Changeset 6157


Ignore:
Timestamp:
04/21/10 05:51:04 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

Passing tests for <Detector/>, <LightSource/> and its sub-classes. Type hierarchies should now be handled signficantly better. (OME-XML Subversion revision 513)

Location:
trunk/components/ome-xml
Files:
92 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AbstractOMEModelObject.java

    r6150 r6157  
    5151   */ 
    5252  public abstract Element asXMLElement(Document document); 
     53   
     54  /** 
     55   * Takes the entire object hierarchy and produced an XML DOM tree taking 
     56   * into account class hierarchy. 
     57   * @param document Destination document for element creation, etc. 
     58   * @param element Element from the subclass. If </code>null</code> a new 
     59   * element will be created of this class. 
     60   * @return <code>element</code> populated with properties from this class. 
     61   */ 
     62  protected Element asXMLElement(Document document, Element element) { 
     63    return element; 
     64  } 
    5365 
    5466} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Annotation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Annotation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    127126        { 
    128127                super(element); 
    129                 String tagName = element.getTagName(); 
    130                 if (!"Annotation".equals(tagName)) 
    131                 { 
    132                         // TODO: Should be its own Exception 
    133                         throw new RuntimeException(String.format( 
    134                                         "Expecting node name of Annotation got %s", 
    135                                         tagName)); 
    136                 } 
    137                 // Model object: None 
    138128                if (element.hasAttribute("Namespace")) 
    139129                { 
     
    142132                                        element.getAttribute("Namespace"))); 
    143133                } 
    144                 // Model object: None 
    145134                if (element.hasAttribute("ID")) 
    146135                { 
     
    149138                                        element.getAttribute("ID"))); 
    150139                } 
    151                 // Model object: None 
    152140                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    153                 // Model object: None 
    154141                // *** IGNORING *** Skipped back reference Pixels_BackReference 
    155                 // Model object: None 
    156142                // *** IGNORING *** Skipped back reference Plane_BackReference 
    157                 // Model object: None 
    158143                // *** IGNORING *** Skipped back reference Channel_BackReference 
    159                 // Model object: None 
    160144                // *** IGNORING *** Skipped back reference Project_BackReference 
    161                 // Model object: None 
    162145                // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    163                 // Model object: None 
    164146                // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
    165                 // Model object: None 
    166147                // *** IGNORING *** Skipped back reference Plate_BackReference 
    167                 // Model object: None 
    168148                // *** IGNORING *** Skipped back reference Reagent_BackReference 
    169                 // Model object: None 
    170149                // *** IGNORING *** Skipped back reference Screen_BackReference 
    171                 // Model object: None 
    172150                // *** IGNORING *** Skipped back reference PlateAcquisition_BackReference 
    173                 // Model object: None 
    174151                // *** IGNORING *** Skipped back reference Well_BackReference 
    175                 // Model object: None 
    176152                // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
    177                 // Model object: None 
    178153                // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
    179                 // Model object: None 
    180154                // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
    181                 // Model object: None 
    182155                // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    183156        } 
     
    238211 
    239212        // *** WARNING *** Unhandled or skipped property ListAnnotation_BackReference 
     213 
     214        protected Element asXMLElement(Document document, Element Annotation_element) 
     215        { 
     216                // Creating XML block for Annotation 
     217                if (Annotation_element == null) 
     218                { 
     219                        Annotation_element = document.createElement("Annotation"); 
     220                } 
     221                Annotation_element = super.asXMLElement(document, Annotation_element); 
     222 
     223                if (namespace != null) 
     224                { 
     225                        // Attribute property Namespace 
     226                        Annotation_element.setAttribute("Namespace", namespace.toString()); 
     227                } 
     228                if (id != null) 
     229                { 
     230                        // Attribute property ID 
     231                        Annotation_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
     232                } 
     233                return Annotation_element; 
     234        } 
    240235} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AnnotationRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.AnnotationRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element AnnotationRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for AnnotationRef 
    111                 Element AnnotationRef_element = document.createElement("AnnotationRef"); 
     114                if (AnnotationRef_element == null) 
     115                { 
     116                        AnnotationRef_element = document.createElement("AnnotationRef"); 
     117                } 
     118                AnnotationRef_element = super.asXMLElement(document, AnnotationRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Arc.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Arc 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("Type")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Arc_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Arc 
    111                 Element Arc_element = document.createElement("Arc"); 
     114                if (Arc_element == null) 
     115                { 
     116                        Arc_element = document.createElement("Arc"); 
     117                } 
     118                Arc_element = super.asXMLElement(document, Arc_element); 
     119 
    112120                if (type != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BooleanAnnotation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.BooleanAnnotation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
    8886                if (Value_nodeList.getLength() > 1) 
     
    116114        public Element asXMLElement(Document document) 
    117115        { 
     116                return asXMLElement(document, null); 
     117        } 
     118 
     119        protected Element asXMLElement(Document document, Element BooleanAnnotation_element) 
     120        { 
    118121                // Creating XML block for BooleanAnnotation 
    119                 Element BooleanAnnotation_element = document.createElement("BooleanAnnotation"); 
     122                if (BooleanAnnotation_element == null) 
     123                { 
     124                        BooleanAnnotation_element = document.createElement("BooleanAnnotation"); 
     125                } 
     126                BooleanAnnotation_element = super.asXMLElement(document, BooleanAnnotation_element); 
     127 
    120128                if (value != null) 
    121129                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Channel.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Channel 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138137                                        tagName)); 
    139138                } 
    140                 // Model object: None 
    141139                if (element.hasAttribute("PinholeSize")) 
    142140                { 
     
    145143                                        element.getAttribute("PinholeSize"))); 
    146144                } 
    147                 // Model object: None 
    148145                if (element.hasAttribute("Name")) 
    149146                { 
     
    152149                                        element.getAttribute("Name"))); 
    153150                } 
    154                 // Model object: None 
    155151                if (element.hasAttribute("AcquisitionMode")) 
    156152                { 
     
    159155                                        element.getAttribute("AcquisitionMode"))); 
    160156                } 
    161                 // Model object: None 
    162157                if (element.hasAttribute("Color")) 
    163158                { 
     
    166161                                        element.getAttribute("Color"))); 
    167162                } 
    168                 // Model object: None 
    169163                if (element.hasAttribute("ContrastMethod")) 
    170164                { 
     
    173167                                        element.getAttribute("ContrastMethod"))); 
    174168                } 
    175                 // Model object: None 
    176169                if (element.hasAttribute("ExcitationWavelength")) 
    177170                { 
     
    180173                                        element.getAttribute("ExcitationWavelength"))); 
    181174                } 
    182                 // Model object: None 
    183175                if (element.hasAttribute("IlluminationType")) 
    184176                { 
     
    187179                                        element.getAttribute("IlluminationType"))); 
    188180                } 
    189                 // Model object: None 
    190181                if (element.hasAttribute("Fluor")) 
    191182                { 
     
    194185                                        element.getAttribute("Fluor"))); 
    195186                } 
    196                 // Model object: None 
    197187                if (element.hasAttribute("PockelCellSetting")) 
    198188                { 
     
    201191                                        element.getAttribute("PockelCellSetting"))); 
    202192                } 
    203                 // Model object: None 
    204193                if (element.hasAttribute("EmissionWavelength")) 
    205194                { 
     
    208197                                        element.getAttribute("EmissionWavelength"))); 
    209198                } 
    210                 // Model object: None 
    211199                if (element.hasAttribute("NDFilter")) 
    212200                { 
     
    215203                                        element.getAttribute("NDFilter"))); 
    216204                } 
    217                 // Model object: None 
    218205                if (element.hasAttribute("ID")) 
    219206                { 
     
    222209                                        element.getAttribute("ID"))); 
    223210                } 
    224                 // Model object: None 
    225211                if (element.hasAttribute("SamplesPerPixel")) 
    226212                { 
     
    229215                                        element.getAttribute("SamplesPerPixel"))); 
    230216                } 
    231                 // Model object: None 
    232217                NodeList LightSourceSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSourceSettings"); 
    233218                if (LightSourceSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    245230                                        (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(0))); 
    246231                } 
    247                 // Model object: None 
    248232                // *** IGNORING *** Skipped back reference OTFRef 
    249                 // Model object: None 
    250233                NodeList DetectorSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("DetectorSettings"); 
    251234                if (DetectorSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    263246                                        (Element) DetectorSettings_nodeList.item(0))); 
    264247                } 
    265                 // Model object: None 
    266248                // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
    267                 // Model object: None 
    268249                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    269                 // Model object: None 
    270250                NodeList LightPath_nodeList = element.getElementsByTagName("LightPath"); 
    271251                if (LightPath_nodeList.getLength() > 1) 
     
    558538        public Element asXMLElement(Document document) 
    559539        { 
     540                return asXMLElement(document, null); 
     541        } 
     542 
     543        protected Element asXMLElement(Document document, Element Channel_element) 
     544        { 
    560545                // Creating XML block for Channel 
    561                 Element Channel_element = document.createElement("Channel"); 
     546                if (Channel_element == null) 
     547                { 
     548                        Channel_element = document.createElement("Channel"); 
     549                } 
     550                Channel_element = super.asXMLElement(document, Channel_element); 
     551 
    562552                if (pinholeSize != null) 
    563553                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelProfile.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ChannelProfile 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102101                                        tagName)); 
    103102                } 
    104                 // Model object: None 
    105103                if (element.hasAttribute("origin")) 
    106104                { 
     
    109107                                        element.getAttribute("origin"))); 
    110108                } 
    111                 // Model object: None 
    112109                NodeList Name_nodeList = element.getElementsByTagName("Name"); 
    113110                if (Name_nodeList.getLength() > 1) 
     
    124121                        setName(Name_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    125122                } 
    126                 // Model object: None 
    127123                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    128124                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    139135                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    140136                } 
    141                 // Model object: None 
    142137                NodeList LightSourceSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSourceSettings"); 
    143138                if (LightSourceSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    155150                                        (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(0))); 
    156151                } 
    157                 // Model object: None 
    158152                // *** IGNORING *** Skipped back reference OTFRef 
    159                 // Model object: None 
    160153                NodeList DetectorSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("DetectorSettings"); 
    161154                if (DetectorSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    173166                                        (Element) DetectorSettings_nodeList.item(0))); 
    174167                } 
    175                 // Model object: None 
    176168                // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
    177169        } 
     
    298290        public Element asXMLElement(Document document) 
    299291        { 
     292                return asXMLElement(document, null); 
     293        } 
     294 
     295        protected Element asXMLElement(Document document, Element ChannelProfile_element) 
     296        { 
    300297                // Creating XML block for ChannelProfile 
    301                 Element ChannelProfile_element = document.createElement("ChannelProfile"); 
     298                if (ChannelProfile_element == null) 
     299                { 
     300                        ChannelProfile_element = document.createElement("ChannelProfile"); 
     301                } 
     302                ChannelProfile_element = super.asXMLElement(document, ChannelProfile_element); 
     303 
    302304                if (origin != null) 
    303305                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ChannelRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element ChannelRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for ChannelRef 
    111                 Element ChannelRef_element = document.createElement("ChannelRef"); 
     114                if (ChannelRef_element == null) 
     115                { 
     116                        ChannelRef_element = document.createElement("ChannelRef"); 
     117                } 
     118                ChannelRef_element = super.asXMLElement(document, ChannelRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Contact.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Contact 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Contact_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Contact 
    111                 Element Contact_element = document.createElement("Contact"); 
     114                if (Contact_element == null) 
     115                { 
     116                        Contact_element = document.createElement("Contact"); 
     117                } 
     118                Contact_element = super.asXMLElement(document, Contact_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dataset.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Dataset 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    105104                                        tagName)); 
    106105                } 
    107                 // Model object: None 
    108106                if (element.hasAttribute("Name")) 
    109107                { 
     
    112110                                        element.getAttribute("Name"))); 
    113111                } 
    114                 // Model object: None 
    115112                if (element.hasAttribute("ID")) 
    116113                { 
     
