Changeset 6045


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03/19/10 10:36:15 (10 years ago)
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curtis
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Fix various dependency problems exposed by scan-deps.pl.

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trunk
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  • trunk/build.xml

    r6019 r6045  
    1818    Path:          components/common 
    1919    Project deps:  (none) 
    20     Library deps:  (none) 
     20    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    2121    Optional:      (none) 
    2222    License:       GPL 
     
    3737    JAR file:      bio-formats.jar 
    3838    Path:          components/bio-formats 
    39     Project deps:  LOCI Common, OME-XML Java library 
    40     Library deps:  JGoodies Forms 
    41     Optional:      OME I/O, OME Notes, Apache Jakarta POI, 
    42                    MDB Tools (Java port), JAI Image I/O Tools, NetCDF 
     39    Project deps:  LOCI Common, OME-XML Java library, Apache Jakarta POI, 
     40                   MDB Tools (Java port), JAI Image I/O Tools 
     41    Library deps:  JGoodies Forms, Luratech LuraWave stubs, Apache log4j, 
     42                   NetCDF, Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
     43    Optional:      OME I/O, OME Notes 
    4344    License:       GPL 
    4445 
     
    6162    Path:          components/bf-ice 
    6263    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats 
    63     Library deps:  Ice 
     64    Library deps:  Ice, Apache log4j 
    6465    Optional:      (none) 
    6566    License:       GPL 
     
    7374    Path:          components/loci-plugins 
    7475    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats 
    75     Library deps:  JGoodies Forms, ImageJ 
     76    Library deps:  JGoodies Forms, ImageJ, Apache log4j 
    7677    Optional:      OME I/O, VisBio 
    7778    License:       GPL 
     
    8384    Path:          components/ome-io 
    8485    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats 
    85     Library deps:  OMERO Client, OMERO Common 
     86    Library deps:  Apache log4j, Simple Logging Facade for Java API, 
     87                   OMERO Client, OMERO Common, TestNG 
    8688    Optional:      OME-Java 
    8789    License:       GPL 
     
    105107    Project deps:  LOCI Common, OME-XML Java library, Bio-Formats, OME I/O, 
    106108                   Apache Jakarta POI 
    107     Library deps:  Apple eAWT stubs, JGoodies Forms, ImageJ, JGoodies Looks, 
    108                    VisAD 
     109    Library deps:  Apple eAWT stubs, JGoodies Forms, ImageJ, JUnit, 
     110                   JGoodies Looks, VisAD 
    109111    Optional:      (none) 
    110112    License:       GPL 
     
    126128    JAR file:      flow-cytometry.jar 
    127129    Path:          components/flow-cytometry 
    128     Project deps:  Bio-Formats 
     130    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats 
    129131    Library deps:  ImageJ, VisAD 
    130132    Optional:      (none) 
     
    147149    Path:          components/test-suite 
    148150    Project deps:  LOCI Common, Bio-Formats, OME I/O 
    149     Library deps:  TestNG 
     151    Library deps:  Apache log4j, Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    150152    Optional:      (none) 
    151153    License:       BSD 
     
    242244    JAR file:  AppleJavaExtensions.jar 
    243245    URL:       http://developer.apple.com/samplecode/AppleJavaExtensions/ 
    244     Notes:     required to compile VisBio on non-Mac OS X machines 
     246    Notes:     required to compile Mac-specific functionality on non-Mac OS X 
     247               machines 
    245248    License:   BSD 
    246249 
    247250Ant-Contrib 
    248     JAR file:  ant-contrib-1.0b1.jar 
     251    JAR file:  ant-contrib-1.0b3.jar 
    249252    URL:       http://ant-contrib.sourceforge.net/ 
    250253    Notes:     used by tools target to iterate over JAR files ("for" task) 
     
    252255 
    253256Checkstyle 
    254     JAR file:  checkstyle-all-4.2.jar 
     257    JAR file:  checkstyle-all-5.0.jar 
    255258    URL:       http://checkstyle.sourceforge.net/ 
    256259    Notes:     used by style Ant target to check source code style conventions 
     
