Changeset 6171


Ignore:
Timestamp:
04/22/10 10:36:55 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

References going OUT. ( ome-xml:r523)

Location:
trunk/components/ome-xml
Files:
91 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Annotation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    175175        // -- Annotation API methods -- 
    176176 
     177 
    177178        // Property 
    178179        public String getNamespace() 
     
    197198        } 
    198199 
    199         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Image_BackReference 
    200  
    201         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Pixels_BackReference 
    202  
    203         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Plane_BackReference 
    204  
    205         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Channel_BackReference 
    206  
    207         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Project_BackReference 
    208  
    209         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Dataset_BackReference 
    210  
    211         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Experimenter_BackReference 
    212  
    213         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Plate_BackReference 
    214  
    215         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Reagent_BackReference 
    216  
    217         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Screen_BackReference 
    218  
    219         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property PlateAcquisition_BackReference 
    220  
    221         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Well_BackReference 
    222  
    223         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property WellSample_BackReference 
    224  
    225         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property ROI_BackReference 
    226  
    227         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property Shape_BackReference 
    228  
    229         // *** WARNING *** Unhandled or skipped property ListAnnotation_BackReference 
     200        // Reference which occurs more than once 
     201        public int sizeOfLinkedImageList() 
     202        { 
     203                return image_BackReferenceList.size(); 
     204        } 
     205 
     206        public List<Image> copyLinkedImageList() 
     207        { 
     208                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
     209        } 
     210 
     211        public Image getLinkedImage(int index) 
     212        { 
     213                return image_BackReferenceList.get(index); 
     214        } 
     215 
     216        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     217        { 
     218                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     219        } 
     220 
     221        public boolean linkImage(Image o) 
     222        { 
     223 
     224                o.linkAnnotation(this); 
     225                return image_BackReferenceList.add(o); 
     226        } 
     227 
     228        public boolean unlinkImage(Image o) 
     229        { 
     230 
     231                o.unlinkAnnotation(this); 
     232                return image_BackReferenceList.remove(o); 
     233        } 
     234 
     235        // Reference which occurs more than once 
     236        public int sizeOfLinkedPixelsList() 
     237        { 
     238                return pixels_BackReferenceList.size(); 
     239        } 
     240 
     241        public List<Pixels> copyLinkedPixelsList() 
     242        { 
     243                return new ArrayList<Pixels>(pixels_BackReferenceList); 
     244        } 
     245 
     246        public Pixels getLinkedPixels(int index) 
     247        { 
     248                return pixels_BackReferenceList.get(index); 
     249        } 
     250 
     251        public Pixels setLinkedPixels(int index, Pixels o) 
     252        { 
     253                return pixels_BackReferenceList.set(index, o); 
     254        } 
     255 
     256        public boolean linkPixels(Pixels o) 
     257        { 
     258 
     259                o.linkAnnotation(this); 
     260                return pixels_BackReferenceList.add(o); 
     261        } 
     262 
     263        public boolean unlinkPixels(Pixels o) 
     264        { 
     265 
     266                o.unlinkAnnotation(this); 
     267                return pixels_BackReferenceList.remove(o); 
     268        } 
     269 
     270        // Reference which occurs more than once 
     271        public int sizeOfLinkedPlaneList() 
     272        { 
     273                return plane_BackReferenceList.size(); 
     274        } 
     275 
     276        public List<Plane> copyLinkedPlaneList() 
     277        { 
     278                return new ArrayList<Plane>(plane_BackReferenceList); 
     279        } 
     280 
     281        public Plane getLinkedPlane(int index) 
     282        { 
     283                return plane_BackReferenceList.get(index); 
     284        } 
     285 
     286        public Plane setLinkedPlane(int index, Plane o) 
     287        { 
     288                return plane_BackReferenceList.set(index, o); 
     289        } 
     290 
     291        public boolean linkPlane(Plane o) 
     292        { 
     293 
     294                o.linkAnnotation(this); 
     295                return plane_BackReferenceList.add(o); 
     296        } 
     297 
     298        public boolean unlinkPlane(Plane o) 
     299        { 
     300 
     301                o.unlinkAnnotation(this); 
     302                return plane_BackReferenceList.remove(o); 
     303        } 
     304 
     305        // Reference which occurs more than once 
     306        public int sizeOfLinkedChannelList() 
     307        { 
     308                return channel_BackReferenceList.size(); 
     309        } 
     310 
     311        public List<Channel> copyLinkedChannelList() 
     312        { 
     313                return new ArrayList<Channel>(channel_BackReferenceList); 
     314        } 
     315 
     316        public Channel getLinkedChannel(int index) 
     317        { 
     318                return channel_BackReferenceList.get(index); 
     319        } 
     320 
     321        public Channel setLinkedChannel(int index, Channel o) 
     322        { 
     323                return channel_BackReferenceList.set(index, o); 
     324        } 
     325 
     326        public boolean linkChannel(Channel o) 
     327        { 
     328 
     329                o.linkAnnotation(this); 
     330                return channel_BackReferenceList.add(o); 
     331        } 
     332 
     333        public boolean unlinkChannel(Channel o) 
     334        { 
     335 
     336                o.unlinkAnnotation(this); 
     337                return channel_BackReferenceList.remove(o); 
     338        } 
     339 
     340        // Reference which occurs more than once 
     341        public int sizeOfLinkedProjectList() 
     342        { 
     343                return project_BackReferenceList.size(); 
     344        } 
     345 
     346        public List<Project> copyLinkedProjectList() 
     347        { 
     348                return new ArrayList<Project>(project_BackReferenceList); 
     349        } 
     350 
     351        public Project getLinkedProject(int index) 
     352        { 
     353                return project_BackReferenceList.get(index); 
     354        } 
     355 
     356        public Project setLinkedProject(int index, Project o) 
     357        { 
     358                return project_BackReferenceList.set(index, o); 
     359        } 
     360 
     361        public boolean linkProject(Project o) 
     362        { 
     363 
     364                o.linkAnnotation(this); 
     365                return project_BackReferenceList.add(o); 
     366        } 
     367 
     368        public boolean unlinkProject(Project o) 
     369        { 
     370 
     371                o.unlinkAnnotation(this); 
     372                return project_BackReferenceList.remove(o); 
     373        } 
     374 
     375        // Reference which occurs more than once 
     376        public int sizeOfLinkedDatasetList() 
     377        { 
     378                return dataset_BackReferenceList.size(); 
     379        } 
     380 
     381        public List<Dataset> copyLinkedDatasetList() 
     382        { 
     383                return new ArrayList<Dataset>(dataset_BackReferenceList); 
     384        } 
     385 
     386        public Dataset getLinkedDataset(int index) 
     387        { 
     388                return dataset_BackReferenceList.get(index); 
     389        } 
     390 
     391        public Dataset setLinkedDataset(int index, Dataset o) 
     392        { 
     393                return dataset_BackReferenceList.set(index, o); 
     394        } 
     395 
     396        public boolean linkDataset(Dataset o) 
     397        { 
     398 
     399                o.linkAnnotation(this); 
     400                return dataset_BackReferenceList.add(o); 
     401        } 
     402 
     403        public boolean unlinkDataset(Dataset o) 
     404        { 
     405 
     406                o.unlinkAnnotation(this); 
     407                return dataset_BackReferenceList.remove(o); 
     408        } 
     409 
     410        // Reference which occurs more than once 
     411        public int sizeOfLinkedExperimenterList() 
     412        { 
     413                return experimenter_BackReferenceList.size(); 
     414        } 
     415 
     416        public List<Experimenter> copyLinkedExperimenterList() 
     417        { 
     418                return new ArrayList<Experimenter>(experimenter_BackReferenceList); 
     419        } 
     420 
     421        public Experimenter getLinkedExperimenter(int index) 
     422        { 
     423                return experimenter_BackReferenceList.get(index); 
     424        } 
     425 
     426        public Experimenter setLinkedExperimenter(int index, Experimenter o) 
     427        { 
     428                return experimenter_BackReferenceList.set(index, o); 
     429        } 
     430 
     431        public boolean linkExperimenter(Experimenter o) 
     432        { 
     433 
     434                o.linkAnnotation(this); 
     435                return experimenter_BackReferenceList.add(o); 
     436        } 
     437 
     438        public boolean unlinkExperimenter(Experimenter o) 
     439        { 
     440 
     441                o.unlinkAnnotation(this); 
     442                return experimenter_BackReferenceList.remove(o); 
     443        } 
     444 
     445        // Reference which occurs more than once 
     446        public int sizeOfLinkedPlateList() 
     447        { 
     448                return plate_BackReferenceList.size(); 
     449        } 
     450 
     451        public List<Plate> copyLinkedPlateList() 
     452        { 
     453                return new ArrayList<Plate>(plate_BackReferenceList); 
     454        } 
     455 
     456        public Plate getLinkedPlate(int index) 
     457        { 
     458                return plate_BackReferenceList.get(index); 
     459        } 
     460 
     461        public Plate setLinkedPlate(int index, Plate o) 
     462        { 
     463                return plate_BackReferenceList.set(index, o); 
     464        } 
     465 
     466        public boolean linkPlate(Plate o) 
     467        { 
     468 
     469                o.linkAnnotation(this); 
     470                return plate_BackReferenceList.add(o); 
     471        } 
     472 
     473        public boolean unlinkPlate(Plate o) 
     474        { 
     475 
     476                o.unlinkAnnotation(this); 
     477                return plate_BackReferenceList.remove(o); 
     478        } 
     479 
     480        // Reference which occurs more than once 
     481        public int sizeOfLinkedReagentList() 
     482        { 
     483                return reagent_BackReferenceList.size(); 
     484        } 
     485 
     486        public List<Reagent> copyLinkedReagentList() 
     487        { 
     488                return new ArrayList<Reagent>(reagent_BackReferenceList); 
     489        } 
     490 
     491        public Reagent getLinkedReagent(int index) 
     492        { 
     493                return reagent_BackReferenceList.get(index); 
     494        } 
     495 
     496        public Reagent setLinkedReagent(int index, Reagent o) 
     497        { 
     498                return reagent_BackReferenceList.set(index, o); 
     499        } 
     500 
     501        public boolean linkReagent(Reagent o) 
     502        { 
     503 
     504                o.linkAnnotation(this); 
     505                return reagent_BackReferenceList.add(o); 
     506        } 
     507 
     508        public boolean unlinkReagent(Reagent o) 
     509        { 
     510 
     511                o.unlinkAnnotation(this); 
     512                return reagent_BackReferenceList.remove(o); 
     513        } 
     514 
     515        // Reference which occurs more than once 
     516        public int sizeOfLinkedScreenList() 
     517        { 
     518                return screen_BackReferenceList.size(); 
     519        } 
     520 
     521        public List<Screen> copyLinkedScreenList() 
     522        { 
     523                return new ArrayList<Screen>(screen_BackReferenceList); 
     524        } 
     525 
     526        public Screen getLinkedScreen(int index) 
     527        { 
     528                return screen_BackReferenceList.get(index); 
     529        } 
     530 
     531        public Screen setLinkedScreen(int index, Screen o) 
     532        { 
     533                return screen_BackReferenceList.set(index, o); 
     534        } 
     535 
     536        public boolean linkScreen(Screen o) 
     537        { 
     538 
     539                o.linkAnnotation(this); 
     540                return screen_BackReferenceList.add(o); 
     541        } 
     542 
     543        public boolean unlinkScreen(Screen o) 
     544        { 
     545 
     546                o.unlinkAnnotation(this); 
     547                return screen_BackReferenceList.remove(o); 
     548        } 
     549 
     550        // Reference which occurs more than once 
     551        public int sizeOfLinkedPlateAcquisitionList() 
     552        { 
     553                return plateAcquisition_BackReferenceList.size(); 
     554        } 
     555 
     556        public List<PlateAcquisition> copyLinkedPlateAcquisitionList() 
     557        { 
     558                return new ArrayList<PlateAcquisition>(plateAcquisition_BackReferenceList); 
     559        } 
     560 
     561        public PlateAcquisition getLinkedPlateAcquisition(int index) 
     562        { 
     563                return plateAcquisition_BackReferenceList.get(index); 
     564        } 
     565 
     566        public PlateAcquisition setLinkedPlateAcquisition(int index, PlateAcquisition o) 
     567        { 
     568                return plateAcquisition_BackReferenceList.set(index, o); 
     569        } 
     570 
     571        public boolean linkPlateAcquisition(PlateAcquisition o) 
     572        { 
     573 
     574                o.linkAnnotation(this); 
     575                return plateAcquisition_BackReferenceList.add(o); 
     576        } 
     577 
     578        public boolean unlinkPlateAcquisition(PlateAcquisition o) 
     579        { 
     580 
     581                o.unlinkAnnotation(this); 
     582                return plateAcquisition_BackReferenceList.remove(o); 
     583        } 
     584 
     585        // Reference which occurs more than once 
     586        public int sizeOfLinkedWellList() 
     587        { 
     588                return well_BackReferenceList.size(); 
     589        } 
     590 
     591        public List<Well> copyLinkedWellList() 
     592        { 
     593                return new ArrayList<Well>(well_BackReferenceList); 
     594        } 
     595 
     596        public Well getLinkedWell(int index) 
     597        { 
     598                return well_BackReferenceList.get(index); 
     599        } 
     600 
     601        public Well setLinkedWell(int index, Well o) 
     602        { 
     603                return well_BackReferenceList.set(index, o); 
     604        } 
     605 
     606        public boolean linkWell(Well o) 
     607        { 
     608 
     609                o.linkAnnotation(this); 
     610                return well_BackReferenceList.add(o); 
     611        } 
     612 
     613        public boolean unlinkWell(Well o) 
     614        { 
     615 
     616                o.unlinkAnnotation(this); 
     617                return well_BackReferenceList.remove(o); 
     618        } 
     619 
     620        // Reference which occurs more than once 
     621        public int sizeOfLinkedWellSampleList() 
     622        { 
     623                return wellSample_BackReferenceList.size(); 
     624        } 
     625 
     626        public List<WellSample> copyLinkedWellSampleList() 
     627        { 
     628                return new ArrayList<WellSample>(wellSample_BackReferenceList); 
     629        } 
     630 
     631        public WellSample getLinkedWellSample(int index) 
     632        { 
     633                return wellSample_BackReferenceList.get(index); 
     634        } 
     635 
     636        public WellSample setLinkedWellSample(int index, WellSample o) 
     637        { 
     638                return wellSample_BackReferenceList.set(index, o); 
     639        } 
     640 
     641        public boolean linkWellSample(WellSample o) 
     642        { 
     643 
     644                o.linkAnnotation(this); 
     645                return wellSample_BackReferenceList.add(o); 
     646        } 
     647 
     648        public boolean unlinkWellSample(WellSample o) 
     649        { 
     650 
     651                o.unlinkAnnotation(this); 
     652                return wellSample_BackReferenceList.remove(o); 
     653        } 
     654 
     655        // Reference which occurs more than once 
     656        public int sizeOfLinkedROIList() 
     657        { 
     658                return roi_backReferenceList.size(); 
     659        } 
     660 
     661        public List<ROI> copyLinkedROIList() 
     662        { 
     663                return new ArrayList<ROI>(roi_backReferenceList); 
     664        } 
     665 
     666        public ROI getLinkedROI(int index) 
     667        { 
     668                return roi_backReferenceList.get(index); 
     669        } 
     670 
     671        public ROI setLinkedROI(int index, ROI o) 
     672        { 
     673                return roi_backReferenceList.set(index, o); 
     674        } 
     675 
     676        public boolean linkROI(ROI o) 
     677        { 
     678 
     679                o.linkAnnotation(this); 
     680                return roi_backReferenceList.add(o); 
     681        } 
     682 
     683        public boolean unlinkROI(ROI o) 
     684        { 
     685 
     686                o.unlinkAnnotation(this); 
     687                return roi_backReferenceList.remove(o); 
     688        } 
     689 
     690        // Reference which occurs more than once 
     691        public int sizeOfLinkedShapeList() 
     692        { 
     693                return shape_BackReferenceList.size(); 
     694        } 
     695 
     696        public List<Shape> copyLinkedShapeList() 
     697        { 
     698                return new ArrayList<Shape>(shape_BackReferenceList); 
     699        } 
     700 
     701        public Shape getLinkedShape(int index) 
     702        { 
     703                return shape_BackReferenceList.get(index); 
     704        } 
     705 
     706        public Shape setLinkedShape(int index, Shape o) 
     707        { 
     708                return shape_BackReferenceList.set(index, o); 
     709        } 
     710 
     711        public boolean linkShape(Shape o) 
     712        { 
     713 
     714                o.linkAnnotation(this); 
     715                return shape_BackReferenceList.add(o); 
     716        } 
     717 
     718        public boolean unlinkShape(Shape o) 
     719        { 
     720 
     721                o.unlinkAnnotation(this); 
     722                return shape_BackReferenceList.remove(o); 
     723        } 
     724 
     725        // Reference which occurs more than once 
     726        public int sizeOfLinkedListAnnotationList() 
     727        { 
     728                return listAnnotation_BackReferenceList.size(); 
     729        } 
     730 
     731        public List<ListAnnotation> copyLinkedListAnnotationList() 
     732        { 
     733                return new ArrayList<ListAnnotation>(listAnnotation_BackReferenceList); 
     734        } 
     735 
     736        public ListAnnotation getLinkedListAnnotation(int index) 
     737        { 
     738                return listAnnotation_BackReferenceList.get(index); 
     739        } 
     740 
     741        public ListAnnotation setLinkedListAnnotation(int index, ListAnnotation o) 
     742        { 
     743                return listAnnotation_BackReferenceList.set(index, o); 
     744        } 
     745 
     746        public boolean linkListAnnotation(ListAnnotation o) 
     747        { 
     748 
     749                o.linkAnnotation(this); 
     750                return listAnnotation_BackReferenceList.add(o); 
     751        } 
     752 
     753        public boolean unlinkListAnnotation(ListAnnotation o) 
     754        { 
     755 
     756                o.unlinkAnnotation(this); 
     757                return listAnnotation_BackReferenceList.remove(o); 
     758        } 
    230759 
    231760        protected Element asXMLElement(Document document, Element Annotation_element) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AnnotationRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- AnnotationRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Arc.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- Arc API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public ArcType getType() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BooleanAnnotation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    121121        // -- BooleanAnnotation API methods -- 
    122122 
     123 
    123124        // Property 
    124125        public String getValue() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Channel.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    100100        private LightSourceSettings lightSourceSettings; 
    101101 
    102         // Back reference OTFRef 
    103         private List<OTF> otf = new ArrayList<OTF>(); 
     102        // Property 
     103        private OTF otf; 
    104104 
    105105        // Property 
    106106        private DetectorSettings detectorSettings; 
    107107 
    108         // Back reference FilterSetRef 
    109         private List<FilterSet> filterSet = new ArrayList<FilterSet>(); 
    110  
    111         // Back reference AnnotationRef 
     108        // Property 
     109        private FilterSet filterSet; 
     110 
     111        // Reference AnnotationRef 
    112112        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    113113 
     