    119116                                        element.getAttribute("ID"))); 
    120117                } 
    121                 // Model object: None 
    122118                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    123119                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    134130                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    135131                } 
    136                 // Model object: None 
    137132                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
    138                 // Model object: None 
    139133                // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
    140                 // Model object: None 
    141134                // *** IGNORING *** Skipped back reference ProjectRef 
    142                 // Model object: None 
    143135                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    144                 // Model object: None 
    145136                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    146137        } 
     
    338329        public Element asXMLElement(Document document) 
    339330        { 
     331                return asXMLElement(document, null); 
     332        } 
     333 
     334        protected Element asXMLElement(Document document, Element Dataset_element) 
     335        { 
    340336                // Creating XML block for Dataset 
    341                 Element Dataset_element = document.createElement("Dataset"); 
     337                if (Dataset_element == null) 
     338                { 
     339                        Dataset_element = document.createElement("Dataset"); 
     340                } 
     341                Dataset_element = super.asXMLElement(document, Dataset_element); 
     342 
    342343                if (name != null) 
    343344                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DatasetRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.DatasetRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element DatasetRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for DatasetRef 
    111                 Element DatasetRef_element = document.createElement("DatasetRef"); 
     114                if (DatasetRef_element == null) 
     115                { 
     116                        DatasetRef_element = document.createElement("DatasetRef"); 
     117                } 
     118                DatasetRef_element = super.asXMLElement(document, DatasetRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Detector.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Detector 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102101                                        tagName)); 
    103102                } 
    104                 // Model object: None 
    105103                if (element.hasAttribute("Zoom")) 
    106104                { 
     
    109107                                        element.getAttribute("Zoom"))); 
    110108                } 
    111                 // Model object: None 
    112109                if (element.hasAttribute("AmplificationGain")) 
    113110                { 
     
    116113                                        element.getAttribute("AmplificationGain"))); 
    117114                } 
    118                 // Model object: None 
    119115                if (element.hasAttribute("Gain")) 
    120116                { 
     
    123119                                        element.getAttribute("Gain"))); 
    124120                } 
    125                 // Model object: None 
    126121                if (element.hasAttribute("Offset")) 
    127122                { 
     
    130125                                        element.getAttribute("Offset"))); 
    131126                } 
    132                 // Model object: None 
    133127                if (element.hasAttribute("Type")) 
    134128                { 
     
    137131                                        element.getAttribute("Type"))); 
    138132                } 
    139                 // Model object: None 
    140133                if (element.hasAttribute("ID")) 
    141134                { 
     
    144137                                        element.getAttribute("ID"))); 
    145138                } 
    146                 // Model object: None 
    147139                if (element.hasAttribute("Voltage")) 
    148140                { 
     
    234226        public Element asXMLElement(Document document) 
    235227        { 
     228                return asXMLElement(document, null); 
     229        } 
     230 
     231        protected Element asXMLElement(Document document, Element Detector_element) 
     232        { 
    236233                // Creating XML block for Detector 
    237                 Element Detector_element = document.createElement("Detector"); 
     234                if (Detector_element == null) 
     235                { 
     236                        Detector_element = document.createElement("Detector"); 
     237                } 
     238                Detector_element = super.asXMLElement(document, Detector_element); 
     239 
    238240                if (zoom != null) 
    239241                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DetectorSettings.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.DetectorSettings 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9998                                        tagName)); 
    10099                } 
    101                 // Model object: None 
    102100                if (element.hasAttribute("Binning")) 
    103101                { 
     
    106104                                        element.getAttribute("Binning"))); 
    107105                } 
    108                 // Model object: None 
    109106                if (element.hasAttribute("ReadOutRate")) 
    110107                { 
     
    113110                                        element.getAttribute("ReadOutRate"))); 
    114111                } 
    115                 // Model object: None 
    116112                if (element.hasAttribute("Gain")) 
    117113                { 
     
    120116                                        element.getAttribute("Gain"))); 
    121117                } 
    122                 // Model object: None 
    123118                if (element.hasAttribute("Offset")) 
    124119                { 
     
    127122                                        element.getAttribute("Offset"))); 
    128123                } 
    129                 // Model object: None 
    130124                if (element.hasAttribute("ID")) 
    131125                { 
     
    134128                                        element.getAttribute("ID"))); 
    135129                } 
    136                 // Model object: None 
    137130                if (element.hasAttribute("Voltage")) 
    138131                { 
     
    213206        public Element asXMLElement(Document document) 
    214207        { 
     208                return asXMLElement(document, null); 
     209        } 
     210 
     211        protected Element asXMLElement(Document document, Element DetectorSettings_element) 
     212        { 
    215213                // Creating XML block for DetectorSettings 
    216                 Element DetectorSettings_element = document.createElement("DetectorSettings"); 
     214                if (DetectorSettings_element == null) 
     215                { 
     216                        DetectorSettings_element = document.createElement("DetectorSettings"); 
     217                } 
     218                DetectorSettings_element = super.asXMLElement(document, DetectorSettings_element); 
     219 
    217220                if (binning != null) 
    218221                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dichroic.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Dichroic 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9089                                        tagName)); 
    9190                } 
    92                 // Model object: None 
    9391                if (element.hasAttribute("ID")) 
    9492                { 
     
    9795                                        element.getAttribute("ID"))); 
    9896                } 
    99                 // Model object: None 
    10097                // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSet_BackReference 
    101                 // Model object: None 
    10298                // *** IGNORING *** Skipped back reference LightPath_BackReference 
    10399        } 
     
    180176        public Element asXMLElement(Document document) 
    181177        { 
     178                return asXMLElement(document, null); 
     179        } 
     180 
     181        protected Element asXMLElement(Document document, Element Dichroic_element) 
     182        { 
    182183                // Creating XML block for Dichroic 
    183                 Element Dichroic_element = document.createElement("Dichroic"); 
     184                if (Dichroic_element == null) 
     185                { 
     186                        Dichroic_element = document.createElement("Dichroic"); 
     187                } 
     188                Dichroic_element = super.asXMLElement(document, Dichroic_element); 
     189 
    184190                if (id != null) 
    185191                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DichroicRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.DichroicRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element DichroicRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for DichroicRef 
    111                 Element DichroicRef_element = document.createElement("DichroicRef"); 
     114                if (DichroicRef_element == null) 
     115                { 
     116                        DichroicRef_element = document.createElement("DichroicRef"); 
     117                } 
     118                DichroicRef_element = super.asXMLElement(document, DichroicRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DoubleAnnotation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.DoubleAnnotation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
    8886                if (Value_nodeList.getLength() > 1) 
     
    116114        public Element asXMLElement(Document document) 
    117115        { 
     116                return asXMLElement(document, null); 
     117        } 
     118 
     119        protected Element asXMLElement(Document document, Element DoubleAnnotation_element) 
     120        { 
    118121                // Creating XML block for DoubleAnnotation 
    119                 Element DoubleAnnotation_element = document.createElement("DoubleAnnotation"); 
     122                if (DoubleAnnotation_element == null) 
     123                { 
     124                        DoubleAnnotation_element = document.createElement("DoubleAnnotation"); 
     125                } 
     126                DoubleAnnotation_element = super.asXMLElement(document, DoubleAnnotation_element); 
     127 
    120128                if (value != null) 
    121129                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Ellipse.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Ellipse 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9392                                        tagName)); 
    9493                } 
    95                 // Model object: None 
    9694                if (element.hasAttribute("Y")) 
    9795                { 
     
    10098                                        element.getAttribute("Y"))); 
    10199                } 
    102                 // Model object: None 
    103100                if (element.hasAttribute("X")) 
    104101                { 
     
    107104                                        element.getAttribute("X"))); 
    108105                } 
    109                 // Model object: None 
    110106                if (element.hasAttribute("RadiusY")) 
    111107                { 
     
    114110                                        element.getAttribute("RadiusY"))); 
    115111                } 
    116                 // Model object: None 
    117112                if (element.hasAttribute("RadiusX")) 
    118113                { 
     
    171166        public Element asXMLElement(Document document) 
    172167        { 
     168                return asXMLElement(document, null); 
     169        } 
     170 
     171        protected Element asXMLElement(Document document, Element Ellipse_element) 
     172        { 
    173173                // Creating XML block for Ellipse 
    174                 Element Ellipse_element = document.createElement("Ellipse"); 
     174                if (Ellipse_element == null) 
     175                { 
     176                        Ellipse_element = document.createElement("Ellipse"); 
     177                } 
     178                Ellipse_element = super.asXMLElement(document, Ellipse_element); 
     179 
    175180                if (y != null) 
    176181                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experiment.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Experiment 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9998                                        tagName)); 
    10099                } 
    101                 // Model object: None 
    102100                if (element.hasAttribute("Type")) 
    103101                { 
     
    106104                                        element.getAttribute("Type"))); 
    107105                } 
    108                 // Model object: None 
    109106                if (element.hasAttribute("ID")) 
    110107                { 
     
    113110                                        element.getAttribute("ID"))); 
    114111                } 
    115                 // Model object: None 
    116112                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    117113                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    128124                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    129125                } 
    130                 // Model object: None 
    131126                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
    132                 // Model object: None 
    133127                // Element property MicrobeamManipulation which is complex (has 
    134128                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    136130                for (int i = 0; i < MicrobeamManipulation_nodeList.getLength(); i++) 
    137131                { 
    138                         addMicrobeamManipulation(new MicrobeamManipulation( 
    139                                         (Element) MicrobeamManipulation_nodeList.item(i))); 
    140                 } 
    141                 // Model object: None 
     132                        Element MicrobeamManipulation_element = (Element) MicrobeamManipulation_nodeList.item(i); 
     133                        addMicrobeamManipulation( 
     134                                        new MicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation_element)); 
     135                } 
    142136                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    143137        } 
     
    273267        public Element asXMLElement(Document document) 
    274268        { 
     269                return asXMLElement(document, null); 
     270        } 
     271 
     272        protected Element asXMLElement(Document document, Element Experiment_element) 
     273        { 
    275274                // Creating XML block for Experiment 
    276                 Element Experiment_element = document.createElement("Experiment"); 
     275                if (Experiment_element == null) 
     276                { 
     277                        Experiment_element = document.createElement("Experiment"); 
     278                } 
     279                Experiment_element = super.asXMLElement(document, Experiment_element); 
     280 
    277281                if (type != null) 
    278282                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimentRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ExperimentRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element ExperimentRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for ExperimentRef 
    111                 Element ExperimentRef_element = document.createElement("ExperimentRef"); 
     114                if (ExperimentRef_element == null) 
     115                { 
     116                        ExperimentRef_element = document.createElement("ExperimentRef"); 
     117                } 
     118                ExperimentRef_element = super.asXMLElement(document, ExperimentRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experimenter.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Experimenter 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    126125                                        tagName)); 
    127126                } 
    128                 // Model object: None 
    129127                if (element.hasAttribute("UserName")) 
    130128                { 
     
    133131                                        element.getAttribute("UserName"))); 
    134132                } 
    135                 // Model object: None 
    136133                if (element.hasAttribute("DisplayName")) 
    137134                { 
     
    140137                                        element.getAttribute("DisplayName"))); 
    141138                } 
    142                 // Model object: None 
    143139                if (element.hasAttribute("FirstName")) 
    144140                { 
     
    147143                                        element.getAttribute("FirstName"))); 
    148144                } 
    149                 // Model object: None 
    150145                if (element.hasAttribute("MiddleName")) 
    151146                { 
     
    154149                                        element.getAttribute("MiddleName"))); 
    155150                } 
    156                 // Model object: None 
    157151                if (element.hasAttribute("LastName")) 
    158152                { 
     
    161155                                        element.getAttribute("LastName"))); 
    162156                } 
    163                 // Model object: None 
    164157                if (element.hasAttribute("Email")) 
    165158                { 
     
    168161                                        element.getAttribute("Email"))); 
    169162                } 
    170                 // Model object: None 
    171163                if (element.hasAttribute("Institution")) 
    172164                { 
     