    276279 
    277280JGoodies Forms 
    278     JAR file:  forms-1.0.4.jar 
     281    JAR file:  forms-1.3.0.jar 
    279282    URL:       http://www.jgoodies.com/freeware/forms/index.html 
    280283    Notes:     used for layout by VisBio, Data Browser and OME Notes 
     
    291294    URL:       http://rsb.info.nih.gov/ij/ 
    292295    Notes:     used by LOCI plugins for ImageJ and OME plugins for ImageJ; 
    293                included with VisBio to achieve ImageJ interconnectivity 
     296               bundled with VisBio to achieve ImageJ interconnectivity 
    294297    License:   Public domain 
    295298 
     
    314317    License:   LGPL 
    315318 
     319Luratech LuraWave stubs 
     320    JAR file:  lwf-stubs.jar 
     321    URL:       http://www.luratech.com/ 
     322    Notes:     required to compile Bio-Formats's support for Luratech LWF 
     323               compression for the Opera Flex format 
     324    License:   BSD 
     325 
     326Apache log4j 
     327    JAR file:  log4j-1.2.15.jar 
     328    URL:       http://logging.apache.org/log4j/ 
     329    Notes:     required by SLF4J implementation 
     330    License:   Apache 
     331 
    316332JGoodies Looks 
    317     JAR file:  looks-1.2.2.jar 
     333    JAR file:  looks-2.3.1.jar 
    318334    URL:       http://www.jgoodies.com/freeware/looks/index.html 
    319335    Notes:     used for a nicer Look & Feel by VisBio and OME Metadata Editor 
     
    326342    License:   LGPL 
    327343 
    328 BUFR Java Decoder 
    329     JAR file:  bufr-1.1.00.jar 
    330     URL:       http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/ 
    331     Notes:     used by NetCDF library 
    332     License:   LGPL 
    333  
    334 GRIB Java Decoder 
    335     JAR file:  grib-5.1.03.jar 
    336     URL:       http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/ 
    337     Notes:     used by NetCDF library 
    338     License:   LGPL 
    339  
    340 Simple Logging Facade for Java 
    341     JAR file:  slf4j-jdk14.jar 
     344Simple Logging Facade for Java API 
     345    JAR file:  slf4j-api-1.5.10.jar 
    342346    URL:       http://www.slf4j.org/ 
    343     Notes:     used by NetCDF library 
     347    Notes:     used for all logging in loci.* 
     348    License:   BSD 
     349 
     350Simple Logging Facade for Java Binding 
     351    JAR file:  slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     352    URL:       http://www.slf4j.org/ 
     353    Notes:     used for all logging in loci.* 
    344354    License:   BSD 
    345355 
     
    357367 
    358368OMERO Client 
    359     JAR file:  omero-client-4.0.3.jar 
     369    JAR file:  omero-client-4.1.1.jar 
    360370    URL:       http://trac.openmicroscopy.org.uk/omero/wiki/MilestoneDownloads 
    361371    Notes:     used by OME I/O to connect to OMERO servers 
     
    363373 
    364374OMERO Common 
    365     JAR file:  omero-common-4.0.3.jar 
     375    JAR file:  omero-common-4.1.1.jar 
    366376    URL:       http://trac.openmicroscopy.org.uk/omero/wiki/MilestoneDownloads 
    367377    Notes:     used by OME I/O to connect to OMERO servers 
     
    375385 
    376386TestNG 
    377     JAR file:  testng-5.7-jdk14.jar 
     387    JAR file:  testng-5.11-jdk15.jar 
    378388    URL:       http://testng.org/ 
    379389    Notes:     testing framework used for LOCI software automated test suite 
     