    287287        // -- Channel API methods -- 
    288288 
     289 
    289290        // Property 
    290291        public Double getPinholeSize() 
     
    441442        } 
    442443 
    443         // Reference OTFRef 
    444         public int sizeOfLinkedOTFList() 
    445         { 
    446                 return otf.size(); 
    447         } 
    448  
    449         public List<OTF> copyLinkedOTFList() 
    450         { 
    451                 return new ArrayList<OTF>(otf); 
    452         } 
    453  
    454         public OTF getLinkedOTF(int index) 
    455         { 
    456                 return otf.get(index); 
    457         } 
    458  
    459         public OTF setLinkedOTF(int index, OTF o) 
    460         { 
    461                 return otf.set(index, o); 
     444        // Reference 
     445        public OTF getLinkedOTF() 
     446        { 
     447                return otf; 
    462448        } 
    463449 
    464450        public void linkOTF(OTF o) 
    465451        { 
    466                 this.otf.add(o); 
     452                otf = o; 
    467453        } 
    468454 
    469455        public void unlinkOTF(OTF o) 
    470456        { 
    471                 this.otf.add(o); 
     457                if (otf == o) 
     458                { 
     459                        otf = null; 
     460                } 
    472461        } 
    473462 
     
    483472        } 
    484473 
    485         // Reference FilterSetRef 
    486         public int sizeOfLinkedFilterSetList() 
    487         { 
    488                 return filterSet.size(); 
    489         } 
    490  
    491         public List<FilterSet> copyLinkedFilterSetList() 
    492         { 
    493                 return new ArrayList<FilterSet>(filterSet); 
    494         } 
    495  
    496         public FilterSet getLinkedFilterSet(int index) 
    497         { 
    498                 return filterSet.get(index); 
    499         } 
    500  
    501         public FilterSet setLinkedFilterSet(int index, FilterSet o) 
    502         { 
    503                 return filterSet.set(index, o); 
     474        // Reference 
     475        public FilterSet getLinkedFilterSet() 
     476        { 
     477                return filterSet; 
    504478        } 
    505479 
    506480        public void linkFilterSet(FilterSet o) 
    507481        { 
    508                 this.filterSet.add(o); 
     482                filterSet = o; 
    509483        } 
    510484 
    511485        public void unlinkFilterSet(FilterSet o) 
    512486        { 
    513                 this.filterSet.add(o); 
    514         } 
    515  
    516         // Reference AnnotationRef 
     487                if (filterSet == o) 
     488                { 
     489                        filterSet = null; 
     490                } 
     491        } 
     492 
     493        // Reference which occurs more than once 
    517494        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    518495        { 
     
    535512        } 
    536513 
    537         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    538         { 
    539                 this.annotationList.add(o); 
    540         } 
    541  
    542         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    543         { 
    544                 this.annotationList.add(o); 
     514        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     515        { 
     516 
     517                o.linkChannel(this); 
     518                return annotationList.add(o); 
     519        } 
     520 
     521        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     522        { 
     523 
     524                o.unlinkChannel(this); 
     525                return annotationList.remove(o); 
    545526        } 
    546527 
     
    643624                if (otf != null) 
    644625                { 
    645                         // *** IGNORING *** Skipped back reference OTFRef 
     626                        // Element property OTFRef which is complex (has 
     627                        // sub-elements) 
     628                        Channel_element.appendChild(otf.asXMLElement(document)); 
    646629                } 
    647630                if (detectorSettings != null) 
     
    653636                if (filterSet != null) 
    654637                { 
    655                         // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
     638                        // Element property FilterSetRef which is complex (has 
     639                        // sub-elements) 
     640                        Channel_element.appendChild(filterSet.asXMLElement(document)); 
    656641                } 
    657642                if (annotationList != null) 
    658643                { 
    659                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     644                        // Reference property AnnotationRef 
     645                        for (Annotation o : annotationList) 
     646                        { 
     647                                Element annotationList_element =  
     648                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     649                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     650                                Channel_element.appendChild(annotationList_element); 
     651                        } 
    660652                } 
    661653                if (lightPath != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelProfile.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7070        private LightSourceSettings lightSourceSettings; 
    7171 
    72         // Back reference OTFRef 
    73         private List<OTF> otf = new ArrayList<OTF>(); 
     72        // Property 
     73        private OTF otf; 
    7474 
    7575        // Property 
    7676        private DetectorSettings detectorSettings; 
    7777 
    78         // Back reference FilterSetRef 
    79         private List<FilterSet> filterSet = new ArrayList<FilterSet>(); 
     78        // Property 
     79        private FilterSet filterSet; 
    8080 
    8181        // -- Constructors -- 
     
    191191        // -- ChannelProfile API methods -- 
    192192 
     193 
    193194        // Property 
    194195        public ProfileSource getorigin() 
     
    235236        } 
    236237 
    237         // Reference OTFRef 
    238         public int sizeOfLinkedOTFList() 
    239         { 
    240                 return otf.size(); 
    241         } 
    242  
    243         public List<OTF> copyLinkedOTFList() 
    244         { 
    245                 return new ArrayList<OTF>(otf); 
    246         } 
    247  
    248         public OTF getLinkedOTF(int index) 
    249         { 
    250                 return otf.get(index); 
    251         } 
    252  
    253         public OTF setLinkedOTF(int index, OTF o) 
    254         { 
    255                 return otf.set(index, o); 
     238        // Reference 
     239        public OTF getLinkedOTF() 
     240        { 
     241                return otf; 
    256242        } 
    257243 
    258244        public void linkOTF(OTF o) 
    259245        { 
    260                 this.otf.add(o); 
     246                otf = o; 
    261247        } 
    262248 
    263249        public void unlinkOTF(OTF o) 
    264250        { 
    265                 this.otf.add(o); 
     251                if (otf == o) 
     252                { 
     253                        otf = null; 
     254                } 
    266255        } 
    267256 
     
    277266        } 
    278267 
    279         // Reference FilterSetRef 
    280         public int sizeOfLinkedFilterSetList() 
    281         { 
    282                 return filterSet.size(); 
    283         } 
    284  
    285         public List<FilterSet> copyLinkedFilterSetList() 
    286         { 
    287                 return new ArrayList<FilterSet>(filterSet); 
    288         } 
    289  
    290         public FilterSet getLinkedFilterSet(int index) 
    291         { 
    292                 return filterSet.get(index); 
    293         } 
    294  
    295         public FilterSet setLinkedFilterSet(int index, FilterSet o) 
    296         { 
    297                 return filterSet.set(index, o); 
     268        // Reference 
     269        public FilterSet getLinkedFilterSet() 
     270        { 
     271                return filterSet; 
    298272        } 
    299273 
    300274        public void linkFilterSet(FilterSet o) 
    301275        { 
    302                 this.filterSet.add(o); 
     276                filterSet = o; 
    303277        } 
    304278 
    305279        public void unlinkFilterSet(FilterSet o) 
    306280        { 
    307                 this.filterSet.add(o); 
     281                if (filterSet == o) 
     282                { 
     283                        filterSet = null; 
     284                } 
    308285        } 
    309286 
     
    353330                if (otf != null) 
    354331                { 
    355                         // *** IGNORING *** Skipped back reference OTFRef 
     332                        // Element property OTFRef which is complex (has 
     333                        // sub-elements) 
     334                        ChannelProfile_element.appendChild(otf.asXMLElement(document)); 
    356335                } 
    357336                if (detectorSettings != null) 
     
    363342                if (filterSet != null) 
    364343                { 
    365                         // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
     344                        // Element property FilterSetRef which is complex (has 
     345                        // sub-elements) 
     346                        ChannelProfile_element.appendChild(filterSet.asXMLElement(document)); 
    366347                } 
    367348                return super.asXMLElement(document, ChannelProfile_element); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- ChannelRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Contact.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- Contact API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dataset.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6767        private String description; 
    6868 
    69         // Back reference ExperimenterRef 
    70         private List<Experimenter> experimenter = new ArrayList<Experimenter>(); 
    71  
    72         // Back reference GroupRef 
    73         private List<Group> group = new ArrayList<Group>(); 
    74  
    75         // Back reference ProjectRef 
     69        // Property 
     70        private Experimenter experimenter; 
     71 
     72        // Property 
     73        private Group group; 
     74 
     75        // Reference ProjectRef 
    7676        private List<Project> projectList = new ArrayList<Project>(); 
    7777 
    78         // Back reference AnnotationRef 
     78        // Reference AnnotationRef 
    7979        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    8080 
     
    159159        // -- Dataset API methods -- 
    160160 
     161 
    161162        // Property 
    162163        public String getName() 
     
    192193        } 
    193194 
    194         // Reference ExperimenterRef 
    195         public int sizeOfLinkedExperimenterList() 
    196         { 
    197                 return experimenter.size(); 
    198         } 
    199  
    200         public List<Experimenter> copyLinkedExperimenterList() 
    201         { 
    202                 return new ArrayList<Experimenter>(experimenter); 
    203         } 
    204  
    205         public Experimenter getLinkedExperimenter(int index) 
    206         { 
    207                 return experimenter.get(index); 
    208         } 
    209  
    210         public Experimenter setLinkedExperimenter(int index, Experimenter o) 
    211         { 
    212                 return experimenter.set(index, o); 
     195        // Reference 
     196        public Experimenter getLinkedExperimenter() 
     197        { 
     198                return experimenter; 
    213199        } 
    214200 
    215201        public void linkExperimenter(Experimenter o) 
    216202        { 
    217                 this.experimenter.add(o); 
     203                experimenter = o; 
    218204        } 
    219205 
    220206        public void unlinkExperimenter(Experimenter o) 
    221207        { 
    222                 this.experimenter.add(o); 
    223         } 
    224  
    225         // Reference GroupRef 
    226         public int sizeOfLinkedGroupList() 
    227         { 
    228                 return group.size(); 
    229         } 
    230  
    231         public List<Group> copyLinkedGroupList() 
    232         { 
    233                 return new ArrayList<Group>(group); 
    234         } 
    235  
    236         public Group getLinkedGroup(int index) 
    237         { 
    238                 return group.get(index); 
    239         } 
    240  
    241         public Group setLinkedGroup(int index, Group o) 
    242         { 
    243                 return group.set(index, o); 
     208                if (experimenter == o) 
     209                { 
     210                        experimenter = null; 
     211                } 
     212        } 
     213 
     214        // Reference 
     215        public Group getLinkedGroup() 
     216        { 
     217                return group; 
    244218        } 
    245219 
    246220        public void linkGroup(Group o) 
    247221        { 
    248                 this.group.add(o); 
     222                group = o; 
    249223        } 
    250224 
    251225        public void unlinkGroup(Group o) 
    252226        { 
    253                 this.group.add(o); 
    254         } 
    255  
    256         // Reference ProjectRef 
     227                if (group == o) 
     228                { 
     229                        group = null; 
     230                } 
     231        } 
     232 
     233        // Reference which occurs more than once 
    257234        public int sizeOfLinkedProjectList() 
    258235        { 
     
    275252        } 
    276253 
    277         public void linkProject(Project o) 
    278         { 
    279                 this.projectList.add(o); 
    280         } 
    281  
    282         public void unlinkProject(Project o) 
    283         { 
    284                 this.projectList.add(o); 
    285         } 
    286  
    287         // Reference AnnotationRef 
     254        public boolean linkProject(Project o) 
     255        { 
     256 
     257                o.linkDataset(this); 
     258                return projectList.add(o); 
     259        } 
     260 
     261        public boolean unlinkProject(Project o) 
     262        { 
     263 
     264                o.unlinkDataset(this); 
     265                return projectList.remove(o); 
     266        } 
     267 
     268        // Reference which occurs more than once 
    288269        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    289270        { 
     
    306287        } 
    307288 
    308         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    309         { 
    310                 this.annotationList.add(o); 
    311         } 
    312  
    313         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    314         { 
    315                 this.annotationList.add(o); 
    316         } 
    317  
    318         // Property which occurs more than once 
    319         public int sizeOfImageList() 
     289        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     290        { 
     291 
     292                o.linkDataset(this); 
     293                return annotationList.add(o); 
     294        } 
     295 
     296        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     297        { 
     298 
     299                o.unlinkDataset(this); 
     300                return annotationList.remove(o); 
     301        } 
     302 
     303        // Reference which occurs more than once 
     304        public int sizeOfLinkedImageList() 
    320305        { 
    321306                return image_BackReferenceList.size(); 
    322307        } 
    323308 
    324         public List<Image> copyImageList() 
     309        public List<Image> copyLinkedImageList() 
    325310        { 
    326311                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
    327312        } 
    328313 
    329         public Image getImage(int index) 
     314        public Image getLinkedImage(int index) 
    330315        { 
    331316                return image_BackReferenceList.get(index); 
    332317        } 
    333318 
    334         public Image setImage(int index, Image image_BackReference) 
    335         { 
    336                 return image_BackReferenceList.set(index, image_BackReference); 
    337         } 
    338  
    339         public void addImage(Image image_BackReference) 
    340         { 
    341                 image_BackReferenceList.add(image_BackReference); 
    342         } 
    343  
    344         public void removeImage(Image image_BackReference) 
    345         { 
    346                 image_BackReferenceList.remove(image_BackReference); 
     319        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     320        { 
     321                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     322        } 
     323 
     324        public boolean linkImage(Image o) 
     325        { 
     326 
     327                o.linkDataset(this); 
     328                return image_BackReferenceList.add(o); 
     329        } 
     330 
     331        public boolean unlinkImage(Image o) 
     332        { 
     333 
     334                o.unlinkDataset(this); 
     335                return image_BackReferenceList.remove(o); 
    347336        } 
    348337 
     