    175167                                        element.getAttribute("Institution"))); 
    176168                } 
    177                 // Model object: None 
    178169                if (element.hasAttribute("ID")) 
    179170                { 
     
    182173                                        element.getAttribute("ID"))); 
    183174                } 
    184                 // Model object: None 
    185175                // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
    186                 // Model object: None 
    187176                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    188                 // Model object: None 
    189177                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    190                 // Model object: None 
    191178                // *** IGNORING *** Skipped back reference MicrobeamManipulation_BackReference 
    192                 // Model object: None 
    193179                // *** IGNORING *** Skipped back reference Project_BackReference 
    194                 // Model object: None 
    195180                // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    196                 // Model object: None 
    197181                // *** IGNORING *** Skipped back reference Experiment_BackReference 
    198182        } 
     
    507491        public Element asXMLElement(Document document) 
    508492        { 
     493                return asXMLElement(document, null); 
     494        } 
     495 
     496        protected Element asXMLElement(Document document, Element Experimenter_element) 
     497        { 
    509498                // Creating XML block for Experimenter 
    510                 Element Experimenter_element = document.createElement("Experimenter"); 
     499                if (Experimenter_element == null) 
     500                { 
     501                        Experimenter_element = document.createElement("Experimenter"); 
     502                } 
     503                Experimenter_element = super.asXMLElement(document, Experimenter_element); 
     504 
    511505                if (userName != null) 
    512506                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimenterRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ExperimenterRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element ExperimenterRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for ExperimenterRef 
    111                 Element ExperimenterRef_element = document.createElement("ExperimenterRef"); 
     114                if (ExperimenterRef_element == null) 
     115                { 
     116                        ExperimenterRef_element = document.createElement("ExperimenterRef"); 
     117                } 
     118                ExperimenterRef_element = super.asXMLElement(document, ExperimenterRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filament.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Filament 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("Type")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Filament_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Filament 
    111                 Element Filament_element = document.createElement("Filament"); 
     114                if (Filament_element == null) 
     115                { 
     116                        Filament_element = document.createElement("Filament"); 
     117                } 
     118                Filament_element = super.asXMLElement(document, Filament_element); 
     119 
    112120                if (type != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FileAnnotation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.FileAnnotation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                NodeList BinaryFile_nodeList = element.getElementsByTagName("BinaryFile"); 
    8886                if (BinaryFile_nodeList.getLength() > 1) 
     
    116114        public Element asXMLElement(Document document) 
    117115        { 
     116                return asXMLElement(document, null); 
     117        } 
     118 
     119        protected Element asXMLElement(Document document, Element FileAnnotation_element) 
     120        { 
    118121                // Creating XML block for FileAnnotation 
    119                 Element FileAnnotation_element = document.createElement("FileAnnotation"); 
     122                if (FileAnnotation_element == null) 
     123                { 
     124                        FileAnnotation_element = document.createElement("FileAnnotation"); 
     125                } 
     126                FileAnnotation_element = super.asXMLElement(document, FileAnnotation_element); 
     127 
    120128                if (binaryFile != null) 
    121129                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filter.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Filter 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9998                                        tagName)); 
    10099                } 
    101                 // Model object: None 
    102100                if (element.hasAttribute("FilterWheel")) 
    103101                { 
     
    106104                                        element.getAttribute("FilterWheel"))); 
    107105                } 
    108                 // Model object: None 
    109106                if (element.hasAttribute("Type")) 
    110107                { 
     
    113110                                        element.getAttribute("Type"))); 
    114111                } 
    115                 // Model object: None 
    116112                if (element.hasAttribute("ID")) 
    117113                { 
     
    120116                                        element.getAttribute("ID"))); 
    121117                } 
    122                 // Model object: None 
    123118                NodeList TransmittanceRange_nodeList = element.getElementsByTagName("TransmittanceRange"); 
    124119                if (TransmittanceRange_nodeList.getLength() > 1) 
     
    136131                                        (Element) TransmittanceRange_nodeList.item(0))); 
    137132                } 
    138                 // Model object: None 
    139133                // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSet_BackReference 
    140                 // Model object: None 
    141134                // *** IGNORING *** Skipped back reference LightPath_BackReference 
    142135        } 
     
    252245        public Element asXMLElement(Document document) 
    253246        { 
     247                return asXMLElement(document, null); 
     248        } 
     249 
     250        protected Element asXMLElement(Document document, Element Filter_element) 
     251        { 
    254252                // Creating XML block for Filter 
    255                 Element Filter_element = document.createElement("Filter"); 
     253                if (Filter_element == null) 
     254                { 
     255                        Filter_element = document.createElement("Filter"); 
     256                } 
     257                Filter_element = super.asXMLElement(document, Filter_element); 
     258 
    256259                if (filterWheel != null) 
    257260                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.FilterRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element FilterRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for FilterRef 
    111                 Element FilterRef_element = document.createElement("FilterRef"); 
     114                if (FilterRef_element == null) 
     115                { 
     116                        FilterRef_element = document.createElement("FilterRef"); 
     117                } 
     118                FilterRef_element = super.asXMLElement(document, FilterRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSet.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.FilterSet 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102101                                        tagName)); 
    103102                } 
    104                 // Model object: None 
    105103                if (element.hasAttribute("ID")) 
    106104                { 
     
    109107                                        element.getAttribute("ID"))); 
    110108                } 
    111                 // Model object: None 
    112109                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExcitationFilterRef 
    113                 // Model object: None 
    114110                // *** IGNORING *** Skipped back reference DichroicRef 
    115                 // Model object: None 
    116111                // *** IGNORING *** Skipped back reference EmissionFilterRef 
    117                 // Model object: None 
    118112                // *** IGNORING *** Skipped back reference Channel_BackReference 
    119                 // Model object: None 
    120113                // *** IGNORING *** Skipped back reference OTF_BackReference 
    121                 // Model object: None 
    122114                // *** IGNORING *** Skipped back reference ChannelProfile_BackReference 
    123115        } 
     
    324316        public Element asXMLElement(Document document) 
    325317        { 
     318                return asXMLElement(document, null); 
     319        } 
     320 
     321        protected Element asXMLElement(Document document, Element FilterSet_element) 
     322        { 
    326323                // Creating XML block for FilterSet 
    327                 Element FilterSet_element = document.createElement("FilterSet"); 
     324                if (FilterSet_element == null) 
     325                { 
     326                        FilterSet_element = document.createElement("FilterSet"); 
     327                } 
     328                FilterSet_element = super.asXMLElement(document, FilterSet_element); 
     329 
    328330                if (id != null) 
    329331                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSetRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.FilterSetRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element FilterSetRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for FilterSetRef 
    111                 Element FilterSetRef_element = document.createElement("FilterSetRef"); 
     114                if (FilterSetRef_element == null) 
     115                { 
     116                        FilterSetRef_element = document.createElement("FilterSetRef"); 
     117                } 
     118                FilterSetRef_element = super.asXMLElement(document, FilterSetRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Group.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Group 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108107                                        tagName)); 
    109108                } 
    110                 // Model object: None 
    111109                if (element.hasAttribute("Name")) 
    112110                { 
     
    115113                                        element.getAttribute("Name"))); 
    116114                } 
    117                 // Model object: None 
    118115                if (element.hasAttribute("ID")) 
    119116                { 
     
    122119                                        element.getAttribute("ID"))); 
    123120                } 
    124                 // Model object: None 
    125121                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    126122                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    137133                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    138134                } 
    139                 // Model object: None 
    140135                NodeList Leader_nodeList = element.getElementsByTagName("Leader"); 
    141136                if (Leader_nodeList.getLength() > 1) 
     
    153148                                        (Element) Leader_nodeList.item(0))); 
    154149                } 
    155                 // Model object: None 
    156150                NodeList Contact_nodeList = element.getElementsByTagName("Contact"); 
    157151                if (Contact_nodeList.getLength() > 1) 
     
    169163                                        (Element) Contact_nodeList.item(0))); 
    170164                } 
    171                 // Model object: None 
    172165                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    173                 // Model object: None 
    174166                // *** IGNORING *** Skipped back reference Project_BackReference 
    175                 // Model object: None 
    176167                // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    177                 // Model object: None 
    178168                // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
    179169        } 
     
    362352        public Element asXMLElement(Document document) 
    363353        { 
     354                return asXMLElement(document, null); 
     355        } 
     356 
     357        protected Element asXMLElement(Document document, Element Group_element) 
     358        { 
    364359                // Creating XML block for Group 
    365                 Element Group_element = document.createElement("Group"); 
     360                if (Group_element == null) 
     361                { 
     362                        Group_element = document.createElement("Group"); 
     363                } 
     364                Group_element = super.asXMLElement(document, Group_element); 
     365 
    366366                if (name != null) 
    367367                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/GroupRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.GroupRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element GroupRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for GroupRef 
    111                 Element GroupRef_element = document.createElement("GroupRef"); 
     114                if (GroupRef_element == null) 
     115                { 
     116                        GroupRef_element = document.createElement("GroupRef"); 
     117                } 
     118                GroupRef_element = super.asXMLElement(document, GroupRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Image.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Image 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    132131                                        tagName)); 
    133132                } 
    134                 // Model object: None 
    135133                if (element.hasAttribute("ID")) 
    136134                { 
     
    139137                                        element.getAttribute("ID"))); 
    140138                } 
    141                 // Model object: None 
    142139                if (element.hasAttribute("Name")) 
    143140                { 
     
    146143                                        element.getAttribute("Name"))); 
    147144                } 
    148                 // Model object: None 
    149145                NodeList AcquiredDate_nodeList = element.getElementsByTagName("AcquiredDate"); 
    150146                if (AcquiredDate_nodeList.getLength() > 1) 
     
    161157                        setAcquiredDate(AcquiredDate_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    162158                } 
    163                 // Model object: None 
    164159                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
    165                 // Model object: None 
    166160                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    167161                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    178172                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    179173                } 
    180                 // Model object: None 
    181174                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimentRef 
    182                 // Model object: None 
    183175                // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
    184                 // Model object: None 
    185176                // *** IGNORING *** Skipped back reference DatasetRef 
    186                 // Model object: None 
    187177                // *** IGNORING *** Skipped back reference InstrumentRef 
    188                 // Model object: None 
    189178                NodeList ObjectiveSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("ObjectiveSettings"); 
    190179                if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    202191                                        (Element) ObjectiveSettings_nodeList.item(0))); 
    203192                } 
    204                 // Model object: None 
    205193                NodeList ImagingEnvironment_nodeList = element.getElementsByTagName("ImagingEnvironment"); 
    206194                if (ImagingEnvironment_nodeList.getLength() > 1) 
     
    218206                                        (Element) ImagingEnvironment_nodeList.item(0))); 
    219207                } 
    220                 // Model object: None 
    221208                NodeList StageLabel_nodeList = element.getElementsByTagName("StageLabel"); 
    222209                if (StageLabel_nodeList.getLength() > 1) 
     
    234221                                        (Element) StageLabel_nodeList.item(0))); 
    235222                } 
    236                 // Model object: None 
    237223                NodeList Pixels_nodeList = element.getElementsByTagName("Pixels"); 
    238224                if (Pixels_nodeList.getLength() > 1) 
     
    250236                                        (Element) Pixels_nodeList.item(0))); 
    251237                } 
    252                 // Model object: None 
    253238                // *** IGNORING *** Skipped back reference ROIRef 
    254                 // Model object: None 
    255239                // *** IGNORING *** Skipped back reference MicrobeamManipulationRef 
    256                 // Model object: None 
    257240                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    258                 // Model object: None 
    259241                // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
    260242        } 
     
    631613        public Element asXMLElement(Document document) 
    632614        { 
     615                return asXMLElement(document, null); 
     616        } 
     617 
     618        protected Element asXMLElement(Document document, Element Image_element) 
     619        { 
    633620                // Creating XML block for Image 
    634                 Element Image_element = document.createElement("Image"); 
     621                if (Image_element == null) 
     622                { 
     623                        Image_element = document.createElement("Image"); 
     624                } 
     625                Image_element = super.asXMLElement(document, Image_element); 
     626 
    635627                if (id != null) 
    636628                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageProfile.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ImageProfile 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9695                                        tagName)); 
    9796                } 
    98                 // Model object: None 
    9997                if (element.hasAttribute("origin")) 
    10098                { 
     