    381391 
    382392Apache Velocity 
    383     JAR file:  velocity-dep-1.5.jar 
     393    JAR file:  velocity-1.6.3-dep.jar 
    384394    URL:       http://velocity.apache.org/ 
    385395    Notes:     used to autogenerate the loci.formats.meta and loci.formats.ome 
  • trunk/components/autogen/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = loci-autogen.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/velocity-1.6.3-dep.jar 
    1515component.java-version   = 1.5 
  • trunk/components/bf-ice/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = bf-ice.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/Ice-3.3.1.jar:\ 
    1515                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
  • trunk/components/bio-formats/.classpath

    r6026 r6045  
    55        <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    66        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/common"/> 
     7        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/jai"/> 
    78        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/mdbtools"/> 
    89        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-xml"/> 
    910        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/poi"/> 
    10         <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/jai"/> 
    1111        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
    1212        <classpathentry kind="output" path="build/classes"/> 
  • trunk/components/bio-formats/build.properties

    r6026 r6045  
    99component.name           = bio-formats 
    1010component.jar            = bio-formats.jar 
    11 component.version        = 4.1.0 
     11component.version        = 4.1.1 
    1212component.classpath      = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     
    1717                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1818                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     19                           ${lib.dir}/lwf-stubs.jar:\ 
    1920                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    2021                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    21                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    22                            ${lib.dir}/stubs.jar:\ 
    2322                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    24 # Used by TestNG suite that tests the absence of classes from ome-xml.jar 
    25 component.classpath.noxml    = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
    26                                ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    27                                ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
    28                                ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
    29                                ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    30                                ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    31                                ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    32                                ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    33                                ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    34                                ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    35 # Used by TestNG suite that tests the absence of classes from mdbtools-java.jar 
    36 component.classpath.nomdb    = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
    37                                ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    38                                ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    39                                ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
    40                                ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    41                                ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    42                                ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    43                                ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    44                                ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    45                                ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    46 # Used by TestNG suite that tests the absence of class from poi-loci.jar 
    47 component.classpath.nopoi    = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
    48                                ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    49                                ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
    50                                ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    51                                ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    52                                ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    53                                ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    54                                ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    55                                ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    56                                ${lib.dir}/stubs.jar:\ 
    57                                ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    58 # Used by TestNG suite that tests the absence of class from netcdf-4.0.jar 
    59 component.classpath.nonetcdf = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
    60                                ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    61                                ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
    62                                ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    63                                ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
    64                                ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    65                                ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    66                                ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    67                                ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    68                                ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    69 # Used by TestNG suite that tests the absence of class from jai_imageio.jar 
    70 component.classpath.nojai    = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    71                                ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
    72                                ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    73                                ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
    74                                ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    75                                ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    76                                ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    77                                ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    78                                ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    79 # Used by TestNG suite that tests the absence of class from stubs.jar 
    80 component.classpath.nolurawave = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    81                                ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
    82                                ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    83                                ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
    84                                ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    85                                ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    86                                ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    87                                ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    88                                ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    8923component.java-version   = 1.5 
    9024component.deprecation    = true 
     
    9731component.main-class     = loci.formats.gui.ImageViewer 
    9832component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    99                            ${artifact.dir}/ome-notes.jar:\ 
     33                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
     34                           ${artifact.dir}/ome-notes.jar 
     35 
     36# Used by TestNG suite that tests the absence of classes from ome-xml.jar 
     37component.cp.no-xml      = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
     38                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     39                           ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
     40                           ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
     41                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     42                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     43                           ${lib.dir}/lwf-stubs.jar:\ 
     44                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
     45                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     46                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
     47 
     48# Used by TestNG suite that tests the absence of classes from mdbtools-java.jar 
     49component.cp.no-mdb      = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
     50                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     51                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
     52                           ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
     53                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     54                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     55                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
     56                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     57                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     58                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
     59 
     60# Used by TestNG suite that tests the absence of class from poi-loci.jar 
     61component.cp.no-poi      = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
     62                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     63                           ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
     64                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
     65                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     66                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     67                           ${lib.dir}/lwf-stubs.jar:\ 
     68                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
     69                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     70                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     71                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
     72 
     73# Used by TestNG suite that tests the absence of class from netcdf-4.0.jar 
     74component.cp.no-netcdf   = ${artifact.dir}/jai_imageio.jar:\ 
     75                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     76                           ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
     77                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
     78                           ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
     79                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     80                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     81                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     82                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     83                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
     84 
     85# Used by TestNG suite that tests the absence of class from jai_imageio.jar 
     86component.cp.no-jai      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     87                           ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
     88                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
     89                           ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
     90                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     91                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     92                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     93                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     94                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
     95 
     96# Used by TestNG suite that tests the absence of class from stubs.jar 
     97component.cp.no-lurawave = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     98                           ${artifact.dir}/mdbtools-java.jar:\ 
     99                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
     100                           ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
     101                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
     102                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     103                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     104                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     105                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
  • trunk/components/bio-formats/build.xml

    r6026 r6045  
    3232      file="${tests.dir}/loci/formats/utests/testng-no-mdb.xml"/> 
    3333    <testng classpath= 
    34       "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.classpath.nomdb}"> 
     34      "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.cp.no-mdb}"> 
    3535    <!--<testng classpath="${test-classes.dir}:${classes.dir}:${artifact.dir}/loci-common.jar">--> 
    3636      <xmlfileset file="${build.dir}/testng.xml"/> 
     