    382371                if (experimenter != null) 
    383372                { 
    384                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
     373                        // Element property ExperimenterRef which is complex (has 
     374                        // sub-elements) 
     375                        Dataset_element.appendChild(experimenter.asXMLElement(document)); 
    385376                } 
    386377                if (group != null) 
    387378                { 
    388                         // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
     379                        // Element property GroupRef which is complex (has 
     380                        // sub-elements) 
     381                        Dataset_element.appendChild(group.asXMLElement(document)); 
    389382                } 
    390383                if (projectList != null) 
    391384                { 
    392                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ProjectRef 
     385                        // Reference property ProjectRef 
     386                        for (Project o : projectList) 
     387                        { 
     388                                Element projectList_element =  
     389                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "ProjectRefRef"); 
     390                                projectList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     391                                Dataset_element.appendChild(projectList_element); 
     392                        } 
    393393                } 
    394394                if (annotationList != null) 
    395395                { 
    396                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     396                        // Reference property AnnotationRef 
     397                        for (Annotation o : annotationList) 
     398                        { 
     399                                Element annotationList_element =  
     400                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     401                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     402                                Dataset_element.appendChild(annotationList_element); 
     403                        } 
    397404                } 
    398405                if (image_BackReferenceList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DatasetRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- DatasetRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Detector.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    167167        // -- Detector API methods -- 
    168168 
     169 
    169170        // Property 
    170171        public Double getZoom() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DetectorSettings.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    158158        // -- DetectorSettings API methods -- 
    159159 
     160 
    160161        // Property 
    161162        public Binning getBinning() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dichroic.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    121121        // -- Dichroic API methods -- 
    122122 
     123 
    123124        // Property 
    124125        public String getID() 
     
    132133        } 
    133134 
    134         // Property which occurs more than once 
    135         public int sizeOfFilterSetList() 
     135        // Reference which occurs more than once 
     136        public int sizeOfLinkedFilterSetList() 
    136137        { 
    137138                return filterSet_BackReferenceList.size(); 
    138139        } 
    139140 
    140         public List<FilterSet> copyFilterSetList() 
     141        public List<FilterSet> copyLinkedFilterSetList() 
    141142        { 
    142143                return new ArrayList<FilterSet>(filterSet_BackReferenceList); 
    143144        } 
    144145 
    145         public FilterSet getFilterSet(int index) 
     146        public FilterSet getLinkedFilterSet(int index) 
    146147        { 
    147148                return filterSet_BackReferenceList.get(index); 
    148149        } 
    149150 
    150         public FilterSet setFilterSet(int index, FilterSet filterSet_BackReference) 
    151         { 
    152                 return filterSet_BackReferenceList.set(index, filterSet_BackReference); 
    153         } 
    154  
    155         public void addFilterSet(FilterSet filterSet_BackReference) 
    156         { 
    157                 filterSet_BackReferenceList.add(filterSet_BackReference); 
    158         } 
    159  
    160         public void removeFilterSet(FilterSet filterSet_BackReference) 
    161         { 
    162                 filterSet_BackReferenceList.remove(filterSet_BackReference); 
    163         } 
    164  
    165         // Property which occurs more than once 
    166         public int sizeOfLightPathList() 
     151        public FilterSet setLinkedFilterSet(int index, FilterSet o) 
     152        { 
     153                return filterSet_BackReferenceList.set(index, o); 
     154        } 
     155 
     156        public boolean linkFilterSet(FilterSet o) 
     157        { 
     158 
     159                o.linkDichroic(this); 
     160                return filterSet_BackReferenceList.add(o); 
     161        } 
     162 
     163        public boolean unlinkFilterSet(FilterSet o) 
     164        { 
     165 
     166                o.unlinkDichroic(this); 
     167                return filterSet_BackReferenceList.remove(o); 
     168        } 
     169 
     170        // Reference which occurs more than once 
     171        public int sizeOfLinkedLightPathList() 
    167172        { 
    168173                return lightPath_BackReferenceList.size(); 
    169174        } 
    170175 
    171         public List<LightPath> copyLightPathList() 
     176        public List<LightPath> copyLinkedLightPathList() 
    172177        { 
    173178                return new ArrayList<LightPath>(lightPath_BackReferenceList); 
    174179        } 
    175180 
    176         public LightPath getLightPath(int index) 
     181        public LightPath getLinkedLightPath(int index) 
    177182        { 
    178183                return lightPath_BackReferenceList.get(index); 
    179184        } 
    180185 
    181         public LightPath setLightPath(int index, LightPath lightPath_BackReference) 
    182         { 
    183                 return lightPath_BackReferenceList.set(index, lightPath_BackReference); 
    184         } 
    185  
    186         public void addLightPath(LightPath lightPath_BackReference) 
    187         { 
    188                 lightPath_BackReferenceList.add(lightPath_BackReference); 
    189         } 
    190  
    191         public void removeLightPath(LightPath lightPath_BackReference) 
    192         { 
    193                 lightPath_BackReferenceList.remove(lightPath_BackReference); 
     186        public LightPath setLinkedLightPath(int index, LightPath o) 
     187        { 
     188                return lightPath_BackReferenceList.set(index, o); 
     189        } 
     190 
     191        public boolean linkLightPath(LightPath o) 
     192        { 
     193 
     194                o.linkDichroic(this); 
     195                return lightPath_BackReferenceList.add(o); 
     196        } 
     197 
     198        public boolean unlinkLightPath(LightPath o) 
     199        { 
     200 
     201                o.unlinkDichroic(this); 
     202                return lightPath_BackReferenceList.remove(o); 
    194203        } 
    195204 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DichroicRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- DichroicRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DoubleAnnotation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    121121        // -- DoubleAnnotation API methods -- 
    122122 
     123 
    123124        // Property 
    124125        public String getValue() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Ellipse.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    140140        // -- Ellipse API methods -- 
    141141 
     142 
    142143        // Property 
    143144        public Double getY() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experiment.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6767        private String description; 
    6868 
    69         // Back reference ExperimenterRef 
    70         private List<Experimenter> experimenter = new ArrayList<Experimenter>(); 
     69        // Property 
     70        private Experimenter experimenter; 
    7171 
    7272        // Property which occurs more than once 
     
    159159        // -- Experiment API methods -- 
    160160 
     161 
    161162        // Property 
    162163        public ExperimentType getType() 
     
    192193        } 
    193194 
    194         // Reference ExperimenterRef 
    195         public int sizeOfLinkedExperimenterList() 
    196         { 
    197                 return experimenter.size(); 
    198         } 
    199  
    200         public List<Experimenter> copyLinkedExperimenterList() 
    201         { 
    202                 return new ArrayList<Experimenter>(experimenter); 
    203         } 
    204  
    205         public Experimenter getLinkedExperimenter(int index) 
    206         { 
    207                 return experimenter.get(index); 
    208         } 
    209  
    210         public Experimenter setLinkedExperimenter(int index, Experimenter o) 
    211         { 
    212                 return experimenter.set(index, o); 
     195        // Reference 
     196        public Experimenter getLinkedExperimenter() 
     197        { 
     198                return experimenter; 
    213199        } 
    214200 
    215201        public void linkExperimenter(Experimenter o) 
    216202        { 
    217                 this.experimenter.add(o); 
     203                experimenter = o; 
    218204        } 
    219205 
    220206        public void unlinkExperimenter(Experimenter o) 
    221207        { 
    222                 this.experimenter.add(o); 
     208                if (experimenter == o) 
     209                { 
     210                        experimenter = null; 
     211                } 
    223212        } 
    224213 
     
    254243        } 
    255244 
    256         // Property which occurs more than once 
    257         public int sizeOfImageList() 
     245        // Reference which occurs more than once 
     246        public int sizeOfLinkedImageList() 
    258247        { 
    259248                return image_BackReferenceList.size(); 
    260249        } 
    261250 
    262         public List<Image> copyImageList() 
     251        public List<Image> copyLinkedImageList() 
    263252        { 
    264253                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
    265254        } 
    266255 
    267         public Image getImage(int index) 
     256        public Image getLinkedImage(int index) 
    268257        { 
    269258                return image_BackReferenceList.get(index); 
    270259        } 
    271260 
    272         public Image setImage(int index, Image image_BackReference) 
    273         { 
    274                 return image_BackReferenceList.set(index, image_BackReference); 
    275         } 
    276  
    277         public void addImage(Image image_BackReference) 
    278         { 
    279                 image_BackReferenceList.add(image_BackReference); 
    280         } 
    281  
    282         public void removeImage(Image image_BackReference) 
    283         { 
    284                 image_BackReferenceList.remove(image_BackReference); 
     261        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     262        { 
     263                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     264        } 
     265 
     266        public boolean linkImage(Image o) 
     267        { 
     268 
     269                o.linkExperiment(this); 
     270                return image_BackReferenceList.add(o); 
     271        } 
     272 
     273        public boolean unlinkImage(Image o) 
     274        { 
     275 
     276                o.unlinkExperiment(this); 
     277                return image_BackReferenceList.remove(o); 
    285278        } 
    286279 
     
    320313                if (experimenter != null) 
    321314                { 
    322                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
     315                        // Element property ExperimenterRef which is complex (has 
     316                        // sub-elements) 
     317                        Experiment_element.appendChild(experimenter.asXMLElement(document)); 
    323318                } 
    324319                if (microbeamManipulationList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimentRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- ExperimentRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experimenter.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8282        private String id; 
    8383 
    84         // Back reference GroupRef 
     84        // Reference GroupRef 
    8585        private List<Group> groupList = new ArrayList<Group>(); 
    8686 
    87         // Back reference AnnotationRef 
     87        // Reference AnnotationRef 
    8888        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    8989 
     
    204204        // -- Experimenter API methods -- 
    205205 
     206 
    206207        // Property 
    207208        public String getUserName() 
     
    292293        } 
    293294 
    294         // Reference GroupRef 
     295        // Reference which occurs more than once 
    295296        public int sizeOfLinkedGroupList() 
    296297        { 
     
    313314        } 
    314315 
    315         public void linkGroup(Group o) 
    316         { 
    317                 this.groupList.add(o); 
    318         } 
    319  
    320         public void unlinkGroup(Group o) 
    321         { 
    322                 this.groupList.add(o); 
    323         } 
    324  
    325         // Reference AnnotationRef 
     316        public boolean linkGroup(Group o) 
     317        { 
     318 
     319                o.linkExperimenter(this); 
     320                return groupList.add(o); 
     321        } 
     322 
     323        public boolean unlinkGroup(Group o) 
     324        { 
     325 
     326                o.unlinkExperimenter(this); 
     327                return groupList.remove(o); 
     328        } 
     329 
     330        // Reference which occurs more than once 
    326331        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    327332        { 
     
    344349        } 
    345350 
    346         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    347         { 
    348                 this.annotationList.add(o); 
    349         } 
    350  
    351         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    352         { 
    353                 this.annotationList.add(o); 
    354         } 
    355  
    356         // Property which occurs more than once 
    357         public int sizeOfImageList() 
     351        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     352        { 
     353 
     354                o.linkExperimenter(this); 
     355                return annotationList.add(o); 
     356        } 
     357 
     358        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     359        { 
     360 
     361                o.unlinkExperimenter(this); 
     362                return annotationList.remove(o); 
     363        } 
     364 
     365        // Reference which occurs more than once 
     366        public int sizeOfLinkedImageList() 
    358367        { 
    359368                return image_BackReferenceList.size(); 
    360369        } 
    361370 
    362         public List<Image> copyImageList() 
     371        public List<Image> copyLinkedImageList() 
    363372        { 
    364373                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
    365374        } 
    366375 
    367         public Image getImage(int index) 
     376        public Image getLinkedImage(int index) 
    368377        { 
    369378                return image_BackReferenceList.get(index); 
    370379        } 
    371380 
    372         public Image setImage(int index, Image image_BackReference) 
    373         { 
    374                 return image_BackReferenceList.set(index, image_BackReference); 
    375         } 
    376  
    377         public void addImage(Image image_BackReference) 
    378         { 
    379                 image_BackReferenceList.add(image_BackReference); 
    380         } 
    381  
    382         public void removeImage(Image image_BackReference) 
    383         { 
    384                 image_BackReferenceList.remove(image_BackReference); 
    385         } 
    386  
    387         // Property which occurs more than once 
    388         public int sizeOfMicrobeamManipulationList() 
     381        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     382        { 
     383                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     384        } 
     385 
     386        public boolean linkImage(Image o) 
     387        { 
     388 
     389                o.linkExperimenter(this); 
     390                return image_BackReferenceList.add(o); 
     391        } 
     392 
     393        public boolean unlinkImage(Image o) 
     394        { 
     395 
     396                o.unlinkExperimenter(this); 
     397                return image_BackReferenceList.remove(o); 
     398        } 
     399 
     400        // Reference which occurs more than once 
     401        public int sizeOfLinkedMicrobeamManipulationList() 
    389402        { 
    390403                return microbeamManipulation_BackReferenceList.size(); 
    391404        } 
    392405 
    393         public List<MicrobeamManipulation> copyMicrobeamManipulationList() 
     406        public List<MicrobeamManipulation> copyLinkedMicrobeamManipulationList() 
    394407        { 
    395408                return new ArrayList<MicrobeamManipulation>(microbeamManipulation_BackReferenceList); 
    396409        } 
    397410 
    398         public MicrobeamManipulation getMicrobeamManipulation(int index) 
     411        public MicrobeamManipulation getLinkedMicrobeamManipulation(int index) 
    399412        { 
    400413                return microbeamManipulation_BackReferenceList.get(index); 
    401414        } 
    402415 
    403         public MicrobeamManipulation setMicrobeamManipulation(int index, MicrobeamManipulation microbeamManipulation_BackReference) 
    404         { 
    405                 return microbeamManipulation_BackReferenceList.set(index, microbeamManipulation_BackReference); 
    406         } 
    407  
    408         public void addMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation microbeamManipulation_BackReference) 
    409         { 
    410                 microbeamManipulation_BackReferenceList.add(microbeamManipulation_BackReference); 
    411         } 
    412  
    413         public void removeMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation microbeamManipulation_BackReference) 
    414         { 
    415                 microbeamManipulation_BackReferenceList.remove(microbeamManipulation_BackReference); 
    416         } 
    417  
    418         // Property which occurs more than once 
    419         public int sizeOfProjectList() 
     416        public MicrobeamManipulation setLinkedMicrobeamManipulation(int index, MicrobeamManipulation o) 
     417        { 
     418                return microbeamManipulation_BackReferenceList.set(index, o); 
     419        } 
     420 
     421        public boolean linkMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation o) 
     422        { 
     423 
     424                o.linkExperimenter(this); 
     425                return microbeamManipulation_BackReferenceList.add(o); 
     426        } 
     427 
     428        public boolean unlinkMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation o) 
     429        { 
     430 
     431                o.unlinkExperimenter(this); 
     432                return microbeamManipulation_BackReferenceList.remove(o); 
     433        } 
     434 
     435        // Reference which occurs more than once 
     436        public int sizeOfLinkedProjectList() 
    420437        { 
    421438                return project_BackReferenceList.size(); 
    422439        } 
    423440 
    424         public List<Project> copyProjectList() 
     441        public List<Project> copyLinkedProjectList() 
    425442        { 
    426443                return new ArrayList<Project>(project_BackReferenceList); 
    427444        } 
    428445 
    429         public Project getProject(int index) 
     446        public Project getLinkedProject(int index) 
    430447        { 
    431448                return project_BackReferenceList.get(index); 
    432449        } 
    433450 
    434         public Project setProject(int index, Project project_BackReference) 
    435         { 
    436                 return project_BackReferenceList.set(index, project_BackReference); 
    437         } 
    438  
    439         public void addProject(Project project_BackReference) 
    440         { 
    441                 project_BackReferenceList.add(project_BackReference); 
    442         } 
    443  
    444         public void removeProject(Project project_BackReference) 
    445         { 
    446                 project_BackReferenceList.remove(project_BackReference); 
    447         } 
    448  
    449         // Property which occurs more than once 
    450         public int sizeOfDatasetList() 
     451        public Project setLinkedProject(int index, Project o) 
     452        { 
     453                return project_BackReferenceList.set(index, o); 
     454        } 
     455 
     456        public boolean linkProject(Project o) 
     457        { 
     458 
     459                o.linkExperimenter(this); 
     460                return project_BackReferenceList.add(o); 
     461        } 
     462 
     463        public boolean unlinkProject(Project o) 
     464        { 
     465 
     466                o.unlinkExperimenter(this); 
     467                return project_BackReferenceList.remove(o); 
     468        } 
     469 
     470        // Reference which occurs more than once 
     471        public int sizeOfLinkedDatasetList() 
    451472        { 
    452473                return dataset_BackReferenceList.size(); 
    453474        } 
    454475 
    455         public List<Dataset> copyDatasetList() 
     476        public List<Dataset> copyLinkedDatasetList() 
    456477        { 
    457478                return new ArrayList<Dataset>(dataset_BackReferenceList); 
    458479        } 
    459480 
    460         public Dataset getDataset(int index) 
     481        public Dataset getLinkedDataset(int index) 
    461482        { 
    462483                return dataset_BackReferenceList.get(index); 
    463484        } 
    464485 
    465         public Dataset setDataset(int index, Dataset dataset_BackReference) 
    466         { 
    467                 return dataset_BackReferenceList.set(index, dataset_BackReference); 
    468         } 
    469  
    470         public void addDataset(Dataset dataset_BackReference) 
    471         { 
    472                 dataset_BackReferenceList.add(dataset_BackReference); 
    473         } 
    474  
    475         public void removeDataset(Dataset dataset_BackReference) 
    476         { 
    477                 dataset_BackReferenceList.remove(dataset_BackReference); 
    478         } 
    479  
    480         // Property which occurs more than once 
    481         public int sizeOfExperimentList() 
     486        public Dataset setLinkedDataset(int index, Dataset o) 
     487        { 
     488                return dataset_BackReferenceList.set(index, o); 
     489        } 
     490 
     491        public boolean linkDataset(Dataset o) 
     492        { 
     493 
     494                o.linkExperimenter(this); 
     495                return dataset_BackReferenceList.add(o); 
     496        } 
     497 
     498        public boolean unlinkDataset(Dataset o) 
     499        { 
     500 
     501                o.unlinkExperimenter(this); 
     502                return dataset_BackReferenceList.remove(o); 
     503        } 
     504 
     505        // Reference which occurs more than once 
     506        public int sizeOfLinkedExperimentList() 
    482507        { 
    483508                return experiment_BackReferenceList.size(); 
    484509        } 
    485510 
    486         public List<Experiment> copyExperimentList() 
     511        public List<Experiment> copyLinkedExperimentList() 
    487512        { 
    488513                return new ArrayList<Experiment>(experiment_BackReferenceList); 
    489514        } 
    490515 
    491         public Experiment getExperiment(int index) 
     516        public Experiment getLinkedExperiment(int index) 
    492517        { 
    493518                return experiment_BackReferenceList.get(index); 
    494519        } 
    495520 
    496         public Experiment setExperiment(int index, Experiment experiment_BackReference) 
    497         { 
    498                 return experiment_BackReferenceList.set(index, experiment_BackReference); 
    499         } 
    500  
    501         public void addExperiment(Experiment experiment_BackReference) 
    502         { 
    503                 experiment_BackReferenceList.add(experiment_BackReference); 
    504         } 
    505  
    506         public void removeExperiment(Experiment experiment_BackReference) 
    507         { 
    508                 experiment_BackReferenceList.remove(experiment_BackReference); 
     521        public Experiment setLinkedExperiment(int index, Experiment o) 
     522        { 
     523                return experiment_BackReferenceList.set(index, o); 
     524        } 
     525 
     526        public boolean linkExperiment(Experiment o) 
     527        { 
     528 
     529                o.linkExperimenter(this); 
     530                return experiment_BackReferenceList.add(o); 
     531        } 
     532 
     533        public boolean unlinkExperiment(Experiment o) 
     534        { 
     535 
     536                o.unlinkExperimenter(this); 
     537                return experiment_BackReferenceList.remove(o); 
    509538        } 
    510539 
     
