Changeset 6183


Ignore:
Timestamp:
04/23/10 11:41:12 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

Re-run of code generation ( ome-xml:r542)

Location:
trunk/components/ome-xml
Files:
97 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AbstractOMEModelObject.java

    r6178 r6183  
    5555 
    5656  /* (non-Javadoc) 
     57   * @see ome.xml.r201004.OMEModelObject#update(org.w3c.dom.Element, ome.xml.r201004.OMEModel) 
     58   */ 
     59  public void update(Element element, OMEModel model) 
     60  throws EnumerationException { 
     61    // Nothing to update. 
     62  } 
     63 
     64  /* (non-Javadoc) 
    5765   * @see ome.xml.r201004.OMEModelObject#asXMLElement(org.w3c.dom.Document) 
    5866   */ 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Annotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    153153            throws EnumerationException 
    154154        {        
    155                 super.update(element); 
     155                super.update(element, model); 
    156156                if (element.hasAttribute("Namespace")) 
    157157                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AnnotationRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"AnnotationRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Arc.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Arc".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BinData.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"BinData".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BinaryFile.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    114114            throws EnumerationException 
    115115        {        
    116                 super.update(element); 
     116                super.update(element, model); 
    117117                String tagName = element.getTagName(); 
    118118                if (!"BinaryFile".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BooleanAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"BooleanAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Channel.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    156156            throws EnumerationException 
    157157        {        
    158                 super.update(element); 
     158                super.update(element, model); 
    159159                String tagName = element.getTagName(); 
    160160                if (!"Channel".equals(tagName)) 
     
    334334                        o_casted.linkChannel(this); 
    335335                        otf = o_casted; 
     336                        return; 
    336337                } 
    337338                if (reference instanceof FilterSetRef) 
     
    340341                        o_casted.linkChannel(this); 
    341342                        filterSet = o_casted; 
     343                        return; 
    342344                } 
    343345                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    346348                        o_casted.linkChannel(this); 
    347349                        annotationList.add(o_casted); 
     350                        return; 
    348351                } 
    349352                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelProfile.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    120120            throws EnumerationException 
    121121        {        
    122                 super.update(element); 
     122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
    124124                if (!"ChannelProfile".equals(tagName)) 
     
    225225                        o_casted.linkChannelProfile(this); 
    226226                        otf = o_casted; 
     227                        return; 
    227228                } 
    228229                if (reference instanceof FilterSetRef) 
     
    231232                        o_casted.linkChannelProfile(this); 
    232233                        filterSet = o_casted; 
     234                        return; 
    233235                } 
    234236                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ChannelRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Contact.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Contact".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dataset.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    123123            throws EnumerationException 
    124124        {        
    125                 super.update(element); 
     125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
    127127                if (!"Dataset".equals(tagName)) 
     
    214214                        o_casted.linkDataset(this); 
    215215                        experimenter = o_casted; 
     216                        return; 
    216217                } 
    217218                if (reference instanceof GroupRef) 
     
    220221                        o_casted.linkDataset(this); 
    221222                        group = o_casted; 
     223                        return; 
    222224                } 
    223225                if (reference instanceof ProjectRef) 
     
    226228                        o_casted.linkDataset(this); 
    227229                        projectList.add(o_casted); 
     230                        return; 
    228231                } 
    229232                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    232235                        o_casted.linkDataset(this); 
    233236                        annotationList.add(o_casted); 
     237                        return; 
    234238                } 
    235239                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DatasetRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"DatasetRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Detector.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    120120            throws EnumerationException 
    121121        {        
    122                 super.update(element); 
     122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
    124124                if (!"Detector".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DetectorSettings.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117117            throws EnumerationException 
    118118        {        
    119                 super.update(element); 
     119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
    121121                if (!"DetectorSettings".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dichroic.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"Dichroic".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DichroicRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"DichroicRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DoubleAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"DoubleAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Ellipse.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"Ellipse".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/EmissionFilterRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9999            throws EnumerationException 
    100100        {        
    101                 super.update(element); 
     101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
    103103                if (!"EmissionFilterRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExcitationFilterRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9999            throws EnumerationException 
    100100        {        
    101                 super.update(element); 
     101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
    103103                if (!"ExcitationFilterRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experiment.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117117            throws EnumerationException 
    118118        {        
    119                 super.update(element); 
     119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
    121121                if (!"Experiment".equals(tagName)) 
     