    4444      file="${tests.dir}/loci/formats/utests/testng-no-netcdf.xml"/> 
    4545    <testng classpath= 
    46       "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.classpath.nonetcdf}"> 
     46      "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.cp.no-netcdf}"> 
    4747      <xmlfileset file="${build.dir}/testng.xml"/> 
    4848      <jvmarg value="-mx${testng.memory}"/> 
     
    5555      file="${tests.dir}/loci/formats/utests/testng-no-ome-xml.xml"/> 
    5656    <testng classpath= 
    57     "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.classpath.noxml}"> 
     57    "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.cp.no-xml}"> 
    5858      <xmlfileset file="${build.dir}/testng.xml"/> 
    5959      <jvmarg value="-mx${testng.memory}"/> 
     
    6666      file="${tests.dir}/loci/formats/utests/testng-no-poi.xml"/> 
    6767    <testng classpath= 
    68       "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.classpath.nopoi}"> 
     68      "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.cp.no-poi}"> 
    6969      <xmlfileset file="${build.dir}/testng.xml"/> 
    7070      <jvmarg value="-mx${testng.memory}"/> 
     
    7777      file="${tests.dir}/loci/formats/utests/testng-no-jai.xml"/> 
    7878    <testng classpath= 
    79       "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.classpath.nojai}"> 
     79      "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.cp.no-jai}"> 
    8080      <xmlfileset file="${build.dir}/testng.xml"/> 
    8181      <jvmarg value="-mx${testng.memory}"/> 
     
    8888      file="${tests.dir}/loci/formats/utests/testng-no-lurawave.xml"/> 
    8989    <testng classpath= 
    90       "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.classpath.nolurawave}"> 
     90      "${test-classes.dir}:${classes.dir}:${component.cp.no-lurawave}"> 
    9191      <xmlfileset file="${build.dir}/testng.xml"/> 
    9292      <jvmarg value="-mx${testng.memory}"/> 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/gui/ImageViewer.java

    r6026 r6045  
    154154    try { 
    155155      ServiceFactory factory = new ServiceFactory(); 
    156       OMEReaderWriterService service =  
     156      OMEReaderWriterService service = 
    157157        factory.getInstance(OMEReaderWriterService.class); 
    158158      // OME server I/O engine 
     
    525525    } 
    526526    else if ("view".equals(cmd)) { 
     527      // NB: avoid dependency on optional loci.ome.notes package 
    527528      OMENotesService service = null; 
    528529      try { 
  • trunk/components/common/.classpath

    r6026 r6045  
    44        <classpathentry kind="src" path="test"/> 
    55        <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    6         <classpathentry kind="con" path="org.testng.TESTNG_CONTAINER"/> 
    76        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
    87        <classpathentry kind="output" path="build/classes"/> 
  • trunk/components/common/build.properties

    r6026 r6045  
    99component.name           = loci-common 
    1010component.jar            = loci-common.jar 
    11 component.version        = 4.1.0 
     11component.version        = 4.1.1 
    1212component.classpath      = ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    13                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    14                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1513                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    1614component.java-version   = 1.5 
  • trunk/components/flow-cytometry/.classpath

    r5115 r6045  
    55        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/bio-formats"/> 
    66        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
     7        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/common"/> 
    78        <classpathentry kind="output" path="build/classes"/> 
    89</classpath> 
  • trunk/components/flow-cytometry/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = flow-cytometry.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
    1515                           ${lib.dir}/visad-lite.jar 
  • trunk/components/legacy/ome-editor/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = ome-editor.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1314                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    14                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1515                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1616                           ${lib.dir}/ome-java-deprecated.jar 
  • trunk/components/legacy/ome-notes/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = ome-notes.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar 
    1515component.java-version   = 1.4 
  • trunk/components/loci-plugins/build.properties