    565594                if (groupList != null) 
    566595                { 
    567                         // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
     596                        // Reference property GroupRef 
     597                        for (Group o : groupList) 
     598                        { 
     599                                Element groupList_element =  
     600                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "GroupRefRef"); 
     601                                groupList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     602                                Experimenter_element.appendChild(groupList_element); 
     603                        } 
    568604                } 
    569605                if (annotationList != null) 
    570606                { 
    571                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     607                        // Reference property AnnotationRef 
     608                        for (Annotation o : annotationList) 
     609                        { 
     610                                Element annotationList_element =  
     611                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     612                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     613                                Experimenter_element.appendChild(annotationList_element); 
     614                        } 
    572615                } 
    573616                if (image_BackReferenceList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimenterRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- ExperimenterRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filament.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- Filament API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public FilamentType getType() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FileAnnotation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    121121        // -- FileAnnotation API methods -- 
    122122 
     123 
    123124        // Property 
    124125        public String getBinaryFile() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filter.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    157157        // -- Filter API methods -- 
    158158 
     159 
    159160        // Property 
    160161        public String getFilterWheel() 
     
    201202        } 
    202203 
    203         // Property which occurs more than once 
    204         public int sizeOfFilterSetList() 
     204        // Reference which occurs more than once 
     205        public int sizeOfLinkedFilterSetList() 
    205206        { 
    206207                return filterSet_BackReferenceList.size(); 
    207208        } 
    208209 
    209         public List<FilterSet> copyFilterSetList() 
     210        public List<FilterSet> copyLinkedFilterSetList() 
    210211        { 
    211212                return new ArrayList<FilterSet>(filterSet_BackReferenceList); 
    212213        } 
    213214 
    214         public FilterSet getFilterSet(int index) 
     215        public FilterSet getLinkedFilterSet(int index) 
    215216        { 
    216217                return filterSet_BackReferenceList.get(index); 
    217218        } 
    218219 
    219         public FilterSet setFilterSet(int index, FilterSet filterSet_BackReference) 
    220         { 
    221                 return filterSet_BackReferenceList.set(index, filterSet_BackReference); 
    222         } 
    223  
    224         public void addFilterSet(FilterSet filterSet_BackReference) 
    225         { 
    226                 filterSet_BackReferenceList.add(filterSet_BackReference); 
    227         } 
    228  
    229         public void removeFilterSet(FilterSet filterSet_BackReference) 
    230         { 
    231                 filterSet_BackReferenceList.remove(filterSet_BackReference); 
    232         } 
    233  
    234         // Property which occurs more than once 
    235         public int sizeOfLightPathList() 
     220        public FilterSet setLinkedFilterSet(int index, FilterSet o) 
     221        { 
     222                return filterSet_BackReferenceList.set(index, o); 
     223        } 
     224 
     225        public boolean linkFilterSet(FilterSet o) 
     226        { 
     227                return filterSet_BackReferenceList.add(o); 
     228        } 
     229 
     230        public boolean unlinkFilterSet(FilterSet o) 
     231        { 
     232                return filterSet_BackReferenceList.remove(o); 
     233        } 
     234 
     235        // Reference which occurs more than once 
     236        public int sizeOfLinkedLightPathList() 
    236237        { 
    237238                return lightPath_BackReferenceList.size(); 
    238239        } 
    239240 
    240         public List<LightPath> copyLightPathList() 
     241        public List<LightPath> copyLinkedLightPathList() 
    241242        { 
    242243                return new ArrayList<LightPath>(lightPath_BackReferenceList); 
    243244        } 
    244245 
    245         public LightPath getLightPath(int index) 
     246        public LightPath getLinkedLightPath(int index) 
    246247        { 
    247248                return lightPath_BackReferenceList.get(index); 
    248249        } 
    249250 
    250         public LightPath setLightPath(int index, LightPath lightPath_BackReference) 
    251         { 
    252                 return lightPath_BackReferenceList.set(index, lightPath_BackReference); 
    253         } 
    254  
    255         public void addLightPath(LightPath lightPath_BackReference) 
    256         { 
    257                 lightPath_BackReferenceList.add(lightPath_BackReference); 
    258         } 
    259  
    260         public void removeLightPath(LightPath lightPath_BackReference) 
    261         { 
    262                 lightPath_BackReferenceList.remove(lightPath_BackReference); 
     251        public LightPath setLinkedLightPath(int index, LightPath o) 
     252        { 
     253                return lightPath_BackReferenceList.set(index, o); 
     254        } 
     255 
     256        public boolean linkLightPath(LightPath o) 
     257        { 
     258                return lightPath_BackReferenceList.add(o); 
     259        } 
     260 
     261        public boolean unlinkLightPath(LightPath o) 
     262        { 
     263                return lightPath_BackReferenceList.remove(o); 
    263264        } 
    264265 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- FilterRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSet.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6161        private String id; 
    6262 
    63         // Back reference ExcitationFilterRef 
     63        // Reference ExcitationFilterRef 
    6464        private List<Filter> excitationFilterList = new ArrayList<Filter>(); 
    6565 
    66         // Back reference DichroicRef 
    67         private List<Dichroic> dichroic = new ArrayList<Dichroic>(); 
    68  
    69         // Back reference EmissionFilterRef 
     66        // Property 
     67        private Dichroic dichroic; 
     68 
     69        // Reference EmissionFilterRef 
    7070        private List<Filter> emissionFilterList = new ArrayList<Filter>(); 
    7171 
     
    137137        // -- FilterSet API methods -- 
    138138 
     139 
    139140        // Property 
    140141        public String getID() 
     
    148149        } 
    149150 
    150         // Reference ExcitationFilterRef 
     151        // Reference which occurs more than once 
    151152        public int sizeOfLinkedExcitationFilterList() 
    152153        { 
     
    169170        } 
    170171 
    171         public void linkExcitationFilter(Filter o) 
    172         { 
    173                 this.excitationFilterList.add(o); 
    174         } 
    175  
    176         public void unlinkExcitationFilter(Filter o) 
    177         { 
    178                 this.excitationFilterList.add(o); 
    179         } 
    180  
    181         // Reference DichroicRef 
    182         public int sizeOfLinkedDichroicList() 
    183         { 
    184                 return dichroic.size(); 
    185         } 
    186  
    187         public List<Dichroic> copyLinkedDichroicList() 
    188         { 
    189                 return new ArrayList<Dichroic>(dichroic); 
    190         } 
    191  
    192         public Dichroic getLinkedDichroic(int index) 
    193         { 
    194                 return dichroic.get(index); 
    195         } 
    196  
    197         public Dichroic setLinkedDichroic(int index, Dichroic o) 
    198         { 
    199                 return dichroic.set(index, o); 
     172        public boolean linkExcitationFilter(Filter o) 
     173        { 
     174 
     175                o.linkFilterSet(this); 
     176                return excitationFilterList.add(o); 
     177        } 
     178 
     179        public boolean unlinkExcitationFilter(Filter o) 
     180        { 
     181 
     182                o.unlinkFilterSet(this); 
     183                return excitationFilterList.remove(o); 
     184        } 
     185 
     186        // Reference 
     187        public Dichroic getLinkedDichroic() 
     188        { 
     189                return dichroic; 
    200190        } 
    201191 
    202192        public void linkDichroic(Dichroic o) 
    203193        { 
    204                 this.dichroic.add(o); 
     194                dichroic = o; 
    205195        } 
    206196 
    207197        public void unlinkDichroic(Dichroic o) 
    208198        { 
    209                 this.dichroic.add(o); 
    210         } 
    211  
    212         // Reference EmissionFilterRef 
     199                if (dichroic == o) 
     200                { 
     201                        dichroic = null; 
     202                } 
     203        } 
     204 
     205        // Reference which occurs more than once 
    213206        public int sizeOfLinkedEmissionFilterList() 
    214207        { 
     
    231224        } 
    232225 
    233         public void linkEmissionFilter(Filter o) 
    234         { 
    235                 this.emissionFilterList.add(o); 
    236         } 
    237  
    238         public void unlinkEmissionFilter(Filter o) 
    239         { 
    240                 this.emissionFilterList.add(o); 
    241         } 
    242  
    243         // Property which occurs more than once 
    244         public int sizeOfChannelList() 
     226        public boolean linkEmissionFilter(Filter o) 
     227        { 
     228 
     229                o.linkFilterSet(this); 
     230                return emissionFilterList.add(o); 
     231        } 
     232 
     233        public boolean unlinkEmissionFilter(Filter o) 
     234        { 
     235 
     236                o.unlinkFilterSet(this); 
     237                return emissionFilterList.remove(o); 
     238        } 
     239 
     240        // Reference which occurs more than once 
     241        public int sizeOfLinkedChannelList() 
    245242        { 
    246243                return channel_BackReferenceList.size(); 
    247244        } 
    248245 
    249         public List<Channel> copyChannelList() 
     246        public List<Channel> copyLinkedChannelList() 
    250247        { 
    251248                return new ArrayList<Channel>(channel_BackReferenceList); 
    252249        } 
    253250 
    254         public Channel getChannel(int index) 
     251        public Channel getLinkedChannel(int index) 
    255252        { 
    256253                return channel_BackReferenceList.get(index); 
    257254        } 
    258255 
    259         public Channel setChannel(int index, Channel channel_BackReference) 
    260         { 
    261                 return channel_BackReferenceList.set(index, channel_BackReference); 
    262         } 
    263  
    264         public void addChannel(Channel channel_BackReference) 
    265         { 
    266                 channel_BackReferenceList.add(channel_BackReference); 
    267         } 
    268  
    269         public void removeChannel(Channel channel_BackReference) 
    270         { 
    271                 channel_BackReferenceList.remove(channel_BackReference); 
    272         } 
    273  
    274         // Property which occurs more than once 
    275         public int sizeOfOTFList() 
     256        public Channel setLinkedChannel(int index, Channel o) 
     257        { 
     258                return channel_BackReferenceList.set(index, o); 
     259        } 
     260 
     261        public boolean linkChannel(Channel o) 
     262        { 
     263 
     264                o.linkFilterSet(this); 
     265                return channel_BackReferenceList.add(o); 
     266        } 
     267 
     268        public boolean unlinkChannel(Channel o) 
     269        { 
     270 
     271                o.unlinkFilterSet(this); 
     272                return channel_BackReferenceList.remove(o); 
     273        } 
     274 
     275        // Reference which occurs more than once 
     276        public int sizeOfLinkedOTFList() 
    276277        { 
    277278                return otf_backReferenceList.size(); 
    278279        } 
    279280 
    280         public List<OTF> copyOTFList() 
     281        public List<OTF> copyLinkedOTFList() 
    281282        { 
    282283                return new ArrayList<OTF>(otf_backReferenceList); 
    283284        } 
    284285 
    285         public OTF getOTF(int index) 
     286        public OTF getLinkedOTF(int index) 
    286287        { 
    287288                return otf_backReferenceList.get(index); 
    288289        } 
    289290 
    290         public OTF setOTF(int index, OTF otf_backReference) 
    291         { 
    292                 return otf_backReferenceList.set(index, otf_backReference); 
    293         } 
    294  
    295         public void addOTF(OTF otf_backReference) 
    296         { 
    297                 otf_backReferenceList.add(otf_backReference); 
    298         } 
    299  
    300         public void removeOTF(OTF otf_backReference) 
    301         { 
    302                 otf_backReferenceList.remove(otf_backReference); 
    303         } 
    304  
    305         // Property which occurs more than once 
    306         public int sizeOfChannelProfileList() 
     291        public OTF setLinkedOTF(int index, OTF o) 
     292        { 
     293                return otf_backReferenceList.set(index, o); 
     294        } 
     295 
     296        public boolean linkOTF(OTF o) 
     297        { 
     298 
     299                o.linkFilterSet(this); 
     300                return otf_backReferenceList.add(o); 
     301        } 
     302 
     303        public boolean unlinkOTF(OTF o) 
     304        { 
     305 
     306                o.unlinkFilterSet(this); 
     307                return otf_backReferenceList.remove(o); 
     308        } 
     309 
     310        // Reference which occurs more than once 
     311        public int sizeOfLinkedChannelProfileList() 
    307312        { 
    308313                return channelProfile_BackReferenceList.size(); 
    309314        } 
    310315 
    311         public List<ChannelProfile> copyChannelProfileList() 
     316        public List<ChannelProfile> copyLinkedChannelProfileList() 
    312317        { 
    313318                return new ArrayList<ChannelProfile>(channelProfile_BackReferenceList); 
    314319        } 
    315320 
    316         public ChannelProfile getChannelProfile(int index) 
     321        public ChannelProfile getLinkedChannelProfile(int index) 
    317322        { 
    318323                return channelProfile_BackReferenceList.get(index); 
    319324        } 
    320325 
    321         public ChannelProfile setChannelProfile(int index, ChannelProfile channelProfile_BackReference) 
    322         { 
    323                 return channelProfile_BackReferenceList.set(index, channelProfile_BackReference); 
    324         } 
    325  
    326         public void addChannelProfile(ChannelProfile channelProfile_BackReference) 
    327         { 
    328                 channelProfile_BackReferenceList.add(channelProfile_BackReference); 
    329         } 
    330  
    331         public void removeChannelProfile(ChannelProfile channelProfile_BackReference) 
    332         { 
    333                 channelProfile_BackReferenceList.remove(channelProfile_BackReference); 
     326        public ChannelProfile setLinkedChannelProfile(int index, ChannelProfile o) 
     327        { 
     328                return channelProfile_BackReferenceList.set(index, o); 
     329        } 
     330 
     331        public boolean linkChannelProfile(ChannelProfile o) 
     332        { 
     333 
     334                o.linkFilterSet(this); 
     335                return channelProfile_BackReferenceList.add(o); 
     336        } 
     337 
     338        public boolean unlinkChannelProfile(ChannelProfile o) 
     339        { 
     340 
     341                o.unlinkFilterSet(this); 
     342                return channelProfile_BackReferenceList.remove(o); 
    334343        } 
    335344 
     
