Changeset 4790


Ignore:
Timestamp:
02/09/09 08:12:56 (11 years ago)
Author:
melissa
Message:

Sync 4.0 branch with trunk r4789.

Location:
branches/4.0.0
Files:
4 edited
1 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.0.0/components/bio-formats/src/loci/formats/in/InCellReader.java

    r4784 r4790  
    219219 
    220220    store.setInstrumentID("Instrument:0", 0); 
    221     store.setImageInstrumentRef("Instrument:0", 0); 
    222221 
    223222    for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    224223      int well = getWellFromSeries(i); 
    225224      int field = getFieldFromSeries(i); 
     225      store.setImageID("Image:" + i, i); 
     226      store.setImageInstrumentRef("Instrument:0", i); 
    226227      store.setImageName("Well #" + well + ", Field #" + field, i); 
    227228      store.setImageCreationDate(creationDate, i); 
  • branches/4.0.0/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LIFReader.java

    r4775 r4790  
    426426      } 
    427427    } 
    428     MetadataTools.populatePixels(store, this, true); 
     428    MetadataTools.populatePixels(store, this, false); 
    429429 
    430430    store.setInstrumentID("Instrument:0", 0); 
  • branches/4.0.0/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaHandler.java

    r4775 r4790  
    155155        numDatasets--; 
    156156      } 
    157       else if (widths.size() > numDatasets && heights.size() > numDatasets) { 
     157      else if (widths.size() > numDatasets) { 
    158158        numDatasets = widths.size(); 
    159159      } 
     
    275275      } 
    276276      metadata.put(key, attributes.getValue("Variant")); 
    277       if ("csScanMode".equals(identifier)) { 
    278         String order = attributes.getValue("Variant").toLowerCase(); 
    279  
    280         if (order.indexOf("xy") == -1) { 
    281           // switch the axis sizes around, depending on the 
    282           // stored dimension order 
    283  
    284           int xPos = order.indexOf("x"); 
    285           int yPos = order.indexOf("y"); 
    286           int zPos = order.indexOf("z"); 
    287           int tPos = order.indexOf("t"); 
    288  
    289           if (xPos < 0) xPos = 0; 
    290           if (yPos < 0) yPos = 1; 
    291           if (zPos < 0) zPos = 2; 
    292           if (tPos < 0) tPos = 3; 
    293  
    294           int index = widths.size() - 1; 
    295  
    296           int x = ((Integer) widths.get(index)).intValue(); 
    297           int y = index < heights.size() ? 
    298             ((Integer) heights.get(index)).intValue() : 1; 
    299           int z = index < zs.size() ? ((Integer) zs.get(index)).intValue() : 1; 
    300           int t = index < ts.size() ? ((Integer) ts.get(index)).intValue() : 1; 
    301  
    302           int[] dimensions = {x, y, z, t}; 
    303  
    304           x = dimensions[xPos]; 
    305           y = dimensions[yPos]; 
    306           z = dimensions[zPos]; 
    307           t = dimensions[tPos]; 
    308  
    309           widths.setElementAt(new Integer(x), widths.size() - 1); 
    310           if (index < heights.size()) { 
    311             heights.setElementAt(new Integer(y), heights.size() - 1); 
    312           } 
    313           else heights.add(new Integer(y)); 
    314           if (index < zs.size()) { 
    315             zs.setElementAt(new Integer(z), zs.size() - 1); 
    316           } 
    317           else zs.add(new Integer(z)); 
    318           if (index < ts.size()) { 
    319             ts.setElementAt(new Integer(t), ts.size() - 1); 
    320           } 
    321           else ts.add(new Integer(t)); 
    322         } 
    323       } 
    324       else if (identifier.startsWith("dblVoxel")) { 
     277      if (identifier.startsWith("dblVoxel")) { 
    325278        String size = attributes.getValue("Variant"); 
    326279        float cal = Float.parseFloat(size) * 1000000; 
     
    412365              int index = laserNames.size(); 
    413366              store.setLightSourceID("LightSource:" + index, 0, index); 
     367              store.setLaserType("Unknown", 0, index); 
    414368              store.setLaserWavelength(new Integer(value), 0, index); 
     369              store.setLaserLaserMedium("Unknown", 0, index); 
    415370              laserNames.add(object); 
    416371            } 
     
    608563      if (originalPlane < planeNum) return; 
    609564 
     565      store.setPlaneTheC(new Integer(0), seriesNames.size() - 1, 0, planeNum); 
     566      store.setPlaneTheZ(new Integer(0), seriesNames.size() - 1, 0, planeNum); 
     567      store.setPlaneTheT(new Integer(planeNum), seriesNames.size() - 1, 0, 
     568        planeNum); 
    610569      store.setPlaneTimingDeltaT(new Float(time), seriesNames.size() - 1, 0, 
    611570        planeNum); 
  • branches/4.0.0/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r4756 r4790  
    967967              store.setDetectorID("Detector:" + detector, 0, detector); 
    968968              for (int i=0; i<getSeriesCount(); i++) { 
     969                if (detector < core[i].sizeC) { 
    969970                store.setDetectorSettingsDetector("Detector:" + detector, i, 
    970971                  detector); 
     972                } 
    971973              } 
    972974            } 
     
    10971099    for (int i=0; i<getSeriesCount(); i++) { 
    10981100      int nextChannel = 0; 
    1099       for (int channel=0; channel<channelNames[i].size(); channel++) { 
     1101      for (int channel=0; channel<getSizeC(); channel++) { 
     1102        if (channel >= channelNames[i].size()) break; 
    11001103        String name = (String) channelNames[i].get(channel); 
    11011104        if (name == null || name.trim().equals("")) continue; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.