    103101                                        element.getAttribute("origin"))); 
    104102                } 
    105                 // Model object: None 
    106103                NodeList Name_nodeList = element.getElementsByTagName("Name"); 
    107104                if (Name_nodeList.getLength() > 1) 
     
    118115                        setName(Name_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    119116                } 
    120                 // Model object: None 
    121117                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    122118                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    133129                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    134130                } 
    135                 // Model object: None 
    136131                // *** IGNORING *** Skipped back reference InstrumentRef 
    137                 // Model object: None 
    138132                NodeList ObjectiveSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("ObjectiveSettings"); 
    139133                if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    232226        public Element asXMLElement(Document document) 
    233227        { 
     228                return asXMLElement(document, null); 
     229        } 
     230 
     231        protected Element asXMLElement(Document document, Element ImageProfile_element) 
     232        { 
    234233                // Creating XML block for ImageProfile 
    235                 Element ImageProfile_element = document.createElement("ImageProfile"); 
     234                if (ImageProfile_element == null) 
     235                { 
     236                        ImageProfile_element = document.createElement("ImageProfile"); 
     237                } 
     238                ImageProfile_element = super.asXMLElement(document, ImageProfile_element); 
     239 
    236240                if (origin != null) 
    237241                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ImageRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element ImageRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for ImageRef 
    111                 Element ImageRef_element = document.createElement("ImageRef"); 
     114                if (ImageRef_element == null) 
     115                { 
     116                        ImageRef_element = document.createElement("ImageRef"); 
     117                } 
     118                ImageRef_element = super.asXMLElement(document, ImageRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImagingEnvironment.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ImagingEnvironment 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9392                                        tagName)); 
    9493                } 
    95                 // Model object: None 
    9694                if (element.hasAttribute("CO2Percent")) 
    9795                { 
     
    10098                                        element.getAttribute("CO2Percent"))); 
    10199                } 
    102                 // Model object: None 
    103100                if (element.hasAttribute("Temperature")) 
    104101                { 
     
    107104                                        element.getAttribute("Temperature"))); 
    108105                } 
    109                 // Model object: None 
    110106                if (element.hasAttribute("AirPressure")) 
    111107                { 
     
    114110                                        element.getAttribute("AirPressure"))); 
    115111                } 
    116                 // Model object: None 
    117112                if (element.hasAttribute("Humidity")) 
    118113                { 
     
    171166        public Element asXMLElement(Document document) 
    172167        { 
     168                return asXMLElement(document, null); 
     169        } 
     170 
     171        protected Element asXMLElement(Document document, Element ImagingEnvironment_element) 
     172        { 
    173173                // Creating XML block for ImagingEnvironment 
    174                 Element ImagingEnvironment_element = document.createElement("ImagingEnvironment"); 
     174                if (ImagingEnvironment_element == null) 
     175                { 
     176                        ImagingEnvironment_element = document.createElement("ImagingEnvironment"); 
     177                } 
     178                ImagingEnvironment_element = super.asXMLElement(document, ImagingEnvironment_element); 
     179 
    175180                if (co2percent != null) 
    176181                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Instrument.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Instrument 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    114113                                        tagName)); 
    115114                } 
    116                 // Model object: None 
    117115                if (element.hasAttribute("ID")) 
    118116                { 
     
    121119                                        element.getAttribute("ID"))); 
    122120                } 
    123                 // Model object: None 
    124121                NodeList Microscope_nodeList = element.getElementsByTagName("Microscope"); 
    125122                if (Microscope_nodeList.getLength() > 1) 
     
    137134                                        (Element) Microscope_nodeList.item(0))); 
    138135                } 
    139                 // Model object: None 
    140136                // Element property LightSource which is complex (has 
    141                 // sub-elements) and occurs more than once 
    142                 NodeList LightSource_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSource"); 
    143                 for (int i = 0; i < LightSource_nodeList.getLength(); i++) 
    144                 { 
    145 // FIXME: Manual hack! 
    146 //                      addLightSource(new LightSource( 
    147 //                                      (Element) LightSource_nodeList.item(i))); 
    148                 } 
    149                 // Model object: None 
     137                // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
     138                // object type is also abstract so we need to have a handler for 
     139                // each "subclass". 
     140                NodeList Laser_nodeList = element.getElementsByTagName("Laser"); 
     141                for (int i = 0; i < Laser_nodeList.getLength(); i++) 
     142                { 
     143                        Element Laser_element = (Element) Laser_nodeList.item(i); 
     144                        addLightSource( 
     145                                        new Laser(Laser_element)); 
     146                } 
     147                // Element property LightSource which is complex (has 
     148                // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
     149                // object type is also abstract so we need to have a handler for 
     150                // each "subclass". 
     151                NodeList Filament_nodeList = element.getElementsByTagName("Filament"); 
     152                for (int i = 0; i < Filament_nodeList.getLength(); i++) 
     153                { 
     154                        Element Filament_element = (Element) Filament_nodeList.item(i); 
     155                        addLightSource( 
     156                                        new Filament(Filament_element)); 
     157                } 
     158                // Element property LightSource which is complex (has 
     159                // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
     160                // object type is also abstract so we need to have a handler for 
     161                // each "subclass". 
     162                NodeList Arc_nodeList = element.getElementsByTagName("Arc"); 
     163                for (int i = 0; i < Arc_nodeList.getLength(); i++) 
     164                { 
     165                        Element Arc_element = (Element) Arc_nodeList.item(i); 
     166                        addLightSource( 
     167                                        new Arc(Arc_element)); 
     168                } 
     169                // Element property LightSource which is complex (has 
     170                // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
     171                // object type is also abstract so we need to have a handler for 
     172                // each "subclass". 
     173                NodeList LightEmittingDiode_nodeList = element.getElementsByTagName("LightEmittingDiode"); 
     174                for (int i = 0; i < LightEmittingDiode_nodeList.getLength(); i++) 
     175                { 
     176                        Element LightEmittingDiode_element = (Element) LightEmittingDiode_nodeList.item(i); 
     177                        addLightSource( 
     178                                        new LightEmittingDiode(LightEmittingDiode_element)); 
     179                } 
    150180                // Element property Detector which is complex (has 
    151181                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    153183                for (int i = 0; i < Detector_nodeList.getLength(); i++) 
    154184                { 
    155                         addDetector(new Detector( 
    156                                         (Element) Detector_nodeList.item(i))); 
    157                 } 
    158                 // Model object: None 
     185                        Element Detector_element = (Element) Detector_nodeList.item(i); 
     186                        addDetector( 
     187                                        new Detector(Detector_element)); 
     188                } 
    159189                // Element property Objective which is complex (has 
    160190                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    162192                for (int i = 0; i < Objective_nodeList.getLength(); i++) 
    163193                { 
    164                         addObjective(new Objective( 
    165                                         (Element) Objective_nodeList.item(i))); 
    166                 } 
    167                 // Model object: None 
     194                        Element Objective_element = (Element) Objective_nodeList.item(i); 
     195                        addObjective( 
     196                                        new Objective(Objective_element)); 
     197                } 
    168198                // Element property FilterSet which is complex (has 
    169199                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    171201                for (int i = 0; i < FilterSet_nodeList.getLength(); i++) 
    172202                { 
    173                         addFilterSet(new FilterSet( 
    174                                         (Element) FilterSet_nodeList.item(i))); 
    175                 } 
    176                 // Model object: None 
     203                        Element FilterSet_element = (Element) FilterSet_nodeList.item(i); 
     204                        addFilterSet( 
     205                                        new FilterSet(FilterSet_element)); 
     206                } 
    177207                // Element property Filter which is complex (has 
    178208                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    180210                for (int i = 0; i < Filter_nodeList.getLength(); i++) 
    181211                { 
    182                         addFilter(new Filter( 
    183                                         (Element) Filter_nodeList.item(i))); 
    184                 } 
    185                 // Model object: None 
     212                        Element Filter_element = (Element) Filter_nodeList.item(i); 
     213                        addFilter( 
     214                                        new Filter(Filter_element)); 
     215                } 
    186216                // Element property Dichroic which is complex (has 
    187217                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    189219                for (int i = 0; i < Dichroic_nodeList.getLength(); i++) 
    190220                { 
    191                         addDichroic(new Dichroic( 
    192                                         (Element) Dichroic_nodeList.item(i))); 
    193                 } 
    194                 // Model object: None 
     221                        Element Dichroic_element = (Element) Dichroic_nodeList.item(i); 
     222                        addDichroic( 
     223                                        new Dichroic(Dichroic_element)); 
     224                } 
    195225                // Element property OTF which is complex (has 
    196226                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    198228                for (int i = 0; i < OTF_nodeList.getLength(); i++) 
    199229                { 
    200                         addOTF(new OTF( 
    201                                         (Element) OTF_nodeList.item(i))); 
    202                 } 
    203                 // Model object: None 
     230                        Element OTF_element = (Element) OTF_nodeList.item(i); 
     231                        addOTF( 
     232                                        new OTF(OTF_element)); 
     233                } 
    204234                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    205                 // Model object: None 
    206235                // *** IGNORING *** Skipped back reference ImageProfile_BackReference 
    207236        } 
     
    512541        public Element asXMLElement(Document document) 
    513542        { 
     543                return asXMLElement(document, null); 
     544        } 
     545 
     546        protected Element asXMLElement(Document document, Element Instrument_element) 
     547        { 
    514548                // Creating XML block for Instrument 
    515                 Element Instrument_element = document.createElement("Instrument"); 
     549                if (Instrument_element == null) 
     550                { 
     551                        Instrument_element = document.createElement("Instrument"); 
     552                } 
     553                Instrument_element = super.asXMLElement(document, Instrument_element); 
     554 
    516555                if (id != null) 
    517556                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/InstrumentRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.InstrumentRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element InstrumentRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for InstrumentRef 
    111                 Element InstrumentRef_element = document.createElement("InstrumentRef"); 
     114                if (InstrumentRef_element == null) 
     115                { 
     116                        InstrumentRef_element = document.createElement("InstrumentRef"); 
     117                } 
     118                InstrumentRef_element = super.asXMLElement(document, InstrumentRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Laser.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Laser 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108107                                        tagName)); 
    109108                } 
    110                 // Model object: None 
    111109                if (element.hasAttribute("PockelCell")) 
    112110                { 
     
    115113                                        element.getAttribute("PockelCell"))); 
    116114                } 
    117                 // Model object: None 
    118115                if (element.hasAttribute("Pulse")) 
    119116                { 
     
    122119                                        element.getAttribute("Pulse"))); 
    123120                } 
    124                 // Model object: None 
    125121                if (element.hasAttribute("LaserMedium")) 
    126122                { 
     
    129125                                        element.getAttribute("LaserMedium"))); 
    130126                } 
    131                 // Model object: None 
    132127                if (element.hasAttribute("Tuneable")) 
    133128                { 
     
    136131                                        element.getAttribute("Tuneable"))); 
    137132                } 
    138                 // Model object: None 
    139133                if (element.hasAttribute("Wavelength")) 
    140134                { 
     
    143137                                        element.getAttribute("Wavelength"))); 
    144138                } 
    145                 // Model object: None 
    146139                if (element.hasAttribute("FrequencyMultiplication")) 
    147140                { 
     
    150143                                        element.getAttribute("FrequencyMultiplication"))); 
    151144                } 
    152                 // Model object: None 
    153145                if (element.hasAttribute("Type")) 
    154146                { 
     
    157149                                        element.getAttribute("Type"))); 
    158150                } 
    159                 // Model object: None 
    160151                if (element.hasAttribute("RepetitionRate")) 
    161152                { 
     
    164155                                        element.getAttribute("RepetitionRate"))); 
    165156                } 
    166                 // Model object: None 
    167157                NodeList Pump_nodeList = element.getElementsByTagName("Pump"); 
    168158                if (Pump_nodeList.getLength() > 1) 
     