    355364                if (excitationFilterList != null) 
    356365                { 
    357                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExcitationFilterRef 
     366                        // Reference property ExcitationFilterRef 
     367                        for (Filter o : excitationFilterList) 
     368                        { 
     369                                Element excitationFilterList_element =  
     370                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "ExcitationFilterRefRef"); 
     371                                excitationFilterList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     372                                FilterSet_element.appendChild(excitationFilterList_element); 
     373                        } 
    358374                } 
    359375                if (dichroic != null) 
    360376                { 
    361                         // *** IGNORING *** Skipped back reference DichroicRef 
     377                        // Element property DichroicRef which is complex (has 
     378                        // sub-elements) 
     379                        FilterSet_element.appendChild(dichroic.asXMLElement(document)); 
    362380                } 
    363381                if (emissionFilterList != null) 
    364382                { 
    365                         // *** IGNORING *** Skipped back reference EmissionFilterRef 
     383                        // Reference property EmissionFilterRef 
     384                        for (Filter o : emissionFilterList) 
     385                        { 
     386                                Element emissionFilterList_element =  
     387                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "EmissionFilterRefRef"); 
     388                                emissionFilterList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     389                                FilterSet_element.appendChild(emissionFilterList_element); 
     390                        } 
    366391                } 
    367392                if (channel_BackReferenceList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSetRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- FilterSetRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Group.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    153153                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    154154                } 
    155                 NodeList Leader_nodeList = element.getElementsByTagName("Leader"); 
    156                 if (Leader_nodeList.getLength() > 1) 
    157                 { 
    158                         // TODO: Should be its own Exception 
    159                         throw new RuntimeException(String.format( 
    160                                         "Leader node list size %d != 1", 
    161                                         Leader_nodeList.getLength())); 
    162                 } 
    163                 else if (Leader_nodeList.getLength() != 0) 
    164                 { 
    165                         // Element property Leader which is complex (has 
    166                         // sub-elements) 
    167                         setLeader(new Leader( 
    168                                         (Element) Leader_nodeList.item(0))); 
    169                 } 
    170                 NodeList Contact_nodeList = element.getElementsByTagName("Contact"); 
    171                 if (Contact_nodeList.getLength() > 1) 
    172                 { 
    173                         // TODO: Should be its own Exception 
    174                         throw new RuntimeException(String.format( 
    175                                         "Contact node list size %d != 1", 
    176                                         Contact_nodeList.getLength())); 
    177                 } 
    178                 else if (Contact_nodeList.getLength() != 0) 
    179                 { 
    180                         // Element property Contact which is complex (has 
    181                         // sub-elements) 
    182                         setContact(new Contact( 
    183                                         (Element) Contact_nodeList.item(0))); 
    184                 } 
     155                // *** IGNORING *** Skipped back reference Leader 
     156                // *** IGNORING *** Skipped back reference Contact 
    185157                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
    186158                // *** IGNORING *** Skipped back reference Project_BackReference 
     
    191163        // -- Group API methods -- 
    192164 
     165 
    193166        // Property 
    194167        public String getName() 
     
    224197        } 
    225198 
    226         // Property 
    227         public Leader getLeader() 
     199        // Reference 
     200        public Leader getLinkedLeader() 
    228201        { 
    229202                return leader; 
    230203        } 
    231204 
    232         public void setLeader(Leader leader) 
    233         { 
    234                 this.leader = leader; 
    235         } 
    236  
    237         // Property 
    238         public Contact getContact() 
     205        public void linkLeader(Leader o) 
     206        { 
     207                leader = o; 
     208        } 
     209 
     210        public void unlinkLeader(Leader o) 
     211        { 
     212                if (leader == o) 
     213                { 
     214                        leader = null; 
     215                } 
     216        } 
     217 
     218        // Reference 
     219        public Contact getLinkedContact() 
    239220        { 
    240221                return contact; 
    241222        } 
    242223 
    243         public void setContact(Contact contact) 
    244         { 
    245                 this.contact = contact; 
    246         } 
    247  
    248         // Property which occurs more than once 
    249         public int sizeOfImageList() 
     224        public void linkContact(Contact o) 
     225        { 
     226                contact = o; 
     227        } 
     228 
     229        public void unlinkContact(Contact o) 
     230        { 
     231                if (contact == o) 
     232                { 
     233                        contact = null; 
     234                } 
     235        } 
     236 
     237        // Reference which occurs more than once 
     238        public int sizeOfLinkedImageList() 
    250239        { 
    251240                return image_BackReferenceList.size(); 
    252241        } 
    253242 
    254         public List<Image> copyImageList() 
     243        public List<Image> copyLinkedImageList() 
    255244        { 
    256245                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
    257246        } 
    258247 
    259         public Image getImage(int index) 
     248        public Image getLinkedImage(int index) 
    260249        { 
    261250                return image_BackReferenceList.get(index); 
    262251        } 
    263252 
    264         public Image setImage(int index, Image image_BackReference) 
    265         { 
    266                 return image_BackReferenceList.set(index, image_BackReference); 
    267         } 
    268  
    269         public void addImage(Image image_BackReference) 
    270         { 
    271                 image_BackReferenceList.add(image_BackReference); 
    272         } 
    273  
    274         public void removeImage(Image image_BackReference) 
    275         { 
    276                 image_BackReferenceList.remove(image_BackReference); 
    277         } 
    278  
    279         // Property which occurs more than once 
    280         public int sizeOfProjectList() 
     253        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     254        { 
     255                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     256        } 
     257 
     258        public boolean linkImage(Image o) 
     259        { 
     260 
     261                o.linkGroup(this); 
     262                return image_BackReferenceList.add(o); 
     263        } 
     264 
     265        public boolean unlinkImage(Image o) 
     266        { 
     267 
     268                o.unlinkGroup(this); 
     269                return image_BackReferenceList.remove(o); 
     270        } 
     271 
     272        // Reference which occurs more than once 
     273        public int sizeOfLinkedProjectList() 
    281274        { 
    282275                return project_BackReferenceList.size(); 
    283276        } 
    284277 
    285         public List<Project> copyProjectList() 
     278        public List<Project> copyLinkedProjectList() 
    286279        { 
    287280                return new ArrayList<Project>(project_BackReferenceList); 
    288281        } 
    289282 
    290         public Project getProject(int index) 
     283        public Project getLinkedProject(int index) 
    291284        { 
    292285                return project_BackReferenceList.get(index); 
    293286        } 
    294287 
    295         public Project setProject(int index, Project project_BackReference) 
    296         { 
    297                 return project_BackReferenceList.set(index, project_BackReference); 
    298         } 
    299  
    300         public void addProject(Project project_BackReference) 
    301         { 
    302                 project_BackReferenceList.add(project_BackReference); 
    303         } 
    304  
    305         public void removeProject(Project project_BackReference) 
    306         { 
    307                 project_BackReferenceList.remove(project_BackReference); 
    308         } 
    309  
    310         // Property which occurs more than once 
    311         public int sizeOfDatasetList() 
     288        public Project setLinkedProject(int index, Project o) 
     289        { 
     290                return project_BackReferenceList.set(index, o); 
     291        } 
     292 
     293        public boolean linkProject(Project o) 
     294        { 
     295 
     296                o.linkGroup(this); 
     297                return project_BackReferenceList.add(o); 
     298        } 
     299 
     300        public boolean unlinkProject(Project o) 
     301        { 
     302 
     303                o.unlinkGroup(this); 
     304                return project_BackReferenceList.remove(o); 
     305        } 
     306 
     307        // Reference which occurs more than once 
     308        public int sizeOfLinkedDatasetList() 
    312309        { 
    313310                return dataset_BackReferenceList.size(); 
    314311        } 
    315312 
    316         public List<Dataset> copyDatasetList() 
     313        public List<Dataset> copyLinkedDatasetList() 
    317314        { 
    318315                return new ArrayList<Dataset>(dataset_BackReferenceList); 
    319316        } 
    320317 
    321         public Dataset getDataset(int index) 
     318        public Dataset getLinkedDataset(int index) 
    322319        { 
    323320                return dataset_BackReferenceList.get(index); 
    324321        } 
    325322 
    326         public Dataset setDataset(int index, Dataset dataset_BackReference) 
    327         { 
    328                 return dataset_BackReferenceList.set(index, dataset_BackReference); 
    329         } 
    330  
    331         public void addDataset(Dataset dataset_BackReference) 
    332         { 
    333                 dataset_BackReferenceList.add(dataset_BackReference); 
    334         } 
    335  
    336         public void removeDataset(Dataset dataset_BackReference) 
    337         { 
    338                 dataset_BackReferenceList.remove(dataset_BackReference); 
    339         } 
    340  
    341         // Property which occurs more than once 
    342         public int sizeOfExperimenterList() 
     323        public Dataset setLinkedDataset(int index, Dataset o) 
     324        { 
     325                return dataset_BackReferenceList.set(index, o); 
     326        } 
     327 
     328        public boolean linkDataset(Dataset o) 
     329        { 
     330 
     331                o.linkGroup(this); 
     332                return dataset_BackReferenceList.add(o); 
     333        } 
     334 
     335        public boolean unlinkDataset(Dataset o) 
     336        { 
     337 
     338                o.unlinkGroup(this); 
     339                return dataset_BackReferenceList.remove(o); 
     340        } 
     341 
     342        // Reference which occurs more than once 
     343        public int sizeOfLinkedExperimenterList() 
    343344        { 
    344345                return experimenter_BackReferenceList.size(); 
    345346        } 
    346347 
    347         public List<Experimenter> copyExperimenterList() 
     348        public List<Experimenter> copyLinkedExperimenterList() 
    348349        { 
    349350                return new ArrayList<Experimenter>(experimenter_BackReferenceList); 
    350351        } 
    351352 
    352         public Experimenter getExperimenter(int index) 
     353        public Experimenter getLinkedExperimenter(int index) 
    353354        { 
    354355                return experimenter_BackReferenceList.get(index); 
    355356        } 
    356357 
    357         public Experimenter setExperimenter(int index, Experimenter experimenter_BackReference) 
    358         { 
    359                 return experimenter_BackReferenceList.set(index, experimenter_BackReference); 
    360         } 
    361  
    362         public void addExperimenter(Experimenter experimenter_BackReference) 
    363         { 
    364                 experimenter_BackReferenceList.add(experimenter_BackReference); 
    365         } 
    366  
    367         public void removeExperimenter(Experimenter experimenter_BackReference) 
    368         { 
    369                 experimenter_BackReferenceList.remove(experimenter_BackReference); 
     358        public Experimenter setLinkedExperimenter(int index, Experimenter o) 
     359        { 
     360                return experimenter_BackReferenceList.set(index, o); 
     361        } 
     362 
     363        public boolean linkExperimenter(Experimenter o) 
     364        { 
     365 
     366                o.linkGroup(this); 
     367                return experimenter_BackReferenceList.add(o); 
     368        } 
     369 
     370        public boolean unlinkExperimenter(Experimenter o) 
     371        { 
     372 
     373                o.unlinkGroup(this); 
     374                return experimenter_BackReferenceList.remove(o); 
    370375        } 
    371376 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/GroupRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- GroupRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Image.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6767        private String acquiredDate; 
    6868 
    69         // Back reference ExperimenterRef 
    70         private List<Experimenter> experimenter = new ArrayList<Experimenter>(); 
     69        // Property 
     70        private Experimenter experimenter; 
    7171 
    7272        // Property 
    7373        private String description; 
    7474 
    75         // Back reference ExperimentRef 
    76         private List<Experiment> experiment = new ArrayList<Experiment>(); 
    77  
    78         // Back reference GroupRef 
    79         private List<Group> group = new ArrayList<Group>(); 
    80  
    81         // Back reference DatasetRef 
     75        // Property 
     76        private Experiment experiment; 
     77 
     78        // Property 
     79        private Group group; 
     80 
     81        // Reference DatasetRef 
    8282        private List<Dataset> datasetList = new ArrayList<Dataset>(); 
    8383 
    84         // Back reference InstrumentRef 
    85         private List<Instrument> instrument = new ArrayList<Instrument>(); 
     84        // Property 
     85        private Instrument instrument; 
    8686 
    8787        // Property 
     
    9797        private Pixels pixels; 
    9898 
    99         // Back reference ROIRef 
     99        // Reference ROIRef 
    100100        private List<ROI> roiList = new ArrayList<ROI>(); 
    101101 
    102         // Back reference MicrobeamManipulationRef 
     102        // Reference MicrobeamManipulationRef 
    103103        private List<MicrobeamManipulation> microbeamManipulationList = new ArrayList<MicrobeamManipulation>(); 
    104104 
    105         // Back reference AnnotationRef 
     105        // Reference AnnotationRef 
    106106        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    107107 
     
    264264        // -- Image API methods -- 
    265265 
     266 
    266267        // Property 
    267268        public String getID() 
     
    297298        } 
    298299 
    299         // Reference ExperimenterRef 
    300         public int sizeOfLinkedExperimenterList() 
    301         { 
    302                 return experimenter.size(); 
    303         } 
    304  
    305         public List<Experimenter> copyLinkedExperimenterList() 
    306         { 
    307                 return new ArrayList<Experimenter>(experimenter); 
    308         } 
    309  
    310         public Experimenter getLinkedExperimenter(int index) 
    311         { 
    312                 return experimenter.get(index); 
    313         } 
    314  
    315         public Experimenter setLinkedExperimenter(int index, Experimenter o) 
    316         { 
    317                 return experimenter.set(index, o); 
     300        // Reference 
     301        public Experimenter getLinkedExperimenter() 
     302        { 
     303                return experimenter; 
    318304        } 
    319305 
    320306        public void linkExperimenter(Experimenter o) 
    321307        { 
    322                 this.experimenter.add(o); 
     308                experimenter = o; 
    323309        } 
    324310 
    325311        public void unlinkExperimenter(Experimenter o) 
    326312        { 
    327                 this.experimenter.add(o); 
     313                if (experimenter == o) 
     314                { 
     315                        experimenter = null; 
     316                } 
    328317        } 
    329318 
     
