Changeset 5904 for branches/cleanup


Ignore:
Timestamp:
02/11/10 14:38:57 (10 years ago)
Author:
melissa
Message:

Moved dependency version information to scan-deps.pl. Updated build.properties for many components to resolve mismatches reported by scan-deps.pl.

Location:
branches/cleanup
Files:
1 added
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/cleanup/build.xml

    r5896 r5904  
    1818    Path:          components/common 
    1919    Project deps:  (none) 
    20     Library deps:  (none) 
     20    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, 
     21                   Simple Logging Facade for Java Binding 
    2122    Optional:      (none) 
    2223    License:       GPL 
     
    3839    Path:          components/bio-formats 
    3940    Project deps:  LOCI Common, OME-XML Java library 
    40     Library deps:  JGoodies Forms 
     41    Library deps:  JGoodies Forms, Simple Logging Facade for Java API, 
     42                   Simple Logging Facade for Java Binding 
    4143    Optional:      OME I/O, OME Notes, Apache Jakarta POI, 
    4244                   MDB Tools (Java port), JAI Image I/O Tools, NetCDF 
     
    6062    JAR file:      bf-ice.jar 
    6163    Path:          components/bf-ice 
    62     Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats 
     64    Project deps:  Bio-Formats 
    6365    Library deps:  Ice 
    6466    Optional:      (none) 
     
    8385    Path:          components/ome-io 
    8486    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats 
    85     Library deps:  OMERO Client, OMERO Common 
     87    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, 
     88                   Simple Logging Facade for Java Binding, OMERO Client, 
     89                   OMERO Common 
    8690    Optional:      OME-Java 
    8791    License:       GPL 
     
    105109    Project deps:  LOCI Common, OME-XML Java library, Bio-Formats, OME I/O, 
    106110                   Apache Jakarta POI 
    107     Library deps:  Apple eAWT stubs, JGoodies Forms, ImageJ, JGoodies Looks, 
    108                    VisAD 
     111    Library deps:  Apple eAWT stubs, JGoodies Forms, ImageJ, VisAD 
    109112    Optional:      (none) 
    110113    License:       GPL 
     
    147150    Path:          components/test-suite 
    148151    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats, OME I/O 
    149     Library deps:  TestNG 
     152    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, 
     153                   Simple Logging Facade for Java Binding, TestNG 
    150154    Optional:      (none) 
    151155    License:       BSD 
     
    250254    Notes:     used by tools target to iterate over JAR files ("for" task) 
    251255    License:   Apache 
    252     Version:   1.0b3 
    253256 
    254257Checkstyle 
     
    257260    Notes:     used by style Ant target to check source code style conventions 
    258261    License:   LGPL 
    259     Version:   5.0 
    260262 
    261263Apache Jakarta Commons HttpClient 
     
    264266    Notes:     required for OME-Java to communicate with OME servers 
    265267    License:   Apache 
    266     Version:   2.0-rc2 
    267268 
    268269Apache Jakarta Commons Logging 
     
    271272    Notes:     used by OME-Java 
    272273    License:   Apache 
    273     Version:   1.0.3 
    274274 
    275275FindBugs Ant task 
     
    278278    Notes:     used by findbugs Ant target to check for program bugs 
    279279    License:   LGPL 
    280     Version:   1.3.9 
    281280 
    282281JGoodies Forms 
     
    285284    Notes:     used for layout by VisBio, Data Browser and OME Notes 
    286285    License:   BSD 
    287     Version:   1.3.0 
    288286 
    289287Ice 
     
    292290    Notes:     used by Bio-Formats Ice framework 
    293291    License:   GPL 
    294     Version:   3.3.1 
    295292 
    296293ImageJ 
     
    298295    URL:       http://rsb.info.nih.gov/ij/ 
    299296    Notes:     used by LOCI plugins for ImageJ and OME plugins for ImageJ; 
    300                included with VisBio to achieve ImageJ interconnectivity 
     297               bundled with VisBio to achieve ImageJ interconnectivity 
    301298    License:   Public domain 
    302     Version:   1.43o 
    303299 
    304300JAI ImageIO wrapper 
     
    308304               JP2) and lossless JPEG decompression (DICOM) 
    309305    License:   BSD 
    310     Version:   1.2 (2010 February 9); 
    311306 
    312307JUnit 
     
    315310    Notes:     unit testing framework used for a few VisBio unit tests 
    316311    License:   Common Public License 
    317     Version:   3.8.2 
    318312 
    319313L-M Fit 
     
    329323    Notes:     used for a nicer Look & Feel by VisBio and OME Metadata Editor 
    330324    License:   BSD 
    331     Version:   2.3.1 
    332325 
    333326NetCDF 
     
