Changeset 6195


Ignore:
Timestamp:
04/27/10 03:16:19 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

All tests passing. Re-run of code generation ( ome-xml:r554).

Location:
trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004
Files:
95 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AbstractOMEModelObject.java

    r6183 r6195  
    2424package ome.xml.r201004; 
    2525 
     26import java.util.ArrayList; 
     27import java.util.List; 
     28 
    2629import ome.xml.r201004.enums.EnumerationException; 
    2730 
    2831import org.w3c.dom.Document; 
    2932import org.w3c.dom.Element; 
     33import org.w3c.dom.Node; 
     34import org.w3c.dom.NodeList; 
    3035 
    3136/** 
     
    8388   */ 
    8489  public abstract void link(Reference reference, OMEModelObject o); 
     90 
     91  /** 
     92   * Retrieves all the children of an element that have a given tag name. 
     93   * @param parent DOM element to retrieve tags based upon. 
     94   * @param name Name of the tags to retrieve. 
     95   * @return List of elements which have the tag <code>name</code>. 
     96   */ 
     97  public static List<Element> getChildrenByTagName( 
     98      Element parent, String name) { 
     99    List<Element> toReturn = new ArrayList<Element>(); 
     100    NodeList children = parent.getChildNodes(); 
     101    for (int i = 0; i < children.getLength(); i++) { 
     102      Node child = children.item(i); 
     103      if (child.getNodeType() == Node.ELEMENT_NODE 
     104          && name.equals(child.getNodeName())) { 
     105        toReturn.add((Element) child); 
     106      } 
     107    } 
     108    return toReturn; 
     109  } 
    85110} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Annotation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8585        private List<Experimenter> experimenter_BackReferenceList = new ArrayList<Experimenter>(); 
    8686 
     87        // Back reference Plate_BackReference 
     88        private List<Plate> plate_BackReferenceList = new ArrayList<Plate>(); 
     89 
     90        // Back reference Reagent_BackReference 
     91        private List<Reagent> reagent_BackReferenceList = new ArrayList<Reagent>(); 
     92 
     93        // Back reference Screen_BackReference 
     94        private List<Screen> screen_BackReferenceList = new ArrayList<Screen>(); 
     95 
     96        // Back reference PlateAcquisition_BackReference 
     97        private List<PlateAcquisition> plateAcquisition_BackReferenceList = new ArrayList<PlateAcquisition>(); 
     98 
     99        // Back reference Well_BackReference 
     100        private List<Well> well_BackReferenceList = new ArrayList<Well>(); 
     101 
     102        // Back reference WellSample_BackReference 
     103        private List<WellSample> wellSample_BackReferenceList = new ArrayList<WellSample>(); 
     104 
    87105        // Back reference ROI_BackReference 
    88106        private List<ROI> roi_backReferenceList = new ArrayList<ROI>(); 
     
    93111        // Back reference ListAnnotation_BackReference 
    94112        private List<ListAnnotation> listAnnotation_BackReferenceList = new ArrayList<ListAnnotation>(); 
    95  
    96         // Back reference Plate_BackReference 
    97         private List<Plate> plate_BackReferenceList = new ArrayList<Plate>(); 
    98  
    99         // Back reference Reagent_BackReference 
    100         private List<Reagent> reagent_BackReferenceList = new ArrayList<Reagent>(); 
    101  
    102         // Back reference Screen_BackReference 
    103         private List<Screen> screen_BackReferenceList = new ArrayList<Screen>(); 
    104  
    105         // Back reference PlateAcquisition_BackReference 
    106         private List<PlateAcquisition> plateAcquisition_BackReferenceList = new ArrayList<PlateAcquisition>(); 
    107  
    108         // Back reference Well_BackReference 
    109         private List<Well> well_BackReferenceList = new ArrayList<Well>(); 
    110  
    111         // Back reference WellSample_BackReference 
    112         private List<WellSample> wellSample_BackReferenceList = new ArrayList<WellSample>(); 
    113113 
    114114        // -- Constructors -- 
     
    152152        public void update(Element element, OMEModel model) 
    153153            throws EnumerationException 
    154         {        
     154        { 
    155155                super.update(element, model); 
    156156                String tagName = element.getTagName(); 
     
    192192                // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    193193                // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
    194                 // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
    195                 // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
    196                 // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    197194                // *** IGNORING *** Skipped back reference Plate_BackReference 
    198195                // *** IGNORING *** Skipped back reference Reagent_BackReference 
     