    190190                        o_casted.linkExperiment(this); 
    191191                        experimenter = o_casted; 
     192                        return; 
    192193                } 
    193194                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimentRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ExperimentRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experimenter.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    144144            throws EnumerationException 
    145145        {        
    146                 super.update(element); 
     146                super.update(element, model); 
    147147                String tagName = element.getTagName(); 
    148148                if (!"Experimenter".equals(tagName)) 
     
    243243                        o_casted.linkExperimenter(this); 
    244244                        groupList.add(o_casted); 
     245                        return; 
    245246                } 
    246247                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    249250                        o_casted.linkExperimenter(this); 
    250251                        annotationList.add(o_casted); 
     252                        return; 
    251253                } 
    252254                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimenterRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ExperimenterRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/External.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"External".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filament.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Filament".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FileAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"FileAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filter.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117117            throws EnumerationException 
    118118        {        
    119                 super.update(element); 
     119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
    121121                if (!"Filter".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"FilterRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSet.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    120120            throws EnumerationException 
    121121        {        
    122                 super.update(element); 
     122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
    124124                if (!"FilterSet".equals(tagName)) 
     
    184184                        o_casted.linkFilterSet(this); 
    185185                        excitationFilterList.add(o_casted); 
     186                        return; 
    186187                } 
    187188                if (reference instanceof DichroicRef) 
     
    190191                        o_casted.linkFilterSet(this); 
    191192                        dichroic = o_casted; 
     193                        return; 
    192194                } 
    193195                if (reference instanceof EmissionFilterRef) 
     
    196198                        o_casted.linkFilterSet(this); 
    197199                        emissionFilterList.add(o_casted); 
     200                        return; 
    198201                } 
    199202                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSetRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"FilterSetRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Group.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    126126            throws EnumerationException 
    127127        {        
    128                 super.update(element); 
     128                super.update(element, model); 
    129129                String tagName = element.getTagName(); 
    130130                if (!"Group".equals(tagName)) 
     
    202202                        o_casted.linkGroup(this); 
    203203                        leader = o_casted; 
     204                        return; 
    204205                } 
    205206                if (reference instanceof Contact) 
     
    208209                        o_casted.linkGroup(this); 
    209210                        contact = o_casted; 
     211                        return; 
    210212                } 
    211213                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/GroupRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"GroupRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Image.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    150150            throws EnumerationException 
    151151        {        
    152                 super.update(element); 
     152                super.update(element, model); 
    153153                String tagName = element.getTagName(); 
    154154                if (!"Image".equals(tagName)) 
     
    351351                        o_casted.linkImage(this); 
    352352                        experimenter = o_casted; 
     353                        return; 
    353354                } 
    354355                if (reference instanceof ExperimentRef) 
     
    357358                        o_casted.linkImage(this); 
    358359                        experiment = o_casted; 
     360                        return; 
    359361                } 
    360362                if (reference instanceof GroupRef) 
     
    363365                        o_casted.linkImage(this); 
    364366                        group = o_casted; 
     367                        return; 
    365368                } 
    366369                if (reference instanceof DatasetRef) 
     
    369372                        o_casted.linkImage(this); 
    370373                        datasetList.add(o_casted); 
     374                        return; 
    371375                } 
    372376                if (reference instanceof InstrumentRef) 
     
    375379                        o_casted.linkImage(this); 
    376380                        instrument = o_casted; 
     381                        return; 
    377382                } 
    378383                if (reference instanceof ROIRef) 
     
    381386                        o_casted.linkImage(this); 
    382387                        roiList.add(o_casted); 
     388                        return; 
    383389                } 
    384390                if (reference instanceof MicrobeamManipulationRef) 
     
    387393                        o_casted.linkImage(this); 
    388394                        microbeamManipulationList.add(o_casted); 
     395                        return; 
    389396                } 
    390397                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    393400                        o_casted.linkImage(this); 
    394401                        annotationList.add(o_casted); 
     402                        return; 
    395403                } 
    396404                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageProfile.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    114114            throws EnumerationException 
    115115        {        
    116                 super.update(element); 
     116                super.update(element, model); 
    117117                String tagName = element.getTagName(); 
    118118                if (!"ImageProfile".equals(tagName)) 
     
