Changeset 6158


Ignore:
Timestamp:
04/21/10 09:23:17 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

Updated with new code generation. (OME-XML Subversion revision 518)

Location:
trunk/components/ome-xml
Files:
93 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AbstractOMEModelObject.java

    r6157 r6158  
    4343  } 
    4444 
    45   public AbstractOMEModelObject(Element element) { 
    46      
     45  public AbstractOMEModelObject(Element element) throws EnumerationException { 
     46    update(element); 
     47  } 
     48 
     49  /* (non-Javadoc) 
     50   * @see ome.xml.r201004.OMEModelObject#update(org.w3c.dom.Element) 
     51   */ 
     52  public void update(Element element) throws EnumerationException { 
     53    // Nothing to update. 
    4754  } 
    4855 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Annotation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    125125        public Annotation(Element element) throws EnumerationException 
    126126        { 
    127                 super(element); 
     127                update(element); 
     128        } 
     129 
     130        /**  
     131         * Updates Annotation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     132         * properties are removed, only added or updated. 
     133         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     134         * graph from. 
     135         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     136         * enumeration during model object creation. 
     137         */ 
     138        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     139        {        
     140                super.update(element); 
    128141                if (element.hasAttribute("Namespace")) 
    129142                { 
     
    215228        { 
    216229                // Creating XML block for Annotation 
     230                // Class is abstract so we may need to create its "container" element 
     231                if (!"Annotation".equals(Annotation_element.getTagName())) 
     232                { 
     233                        Element abstractElement = document.createElement("Annotation"); 
     234                        abstractElement.appendChild(Annotation_element); 
     235                        Annotation_element = abstractElement; 
     236                } 
    217237                if (Annotation_element == null) 
    218238                { 
    219239                        Annotation_element = document.createElement("Annotation"); 
    220240                } 
    221                 Annotation_element = super.asXMLElement(document, Annotation_element); 
    222241 
    223242                if (namespace != null) 
     
    231250                        Annotation_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    232251                } 
    233                 return Annotation_element; 
     252                return super.asXMLElement(document, Annotation_element); 
    234253        } 
    235254} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AnnotationRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public AnnotationRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates AnnotationRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"AnnotationRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of AnnotationRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of AnnotationRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of AnnotationRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        AnnotationRef_element = document.createElement("AnnotationRef"); 
    117133                } 
    118                 AnnotationRef_element = super.asXMLElement(document, AnnotationRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        AnnotationRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return AnnotationRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, AnnotationRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Arc.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Arc(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Arc recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Arc".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Arc got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Arc got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Arc got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("Type")) 
     
    116132                        Arc_element = document.createElement("Arc"); 
    117133                } 
    118                 Arc_element = super.asXMLElement(document, Arc_element); 
    119134 
    120135                if (type != null) 
     
    123138                        Arc_element.setAttribute("Type", type.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Arc_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Arc_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BooleanAnnotation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public BooleanAnnotation(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates BooleanAnnotation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"BooleanAnnotation".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of BooleanAnnotation got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of BooleanAnnotation got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of BooleanAnnotation got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
     
    124140                        BooleanAnnotation_element = document.createElement("BooleanAnnotation"); 
    125141                } 
    126                 BooleanAnnotation_element = super.asXMLElement(document, BooleanAnnotation_element); 
    127142 
    128143                if (value != null) 
     
    134149                        BooleanAnnotation_element.appendChild(value_element); 
    135150                } 
    136                 return BooleanAnnotation_element; 
     151                return super.asXMLElement(document, BooleanAnnotation_element); 
    137152        } 
    138153} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Channel.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        public Channel(Element element) throws EnumerationException 
    129129        { 
    130                 super(element); 
     130                update(element); 
     131        } 
     132 
     133        /**  
     134         * Updates Channel recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     135         * properties are removed, only added or updated. 
     136         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     137         * graph from. 
     138         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     139         * enumeration during model object creation. 
     140         */ 
     141        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     142        {        
     143                super.update(element); 
    131144                String tagName = element.getTagName(); 
    132145                if (!"Channel".equals(tagName)) 
    133146                { 
     147                        System.err.println(String.format( 
     148                                        "WARNING: Expecting node name of Channel got %s", 
     149                                        tagName)); 
    134150                        // TODO: Should be its own Exception 
    135                         throw new RuntimeException(String.format( 
    136                                         "Expecting node name of Channel got %s", 
    137                                         tagName)); 
     151                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     152                        //              "Expecting node name of Channel got %s", 
     153                        //              tagName)); 
    138154                } 
    139155                if (element.hasAttribute("PinholeSize")) 
     
    548564                        Channel_element = document.createElement("Channel"); 
    549565                } 
    550                 Channel_element = super.asXMLElement(document, Channel_element); 
    551566 
    552567                if (pinholeSize != null) 
     
    645660                        Channel_element.appendChild(lightPath.asXMLElement(document)); 
    646661                } 
    647                 return Channel_element; 
     662                return super.asXMLElement(document, Channel_element); 
    648663        } 
    649664} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelProfile.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9292        public ChannelProfile(Element element) throws EnumerationException 
    9393        { 
    94                 super(element); 
     94                update(element); 
     95        } 
     96 
     97        /**  
     98         * Updates ChannelProfile recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     99         * properties are removed, only added or updated. 
     100         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     101         * graph from. 
     102         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     103         * enumeration during model object creation. 
     104         */ 
     105        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     106        {        
     107                super.update(element); 
    95108                String tagName = element.getTagName(); 
    96109                if (!"ChannelProfile".equals(tagName)) 
    97110                { 
    98                         // TODO: Should be its own Exception 
    99                         throw new RuntimeException(String.format( 
    100                                         "Expecting node name of ChannelProfile got %s", 
     111                        System.err.println(String.format( 
     112                                        "WARNING: Expecting node name of ChannelProfile got %s", 
    101113                                        tagName)); 
     114                        // TODO: Should be its own Exception 
     115                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     116                        //              "Expecting node name of ChannelProfile got %s", 
     117                        //              tagName)); 
    102118                } 
    103119                if (element.hasAttribute("origin")) 
     
    300316                        ChannelProfile_element = document.createElement("ChannelProfile"); 
    301317                } 
    302                 ChannelProfile_element = super.asXMLElement(document, ChannelProfile_element); 
    303318 
    304319                if (origin != null) 
     
    343358                        // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
    344359                } 
    345                 return ChannelProfile_element; 
     360                return super.asXMLElement(document, ChannelProfile_element); 
    346361        } 
    347362} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ChannelRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ChannelRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ChannelRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ChannelRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ChannelRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ChannelRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ChannelRef_element = document.createElement("ChannelRef"); 
    117133                } 
    118                 ChannelRef_element = super.asXMLElement(document, ChannelRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ChannelRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ChannelRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ChannelRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Contact.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Contact(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Contact recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Contact".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Contact got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Contact got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Contact got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        Contact_element = document.createElement("Contact"); 
    117133                } 
    118                 Contact_element = super.asXMLElement(document, Contact_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        Contact_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Contact_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Contact_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dataset.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9595        public Dataset(Element element) throws EnumerationException 
    9696        { 
    97                 super(element); 
     97                update(element); 
     98        } 
     99 
     100        /**  
     101         * Updates Dataset recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     102         * properties are removed, only added or updated. 
     103         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     104         * graph from. 
     105         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     106         * enumeration during model object creation. 
     107         */ 
     108        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     109        {        
     110                super.update(element); 
    98111                String tagName = element.getTagName(); 
    99112                if (!"Dataset".equals(tagName)) 
    100113                { 
     114                        System.err.println(String.format( 
     115                                        "WARNING: Expecting node name of Dataset got %s", 
     116                                        tagName)); 
    101117                        // TODO: Should be its own Exception 
    102                         throw new RuntimeException(String.format( 
    103                                         "Expecting node name of Dataset got %s", 
    104                                         tagName)); 
     118                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     119                        //              "Expecting node name of Dataset got %s", 
     120                        //              tagName)); 
    105121                } 
    106122                if (element.hasAttribute("Name")) 
     
    339355                        Dataset_element = document.createElement("Dataset"); 
    340356                } 
    341                 Dataset_element = super.asXMLElement(document, Dataset_element); 
    342357 
    343358                if (name != null) 
     
    379394                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    380395                } 
    381                 return Dataset_element; 
     396                return super.asXMLElement(document, Dataset_element); 
    382397        } 
    383398} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DatasetRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public DatasetRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates DatasetRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"DatasetRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of DatasetRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of DatasetRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of DatasetRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        DatasetRef_element = document.createElement("DatasetRef"); 
    117133                } 
    118                 DatasetRef_element = super.asXMLElement(document, DatasetRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        DatasetRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return DatasetRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, DatasetRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Detector.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9292        public Detector(Element element) throws EnumerationException 
    9393        { 
    94                 super(element); 
     94                update(element); 
     95        } 
     96 
     97        /**  
     98         * Updates Detector recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     99         * properties are removed, only added or updated. 
     100         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     101         * graph from. 
     102         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     103         * enumeration during model object creation. 
     104         */ 
     105        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     106        {        
     107                super.update(element); 
    95108                String tagName = element.getTagName(); 
    96109                if (!"Detector".equals(tagName)) 
    97110                { 
     111                        System.err.println(String.format( 
     112                                        "WARNING: Expecting node name of Detector got %s", 
     113                                        tagName)); 
    98114                        // TODO: Should be its own Exception 
    99                         throw new RuntimeException(String.format( 
    100                                         "Expecting node name of Detector got %s", 
    101                                         tagName)); 
     115                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     116                        //              "Expecting node name of Detector got %s", 
     117                        //              tagName)); 
    102118                } 
    103119                if (element.hasAttribute("Zoom")) 
     
    236252                        Detector_element = document.createElement("Detector"); 
    237253                } 
    238                 Detector_element = super.asXMLElement(document, Detector_element); 
    239254 
    240255                if (zoom != null) 
     