    339328        } 
    340329 
    341         // Reference ExperimentRef 
    342         public int sizeOfLinkedExperimentList() 
    343         { 
    344                 return experiment.size(); 
    345         } 
    346  
    347         public List<Experiment> copyLinkedExperimentList() 
    348         { 
    349                 return new ArrayList<Experiment>(experiment); 
    350         } 
    351  
    352         public Experiment getLinkedExperiment(int index) 
    353         { 
    354                 return experiment.get(index); 
    355         } 
    356  
    357         public Experiment setLinkedExperiment(int index, Experiment o) 
    358         { 
    359                 return experiment.set(index, o); 
     330        // Reference 
     331        public Experiment getLinkedExperiment() 
     332        { 
     333                return experiment; 
    360334        } 
    361335 
    362336        public void linkExperiment(Experiment o) 
    363337        { 
    364                 this.experiment.add(o); 
     338                experiment = o; 
    365339        } 
    366340 
    367341        public void unlinkExperiment(Experiment o) 
    368342        { 
    369                 this.experiment.add(o); 
    370         } 
    371  
    372         // Reference GroupRef 
    373         public int sizeOfLinkedGroupList() 
    374         { 
    375                 return group.size(); 
    376         } 
    377  
    378         public List<Group> copyLinkedGroupList() 
    379         { 
    380                 return new ArrayList<Group>(group); 
    381         } 
    382  
    383         public Group getLinkedGroup(int index) 
    384         { 
    385                 return group.get(index); 
    386         } 
    387  
    388         public Group setLinkedGroup(int index, Group o) 
    389         { 
    390                 return group.set(index, o); 
     343                if (experiment == o) 
     344                { 
     345                        experiment = null; 
     346                } 
     347        } 
     348 
     349        // Reference 
     350        public Group getLinkedGroup() 
     351        { 
     352                return group; 
    391353        } 
    392354 
    393355        public void linkGroup(Group o) 
    394356        { 
    395                 this.group.add(o); 
     357                group = o; 
    396358        } 
    397359 
    398360        public void unlinkGroup(Group o) 
    399361        { 
    400                 this.group.add(o); 
    401         } 
    402  
    403         // Reference DatasetRef 
     362                if (group == o) 
     363                { 
     364                        group = null; 
     365                } 
     366        } 
     367 
     368        // Reference which occurs more than once 
    404369        public int sizeOfLinkedDatasetList() 
    405370        { 
     
    422387        } 
    423388 
    424         public void linkDataset(Dataset o) 
    425         { 
    426                 this.datasetList.add(o); 
    427         } 
    428  
    429         public void unlinkDataset(Dataset o) 
    430         { 
    431                 this.datasetList.add(o); 
    432         } 
    433  
    434         // Reference InstrumentRef 
    435         public int sizeOfLinkedInstrumentList() 
    436         { 
    437                 return instrument.size(); 
    438         } 
    439  
    440         public List<Instrument> copyLinkedInstrumentList() 
    441         { 
    442                 return new ArrayList<Instrument>(instrument); 
    443         } 
    444  
    445         public Instrument getLinkedInstrument(int index) 
    446         { 
    447                 return instrument.get(index); 
    448         } 
    449  
    450         public Instrument setLinkedInstrument(int index, Instrument o) 
    451         { 
    452                 return instrument.set(index, o); 
     389        public boolean linkDataset(Dataset o) 
     390        { 
     391 
     392                o.linkImage(this); 
     393                return datasetList.add(o); 
     394        } 
     395 
     396        public boolean unlinkDataset(Dataset o) 
     397        { 
     398 
     399                o.unlinkImage(this); 
     400                return datasetList.remove(o); 
     401        } 
     402 
     403        // Reference 
     404        public Instrument getLinkedInstrument() 
     405        { 
     406                return instrument; 
    453407        } 
    454408 
    455409        public void linkInstrument(Instrument o) 
    456410        { 
    457                 this.instrument.add(o); 
     411                instrument = o; 
    458412        } 
    459413 
    460414        public void unlinkInstrument(Instrument o) 
    461415        { 
    462                 this.instrument.add(o); 
     416                if (instrument == o) 
     417                { 
     418                        instrument = null; 
     419                } 
    463420        } 
    464421 
     
    507464        } 
    508465 
    509         // Reference ROIRef 
     466        // Reference which occurs more than once 
    510467        public int sizeOfLinkedROIList() 
    511468        { 
     
    528485        } 
    529486 
    530         public void linkROI(ROI o) 
    531         { 
    532                 this.roiList.add(o); 
    533         } 
    534  
    535         public void unlinkROI(ROI o) 
    536         { 
    537                 this.roiList.add(o); 
    538         } 
    539  
    540         // Reference MicrobeamManipulationRef 
     487        public boolean linkROI(ROI o) 
     488        { 
     489 
     490                o.linkImage(this); 
     491                return roiList.add(o); 
     492        } 
     493 
     494        public boolean unlinkROI(ROI o) 
     495        { 
     496 
     497                o.unlinkImage(this); 
     498                return roiList.remove(o); 
     499        } 
     500 
     501        // Reference which occurs more than once 
    541502        public int sizeOfLinkedMicrobeamManipulationList() 
    542503        { 
     
    559520        } 
    560521 
    561         public void linkMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation o) 
    562         { 
    563                 this.microbeamManipulationList.add(o); 
    564         } 
    565  
    566         public void unlinkMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation o) 
    567         { 
    568                 this.microbeamManipulationList.add(o); 
    569         } 
    570  
    571         // Reference AnnotationRef 
     522        public boolean linkMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation o) 
     523        { 
     524 
     525                o.linkImage(this); 
     526                return microbeamManipulationList.add(o); 
     527        } 
     528 
     529        public boolean unlinkMicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation o) 
     530        { 
     531 
     532                o.unlinkImage(this); 
     533                return microbeamManipulationList.remove(o); 
     534        } 
     535 
     536        // Reference which occurs more than once 
    572537        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    573538        { 
     
    590555        } 
    591556 
    592         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    593         { 
    594                 this.annotationList.add(o); 
    595         } 
    596  
    597         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    598         { 
    599                 this.annotationList.add(o); 
    600         } 
    601  
    602         // Property which occurs more than once 
    603         public int sizeOfWellSampleList() 
     557        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     558        { 
     559 
     560                o.linkImage(this); 
     561                return annotationList.add(o); 
     562        } 
     563 
     564        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     565        { 
     566 
     567                o.unlinkImage(this); 
     568                return annotationList.remove(o); 
     569        } 
     570 
     571        // Reference which occurs more than once 
     572        public int sizeOfLinkedWellSampleList() 
    604573        { 
    605574                return wellSample_BackReferenceList.size(); 
    606575        } 
    607576 
    608         public List<WellSample> copyWellSampleList() 
     577        public List<WellSample> copyLinkedWellSampleList() 
    609578        { 
    610579                return new ArrayList<WellSample>(wellSample_BackReferenceList); 
    611580        } 
    612581 
    613         public WellSample getWellSample(int index) 
     582        public WellSample getLinkedWellSample(int index) 
    614583        { 
    615584                return wellSample_BackReferenceList.get(index); 
    616585        } 
    617586 
    618         public WellSample setWellSample(int index, WellSample wellSample_BackReference) 
    619         { 
    620                 return wellSample_BackReferenceList.set(index, wellSample_BackReference); 
    621         } 
    622  
    623         public void addWellSample(WellSample wellSample_BackReference) 
    624         { 
    625                 wellSample_BackReferenceList.add(wellSample_BackReference); 
    626         } 
    627  
    628         public void removeWellSample(WellSample wellSample_BackReference) 
    629         { 
    630                 wellSample_BackReferenceList.remove(wellSample_BackReference); 
     587        public WellSample setLinkedWellSample(int index, WellSample o) 
     588        { 
     589                return wellSample_BackReferenceList.set(index, o); 
     590        } 
     591 
     592        public boolean linkWellSample(WellSample o) 
     593        { 
     594 
     595                o.linkImage(this); 
     596                return wellSample_BackReferenceList.add(o); 
     597        } 
     598 
     599        public boolean unlinkWellSample(WellSample o) 
     600        { 
     601 
     602                o.unlinkImage(this); 
     603                return wellSample_BackReferenceList.remove(o); 
    631604        } 
    632605 
     
    666639                if (experimenter != null) 
    667640                { 
    668                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
     641                        // Element property ExperimenterRef which is complex (has 
     642                        // sub-elements) 
     643                        Image_element.appendChild(experimenter.asXMLElement(document)); 
    669644                } 
    670645                if (description != null) 
     
    679654                if (experiment != null) 
    680655                { 
    681                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimentRef 
     656                        // Element property ExperimentRef which is complex (has 
     657                        // sub-elements) 
     658                        Image_element.appendChild(experiment.asXMLElement(document)); 
    682659                } 
    683660                if (group != null) 
    684661                { 
    685                         // *** IGNORING *** Skipped back reference GroupRef 
     662                        // Element property GroupRef which is complex (has 
     663                        // sub-elements) 
     664                        Image_element.appendChild(group.asXMLElement(document)); 
    686665                } 
    687666                if (datasetList != null) 
    688667                { 
    689                         // *** IGNORING *** Skipped back reference DatasetRef 
     668                        // Reference property DatasetRef 
     669                        for (Dataset o : datasetList) 
     670                        { 
     671                                Element datasetList_element =  
     672                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "DatasetRefRef"); 
     673                                datasetList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     674                                Image_element.appendChild(datasetList_element); 
     675                        } 
    690676                } 
    691677                if (instrument != null) 
    692678                { 
    693                         // *** IGNORING *** Skipped back reference InstrumentRef 
     679                        // Element property InstrumentRef which is complex (has 
     680                        // sub-elements) 
     681                        Image_element.appendChild(instrument.asXMLElement(document)); 
    694682                } 
    695683                if (objectiveSettings != null) 
     
    719707                if (roiList != null) 
    720708                { 
    721                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ROIRef 
     709                        // Reference property ROIRef 
     710                        for (ROI o : roiList) 
     711                        { 
     712                                Element roiList_element =  
     713                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "ROIRefRef"); 
     714                                roiList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     715                                Image_element.appendChild(roiList_element); 
     716                        } 
    722717                } 
    723718                if (microbeamManipulationList != null) 
    724719                { 
    725                         // *** IGNORING *** Skipped back reference MicrobeamManipulationRef 
     720                        // Reference property MicrobeamManipulationRef 
     721                        for (MicrobeamManipulation o : microbeamManipulationList) 
     722                        { 
     723                                Element microbeamManipulationList_element =  
     724                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "MicrobeamManipulationRefRef"); 
     725                                microbeamManipulationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     726                                Image_element.appendChild(microbeamManipulationList_element); 
     727                        } 
    726728                } 
    727729                if (annotationList != null) 
    728730                { 
    729                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     731                        // Reference property AnnotationRef 
     732                        for (Annotation o : annotationList) 
     733                        { 
     734                                Element annotationList_element =  
     735                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     736                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     737                                Image_element.appendChild(annotationList_element); 
     738                        } 
    730739                } 
    731740                if (wellSample_BackReferenceList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageProfile.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6767        private String description; 
    6868 
    69         // Back reference InstrumentRef 
    70         private List<Instrument> instrument = new ArrayList<Instrument>(); 
     69        // Property 
     70        private Instrument instrument; 
    7171 
    7272        // Property 
     
    169169        // -- ImageProfile API methods -- 
    170170 
     171 
    171172        // Property 
    172173        public ProfileSource getorigin() 
     
    202203        } 
    203204 
    204         // Reference InstrumentRef 
    205         public int sizeOfLinkedInstrumentList() 
    206         { 
    207                 return instrument.size(); 
    208         } 
    209  
    210         public List<Instrument> copyLinkedInstrumentList() 
    211         { 
    212                 return new ArrayList<Instrument>(instrument); 
    213         } 
    214  
    215         public Instrument getLinkedInstrument(int index) 
    216         { 
    217                 return instrument.get(index); 
    218         } 
    219  
    220         public Instrument setLinkedInstrument(int index, Instrument o) 
    221         { 
    222                 return instrument.set(index, o); 
     205        // Reference 
     206        public Instrument getLinkedInstrument() 
     207        { 
     208                return instrument; 
    223209        } 
    224210 
    225211        public void linkInstrument(Instrument o) 
    226212        { 
    227                 this.instrument.add(o); 
     213                instrument = o; 
    228214        } 
    229215 
    230216        public void unlinkInstrument(Instrument o) 
    231217        { 
    232                 this.instrument.add(o); 
     218                if (instrument == o) 
     219                { 
     220                        instrument = null; 
     221                } 
    233222        } 
    234223 
     
    283272                if (instrument != null) 
    284273                { 
    285                         // *** IGNORING *** Skipped back reference InstrumentRef 
     274                        // Element property InstrumentRef which is complex (has 
     275                        // sub-elements) 
     276                        ImageProfile_element.appendChild(instrument.asXMLElement(document)); 
    286277                } 
    287278                if (objectiveSettings != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- ImageRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImagingEnvironment.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    140140        // -- ImagingEnvironment API methods -- 
    141141 
     142 
    142143        // Property 
    143144        public Double getCO2Percent() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Instrument.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    259259        // -- Instrument API methods -- 
    260260 
     261 
    261262        // Property 
    262263        public String getID() 
     
    498499        } 
    499500 
    500         // Property which occurs more than once 
    501         public int sizeOfImageList() 
     501        // Reference which occurs more than once 
     502        public int sizeOfLinkedImageList() 
    502503        { 
    503504                return image_BackReferenceList.size(); 
    504505        } 
    505506 
    506         public List<Image> copyImageList() 
     507        public List<Image> copyLinkedImageList() 
    507508        { 
    508509                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
    509510        } 
    510511 
    511         public Image getImage(int index) 
     512        public Image getLinkedImage(int index) 
    512513        { 
    513514                return image_BackReferenceList.get(index); 
    514515        } 
    515516 
    516         public Image setImage(int index, Image image_BackReference) 
    517         { 
    518                 return image_BackReferenceList.set(index, image_BackReference); 
    519         } 
    520  
    521         public void addImage(Image image_BackReference) 
    522         { 
    523                 image_BackReferenceList.add(image_BackReference); 
    524         } 
    525  
    526         public void removeImage(Image image_BackReference) 
    527         { 
    528                 image_BackReferenceList.remove(image_BackReference); 
    529         } 
    530  
    531         // Property which occurs more than once 
    532         public int sizeOfImageProfileList() 
     517        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     518        { 
     519                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     520        } 
     521 
     522        public boolean linkImage(Image o) 
     523        { 
     524 
     525                o.linkInstrument(this); 
     526                return image_BackReferenceList.add(o); 
     527        } 
     528 
     529        public boolean unlinkImage(Image o) 
     530        { 
     531 
     532                o.unlinkInstrument(this); 
     533                return image_BackReferenceList.remove(o); 
     534        } 
     535 
     536        // Reference which occurs more than once 
     537        public int sizeOfLinkedImageProfileList() 
    533538        { 
    534539                return imageProfile_BackReferenceList.size(); 
    535540        } 
    536541 
    537         public List<ImageProfile> copyImageProfileList() 
     542        public List<ImageProfile> copyLinkedImageProfileList() 
    538543        { 
    539544                return new ArrayList<ImageProfile>(imageProfile_BackReferenceList); 
    540545        } 
    541546 
    542         public ImageProfile getImageProfile(int index) 
     547        public ImageProfile getLinkedImageProfile(int index) 
    543548        { 
    544549                return imageProfile_BackReferenceList.get(index); 
    545550        } 
    546551 
    547         public ImageProfile setImageProfile(int index, ImageProfile imageProfile_BackReference) 
    548         { 
    549                 return imageProfile_BackReferenceList.set(index, imageProfile_BackReference); 
    550         } 
    551  
    552         public void addImageProfile(ImageProfile imageProfile_BackReference) 
    553         { 
    554                 imageProfile_BackReferenceList.add(imageProfile_BackReference); 
    555         } 
    556  
    557         public void removeImageProfile(ImageProfile imageProfile_BackReference) 
    558         { 
    559                 imageProfile_BackReferenceList.remove(imageProfile_BackReference); 
     552        public ImageProfile setLinkedImageProfile(int index, ImageProfile o) 
     553        { 
     554                return imageProfile_BackReferenceList.set(index, o); 
     555        } 
     556 
     557        public boolean linkImageProfile(ImageProfile o) 
     558        { 
     559 
     560                o.linkInstrument(this); 
     561                return imageProfile_BackReferenceList.add(o); 
     562        } 
     563 
     564        public boolean unlinkImageProfile(ImageProfile o) 
     565        { 
     566 
     567                o.unlinkInstrument(this); 
     568                return imageProfile_BackReferenceList.remove(o); 
    560569        } 
    561570 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/InstrumentRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- InstrumentRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Laser.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    175175                                        element.getAttribute("RepetitionRate"))); 
    176176                } 
    177                 NodeList Pump_nodeList = element.getElementsByTagName("Pump"); 
    178                 if (Pump_nodeList.getLength() > 1) 
    179                 { 
    180                         // TODO: Should be its own Exception 
    181                         throw new RuntimeException(String.format( 
    182                                         "Pump node list size %d != 1", 
    183                                         Pump_nodeList.getLength())); 
    184                 } 
    185                 else if (Pump_nodeList.getLength() != 0) 
    186                 { 
    187                         // Element property Pump which is complex (has 
    188                         // sub-elements) 
    189                         setPump(new Pump( 
    190                                         (Element) Pump_nodeList.item(0))); 
    191                 } 
     177                // *** IGNORING *** Skipped back reference Pump 
    192178        } 
    193179 
    194180        // -- Laser API methods -- 
    195181 
     182 
    196183        // Property 
    197184        public Boolean getPockelCell() 
     