    195195                        o_casted.linkImageProfile(this); 
    196196                        instrument = o_casted; 
     197                        return; 
    197198                } 
    198199                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ImageRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImagingEnvironment.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"ImagingEnvironment".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Instrument.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    132132            throws EnumerationException 
    133133        {        
    134                 super.update(element); 
     134                super.update(element, model); 
    135135                String tagName = element.getTagName(); 
    136136                if (!"Instrument".equals(tagName)) 
     
    183183                        { 
    184184                                Element Laser_element = (Element) Laser_nodeList.item(j); 
    185                                 Laser o = new Laser(Laser_element, model); 
    186                                 o.update(LightSource_element); 
     185                                Laser o = new Laser(LightSource_element, model); 
     186                                o.update(Laser_element); 
    187187                                addLightSource(o); 
    188188                        } 
     
    192192                        { 
    193193                                Element Filament_element = (Element) Filament_nodeList.item(j); 
    194                                 Filament o = new Filament(Filament_element, model); 
    195                                 o.update(LightSource_element); 
     194                                Filament o = new Filament(LightSource_element, model); 
     195                                o.update(Filament_element); 
    196196                                addLightSource(o); 
    197197                        } 
     
    201201                        { 
    202202                                Element Arc_element = (Element) Arc_nodeList.item(j); 
    203                                 Arc o = new Arc(Arc_element, model); 
    204                                 o.update(LightSource_element); 
     203                                Arc o = new Arc(LightSource_element, model); 
     204                                o.update(Arc_element); 
    205205                                addLightSource(o); 
    206206                        } 
     
    210210                        { 
    211211                                Element LightEmittingDiode_element = (Element) LightEmittingDiode_nodeList.item(j); 
    212                                 LightEmittingDiode o = new LightEmittingDiode(LightEmittingDiode_element, model); 
    213                                 o.update(LightSource_element); 
     212                                LightEmittingDiode o = new LightEmittingDiode(LightSource_element, model); 
     213                                o.update(LightEmittingDiode_element); 
    214214                                addLightSource(o); 
    215215                        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/InstrumentRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"InstrumentRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Laser.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    126126            throws EnumerationException 
    127127        {        
    128                 super.update(element); 
     128                super.update(element, model); 
    129129                String tagName = element.getTagName(); 
    130130                if (!"Laser".equals(tagName)) 
     
    205205                        Laser o_casted = (Laser) o; 
    206206                        pump = o_casted; 
     207                        return; 
    207208                } 
    208209                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Leader.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Leader".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightEmittingDiode.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9999            throws EnumerationException 
    100100        {        
    101                 super.update(element); 
     101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
    103103                if (!"LightEmittingDiode".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightPath.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"LightPath".equals(tagName)) 
     
    158158                        o_casted.linkLightPath(this); 
    159159                        excitationFilterList.add(o_casted); 
     160                        return; 
    160161                } 
    161162                if (reference instanceof DichroicRef) 
     
    164165                        o_casted.linkLightPath(this); 
    165166                        dichroic = o_casted; 
     167                        return; 
    166168                } 
    167169                if (reference instanceof EmissionFilterRef) 
     
    170172                        o_casted.linkLightPath(this); 
    171173                        emissionFilterList.add(o_casted); 
     174                        return; 
    172175                } 
    173176                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSource.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113            throws EnumerationException 
    114114        {        
    115                 super.update(element); 
     115                super.update(element, model); 
    116116                if (!element.hasAttribute("ID")) 
    117117                { 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSourceSettings.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"LightSourceSettings".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Line.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"Line".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ListAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ListAnnotation".equals(tagName)) 
     
    134134                        o_casted.linkListAnnotation(this); 
    135135                        annotationList.add(o_casted); 
     136                        return; 
    136137                } 
    137138                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LongAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"LongAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ManufacturerSpec.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"ManufacturerSpec".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Mask.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"Mask".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MetadataOnly.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9999            throws EnumerationException 
    100100        {        
    101                 super.update(element); 
     101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
    103103                if (!"MetadataOnly".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117117            throws EnumerationException 
    118118        {        
    119                 super.update(element); 
     119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
    121121                if (!"MicrobeamManipulation".equals(tagName)) 
     
    185185                        o_casted.linkMicrobeamManipulation(this); 
    186186                        roiList.add(o_casted); 
     187                        return; 
    187188                } 
    188189                if (reference instanceof ExperimenterRef) 
     