    273288                        Detector_element.setAttribute("Voltage", voltage.toString()); 
    274289                } 
    275                 return Detector_element; 
     290                return super.asXMLElement(document, Detector_element); 
    276291        } 
    277292} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DetectorSettings.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8989        public DetectorSettings(Element element) throws EnumerationException 
    9090        { 
    91                 super(element); 
     91                update(element); 
     92        } 
     93 
     94        /**  
     95         * Updates DetectorSettings recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     96         * properties are removed, only added or updated. 
     97         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     98         * graph from. 
     99         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     100         * enumeration during model object creation. 
     101         */ 
     102        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     103        {        
     104                super.update(element); 
    92105                String tagName = element.getTagName(); 
    93106                if (!"DetectorSettings".equals(tagName)) 
    94107                { 
     108                        System.err.println(String.format( 
     109                                        "WARNING: Expecting node name of DetectorSettings got %s", 
     110                                        tagName)); 
    95111                        // TODO: Should be its own Exception 
    96                         throw new RuntimeException(String.format( 
    97                                         "Expecting node name of DetectorSettings got %s", 
    98                                         tagName)); 
     112                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     113                        //              "Expecting node name of DetectorSettings got %s", 
     114                        //              tagName)); 
    99115                } 
    100116                if (element.hasAttribute("Binning")) 
     
    216232                        DetectorSettings_element = document.createElement("DetectorSettings"); 
    217233                } 
    218                 DetectorSettings_element = super.asXMLElement(document, DetectorSettings_element); 
    219234 
    220235                if (binning != null) 
     
    248263                        DetectorSettings_element.setAttribute("Voltage", voltage.toString()); 
    249264                } 
    250                 return DetectorSettings_element; 
     265                return super.asXMLElement(document, DetectorSettings_element); 
    251266        } 
    252267} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dichroic.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8080        public Dichroic(Element element) throws EnumerationException 
    8181        { 
    82                 super(element); 
     82                update(element); 
     83        } 
     84 
     85        /**  
     86         * Updates Dichroic recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     87         * properties are removed, only added or updated. 
     88         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     89         * graph from. 
     90         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     91         * enumeration during model object creation. 
     92         */ 
     93        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     94        {        
     95                super.update(element); 
    8396                String tagName = element.getTagName(); 
    8497                if (!"Dichroic".equals(tagName)) 
    8598                { 
     99                        System.err.println(String.format( 
     100                                        "WARNING: Expecting node name of Dichroic got %s", 
     101                                        tagName)); 
    86102                        // TODO: Should be its own Exception 
    87                         throw new RuntimeException(String.format( 
    88                                         "Expecting node name of Dichroic got %s", 
    89                                         tagName)); 
     103                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     104                        //              "Expecting node name of Dichroic got %s", 
     105                        //              tagName)); 
    90106                } 
    91107                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    186202                        Dichroic_element = document.createElement("Dichroic"); 
    187203                } 
    188                 Dichroic_element = super.asXMLElement(document, Dichroic_element); 
    189204 
    190205                if (id != null) 
     
    201216                        // *** IGNORING *** Skipped back reference LightPath_BackReference 
    202217                } 
    203                 return Dichroic_element; 
     218                return super.asXMLElement(document, Dichroic_element); 
    204219        } 
    205220} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DichroicRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public DichroicRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates DichroicRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"DichroicRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of DichroicRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of DichroicRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of DichroicRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        DichroicRef_element = document.createElement("DichroicRef"); 
    117133                } 
    118                 DichroicRef_element = super.asXMLElement(document, DichroicRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        DichroicRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return DichroicRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, DichroicRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DoubleAnnotation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public DoubleAnnotation(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates DoubleAnnotation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"DoubleAnnotation".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of DoubleAnnotation got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of DoubleAnnotation got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of DoubleAnnotation got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
     
    124140                        DoubleAnnotation_element = document.createElement("DoubleAnnotation"); 
    125141                } 
    126                 DoubleAnnotation_element = super.asXMLElement(document, DoubleAnnotation_element); 
    127142 
    128143                if (value != null) 
     
    134149                        DoubleAnnotation_element.appendChild(value_element); 
    135150                } 
    136                 return DoubleAnnotation_element; 
     151                return super.asXMLElement(document, DoubleAnnotation_element); 
    137152        } 
    138153} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Ellipse.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8383        public Ellipse(Element element) throws EnumerationException 
    8484        { 
    85                 super(element); 
     85                update(element); 
     86        } 
     87 
     88        /**  
     89         * Updates Ellipse recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     90         * properties are removed, only added or updated. 
     91         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     92         * graph from. 
     93         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     94         * enumeration during model object creation. 
     95         */ 
     96        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     97        {        
     98                super.update(element); 
    8699                String tagName = element.getTagName(); 
    87100                if (!"Ellipse".equals(tagName)) 
    88101                { 
     102                        System.err.println(String.format( 
     103                                        "WARNING: Expecting node name of Ellipse got %s", 
     104                                        tagName)); 
    89105                        // TODO: Should be its own Exception 
    90                         throw new RuntimeException(String.format( 
    91                                         "Expecting node name of Ellipse got %s", 
    92                                         tagName)); 
     106                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     107                        //              "Expecting node name of Ellipse got %s", 
     108                        //              tagName)); 
    93109                } 
    94110                if (element.hasAttribute("Y")) 
     
    176192                        Ellipse_element = document.createElement("Ellipse"); 
    177193                } 
    178                 Ellipse_element = super.asXMLElement(document, Ellipse_element); 
    179194 
    180195                if (y != null) 
     
    198213                        Ellipse_element.setAttribute("RadiusX", radiusX.toString()); 
    199214                } 
    200                 return Ellipse_element; 
     215                return super.asXMLElement(document, Ellipse_element); 
    201216        } 
    202217} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experiment.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8989        public Experiment(Element element) throws EnumerationException 
    9090        { 
    91                 super(element); 
     91                update(element); 
     92        } 
     93 
     94        /**  
     95         * Updates Experiment recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     96         * properties are removed, only added or updated. 
     97         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     98         * graph from. 
     99         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     100         * enumeration during model object creation. 
     101         */ 
     102        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     103        {        
     104                super.update(element); 
    92105                String tagName = element.getTagName(); 
    93106                if (!"Experiment".equals(tagName)) 
    94107                { 
     108                        System.err.println(String.format( 
     109                                        "WARNING: Expecting node name of Experiment got %s", 
     110                                        tagName)); 
    95111                        // TODO: Should be its own Exception 
    96                         throw new RuntimeException(String.format( 
    97                                         "Expecting node name of Experiment got %s", 
    98                                         tagName)); 
     112                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     113                        //              "Expecting node name of Experiment got %s", 
     114                        //              tagName)); 
    99115                } 
    100116                if (element.hasAttribute("Type")) 
     
    277293                        Experiment_element = document.createElement("Experiment"); 
    278294                } 
    279                 Experiment_element = super.asXMLElement(document, Experiment_element); 
    280295 
    281296                if (type != null) 
     
    314329                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    315330                } 
    316                 return Experiment_element; 
     331                return super.asXMLElement(document, Experiment_element); 
    317332        } 
    318333} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimentRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ExperimentRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ExperimentRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ExperimentRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ExperimentRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ExperimentRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ExperimentRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ExperimentRef_element = document.createElement("ExperimentRef"); 
    117133                } 
    118                 ExperimentRef_element = super.asXMLElement(document, ExperimentRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ExperimentRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ExperimentRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ExperimentRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experimenter.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    116116        public Experimenter(Element element) throws EnumerationException 
    117117        { 
    118                 super(element); 
     118                update(element); 
     119        } 
     120 
     121        /**  
     122         * Updates Experimenter recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     123         * properties are removed, only added or updated. 
     124         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     125         * graph from. 
     126         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     127         * enumeration during model object creation. 
     128         */ 
     129        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     130        {        
     131                super.update(element); 
    119132                String tagName = element.getTagName(); 
    120133                if (!"Experimenter".equals(tagName)) 
    121134                { 
     135                        System.err.println(String.format( 
     136                                        "WARNING: Expecting node name of Experimenter got %s", 
     137                                        tagName)); 
    122138                        // TODO: Should be its own Exception 
    123                         throw new RuntimeException(String.format( 
    124                                         "Expecting node name of Experimenter got %s", 
    125                                         tagName)); 
     139                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     140                        //              "Expecting node name of Experimenter got %s", 
     141                        //              tagName)); 
    126142                } 
    127143                if (element.hasAttribute("UserName")) 
     
    501517                        Experimenter_element = document.createElement("Experimenter"); 
    502518                } 
    503                 Experimenter_element = super.asXMLElement(document, Experimenter_element); 
    504519 
    505520                if (userName != null) 
     
    571586                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Experiment_BackReference 
    572587                } 
    573                 return Experimenter_element; 
     588                return super.asXMLElement(document, Experimenter_element); 
    574589        } 
    575590} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimenterRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ExperimenterRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ExperimenterRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ExperimenterRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ExperimenterRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ExperimenterRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ExperimenterRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ExperimenterRef_element = document.createElement("ExperimenterRef"); 
    117133                } 
    118                 ExperimenterRef_element = super.asXMLElement(document, ExperimenterRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ExperimenterRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ExperimenterRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ExperimenterRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filament.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Filament(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Filament recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Filament".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Filament got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Filament got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Filament got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("Type")) 
     
    116132                        Filament_element = document.createElement("Filament"); 
    117133                } 
    118                 Filament_element = super.asXMLElement(document, Filament_element); 
    119134 
    120135                if (type != null) 
     
    123138                        Filament_element.setAttribute("Type", type.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Filament_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Filament_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FileAnnotation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public FileAnnotation(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates FileAnnotation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"FileAnnotation".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of FileAnnotation got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of FileAnnotation got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of FileAnnotation got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                NodeList BinaryFile_nodeList = element.getElementsByTagName("BinaryFile"); 
     
    124140                        FileAnnotation_element = document.createElement("FileAnnotation"); 
    125141                } 
    126                 FileAnnotation_element = super.asXMLElement(document, FileAnnotation_element); 
    127142 
    128143                if (binaryFile != null) 
     
