Changeset 4903


Ignore:
Timestamp:
03/11/09 11:12:46 (11 years ago)
Author:
melissa
Message:

Parse FLIM data and prevent NumberFormatException when parsing physical pixel sizes.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FlexReader.java

    r4870 r4903  
    359359      } 
    360360      else if (parentQName.equals("ImageResolutionX")) { 
    361         store.setDimensionsPhysicalSizeX(new Float(value), nextImage - 1, 0); 
     361        try { 
     362          store.setDimensionsPhysicalSizeX(new Float(value), nextImage - 1, 0); 
     363        } 
     364        catch (NumberFormatException e) { } 
    362365      } 
    363366      else if (parentQName.equals("ImageResolutionY")) { 
    364         store.setDimensionsPhysicalSizeY(new Float(value), nextImage - 1, 0); 
     367        try { 
     368          store.setDimensionsPhysicalSizeY(new Float(value), nextImage - 1, 0); 
     369        } 
     370        catch (NumberFormatException e) { } 
    365371      } 
    366372      else if (parentQName.equals("Well")) { 
    367373        addMeta("Well " + (nextWell - 1) + " " + currentQName, value); 
     374      } 
     375      else if (parentQName.equals("FLIM")) { 
     376        addMeta("FLIM " + nextImage + " " + currentQName, value); 
    368377      } 
    369378    } 
     
    573582        } 
    574583      } 
    575     } 
     584      else if (qName.equals("FLIM")) { 
     585        parentQName = qName; 
     586        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
     587          addMeta("FLIM " + nextImage + " " + attributes.getQName(i), 
     588            attributes.getValue(i)); 
     589        } 
     590      } 
     591    } 
     592 
     593    public void endElement(String uri, String localName, String qName) { 
     594      if (qName.equals(parentQName)) parentQName = ""; 
     595    } 
     596 
    576597  } 
    577598 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.