    191192                        o_casted.linkMicrobeamManipulation(this); 
    192193                        experimenter = o_casted; 
     194                        return; 
    193195                } 
    194196                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulationRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"MicrobeamManipulationRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Microscope.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Microscope".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OME.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    135135            throws EnumerationException 
    136136        {        
    137                 super.update(element); 
     137                super.update(element, model); 
    138138                String tagName = element.getTagName(); 
    139139                if (!"OME".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OMEModelImpl.java

    r6178 r6183  
    2828import java.util.List; 
    2929import java.util.Map; 
     30import java.util.Map.Entry; 
    3031 
    3132/** 
     
    9697   */ 
    9798  public int resolveReferences() { 
    98     // TODO Auto-generated method stub 
    99     return 0; 
     99    int unhandledReferences = 0; 
     100    for (Entry<OMEModelObject, List<Reference>> entry : references.entrySet()) 
     101    { 
     102      OMEModelObject a = entry.getKey(); 
     103      for (Reference reference : entry.getValue()) { 
     104        String referenceID = reference.getID(); 
     105        OMEModelObject b = getModelObject(referenceID); 
     106        if (b == null) { 
     107          System.err.println(String.format( 
     108              "%s reference to %s missing from object hierarchy.", 
     109              a, referenceID)); 
     110          unhandledReferences++; 
     111          continue; 
     112        } 
     113        a.link(reference, b); 
     114      } 
     115    } 
     116    return unhandledReferences; 
    100117  } 
    101118 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTF.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    129129            throws EnumerationException 
    130130        {        
    131                 super.update(element); 
     131                super.update(element, model); 
    132132                String tagName = element.getTagName(); 
    133133                if (!"OTF".equals(tagName)) 
     
    228228                        o_casted.linkOTF(this); 
    229229                        filterSet = o_casted; 
     230                        return; 
    230231                } 
    231232                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTFRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"OTFRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Objective.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    123123            throws EnumerationException 
    124124        {        
    125                 super.update(element); 
     125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
    127127                if (!"Objective".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ObjectiveSettings.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"ObjectiveSettings".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Path.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Path".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pixels.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    153153            throws EnumerationException 
    154154        {        
    155                 super.update(element); 
     155                super.update(element, model); 
    156156                String tagName = element.getTagName(); 
    157157                if (!"Pixels".equals(tagName)) 
     
    313313                        o_casted.linkPixels(this); 
    314314                        annotationList.add(o_casted); 
     315                        return; 
    315316                } 
    316317                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plane.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    129129            throws EnumerationException 
    130130        {        
    131                 super.update(element); 
     131                super.update(element, model); 
    132132                String tagName = element.getTagName(); 
    133133                if (!"Plane".equals(tagName)) 
     
    223223                        o_casted.linkPlane(this); 
    224224                        annotationList.add(o_casted); 
     225                        return; 
    225226                } 
    226227                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plate.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    144144            throws EnumerationException 
    145145        {        
    146                 super.update(element); 
     146                super.update(element, model); 
    147147                String tagName = element.getTagName(); 
    148148                if (!"Plate".equals(tagName)) 
     
    282282                        o_casted.linkPlate(this); 
    283283                        screenList.add(o_casted); 
     284                        return; 
    284285                } 
    285286                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    288289                        o_casted.linkPlate(this); 
    289290                        annotationList.add(o_casted); 
     291                        return; 
    290292                } 
    291293                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateAcquisition.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    123123            throws EnumerationException 
    124124        {        
    125                 super.update(element); 
     125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
    127127                if (!"PlateAcquisition".equals(tagName)) 
     
    213213                        o_casted.linkPlateAcquisition(this); 
    214214                        wellSampleList.add(o_casted); 
     215                        return; 
    215216                } 
    216217                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    219220                        o_casted.linkPlateAcquisition(this); 
    220221                        annotationList.add(o_casted); 
     222                        return; 
    221223                } 
    222224                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"PlateRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Point.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    105105            throws EnumerationException 
    106106        {        
    107                 super.update(element); 
     107                super.update(element, model); 
    108108                String tagName = element.getTagName(); 
    109109                if (!"Point".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Polyline.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    105105            throws EnumerationException 
    106106        {        
    107                 super.update(element); 
     107                super.update(element, model); 
    108108                String tagName = element.getTagName(); 
    109109                if (!"Polyline".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProfileSet.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    105105            throws EnumerationException 
    106106        {        
    107                 super.update(element); 
     107                super.update(element, model); 
    108108                String tagName = element.getTagName(); 
    109109                if (!"ProfileSet".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Project.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    120120            throws EnumerationException 
    121121        {        
    122                 super.update(element); 
     122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
    124124                if (!"Project".equals(tagName)) 
     