    134149                        FileAnnotation_element.appendChild(binaryFile_element); 
    135150                } 
    136                 return FileAnnotation_element; 
     151                return super.asXMLElement(document, FileAnnotation_element); 
    137152        } 
    138153} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filter.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8989        public Filter(Element element) throws EnumerationException 
    9090        { 
    91                 super(element); 
     91                update(element); 
     92        } 
     93 
     94        /**  
     95         * Updates Filter recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     96         * properties are removed, only added or updated. 
     97         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     98         * graph from. 
     99         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     100         * enumeration during model object creation. 
     101         */ 
     102        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     103        {        
     104                super.update(element); 
    92105                String tagName = element.getTagName(); 
    93106                if (!"Filter".equals(tagName)) 
    94107                { 
     108                        System.err.println(String.format( 
     109                                        "WARNING: Expecting node name of Filter got %s", 
     110                                        tagName)); 
    95111                        // TODO: Should be its own Exception 
    96                         throw new RuntimeException(String.format( 
    97                                         "Expecting node name of Filter got %s", 
    98                                         tagName)); 
     112                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     113                        //              "Expecting node name of Filter got %s", 
     114                        //              tagName)); 
    99115                } 
    100116                if (element.hasAttribute("FilterWheel")) 
     
    255271                        Filter_element = document.createElement("Filter"); 
    256272                } 
    257                 Filter_element = super.asXMLElement(document, Filter_element); 
    258273 
    259274                if (filterWheel != null) 
     
    286301                        // *** IGNORING *** Skipped back reference LightPath_BackReference 
    287302                } 
    288                 return Filter_element; 
     303                return super.asXMLElement(document, Filter_element); 
    289304        } 
    290305} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public FilterRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates FilterRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"FilterRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of FilterRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of FilterRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of FilterRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        FilterRef_element = document.createElement("FilterRef"); 
    117133                } 
    118                 FilterRef_element = super.asXMLElement(document, FilterRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        FilterRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return FilterRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, FilterRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSet.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9292        public FilterSet(Element element) throws EnumerationException 
    9393        { 
    94                 super(element); 
     94                update(element); 
     95        } 
     96 
     97        /**  
     98         * Updates FilterSet recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     99         * properties are removed, only added or updated. 
     100         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     101         * graph from. 
     102         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     103         * enumeration during model object creation. 
     104         */ 
     105        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     106        {        
     107                super.update(element); 
    95108                String tagName = element.getTagName(); 
    96109                if (!"FilterSet".equals(tagName)) 
    97110                { 
     111                        System.err.println(String.format( 
     112                                        "WARNING: Expecting node name of FilterSet got %s", 
     113                                        tagName)); 
    98114                        // TODO: Should be its own Exception 
    99                         throw new RuntimeException(String.format( 
    100                                         "Expecting node name of FilterSet got %s", 
    101                                         tagName)); 
     115                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     116                        //              "Expecting node name of FilterSet got %s", 
     117                        //              tagName)); 
    102118                } 
    103119                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    326342                        FilterSet_element = document.createElement("FilterSet"); 
    327343                } 
    328                 FilterSet_element = super.asXMLElement(document, FilterSet_element); 
    329344 
    330345                if (id != null) 
     
    357372                        // *** IGNORING *** Skipped back reference ChannelProfile_BackReference 
    358373                } 
    359                 return FilterSet_element; 
     374                return super.asXMLElement(document, FilterSet_element); 
    360375        } 
    361376} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSetRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public FilterSetRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates FilterSetRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"FilterSetRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of FilterSetRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of FilterSetRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of FilterSetRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        FilterSetRef_element = document.createElement("FilterSetRef"); 
    117133                } 
    118                 FilterSetRef_element = super.asXMLElement(document, FilterSetRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        FilterSetRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return FilterSetRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, FilterSetRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Group.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public Group(Element element) throws EnumerationException 
    9999        { 
    100                 super(element); 
     100                update(element); 
     101        } 
     102 
     103        /**  
     104         * Updates Group recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     105         * properties are removed, only added or updated. 
     106         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     107         * graph from. 
     108         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     109         * enumeration during model object creation. 
     110         */ 
     111        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     112        {        
     113                super.update(element); 
    101114                String tagName = element.getTagName(); 
    102115                if (!"Group".equals(tagName)) 
    103116                { 
     117                        System.err.println(String.format( 
     118                                        "WARNING: Expecting node name of Group got %s", 
     119                                        tagName)); 
    104120                        // TODO: Should be its own Exception 
    105                         throw new RuntimeException(String.format( 
    106                                         "Expecting node name of Group got %s", 
    107                                         tagName)); 
     121                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     122                        //              "Expecting node name of Group got %s", 
     123                        //              tagName)); 
    108124                } 
    109125                if (element.hasAttribute("Name")) 
     
    362378                        Group_element = document.createElement("Group"); 
    363379                } 
    364                 Group_element = super.asXMLElement(document, Group_element); 
    365380 
    366381                if (name != null) 
     
    410425                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
    411426                } 
    412                 return Group_element; 
     427                return super.asXMLElement(document, Group_element); 
    413428        } 
    414429} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/GroupRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public GroupRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates GroupRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"GroupRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of GroupRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of GroupRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of GroupRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        GroupRef_element = document.createElement("GroupRef"); 
    117133                } 
    118                 GroupRef_element = super.asXMLElement(document, GroupRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        GroupRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return GroupRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, GroupRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Image.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        public Image(Element element) throws EnumerationException 
    123123        { 
    124                 super(element); 
     124                update(element); 
     125        } 
     126 
     127        /**  
     128         * Updates Image recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     129         * properties are removed, only added or updated. 
     130         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     131         * graph from. 
     132         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     133         * enumeration during model object creation. 
     134         */ 
     135        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     136        {        
     137                super.update(element); 
    125138                String tagName = element.getTagName(); 
    126139                if (!"Image".equals(tagName)) 
    127140                { 
     141                        System.err.println(String.format( 
     142                                        "WARNING: Expecting node name of Image got %s", 
     143                                        tagName)); 
    128144                        // TODO: Should be its own Exception 
    129                         throw new RuntimeException(String.format( 
    130                                         "Expecting node name of Image got %s", 
    131                                         tagName)); 
     145                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     146                        //              "Expecting node name of Image got %s", 
     147                        //              tagName)); 
    132148                } 
    133149                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    623639                        Image_element = document.createElement("Image"); 
    624640                } 
    625                 Image_element = super.asXMLElement(document, Image_element); 
    626641 
    627642                if (id != null) 
     
    711726                        // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
    712727                } 
    713                 return Image_element; 
     728                return super.asXMLElement(document, Image_element); 
    714729        } 
    715730} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageProfile.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8686        public ImageProfile(Element element) throws EnumerationException 
    8787        { 
    88                 super(element); 
     88                update(element); 
     89        } 
     90 
     91        /**  
     92         * Updates ImageProfile recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     93         * properties are removed, only added or updated. 
     94         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     95         * graph from. 
     96         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     97         * enumeration during model object creation. 
     98         */ 
     99        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     100        {        
     101                super.update(element); 
    89102                String tagName = element.getTagName(); 
    90103                if (!"ImageProfile".equals(tagName)) 
    91104                { 
    92                         // TODO: Should be its own Exception 
    93                         throw new RuntimeException(String.format( 
    94                                         "Expecting node name of ImageProfile got %s", 
     105                        System.err.println(String.format( 
     106                                        "WARNING: Expecting node name of ImageProfile got %s", 
    95107                                        tagName)); 
     108                        // TODO: Should be its own Exception 
     109                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     110                        //              "Expecting node name of ImageProfile got %s", 
     111                        //              tagName)); 
    96112                } 
    97113                if (element.hasAttribute("origin")) 
     
    236252                        ImageProfile_element = document.createElement("ImageProfile"); 
    237253                } 
    238                 ImageProfile_element = super.asXMLElement(document, ImageProfile_element); 
    239254 
    240255                if (origin != null) 
     
    269284                        ImageProfile_element.appendChild(objectiveSettings.asXMLElement(document)); 
    270285                } 
    271                 return ImageProfile_element; 
     286                return super.asXMLElement(document, ImageProfile_element); 
    272287        } 
    273288} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ImageRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ImageRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ImageRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ImageRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ImageRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ImageRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ImageRef_element = document.createElement("ImageRef"); 
    117133                } 
    118                 ImageRef_element = super.asXMLElement(document, ImageRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ImageRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ImageRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ImageRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImagingEnvironment.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8383        public ImagingEnvironment(Element element) throws EnumerationException 
    8484        { 
    85                 super(element); 
     85                update(element); 
     86        } 
     87 
     88        /**  
     89         * Updates ImagingEnvironment recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     90         * properties are removed, only added or updated. 
     91         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     92         * graph from. 
     93         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     94         * enumeration during model object creation. 
     95         */ 
     96        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     97        {        
     98                super.update(element); 
    8699                String tagName = element.getTagName(); 
    87100                if (!"ImagingEnvironment".equals(tagName)) 
    88101                { 
     102                        System.err.println(String.format( 
     103                                        "WARNING: Expecting node name of ImagingEnvironment got %s", 
     104                                        tagName)); 
    89105                        // TODO: Should be its own Exception 
    90                         throw new RuntimeException(String.format( 
    91                                         "Expecting node name of ImagingEnvironment got %s", 
    92                                         tagName)); 
     106                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     107                        //              "Expecting node name of ImagingEnvironment got %s", 
     108                        //              tagName)); 
    93109                } 
    94110                if (element.hasAttribute("CO2Percent")) 
     
    176192                        ImagingEnvironment_element = document.createElement("ImagingEnvironment"); 
    177193                } 
    178                 ImagingEnvironment_element = super.asXMLElement(document, ImagingEnvironment_element); 
    179194 
    180195                if (co2percent != null) 
     