    r6026 r6045  
    99component.name           = loci_plugins 
    1010component.jar            = loci_plugins.jar 
    11 component.version        = 4.1.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     11component.version        = 4.1.1 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1515                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/importer/Importer.java

    r6026 r6045  
    602602 
    603603    if (options.isViewVisBio()) { 
     604      // NB: avoid dependency on optional loci.visbio packages 
    604605      ReflectedUniverse ru = new ReflectedUniverse(); 
    605606      try { 
  • trunk/components/ome-io/.classpath

    r5115 r6045  
    22<classpath> 
    33        <classpathentry kind="src" path="src"/> 
     4        <classpathentry kind="src" path="test"/> 
    45        <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    56        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/bio-formats"/> 
  • trunk/components/ome-io/build.properties

    r6026 r6045  
    99component.name           = ome-io 
    1010component.jar            = ome-io.jar 
    11 component.version        = 4.1.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     11component.version        = 4.1.1 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     15                           ${lib.dir}/omero-client-4.1.1.jar:\ 
     16                           ${lib.dir}/omero-common-4.1.1.jar:\ 
    1517                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    16                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    17                            ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar:\ 
    18                            ${lib.dir}/omero-client-4.1.1.jar:\ 
    19                            ${lib.dir}/omero-common-4.1.1.jar 
     18                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    2019component.java-version   = 1.5 
    2120component.deprecation    = true 
  • trunk/components/ome-io/src/loci/ome/io/OMEReader.java

    r6026 r6045  
    6363 
    6464  private static ReflectedUniverse createReflectedUniverse() { 
     65    // NB: avoid dependencies on optional org.openmicroscopy.ds packages 
    6566    r = null; 
    6667    try { 
  • trunk/components/ome-plugins/build.properties

    r5666 r6045  
    99component.name           = ome_plugins 
    1010component.jar            = ome_plugins.jar 
    11 component.version        = 4.1.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     11component.version        = 4.1.1 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${artifact.dir}/loci_plugins.jar:\ 
    1515                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
  • trunk/components/ome-xml/build.properties

    r5666 r6045  
    99component.name           = ome-xml 
    1010component.jar            = ome-xml.jar 
    11 component.version        = 4.1.0 
     11component.version        = 4.1.1 
    1212component.classpath      = 
    1313component.java-version   = 1.4 
  • trunk/components/slim-plotter/build.properties

    r5551 r6045  
    1010component.jar            = SlimPlotter.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${artifact.dir}/visbio.jar:\ 
    1515                           ${lib.dir}/lma.jar:\ 
  • trunk/components/stubs/lwf-stubs/.project

    r6026 r6045  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
    22<projectDescription> 
    3         <name>stubs</name> 
     3        <name>lwf-stubs</name> 
    44        <comment></comment> 
    55        <projects> 
  • trunk/components/stubs/lwf-stubs/build.properties

    r6026 r6045  
    77# Type "ant -p" for a list of targets. 
    88 
    9 component.name           = stubs 
    10 component.jar            = stubs.jar 
     9component.name           = lwf-stubs 
     10component.jar            = lwf-stubs.jar 
    1111component.version        = 0.1 
    12 component.classpath      =  
     12component.classpath      = 
    1313component.java-version   = 1.4 
    1414 
  • trunk/components/stubs/lwf-stubs/build.xml

    r6026 r6045  
    77--> 
    88 
    9 <project name="stubs" default="jar" basedir="."> 
    10   <description>Stubs of external classes to enable compilation</description> 
    11   <property name="root.dir" location="../.."/> 
     9<project name="lwf-stubs" default="jar" basedir="."> 
     10  <description>Stubs of LWF classes to enable compilation</description> 
     11  <property name="root.dir" location="../../.."/> 
    1212  <import file="${root.dir}/components/java.xml"/> 
    1313  <property file="build.properties"/> 
  • trunk/components/stubs/lwf-stubs/src/com/luratech/lwf/lwfDecoder.java

