 
     190    return getInputOrder(); 
     191  } 
     192 
     193  /* @see loci.formats.IFormatReader#getInputOrder() */ 
     194  public String getInputOrder() { 
     195    FormatTools.assertId(getCurrentFile(), true, 2); 
     196    return getCoreMetadata()[getSeries()].inputOrder; 
    196197  } 
    197198 
     
    251252 
    252253  protected int reorder(int no) throws FormatException { 
    253     if (inputOrder == null) return no; 
    254     return FormatTools.getReorderedIndex(inputOrder, getDimensionOrder(), 
    255       getSizeZ(), getSizeC(), getSizeT(), getImageCount(), no); 
     254    if (getInputOrder() == null) return no; 
     255    return FormatTools.getReorderedIndex(getInputOrder(), getDimensionOrder(), 
     256      getSizeZ(), getEffectiveSizeC(), getSizeT(), getImageCount(), no); 
    256257  } 
    257258 
  • trunk/loci/formats/FileStitcher.java

    r4335 r4336  
    105105  private int series; 
    106106 
     107  private String[] originalOrder; 
     108 
    107109  private String[] seriesBlocks; 
    108110  private Vector fileVector; 
     
    113115 
    114116  private MetadataStore store; 
    115   private String[] originalOrder; 
    116117 
    117118  // -- Constructors -- 
     
    374375  public String getDimensionOrder() { 
    375376    FormatTools.assertId(currentId, true, 2); 
    376     return noStitch ? reader.getDimensionOrder() : 
    377       core[getSeries()].currentOrder; 
     377    if (noStitch) return reader.getDimensionOrder(); 
     378    if (core[getSeries()].outputOrder != null) { 
     379      return core[getSeries()].outputOrder; 
     380    } 
     381    return getInputOrder(); 
     382  } 
     383 
     384  /* @see IFormatReader#getInputOrder() */ 
     385  public String getInputOrder() { 
     386    FormatTools.assertId(currentId, true, 2); 
     387    return noStitch ? reader.getInputOrder() : core[getSeries()].inputOrder; 
    378388  } 
    379389 
     
    565575      seriesInFile = false; 
    566576      store = null; 
     577      originalOrder = null; 
    567578    } 
    568579  } 
     
    734745  public int[] getZCTCoords(int index) { 
    735746    FormatTools.assertId(currentId, true, 2); 
    736     return FormatTools.getZCTCoords(this, index); 
     747    return FormatTools.getZCTCoords(getInputOrder(), getSizeZ(), 
     748      getEffectiveSizeC(), getSizeT(), getImageCount(), index); 
    737749  } 
    738750 
     
    10221034    lenT = new int[seriesCount][]; 
    10231035 
     1036    originalOrder = new String[seriesCount]; 
     1037 
    10241038    // analyze first file; assume each file has the same parameters 
    10251039    core = new CoreMetadata[seriesCount]; 
     
    10481062      // NB: core.cLengths[i] populated in computeAxisLengths below 
    10491063      // NB: core.cTypes[i] populated in computeAxisLengths below 
    1050       core[i].currentOrder = rr.getDimensionOrder(); 
     1064      core[i].inputOrder = rr.getDimensionOrder(); 
     1065      originalOrder[i] = rr.getDimensionOrder(); 
    10511066      // NB: core.orderCertain[i] populated below 
    10521067      core[i].rgb = rr.isRGB(); 
     
    10651080    // guess at dimensions corresponding to file numbering 
    10661081    for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    1067       ag[i] = new AxisGuesser(fp, core[i].currentOrder, 
     1082      ag[i] = new AxisGuesser(fp, core[i].inputOrder, 
    10681083        sizeZ[i], sizeT[i], sizeC[i], certain[i]); 
    10691084    } 
     
    10721087    for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    10731088      setSeries(i); 
    1074       core[i].currentOrder = ag[i].getAdjustedOrder(); 
     1089      core[i].inputOrder = ag[i].getAdjustedOrder(); 
    10751090      core[i].orderCertain = ag[i].isCertain(); 
    10761091      computeAxisLengths(); 
    10771092    } 
    10781093    setSeries(oldSeries); 
    1079     originalOrder = new String[seriesCount]; 
    1080     for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    1081       originalOrder[i] = core[i].currentOrder; 
    1082     } 
    10831094  } 
    10841095 
     
    12091220 
    12101221    for (int i=0; i<3; i++) { 
    1211       char originalAxis = originalOrder[sno].charAt(i + 2); 
    1212       char newAxis = getDimensionOrder().charAt(i + 2); 
     1222      char originalAxis = getInputOrder().charAt(i + 2); 
     1223      char newAxis = originalOrder[sno].charAt(i + 2); 
    12131224 
    12141225      if (newAxis != originalAxis) { 
  • trunk/loci/formats/FormatReader.java

    r4335 r4336  
    391391  public String getDimensionOrder() { 
    392392    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    393     return core[series].currentOrder; 
     393    // by default, the input order and output order are the same 
     394    if (core[series].outputOrder != null) return core[series].outputOrder; 
     395    return getInputOrder(); 
     396  } 
     397 
     398  /* @see IFormatReader#getInputOrder() */ 
     399  public String getInputOrder() { 
     400    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
     401    return core[series].inputOrder; 
    394402  } 
    395403 
  • trunk/loci/formats/IFormatReader.java

    r4335 r4336  
    152152  /** 
    153153   * Gets a five-character string representing the 
    154    * dimension order within the file. Valid orders are:<ul> 
     154   * dimension order in which planes will be returned. Valid orders are:<ul> 
    155155   *   <li>XYCTZ</li> 
    156156   *   <li>XYCZT</li> 
     