    198213                        ImagingEnvironment_element.setAttribute("Humidity", humidity.toString()); 
    199214                } 
    200                 return ImagingEnvironment_element; 
     215                return super.asXMLElement(document, ImagingEnvironment_element); 
    201216        } 
    202217} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Instrument.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        public Instrument(Element element) throws EnumerationException 
    105105        { 
    106                 super(element); 
     106                update(element); 
     107        } 
     108 
     109        /**  
     110         * Updates Instrument recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     111         * properties are removed, only added or updated. 
     112         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     113         * graph from. 
     114         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     115         * enumeration during model object creation. 
     116         */ 
     117        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     118        {        
     119                super.update(element); 
    107120                String tagName = element.getTagName(); 
    108121                if (!"Instrument".equals(tagName)) 
    109122                { 
     123                        System.err.println(String.format( 
     124                                        "WARNING: Expecting node name of Instrument got %s", 
     125                                        tagName)); 
    110126                        // TODO: Should be its own Exception 
    111                         throw new RuntimeException(String.format( 
    112                                         "Expecting node name of Instrument got %s", 
    113                                         tagName)); 
     127                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     128                        //              "Expecting node name of Instrument got %s", 
     129                        //              tagName)); 
    114130                } 
    115131                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    138154                // object type is also abstract so we need to have a handler for 
    139155                // each "subclass". 
    140                 NodeList Laser_nodeList = element.getElementsByTagName("Laser"); 
    141                 for (int i = 0; i < Laser_nodeList.getLength(); i++) 
    142                 { 
    143                         Element Laser_element = (Element) Laser_nodeList.item(i); 
    144                         addLightSource( 
    145                                         new Laser(Laser_element)); 
    146                 } 
    147                 // Element property LightSource which is complex (has 
    148                 // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
    149                 // object type is also abstract so we need to have a handler for 
    150                 // each "subclass". 
    151                 NodeList Filament_nodeList = element.getElementsByTagName("Filament"); 
    152                 for (int i = 0; i < Filament_nodeList.getLength(); i++) 
    153                 { 
    154                         Element Filament_element = (Element) Filament_nodeList.item(i); 
    155                         addLightSource( 
    156                                         new Filament(Filament_element)); 
    157                 } 
    158                 // Element property LightSource which is complex (has 
    159                 // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
    160                 // object type is also abstract so we need to have a handler for 
    161                 // each "subclass". 
    162                 NodeList Arc_nodeList = element.getElementsByTagName("Arc"); 
    163                 for (int i = 0; i < Arc_nodeList.getLength(); i++) 
    164                 { 
    165                         Element Arc_element = (Element) Arc_nodeList.item(i); 
    166                         addLightSource( 
    167                                         new Arc(Arc_element)); 
    168                 } 
    169                 // Element property LightSource which is complex (has 
    170                 // sub-elements) and occurs more than once. The element's model 
    171                 // object type is also abstract so we need to have a handler for 
    172                 // each "subclass". 
    173                 NodeList LightEmittingDiode_nodeList = element.getElementsByTagName("LightEmittingDiode"); 
    174                 for (int i = 0; i < LightEmittingDiode_nodeList.getLength(); i++) 
    175                 { 
    176                         Element LightEmittingDiode_element = (Element) LightEmittingDiode_nodeList.item(i); 
    177                         addLightSource( 
    178                                         new LightEmittingDiode(LightEmittingDiode_element)); 
     156                NodeList LightSource_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSource"); 
     157                for (int i = 0; i < LightSource_nodeList.getLength(); i++) 
     158                { 
     159                        Element LightSource_element = (Element) LightSource_nodeList.item(i); 
     160                        NodeList Laser_nodeList =  
     161                                        LightSource_element.getElementsByTagName("Laser"); 
     162                        for (int j = 0; j < Laser_nodeList.getLength(); j++) 
     163                        { 
     164                                Element Laser_element = (Element) Laser_nodeList.item(j); 
     165                                Laser o = new Laser(Laser_element); 
     166                                o.update(LightSource_element); 
     167                                addLightSource(o); 
     168                        } 
     169                        NodeList Filament_nodeList =  
     170                                        LightSource_element.getElementsByTagName("Filament"); 
     171                        for (int j = 0; j < Filament_nodeList.getLength(); j++) 
     172                        { 
     173                                Element Filament_element = (Element) Filament_nodeList.item(j); 
     174                                Filament o = new Filament(Filament_element); 
     175                                o.update(LightSource_element); 
     176                                addLightSource(o); 
     177                        } 
     178                        NodeList Arc_nodeList =  
     179                                        LightSource_element.getElementsByTagName("Arc"); 
     180                        for (int j = 0; j < Arc_nodeList.getLength(); j++) 
     181                        { 
     182                                Element Arc_element = (Element) Arc_nodeList.item(j); 
     183                                Arc o = new Arc(Arc_element); 
     184                                o.update(LightSource_element); 
     185                                addLightSource(o); 
     186                        } 
     187                        NodeList LightEmittingDiode_nodeList =  
     188                                        LightSource_element.getElementsByTagName("LightEmittingDiode"); 
     189                        for (int j = 0; j < LightEmittingDiode_nodeList.getLength(); j++) 
     190                        { 
     191                                Element LightEmittingDiode_element = (Element) LightEmittingDiode_nodeList.item(j); 
     192                                LightEmittingDiode o = new LightEmittingDiode(LightEmittingDiode_element); 
     193                                o.update(LightSource_element); 
     194                                addLightSource(o); 
     195                        } 
    179196                } 
    180197                // Element property Detector which is complex (has 
     
    551568                        Instrument_element = document.createElement("Instrument"); 
    552569                } 
    553                 Instrument_element = super.asXMLElement(document, Instrument_element); 
    554570 
    555571                if (id != null) 
     
    635651                        // *** IGNORING *** Skipped back reference ImageProfile_BackReference 
    636652                } 
    637                 return Instrument_element; 
     653                return super.asXMLElement(document, Instrument_element); 
    638654        } 
    639655} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/InstrumentRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public InstrumentRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates InstrumentRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"InstrumentRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of InstrumentRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of InstrumentRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of InstrumentRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        InstrumentRef_element = document.createElement("InstrumentRef"); 
    117133                } 
    118                 InstrumentRef_element = super.asXMLElement(document, InstrumentRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        InstrumentRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return InstrumentRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, InstrumentRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Laser.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public Laser(Element element) throws EnumerationException 
    9999        { 
    100                 super(element); 
     100                update(element); 
     101        } 
     102 
     103        /**  
     104         * Updates Laser recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     105         * properties are removed, only added or updated. 
     106         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     107         * graph from. 
     108         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     109         * enumeration during model object creation. 
     110         */ 
     111        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     112        {        
     113                super.update(element); 
    101114                String tagName = element.getTagName(); 
    102115                if (!"Laser".equals(tagName)) 
    103116                { 
     117                        System.err.println(String.format( 
     118                                        "WARNING: Expecting node name of Laser got %s", 
     119                                        tagName)); 
    104120                        // TODO: Should be its own Exception 
    105                         throw new RuntimeException(String.format( 
    106                                         "Expecting node name of Laser got %s", 
    107                                         tagName)); 
     121                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     122                        //              "Expecting node name of Laser got %s", 
     123                        //              tagName)); 
    108124                } 
    109125                if (element.hasAttribute("PockelCell")) 
     
    285301                        Laser_element = document.createElement("Laser"); 
    286302                } 
    287                 Laser_element = super.asXMLElement(document, Laser_element); 
    288303 
    289304                if (pockelCell != null) 
     
    333348                        Laser_element.appendChild(pump.asXMLElement(document)); 
    334349                } 
    335                 return Laser_element; 
     350                return super.asXMLElement(document, Laser_element); 
    336351        } 
    337352} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Leader.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Leader(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Leader recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Leader".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Leader got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Leader got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Leader got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        Leader_element = document.createElement("Leader"); 
    117133                } 
    118                 Leader_element = super.asXMLElement(document, Leader_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        Leader_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Leader_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Leader_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightEmittingDiode.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7171        public LightEmittingDiode(Element element) throws EnumerationException 
    7272        { 
    73                 super(element); 
     73                update(element); 
     74        } 
     75 
     76        /**  
     77         * Updates LightEmittingDiode recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     78         * properties are removed, only added or updated. 
     79         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     80         * graph from. 
     81         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     82         * enumeration during model object creation. 
     83         */ 
     84        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     85        {        
     86                super.update(element); 
    7487                String tagName = element.getTagName(); 
    7588                if (!"LightEmittingDiode".equals(tagName)) 
    7689                { 
     90                        System.err.println(String.format( 
     91                                        "WARNING: Expecting node name of LightEmittingDiode got %s", 
     92                                        tagName)); 
    7793                        // TODO: Should be its own Exception 
    78                         throw new RuntimeException(String.format( 
    79                                         "Expecting node name of LightEmittingDiode got %s", 
    80                                         tagName)); 
     94                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     95                        //              "Expecting node name of LightEmittingDiode got %s", 
     96                        //              tagName)); 
    8197                } 
    8298        } 
     
    96112                        LightEmittingDiode_element = document.createElement("LightEmittingDiode"); 
    97113                } 
    98                 LightEmittingDiode_element = super.asXMLElement(document, LightEmittingDiode_element); 
    99114 
    100                 return LightEmittingDiode_element; 
     115                return super.asXMLElement(document, LightEmittingDiode_element); 
    101116        } 
    102117} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightPath.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8080        public LightPath(Element element) throws EnumerationException 
    8181        { 
    82                 super(element); 
     82                update(element); 
     83        } 
     84 
     85        /**  
     86         * Updates LightPath recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     87         * properties are removed, only added or updated. 
     88         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     89         * graph from. 
     90         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     91         * enumeration during model object creation. 
     92         */ 
     93        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     94        {        
     95                super.update(element); 
    8396                String tagName = element.getTagName(); 
    8497                if (!"LightPath".equals(tagName)) 
    8598                { 
     99                        System.err.println(String.format( 
     100                                        "WARNING: Expecting node name of LightPath got %s", 
     101                                        tagName)); 
    86102                        // TODO: Should be its own Exception 
    87                         throw new RuntimeException(String.format( 
    88                                         "Expecting node name of LightPath got %s", 
    89                                         tagName)); 
     103                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     104                        //              "Expecting node name of LightPath got %s", 
     105                        //              tagName)); 
    90106                } 
    91107                // *** IGNORING *** Skipped back reference ExcitationFilterRef 
     
    201217                        LightPath_element = document.createElement("LightPath"); 
    202218                } 
    203                 LightPath_element = super.asXMLElement(document, LightPath_element); 
    204219 
    205220                if (excitationFilterList != null) 
     