    r6026 r6045  
    2828 
    2929/** 
    30  * Stub of the Luratech LuraWave&reg; Java decoder class. NOTE: This 
    31  * class contains <b>NO</b> real implementation.  
     30 * Stub of the Luratech LuraWave&reg; Java decoder class. 
     31 * NOTE: This class contains <b>NO</b> real implementation. 
    3232 * 
    3333 * <dl><dt><b>Source code:</b></dt> 
    34  * <dd><a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/browser/trunk/components/stubs/src/com.luratech.lwf.lwfDecoder.java">Trac</a>, 
    35  * <a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/svn/java/trunk/components/stubs/src/com.luratech.lwf.lwfDecoder.java">SVN</a></dd></dl> 
     34 * <dd><a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/browser/trunk/components/stubs/lwf-stubs/src/com/luratech/lwf/lwfDecoder.java">Trac</a>, 
     35 * <a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/svn/java/trunk/components/stubs/lwf-stubs/src/com/luratech/lwf/lwfDecoder.java">SVN</a></dd></dl> 
    3636 */ 
    3737public class lwfDecoder { 
    3838 
    39   public lwfDecoder(InputStream stream, String password, String licenseCode)  
    40     throws IOException, SecurityException { 
    41  
     39  public lwfDecoder(InputStream stream, String password, String licenseCode) 
     40    throws IOException, SecurityException 
     41  { 
    4242  } 
    4343 
     
    5151 
    5252  public void decodeToMemoryGray8(byte[] image, int limit, 
    53                                   int quality, int scale) 
    54     throws SecurityException{ 
    55  
     53    int quality, int scale) throws SecurityException 
     54  { 
    5655  } 
    5756 
    58   public void decodeToMemoryGray16( 
    59       short[] image, int imageoffset, int limit, int quality, int scale, 
    60       int pdx, int pdy, int clip_x, int clip_y, int clip_w, int clip_h) 
    61     throws SecurityException { 
     57  public void decodeToMemoryGray16(short[] image, int imageoffset, int limit, 
     58    int quality, int scale, int pdx, int pdy, int clip_x, int clip_y, 
     59    int clip_w, int clip_h) throws SecurityException 
     60  { 
     61  } 
    6262 
    63   } 
    6463} 
  • trunk/components/test-suite/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = loci-testing-framework.jar 
    1111component.version        = 1.0.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    13                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    1515                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1616                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    17                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
    1817                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    1918component.java-version   = 1.5 
  • trunk/components/visbio/.classpath

    r5115 r6045  
    22<classpath> 
    33        <classpathentry kind="src" path="src"/> 
     4        <classpathentry kind="src" path="test"/> 
    45        <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    56        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/bio-formats"/> 
  • trunk/components/visbio/build.properties

    r6026 r6045  
    1010component.jar            = visbio.jar 
    1111component.version        = 3.4.0 
    12 component.classpath      = ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     12component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
     13                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     14                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    1315                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    14                            ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    15                            ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    1616                           ${artifact.dir}/poi-loci.jar:\ 
    1717                           ${lib.dir}/AppleJavaExtensions.jar:\ 
  • trunk/jar/.classpath