    282269        } 
    283270 
    284         // Property 
    285         public Pump getPump() 
     271        // Reference 
     272        public Pump getLinkedPump() 
    286273        { 
    287274                return pump; 
    288275        } 
    289276 
    290         public void setPump(Pump pump) 
    291         { 
    292                 this.pump = pump; 
     277        public void linkPump(Pump o) 
     278        { 
     279                pump = o; 
     280        } 
     281 
     282        public void unlinkPump(Pump o) 
     283        { 
     284                if (pump == o) 
     285                { 
     286                        pump = null; 
     287                } 
    293288        } 
    294289 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Leader.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- Leader API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightEmittingDiode.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        // -- LightEmittingDiode API methods -- 
    105105 
     106 
    106107        public Element asXMLElement(Document document) 
    107108        { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightPath.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    5858        // -- Instance variables -- 
    5959 
    60         // Back reference ExcitationFilterRef 
     60        // Reference ExcitationFilterRef 
    6161        private List<Filter> excitationFilterList = new ArrayList<Filter>(); 
    6262 
    63         // Back reference DichroicRef 
    64         private List<Dichroic> dichroic = new ArrayList<Dichroic>(); 
    65  
    66         // Back reference EmissionFilterRef 
     63        // Property 
     64        private Dichroic dichroic; 
     65 
     66        // Reference EmissionFilterRef 
    6767        private List<Filter> emissionFilterList = new ArrayList<Filter>(); 
    6868 
     
    116116        // -- LightPath API methods -- 
    117117 
    118         // Reference ExcitationFilterRef 
     118 
     119        // Reference which occurs more than once 
    119120        public int sizeOfLinkedExcitationFilterList() 
    120121        { 
     
    137138        } 
    138139 
    139         public void linkExcitationFilter(Filter o) 
    140         { 
    141                 this.excitationFilterList.add(o); 
    142         } 
    143  
    144         public void unlinkExcitationFilter(Filter o) 
    145         { 
    146                 this.excitationFilterList.add(o); 
    147         } 
    148  
    149         // Reference DichroicRef 
    150         public int sizeOfLinkedDichroicList() 
    151         { 
    152                 return dichroic.size(); 
    153         } 
    154  
    155         public List<Dichroic> copyLinkedDichroicList() 
    156         { 
    157                 return new ArrayList<Dichroic>(dichroic); 
    158         } 
    159  
    160         public Dichroic getLinkedDichroic(int index) 
    161         { 
    162                 return dichroic.get(index); 
    163         } 
    164  
    165         public Dichroic setLinkedDichroic(int index, Dichroic o) 
    166         { 
    167                 return dichroic.set(index, o); 
     140        public boolean linkExcitationFilter(Filter o) 
     141        { 
     142 
     143                o.linkLightPath(this); 
     144                return excitationFilterList.add(o); 
     145        } 
     146 
     147        public boolean unlinkExcitationFilter(Filter o) 
     148        { 
     149 
     150                o.unlinkLightPath(this); 
     151                return excitationFilterList.remove(o); 
     152        } 
     153 
     154        // Reference 
     155        public Dichroic getLinkedDichroic() 
     156        { 
     157                return dichroic; 
    168158        } 
    169159 
    170160        public void linkDichroic(Dichroic o) 
    171161        { 
    172                 this.dichroic.add(o); 
     162                dichroic = o; 
    173163        } 
    174164 
    175165        public void unlinkDichroic(Dichroic o) 
    176166        { 
    177                 this.dichroic.add(o); 
    178         } 
    179  
    180         // Reference EmissionFilterRef 
     167                if (dichroic == o) 
     168                { 
     169                        dichroic = null; 
     170                } 
     171        } 
     172 
     173        // Reference which occurs more than once 
    181174        public int sizeOfLinkedEmissionFilterList() 
    182175        { 
     
    199192        } 
    200193 
    201         public void linkEmissionFilter(Filter o) 
    202         { 
    203                 this.emissionFilterList.add(o); 
    204         } 
    205  
    206         public void unlinkEmissionFilter(Filter o) 
    207         { 
    208                 this.emissionFilterList.add(o); 
     194        public boolean linkEmissionFilter(Filter o) 
     195        { 
     196 
     197                o.linkLightPath(this); 
     198                return emissionFilterList.add(o); 
     199        } 
     200 
     201        public boolean unlinkEmissionFilter(Filter o) 
     202        { 
     203 
     204                o.unlinkLightPath(this); 
     205                return emissionFilterList.remove(o); 
    209206        } 
    210207 
     
    225222                if (excitationFilterList != null) 
    226223                { 
    227                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExcitationFilterRef 
     224                        // Reference property ExcitationFilterRef 
     225                        for (Filter o : excitationFilterList) 
     226                        { 
     227                                Element excitationFilterList_element =  
     228                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "ExcitationFilterRefRef"); 
     229                                excitationFilterList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     230                                LightPath_element.appendChild(excitationFilterList_element); 
     231                        } 
    228232                } 
    229233                if (dichroic != null) 
    230234                { 
    231                         // *** IGNORING *** Skipped back reference DichroicRef 
     235                        // Element property DichroicRef which is complex (has 
     236                        // sub-elements) 
     237                        LightPath_element.appendChild(dichroic.asXMLElement(document)); 
    232238                } 
    233239                if (emissionFilterList != null) 
    234240                { 
    235                         // *** IGNORING *** Skipped back reference EmissionFilterRef 
     241                        // Reference property EmissionFilterRef 
     242                        for (Filter o : emissionFilterList) 
     243                        { 
     244                                Element emissionFilterList_element =  
     245                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "EmissionFilterRefRef"); 
     246                                emissionFilterList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     247                                LightPath_element.appendChild(emissionFilterList_element); 
     248                        } 
    236249                } 
    237250                return super.asXMLElement(document, LightPath_element); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSource.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    163163        // -- LightSource API methods -- 
    164164 
     165 
    165166        // Property 
    166167        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSourceSettings.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    131131        // -- LightSourceSettings API methods -- 
    132132 
     133 
    133134        // Property 
    134135        public Integer getWavelength() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Line.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    140140        // -- Line API methods -- 
    141141 
     142 
    142143        // Property 
    143144        public Double getY1() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ListAnnotation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    5858        // -- Instance variables -- 
    5959 
    60         // Back reference AnnotationRef 
     60        // Reference AnnotationRef 
    6161        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    6262 
     
    108108        // -- ListAnnotation API methods -- 
    109109 
    110         // Reference AnnotationRef 
     110 
     111        // Reference which occurs more than once 
    111112        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    112113        { 
     
    129130        } 
    130131 
    131         public void linkAnnotation(Annotation o) 
     132        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
    132133        { 
    133                 this.annotationList.add(o); 
     134 
     135                o.linkListAnnotation(this); 
     136                return annotationList.add(o); 
    134137        } 
    135138 
    136         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
     139        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
    137140        { 
    138                 this.annotationList.add(o); 
     141 
     142                o.unlinkListAnnotation(this); 
     143                return annotationList.remove(o); 
    139144        } 
    140145 
     
    155160                if (annotationList != null) 
    156161                { 
    157                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     162                        // Reference property AnnotationRef 
     163                        for (Annotation o : annotationList) 
     164                        { 
     165                                Element annotationList_element =  
     166                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     167                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     168                                ListAnnotation_element.appendChild(annotationList_element); 
     169                        } 
    158170                } 
    159171                return super.asXMLElement(document, ListAnnotation_element); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LongAnnotation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    121121        // -- LongAnnotation API methods -- 
    122122 
     123 
    123124        // Property 
    124125        public String getValue() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ManufacturerSpec.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    140140        // -- ManufacturerSpec API methods -- 
    141141 
     142 
    142143        // Property 
    143144        public String getLotNumber() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Mask.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    133133        // -- Mask API methods -- 
    134134 
     135 
    135136        // Property 
    136137        public Double getY() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MetadataOnly.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        // -- MetadataOnly API methods -- 
    105105 
     106 
    106107        public Element asXMLElement(Document document) 
    107108        { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulation.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6464        private String id; 
    6565 
    66         // Back reference ROIRef 
     66        // Reference ROIRef 
    6767        private List<ROI> roiList = new ArrayList<ROI>(); 
    6868 
    69         // Back reference ExperimenterRef 
    70         private List<Experimenter> experimenter = new ArrayList<Experimenter>(); 
     69        // Property 
     70        private Experimenter experimenter; 
    7171 
    7272        // Property which occurs more than once 
     
    146146        // -- MicrobeamManipulation API methods -- 
    147147 
     148 
    148149        // Property 
    149150        public MicrobeamManipulationType getType() 
     
    168169        } 
    169170 
    170         // Reference ROIRef 
     171        // Reference which occurs more than once 
    171172        public int sizeOfLinkedROIList() 
    172173        { 
     
    189190        } 
    190191 
    191         public void linkROI(ROI o) 
    192         { 
    193                 this.roiList.add(o); 
    194         } 
    195  
    196         public void unlinkROI(ROI o) 
    197         { 
    198                 this.roiList.add(o); 
    199         } 
    200  
    201         // Reference ExperimenterRef 
    202         public int sizeOfLinkedExperimenterList() 
    203         { 
    204                 return experimenter.size(); 
    205         } 
    206  
    207         public List<Experimenter> copyLinkedExperimenterList() 
    208         { 
    209                 return new ArrayList<Experimenter>(experimenter); 
    210         } 
    211  
    212         public Experimenter getLinkedExperimenter(int index) 
    213         { 
    214                 return experimenter.get(index); 
    215         } 
    216  
    217         public Experimenter setLinkedExperimenter(int index, Experimenter o) 
    218         { 
    219                 return experimenter.set(index, o); 
     192        public boolean linkROI(ROI o) 
     193        { 
     194 
     195                o.linkMicrobeamManipulation(this); 
     196                return roiList.add(o); 
     197        } 
     198 
     199        public boolean unlinkROI(ROI o) 
     200        { 
     201 
     202                o.unlinkMicrobeamManipulation(this); 
     203                return roiList.remove(o); 
     204        } 
     205 
     206        // Reference 
     207        public Experimenter getLinkedExperimenter() 
     208        { 
     209                return experimenter; 
    220210        } 
    221211 
    222212        public void linkExperimenter(Experimenter o) 
    223213        { 
    224                 this.experimenter.add(o); 
     214                experimenter = o; 
    225215        } 
    226216 
    227217        public void unlinkExperimenter(Experimenter o) 
    228218        { 
    229                 this.experimenter.add(o); 
     219                if (experimenter == o) 
     220                { 
     221                        experimenter = null; 
     222                } 
    230223        } 
    231224 
     
    261254        } 
    262255 
    263         // Property which occurs more than once 
    264         public int sizeOfImageList() 
     256        // Reference which occurs more than once 
     257        public int sizeOfLinkedImageList() 
    265258        { 
    266259                return image_BackReferenceList.size(); 
    267260        } 
    268261 
    269         public List<Image> copyImageList() 
     262        public List<Image> copyLinkedImageList() 
    270263        { 
    271264                return new ArrayList<Image>(image_BackReferenceList); 
    272265        } 
    273266 
    274         public Image getImage(int index) 
     267        public Image getLinkedImage(int index) 
    275268        { 
    276269                return image_BackReferenceList.get(index); 
    277270        } 
    278271 
    279         public Image setImage(int index, Image image_BackReference) 
    280         { 
    281                 return image_BackReferenceList.set(index, image_BackReference); 
    282         } 
    283  
    284         public void addImage(Image image_BackReference) 
    285         { 
    286                 image_BackReferenceList.add(image_BackReference); 
    287         } 
    288  
    289         public void removeImage(Image image_BackReference) 
    290         { 
    291                 image_BackReferenceList.remove(image_BackReference); 
     272        public Image setLinkedImage(int index, Image o) 
     273        { 
     274                return image_BackReferenceList.set(index, o); 
     275        } 
     276 
     277        public boolean linkImage(Image o) 
     278        { 
     279 
     280                o.linkMicrobeamManipulation(this); 
     281                return image_BackReferenceList.add(o); 
     282        } 
     283 
     284        public boolean unlinkImage(Image o) 
     285        { 
     286 
     287                o.unlinkMicrobeamManipulation(this); 
     288                return image_BackReferenceList.remove(o); 
    292289        } 
    293290 
     
    318315                if (roiList != null) 
    319316                { 
    320                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ROIRef 
     317                        // Reference property ROIRef 
     318                        for (ROI o : roiList) 
     319                        { 
     320                                Element roiList_element =  
     321                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "ROIRefRef"); 
     322                                roiList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     323                                MicrobeamManipulation_element.appendChild(roiList_element); 
     324                        } 
    321325                } 
    322326                if (experimenter != null) 
    323327                { 
    324                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ExperimenterRef 
     328                        // Element property ExperimenterRef which is complex (has 
     329                        // sub-elements) 
     330                        MicrobeamManipulation_element.appendChild(experimenter.asXMLElement(document)); 
    325331                } 
    326332                if (lightSourceSettingsList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulationRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- MicrobeamManipulationRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Microscope.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- Microscope API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public MicroscopeType getType() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OME.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    251251        // -- OME API methods -- 
    252252 
     253 
    253254        // Property 
    254255        public String getUUID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTF.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7676        private ObjectiveSettings objectiveSettings; 
    7777 
    78         // Back reference FilterSetRef 
    79         private List<FilterSet> filterSet = new ArrayList<FilterSet>(); 
     78        // Property 
     79        private FilterSet filterSet; 
    8080 
    8181        // Property 
     
    196196        // -- OTF API methods -- 
    197197 
     198 
    198199        // Property 
    199200        public Integer getSizeX() 
     
    262263        } 
    263264 
    264         // Reference FilterSetRef 
    265         public int sizeOfLinkedFilterSetList() 
    266         { 
    267                 return filterSet.size(); 
    268         } 
    269  
    270         public List<FilterSet> copyLinkedFilterSetList() 
    271         { 
    272                 return new ArrayList<FilterSet>(filterSet); 
    273         } 
    274  
    275         public FilterSet getLinkedFilterSet(int index) 
    276         { 
    277                 return filterSet.get(index); 
    278         } 
    279  
    280         public FilterSet setLinkedFilterSet(int index, FilterSet o) 
    281         { 
    282                 return filterSet.set(index, o); 
     265        // Reference 
     266        public FilterSet getLinkedFilterSet() 
     267        { 
     268                return filterSet; 
    283269        } 
    284270 
    285271        public void linkFilterSet(FilterSet o) 
    286272        { 
    287                 this.filterSet.add(o); 
     273                filterSet = o; 
    288274        } 
    289275 
    290276        public void unlinkFilterSet(FilterSet o) 
    291277        { 
    292                 this.filterSet.add(o); 
     278                if (filterSet == o) 
     279                { 
     280                        filterSet = null; 
     281                } 
    293282        } 
    294283 
     