    336329    Notes:     used by Bio-Formats via reflection for HDF support (Imaris 5.5) 
    337330    License:   LGPL 
    338     Version:   4.0 
    339  
    340 Simple Logging Facade for Java 
    341     JAR file:  slf4j-api-1.5.10.jar, slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     331 
     332Simple Logging Facade for Java API 
     333    JAR file:  slf4j-api-1.5.10.jar 
    342334    URL:       http://www.slf4j.org/ 
    343     Notes:     used by NetCDF library 
     335    Notes:     used for all logging in loci.* 
    344336    License:   BSD 
    345     Version:   1.5.10 
     337 
     338Simple Logging Facade for Java Binding 
     339    JAR file:  slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     340    URL:       http://www.slf4j.org/ 
     341    Notes:     used for all logging in loci.* 
     342    License:   BSD 
    346343 
    347344OME-Java 
     
    362359    Notes:     used by OME I/O to connect to OMERO servers 
    363360    License:   GPL 
    364     Version:   4.1.1 
    365361 
    366362OMERO Common 
     
    369365    Notes:     used by OME I/O to connect to OMERO servers 
    370366    License:   GPL 
    371     Version:   4.1.1 
    372367 
    373368Skin Look and Feel 
     
    376371    Notes:     not used (may be used in the future for flexible skinning) 
    377372    License:   Custom (BSD-like) 
    378     Version:   6.7 
    379373 
    380374TestNG 
    381     JAR file:  testng-5.7-jdk14.jar 
     375    JAR file:  testng-5.11-jdk15.jar 
    382376    URL:       http://testng.org/ 
    383377    Notes:     testing framework used for LOCI software automated test suite 
    384378    License:   Apache 
    385     Version:   5.7 
    386379 
    387380Apache Velocity 
     
    391384               Bio-Formats packages 
    392385    License:   Apache 
    393     Version:   1.6.3 
    394386 
    395387VisAD 
     
    405397    Notes:     used by OME-Java library to communicate with OME servers 
    406398    License:   Apache 
    407     Version:   1.2-b1 
    408399--> 
    409400 
  • branches/cleanup/components/bio-formats/build.properties

    r5896 r5904  
    1313                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     15                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1516                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    1617                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    17                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
     18                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    1819component.java-version   = 1.5 
    1920component.deprecation    = true 
     
    3031                           ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
    3132                           ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
    32                            ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    33                            ${lib.dir}/bufr-1.1.00.jar:\ 
    34                            ${lib.dir}/grib-5.1.03.jar 
     33                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar 
  • branches/cleanup/components/common/build.properties

    r5859 r5904  
    1010component.jar            = loci-common.jar 
    1111component.version        = 4.1.0 
    12 component.classpath      = ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar:\ 
    13                            ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     12component.classpath      = ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    1413                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    15                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
     14                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    1615component.java-version   = 1.5 
    1716component.deprecation    = true 
  • branches/cleanup/components/flow-cytometry/build.properties

    r5551 r5904  
    1010component.jar            = flow-cytometry.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1314                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
    1415                           ${lib.dir}/visad-lite.jar 
  • branches/cleanup/components/loci-plugins/build.properties

    r5896 r5904  
    1313                           ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    15                            ${lib.dir}/ij.jar 
     15                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
     16                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
    1617component.java-version   = 1.5 
    1718component.deprecation    = true 
  • branches/cleanup/components/ome-io/build.properties

    r5896 r5904  
    1212component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1313                           ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    14                            ${lib.dir}/omero-client-4.1.1.jar:\ 
    15                            ${lib.dir}/omero-common-4.1.1.jar:\ 
     14                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1615                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    1716                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    18                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
     17                           ${lib.dir}/omero-client-4.1.1.jar:\ 
     18                           ${lib.dir}/omero-common-4.1.1.jar 
    1919component.java-version   = 1.5 
    2020component.deprecation    = true 
  • branches/cleanup/components/test-suite/build.properties

    r5848 r5904  
    1313                           ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1414                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    15                            ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar:\ 
     15                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1616                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    1717                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    18                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
     18                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    1919component.java-version   = 1.5 
    2020component.deprecation    = true 
  • branches/cleanup/components/visbio/build.properties

    r5896 r5904  
    1818                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1919                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
     20                           ${lib.dir}/junit.jar:\ 
    2021                           ${lib.dir}/looks-2.3.1.jar:\ 
    2122                           ${lib.dir}/visad-lite.jar 
  • branches/cleanup/scan-deps.pl

    r5896 r5904  
    3131  RUNTIME   => 14, # runtime classpath for each component 
    3232  ECLIPSE   => 15, # Eclipse classpath for each component 
     33  VERSION   => 16, # version number for each library 
    3334}; 
    3435 
     
    330331used by tools target to iterate over JAR files ("for" task) 
    331332ZZ 
     333  VERSION => "1.0b3" 
    332334); 
    333335 
     
    342344used by style Ant target to check source code style conventions 
    343345ZZ 
     346  VERSION => "5.0" 
    344347); 
    345348 
     
    354357required for OME-Java to communicate with OME servers 
    355358ZZ 
     359  VERSION => "2.0-rc2" 
    356360); 
    357361 
     
    366370used by OME-Java 
    367371ZZ 
     372  VERSION => "1.0.3" 
    368373); 
    369374 
     
    378383used by findbugs Ant target to check for program bugs 
    379384ZZ 
     385  VERSION => "1.3.9" 
    380386); 
    381387 
     
