Changeset 5999


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03/08/10 12:01:25 (10 years ago)
Author:
melissa
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Moved LUT application to separate method.

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  • trunk/components/loci-plugins/utils/Read_Image.java

    r5992 r5999  
    4444      ImagePlus imp = new ImagePlus(name, stack); 
    4545 
    46       // apply color lookup tables, if present 
    47       // this requires ImageJ v1.39 or higher 
    48       if (r.isIndexed()) { 
    49         CompositeImage composite = 
    50           new CompositeImage(imp, CompositeImage.COLOR); 
    51         for (int c=0; c<r.getSizeC(); c++) { 
    52           composite.setPosition(c + 1, 1, 1); 
    53           LUT lut = 
    54             new LUT(lookupTable[c][0], lookupTable[c][1], lookupTable[c][2]); 
    55           composite.setChannelLut(lut); 
    56         } 
    57         composite.setPosition(1, 1, 1); 
    58         imp = composite; 
    59       } 
     46      ImagePlus colorizedImage = applyLookupTables(r, imp, lookupTable); 
    6047      r.close(); 
    6148 
    62       imp.show(); 
     49      colorizedImage.show(); 
    6350      IJ.showStatus(""); 
    6451    } 
     
    7057    } 
    7158  } 
     59 
     60  private ImagePlus applyLookupTables(IFormatReader r, ImagePlus imp, 
     61    byte[][][] lookupTable) 
     62  { 
     63    // apply color lookup tables, if present 
     64    // this requires ImageJ v1.39 or higher 
     65    if (r.isIndexed()) { 
     66      CompositeImage composite = 
     67        new CompositeImage(imp, CompositeImage.COLOR); 
     68      for (int c=0; c<r.getSizeC(); c++) { 
     69        composite.setPosition(c + 1, 1, 1); 
     70        LUT lut = 
     71          new LUT(lookupTable[c][0], lookupTable[c][1], lookupTable[c][2]); 
     72        composite.setChannelLut(lut); 
     73      } 
     74      composite.setPosition(1, 1, 1); 
     75      return composite; 
     76    } 
     77    return imp; 
     78  } 
    7279} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.