    201198                // *** IGNORING *** Skipped back reference Well_BackReference 
    202199                // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
     200                // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
     201                // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
     202                // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    203203        } 
    204204 
     
    453453 
    454454        // Reference which occurs more than once 
     455        public int sizeOfLinkedPlateList() 
     456        { 
     457                return plate_BackReferenceList.size(); 
     458        } 
     459 
     460        public List<Plate> copyLinkedPlateList() 
     461        { 
     462                return new ArrayList<Plate>(plate_BackReferenceList); 
     463        } 
     464 
     465        public Plate getLinkedPlate(int index) 
     466        { 
     467                return plate_BackReferenceList.get(index); 
     468        } 
     469 
     470        public Plate setLinkedPlate(int index, Plate o) 
     471        { 
     472                return plate_BackReferenceList.set(index, o); 
     473        } 
     474 
     475        public boolean linkPlate(Plate o) 
     476        { 
     477                return plate_BackReferenceList.add(o); 
     478        } 
     479 
     480        public boolean unlinkPlate(Plate o) 
     481        { 
     482                return plate_BackReferenceList.remove(o); 
     483        } 
     484 
     485        // Reference which occurs more than once 
     486        public int sizeOfLinkedReagentList() 
     487        { 
     488                return reagent_BackReferenceList.size(); 
     489        } 
     490 
     491        public List<Reagent> copyLinkedReagentList() 
     492        { 
     493                return new ArrayList<Reagent>(reagent_BackReferenceList); 
     494        } 
     495 
     496        public Reagent getLinkedReagent(int index) 
     497        { 
     498                return reagent_BackReferenceList.get(index); 
     499        } 
     500 
     501        public Reagent setLinkedReagent(int index, Reagent o) 
     502        { 
     503                return reagent_BackReferenceList.set(index, o); 
     504        } 
     505 
     506        public boolean linkReagent(Reagent o) 
     507        { 
     508                return reagent_BackReferenceList.add(o); 
     509        } 
     510 
     511        public boolean unlinkReagent(Reagent o) 
     512        { 
     513                return reagent_BackReferenceList.remove(o); 
     514        } 
     515 
     516        // Reference which occurs more than once 
     517        public int sizeOfLinkedScreenList() 
     518        { 
     519                return screen_BackReferenceList.size(); 
     520        } 
     521 
     522        public List<Screen> copyLinkedScreenList() 
     523        { 
     524                return new ArrayList<Screen>(screen_BackReferenceList); 
     525        } 
     526 
     527        public Screen getLinkedScreen(int index) 
     528        { 
     529                return screen_BackReferenceList.get(index); 
     530        } 
     531 
     532        public Screen setLinkedScreen(int index, Screen o) 
     533        { 
     534                return screen_BackReferenceList.set(index, o); 
     535        } 
     536 
     537        public boolean linkScreen(Screen o) 
     538        { 
     539                return screen_BackReferenceList.add(o); 
     540        } 
     541 
     542        public boolean unlinkScreen(Screen o) 
     543        { 
     544                return screen_BackReferenceList.remove(o); 