    215230                        // *** IGNORING *** Skipped back reference EmissionFilterRef 
    216231                } 
    217                 return LightPath_element; 
     232                return super.asXMLElement(document, LightPath_element); 
    218233        } 
    219234} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSource.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8585        public LightSource(Element element) throws EnumerationException 
    8686        { 
    87                 super(element); 
     87                update(element); 
     88        } 
     89 
     90        /**  
     91         * Updates LightSource recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     92         * properties are removed, only added or updated. 
     93         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     94         * graph from. 
     95         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     96         * enumeration during model object creation. 
     97         */ 
     98        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     99        {        
     100                super.update(element); 
    88101                if (element.hasAttribute("ID")) 
    89102                { 
     
    179192        { 
    180193                // Creating XML block for LightSource 
     194                // Class is abstract so we may need to create its "container" element 
     195                if (!"LightSource".equals(LightSource_element.getTagName())) 
     196                { 
     197                        Element abstractElement = document.createElement("LightSource"); 
     198                        abstractElement.appendChild(LightSource_element); 
     199                        LightSource_element = abstractElement; 
     200                } 
    181201                if (LightSource_element == null) 
    182202                { 
    183203                        LightSource_element = document.createElement("LightSource"); 
    184204                } 
    185                 LightSource_element = super.asXMLElement(document, LightSource_element); 
    186205 
    187206                if (id != null) 
     
    195214                        LightSource_element.setAttribute("Power", power.toString()); 
    196215                } 
    197                 return LightSource_element; 
     216                return super.asXMLElement(document, LightSource_element); 
    198217        } 
    199218} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSourceSettings.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8080        public LightSourceSettings(Element element) throws EnumerationException 
    8181        { 
    82                 super(element); 
     82                update(element); 
     83        } 
     84 
     85        /**  
     86         * Updates LightSourceSettings recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     87         * properties are removed, only added or updated. 
     88         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     89         * graph from. 
     90         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     91         * enumeration during model object creation. 
     92         */ 
     93        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     94        {        
     95                super.update(element); 
    8396                String tagName = element.getTagName(); 
    8497                if (!"LightSourceSettings".equals(tagName)) 
    8598                { 
     99                        System.err.println(String.format( 
     100                                        "WARNING: Expecting node name of LightSourceSettings got %s", 
     101                                        tagName)); 
    86102                        // TODO: Should be its own Exception 
    87                         throw new RuntimeException(String.format( 
    88                                         "Expecting node name of LightSourceSettings got %s", 
    89                                         tagName)); 
     103                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     104                        //              "Expecting node name of LightSourceSettings got %s", 
     105                        //              tagName)); 
    90106                } 
    91107                if (element.hasAttribute("Wavelength")) 
     
    156172                        LightSourceSettings_element = document.createElement("LightSourceSettings"); 
    157173                } 
    158                 LightSourceSettings_element = super.asXMLElement(document, LightSourceSettings_element); 
    159174 
    160175                if (wavelength != null) 
     
    173188                        LightSourceSettings_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    174189                } 
    175                 return LightSourceSettings_element; 
     190                return super.asXMLElement(document, LightSourceSettings_element); 
    176191        } 
    177192} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Line.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8383        public Line(Element element) throws EnumerationException 
    8484        { 
    85                 super(element); 
     85                update(element); 
     86        } 
     87 
     88        /**  
     89         * Updates Line recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     90         * properties are removed, only added or updated. 
     91         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     92         * graph from. 
     93         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     94         * enumeration during model object creation. 
     95         */ 
     96        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     97        {        
     98                super.update(element); 
    8699                String tagName = element.getTagName(); 
    87100                if (!"Line".equals(tagName)) 
    88101                { 
     102                        System.err.println(String.format( 
     103                                        "WARNING: Expecting node name of Line got %s", 
     104                                        tagName)); 
    89105                        // TODO: Should be its own Exception 
    90                         throw new RuntimeException(String.format( 
    91                                         "Expecting node name of Line got %s", 
    92                                         tagName)); 
     106                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     107                        //              "Expecting node name of Line got %s", 
     108                        //              tagName)); 
    93109                } 
    94110                if (element.hasAttribute("Y1")) 
     
    176192                        Line_element = document.createElement("Line"); 
    177193                } 
    178                 Line_element = super.asXMLElement(document, Line_element); 
    179194 
    180195                if (y1 != null) 
     
    198213                        Line_element.setAttribute("Y2", y2.toString()); 
    199214                } 
    200                 return Line_element; 
     215                return super.asXMLElement(document, Line_element); 
    201216        } 
    202217} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ListAnnotation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ListAnnotation(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ListAnnotation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ListAnnotation".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ListAnnotation got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ListAnnotation got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ListAnnotation got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     
    131147                        ListAnnotation_element = document.createElement("ListAnnotation"); 
    132148                } 
    133                 ListAnnotation_element = super.asXMLElement(document, ListAnnotation_element); 
    134149 
    135150                if (annotationList != null) 
     
    137152                        // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    138153                } 
    139                 return ListAnnotation_element; 
     154                return super.asXMLElement(document, ListAnnotation_element); 
    140155        } 
    141156} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LongAnnotation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public LongAnnotation(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates LongAnnotation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"LongAnnotation".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of LongAnnotation got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of LongAnnotation got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of LongAnnotation got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
     
    124140                        LongAnnotation_element = document.createElement("LongAnnotation"); 
    125141                } 
    126                 LongAnnotation_element = super.asXMLElement(document, LongAnnotation_element); 
    127142 
    128143                if (value != null) 
     
    134149                        LongAnnotation_element.appendChild(value_element); 
    135150                } 
    136                 return LongAnnotation_element; 
     151                return super.asXMLElement(document, LongAnnotation_element); 
    137152        } 
    138153} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ManufacturerSpec.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    5050import ome.xml.r201004.enums.*; 
    5151 
    52 public abstract class ManufacturerSpec extends AbstractOMEModelObject 
     52public class ManufacturerSpec extends AbstractOMEModelObject 
    5353{ 
    5454        // -- Instance variables -- 
     
    8383        public ManufacturerSpec(Element element) throws EnumerationException 
    8484        { 
    85                 super(element); 
     85                update(element); 
     86        } 
     87 
     88        /**  
     89         * Updates ManufacturerSpec recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     90         * properties are removed, only added or updated. 
     91         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     92         * graph from. 
     93         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     94         * enumeration during model object creation. 
     95         */ 
     96        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     97        {        
     98                super.update(element); 
     99                String tagName = element.getTagName(); 
     100                if (!"ManufacturerSpec".equals(tagName)) 
     101                { 
     102                        System.err.println(String.format( 
     103                                        "WARNING: Expecting node name of ManufacturerSpec got %s", 
     104                                        tagName)); 
     105                        // TODO: Should be its own Exception 
     106                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     107                        //              "Expecting node name of ManufacturerSpec got %s", 
     108                        //              tagName)); 
     109                } 
    86110                if (element.hasAttribute("LotNumber")) 
    87111                { 
     
    156180        } 
    157181 
     182        public Element asXMLElement(Document document) 
     183        { 
     184                return asXMLElement(document, null); 
     185        } 
     186 
    158187        protected Element asXMLElement(Document document, Element ManufacturerSpec_element) 
    159188        { 
     
    163192                        ManufacturerSpec_element = document.createElement("ManufacturerSpec"); 
    164193                } 
    165                 ManufacturerSpec_element = super.asXMLElement(document, ManufacturerSpec_element); 
    166194 
    167195                if (lotNumber != null) 
     
    185213                        ManufacturerSpec_element.setAttribute("Manufacturer", manufacturer.toString()); 
    186214                } 
    187                 return ManufacturerSpec_element; 
     215                return super.asXMLElement(document, ManufacturerSpec_element); 
    188216        } 
    189217} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Mask.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8080        public Mask(Element element) throws EnumerationException 
    8181        { 
    82                 super(element); 
     82                update(element); 
     83        } 
     84 
     85        /**  
     86         * Updates Mask recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     87         * properties are removed, only added or updated. 
     88         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     89         * graph from. 
     90         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     91         * enumeration during model object creation. 
     92         */ 
     93        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     94        {        
     95                super.update(element); 
    8396                String tagName = element.getTagName(); 
    8497                if (!"Mask".equals(tagName)) 
    8598                { 
     99                        System.err.println(String.format( 
     100                                        "WARNING: Expecting node name of Mask got %s", 
     101                                        tagName)); 
    86102                        // TODO: Should be its own Exception 
    87                         throw new RuntimeException(String.format( 
    88                                         "Expecting node name of Mask got %s", 
    89                                         tagName)); 
     103                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     104                        //              "Expecting node name of Mask got %s", 
     105                        //              tagName)); 
    90106                } 
    91107                if (element.hasAttribute("Y")) 
     
    178194                        Mask_element = document.createElement("Mask"); 
    179195                } 
    180                 Mask_element = super.asXMLElement(document, Mask_element); 
    181196 
    182197                if (y != null) 
     
    201216                        } 
    202217                } 
    203                 return Mask_element; 
     218                return super.asXMLElement(document, Mask_element); 
    204219        } 
    205220} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MetadataOnly.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7171        public MetadataOnly(Element element) throws EnumerationException 
    7272        { 
    73                 super(element); 
     73                update(element); 
     74        } 
     75 
     76        /**  
     77         * Updates MetadataOnly recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     78         * properties are removed, only added or updated. 
     79         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     80         * graph from. 
     81         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     82         * enumeration during model object creation. 
     83         */ 
     84        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     85        {        
     86                super.update(element); 
    7487                String tagName = element.getTagName(); 
    7588                if (!"MetadataOnly".equals(tagName)) 
    7689                { 
     90                        System.err.println(String.format( 
     91                                        "WARNING: Expecting node name of MetadataOnly got %s", 
     92                                        tagName)); 
    7793                        // TODO: Should be its own Exception 
    78                         throw new RuntimeException(String.format( 
    79                                         "Expecting node name of MetadataOnly got %s", 
    80                                         tagName)); 
     94                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     95                        //              "Expecting node name of MetadataOnly got %s", 
     96                        //              tagName)); 
    8197                } 
    8298        } 
     