    390396used for layout by VisBio, Data Browser and OME Notes 
    391397ZZ 
     398  VERSION => "1.3.0" 
    392399); 
    393400 
     
    402409used by Bio-Formats Ice framework 
    403410ZZ 
     411  VERSIOn => "3.3.1" 
    404412); 
    405413 
     
    415423to achieve ImageJ interconnectivity 
    416424ZZ 
     425  VERSION => "1.43o" 
    417426); 
    418427 
     
    428437JPEG decompression (DICOM) 
    429438ZZ 
     439  VERSION => "1.1" 
    430440); 
    431441 
     
    440450unit testing framework used for a few VisBio unit tests 
    441451ZZ 
     452  VERSION => "3.8.2" 
    442453); 
    443454 
     
    455466); 
    456467 
     468my %log4j = ( 
     469  NAME    => "log4j", 
     470  TITLE   => "Apache log4j", 
     471  JAR     => "log4j-1.2.15.jar", 
     472  PACKAGE => "org.apache.log4j", 
     473  LICENSE => "Apache", 
     474  URL     => "http://logging.apache.org/log4j/", 
     475  NOTES   => <<ZZ, 
     476required by SLF4J implementation 
     477ZZ 
     478  VERSION => "1.2.15" 
     479); 
     480 
    457481my %looks = ( 
    458482  NAME    => "looks", 
    459483  TITLE   => "JGoodies Looks", 
    460484  JAR     => "looks-2.3.1.jar", 
    461   PACKAGE => "com.jgoodies.plaf", 
     485  PACKAGE => "com.jgoodies.looks", 
    462486  LICENSE => "BSD", 
    463487  URL     => "http://www.jgoodies.com/freeware/looks/index.html", 
     
    465489used for a nicer Look & Feel by VisBio and OME Metadata Editor 
    466490ZZ 
     491  VERSION => "2.3.1" 
    467492); 
    468493 
     
    477502used by Bio-Formats via reflection for HDF support (Imaris 5.5) 
    478503ZZ 
     504  VERSION => "4.0" 
    479505); 
    480506 
     
    515541used by OME I/O to connect to OMERO servers 
    516542ZZ 
     543  VERSION => "4.1.1" 
    517544); 
    518545 
     
    527554used by OME I/O to connect to OMERO servers 
    528555ZZ 
     556  VERSION => "4.1.1" 
    529557); 
    530558 
     
    539567not used (may be used in the future for flexible skinning) 
    540568ZZ 
    541 ); 
    542  
    543 my %slf4j = ( 
     569  VERSION => "6.7" 
     570); 
     571 
     572my %slf4j_api = ( 
    544573  NAME    => "slf4j", 
    545   TITLE   => "Simple Logging Facade for Java", 
    546   JAR     => "slf4j-jdk14.jar", 
     574  TITLE   => "Simple Logging Facade for Java API", 
     575  JAR     => "slf4j-api-1.5.10.jar", 
    547576  PACKAGE => "org.slf4j", 
    548577  LICENSE => "BSD", 
    549578  URL     => "http://www.slf4j.org/", 
    550579  NOTES   => <<ZZ, 
    551 used by NetCDF library 
    552 ZZ 
     580used for all logging in loci.* 
     581ZZ 
     582  VERSION => "1.5.10" 
     583); 
     584 
     585my %slf4j_impl = ( 
     586  NAME    => "slf4j", 
     587  TITLE   => "Simple Logging Facade for Java Binding", 
     588  JAR     => "slf4j-log4j12-1.5.10.jar", 
     589  PACKAGE => "org.slf4j", 
     590  LICENSE => "BSD", 
     591  URL     => "http://www.slf4j.org/", 
     592  NOTES   => <<ZZ, 
     593used for all logging in loci.* 
     594ZZ 
     595  VERSION => "1.5.10" 
    553596); 
    554597 
     
    563606testing framework used for LOCI software automated test suite 
    564607ZZ 
     608  VERSION => "5.7" 
    565609); 
    566610 
     
    576620packages 
    577621ZZ 
     622  VERSION => "1.6.3" 
    578623); 
    579624 
     
    601646used by OME-Java library to communicate with OME servers 
    602647ZZ 
     648  VERSION => "1.2-b1" 
    603649); 
    604650 
     
    654700  \%junit, 
    655701  \%lma, 
     702  \%log4j, 
    656703  \%looks, 
    657704  \%netcdf, 
    658   \%slf4j, 
     705  \%slf4j_api, 
     706  \%slf4j_impl, 
    659707  \%omeJava, 
    660708  \%omeJavaDeprecated, 
     
    10811129sub checkDirect { 
    10821130  my ($package, $path) = @_; 
    1083   return `find $path/src -name '*.java' | xargs grep -l "^import $package\\."`; 
     1131  return `find $path -name '*.java' | xargs grep -l "^import $package\\."`; 
    10841132} 
    10851133 
    10861134sub checkReflect { 
    10871135  my ($package, $path) = @_; 
    1088   return `find $path/src -name '*.java' | xargs grep -l "import $package\\."`; 
     1136  return `find $path -name '*.java' | xargs grep -l "import $package\\."`; 
    10891137} 
    10901138 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.