    285275        public Element asXMLElement(Document document) 
    286276        { 
     277                return asXMLElement(document, null); 
     278        } 
     279 
     280        protected Element asXMLElement(Document document, Element Laser_element) 
     281        { 
    287282                // Creating XML block for Laser 
    288                 Element Laser_element = document.createElement("Laser"); 
     283                if (Laser_element == null) 
     284                { 
     285                        Laser_element = document.createElement("Laser"); 
     286                } 
     287                Laser_element = super.asXMLElement(document, Laser_element); 
     288 
    289289                if (pockelCell != null) 
    290290                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Leader.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Leader 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Leader_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Leader 
    111                 Element Leader_element = document.createElement("Leader"); 
     114                if (Leader_element == null) 
     115                { 
     116                        Leader_element = document.createElement("Leader"); 
     117                } 
     118                Leader_element = super.asXMLElement(document, Leader_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightEmittingDiode.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.LightEmittingDiode 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786        public Element asXMLElement(Document document) 
    8887        { 
     88                return asXMLElement(document, null); 
     89        } 
     90 
     91        protected Element asXMLElement(Document document, Element LightEmittingDiode_element) 
     92        { 
    8993                // Creating XML block for LightEmittingDiode 
    90                 Element LightEmittingDiode_element = document.createElement("LightEmittingDiode"); 
     94                if (LightEmittingDiode_element == null) 
     95                { 
     96                        LightEmittingDiode_element = document.createElement("LightEmittingDiode"); 
     97                } 
     98                LightEmittingDiode_element = super.asXMLElement(document, LightEmittingDiode_element); 
     99 
    91100                return LightEmittingDiode_element; 
    92101        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightPath.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.LightPath 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9089                                        tagName)); 
    9190                } 
    92                 // Model object: None 
    9391                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExcitationFilterRef 
    94                 // Model object: None 
    9592                // *** IGNORING *** Skipped back reference DichroicRef 
    96                 // Model object: None 
    9793                // *** IGNORING *** Skipped back reference EmissionFilterRef 
    9894        } 
     
    195191        public Element asXMLElement(Document document) 
    196192        { 
     193                return asXMLElement(document, null); 
     194        } 
     195 
     196        protected Element asXMLElement(Document document, Element LightPath_element) 
     197        { 
    197198                // Creating XML block for LightPath 
    198                 Element LightPath_element = document.createElement("LightPath"); 
     199                if (LightPath_element == null) 
     200                { 
     201                        LightPath_element = document.createElement("LightPath"); 
     202                } 
     203                LightPath_element = super.asXMLElement(document, LightPath_element); 
     204 
    199205                if (excitationFilterList != null) 
    200206                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSource.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.LightSource 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786        { 
    8887                super(element); 
    89                 String tagName = element.getTagName(); 
    90                 if (!"LightSource".equals(tagName)) 
    91                 { 
    92                         // TODO: Should be its own Exception 
    93                         throw new RuntimeException(String.format( 
    94                                         "Expecting node name of LightSource got %s", 
    95                                         tagName)); 
    96                 } 
    97                 // Model object: None 
    9888                if (element.hasAttribute("ID")) 
    9989                { 
     
    10292                                        element.getAttribute("ID"))); 
    10393                } 
    104                 // Model object: None 
    10594                if (element.hasAttribute("Power")) 
    10695                { 
     
    10998                                        element.getAttribute("Power"))); 
    11099                } 
    111                 // Model object: None 
    112100                NodeList Laser_nodeList = element.getElementsByTagName("Laser"); 
    113101                if (Laser_nodeList.getLength() > 1) 
     
    121109                { 
    122110                } 
    123                 // Model object: None 
    124111                NodeList Filament_nodeList = element.getElementsByTagName("Filament"); 
    125112                if (Filament_nodeList.getLength() > 1) 
     
    133120                { 
    134121                } 
    135                 // Model object: None 
    136122                NodeList Arc_nodeList = element.getElementsByTagName("Arc"); 
    137123                if (Arc_nodeList.getLength() > 1) 
     
    145131                { 
    146132                } 
    147                 // Model object: None 
    148133                NodeList LightEmittingDiode_nodeList = element.getElementsByTagName("LightEmittingDiode"); 
    149134                if (LightEmittingDiode_nodeList.getLength() > 1) 
     
    190175 
    191176        // *** WARNING *** Unhandled or skipped property LightEmittingDiode 
     177 
     178        protected Element asXMLElement(Document document, Element LightSource_element) 
     179        { 
     180                // Creating XML block for LightSource 
     181                if (LightSource_element == null) 
     182                { 
     183                        LightSource_element = document.createElement("LightSource"); 
     184                } 
     185                LightSource_element = super.asXMLElement(document, LightSource_element); 
     186 
     187                if (id != null) 
     188                { 
     189                        // Attribute property ID 
     190                        LightSource_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
     191                } 
     192                if (power != null) 
     193                { 
     194                        // Attribute property Power 
     195                        LightSource_element.setAttribute("Power", power.toString()); 
     196                } 
     197                return LightSource_element; 
     198        } 
    192199} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSourceSettings.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.LightSourceSettings 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9089                                        tagName)); 
    9190                } 
    92                 // Model object: None 
    9391                if (element.hasAttribute("Wavelength")) 
    9492                { 
     
    9795                                        element.getAttribute("Wavelength"))); 
    9896                } 
    99                 // Model object: None 
    10097                if (element.hasAttribute("Attenuation")) 
    10198                { 
     
    104101                                        element.getAttribute("Attenuation"))); 
    105102                } 
    106                 // Model object: None 
    107103                if (element.hasAttribute("ID")) 
    108104                { 
     
    150146        public Element asXMLElement(Document document) 
    151147        { 
     148                return asXMLElement(document, null); 
     149        } 
     150 
     151        protected Element asXMLElement(Document document, Element LightSourceSettings_element) 
     152        { 
    152153                // Creating XML block for LightSourceSettings 
    153                 Element LightSourceSettings_element = document.createElement("LightSourceSettings"); 
     154                if (LightSourceSettings_element == null) 
     155                { 
     156                        LightSourceSettings_element = document.createElement("LightSourceSettings"); 
     157                } 
     158                LightSourceSettings_element = super.asXMLElement(document, LightSourceSettings_element); 
     159 
    154160                if (wavelength != null) 
    155161                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Line.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Line 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9392                                        tagName)); 
    9493                } 
    95                 // Model object: None 
    9694                if (element.hasAttribute("Y1")) 
    9795                { 
     
    10098                                        element.getAttribute("Y1"))); 
    10199                } 
    102                 // Model object: None 
    103100                if (element.hasAttribute("X2")) 
    104101                { 
     
    107104                                        element.getAttribute("X2"))); 
    108105                } 
    109                 // Model object: None 
    110106                if (element.hasAttribute("X1")) 
    111107                { 
     
    114110                                        element.getAttribute("X1"))); 
    115111                } 
    116                 // Model object: None 
    117112                if (element.hasAttribute("Y2")) 
    118113                { 
     
    171166        public Element asXMLElement(Document document) 
    172167        { 
     168                return asXMLElement(document, null); 
     169        } 
     170 
     171        protected Element asXMLElement(Document document, Element Line_element) 
     172        { 
    173173                // Creating XML block for Line 
    174                 Element Line_element = document.createElement("Line"); 
     174                if (Line_element == null) 
     175                { 
     176                        Line_element = document.createElement("Line"); 
     177                } 
     178                Line_element = super.asXMLElement(document, Line_element); 
     179 
    175180                if (y1 != null) 
    176181                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ListAnnotation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ListAnnotation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    8886        } 
     
    123121        public Element asXMLElement(Document document) 
    124122        { 
     123                return asXMLElement(document, null); 
     124        } 
     125 
     126        protected Element asXMLElement(Document document, Element ListAnnotation_element) 
     127        { 
    125128                // Creating XML block for ListAnnotation 
    126                 Element ListAnnotation_element = document.createElement("ListAnnotation"); 
     129                if (ListAnnotation_element == null) 
     130                { 
     131                        ListAnnotation_element = document.createElement("ListAnnotation"); 
     132                } 
     133                ListAnnotation_element = super.asXMLElement(document, ListAnnotation_element); 
     134 
    127135                if (annotationList != null) 
    128136                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LongAnnotation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.LongAnnotation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
    8886                if (Value_nodeList.getLength() > 1) 
     
    116114        public Element asXMLElement(Document document) 
    117115        { 
     116                return asXMLElement(document, null); 
     117        } 
     118 
     119        protected Element asXMLElement(Document document, Element LongAnnotation_element) 
     120        { 
    118121                // Creating XML block for LongAnnotation 
    119                 Element LongAnnotation_element = document.createElement("LongAnnotation"); 
     122                if (LongAnnotation_element == null) 
     123                { 
     124                        LongAnnotation_element = document.createElement("LongAnnotation"); 
     125                } 
     126                LongAnnotation_element = super.asXMLElement(document, LongAnnotation_element); 
     127 
    120128                if (value != null) 
    121129                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ManufacturerSpec.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ManufacturerSpec 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    5150import ome.xml.r201004.enums.*; 
    5251 
    53 public class ManufacturerSpec extends AbstractOMEModelObject 
     52public abstract class ManufacturerSpec extends AbstractOMEModelObject 
    5453{ 
    5554        // -- Instance variables -- 
     
    8584        { 
    8685                super(element); 
    87                 String tagName = element.getTagName(); 
    88                 if (!"ManufacturerSpec".equals(tagName)) 
    89                 { 
    90                         // TODO: Should be its own Exception 
    91                         throw new RuntimeException(String.format( 
    92                                         "Expecting node name of ManufacturerSpec got %s", 
    93                                         tagName)); 
    94                 } 
    95                 // Model object: None 
    9686                if (element.hasAttribute("LotNumber")) 
    9787                { 
     
    10090                                        element.getAttribute("LotNumber"))); 
    10191                } 
    102                 // Model object: None 
    10392                if (element.hasAttribute("Model")) 
    10493                { 
     
    10796                                        element.getAttribute("Model"))); 
    10897                } 
    109                 // Model object: None 
    11098                if (element.hasAttribute("SerialNumber")) 
    11199                { 
     
    114102                                        element.getAttribute("SerialNumber"))); 
    115103                } 
    116                 // Model object: None 
    117104                if (element.hasAttribute("Manufacturer")) 
    118105                { 
     
    169156        } 
    170157 
    171         public Element asXMLElement(Document document) 
     158        protected Element asXMLElement(Document document, Element ManufacturerSpec_element) 
    172159        { 
    173160                // Creating XML block for ManufacturerSpec 
    174                 Element ManufacturerSpec_element = document.createElement("ManufacturerSpec"); 
     161                if (ManufacturerSpec_element == null) 
     162                { 
     163                        ManufacturerSpec_element = document.createElement("ManufacturerSpec"); 
     164                } 
     165                ManufacturerSpec_element = super.asXMLElement(document, ManufacturerSpec_element); 
     166 
    175167                if (lotNumber != null) 
    176168                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Mask.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Mask 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9089                                        tagName)); 
    9190                } 
    92                 // Model object: None 
    9391                if (element.hasAttribute("Y")) 
    9492                { 
     
    9795                                        element.getAttribute("Y"))); 
    9896                } 
    99                 // Model object: None 
    10097                if (element.hasAttribute("X")) 
    10198                { 
     
    104101                                        element.getAttribute("X"))); 
    105102                } 
    106                 // Model object: None 
    107103                // Element property BinData which is not complex (has no 
    108104                // sub-elements) which occurs more than once 
     
