Changeset 5601 for branches/4.1


Ignore:
Timestamp:
10/15/09 12:17:54 (11 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed a few bugs, including Bio-Rad naming.

Location:
branches/4.1/components/bio-formats/src/loci/formats/in
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.1/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r5535 r5601  
    261261    int imageNumber = in.readShort(); 
    262262    String name = in.readString(32); 
     263    for (int i=0; i<name.length(); i++) { 
     264      if (name.charAt(i) == 0) { 
     265        name = name.substring(0, i); 
     266        break; 
     267      } 
     268    } 
     269 
    263270    int merged = in.readShort(); 
    264271    int color1 = in.readShort(); 
     
    453460 
    454461    core[0].dimensionOrder = "XYCTZ"; 
     462 
     463    int nextDetector = 0; 
    455464 
    456465    boolean multipleFiles = false; 
     
    499508                int index = key.indexOf("_DET_") + 5; 
    500509                if (key.lastIndexOf("_") > index) { 
    501                   String idx = key.substring(index, key.indexOf("_", index)); 
    502                   int detector = Integer.parseInt(idx) - 1; 
    503  
    504510                  String detectorID = 
    505                     MetadataTools.createLSID("Detector", 0, detector); 
    506                   store.setDetectorID(detectorID, 0, detector); 
    507                   store.setDetectorType("Unknown", 0, detector); 
     511                    MetadataTools.createLSID("Detector", 0, nextDetector); 
     512                  store.setDetectorID(detectorID, 0, nextDetector); 
     513                  store.setDetectorType("Unknown", 0, nextDetector); 
    508514 
    509515                  if (key.endsWith("OFFSET")) { 
    510                     if (detector < offset.size()) { 
    511                       offset.setElementAt(new Float(value), detector); 
     516                    if (nextDetector < offset.size()) { 
     517                      offset.setElementAt(new Float(value), nextDetector); 
    512518                    } 
    513519                    else { 
    514                       while (detector > offset.size()) { 
     520                      while (nextDetector > offset.size()) { 
    515521                        offset.add(null); 
    516522                      } 
     
    519525                  } 
    520526                  else if (key.endsWith("GAIN")) { 
    521                     if (detector < gain.size()) { 
    522                       gain.setElementAt(new Float(value), detector); 
     527                    if (nextDetector < gain.size()) { 
     528                      gain.setElementAt(new Float(value), nextDetector); 
    523529                    } 
    524530                    else { 
    525                       while (detector > gain.size()) { 
     531                      while (nextDetector > gain.size()) { 
    526532                        gain.add(null); 
    527533                      } 
     
    529535                    } 
    530536                  } 
     537                  nextDetector++; 
    531538                } 
    532539              } 
     
    900907      // do file grouping 
    901908      used.remove(currentId); 
     909      long length = new Location(currentId).length(); 
    902910      FilePattern pattern = new FilePattern(new Location(id).getAbsoluteFile()); 
    903911      String[] patternFiles = pattern.getFiles(); 
    904912      for (String file : patternFiles) { 
    905         pics.add(file); 
    906         used.add(file); 
     913        Location f = new Location(file); 
     914        if (f.length() == length) { 
     915          pics.add(file); 
     916          used.add(file); 
     917        } 
    907918      } 
    908919      if (pics.size() == 1) core[0].sizeC = 1; 
     
    948959        String detectorID = MetadataTools.createLSID("Detector", 0, i); 
    949960        store.setDetectorSettingsDetector(detectorID, 0, i); 
     961        store.setDetectorID(detectorID, 0, i); 
     962        store.setDetectorType("Unknown", 0, i); 
    950963      } 
    951964      if (detectorOffset != null) { 
  • branches/4.1/components/bio-formats/src/loci/formats/in/PCIReader.java

    r5517 r5601  
    297297      store.setInstrumentID(instrumentID, 0); 
    298298      store.setDetectorID(detectorID, 0, 0); 
     299      store.setDetectorType("Unknown", 0, 0); 
    299300      store.setImageInstrumentRef(instrumentID, 0); 
    300301 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.