    96112                        MetadataOnly_element = document.createElement("MetadataOnly"); 
    97113                } 
    98                 MetadataOnly_element = super.asXMLElement(document, MetadataOnly_element); 
    99114 
    100                 return MetadataOnly_element; 
     115                return super.asXMLElement(document, MetadataOnly_element); 
    101116        } 
    102117} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulation.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8989        public MicrobeamManipulation(Element element) throws EnumerationException 
    9090        { 
    91                 super(element); 
     91                update(element); 
     92        } 
     93 
     94        /**  
     95         * Updates MicrobeamManipulation recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     96         * properties are removed, only added or updated. 
     97         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     98         * graph from. 
     99         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     100         * enumeration during model object creation. 
     101         */ 
     102        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     103        {        
     104                super.update(element); 
    92105                String tagName = element.getTagName(); 
    93106                if (!"MicrobeamManipulation".equals(tagName)) 
    94107                { 
     108                        System.err.println(String.format( 
     109                                        "WARNING: Expecting node name of MicrobeamManipulation got %s", 
     110                                        tagName)); 
    95111                        // TODO: Should be its own Exception 
    96                         throw new RuntimeException(String.format( 
    97                                         "Expecting node name of MicrobeamManipulation got %s", 
    98                                         tagName)); 
     112                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     113                        //              "Expecting node name of MicrobeamManipulation got %s", 
     114                        //              tagName)); 
    99115                } 
    100116                if (element.hasAttribute("Type")) 
     
    284300                        MicrobeamManipulation_element = document.createElement("MicrobeamManipulation"); 
    285301                } 
    286                 MicrobeamManipulation_element = super.asXMLElement(document, MicrobeamManipulation_element); 
    287302 
    288303                if (type != null) 
     
    317332                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    318333                } 
    319                 return MicrobeamManipulation_element; 
     334                return super.asXMLElement(document, MicrobeamManipulation_element); 
    320335        } 
    321336} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulationRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public MicrobeamManipulationRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates MicrobeamManipulationRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"MicrobeamManipulationRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of MicrobeamManipulationRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of MicrobeamManipulationRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of MicrobeamManipulationRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        MicrobeamManipulationRef_element = document.createElement("MicrobeamManipulationRef"); 
    117133                } 
    118                 MicrobeamManipulationRef_element = super.asXMLElement(document, MicrobeamManipulationRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        MicrobeamManipulationRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return MicrobeamManipulationRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, MicrobeamManipulationRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Microscope.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Microscope(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Microscope recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Microscope".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Microscope got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Microscope got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Microscope got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("Type")) 
     
    116132                        Microscope_element = document.createElement("Microscope"); 
    117133                } 
    118                 Microscope_element = super.asXMLElement(document, Microscope_element); 
    119134 
    120135                if (type != null) 
     
    123138                        Microscope_element.setAttribute("Type", type.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Microscope_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Microscope_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OME.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public OME(Element element) throws EnumerationException 
    108108        { 
    109                 super(element); 
     109                update(element); 
     110        } 
     111 
     112        /**  
     113         * Updates OME recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     114         * properties are removed, only added or updated. 
     115         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     116         * graph from. 
     117         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     118         * enumeration during model object creation. 
     119         */ 
     120        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     121        {        
     122                super.update(element); 
    110123                String tagName = element.getTagName(); 
    111124                if (!"OME".equals(tagName)) 
    112125                { 
     126                        System.err.println(String.format( 
     127                                        "WARNING: Expecting node name of OME got %s", 
     128                                        tagName)); 
    113129                        // TODO: Should be its own Exception 
    114                         throw new RuntimeException(String.format( 
    115                                         "Expecting node name of OME got %s", 
    116                                         tagName)); 
     130                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     131                        //              "Expecting node name of OME got %s", 
     132                        //              tagName)); 
    117133                } 
    118134                if (element.hasAttribute("UUID")) 
     
    575591                        OME_element = document.createElement("OME"); 
    576592                } 
    577                 OME_element = super.asXMLElement(document, OME_element); 
    578593 
    579594                if (uuid != null) 
     
    678693                        } 
    679694                } 
    680                 return OME_element; 
     695                return super.asXMLElement(document, OME_element); 
    681696        } 
    682697} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OMEModelObject.java

    r6150 r6158  
    4545   */ 
    4646  Element asXMLElement(Document document); 
     47 
     48  /**  
     49   * Updates ${klass.name} recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     50   * properties are removed, only added or updated. 
     51   * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     52   * graph from. 
     53   * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     54   * enumeration during model object creation. 
     55   */ 
     56  void update(Element element) throws EnumerationException; 
    4757} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTF.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public OTF(Element element) throws EnumerationException 
    102102        { 
    103                 super(element); 
     103                update(element); 
     104        } 
     105 
     106        /**  
     107         * Updates OTF recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     108         * properties are removed, only added or updated. 
     109         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     110         * graph from. 
     111         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     112         * enumeration during model object creation. 
     113         */ 
     114        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     115        {        
     116                super.update(element); 
    104117                String tagName = element.getTagName(); 
    105118                if (!"OTF".equals(tagName)) 
    106119                { 
     120                        System.err.println(String.format( 
     121                                        "WARNING: Expecting node name of OTF got %s", 
     122                                        tagName)); 
    107123                        // TODO: Should be its own Exception 
    108                         throw new RuntimeException(String.format( 
    109                                         "Expecting node name of OTF got %s", 
    110                                         tagName)); 
     124                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     125                        //              "Expecting node name of OTF got %s", 
     126                        //              tagName)); 
    111127                } 
    112128                if (element.hasAttribute("SizeX")) 
     
    358374                        OTF_element = document.createElement("OTF"); 
    359375                } 
    360                 OTF_element = super.asXMLElement(document, OTF_element); 
    361376 
    362377                if (sizeX != null) 
     
    411426                        // *** IGNORING *** Skipped back reference ChannelProfile_BackReference 
    412427                } 
    413                 return OTF_element; 
     428                return super.asXMLElement(document, OTF_element); 
    414429        } 
    415430} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTFRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public OTFRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates OTFRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"OTFRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of OTFRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of OTFRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of OTFRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        OTFRef_element = document.createElement("OTFRef"); 
    117133                } 
    118                 OTFRef_element = super.asXMLElement(document, OTFRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        OTFRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return OTFRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, OTFRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Objective.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9595        public Objective(Element element) throws EnumerationException 
    9696        { 
    97                 super(element); 
     97                update(element); 
     98        } 
     99 
     100        /**  
     101         * Updates Objective recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     102         * properties are removed, only added or updated. 
     103         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     104         * graph from. 
     105         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     106         * enumeration during model object creation. 
     107         */ 
     108        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     109        {        
     110                super.update(element); 
    98111                String tagName = element.getTagName(); 
    99112                if (!"Objective".equals(tagName)) 
    100113                { 
     114                        System.err.println(String.format( 
     115                                        "WARNING: Expecting node name of Objective got %s", 
     116                                        tagName)); 
    101117                        // TODO: Should be its own Exception 
    102                         throw new RuntimeException(String.format( 
    103                                         "Expecting node name of Objective got %s", 
    104                                         tagName)); 
     118                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     119                        //              "Expecting node name of Objective got %s", 
     120                        //              tagName)); 
    105121                } 
    106122                if (element.hasAttribute("Iris")) 
     
    256272                        Objective_element = document.createElement("Objective"); 
    257273                } 
    258                 Objective_element = super.asXMLElement(document, Objective_element); 
    259274 
    260275                if (iris != null) 
     
    298313                        Objective_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    299314                } 
    300                 return Objective_element; 
     315                return super.asXMLElement(document, Objective_element); 
    301316        } 
    302317} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ObjectiveSettings.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8383        public ObjectiveSettings(Element element) throws EnumerationException 
    8484        { 
    85                 super(element); 
     85                update(element); 
     86        } 
     87 
     88        /**  
     89         * Updates ObjectiveSettings recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     90         * properties are removed, only added or updated. 
     91         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     92         * graph from. 
     93         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     94         * enumeration during model object creation. 
     95         */ 
     96        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     97        {        
     98                super.update(element); 
    8699                String tagName = element.getTagName(); 
    87100                if (!"ObjectiveSettings".equals(tagName)) 
    88101                { 
     102                        System.err.println(String.format( 
     103                                        "WARNING: Expecting node name of ObjectiveSettings got %s", 
     104                                        tagName)); 
    89105                        // TODO: Should be its own Exception 
    90                         throw new RuntimeException(String.format( 
    91                                         "Expecting node name of ObjectiveSettings got %s", 
    92                                         tagName)); 
     106                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     107                        //              "Expecting node name of ObjectiveSettings got %s", 
     108                        //              tagName)); 
    93109                } 
    94110                if (element.hasAttribute("RefractiveIndex")) 
     
    176192                        ObjectiveSettings_element = document.createElement("ObjectiveSettings"); 
    177193                } 
    178                 ObjectiveSettings_element = super.asXMLElement(document, ObjectiveSettings_element); 
    179194 
    180195                if (refractiveIndex != null) 
     
    198213                        ObjectiveSettings_element.setAttribute("Medium", medium.toString()); 
    199214                } 
    200                 return ObjectiveSettings_element; 
     215                return super.asXMLElement(document, ObjectiveSettings_element); 
    201216        } 
    202217} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Path.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Path(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Path recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Path".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Path got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Path got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Path got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("Definition")) 
     
    116132                        Path_element = document.createElement("Path"); 
    117133                } 
    118                 Path_element = super.asXMLElement(document, Path_element); 
    119134 
    120135                if (definition != null) 
     
    123138                        Path_element.setAttribute("Definition", definition.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Path_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Path_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pixels.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    125125        public Pixels(Element element) throws EnumerationException 
    126126        { 
    127                 super(element); 
     127                update(element); 
     128        } 
     129 
     130        /**  
     131         * Updates Pixels recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     132         * properties are removed, only added or updated. 
     133         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     134         * graph from. 
     135         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     136         * enumeration during model object creation. 
     137         */ 
     138        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     139        {        
     140                super.update(element); 
    128141                String tagName = element.getTagName(); 
    129142                if (!"Pixels".equals(tagName)) 
    130143                { 
     144                        System.err.println(String.format( 
     145                                        "WARNING: Expecting node name of Pixels got %s", 
     146                                        tagName)); 
    131147                        // TODO: Should be its own Exception 
    132                         throw new RuntimeException(String.format( 
    133                                         "Expecting node name of Pixels got %s", 
    134                                         tagName)); 
     148                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     149                        //              "Expecting node name of Pixels got %s", 
     150                        //              tagName)); 
    135151                } 
    136152                if (element.hasAttribute("SizeT")) 
     