    165165   */ 
    166166  String getDimensionOrder(); 
     167 
     168  /** 
     169   * Gets a five-character string representing the 
     170   * dimension order within the file.  Valid orders are:<ul> 
     171   *   <li>XYCTZ</li> 
     172   *   <li>XYCZT</li> 
     173   *   <li>XYTCZ</li> 
     174   *   <li>XYTZC</li> 
     175   *   <li>XYZCT</li> 
     176   *   <li>XYZTC</li> 
     177   * </ul> 
     178   * In cases where the channels are interleaved (e.g., CXYTZ), C will be 
     179   * the first dimension after X and Y (e.g., XYCTZ) and the 
     180   * {@link #isInterleaved()} method will return true. 
     181   */ 
     182  String getInputOrder(); 
    167183 
    168184  /** 
  • trunk/loci/formats/ImageReader.java

    r4335 r4336  
    306306  } 
    307307 
     308  /* @see IFormatReader#getInputOrder() */ 
     309  public String getInputOrder() { 
     310    FormatTools.assertId(currentId, true, 2); 
     311    return getReader().getInputOrder(); 
     312  } 
     313 
    308314  /* @see IFormatReader#isOrderCertain() */ 
    309315  public boolean isOrderCertain() { 
  • trunk/loci/formats/ReaderWrapper.java

    r4335 r4336  
    156156  } 
    157157 
     158  public String getInputOrder() { 
     159    return reader.getInputOrder(); 
     160  } 
     161 
    158162  public boolean isOrderCertain() { 
    159163    return reader.isOrderCertain(); 
  • trunk/loci/formats/in/APLReader.java

    r4335 r4336  
    161161      core[i].sizeZ = Integer.parseInt(row3[frames]); 
    162162      core[i].sizeT = 1; 
    163       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     163      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    164164 
    165165      xmlFiles[i] = row2[path]; 
  • trunk/loci/formats/in/APNGReader.java

    r4335 r4336  
    245245    core[0].sizeT = getImageCount(); 
    246246 
    247     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     247    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    248248    core[0].interleaved = false; 
    249249 
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r4335 r4336  
    510510    core[0].interleaved = bmpBitsPerPixel != 16; 
    511511    core[0].sizeC = isRGB() ? 3 : 1; 
    512     core[0].currentOrder = getSizeC() == 3 ? "XYCTZ" : "XYTCZ"; 
     512    core[0].inputOrder = getSizeC() == 3 ? "XYCTZ" : "XYTCZ"; 
    513513    core[0].falseColor = false; 
    514514    core[0].metadataComplete = true; 
  • trunk/loci/formats/in/AliconaReader.java

    r4335 r4336  
    179179 
    180180    core[0].pixelType = numBytes == 2 ? FormatTools.UINT16 : FormatTools.UINT8; 
    181     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     181    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    182182    core[0].metadataComplete = true; 
    183183    core[0].indexed = false; 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r4335 r4336  
    273273    core[0].sizeZ = 1; 
    274274    core[0].sizeT = 1; 
    275     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     275    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    276276    core[0].metadataComplete = true; 
    277277    core[0].indexed = palette != null; 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r4335 r4336  
    484484    if (getSizeC() == 1 && !isIndexed()) core[0].rgb = false; 
    485485    core[0].falseColor = false; 
    486     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     486    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    487487    core[0].pixelType = getPixelType(ifds[0]); 
    488488  } 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r4335 r4336  
    663663    // populate Pixels 
    664664 
    665     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     665    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    666666 
    667667    if (picFiles.length > 0) { 
  • trunk/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r4335 r4336  
    278278        imageSequence = "ZTW"; 
    279279    } 
    280     core[0].currentOrder = "XY" + imageSequence.replaceAll("W", "C"); 
     280    core[0].inputOrder = "XY" + imageSequence.replaceAll("W", "C"); 
    281281    addMeta("Image sequence", imageSequence); 
    282282 
  • trunk/loci/formats/in/DicomReader.java

    r4335 r4336  
    545545    core[0].rgb = getSizeC() > 1; 
    546546    core[0].sizeT = 1; 
    547     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     547    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    548548    core[0].metadataComplete = true; 
    549549    core[0].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r4335 r4336  
    207207 
    208208      core[0].imageCount = 1; 
    209       core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     209      core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    210210      core[0].metadataComplete = true; 
    211211      core[0].indexed = false; 
     