    172168        public Element asXMLElement(Document document) 
    173169        { 
     170                return asXMLElement(document, null); 
     171        } 
     172 
     173        protected Element asXMLElement(Document document, Element Mask_element) 
     174        { 
    174175                // Creating XML block for Mask 
    175                 Element Mask_element = document.createElement("Mask"); 
     176                if (Mask_element == null) 
     177                { 
     178                        Mask_element = document.createElement("Mask"); 
     179                } 
     180                Mask_element = super.asXMLElement(document, Mask_element); 
     181 
    176182                if (y != null) 
    177183                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MetadataOnly.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.MetadataOnly 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786        public Element asXMLElement(Document document) 
    8887        { 
     88                return asXMLElement(document, null); 
     89        } 
     90 
     91        protected Element asXMLElement(Document document, Element MetadataOnly_element) 
     92        { 
    8993                // Creating XML block for MetadataOnly 
    90                 Element MetadataOnly_element = document.createElement("MetadataOnly"); 
     94                if (MetadataOnly_element == null) 
     95                { 
     96                        MetadataOnly_element = document.createElement("MetadataOnly"); 
     97                } 
     98                MetadataOnly_element = super.asXMLElement(document, MetadataOnly_element); 
     99 
    91100                return MetadataOnly_element; 
    92101        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulation.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.MicrobeamManipulation 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9998                                        tagName)); 
    10099                } 
    101                 // Model object: None 
    102100                if (element.hasAttribute("Type")) 
    103101                { 
     
    106104                                        element.getAttribute("Type"))); 
    107105                } 
    108                 // Model object: None 
    109106                if (element.hasAttribute("ID")) 
    110107                { 
     
    113110                                        element.getAttribute("ID"))); 
    114111                } 
    115                 // Model object: None 
    116112                // *** IGNORING *** Skipped back reference ROIRef 
    117                 // Model object: None 
    118113                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
    119                 // Model object: None 
    120114                // Element property LightSourceSettings which is complex (has 
    121115                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    123117                for (int i = 0; i < LightSourceSettings_nodeList.getLength(); i++) 
    124118                { 
    125                         addLightSourceSettings(new LightSourceSettings( 
    126                                         (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(i))); 
    127                 } 
    128                 // Model object: None 
     119                        Element LightSourceSettings_element = (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(i); 
     120                        addLightSourceSettings( 
     121                                        new LightSourceSettings(LightSourceSettings_element)); 
     122                } 
    129123                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    130124        } 
     
    280274        public Element asXMLElement(Document document) 
    281275        { 
     276                return asXMLElement(document, null); 
     277        } 
     278 
     279        protected Element asXMLElement(Document document, Element MicrobeamManipulation_element) 
     280        { 
    282281                // Creating XML block for MicrobeamManipulation 
    283                 Element MicrobeamManipulation_element = document.createElement("MicrobeamManipulation"); 
     282                if (MicrobeamManipulation_element == null) 
     283                { 
     284                        MicrobeamManipulation_element = document.createElement("MicrobeamManipulation"); 
     285                } 
     286                MicrobeamManipulation_element = super.asXMLElement(document, MicrobeamManipulation_element); 
     287 
    284288                if (type != null) 
    285289                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulationRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.MicrobeamManipulationRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element MicrobeamManipulationRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for MicrobeamManipulationRef 
    111                 Element MicrobeamManipulationRef_element = document.createElement("MicrobeamManipulationRef"); 
     114                if (MicrobeamManipulationRef_element == null) 
     115                { 
     116                        MicrobeamManipulationRef_element = document.createElement("MicrobeamManipulationRef"); 
     117                } 
     118                MicrobeamManipulationRef_element = super.asXMLElement(document, MicrobeamManipulationRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Microscope.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Microscope 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("Type")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Microscope_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Microscope 
    111                 Element Microscope_element = document.createElement("Microscope"); 
     114                if (Microscope_element == null) 
     115                { 
     116                        Microscope_element = document.createElement("Microscope"); 
     117                } 
     118                Microscope_element = super.asXMLElement(document, Microscope_element); 
     119 
    112120                if (type != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OME.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.OME 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117116                                        tagName)); 
    118117                } 
    119                 // Model object: None 
    120118                if (element.hasAttribute("UUID")) 
    121119                { 
     
    124122                                        element.getAttribute("UUID"))); 
    125123                } 
    126                 // Model object: None 
    127124                // Element property Project which is complex (has 
    128125                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    130127                for (int i = 0; i < Project_nodeList.getLength(); i++) 
    131128                { 
    132                         addProject(new Project( 
    133                                         (Element) Project_nodeList.item(i))); 
    134                 } 
    135                 // Model object: None 
     129                        Element Project_element = (Element) Project_nodeList.item(i); 
     130                        addProject( 
     131                                        new Project(Project_element)); 
     132                } 
    136133                // Element property Dataset which is complex (has 
    137134                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    139136                for (int i = 0; i < Dataset_nodeList.getLength(); i++) 
    140137                { 
    141                         addDataset(new Dataset( 
    142                                         (Element) Dataset_nodeList.item(i))); 
    143                 } 
    144                 // Model object: None 
     138                        Element Dataset_element = (Element) Dataset_nodeList.item(i); 
     139                        addDataset( 
     140                                        new Dataset(Dataset_element)); 
     141                } 
    145142                // Element property Experiment which is complex (has 
    146143                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    148145                for (int i = 0; i < Experiment_nodeList.getLength(); i++) 
    149146                { 
    150                         addExperiment(new Experiment( 
    151                                         (Element) Experiment_nodeList.item(i))); 
    152                 } 
    153                 // Model object: None 
     147                        Element Experiment_element = (Element) Experiment_nodeList.item(i); 
     148                        addExperiment( 
     149                                        new Experiment(Experiment_element)); 
     150                } 
    154151                // Element property Plate which is complex (has 
    155152                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    157154                for (int i = 0; i < Plate_nodeList.getLength(); i++) 
    158155                { 
    159                         addPlate(new Plate( 
    160                                         (Element) Plate_nodeList.item(i))); 
    161                 } 
    162                 // Model object: None 
     156                        Element Plate_element = (Element) Plate_nodeList.item(i); 
     157                        addPlate( 
     158                                        new Plate(Plate_element)); 
     159                } 
    163160                // Element property Screen which is complex (has 
    164161                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    166163                for (int i = 0; i < Screen_nodeList.getLength(); i++) 
    167164                { 
    168                         addScreen(new Screen( 
    169                                         (Element) Screen_nodeList.item(i))); 
    170                 } 
    171                 // Model object: None 
     165                        Element Screen_element = (Element) Screen_nodeList.item(i); 
     166                        addScreen( 
     167                                        new Screen(Screen_element)); 
     168                } 
    172169                // Element property Experimenter which is complex (has 
    173170                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    175172                for (int i = 0; i < Experimenter_nodeList.getLength(); i++) 
    176173                { 
    177                         addExperimenter(new Experimenter( 
    178                                         (Element) Experimenter_nodeList.item(i))); 
    179                 } 
    180                 // Model object: None 
     174                        Element Experimenter_element = (Element) Experimenter_nodeList.item(i); 
     175                        addExperimenter( 
     176                                        new Experimenter(Experimenter_element)); 
     177                } 
    181178                // Element property Group which is complex (has 
    182179                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    184181                for (int i = 0; i < Group_nodeList.getLength(); i++) 
    185182                { 
    186                         addGroup(new Group( 
    187                                         (Element) Group_nodeList.item(i))); 
    188                 } 
    189                 // Model object: None 
     183                        Element Group_element = (Element) Group_nodeList.item(i); 
     184                        addGroup( 
     185                                        new Group(Group_element)); 
     186                } 
    190187                // Element property Instrument which is complex (has 
    191188                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    193190                for (int i = 0; i < Instrument_nodeList.getLength(); i++) 
    194191                { 
    195                         addInstrument(new Instrument( 
    196                                         (Element) Instrument_nodeList.item(i))); 
    197                 } 
    198                 // Model object: None 
     192                        Element Instrument_element = (Element) Instrument_nodeList.item(i); 
     193                        addInstrument( 
     194                                        new Instrument(Instrument_element)); 
     195                } 
    199196                // Element property Image which is complex (has 
    200197                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    202199                for (int i = 0; i < Image_nodeList.getLength(); i++) 
    203200                { 
    204                         addImage(new Image( 
    205                                         (Element) Image_nodeList.item(i))); 
    206                 } 
    207                 // Model object: None 
     201                        Element Image_element = (Element) Image_nodeList.item(i); 
     202                        addImage( 
     203                                        new Image(Image_element)); 
     204                } 
    208205                NodeList StructuredAnnotations_nodeList = element.getElementsByTagName("StructuredAnnotations"); 
    209206                if (StructuredAnnotations_nodeList.getLength() > 1) 
     
    221218                                        (Element) StructuredAnnotations_nodeList.item(0))); 
    222219                } 
    223                 // Model object: None 
    224220                // Element property ROI which is complex (has 
    225221                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    227223                for (int i = 0; i < ROI_nodeList.getLength(); i++) 
    228224                { 
    229                         addROI(new ROI( 
    230                                         (Element) ROI_nodeList.item(i))); 
     225                        Element ROI_element = (Element) ROI_nodeList.item(i); 
     226                        addROI( 
     227                                        new ROI(ROI_element)); 
    231228                } 
    232229        } 
     
    568565        public Element asXMLElement(Document document) 
    569566        { 
     567                return asXMLElement(document, null); 
     568        } 
     569 
     570        protected Element asXMLElement(Document document, Element OME_element) 
     571        { 
    570572                // Creating XML block for OME 
    571                 Element OME_element = document.createElement("OME"); 
     573                if (OME_element == null) 
     574                { 
     575                        OME_element = document.createElement("OME"); 
     576                } 
     577                OME_element = super.asXMLElement(document, OME_element); 
     578 
    572579                if (uuid != null) 
    573580                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTF.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.OTF 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111110                                        tagName)); 
    112111                } 
    113                 // Model object: None 
    114112                if (element.hasAttribute("SizeX")) 
    115113                { 
     
    118116                                        element.getAttribute("SizeX"))); 
    119117                } 
    120                 // Model object: None 
    121118                if (element.hasAttribute("SizeY")) 
    122119                { 
     
    125122                                        element.getAttribute("SizeY"))); 
    126123                } 
    127                 // Model object: None 
    128124                if (element.hasAttribute("Type")) 
    129125                { 
     
    132128                                        element.getAttribute("Type"))); 
    133129                } 
    134                 // Model object: None 
    135130                if (element.hasAttribute("ID")) 
    136131                { 
     
    139134                                        element.getAttribute("ID"))); 
    140135                } 
    141                 // Model object: None 
    142136                if (element.hasAttribute("OpticalAxisAveraged")) 
    143137                { 
     
    146140                                        element.getAttribute("OpticalAxisAveraged"))); 
    147141                } 
    148                 // Model object: None 
    149142                NodeList ObjectiveSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("ObjectiveSettings"); 
    150143                if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     
    162155                                        (Element) ObjectiveSettings_nodeList.item(0))); 
    163156                } 
    164                 // Model object: None 
    165157                // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
    166                 // Model object: None 
    167158                NodeList BinaryFile_nodeList = element.getElementsByTagName("BinaryFile"); 
    168159                if (BinaryFile_nodeList.getLength() > 1) 
     
    179170                        setBinaryFile(BinaryFile_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    180171                } 
    181                 // Model object: None 
    182172                // *** IGNORING *** Skipped back reference Channel_BackReference 
    183                 // Model object: None 
    184173                // *** IGNORING *** Skipped back reference ChannelProfile_BackReference 
    185174        } 
     
    359348        public Element asXMLElement(Document document) 
    360349        { 
     350                return asXMLElement(document, null); 
     351        } 
     352 
     353        protected Element asXMLElement(Document document, Element OTF_element) 
     354        { 
    361355                // Creating XML block for OTF 
    362                 Element OTF_element = document.createElement("OTF"); 
     356                if (OTF_element == null) 
     357                { 
     358                        OTF_element = document.createElement("OTF"); 
     359                } 
     360                OTF_element = super.asXMLElement(document, OTF_element); 
     361 
    363362                if (sizeX != null) 
    364363                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTFRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.OTFRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element OTFRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for OTFRef 
    111                 Element OTFRef_element = document.createElement("OTFRef"); 
     114                if (OTFRef_element == null) 
     115                { 
     116                        OTFRef_element = document.createElement("OTFRef"); 
     117                } 
     118                OTFRef_element = super.asXMLElement(document, OTFRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Objective.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Objective 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    105104                                        tagName)); 
    106105                } 
    107                 // Model object: None 
    108106                if (element.hasAttribute("Iris")) 
    109107                { 
     
