Changeset 5597 for branches/4.1


Ignore:
Timestamp:
10/14/09 14:19:32 (11 years ago)
Author:
melissa
Message:

Insert blank planes if one of the constituent files is not found; this is consistent with the behavior of other readers and the Metamorph software.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.1/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r5578 r5597  
    406406      for (int s=0; s<stks.length; s++) { 
    407407        for (int f=0; f<stks[s].length; f++) { 
     408          String original = stks[s][f]; 
    408409          Location l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
     410          debug("Looking for file: " + stks[s][f]); 
    409411          if (!l.exists()) { 
    410412            // '%' can be converted to '-' 
     
    412414              stks[s][f] = stks[s][f].replaceAll("%", "-"); 
    413415              l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
     416              debug("Looking for file: " + stks[s][f]); 
    414417              if (!l.exists()) { 
    415418                // try replacing extension 
     
    417420                  stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".TIF"; 
    418421                l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
     422                debug("Looking for file: " + stks[s][f]); 
    419423                if (!l.exists()) { 
    420424                  stks[s][f] = stks[s][f].substring(0, 
    421425                    stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".tif"; 
    422426                  l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
     427                  debug("Looking for file: " + stks[s][f]); 
    423428                  if (!l.exists()) { 
    424                     String filename = stks[s][f]; 
    425429                    stks = null; 
    426                     throw new FormatException("Missing STK file: " + filename); 
     430                    throw new FormatException("Missing pixels file: " + 
     431                      original); 
    427432                  } 
    428433                } 
     
    435440                stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".TIF"; 
    436441              l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
     442              debug("Looking for file: " + stks[s][f]); 
    437443              if (!l.exists()) { 
    438444                stks[s][f] = stks[s][f].substring(0, 
    439445                  stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".tif"; 
    440446                l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
     447                debug("Looking for file: " + stks[s][f]); 
    441448                if (!l.exists()) { 
    442                   String filename = stks[s][f]; 
    443449                  stks = null; 
    444                   throw new FormatException("Missing STK file: " + filename); 
     450                  throw new FormatException("Missing pixels file: " + 
     451                    original); 
    445452                } 
    446453              } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.