    571587                        Pixels_element = document.createElement("Pixels"); 
    572588                } 
    573                 Pixels_element = super.asXMLElement(document, Pixels_element); 
    574589 
    575590                if (sizeT != null) 
     
    681696                        // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    682697                } 
    683                 return Pixels_element; 
     698                return super.asXMLElement(document, Pixels_element); 
    684699        } 
    685700} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plane.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public Plane(Element element) throws EnumerationException 
    102102        { 
    103                 super(element); 
     103                update(element); 
     104        } 
     105 
     106        /**  
     107         * Updates Plane recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     108         * properties are removed, only added or updated. 
     109         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     110         * graph from. 
     111         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     112         * enumeration during model object creation. 
     113         */ 
     114        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     115        {        
     116                super.update(element); 
    104117                String tagName = element.getTagName(); 
    105118                if (!"Plane".equals(tagName)) 
    106119                { 
     120                        System.err.println(String.format( 
     121                                        "WARNING: Expecting node name of Plane got %s", 
     122                                        tagName)); 
    107123                        // TODO: Should be its own Exception 
    108                         throw new RuntimeException(String.format( 
    109                                         "Expecting node name of Plane got %s", 
    110                                         tagName)); 
     124                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     125                        //              "Expecting node name of Plane got %s", 
     126                        //              tagName)); 
    111127                } 
    112128                if (element.hasAttribute("ExposureTime")) 
     
    319335                        Plane_element = document.createElement("Plane"); 
    320336                } 
    321                 Plane_element = super.asXMLElement(document, Plane_element); 
    322337 
    323338                if (exposureTime != null) 
     
    373388                        // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    374389                } 
    375                 return Plane_element; 
     390                return super.asXMLElement(document, Plane_element); 
    376391        } 
    377392} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plate.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        public Plate(Element element) throws EnumerationException 
    120120        { 
    121                 super(element); 
     121                update(element); 
     122        } 
     123 
     124        /**  
     125         * Updates Plate recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     126         * properties are removed, only added or updated. 
     127         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     128         * graph from. 
     129         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     130         * enumeration during model object creation. 
     131         */ 
     132        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     133        {        
     134                super.update(element); 
    122135                String tagName = element.getTagName(); 
    123136                if (!"Plate".equals(tagName)) 
    124137                { 
     138                        System.err.println(String.format( 
     139                                        "WARNING: Expecting node name of Plate got %s", 
     140                                        tagName)); 
    125141                        // TODO: Should be its own Exception 
    126                         throw new RuntimeException(String.format( 
    127                                         "Expecting node name of Plate got %s", 
    128                                         tagName)); 
     142                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     143                        //              "Expecting node name of Plate got %s", 
     144                        //              tagName)); 
    129145                } 
    130146                if (element.hasAttribute("Status")) 
     
    515531                        Plate_element = document.createElement("Plate"); 
    516532                } 
    517                 Plate_element = super.asXMLElement(document, Plate_element); 
    518533 
    519534                if (status != null) 
     
    605620                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Screen_BackReference 
    606621                } 
    607                 return Plate_element; 
     622                return super.asXMLElement(document, Plate_element); 
    608623        } 
    609624} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateAcquisition.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9595        public PlateAcquisition(Element element) throws EnumerationException 
    9696        { 
    97                 super(element); 
     97                update(element); 
     98        } 
     99 
     100        /**  
     101         * Updates PlateAcquisition recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     102         * properties are removed, only added or updated. 
     103         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     104         * graph from. 
     105         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     106         * enumeration during model object creation. 
     107         */ 
     108        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     109        {        
     110                super.update(element); 
    98111                String tagName = element.getTagName(); 
    99112                if (!"PlateAcquisition".equals(tagName)) 
    100113                { 
     114                        System.err.println(String.format( 
     115                                        "WARNING: Expecting node name of PlateAcquisition got %s", 
     116                                        tagName)); 
    101117                        // TODO: Should be its own Exception 
    102                         throw new RuntimeException(String.format( 
    103                                         "Expecting node name of PlateAcquisition got %s", 
    104                                         tagName)); 
     118                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     119                        //              "Expecting node name of PlateAcquisition got %s", 
     120                        //              tagName)); 
    105121                } 
    106122                if (element.hasAttribute("MaximumFieldCount")) 
     
    294310                        PlateAcquisition_element = document.createElement("PlateAcquisition"); 
    295311                } 
    296                 PlateAcquisition_element = super.asXMLElement(document, PlateAcquisition_element); 
    297312 
    298313                if (maximumFieldCount != null) 
     
    337352                        // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
    338353                } 
    339                 return PlateAcquisition_element; 
     354                return super.asXMLElement(document, PlateAcquisition_element); 
    340355        } 
    341356} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7171        public PlateRef(Element element) throws EnumerationException 
    7272        { 
    73                 super(element); 
     73                update(element); 
     74        } 
     75 
     76        /**  
     77         * Updates PlateRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     78         * properties are removed, only added or updated. 
     79         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     80         * graph from. 
     81         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     82         * enumeration during model object creation. 
     83         */ 
     84        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     85        {        
     86                super.update(element); 
    7487                String tagName = element.getTagName(); 
    7588                if (!"PlateRef".equals(tagName)) 
    7689                { 
     90                        System.err.println(String.format( 
     91                                        "WARNING: Expecting node name of PlateRef got %s", 
     92                                        tagName)); 
    7793                        // TODO: Should be its own Exception 
    78                         throw new RuntimeException(String.format( 
    79                                         "Expecting node name of PlateRef got %s", 
    80                                         tagName)); 
     94                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     95                        //              "Expecting node name of PlateRef got %s", 
     96                        //              tagName)); 
    8197                } 
    8298        } 
     
    96112                        PlateRef_element = document.createElement("PlateRef"); 
    97113                } 
    98                 PlateRef_element = super.asXMLElement(document, PlateRef_element); 
    99114 
    100                 return PlateRef_element; 
     115                return super.asXMLElement(document, PlateRef_element); 
    101116        } 
    102117} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Point.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7777        public Point(Element element) throws EnumerationException 
    7878        { 
    79                 super(element); 
     79                update(element); 
     80        } 
     81 
     82        /**  
     83         * Updates Point recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     84         * properties are removed, only added or updated. 
     85         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     86         * graph from. 
     87         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     88         * enumeration during model object creation. 
     89         */ 
     90        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     91        {        
     92                super.update(element); 
    8093                String tagName = element.getTagName(); 
    8194                if (!"Point".equals(tagName)) 
    8295                { 
     96                        System.err.println(String.format( 
     97                                        "WARNING: Expecting node name of Point got %s", 
     98                                        tagName)); 
    8399                        // TODO: Should be its own Exception 
    84                         throw new RuntimeException(String.format( 
    85                                         "Expecting node name of Point got %s", 
    86                                         tagName)); 
     100                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     101                        //              "Expecting node name of Point got %s", 
     102                        //              tagName)); 
    87103                } 
    88104                if (element.hasAttribute("Y")) 
     
    136152                        Point_element = document.createElement("Point"); 
    137153                } 
    138                 Point_element = super.asXMLElement(document, Point_element); 
    139154 
    140155                if (y != null) 
     
    148163                        Point_element.setAttribute("X", x.toString()); 
    149164                } 
    150                 return Point_element; 
     165                return super.asXMLElement(document, Point_element); 
    151166        } 
    152167} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Polyline.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7777        public Polyline(Element element) throws EnumerationException 
    7878        { 
    79                 super(element); 
     79                update(element); 
     80        } 
     81 
     82        /**  
     83         * Updates Polyline recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     84         * properties are removed, only added or updated. 
     85         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     86         * graph from. 
     87         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     88         * enumeration during model object creation. 
     89         */ 
     90        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     91        {        
     92                super.update(element); 
    8093                String tagName = element.getTagName(); 
    8194                if (!"Polyline".equals(tagName)) 
    8295                { 
     96                        System.err.println(String.format( 
     97                                        "WARNING: Expecting node name of Polyline got %s", 
     98                                        tagName)); 
    8399                        // TODO: Should be its own Exception 
    84                         throw new RuntimeException(String.format( 
    85                                         "Expecting node name of Polyline got %s", 
    86                                         tagName)); 
     100                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     101                        //              "Expecting node name of Polyline got %s", 
     102                        //              tagName)); 
    87103                } 
    88104                if (element.hasAttribute("Points")) 
     
    136152                        Polyline_element = document.createElement("Polyline"); 
    137153                } 
    138                 Polyline_element = super.asXMLElement(document, Polyline_element); 
    139154 
    140155                if (points != null) 
     
    148163                        Polyline_element.setAttribute("Closed", closed.toString()); 
    149164                } 
    150                 return Polyline_element; 
     165                return super.asXMLElement(document, Polyline_element); 
    151166        } 
    152167} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProfileSet.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7777        public ProfileSet(Element element) throws EnumerationException 
    7878        { 
    79                 super(element); 
     79                update(element); 
     80        } 
     81 
     82        /**  
     83         * Updates ProfileSet recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     84         * properties are removed, only added or updated. 
     85         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     86         * graph from. 
     87         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     88         * enumeration during model object creation. 
     89         */ 
     90        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     91        {        
     92                super.update(element); 
    8093                String tagName = element.getTagName(); 
    8194                if (!"ProfileSet".equals(tagName)) 
    8295                { 
     96                        System.err.println(String.format( 
     97                                        "WARNING: Expecting node name of ProfileSet got %s", 
     98                                        tagName)); 
    8399                        // TODO: Should be its own Exception 
    84                         throw new RuntimeException(String.format( 
    85                                         "Expecting node name of ProfileSet got %s", 
    86                                         tagName)); 
     100                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     101                        //              "Expecting node name of ProfileSet got %s", 
     102                        //              tagName)); 
    87103                } 
    88104                // Element property ImageProfile which is complex (has 
     