    112110                                        element.getAttribute("Iris"))); 
    113111                } 
    114                 // Model object: None 
    115112                if (element.hasAttribute("WorkingDistance")) 
    116113                { 
     
    119116                                        element.getAttribute("WorkingDistance"))); 
    120117                } 
    121                 // Model object: None 
    122118                if (element.hasAttribute("Immersion")) 
    123119                { 
     
    126122                                        element.getAttribute("Immersion"))); 
    127123                } 
    128                 // Model object: None 
    129124                if (element.hasAttribute("Correction")) 
    130125                { 
     
    133128                                        element.getAttribute("Correction"))); 
    134129                } 
    135                 // Model object: None 
    136130                if (element.hasAttribute("LensNA")) 
    137131                { 
     
    140134                                        element.getAttribute("LensNA"))); 
    141135                } 
    142                 // Model object: None 
    143136                if (element.hasAttribute("NominalMagnification")) 
    144137                { 
     
    147140                                        element.getAttribute("NominalMagnification"))); 
    148141                } 
    149                 // Model object: None 
    150142                if (element.hasAttribute("CalibratedMagnification")) 
    151143                { 
     
    154146                                        element.getAttribute("CalibratedMagnification"))); 
    155147                } 
    156                 // Model object: None 
    157148                if (element.hasAttribute("ID")) 
    158149                { 
     
    255246        public Element asXMLElement(Document document) 
    256247        { 
     248                return asXMLElement(document, null); 
     249        } 
     250 
     251        protected Element asXMLElement(Document document, Element Objective_element) 
     252        { 
    257253                // Creating XML block for Objective 
    258                 Element Objective_element = document.createElement("Objective"); 
     254                if (Objective_element == null) 
     255                { 
     256                        Objective_element = document.createElement("Objective"); 
     257                } 
     258                Objective_element = super.asXMLElement(document, Objective_element); 
     259 
    259260                if (iris != null) 
    260261                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ObjectiveSettings.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ObjectiveSettings 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9392                                        tagName)); 
    9493                } 
    95                 // Model object: None 
    9694                if (element.hasAttribute("RefractiveIndex")) 
    9795                { 
     
    10098                                        element.getAttribute("RefractiveIndex"))); 
    10199                } 
    102                 // Model object: None 
    103100                if (element.hasAttribute("CorrectionCollar")) 
    104101                { 
     
    107104                                        element.getAttribute("CorrectionCollar"))); 
    108105                } 
    109                 // Model object: None 
    110106                if (element.hasAttribute("ID")) 
    111107                { 
     
    114110                                        element.getAttribute("ID"))); 
    115111                } 
    116                 // Model object: None 
    117112                if (element.hasAttribute("Medium")) 
    118113                { 
     
    171166        public Element asXMLElement(Document document) 
    172167        { 
     168                return asXMLElement(document, null); 
     169        } 
     170 
     171        protected Element asXMLElement(Document document, Element ObjectiveSettings_element) 
     172        { 
    173173                // Creating XML block for ObjectiveSettings 
    174                 Element ObjectiveSettings_element = document.createElement("ObjectiveSettings"); 
     174                if (ObjectiveSettings_element == null) 
     175                { 
     176                        ObjectiveSettings_element = document.createElement("ObjectiveSettings"); 
     177                } 
     178                ObjectiveSettings_element = super.asXMLElement(document, ObjectiveSettings_element); 
     179 
    175180                if (refractiveIndex != null) 
    176181                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Path.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Path 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("Definition")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Path_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Path 
    111                 Element Path_element = document.createElement("Path"); 
     114                if (Path_element == null) 
     115                { 
     116                        Path_element = document.createElement("Path"); 
     117                } 
     118                Path_element = super.asXMLElement(document, Path_element); 
     119 
    112120                if (definition != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pixels.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Pixels 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    135134                                        tagName)); 
    136135                } 
    137                 // Model object: None 
    138136                if (element.hasAttribute("SizeT")) 
    139137                { 
     
    142140                                        element.getAttribute("SizeT"))); 
    143141                } 
    144                 // Model object: None 
    145142                if (element.hasAttribute("DimensionOrder")) 
    146143                { 
     
    149146                                        element.getAttribute("DimensionOrder"))); 
    150147                } 
    151                 // Model object: None 
    152148                if (element.hasAttribute("TimeIncrement")) 
    153149                { 
     
    156152                                        element.getAttribute("TimeIncrement"))); 
    157153                } 
    158                 // Model object: None 
    159154                if (element.hasAttribute("PhysicalSizeY")) 
    160155                { 
     
    163158                                        element.getAttribute("PhysicalSizeY"))); 
    164159                } 
    165                 // Model object: None 
    166160                if (element.hasAttribute("PhysicalSizeX")) 
    167161                { 
     
    170164                                        element.getAttribute("PhysicalSizeX"))); 
    171165                } 
    172                 // Model object: None 
    173166                if (element.hasAttribute("PhysicalSizeZ")) 
    174167                { 
     
    177170                                        element.getAttribute("PhysicalSizeZ"))); 
    178171                } 
    179                 // Model object: None 
    180172                if (element.hasAttribute("SizeX")) 
    181173                { 
     
    184176                                        element.getAttribute("SizeX"))); 
    185177                } 
    186                 // Model object: None 
    187178                if (element.hasAttribute("SizeY")) 
    188179                { 
     
    191182                                        element.getAttribute("SizeY"))); 
    192183                } 
    193                 // Model object: None 
    194184                if (element.hasAttribute("SizeZ")) 
    195185                { 
     
    198188                                        element.getAttribute("SizeZ"))); 
    199189                } 
    200                 // Model object: None 
    201190                if (element.hasAttribute("SizeC")) 
    202191                { 
     
    205194                                        element.getAttribute("SizeC"))); 
    206195                } 
    207                 // Model object: None 
    208196                if (element.hasAttribute("Type")) 
    209197                { 
     
    212200                                        element.getAttribute("Type"))); 
    213201                } 
    214                 // Model object: None 
    215202                if (element.hasAttribute("ID")) 
    216203                { 
     
    219206                                        element.getAttribute("ID"))); 
    220207                } 
    221                 // Model object: None 
    222208                // Element property Channel which is complex (has 
    223209                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    225211                for (int i = 0; i < Channel_nodeList.getLength(); i++) 
    226212                { 
    227                         addChannel(new Channel( 
    228                                         (Element) Channel_nodeList.item(i))); 
    229                 } 
    230                 // Model object: None 
     213                        Element Channel_element = (Element) Channel_nodeList.item(i); 
     214                        addChannel( 
     215                                        new Channel(Channel_element)); 
     216                } 
    231217                // Element property BinData which is not complex (has no 
    232218                // sub-elements) which occurs more than once 
     
    237223                                        BinData_nodeList.item(i).getTextContent())); 
    238224                } 
    239                 // Model object: None 
    240225                // Element property TiffData which is complex (has 
    241226                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    243228                for (int i = 0; i < TiffData_nodeList.getLength(); i++) 
    244229                { 
    245                         addTiffData(new TiffData( 
    246                                         (Element) TiffData_nodeList.item(i))); 
    247                 } 
    248                 // Model object: None 
     230                        Element TiffData_element = (Element) TiffData_nodeList.item(i); 
     231                        addTiffData( 
     232                                        new TiffData(TiffData_element)); 
     233                } 
    249234                NodeList MetadataOnly_nodeList = element.getElementsByTagName("MetadataOnly"); 
    250235                if (MetadataOnly_nodeList.getLength() > 1) 
     
    262247                                        (Element) MetadataOnly_nodeList.item(0))); 
    263248                } 
    264                 // Model object: None 
    265249                // Element property Plane which is complex (has 
    266250                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    268252                for (int i = 0; i < Plane_nodeList.getLength(); i++) 
    269253                { 
    270                         addPlane(new Plane( 
    271                                         (Element) Plane_nodeList.item(i))); 
    272                 } 
    273                 // Model object: None 
     254                        Element Plane_element = (Element) Plane_nodeList.item(i); 
     255                        addPlane( 
     256                                        new Plane(Plane_element)); 
     257                } 
    274258                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    275259        } 
     
    577561        public Element asXMLElement(Document document) 
    578562        { 
     563                return asXMLElement(document, null); 
     564        } 
     565 
     566        protected Element asXMLElement(Document document, Element Pixels_element) 
     567        { 
    579568                // Creating XML block for Pixels 
    580                 Element Pixels_element = document.createElement("Pixels"); 
     569                if (Pixels_element == null) 
     570                { 
     571                        Pixels_element = document.createElement("Pixels"); 
     572                } 
     573                Pixels_element = super.asXMLElement(document, Pixels_element); 
     574 
    581575                if (sizeT != null) 
    582576                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plane.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Plane 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111110                                        tagName)); 
    112111                } 
    113                 // Model object: None 
    114112                if (element.hasAttribute("ExposureTime")) 
    115113                { 
     
    118116                                        element.getAttribute("ExposureTime"))); 
    119117                } 
    120                 // Model object: None 
    121118                if (element.hasAttribute("PositionZ")) 
    122119                { 
     
    125122                                        element.getAttribute("PositionZ"))); 
    126123                } 
    127                 // Model object: None 
    128124                if (element.hasAttribute("PositionX")) 
    129125                { 
     
    132128                                        element.getAttribute("PositionX"))); 
    133129                } 
    134                 // Model object: None 
    135130                if (element.hasAttribute("PositionY")) 
    136131                { 
     
    139134                                        element.getAttribute("PositionY"))); 
    140135                } 
    141                 // Model object: None 
    142136                if (element.hasAttribute("DeltaT")) 
    143137                { 
     
    146140                                        element.getAttribute("DeltaT"))); 
    147141                } 
    148                 // Model object: None 
    149142                if (element.hasAttribute("TheC")) 
    150143                { 
     
    153146                                        element.getAttribute("TheC"))); 
    154147                } 
    155                 // Model object: None 
    156148                if (element.hasAttribute("TheZ")) 
    157149                { 
     
    160152                                        element.getAttribute("TheZ"))); 
    161153                } 
    162                 // Model object: None 
    163154                if (element.hasAttribute("TheT")) 
    164155                { 
     
    167158                                        element.getAttribute("TheT"))); 
    168159                } 
    169                 // Model object: None 
    170160                NodeList HashSHA1_nodeList = element.getElementsByTagName("HashSHA1"); 
    171161                if (HashSHA1_nodeList.getLength() > 1) 
     
    182172                        setHashSHA1(HashSHA1_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    183173                } 
    184                 // Model object: None 
    185174                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    186175        } 
     
    320309        public Element asXMLElement(Document document) 
    321310        { 
     311                return asXMLElement(document, null); 
     312        } 
     313 
     314        protected Element asXMLElement(Document document, Element Plane_element) 
     315        { 
    322316                // Creating XML block for Plane 
    323                 Element Plane_element = document.createElement("Plane"); 
     317                if (Plane_element == null) 
     318                { 
     319                        Plane_element = document.createElement("Plane"); 
     320                } 
     321                Plane_element = super.asXMLElement(document, Plane_element); 
     322 
    324323                if (exposureTime != null) 
    325324                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plate.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Plate 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    129128                                        tagName)); 
    130129                } 
    131                 // Model object: None 
    132130                if (element.hasAttribute("Status")) 
    133131                { 
     
    136134                                        element.getAttribute("Status"))); 
    137135                } 
    138                 // Model object: None 
    139136                if (element.hasAttribute("Rows")) 
    140137                { 
     
    143140                                        element.getAttribute("Rows"))); 
    144141                } 
    145                 // Model object: None 
    146142                if (element.hasAttribute("ExternalIdentifier")) 
    147143                { 
     