    304293        } 
    305294 
    306         // Property which occurs more than once 
    307         public int sizeOfChannelList() 
     295        // Reference which occurs more than once 
     296        public int sizeOfLinkedChannelList() 
    308297        { 
    309298                return channel_BackReferenceList.size(); 
    310299        } 
    311300 
    312         public List<Channel> copyChannelList() 
     301        public List<Channel> copyLinkedChannelList() 
    313302        { 
    314303                return new ArrayList<Channel>(channel_BackReferenceList); 
    315304        } 
    316305 
    317         public Channel getChannel(int index) 
     306        public Channel getLinkedChannel(int index) 
    318307        { 
    319308                return channel_BackReferenceList.get(index); 
    320309        } 
    321310 
    322         public Channel setChannel(int index, Channel channel_BackReference) 
    323         { 
    324                 return channel_BackReferenceList.set(index, channel_BackReference); 
    325         } 
    326  
    327         public void addChannel(Channel channel_BackReference) 
    328         { 
    329                 channel_BackReferenceList.add(channel_BackReference); 
    330         } 
    331  
    332         public void removeChannel(Channel channel_BackReference) 
    333         { 
    334                 channel_BackReferenceList.remove(channel_BackReference); 
    335         } 
    336  
    337         // Property which occurs more than once 
    338         public int sizeOfChannelProfileList() 
     311        public Channel setLinkedChannel(int index, Channel o) 
     312        { 
     313                return channel_BackReferenceList.set(index, o); 
     314        } 
     315 
     316        public boolean linkChannel(Channel o) 
     317        { 
     318 
     319                o.linkOTF(this); 
     320                return channel_BackReferenceList.add(o); 
     321        } 
     322 
     323        public boolean unlinkChannel(Channel o) 
     324        { 
     325 
     326                o.unlinkOTF(this); 
     327                return channel_BackReferenceList.remove(o); 
     328        } 
     329 
     330        // Reference which occurs more than once 
     331        public int sizeOfLinkedChannelProfileList() 
    339332        { 
    340333                return channelProfile_BackReferenceList.size(); 
    341334        } 
    342335 
    343         public List<ChannelProfile> copyChannelProfileList() 
     336        public List<ChannelProfile> copyLinkedChannelProfileList() 
    344337        { 
    345338                return new ArrayList<ChannelProfile>(channelProfile_BackReferenceList); 
    346339        } 
    347340 
    348         public ChannelProfile getChannelProfile(int index) 
     341        public ChannelProfile getLinkedChannelProfile(int index) 
    349342        { 
    350343                return channelProfile_BackReferenceList.get(index); 
    351344        } 
    352345 
    353         public ChannelProfile setChannelProfile(int index, ChannelProfile channelProfile_BackReference) 
    354         { 
    355                 return channelProfile_BackReferenceList.set(index, channelProfile_BackReference); 
    356         } 
    357  
    358         public void addChannelProfile(ChannelProfile channelProfile_BackReference) 
    359         { 
    360                 channelProfile_BackReferenceList.add(channelProfile_BackReference); 
    361         } 
    362  
    363         public void removeChannelProfile(ChannelProfile channelProfile_BackReference) 
    364         { 
    365                 channelProfile_BackReferenceList.remove(channelProfile_BackReference); 
     346        public ChannelProfile setLinkedChannelProfile(int index, ChannelProfile o) 
     347        { 
     348                return channelProfile_BackReferenceList.set(index, o); 
     349        } 
     350 
     351        public boolean linkChannelProfile(ChannelProfile o) 
     352        { 
     353 
     354                o.linkOTF(this); 
     355                return channelProfile_BackReferenceList.add(o); 
     356        } 
     357 
     358        public boolean unlinkChannelProfile(ChannelProfile o) 
     359        { 
     360 
     361                o.unlinkOTF(this); 
     362                return channelProfile_BackReferenceList.remove(o); 
    366363        } 
    367364 
     
    413410                if (filterSet != null) 
    414411                { 
    415                         // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSetRef 
     412                        // Element property FilterSetRef which is complex (has 
     413                        // sub-elements) 
     414                        OTF_element.appendChild(filterSet.asXMLElement(document)); 
    416415                } 
    417416                if (binaryFile != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTFRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- OTFRef API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getID() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Objective.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    176176        // -- Objective API methods -- 
    177177 
     178 
    178179        // Property 
    179180        public Boolean getIris() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ObjectiveSettings.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    140140        // -- ObjectiveSettings API methods -- 
    141141 
     142 
    142143        // Property 
    143144        public Double getRefractiveIndex() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Path.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        // -- Path API methods -- 
    114114 
     115 
    115116        // Property 
    116117        public String getDefinition() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pixels.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    109109        private List<Plane> planeList = new ArrayList<Plane>(); 
    110110 
    111         // Back reference AnnotationRef 
     111        // Reference AnnotationRef 
    112112        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    113113 
     
    281281        // -- Pixels API methods -- 
    282282 
     283 
    283284        // Property 
    284285        public Integer getSizeT() 
     
    548549        } 
    549550 
    550         // Reference AnnotationRef 
     551        // Reference which occurs more than once 
    551552        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    552553        { 
     
    569570        } 
    570571 
    571         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    572         { 
    573                 this.annotationList.add(o); 
    574         } 
    575  
    576         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    577         { 
    578                 this.annotationList.add(o); 
     572        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     573        { 
     574 
     575                o.linkPixels(this); 
     576                return annotationList.add(o); 
     577        } 
     578 
     579        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     580        { 
     581 
     582                o.unlinkPixels(this); 
     583                return annotationList.remove(o); 
    579584        } 
    580585 
     
    700705                if (annotationList != null) 
    701706                { 
    702                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     707                        // Reference property AnnotationRef 
     708                        for (Annotation o : annotationList) 
     709                        { 
     710                                Element annotationList_element =  
     711                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     712                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     713                                Pixels_element.appendChild(annotationList_element); 
     714                        } 
    703715                } 
    704716                return super.asXMLElement(document, Pixels_element); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plane.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8585        private String hashSHA1; 
    8686 
    87         // Back reference AnnotationRef 
     87        // Reference AnnotationRef 
    8888        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    8989 
     
    197197        // -- Plane API methods -- 
    198198 
     199 
    199200        // Property 
    200201        public Double getExposureTime() 
     
    296297        } 
    297298 
    298         // Reference AnnotationRef 
     299        // Reference which occurs more than once 
    299300        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    300301        { 
     
    317318        } 
    318319 
    319         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    320         { 
    321                 this.annotationList.add(o); 
    322         } 
    323  
    324         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    325         { 
    326                 this.annotationList.add(o); 
     320        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     321        { 
     322 
     323                o.linkPlane(this); 
     324                return annotationList.add(o); 
     325        } 
     326 
     327        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     328        { 
     329 
     330                o.unlinkPlane(this); 
     331                return annotationList.remove(o); 
    327332        } 
    328333 
     
    392397                if (annotationList != null) 
    393398                { 
    394                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     399                        // Reference property AnnotationRef 
     400                        for (Annotation o : annotationList) 
     401                        { 
     402                                Element annotationList_element =  
     403                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     404                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     405                                Plane_element.appendChild(annotationList_element); 
     406                        } 
    395407                } 
    396408                return super.asXMLElement(document, Plane_element); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plate.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9191        private String description; 
    9292 
    93         // Back reference ScreenRef 
     93        // Property which occurs more than once 
    9494        private List<Screen> screenList = new ArrayList<Screen>(); 
    9595 
     
    9797        private List<Well> wellList = new ArrayList<Well>(); 
    9898 
    99         // Back reference AnnotationRef 
     99        // Reference AnnotationRef 
    100100        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    101101 
     
    222222                        setDescription(Description_nodeList.item(0).getTextContent()); 
    223223                } 
    224                 // *** IGNORING *** Skipped back reference ScreenRef 
     224                // Element property ScreenRef which is complex (has 
     225                // sub-elements) and occurs more than once 
     226                NodeList ScreenRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ScreenRef"); 
     227                for (int i = 0; i < ScreenRef_nodeList.getLength(); i++) 
     228                { 
     229                        Element ScreenRef_element = (Element) ScreenRef_nodeList.item(i); 
     230                        addScreen( 
     231                                        new Screen(ScreenRef_element)); 
     232                } 
    225233                // Element property Well which is complex (has 
    226234                // sub-elements) and occurs more than once 
     
    247255        // -- Plate API methods -- 
    248256 
     257 
    249258        // Property 
    250259        public String getStatus() 
     
    368377        } 
    369378 
    370         // Reference ScreenRef 
    371         public int sizeOfLinkedScreenList() 
     379        // Property which occurs more than once 
     380        public int sizeOfScreenList() 
    372381        { 
    373382                return screenList.size(); 
    374383        } 
    375384 
    376         public List<Screen> copyLinkedScreenList() 
     385        public List<Screen> copyScreenList() 
    377386        { 
    378387                return new ArrayList<Screen>(screenList); 
    379388        } 
    380389 
    381         public Screen getLinkedScreen(int index) 
     390        public Screen getScreen(int index) 
    382391        { 
    383392                return screenList.get(index); 
    384393        } 
    385394 
    386         public Screen setLinkedScreen(int index, Screen o) 
    387         { 
    388                 return screenList.set(index, o); 
    389         } 
    390  
    391         public void linkScreen(Screen o) 
    392         { 
    393                 this.screenList.add(o); 
    394         } 
    395  
    396         public void unlinkScreen(Screen o) 
    397         { 
    398                 this.screenList.add(o); 
     395        public Screen setScreen(int index, Screen screen) 
     396        { 
     397                return screenList.set(index, screen); 
     398        } 
     399 
     400        public void addScreen(Screen screen) 
     401        { 
     402                screenList.add(screen); 
     403        } 
     404 
     405        public void removeScreen(Screen screen) 
     406        { 
     407                screenList.remove(screen); 
    399408        } 
    400409 
     
    430439        } 
    431440 
    432         // Reference AnnotationRef 
     441        // Reference which occurs more than once 
    433442        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    434443        { 
     
    451460        } 
    452461 
    453         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    454         { 
    455                 this.annotationList.add(o); 
    456         } 
    457  
    458         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    459         { 
    460                 this.annotationList.add(o); 
     462        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     463        { 
     464 
     465                o.linkPlate(this); 
     466                return annotationList.add(o); 
     467        } 
     468 
     469        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     470        { 
     471 
     472                o.unlinkPlate(this); 
     473                return annotationList.remove(o); 
    461474        } 
    462475 
     
    492505        } 
    493506 
    494         // Property which occurs more than once 
    495         public int sizeOfScreenList() 
     507        // Reference which occurs more than once 
     508        public int sizeOfLinkedScreenList() 
    496509        { 
    497510                return screen_BackReferenceList.size(); 
    498511        } 
    499512 
    500         public List<Screen> copyScreenList() 
     513        public List<Screen> copyLinkedScreenList() 
    501514        { 
    502515                return new ArrayList<Screen>(screen_BackReferenceList); 
    503516        } 
    504517 
    505         public Screen getScreen(int index) 
     518        public Screen getLinkedScreen(int index) 
    506519        { 
    507520                return screen_BackReferenceList.get(index); 
    508521        } 
    509522 
    510         public Screen setScreen(int index, Screen screen_BackReference) 
    511         { 
    512                 return screen_BackReferenceList.set(index, screen_BackReference); 
    513         } 
    514  
    515         public void addScreen(Screen screen_BackReference) 
    516         { 
    517                 screen_BackReferenceList.add(screen_BackReference); 
    518         } 
    519  
    520         public void removeScreen(Screen screen_BackReference) 
    521         { 
    522                 screen_BackReferenceList.remove(screen_BackReference); 
     523        public Screen setLinkedScreen(int index, Screen o) 
     524        { 
     525                return screen_BackReferenceList.set(index, o); 
     526        } 
     527 
     528        public boolean linkScreen(Screen o) 
     529        { 
     530 
     531                o.linkPlate(this); 
     532                return screen_BackReferenceList.add(o); 
     533        } 
     534 
     535        public boolean unlinkScreen(Screen o) 
     536        { 
     537 
     538                o.unlinkPlate(this); 
     539                return screen_BackReferenceList.remove(o); 
    523540        } 
    524541 
     
    598615                if (screenList != null) 
    599616                { 
    600                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ScreenRef 
     617                        // Element property ScreenRef which is complex (has 
     618                        // sub-elements) and occurs more than once 
     619                        for (Screen screenList_value : screenList) 
     620                        { 
     621                                Plate_element.appendChild(screenList_value.asXMLElement(document)); 
     622                        } 
    601623                } 
    602624                if (wellList != null) 
     
    611633                if (annotationList != null) 
    612634                { 
    613                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     635                        // Reference property AnnotationRef 
     636                        for (Annotation o : annotationList) 
     637                        { 
     638                                Element annotationList_element =  
     639                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     640                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     641                                Plate_element.appendChild(annotationList_element); 
     642                        } 
    614643                } 
    615644                if (plateAcquisitionList != null) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateAcquisition.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7676        private String description; 
    7777 
    78         // Back reference WellSampleRef 
     78        // Reference WellSampleRef 
    7979        private List<WellSample> wellSampleList = new ArrayList<WellSample>(); 
    8080 
    81         // Back reference AnnotationRef 
     81        // Reference AnnotationRef 
    8282        private List<Annotation> annotationList = new ArrayList<Annotation>(); 
    8383 
     
    174174        // -- PlateAcquisition API methods -- 
    175175 
     176 
    176177        // Property 
    177178        public Integer getMaximumFieldCount() 
     
    240241        } 
    241242 
    242         // Reference WellSampleRef 
     243        // Reference which occurs more than once 
    243244        public int sizeOfLinkedWellSampleList() 
    244245        { 
     
    261262        } 
    262263 
    263         public void linkWellSample(WellSample o) 
    264         { 
    265                 this.wellSampleList.add(o); 
    266         } 
    267  
    268         public void unlinkWellSample(WellSample o) 
    269         { 
    270                 this.wellSampleList.add(o); 
    271         } 
    272  
    273         // Reference AnnotationRef 
     264        public boolean linkWellSample(WellSample o) 
     265        { 
     266 
     267                o.linkPlateAcquisition(this); 
     268                return wellSampleList.add(o); 
     269        } 
     270 
     271        public boolean unlinkWellSample(WellSample o) 
     272        { 
     273 
     274                o.unlinkPlateAcquisition(this); 
     275                return wellSampleList.remove(o); 
     276        } 
     277 
     278        // Reference which occurs more than once 
    274279        public int sizeOfLinkedAnnotationList() 
    275280        { 
     
    292297        } 
    293298 
    294         public void linkAnnotation(Annotation o) 
    295         { 
    296                 this.annotationList.add(o); 
    297         } 
    298  
    299         public void unlinkAnnotation(Annotation o) 
    300         { 
    301                 this.annotationList.add(o); 
     299        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
     300        { 
     301 
     302                o.linkPlateAcquisition(this); 
     303                return annotationList.add(o); 
     304        } 
     305 
     306        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
     307        { 
     308 
     309                o.unlinkPlateAcquisition(this); 
     310                return annotationList.remove(o); 
    302311        } 
    303312 
     
    352361                if (wellSampleList != null) 
    353362                { 
    354                         // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSampleRef 
     363                        // Reference property WellSampleRef 
     364                        for (WellSample o : wellSampleList) 
     365                        { 
     366                                Element wellSampleList_element =  
     367                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "WellSampleRefRef"); 
     368                                wellSampleList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     369                                PlateAcquisition_element.appendChild(wellSampleList_element); 
     370                        } 
    355371                } 
    356372                if (annotationList != null) 
    357373                { 
    358                         // *** IGNORING *** Skipped back reference AnnotationRef 
     374                        // Reference property AnnotationRef 
     375                        for (Annotation o : annotationList) 
     376                        { 
     377                                Element annotationList_element =  
     378                                                document.createElementNS(NAMESPACE, "AnnotationRefRef"); 
     379                                annotationList_element.setAttribute("ID", o.getID()); 
     380                                PlateAcquisition_element.appendChild(annotationList_element); 
     381                        } 
    359382                } 
    360383                return super.asXMLElement(document, PlateAcquisition_element); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateRef.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        // -- PlateRef API methods -- 
    105105 
     106 
    106107        public Element asXMLElement(Document document) 
    107108        { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Point.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        // -- Point API methods -- 
    123123 
     124 
    124125        // Property 
    125126        public Double getY() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Polyline.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        // -- Polyline API methods -- 
    123123 
     124 
    124125        // Property 
    125126        public String getPoints() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProfileSet.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        // -- ProfileSet API methods -- 
    129129 
     130 
    130131        // Property which occurs more than once 
    131132        public int sizeOfImageProfileList() 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Project.java

    r6169 r6171  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 12:27:38+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-22 16:29:38+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    6767        private String description; 
    6868<