    300300    core[0].sizeZ = 1; 
    301301    core[0].sizeT = 1; 
    302     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     302    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    303303    core[0].pixelType = FormatTools.UINT8; 
    304304    core[0].rgb = getSizeC() == 3; 
  • trunk/loci/formats/in/FEIReader.java

    r4335 r4336  
    127127    core[0].indexed = false; 
    128128    core[0].interleaved = false; 
    129     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     129    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    130130 
    131131    MetadataStore store = 
  • trunk/loci/formats/in/FV1000Reader.java

    r4335 r4336  
    569569            core[1].pixelType = FormatTools.UINT32; 
    570570        } 
    571         core[1].currentOrder = "XYCZT"; 
     571        core[1].inputOrder = "XYCZT"; 
    572572        core[1].indexed = false; 
    573573      } 
     
    709709    } 
    710710 
    711     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     711    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    712712 
    713713    switch (imageDepth) { 
  • trunk/loci/formats/in/FitsReader.java

    r4335 r4336  
    144144    core[0].littleEndian = false; 
    145145    core[0].interleaved = false; 
    146     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     146    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    147147    core[0].indexed = false; 
    148148    core[0].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r4335 r4336  
    231231 
    232232    core[0].sizeZ = core[0].sizeC = core[0].sizeT = 1; 
    233     core[0].currentOrder = "XY"; 
     233    core[0].inputOrder = "XY"; 
    234234    core[0].metadataComplete = true; 
    235235 
     
    253253        core[0].sizeZ *= size; 
    254254        if (getDimensionOrder().indexOf("Z") == -1) { 
    255           core[0].currentOrder += "Z"; 
     255          core[0].inputOrder += "Z"; 
    256256        } 
    257257        voxelZ = voxel; 
     
    260260        core[0].sizeC *= size; 
    261261        if (getDimensionOrder().indexOf("C") == -1) { 
    262           core[0].currentOrder += "C"; 
     262          core[0].inputOrder += "C"; 
    263263        } 
    264264        voxelC = voxel; 
     
    267267        core[0].sizeT *= size; 
    268268        if (getDimensionOrder().indexOf("T") == -1) { 
    269           core[0].currentOrder += "T"; 
     269          core[0].inputOrder += "T"; 
    270270        } 
    271271        voxelT = voxel; 
     
    273273    } 
    274274 
    275     if (getDimensionOrder().indexOf("Z") == -1) core[0].currentOrder += "Z"; 
    276     if (getDimensionOrder().indexOf("T") == -1) core[0].currentOrder += "T"; 
    277     if (getDimensionOrder().indexOf("C") == -1) core[0].currentOrder += "C"; 
     275    if (getDimensionOrder().indexOf("Z") == -1) core[0].inputOrder += "Z"; 
     276    if (getDimensionOrder().indexOf("T") == -1) core[0].inputOrder += "T"; 
     277    if (getDimensionOrder().indexOf("C") == -1) core[0].inputOrder += "C"; 
    278278 
    279279    core[0].imageCount = ifds.length; 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r4335 r4336  
    338338    core[0].sizeC = 1; 
    339339    core[0].sizeT = getImageCount(); 
    340     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     340    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    341341    core[0].rgb = false; 
    342342    core[0].littleEndian = true; 
  • trunk/loci/formats/in/GatanReader.java

    r4335 r4336  
    177177    core[0].sizeC = 1; 
    178178    core[0].sizeT = 1; 
    179     core[0].currentOrder = "XYZTC"; 
     179    core[0].inputOrder = "XYZTC"; 
    180180    core[0].imageCount = 1; 
    181181    core[0].rgb = false; 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r4335 r4336  
    330330    core[0].rgb = layoutOrder.indexOf("ch") >= 0 && 
    331331      layoutOrder.indexOf("ch") < layoutOrder.indexOf("x"); 
    332     core[0].currentOrder = "XY"; 
     332    core[0].inputOrder = "XY"; 
    333333 
    334334    // find axis sizes 
     
    350350      else if (orderToken.equals("z")) { 
    351351        core[0].sizeZ = Integer.parseInt(imageToken); 
    352         core[0].currentOrder += "Z"; 
     352        core[0].inputOrder += "Z"; 
    353353      } 
    354354      else if (orderToken.equals("ch")) { 
    355355        core[0].sizeC = Integer.parseInt(imageToken); 
    356356        if (getSizeC() > 4) core[0].rgb = false; 
    357         core[0].currentOrder += "C"; 
     357        core[0].inputOrder += "C"; 
    358358      } 
    359359      else { 
    360360        core[0].sizeT = Integer.parseInt(imageToken); 
    361         core[0].currentOrder += "T"; 
     361        core[0].inputOrder += "T"; 
    362362      } 
    363363    } 
    364364 
    365365    if (getDimensionOrder().indexOf("Z") == -1) { 
    366       core[0].currentOrder += "Z"; 
     366      core[0].inputOrder += "Z"; 
    367367    } 
    368368    if (getDimensionOrder().indexOf("T") == -1) { 
    369       core[0].currentOrder += "T"; 
     369      core[0].inputOrder += "T"; 
    370370    } 
    371371    if (getDimensionOrder().indexOf("C") == -1) { 
    372       core[0].currentOrder += "C"; 
     372      core[0].inputOrder += "C"; 
    373373    } 
    374374 
  • trunk/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r4335 r4336  
    176176    in.skipBytes(dataSize); 
    177177 
    178     core[0].currentOrder = "XY"; 
    179     if (getSizeC() > 1) core[0].currentOrder += "CZT"; 
    180     else core[0].currentOrder += "ZTC"; 
     178    core[0].inputOrder = "XY"; 
     179    if (getSizeC() > 1) core[0].inputOrder += "CZT"; 
     180    else core[0].inputOrder += "ZTC"; 
    181181 
    182182    core[0].rgb = getSizeC() > 1; 
  • trunk/loci/formats/in/IPWReader.java