    150146                                        element.getAttribute("ExternalIdentifier"))); 
    151147                } 
    152                 // Model object: None 
    153148                if (element.hasAttribute("RowNamingConvention")) 
    154149                { 
     
    157152                                        element.getAttribute("RowNamingConvention"))); 
    158153                } 
    159                 // Model object: None 
    160154                if (element.hasAttribute("ColumnNamingConvention")) 
    161155                { 
     
    164158                                        element.getAttribute("ColumnNamingConvention"))); 
    165159                } 
    166                 // Model object: None 
    167160                if (element.hasAttribute("WellOriginY")) 
    168161                { 
     
    171164                                        element.getAttribute("WellOriginY"))); 
    172165                } 
    173                 // Model object: None 
    174166                if (element.hasAttribute("WellOriginX")) 
    175167                { 
     
    178170                                        element.getAttribute("WellOriginX"))); 
    179171                } 
    180                 // Model object: None 
    181172                if (element.hasAttribute("ID")) 
    182173                { 
     
    185176                                        element.getAttribute("ID"))); 
    186177                } 
    187                 // Model object: None 
    188178                if (element.hasAttribute("Columns")) 
    189179                { 
     
    192182                                        element.getAttribute("Columns"))); 
    193183                } 
    194                 // Model object: None 
    195184                if (element.hasAttribute("Name")) 
    196185                { 
     
    199188                                        element.getAttribute("Name"))); 
    200189                } 
    201                 // Model object: None 
    202190                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    203191                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    214202                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    215203                } 
    216                 // Model object: None 
    217204                // *** IGNORING *** Skipped back reference ScreenRef 
    218                 // Model object: None 
    219205                // Element property Well which is complex (has 
    220206                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    222208                for (int i = 0; i < Well_nodeList.getLength(); i++) 
    223209                { 
    224                         addWell(new Well( 
    225                                         (Element) Well_nodeList.item(i))); 
    226                 } 
    227                 // Model object: None 
     210                        Element Well_element = (Element) Well_nodeList.item(i); 
     211                        addWell( 
     212                                        new Well(Well_element)); 
     213                } 
    228214                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    229                 // Model object: None 
    230215                // Element property PlateAcquisition which is complex (has 
    231216                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    233218                for (int i = 0; i < PlateAcquisition_nodeList.getLength(); i++) 
    234219                { 
    235                         addPlateAcquisition(new PlateAcquisition( 
    236                                         (Element) PlateAcquisition_nodeList.item(i))); 
    237                 } 
    238                 // Model object: None 
     220                        Element PlateAcquisition_element = (Element) PlateAcquisition_nodeList.item(i); 
     221                        addPlateAcquisition( 
     222                                        new PlateAcquisition(PlateAcquisition_element)); 
     223                } 
    239224                // *** IGNORING *** Skipped back reference Screen_BackReference 
    240225        } 
     
    520505        public Element asXMLElement(Document document) 
    521506        { 
     507                return asXMLElement(document, null); 
     508        } 
     509 
     510        protected Element asXMLElement(Document document, Element Plate_element) 
     511        { 
    522512                // Creating XML block for Plate 
    523                 Element Plate_element = document.createElement("Plate"); 
     513                if (Plate_element == null) 
     514                { 
     515                        Plate_element = document.createElement("Plate"); 
     516                } 
     517                Plate_element = super.asXMLElement(document, Plate_element); 
     518 
    524519                if (status != null) 
    525520                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateAcquisition.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.PlateAcquisition 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    105104                                        tagName)); 
    106105                } 
    107                 // Model object: None 
    108106                if (element.hasAttribute("MaximumFieldCount")) 
    109107                { 
     
    112110                                        element.getAttribute("MaximumFieldCount"))); 
    113111                } 
    114                 // Model object: None 
    115112                if (element.hasAttribute("EndTime")) 
    116113                { 
     
    119116                                        element.getAttribute("EndTime"))); 
    120117                } 
    121                 // Model object: None 
    122118                if (element.hasAttribute("ID")) 
    123119                { 
     
    126122                                        element.getAttribute("ID"))); 
    127123                } 
    128                 // Model object: None 
    129124                if (element.hasAttribute("StartTime")) 
    130125                { 
     
    133128                                        element.getAttribute("StartTime"))); 
    134129                } 
    135                 // Model object: None 
    136130                if (element.hasAttribute("Name")) 
    137131                { 
     
    140134                                        element.getAttribute("Name"))); 
    141135                } 
    142                 // Model object: None 
    143136                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    144137                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    155148                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    156149                } 
    157                 // Model object: None 
    158150                // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSampleRef 
    159                 // Model object: None 
    160151                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    161152        } 
     
    293284        public Element asXMLElement(Document document) 
    294285        { 
     286                return asXMLElement(document, null); 
     287        } 
     288 
     289        protected Element asXMLElement(Document document, Element PlateAcquisition_element) 
     290        { 
    295291                // Creating XML block for PlateAcquisition 
    296                 Element PlateAcquisition_element = document.createElement("PlateAcquisition"); 
     292                if (PlateAcquisition_element == null) 
     293                { 
     294                        PlateAcquisition_element = document.createElement("PlateAcquisition"); 
     295                } 
     296                PlateAcquisition_element = super.asXMLElement(document, PlateAcquisition_element); 
     297 
    297298                if (maximumFieldCount != null) 
    298299                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.PlateRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786        public Element asXMLElement(Document document) 
    8887        { 
     88                return asXMLElement(document, null); 
     89        } 
     90 
     91        protected Element asXMLElement(Document document, Element PlateRef_element) 
     92        { 
    8993                // Creating XML block for PlateRef 
    90                 Element PlateRef_element = document.createElement("PlateRef"); 
     94                if (PlateRef_element == null) 
     95                { 
     96                        PlateRef_element = document.createElement("PlateRef"); 
     97                } 
     98                PlateRef_element = super.asXMLElement(document, PlateRef_element); 
     99 
    91100                return PlateRef_element; 
    92101        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Point.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Point 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786                                        tagName)); 
    8887                } 
    89                 // Model object: None 
    9088                if (element.hasAttribute("Y")) 
    9189                { 
     
    9492                                        element.getAttribute("Y"))); 
    9593                } 
    96                 // Model object: None 
    9794                if (element.hasAttribute("X")) 
    9895                { 
     
    129126        public Element asXMLElement(Document document) 
    130127        { 
     128                return asXMLElement(document, null); 
     129        } 
     130 
     131        protected Element asXMLElement(Document document, Element Point_element) 
     132        { 
    131133                // Creating XML block for Point 
    132                 Element Point_element = document.createElement("Point"); 
     134                if (Point_element == null) 
     135                { 
     136                        Point_element = document.createElement("Point"); 
     137                } 
     138                Point_element = super.asXMLElement(document, Point_element); 
     139 
    133140                if (y != null) 
    134141                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Polyline.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Polyline 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786                                        tagName)); 
    8887                } 
    89                 // Model object: None 
    9088                if (element.hasAttribute("Points")) 
    9189                { 
     
    9492                                        element.getAttribute("Points"))); 
    9593                } 
    96                 // Model object: None 
    9794                if (element.hasAttribute("Closed")) 
    9895                { 
     
    129126        public Element asXMLElement(Document document) 
    130127        { 
     128                return asXMLElement(document, null); 
     129        } 
     130 
     131        protected Element asXMLElement(Document document, Element Polyline_element) 
     132        { 
    131133                // Creating XML block for Polyline 
    132                 Element Polyline_element = document.createElement("Polyline"); 
     134                if (Polyline_element == null) 
     135                { 
     136                        Polyline_element = document.createElement("Polyline"); 
     137                } 
     138                Polyline_element = super.asXMLElement(document, Polyline_element); 
     139 
    133140                if (points != null) 
    134141                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProfileSet.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ProfileSet 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8786                                        tagName)); 
    8887                } 
    89                 // Model object: None 
    9088                // Element property ImageProfile which is complex (has 
    9189                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    9391                for (int i = 0; i < ImageProfile_nodeList.getLength(); i++) 
    9492                { 
    95                         addImageProfile(new ImageProfile( 
    96                                         (Element) ImageProfile_nodeList.item(i))); 
    97                 } 
    98                 // Model object: None 
     93                        Element ImageProfile_element = (Element) ImageProfile_nodeList.item(i); 
     94                        addImageProfile( 
     95                                        new ImageProfile(ImageProfile_element)); 
     96                } 
    9997                // Element property ChannelProfile which is complex (has 
    10098                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    102100                for (int i = 0; i < ChannelProfile_nodeList.getLength(); i++) 
    103101                { 
    104                         addChannelProfile(new ChannelProfile( 
    105                                         (Element) ChannelProfile_nodeList.item(i))); 
     102                        Element ChannelProfile_element = (Element) ChannelProfile_nodeList.item(i); 
     103                        addChannelProfile( 
     104                                        new ChannelProfile(ChannelProfile_element)); 
    106105                } 
    107106        } 
     
    173172        public Element asXMLElement(Document document) 
    174173        { 
     174                return asXMLElement(document, null); 
     175        } 
     176 
     177        protected Element asXMLElement(Document document, Element ProfileSet_element) 
     178        { 
    175179                // Creating XML block for ProfileSet 
    176                 Element ProfileSet_element = document.createElement("ProfileSet"); 
     180                if (ProfileSet_element == null) 
     181                { 
     182                        ProfileSet_element = document.createElement("ProfileSet"); 
     183                } 
     184                ProfileSet_element = super.asXMLElement(document, ProfileSet_element); 
     185 
    177186                if (imageProfileList != null) 
    178187                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Project.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Project 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102101                                        tagName)); 
    103102                } 
    104                 // Model object: None 
    105103                if (element.hasAttribute("Name")) 
    106104                { 
     
    109107                                        element.getAttribute("Name"))); 
    110108                } 
    111                 // Model object: None 
    112109                if (element.hasAttribute("ID")) 
    113110                { 
     
    116113                                        element.getAttribute("ID"))); 
    117114                } 
    118                 // Model object: None 
    119115                NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    120116                if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     
    131127                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    132128                } 
    133                 // Model object: None 
    134129                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
    135                 // Model object: None 
    136130                // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
    137                 // Model object: None 
    138131                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    139                 // Model object: None 
    140132                // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    141133        } 
     
    302294        public Element asXMLElement(Document document) 
    303295        { 
     296                return asXMLElement(document, null); 
     297        } 
     298 
     299        protected Element asXMLElement(Document document, Element Project_element) 
     300        { 
    304301                // Creating XML block for Project 
    305                 Element Project_element = document.createElement("Project"); 
     302                if (Project_element == null) 
     303                { 
     304                        Project_element = document.createElement("Project"); 
     305                } 
     306                Project_element = super.asXMLElement(document, Project_element); 
     307 
    306308                if (name != null) 
    307309                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProjectRef.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ProjectRef 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element ProjectRef_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for ProjectRef 
    111                 Element ProjectRef_element = document.createElement("ProjectRef"); 
     114                if (ProjectRef_element == null) 
     115                { 
     116                        ProjectRef_element = document.createElement("ProjectRef"); 
     117                } 
     118                ProjectRef_element = super.asXMLElement(document, ProjectRef_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pump.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.Pump 
     
    3332 * 
    3433 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-20 18:27:32+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
    3635 * 
    3736 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8483                                        tagName)); 
    8584                } 
    86                 // Model object: None 
    8785                if (element.hasAttribute("ID")) 
    8886                { 
     
    108106        public Element asXMLElement(Document document) 
    109107        { 
     108                return asXMLElement(document, null); 
     109        } 
     110 
     111        protected Element asXMLElement(Document document, Element Pump_element) 
     112        { 
    110113                // Creating XML block for Pump 
    111                 Element Pump_element = document.createElement("Pump"); 
     114                if (Pump_element == null) 
     115                { 
     116                        Pump_element = document.createElement("Pump"); 
     117                } 
     118                Pump_element = super.asXMLElement(document, Pump_element); 
     119 
    112120                if (id != null) 
    113121                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROI.java

    r6150 r6157  
    1  
    21/* 
    32 * ome.xml.r201004.ROI