     545        } 
     546 
     547        // Reference which occurs more than once 
     548        public int sizeOfLinkedPlateAcquisitionList() 
     549        { 
     550                return plateAcquisition_BackReferenceList.size(); 
     551        } 
     552 
     553        public List<PlateAcquisition> copyLinkedPlateAcquisitionList() 
     554        { 
     555                return new ArrayList<PlateAcquisition>(plateAcquisition_BackReferenceList); 
     556        } 
     557 
     558        public PlateAcquisition getLinkedPlateAcquisition(int index) 
     559        { 
     560                return plateAcquisition_BackReferenceList.get(index); 
     561        } 
     562 
     563        public PlateAcquisition setLinkedPlateAcquisition(int index, PlateAcquisition o) 
     564        { 
     565                return plateAcquisition_BackReferenceList.set(index, o); 
     566        } 
     567 
     568        public boolean linkPlateAcquisition(PlateAcquisition o) 
     569        { 
     570                return plateAcquisition_BackReferenceList.add(o); 
     571        } 
     572 
     573        public boolean unlinkPlateAcquisition(PlateAcquisition o) 
     574        { 
     575                return plateAcquisition_BackReferenceList.remove(o); 
     576        } 
     577 
     578        // Reference which occurs more than once 
     579        public int sizeOfLinkedWellList() 
     580        { 
     581                return well_BackReferenceList.size(); 
     582        } 
     583 
     584        public List<Well> copyLinkedWellList() 
     585        { 
     586                return new ArrayList<Well>(well_BackReferenceList); 
     587        } 
     588 
     589        public Well getLinkedWell(int index) 
     590        { 
     591                return well_BackReferenceList.get(index); 
     592        } 
     593 
     594        public Well setLinkedWell(int index, Well o) 
     595        { 
     596                return well_BackReferenceList.set(index, o); 
     597        } 
     598 
     599        public boolean linkWell(Well o) 
     600        { 
     601                return well_BackReferenceList.add(o); 
     602        } 
     603 
     604        public boolean unlinkWell(Well o) 
     605        { 
     606                return well_BackReferenceList.remove(o); 
     607        } 
     608 
     609        // Reference which occurs more than once 
     610        public int sizeOfLinkedWellSampleList() 
     611        { 
     612                return wellSample_BackReferenceList.size(); 
     613        } 
     614 
     615        public List<WellSample> copyLinkedWellSampleList() 
     616        { 
     617                return new ArrayList<WellSample>(wellSample_BackReferenceList); 
     618        } 
     619 
     620        public WellSample getLinkedWellSample(int index) 
     621        { 
     622                return wellSample_BackReferenceList.get(index); 
     623        } 
     624 
     625        public WellSample setLinkedWellSample(int index, WellSample o) 
     626        { 
     627                return wellSample_BackReferenceList.set(index, o); 
     628        } 
     629 
     630        public boolean linkWellSample(WellSample o) 
     631        { 
     632                return wellSample_BackReferenceList.add(o); 
     633        } 
     634 
     635        public boolean unlinkWellSample(WellSample o) 
     636        { 
     637                return wellSample_BackReferenceList.remove(o); 
     638        } 
     639 
     640        // Reference which occurs more than once 
    455641        public int sizeOfLinkedROIList() 
    456642        { 
     