    182198                        ProfileSet_element = document.createElement("ProfileSet"); 
    183199                } 
    184                 ProfileSet_element = super.asXMLElement(document, ProfileSet_element); 
    185200 
    186201                if (imageProfileList != null) 
     
    202217                        } 
    203218                } 
    204                 return ProfileSet_element; 
     219                return super.asXMLElement(document, ProfileSet_element); 
    205220        } 
    206221} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Project.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9292        public Project(Element element) throws EnumerationException 
    9393        { 
    94                 super(element); 
     94                update(element); 
     95        } 
     96 
     97        /**  
     98         * Updates Project recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     99         * properties are removed, only added or updated. 
     100         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     101         * graph from. 
     102         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     103         * enumeration during model object creation. 
     104         */ 
     105        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     106        {        
     107                super.update(element); 
    95108                String tagName = element.getTagName(); 
    96109                if (!"Project".equals(tagName)) 
    97110                { 
     111                        System.err.println(String.format( 
     112                                        "WARNING: Expecting node name of Project got %s", 
     113                                        tagName)); 
    98114                        // TODO: Should be its own Exception 
    99                         throw new RuntimeException(String.format( 
    100                                         "Expecting node name of Project got %s", 
    101                                         tagName)); 
     115                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     116                        //              "Expecting node name of Project got %s", 
     117                        //              tagName)); 
    102118                } 
    103119                if (element.hasAttribute("Name")) 
     
    304320                        Project_element = document.createElement("Project"); 
    305321                } 
    306                 Project_element = super.asXMLElement(document, Project_element); 
    307322 
    308323                if (name != null) 
     
    340355                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    341356                } 
    342                 return Project_element; 
     357                return super.asXMLElement(document, Project_element); 
    343358        } 
    344359} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProjectRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ProjectRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ProjectRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ProjectRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ProjectRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ProjectRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ProjectRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ProjectRef_element = document.createElement("ProjectRef"); 
    117133                } 
    118                 ProjectRef_element = super.asXMLElement(document, ProjectRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ProjectRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ProjectRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ProjectRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pump.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public Pump(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates Pump recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"Pump".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of Pump got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of Pump got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of Pump got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        Pump_element = document.createElement("Pump"); 
    117133                } 
    118                 Pump_element = super.asXMLElement(document, Pump_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        Pump_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return Pump_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, Pump_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROI.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9595        public ROI(Element element) throws EnumerationException 
    9696        { 
    97                 super(element); 
     97                update(element); 
     98        } 
     99 
     100        /**  
     101         * Updates ROI recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     102         * properties are removed, only added or updated. 
     103         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     104         * graph from. 
     105         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     106         * enumeration during model object creation. 
     107         */ 
     108        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     109        {        
     110                super.update(element); 
    98111                String tagName = element.getTagName(); 
    99112                if (!"ROI".equals(tagName)) 
    100113                { 
     114                        System.err.println(String.format( 
     115                                        "WARNING: Expecting node name of ROI got %s", 
     116                                        tagName)); 
    101117                        // TODO: Should be its own Exception 
    102                         throw new RuntimeException(String.format( 
    103                                         "Expecting node name of ROI got %s", 
    104                                         tagName)); 
     118                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     119                        //              "Expecting node name of ROI got %s", 
     120                        //              tagName)); 
    105121                } 
    106122                if (element.hasAttribute("Namespace")) 
     
    318334                        ROI_element = document.createElement("ROI"); 
    319335                } 
    320                 ROI_element = super.asXMLElement(document, ROI_element); 
    321336 
    322337                if (namespace != null) 
     
    361376                        // *** IGNORING *** Skipped back reference MicrobeamManipulation_BackReference 
    362377                } 
    363                 return ROI_element; 
     378                return super.asXMLElement(document, ROI_element); 
    364379        } 
    365380} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROIRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ROIRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ROIRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ROIRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ROIRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ROIRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ROIRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ROIRef_element = document.createElement("ROIRef"); 
    117133                } 
    118                 ROIRef_element = super.asXMLElement(document, ROIRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ROIRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ROIRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ROIRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reagent.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8989        public Reagent(Element element) throws EnumerationException 
    9090        { 
    91                 super(element); 
     91                update(element); 
     92        } 
     93 
     94        /**  
     95         * Updates Reagent recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     96         * properties are removed, only added or updated. 
     97         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     98         * graph from. 
     99         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     100         * enumeration during model object creation. 
     101         */ 
     102        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     103        {        
     104                super.update(element); 
    92105                String tagName = element.getTagName(); 
    93106                if (!"Reagent".equals(tagName)) 
    94107                { 
     108                        System.err.println(String.format( 
     109                                        "WARNING: Expecting node name of Reagent got %s", 
     110                                        tagName)); 
    95111                        // TODO: Should be its own Exception 
    96                         throw new RuntimeException(String.format( 
    97                                         "Expecting node name of Reagent got %s", 
    98                                         tagName)); 
     112                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     113                        //              "Expecting node name of Reagent got %s", 
     114                        //              tagName)); 
    99115                } 
    100116                if (element.hasAttribute("ReagentIdentifier")) 
     
    254270                        Reagent_element = document.createElement("Reagent"); 
    255271                } 
    256                 Reagent_element = super.asXMLElement(document, Reagent_element); 
    257272 
    258273                if (reagentIdentifier != null) 
     
    287302                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Well_BackReference 
    288303                } 
    289                 return Reagent_element; 
     304                return super.asXMLElement(document, Reagent_element); 
    290305        } 
    291306} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ReagentRef.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ReagentRef(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ReagentRef recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ReagentRef".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ReagentRef got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ReagentRef got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ReagentRef got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID")) 
     
    116132                        ReagentRef_element = document.createElement("ReagentRef"); 
    117133                } 
    118                 ReagentRef_element = super.asXMLElement(document, ReagentRef_element); 
    119134 
    120135                if (id != null) 
     
    123138                        ReagentRef_element.setAttribute("ID", id.toString()); 
    124139                } 
    125                 return ReagentRef_element; 
     140                return super.asXMLElement(document, ReagentRef_element); 
    126141        } 
    127142} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Rectangle.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8383        public Rectangle(Element element) throws EnumerationException 
    8484        { 
    85                 super(element); 
     85                update(element); 
     86        } 
     87 
     88        /**  
     89         * Updates Rectangle recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     90         * properties are removed, only added or updated. 
     91         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     92         * graph from. 
     93         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     94         * enumeration during model object creation. 
     95         */ 
     96        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     97        {        
     98                super.update(element); 
    8699                String tagName = element.getTagName(); 
    87100                if (!"Rectangle".equals(tagName)) 
    88101                { 
     102                        System.err.println(String.format( 
     103                                        "WARNING: Expecting node name of Rectangle got %s", 
     104                                        tagName)); 
    89105                        // TODO: Should be its own Exception 
    90                         throw new RuntimeException(String.format( 
    91                                         "Expecting node name of Rectangle got %s", 
    92                                         tagName)); 
     106                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     107                        //              "Expecting node name of Rectangle got %s", 
     108                        //              tagName)); 
    93109                } 
    94110                if (element.hasAttribute("Y")) 
     
    176192                        Rectangle_element = document.createElement("Rectangle"); 
    177193                } 
    178                 Rectangle_element = super.asXMLElement(document, Rectangle_element); 
    179194 
    180195                if (y != null) 
     
    198213                        Rectangle_element.setAttribute("Width", width.toString()); 
    199214                } 
    200                 return Rectangle_element; 
     215                return super.asXMLElement(document, Rectangle_element); 
    201216        } 
    202217} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reference.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7171        public Reference(Element element) throws EnumerationException 
    7272        { 
    73                 super(element); 
     73                update(element); 
     74        } 
     75 
     76        /**  
     77         * Updates Reference recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     78         * properties are removed, only added or updated. 
     79         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     80         * graph from. 
     81         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     82         * enumeration during model object creation. 
     83         */ 
     84        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     85        {        
     86                super.update(element); 
    7487                String tagName = element.getTagName(); 
    7588                if (!"Reference".equals(tagName)) 
    7689                { 
     90                        System.err.println(String.format( 
     91                                        "WARNING: Expecting node name of Reference got %s", 
     92                                        tagName)); 
    7793                        // TODO: Should be its own Exception 
    78                         throw new RuntimeException(String.format( 
    79                                         "Expecting node name of Reference got %s", 
    80                                         tagName)); 
     94                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     95                        //              "Expecting node name of Reference got %s", 
     96                        //              tagName)); 
    8197                } 
    8298        } 
     
    96112                        Reference_element = document.createElement("Reference"); 
    97113                } 
    98                 Reference_element = super.asXMLElement(document, Reference_element); 
    99114 
    100                 return Reference_element; 
     115                return super.asXMLElement(document, Reference_element); 
    101116        } 
    102117} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ReferenceWithID.java

    r6157 r6158  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 11:45:19+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-21 15:20:31+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7474        public ReferenceWithID(Element element) throws EnumerationException 
    7575        { 
    76                 super(element); 
     76                update(element); 
     77        } 
     78 
     79        /**  
     80         * Updates ReferenceWithID recursively from an XML DOM tree. <b>NOTE:</b> No 
     81         * properties are removed, only added or updated. 
     82         * @param element Root of the XML DOM tree to construct a model object 
     83         * graph from. 
     84         * @throws EnumerationException If there is an error instantiating an 
     85         * enumeration during model object creation. 
     86         */ 
     87        public void update(Element element) throws EnumerationException 
     88        {        
     89                super.update(element); 
    7790                String tagName = element.getTagName(); 
    7891                if (!"ReferenceWithID".equals(tagName)) 
    7992                { 
     93                        System.err.println(String.format( 
     94                                        "WARNING: Expecting node name of ReferenceWithID got %s", 
     95                                        tagName)); 
    8096                        // TODO: Should be its own Exception 
    81                         throw new RuntimeException(String.format( 
    82                                         "Expecting node name of ReferenceWithID got %s", 
    83                                         tagName)); 
     97                        //throw new RuntimeException(String.format( 
     98                        //              "Expecting node name of ReferenceWithID got %s", 
     99                        //              tagName)); 
    84100                } 
    85101                if (element.hasAttribute("ID"))