    r5534 r6045  
    22<classpath> 
    33        <classpathentry kind="src" path=""/> 
    4         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ant-contrib-1.0b1.jar"/> 
    5         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="AppleJavaExtensions.jar"/> 
    6         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="bufr-1.1.00.jar"/> 
    7         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="checkstyle-all-4.2.jar"/> 
    8         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="clibwrapper_jiio.jar"/> 
    9         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="commons-httpclient-2.0-rc2.jar"/> 
    10         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="commons-logging.jar"/> 
    11         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="findbugs-ant.jar"/> 
    12         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="forms-1.0.4.jar"/> 
    13         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="grib-5.1.03.jar"/> 
    14         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="Ice-3.3.1.jar"/> 
    15         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ij.jar"/> 
    16         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="junit.jar"/> 
    17         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lma.jar"/> 
    18         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="loci-checks.jar"/> 
    19         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="looks-1.2.2.jar"/> 
    20         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="netcdf-4.0.jar"/> 
    21         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ome-java-deprecated.jar"/> 
    22         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ome-java.jar"/> 
    23         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="omero-client-4.0.3.jar"/> 
    24         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="omero-common-4.0.3.jar"/> 
    25         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="skinlf.jar"/> 
    26         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="slf4j-jdk14.jar"/> 
    27         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="testng-5.7-jdk14.jar"/> 
    28         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="velocity-dep-1.5.jar"/> 
    29         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="visad-lite.jar"/> 
    30         <classpathentry exported="true" kind="lib" path="xmlrpc-1.2-b1.jar"/> 
     4  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="AppleJavaExtensions.jar"/> 
     5  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ant-contrib-1.0b3.jar"/> 
     6  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="checkstyle-all-5.0.jar"/> 
     7  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="clibwrapper_jiio.jar"/> 
     8  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="commons-httpclient-2.0-rc2.jar"/> 
     9  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="commons-logging.jar"/> 
     10  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="findbugs-ant.jar"/> 
     11  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="forms-1.3.0.jar"/> 
     12  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="Ice-3.3.1.jar"/> 
     13  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ij.jar"/> 
     14  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="junit.jar"/> 
     15  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lma.jar"/> 
     16  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="loci-checks.jar"/> 
     17  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="log4j-1.2.15.jar"/> 
     18  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="looks-2.3.1.jar"/> 
     19  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="net.luminis.build.plugin-0.2.0.jar"/> 
     20  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="netcdf-4.0.jar"/> 
     21  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ome-java-deprecated.jar"/> 
     22  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="ome-java.jar"/> 
     23  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="omero-client-4.1.1.jar"/> 
     24  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="omero-common-4.1.1.jar"/> 
     25  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="skinlf.jar"/> 
     26  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="slf4j-api-1.5.10.jar"/> 
     27  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="slf4j-log4j12-1.5.10.jar"/> 
     28  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="stubs.jar"/> 
     29  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="testng-5.11-jdk15.jar"/> 
     30  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="velocity-1.6.3-dep.jar"/> 
     31  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="visad-lite.jar"/> 
     32  <classpathentry exported="true" kind="lib" path="xmlrpc-1.2-b1.jar"/> 
    3133        <classpathentry kind="output" path="bin"/> 
    3234</classpath> 
  • trunk/scan-deps.pl

    r6026 r6045  
    317317  URL     => "http://developer.apple.com/samplecode/AppleJavaExtensions/", 
    318318  NOTES   => <<ZZ, 
    319 required to compile VisBio on non-Mac OS X machines 
     319required to compile Mac-specific functionality on non-Mac OS X machines 
    320320ZZ 
    321321); 
     
    463463Levenberg-Marquardt algorithm for exponential curve fitting, used by SLIM 
    464464Plotter 
     465ZZ 
     466); 
     467 
     468my %lwfStubs = ( 
     469  NAME    => "lwf-stubs", 
     470  TITLE   => "Luratech LuraWave stubs", 
     471  JAR     => "lwf-stubs.jar", 
     472  PACKAGE => "com.luratech.lwf", 
     473  LICENSE => "BSD", 
     474  URL     => "http://www.luratech.com/", 
     475  NOTES   => <<ZZ, 
     476required to compile Bio-Formats's support for Luratech LWF compression for 
     477the Opera Flex format 
    465478ZZ 
    466479); 
     
    571584 
    572585my %slf4j_api = ( 
    573   NAME    => "slf4j", 
     586  NAME    => "slf4j-api", 
    574587  TITLE   => "Simple Logging Facade for Java API", 
    575588  JAR     => "slf4j-api-1.5.10.jar", 
     
    584597 
    585598my %slf4j_impl = ( 
    586   NAME    => "slf4j", 
     599  NAME    => "slf4j-log4j", 
    587600  TITLE   => "Simple Logging Facade for Java Binding", 
    588601  JAR     => "slf4j-log4j12-1.5.10.jar", 
    589   PACKAGE => "org.slf4j", 
     602  PACKAGE => "org.slf4j.impl", 
    590603  LICENSE => "BSD", 
    591604  URL     => "http://www.slf4j.org/", 
     
    700713  \%junit, 
    701714  \%lma, 
     715  \%lwfStubs, 
    702716  \%log4j, 
    703717  \%looks, 
     