    543729        { 
    544730                return listAnnotation_BackReferenceList.remove(o); 
    545         } 
    546  
    547         // Reference which occurs more than once 
    548         public int sizeOfLinkedPlateList() 
    549         { 
    550                 return plate_BackReferenceList.size(); 
    551         } 
    552  
    553         public List<Plate> copyLinkedPlateList() 
    554         { 
    555                 return new ArrayList<Plate>(plate_BackReferenceList); 
    556         } 
    557  
    558         public Plate getLinkedPlate(int index) 
    559         { 
    560                 return plate_BackReferenceList.get(index); 
    561         } 
    562  
    563         public Plate setLinkedPlate(int index, Plate o) 
    564         { 
    565                 return plate_BackReferenceList.set(index, o); 
    566         } 
    567  
    568         public boolean linkPlate(Plate o) 
    569         { 
    570                 return plate_BackReferenceList.add(o); 
    571         } 
    572  
    573         public boolean unlinkPlate(Plate o) 
    574         { 
    575                 return plate_BackReferenceList.remove(o); 
    576         } 
    577  
    578         // Reference which occurs more than once 
    579         public int sizeOfLinkedReagentList() 
    580         { 
    581                 return reagent_BackReferenceList.size(); 
    582         } 
    583  
    584         public List<Reagent> copyLinkedReagentList() 
    585         { 
    586                 return new ArrayList<Reagent>(reagent_BackReferenceList); 
    587         } 
    588  
    589         public Reagent getLinkedReagent(int index) 
    590         { 
    591                 return reagent_BackReferenceList.get(index); 
    592         } 
    593  
    594         public Reagent setLinkedReagent(int index, Reagent o) 
    595         { 
    596                 return reagent_BackReferenceList.set(index, o); 
    597         } 
    598  
    599         public boolean linkReagent(Reagent o) 
    600         { 
    601                 return reagent_BackReferenceList.add(o); 
    602         } 
    603  
    604         public boolean unlinkReagent(Reagent o) 
    605         { 
    606                 return reagent_BackReferenceList.remove(o); 
    607         } 
    608  
    609         // Reference which occurs more than once 
    610         public int sizeOfLinkedScreenList() 
    611         { 
    612                 return screen_BackReferenceList.size(); 
    613         } 
    614  
    615         public List<Screen> copyLinkedScreenList() 
    616         { 
    617                 return new ArrayList<Screen>(screen_BackReferenceList); 
    618         } 
    619  
    620         public Screen getLinkedScreen(int index) 
    621         { 
    622                 return screen_BackReferenceList.get(index); 
    623         } 
    624  
    625         public Screen setLinkedScreen(int index, Screen o) 
    626         { 
    627                 return screen_BackReferenceList.set(index, o); 
    628         } 
    629  
    630         public boolean linkScreen(Screen o) 
    631         { 
    632                 return screen_BackReferenceList.add(o); 
    633         } 
    634  
    635         public boolean unlinkScreen(Screen o) 
    636         { 
    637                 return screen_BackReferenceList.remove(o); 
    638         } 
    639  
    640         // Reference which occurs more than once 
    641         public int sizeOfLinkedPlateAcquisitionList() 
    642         { 
    643                 return plateAcquisition_BackReferenceList.size(); 
    644         } 
    645  
    646         public List<PlateAcquisition> copyLinkedPlateAcquisitionList() 
    647         { 
    648                 return new ArrayList<PlateAcquisition>(plateAcquisition_BackReferenceList); 
    649         } 
    650  
    651         public PlateAcquisition getLinkedPlateAcquisition(int index) 
    652         { 
    653                 return plateAcquisition_BackReferenceList.get(index); 
    654         } 
    655  
    656         public PlateAcquisition setLinkedPlateAcquisition(int index, PlateAcquisition o) 
    657         { 
    658                 return plateAcquisition_BackReferenceList.set(index, o); 
    659         } 
    660  
    661         public boolean linkPlateAcquisition(PlateAcquisition o) 
    662         { 
    663                 return plateAcquisition_BackReferenceList.add(o); 
    664         } 
    665  
    666         public boolean unlinkPlateAcquisition(PlateAcquisition o) 
    667         { 
    668                 return plateAcquisition_BackReferenceList.remove(o); 
    669         } 
    670  
    671         // Reference which occurs more than once 
    672         public int sizeOfLinkedWellList() 
    673         { 
    674                 return well_BackReferenceList.size(); 
    675         } 
    676  
    677         public List<Well> copyLinkedWellList() 
    678         { 
    679                 return new ArrayList<Well>(well_BackReferenceList); 
    680         } 
    681  
    682         public Well getLinkedWell(int index) 
    683         { 
    684                 return well_BackReferenceList.get(index); 
    685         } 
    686  
    687         public Well setLinkedWell(int index, Well o) 
    688         { 
    689                 return well_BackReferenceList.set(index, o); 
    690         } 
    691  
    692         public boolean linkWell(Well o) 
    693         { 
    694                 return well_BackReferenceList.add(o); 
    695         } 
    696  
    697         public boolean unlinkWell(Well o) 
    698         { 
    699                 return well_BackReferenceList.remove(o); 
    700         } 
    701  
    702         // Reference which occurs more than once 
    703         public int sizeOfLinkedWellSampleList() 
    704         { 
    705                 return wellSample_BackReferenceList.size(); 
    706         } 
    707  
    708         public List<WellSample> copyLinkedWellSampleList() 
    709         { 
    710                 return new ArrayList<WellSample>(wellSample_BackReferenceList); 
    711         } 
    712  
    713         public WellSample getLinkedWellSample(int index) 
    714         { 
    715                 return wellSample_BackReferenceList.get(index); 
    716         } 
    717  
    718         public WellSample setLinkedWellSample(int index, WellSample o) 
    719         { 
    720                 return wellSample_BackReferenceList.set(index, o); 
    721         } 
    722  
    723         public boolean linkWellSample(WellSample o) 
    724         { 
    725                 return wellSample_BackReferenceList.add(o); 
    726         } 
    727  
    728         public boolean unlinkWellSample(WellSample o) 
    729         { 
    730                 return wellSample_BackReferenceList.remove(o); 
    731731        } 
    732732 
     