    r4335 r4336  
    248248    core[0].sizeX = (int) TiffTools.getImageWidth(h); 
    249249    core[0].sizeY = (int) TiffTools.getImageLength(h); 
    250     core[0].currentOrder = isRGB() ? "XYCTZ" : "XYTCZ"; 
     250    core[0].inputOrder = isRGB() ? "XYCTZ" : "XYTCZ"; 
    251251 
    252252    if (getSizeZ() == 0) core[0].sizeZ = 1; 
  • trunk/loci/formats/in/ImageIOReader.java

    r4335 r4336  
    109109    core[0].sizeC = isRGB() ? 3 : 1; 
    110110    core[0].sizeT = 1; 
    111     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     111    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    112112    core[0].pixelType = ImageTools.getPixelType(img); 
    113113    core[0].interleaved = false; 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisHDFReader.java

    r4335 r4336  
    280280    for (int i=0; i<core.length; i++) { 
    281281      core[i].pixelType = type; 
    282       core[i].currentOrder = "XYZCT"; 
     282      core[i].inputOrder = "XYZCT"; 
    283283      core[i].rgb = false; 
    284284      core[i].thumbSizeX = 128; 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r4335 r4336  
    171171 
    172172    core[0].sizeT = getImageCount() / (getSizeC() * getSizeZ()); 
    173     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     173    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    174174    core[0].rgb = false; 
    175175    core[0].interleaved = false; 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisTiffReader.java

    r4335 r4336  
    9999    ifds = (Hashtable[]) tmp.toArray(new Hashtable[0]); 
    100100    core[0].imageCount = getSizeC() * getSizeZ(); 
    101     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     101    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    102102    core[0].interleaved = false; 
    103103    core[0].rgb = getImageCount() != getSizeZ() * getSizeC() * getSizeT(); 
  • trunk/loci/formats/in/ImprovisionTiffReader.java

    r4335 r4336  
    184184    // determine dimension order 
    185185 
    186     core[0].currentOrder = "XY"; 
     186    core[0].inputOrder = "XY"; 
    187187    for (int i=1; i<coords.length; i++) { 
    188188      int zDiff = coords[i][0] - coords[i - 1][0]; 
     
    191191 
    192192      if (zDiff > 0 && getDimensionOrder().indexOf("Z") < 0) { 
    193         core[0].currentOrder += "Z"; 
     193        core[0].inputOrder += "Z"; 
    194194      } 
    195195      if (cDiff > 0 && getDimensionOrder().indexOf("C") < 0) { 
    196         core[0].currentOrder += "C"; 
     196        core[0].inputOrder += "C"; 
    197197      } 
    198198      if (tDiff > 0 && getDimensionOrder().indexOf("T") < 0) { 
    199         core[0].currentOrder += "T"; 
    200       } 
    201       if (core[0].currentOrder.length() == 5) break; 
    202     } 
    203  
    204     if (getDimensionOrder().indexOf("Z") < 0) core[0].currentOrder += "Z"; 
    205     if (getDimensionOrder().indexOf("C") < 0) core[0].currentOrder += "C"; 
    206     if (getDimensionOrder().indexOf("T") < 0) core[0].currentOrder += "T"; 
     199        core[0].inputOrder += "T"; 
     200      } 
     201      if (core[0].inputOrder.length() == 5) break; 
     202    } 
     203 
     204    if (getDimensionOrder().indexOf("Z") < 0) core[0].inputOrder += "Z"; 
     205    if (getDimensionOrder().indexOf("C") < 0) core[0].inputOrder += "C"; 
     206    if (getDimensionOrder().indexOf("T") < 0) core[0].inputOrder += "T"; 
    207207  } 
    208208 
  • trunk/loci/formats/in/InCellReader.java

    r4335 r4336  
    170170      core[i].sizeT = t; 
    171171      core[i].imageCount = z * c * t; 
    172       core[i].currentOrder = "XYZCT"; 
     172      core[i].inputOrder = "XYZCT"; 
    173173    } 
    174174 
  • trunk/loci/formats/in/KhorosReader.java

    r4335 r4336  
    179179    core[0].interleaved = false; 
    180180    core[0].littleEndian = dependency == 4 || dependency == 8; 
    181     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     181    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    182182    core[0].indexed = lut != null; 
    183183    core[0].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/L2DReader.java

    r4335 r4336  
    204204      core[i].sizeT = 1; 
    205205      core[i].sizeZ = 1; 
    206       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     206      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    207207 
    208208      for (int t=0; t<tiffs[i].size(); t++) { 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r4335 r4336  
    314314      core[i] = new CoreMetadata(); 
    315315      core[i].orderCertain = true; 
    316       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     316      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    317317      core[i].sizeX = ((Integer) widths.get(i)).intValue(); 
    318318      core[i].sizeY = ((Integer) heights.get(i)).intValue(); 
  • trunk/loci/formats/in/LIMReader.java