    202202                        o_casted.linkProject(this); 
    203203                        experimenter = o_casted; 
     204                        return; 
    204205                } 
    205206                if (reference instanceof GroupRef) 
     
    208209                        o_casted.linkProject(this); 
    209210                        group = o_casted; 
     211                        return; 
    210212                } 
    211213                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    214216                        o_casted.linkProject(this); 
    215217                        annotationList.add(o_casted); 
     218                        return; 
    216219                } 
    217220                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProjectRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ProjectRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pump.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Pump".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROI.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    123123            throws EnumerationException 
    124124        {        
    125                 super.update(element); 
     125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
    127127                if (!"ROI".equals(tagName)) 
     
    209209                        o_casted.linkROI(this); 
    210210                        annotationList.add(o_casted); 
     211                        return; 
    211212                } 
    212213                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROIRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ROIRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reagent.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117117            throws EnumerationException 
    118118        {        
    119                 super.update(element); 
     119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
    121121                if (!"Reagent".equals(tagName)) 
     
    187187                        o_casted.linkReagent(this); 
    188188                        annotationList.add(o_casted); 
     189                        return; 
    189190                } 
    190191                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ReagentRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ReagentRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Rectangle.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"Rectangle".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reference.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110            throws EnumerationException 
    111111        {        
    112                 super.update(element); 
     112                super.update(element, model); 
    113113                String tagName = element.getTagName(); 
    114114                if (!"Reference".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Screen.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    132132            throws EnumerationException 
    133133        {        
    134                 super.update(element); 
     134                super.update(element, model); 
    135135                String tagName = element.getTagName(); 
    136136                if (!"Screen".equals(tagName)) 
     
    243243                        o_casted.linkScreen(this); 
    244244                        plateList.add(o_casted); 
     245                        return; 
    245246                } 
    246247                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    249250                        o_casted.linkScreen(this); 
    250251                        annotationList.add(o_casted); 
     252                        return; 
    251253                } 
    252254                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ScreenRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"ScreenRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Settings.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9999            throws EnumerationException 
    100100        {        
    101                 super.update(element); 
     101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
    103103                if (!"Settings".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Shape.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    174174            throws EnumerationException 
    175175        {        
    176                 super.update(element); 
     176                super.update(element, model); 
    177177                if (element.hasAttribute("StrokeDashArray")) 
    178178                { 
     
    397397                        o_casted.linkShape(this); 
    398398                        annotationList.add(o_casted); 
     399                        return; 
    399400                } 
    400401                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StageLabel.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    111111            throws EnumerationException 
    112112        {        
    113                 super.update(element); 
     113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
    115115                if (!"StageLabel".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StringAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"StringAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StructuredAnnotations.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    123123            throws EnumerationException 
    124124        {        
    125                 super.update(element); 
     125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
    127127                if (!"StructuredAnnotations".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Text.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    108108            throws EnumerationException 
    109109        {        
    110                 super.update(element); 
     110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
    112112                if (!"Text".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/TiffData.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    117117            throws EnumerationException 
    118118        {        
    119                 super.update(element); 
     119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
    121121                if (!"TiffData".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/TimestampAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"TimestampAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/TransmittanceRange.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    114114            throws EnumerationException 
    115115        {        
    116                 super.update(element); 
     116                super.update(element, model); 
    117117                String tagName = element.getTagName(); 
    118118                if (!"TransmittanceRange".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/UUID.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"UUID".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Union.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"Union".equals(tagName)) 
     
    127127                        { 
    128128                                Element Line_element = (Element) Line_nodeList.item(j); 
    129                                 Line o = new Line(Line_element, model); 
    130                                 o.update(Shape_element); 
     129                                Line o = new Line(Shape_element, model); 
     130                                o.update(Line_element); 
    131131                                addShape(o); 
    132132                        } 
     
    136136                        { 
    137137                                Element Rectangle_element = (Element) Rectangle_nodeList.item(j); 
    138                                 Rectangle o = new Rectangle(Rectangle_element, model); 
    139                                 o.update(Shape_element); 
     138                                Rectangle o = new Rectangle(Shape_element, model); 
     139                                o.update(Rectangle_element); 
    140140                                addShape(o); 
    141141                        } 
     