    783783                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
    784784                } 
     785                if (plate_BackReferenceList != null) 
     786                { 
     787                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Plate_BackReference 
     788                } 
     789                if (reagent_BackReferenceList != null) 
     790                { 
     791                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Reagent_BackReference 
     792                } 
     793                if (screen_BackReferenceList != null) 
     794                { 
     795                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Screen_BackReference 
     796                } 
     797                if (plateAcquisition_BackReferenceList != null) 
     798                { 
     799                        // *** IGNORING *** Skipped back reference PlateAcquisition_BackReference 
     800                } 
     801                if (well_BackReferenceList != null) 
     802                { 
     803                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Well_BackReference 
     804                } 
     805                if (wellSample_BackReferenceList != null) 
     806                { 
     807                        // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
     808                } 
    785809                if (roi_backReferenceList != null) 
    786810                { 
     
    795819                        // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    796820                } 
    797                 if (plate_BackReferenceList != null) 
    798                 { 
    799                         // *** IGNORING *** Skipped back reference Plate_BackReference 
    800                 } 
    801                 if (reagent_BackReferenceList != null) 
    802                 { 
    803                         // *** IGNORING *** Skipped back reference Reagent_BackReference 
    804                 } 
    805                 if (screen_BackReferenceList != null) 
    806                 { 
    807                         // *** IGNORING *** Skipped back reference Screen_BackReference 
    808                 } 
    809                 if (plateAcquisition_BackReferenceList != null) 
    810                 { 
    811                         // *** IGNORING *** Skipped back reference PlateAcquisition_BackReference 
    812                 } 
    813                 if (well_BackReferenceList != null) 
    814                 { 
    815                         // *** IGNORING *** Skipped back reference Well_BackReference 
    816                 } 
    817                 if (wellSample_BackReferenceList != null) 
    818                 { 
    819                         // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
    820                 } 
    821821                return super.asXMLElement(document, Annotation_element); 
    822822        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AnnotationRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Arc.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BinData.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public void update(Element element, OMEModel model) 
    108108            throws EnumerationException 
    109         {        
     109        { 
    110110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BinaryFile.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        public void update(Element element, OMEModel model) 
    114114            throws EnumerationException 
    115         {        
     115        { 
    116116                super.update(element, model); 
    117117                String tagName = element.getTagName(); 
     
    144144                                        element.getAttribute("FileName"))); 
    145145                } 
    146                 NodeList External_nodeList = element.getElementsByTagName("External"); 
    147                 if (External_nodeList.getLength() > 1) 
     146                List<Element> External_nodeList = 
     147                                getChildrenByTagName(element, "External"); 
     148                if (External_nodeList.size() > 1) 
    148149                { 
    149150                        // TODO: Should be its own Exception 
    150151                        throw new RuntimeException(String.format( 
    151152                                        "External node list size %d != 1", 
    152                                         External_nodeList.getLength())); 
    153                 } 
    154                 else if (External_nodeList.getLength() != 0) 
     153                                        External_nodeList.size())); 
     154                } 
     155                else if (External_nodeList.size() != 0) 
    155156                { 
    156157                        // Element property External which is complex (has 
    157158                        // sub-elements) 
    158159                        setExternal(new External( 
    159                                         (Element) External_nodeList.item(0), model)); 
    160                 } 
    161                 NodeList BinData_nodeList = element.getElementsByTagName("BinData"); 
    162                 if (BinData_nodeList.getLength() > 1) 
     160                                        (Element) External_nodeList.get(0), model)); 
     161                } 
     162                List<Element> BinData_nodeList = 
     163                                getChildrenByTagName(element, "BinData"); 
     164                if (BinData_nodeList.size() > 1) 
    163165                { 
    164166                        // TODO: Should be its own Exception 
    165167                        throw new RuntimeException(String.format( 
    166168                                        "BinData node list size %d != 1", 
    167                                         BinData_nodeList.getLength())); 
    168                 } 
    169                 else if (BinData_nodeList.getLength() != 0) 
     169                                        BinData_nodeList.size())); 
     170                } 
     171                else if (BinData_nodeList.size() != 0) 
    170172                { 
    171173                        // Element property BinData which is complex (has 
    172174                        // sub-elements) 
    173175                        setBinData(new BinData( 
    174                                         (Element) BinData_nodeList.item(0), model)); 
     176                                        (Element) BinData_nodeList.get(0), model)); 
    175177                } 
    176178        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BooleanAnnotation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
     
    114114                        //              tagName)); 
    115115                } 
    116                 NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
    117                 if (Value_nodeList.getLength() > 1) 
     116                List<Element> Value_nodeList = 
     117                                getChildrenByTagName(element, "Value"); 
     118                if (Value_nodeList.size() > 1) 
    118119                { 
    119120                        // TODO: Should be its own Exception 
    120121                        throw new RuntimeException(String.format( 
    121122                                        "Value node list size %d != 1", 
    122                                         Value_nodeList.getLength())); 
     123                                        Value_nodeList.size())); 
    123124                } 
    124                 else if (Value_nodeList.getLength() != 0) 
     125                else if (Value_nodeList.size() != 0) 
    125126                { 
    126127                        // Element property Value which is not complex (has no 
    127128                        // sub-elements) 
    128129                        setValue( 
    129                                         Boolean.valueOf(Value_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     130                                        Boolean.valueOf(Value_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    130131                } 
    131132        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Channel.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        public void update(Element element, OMEModel model) 
    156156            throws EnumerationException 
    157         {        
     157        { 
    158158                super.update(element, model); 
    159159                String tagName = element.getTagName(); 
     