    r4335 r4336  
    135135    if (getSizeC() == 0) core[0].sizeC = 1; 
    136136    core[0].rgb = getSizeC() > 1; 
    137     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     137    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    138138    core[0].indexed = false; 
    139139    core[0].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyND2Reader.java

    r4335 r4336  
    169169        core[i].interleaved = true; 
    170170        core[i].littleEndian = true; 
    171         core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     171        core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    172172        core[i].indexed = false; 
    173173        core[i].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyQTReader.java

    r4335 r4336  
    227227      core[0].sizeT = getImageCount(); 
    228228      core[0].pixelType = ImageTools.getPixelType(img); 
    229       core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     229      core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    230230      core[0].rgb = true; 
    231231      core[0].interleaved = false; 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r4335 r4336  
    587587        } 
    588588 
    589         core[i].currentOrder = "XY"; 
     589        core[i].inputOrder = "XY"; 
    590590 
    591591        resolution = stream.readInt(); 
     
    610610          else if (dimType.indexOf("z") != -1) { 
    611611            core[i].sizeZ = size; 
    612             if (core[i].currentOrder.indexOf("Z") == -1) { 
    613               core[i].currentOrder += "Z"; 
     612            if (core[i].inputOrder.indexOf("Z") == -1) { 
     613              core[i].inputOrder += "Z"; 
    614614            } 
    615615          } 
    616616          else if (dimType.equals("channel")) { 
    617617            core[i].sizeC = size; 
    618             if (core[i].currentOrder.indexOf("C") == -1) { 
    619               core[i].currentOrder += "C"; 
     618            if (core[i].inputOrder.indexOf("C") == -1) { 
     619              core[i].inputOrder += "C"; 
    620620            } 
    621621          } 
    622622          else { 
    623623            core[i].sizeT = size; 
    624             if (core[i].currentOrder.indexOf("T") == -1) { 
    625               core[i].currentOrder += "T"; 
     624            if (core[i].inputOrder.indexOf("T") == -1) { 
     625              core[i].inputOrder += "T"; 
    626626            } 
    627627          } 
     
    796796      core[i].sizeC *= tiff.getSizeC(); 
    797797 
    798       if (core[i].currentOrder.indexOf("C") == -1) { 
    799         core[i].currentOrder += "C"; 
    800       } 
    801       if (core[i].currentOrder.indexOf("Z") == -1) { 
    802         core[i].currentOrder += "Z"; 
    803       } 
    804       if (core[i].currentOrder.indexOf("T") == -1) { 
    805         core[i].currentOrder += "T"; 
     798      if (core[i].inputOrder.indexOf("C") == -1) { 
     799        core[i].inputOrder += "C"; 
     800      } 
     801      if (core[i].inputOrder.indexOf("Z") == -1) { 
     802        core[i].inputOrder += "Z"; 
     803      } 
     804      if (core[i].inputOrder.indexOf("T") == -1) { 
     805        core[i].inputOrder += "T"; 
    806806      } 
    807807 
  • trunk/loci/formats/in/MINCReader.java

    r4335 r4336  
    128128    core[0].rgb = false; 
    129129    core[0].indexed = false; 
    130     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     130    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    131131    core[0].pixelType = FormatTools.UINT8; 
    132132 
  • trunk/loci/formats/in/MNGReader.java

    r4335 r4336  
    238238      lengths[i] = (Vector) seriesLengths.get(keys[i]); 
    239239      core[i].sizeZ = 1; 
    240       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     240      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    241241      core[i].interleaved = false; 
    242242      core[i].metadataComplete = true; 
  • trunk/loci/formats/in/MRCReader.java

    r4335 r4336  
    210210 
    211211    core[0].sizeT = 1; 
    212     core[0].currentOrder = "XYZTC"; 
     212    core[0].inputOrder = "XYZTC"; 
    213213    core[0].imageCount = getSizeZ(); 
    214214    core[0].rgb = false; 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r4335 r4336  
    318318      core[0].sizeT = tc; 
    319319      core[0].imageCount = zc * tc * cc; 
    320       core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     320      core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    321321 
    322322      if (stks.length > 1) { 
     
    331331          newCore[i].pixelType = getPixelType(); 
    332332          newCore[i].imageCount = getImageCount(); 
    333           newCore[i].currentOrder = getDimensionOrder(); 
     333          newCore[i].inputOrder = getDimensionOrder(); 
    334334          newCore[i].rgb = isRGB(); 
    335335          newCore[i].littleEndian = isLittleEndian(); 
  • trunk/loci/formats/in/MicromanagerReader.java

    r4335 r4336  
    264264    core[0].sizeX = tiffReader.getSizeX(); 
    265265    core[0].sizeY = tiffReader.getSizeY(); 
    266     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     266    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    267267    core[0].pixelType = tiffReader.getPixelType(); 
    268268    core[0].rgb = tiffReader.isRGB(); 
  • trunk/loci/formats/in/MinimalTiffReader.java

    r4335 r4336  
    178178    if (getSizeC() == 1 && !isIndexed()) core[0].rgb = false; 
    179179    core[0].falseColor = false; 
    180     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     180    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    181181  } 
    182182 
  • trunk/loci/formats/in/NAFReader.java

    r4335 r4336  
    138138      } 
    139139 
    140       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     140      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    141141      core[i].rgb = false; 
    142142 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r4335 r4336  
    439439 
    440440      for (int i=0; i<core.length; i++) { 
    441         core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     441        core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    442442        core[i].rgb = getSizeC() > 1; 
    443443        core[i].littleEndian = true; 
     