    750764    elsif (checkReflect($package, $path)) { 
    751765      push (@opt, $c2); 
    752       print STDERR "$name (reflected)\n"; 
     766      print STDERR "$name [reflected]\n"; 
    753767    } 
    754768  } 
     
    773787    elsif (checkReflect($package, $path)) { 
    774788      push (@opt, $l); 
    775       print STDERR "$name (reflected)\n"; 
     789      print STDERR "$name [reflected]\n"; 
    776790    } 
    777791  } 
     
    855869} 
    856870 
     871# -- DATA VERIFICATION -- 
     872 
    857873print STDERR "--== VERIFYING CLASSPATH MATCHES ==--\n\n"; 
    858874foreach my $c (@components) { 
     
    862878  my @libOpt = @{$$c{LIB_OPT}}; 
    863879  my $name = $$c{TITLE}; 
     880  my $path = $$c{PATH}; 
     881  my @deps; 
    864882 
    865883  # verify compile-time classpath 
    866   my @deps = (); 
     884  my @compile = (); 
    867885  foreach my $dep (@projDeps) { 
    868     push(@deps, "\${artifact.dir}/$$dep{JAR}"); 
     886    push(@compile, "\${artifact.dir}/$$dep{JAR}"); 
    869887  } 
    870888  foreach my $dep (@libDeps) { 
    871     push(@deps, "\${lib.dir}/$$dep{JAR}"); 
    872   } 
     889    push(@compile, "\${lib.dir}/$$dep{JAR}"); 
     890  } 
     891  @compile = sort @compile; 
    873892  my @cp = @{$$c{COMPILE}}; 
    874893  my $compileError = 0; 
    875   if (@deps != @cp) { 
     894  if (@compile != @cp) { 
    876895    print STDERR "Dependency mismatch for $name compile time classpath:\n"; 
    877896    $compileError = 1; 
     
    879898  else { 
    880899    for (my $i = 0; $i < @cp; $i++) { 
    881       my $depJar = $deps[$i]; 
     900      my $depJar = $compile[$i]; 
    882901      my $cpJar = $cp[$i]; 
    883902      if ($cpJar ne $depJar) { 
     
    904923  # verify Eclipse classpath 
    905924  @deps = (); 
     925  push(@deps, "src"); 
     926  if (-e "$path/test") { 
     927    push(@deps, "test"); 
     928  } 
     929  push(@deps, "org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"); 
    906930  foreach my $dep (@projDeps) { 
    907931    push(@deps, "/$$dep{NAME}"); 
     
    911935  } 
    912936  push(@deps, "build/classes"); 
    913   push(@deps, "org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"); 
    914   push(@deps, "src"); 
    915937  @deps = sort @deps; 
    916938  @cp = @{$$c{ECLIPSE}}; 
     
    946968 
    947969  # verify runtime classpath 
    948   @deps = (); 
    949   foreach my $dep (@projDeps) { 
    950     push(@deps, "\${artifact.dir}/$$dep{JAR}"); 
    951   } 
    952   foreach my $dep (@libDeps) { 
    953     push(@deps, "\${lib.dir}/$$dep{JAR}"); 
    954   } 
     970  my @runtime = (); 
    955971  foreach my $dep (@projOpt) { 
    956     push(@deps, "\${artifact.dir}/$$dep{JAR}"); 
     972    push(@runtime, "\${artifact.dir}/$$dep{JAR}"); 
    957973  } 
    958974  foreach my $dep (@libOpt) { 
    959     push(@deps, "\${lib.dir}/$$dep{JAR}"); 
    960   } 
     975    push(@runtime, "\${lib.dir}/$$dep{JAR}"); 
     976  } 
     977  @runtime = sort @runtime; 
     978  @deps = (@compile, @runtime); 
    961979  @cp = @{$$c{RUNTIME}}; 
    962980  my $runtimeError = 0; 
     
    11341152sub checkReflect { 
    11351153  my ($package, $path) = @_; 
    1136   return `find $path -name '*.java' | xargs grep -l "import $package\\."`; 
     1154  return `find $path -name '*.java' | xargs grep -l "optional $package"`; 
    11371155} 
    11381156 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.