    145145                        { 
    146146                                Element Mask_element = (Element) Mask_nodeList.item(j); 
    147                                 Mask o = new Mask(Mask_element, model); 
    148                                 o.update(Shape_element); 
     147                                Mask o = new Mask(Shape_element, model); 
     148                                o.update(Mask_element); 
    149149                                addShape(o); 
    150150                        } 
     
    154154                        { 
    155155                                Element Ellipse_element = (Element) Ellipse_nodeList.item(j); 
    156                                 Ellipse o = new Ellipse(Ellipse_element, model); 
    157                                 o.update(Shape_element); 
     156                                Ellipse o = new Ellipse(Shape_element, model); 
     157                                o.update(Ellipse_element); 
    158158                                addShape(o); 
    159159                        } 
     
    163163                        { 
    164164                                Element Point_element = (Element) Point_nodeList.item(j); 
    165                                 Point o = new Point(Point_element, model); 
    166                                 o.update(Shape_element); 
     165                                Point o = new Point(Shape_element, model); 
     166                                o.update(Point_element); 
    167167                                addShape(o); 
    168168                        } 
     
    172172                        { 
    173173                                Element Polyline_element = (Element) Polyline_nodeList.item(j); 
    174                                 Polyline o = new Polyline(Polyline_element, model); 
    175                                 o.update(Shape_element); 
     174                                Polyline o = new Polyline(Shape_element, model); 
     175                                o.update(Polyline_element); 
    176176                                addShape(o); 
    177177                        } 
     
    181181                        { 
    182182                                Element Path_element = (Element) Path_nodeList.item(j); 
    183                                 Path o = new Path(Path_element, model); 
    184                                 o.update(Shape_element); 
     183                                Path o = new Path(Shape_element, model); 
     184                                o.update(Path_element); 
    185185                                addShape(o); 
    186186                        } 
     
    190190                        { 
    191191                                Element Text_element = (Element) Text_nodeList.item(j); 
    192                                 Text o = new Text(Text_element, model); 
    193                                 o.update(Shape_element); 
     192                                Text o = new Text(Shape_element, model); 
     193                                o.update(Text_element); 
    194194                                addShape(o); 
    195195                        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Well.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    129129            throws EnumerationException 
    130130        {        
    131                 super.update(element); 
     131                super.update(element, model); 
    132132                String tagName = element.getTagName(); 
    133133                if (!"Well".equals(tagName)) 
     
    226226                        o_casted.linkWell(this); 
    227227                        reagent = o_casted; 
     228                        return; 
    228229                } 
    229230                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    232233                        o_casted.linkWell(this); 
    233234                        annotationList.add(o_casted); 
     235                        return; 
    234236                } 
    235237                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/WellSample.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    123123            throws EnumerationException 
    124124        {        
    125                 super.update(element); 
     125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
    127127                if (!"WellSample".equals(tagName)) 
     
    200200                        o_casted.linkWellSample(this); 
    201201                        image = o_casted; 
     202                        return; 
    202203                } 
    203204                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    206207                        o_casted.linkWellSample(this); 
    207208                        annotationList.add(o_casted); 
     209                        return; 
    208210                } 
    209211                // TODO: Should be its own Exception 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/WellSampleRef.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"WellSampleRef".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/XMLAnnotation.java

    r6181 r6183  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:06:57+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-23 17:38:00+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    102102            throws EnumerationException 
    103103        {        
    104                 super.update(element); 
     104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
    106106                if (!"XMLAnnotation".equals(tagName)) 
  • trunk/components/ome-xml/test/ome/xml/utests/InOut201004Test.java

    r6178 r6183  
    281281    // Read string XML in as a DOM tree and parse into the object hierarchy 
    282282    ome = new OME(document.getDocumentElement(), model); 
     283    model.resolveReferences(); 
    283284    assertNotNull(ome); 
    284285    assertEquals(1, ome.sizeOfImageList()); 
     
    757758    InOut201004Test t = new InOut201004Test(); 
    758759    t.setUp(); 
    759     t.testValidOMENode(); 
    760760    System.out.println("###\n### XML\n###"); 
    761761    System.out.println(t.asString); 
     762    t.testValidOMENode(); 
    762763    System.out.println("###\n### Model Objects\n###"); 
    763764    Map<String, OMEModelObject> objects = t.model.getModelObjects(); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.