    653653      core[i].sizeT = getSizeT(); 
    654654      core[i].imageCount = getImageCount(); 
    655       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     655      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    656656      core[i].sizeX = x; 
    657657      core[i].sizeY = y; 
  • trunk/loci/formats/in/NRRDReader.java

    r4335 r4336  
    134134    core[0].sizeC = 1; 
    135135    core[0].sizeT = 1; 
    136     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     136    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    137137 
    138138    MetadataStore store = 
  • trunk/loci/formats/in/OMETiffReader.java

    r4335 r4336  
    299299            meta.getPixelsPixelType(i, p)); 
    300300          core[s].imageCount = num; 
    301           core[s].currentOrder = meta.getPixelsDimensionOrder(i, p); 
     301          core[s].inputOrder = meta.getPixelsDimensionOrder(i, p); 
    302302          core[s].orderCertain = true; 
    303303          int photo = TiffTools.getPhotometricInterpretation(firstIFD); 
  • trunk/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r4335 r4336  
    238238      Boolean endian = omexmlMeta.getPixelsBigEndian(i, 0); 
    239239      String pixType = omexmlMeta.getPixelsPixelType(i, 0); 
    240       core[i].currentOrder = omexmlMeta.getPixelsDimensionOrder(i, 0); 
     240      core[i].inputOrder = omexmlMeta.getPixelsDimensionOrder(i, 0); 
    241241      core[i].sizeX = w.intValue(); 
    242242      core[i].sizeY = h.intValue(); 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabRawReader.java

    r4335 r4336  
    167167    core[0].sizeZ = getImageCount(); 
    168168    core[0].sizeT = 1; 
    169     core[0].currentOrder = "XYZTC"; 
     169    core[0].inputOrder = "XYZTC"; 
    170170    core[0].rgb = getSizeC() > 1; 
    171171    core[0].interleaved = false; 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r4335 r4336  
    558558      core[i].sizeT = 1; 
    559559      core[i].sizeZ = core[i].imageCount; 
    560       core[i].currentOrder = "XYCZT"; 
     560      core[i].inputOrder = "XYCZT"; 
    561561      core[i].littleEndian = false; 
    562562      core[i].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/PCIReader.java

    r4335 r4336  
    224224    core[0].rgb = getSizeC() > 1; 
    225225    core[0].interleaved = false; 
    226     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     226    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    227227    core[0].littleEndian = true; 
    228228    core[0].indexed = false; 
  • trunk/loci/formats/in/PCXReader.java

    r4335 r4336  
    156156    core[0].imageCount = 1; 
    157157    core[0].pixelType = FormatTools.UINT8; 
    158     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     158    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    159159 
    160160    MetadataStore store = 
  • trunk/loci/formats/in/PGMReader.java

    r4335 r4336  
    142142 
    143143    core[0].rgb = getSizeC() == 3; 
    144     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     144    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    145145    core[0].littleEndian = true; 
    146146    core[0].interleaved = false; 
  • trunk/loci/formats/in/PSDReader.java

    r4335 r4336  
    273273    core[0].indexed = modeString.equals("palette color"); 
    274274    core[0].falseColor = false; 
    275     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     275    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    276276    core[0].interleaved = false; 
    277277    core[0].metadataComplete = true; 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r4335 r4336  
    692692    } 
    693693 
    694     core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     694    core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    695695 
    696696    core[0].rgb = isTiff ? tiff.isRGB() : false; 
  • trunk/loci/formats/in/PictReader.java

    r4335 r4336  
    216216    core[0].sizeC = 3; 
    217217    core[0].sizeT = 1; 
    218     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     218    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    219219    core[0].rgb = true; 
    220220    core[0].imageCount = 1; 
  • trunk/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r4335 r4336  
    224224        core[0].sizeT = isZ ? 1 : zt; 
    225225        core[0].sizeC = getImageCount() / (getSizeZ() * getSizeT()); 
    226         core[0].currentOrder = "XYC" + (isZ ? "ZT" : "TZ"); 
     226        core[0].inputOrder = "XYC" + (isZ ? "ZT" : "TZ"); 
    227227        core[0].pixelType = FormatTools.UINT16; 
    228228        core[0].rgb = false; 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r4335 r4336  
    367367 
    368368    core[0].sizeZ = 1; 
    369     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     369    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    370370    core[0].littleEndian = false; 
    371371    core[0].metadataComplete = true; 
  • trunk/loci/formats/in/SDTReader.java

    r4335 r4336  
    204204    core[0].sizeC = intensity ? channels : timeBins * channels; 
    205205    core[0].sizeT = 1; 
    206     core[0].currentOrder = "XYZTC"; 
     206    core[0].inputOrder = "XYZTC"; 
    207207    core[0].pixelType = FormatTools.UINT16; 
    208208    core[0].rgb = !intensity; 
  • trunk/loci/formats/in/SEQReader.java

    r4335 r4336  
    114114    if (isRGB() && getSizeC() != 3) core[0].sizeC *= 3; 
    115115 
    116     core[0].currentOrder = "XY"; 
     116    core[0].inputOrder = "XY"; 
    117117 
    118118    int maxNdx = 0, max = 0; 
     
    127127    } 
    128128 
    129     core[0].currentOrder += axes[maxNdx]; 
     129    core[0].inputOrder += axes[maxNdx]; 
    130130 
    131131    if (maxNdx != 1) { 
    132132      if (getSizeC() > 1) { 
    133         core[0].currentOrder += "C"; 
    134         core[0].currentOrder += (maxNdx == 0 ? axes[2] : axes[0]); 
     133        core[0].inputOrder += "C"; 
     134        core[0].inputOrder += (maxNdx == 0 ? axes[2] : axes[0]); 
    135135      } 
    136       else core[0].currentOrder += (maxNdx == 0 ? axes[2] : axes[0]) + "C"; 
     136      else core[0].inputOrder += (maxNdx == 0 ? axes[2] : axes[0]) + "C"; 
    137137    } 
    138138    else { 
    139       if (getSizeZ() > getSizeT()) core[0].currentOrder += "ZT"; 
    140       else core[0].currentOrder += "TZ"; 
     139      if (getSizeZ() > getSizeT()) core[0].inputOrder += "ZT"; 
     140      else core[0].inputOrder += "TZ"; 
    141141    } 
    142142  } 
  • trunk/loci/formats/in/SVSReader.java

    r4335 r4336  
    116116      core[s].interleaved = false; 
    117117      core[s].falseColor = false; 
    118       core[s].currentOrder = "XYCZT"; 
     118      core[s].inputOrder = "XYCZT"; 
    119119    } 
    120120  } 
  • trunk/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r4335 r4336  
    427427      core[i].imageCount = getSizeZ() * getSizeC() * getSizeT(); 
    428428      core[i].pixelType = FormatTools.UINT16; 
    429       core[i].currentOrder = "XYZTC"; 
     429      core[i].inputOrder = "XYZTC"; 
    430430      core[i].indexed = false; 
    431431      core[i].falseColor = false; 
  • trunk/loci/formats/in/TCSReader.java

    r4335 r4336  
    282282          else if (div >= core[i].sizeT) core[i].sizeT /= div; 
    283283        } 
    284         core[i].currentOrder = getSizeZ() > getSizeT() ? "XYCZT" : "XYCTZ"; 
     284        core[i].inputOrder = getSizeZ() > getSizeT() ? "XYCZT" : "XYCTZ"; 
    285285        core[i].metadataComplete = true; 
    286286        core[i].rgb = false; 
     
    344344 
    345345      core[0].sizeT = 0; 
    346       core[0].currentOrder = isRGB() ? "XYC" : "XY"; 
     346      core[0].inputOrder = isRGB() ? "XYC" : "XY"; 
    347347 
    348348      // determine the axis sizes and ordering 
     
    358358          core[0].sizeT++; 
    359359          if (getDimensionOrder().indexOf("T") < 0) { 
    360             core[0].currentOrder += "T"; 
     360            core[0].inputOrder += "T"; 
    361361          } 
    362362        } 
    363363        else if (i > 0) { 
    364364          if ((ch[i] != ch[i - 1]) && getDimensionOrder().indexOf("C") < 0) { 
    365             core[0].currentOrder += "C"; 
     365            core[0].inputOrder += "C"; 
    366366          } 
    367367          else if (getDimensionOrder().indexOf("Z") < 0) { 
    368             core[0].currentOrder += "Z"; 
     368            core[0].inputOrder += "Z"; 
    369369          } 
    370370        } 
     
    372372      } 
    373373 
    374       if (getDimensionOrder().indexOf("Z") < 0) core[0].currentOrder += "Z"; 
    375       if (getDimensionOrder().indexOf("C") < 0) core[0].currentOrder += "C"; 
    376       if (getDimensionOrder().indexOf("T") < 0) core[0].currentOrder += "T"; 
     374      if (getDimensionOrder().indexOf("Z") < 0) core[0].inputOrder += "Z"; 
     375      if (getDimensionOrder().indexOf("C") < 0) core[0].inputOrder += "C"; 
     376      if (getDimensionOrder().indexOf("T") < 0) core[0].inputOrder += "T"; 
    377377 
    378378      if (getSizeT() == 0) core[0].sizeT = 1; 
  • trunk/loci/formats/in/TiffReader.java

    r4335 r4336  
    102102        core[0].sizeT = getImageCount(); 
    103103      } 
    104       core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     104      core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    105105    } 
    106106 
  • trunk/loci/formats/in/TillVisionReader.java

    r4335 r4336  
    162162    core[0].rgb = false; 
    163163    core[0].littleEndian = true; 
    164     core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     164    core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    165165 
    166166    MetadataStore store = 
  • trunk/loci/formats/in/VisitechReader.java

    r4335 r4336  
    233233    for (int i=0; i<core.length; i++) { 
    234234      core[i].rgb = false; 
    235       core[i].currentOrder = "XYZTC"; 
     235      core[i].inputOrder = "XYZTC"; 
    236236      core[i].interleaved = false; 
    237237      core[i].littleEndian = true; 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r4335 r4336  
    236236        case 0: 
    237237          put("ScanType", "x-y-z scan"); 
    238           core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     238          core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    239239          break; 
    240240        case 1: 
    241241          put("ScanType", "z scan (x-z plane)"); 
    242           core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     242          core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    243243          break; 
    244244        case 2: 
    245245          put("ScanType", "line scan"); 
    246           core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     246          core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    247247          break; 
    248248        case 3: 
    249249          put("ScanType", "time series x-y"); 
    250           core[0].currentOrder = "XYTCZ"; 
     250          core[0].inputOrder = "XYTCZ"; 
    251251          break; 
    252252        case 4: 
    253253          put("ScanType", "time series x-z"); 
    254           core[0].currentOrder = "XYZTC"; 
     254          core[0].inputOrder = "XYZTC"; 
    255255          break; 
    256256        case 5: 
    257257          put("ScanType", "time series 'Mean of ROIs'"); 
    258           core[0].currentOrder = "XYTCZ"; 
     258          core[0].inputOrder = "XYTCZ"; 
    259259          break; 
    260260        case 6: 
    261261          put("ScanType", "time series x-y-z"); 
    262           core[0].currentOrder = "XYZTC"; 
     262          core[0].inputOrder = "XYZTC"; 
    263263          break; 
    264264        case 7: 
    265265          put("ScanType", "spline scan"); 
    266           core[0].currentOrder = "XYCTZ"; 
     266          core[0].inputOrder = "XYCTZ"; 
    267267          break; 
    268268        case 8: 
    269269          put("ScanType", "spline scan x-z"); 
    270           core[0].currentOrder = "XYCZT"; 
     270          core[0].inputOrder = "XYCZT"; 
    271271          break; 
    272272        case 9: 
    273273          put("ScanType", "time series spline plane x-z"); 
    274           core[0].currentOrder = "XYTCZ"; 
     274          core[0].inputOrder = "XYTCZ"; 
    275275          break; 
    276276        case 10: 
    277277          put("ScanType", "point mode"); 
    278           core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     278          core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    279279          break; 
    280280        default: 
    281281          put("ScanType", "x-y-z scan"); 
    282           core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     282          core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    283283      } 
    284284 
     
    351351      if (isRGB()) { 
    352352        // shuffle C to front of order string 
    353         core[0].currentOrder = getDimensionOrder().replaceAll("C", ""); 
    354         core[0].currentOrder = getDimensionOrder().replaceAll("XY", "XYC"); 
     353        core[0].inputOrder = getDimensionOrder().replaceAll("C", ""); 
     354        core[0].inputOrder = getDimensionOrder().replaceAll("XY", "XYC"); 
    355355      } 
    356356 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r4335 r4336  
    456456    } 
    457457 
    458     core[0].currentOrder = "XY"; 
     458    core[0].inputOrder = "XY"; 
    459459    for (int i=0; i<coordinates.size()-1; i++) { 
    460460      int[] zct1 = (int[]) coordinates.get(new Integer(i)); 
     
    464464      int deltaT = zct2[2] - zct1[2]; 
    465465      if (deltaZ > 0 && getDimensionOrder().indexOf("Z") == -1) { 
    466         core[0].currentOrder += "Z"; 
     466        core[0].inputOrder += "Z"; 
    467467      } 
    468468      if (deltaC > 0 && getDimensionOrder().indexOf("C") == -1) { 
    469         core[0].currentOrder += "C"; 
     469        core[0].inputOrder += "C"; 
    470470      } 
    471471      if (deltaT > 0 && getDimensionOrder().indexOf("T") == -1) { 
    472         core[0].currentOrder += "T"; 
     472        core[0].inputOrder += "T"; 
    473473      } 
    474474    } 
    475475    if (getDimensionOrder().indexOf("C") == -1) { 
    476       core[0].currentOrder += "C"; 
     476      core[0].inputOrder += "C"; 
    477477    } 
    478478    if (getDimensionOrder().indexOf("Z") == -1) { 
    479       core[0].currentOrder += "Z"; 
     479      core[0].inputOrder += "Z"; 
    480480    } 
    481481    if (getDimensionOrder().indexOf("T") == -1) { 
    482       core[0].currentOrder += "T"; 
     482      core[0].inputOrder += "T"; 
    483483    } 
    484484 
  • trunk/loci/ome/io/OMEROReader.java

    r4335 r4336  
    198198    core[0].rgb = false; 
    199199    core[0].littleEndian = false; 
    200     core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     200    core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    201201    core[0].imageCount = getSizeZ() * getSizeC() * getSizeT(); 
    202202    core[0].pixelType = FormatTools.pixelTypeFromString((String) ptype); 
  • trunk/loci/ome/io/OMEReader.java

    r4335 r4336  
    199199 
    200200      core[0].pixelType = FormatTools.pixelTypeFromString(type); 
    201       core[0].currentOrder = "XYZCT"; 
     201      core[0].inputOrder = "XYZCT"; 
    202202 
    203203      core[0].imageCount = getSizeZ() * getSizeC() * getSizeT(); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.