    254254                                        element.getAttribute("SamplesPerPixel"))); 
    255255                } 
    256                 NodeList LightSourceSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSourceSettings"); 
    257                 if (LightSourceSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     256                List<Element> LightSourceSettings_nodeList = 
     257                                getChildrenByTagName(element, "LightSourceSettings"); 
     258                if (LightSourceSettings_nodeList.size() > 1) 
    258259                { 
    259260                        // TODO: Should be its own Exception 
    260261                        throw new RuntimeException(String.format( 
    261262                                        "LightSourceSettings node list size %d != 1", 
    262                                         LightSourceSettings_nodeList.getLength())); 
    263                 } 
    264                 else if (LightSourceSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     263                                        LightSourceSettings_nodeList.size())); 
     264                } 
     265                else if (LightSourceSettings_nodeList.size() != 0) 
    265266                { 
    266267                        // Element property LightSourceSettings which is complex (has 
    267268                        // sub-elements) 
    268269                        setLightSourceSettings(new LightSourceSettings( 
    269                                         (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(0), model)); 
     270                                        (Element) LightSourceSettings_nodeList.get(0), model)); 
    270271                } 
    271272                // Element reference OTFRef 
    272                 NodeList OTFRef_nodeList = element.getElementsByTagName("OTFRef"); 
    273                 for (int i = 0; i < OTFRef_nodeList.getLength(); i++) 
    274                 { 
    275                         Element OTFRef_element = (Element) OTFRef_nodeList.item(i); 
     273                List<Element> OTFRef_nodeList = 
     274                                getChildrenByTagName(element, "OTFRef"); 
     275                for (Element OTFRef_element : OTFRef_nodeList) 
     276                { 
    276277                        OTFRef otf_reference = new OTFRef(); 
    277278                        otf_reference.setID(OTFRef_element.getAttribute("ID")); 
    278279                        model.addReference(this, otf_reference); 
    279280                } 
    280                 NodeList DetectorSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("DetectorSettings"); 
    281                 if (DetectorSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     281                List<Element> DetectorSettings_nodeList = 
     282                                getChildrenByTagName(element, "DetectorSettings"); 
     283                if (DetectorSettings_nodeList.size() > 1) 
    282284                { 
    283285                        // TODO: Should be its own Exception 
    284286                        throw new RuntimeException(String.format( 
    285287                                        "DetectorSettings node list size %d != 1", 
    286                                         DetectorSettings_nodeList.getLength())); 
    287                 } 
    288                 else if (DetectorSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     288                                        DetectorSettings_nodeList.size())); 
     289                } 
     290                else if (DetectorSettings_nodeList.size() != 0) 
    289291                { 
    290292                        // Element property DetectorSettings which is complex (has 
    291293                        // sub-elements) 
    292294                        setDetectorSettings(new DetectorSettings( 
    293                                         (Element) DetectorSettings_nodeList.item(0), model)); 
     295                                        (Element) DetectorSettings_nodeList.get(0), model)); 
    294296                } 
    295297                // Element reference FilterSetRef 
    296                 NodeList FilterSetRef_nodeList = element.getElementsByTagName("FilterSetRef"); 
    297                 for (int i = 0; i < FilterSetRef_nodeList.getLength(); i++) 
    298                 { 
    299                         Element FilterSetRef_element = (Element) FilterSetRef_nodeList.item(i); 
     298                List<Element> FilterSetRef_nodeList = 
     299                                getChildrenByTagName(element, "FilterSetRef"); 
     300                for (Element FilterSetRef_element : FilterSetRef_nodeList) 
     301                { 
    300302                        FilterSetRef filterSet_reference = new FilterSetRef(); 
    301303                        filterSet_reference.setID(FilterSetRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    303305                } 
    304306                // Element reference AnnotationRef 
    305                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    306                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    307                 { 
    308                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     307                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     308                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     309                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     310                { 
    309311                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    310312                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
    311313                        model.addReference(this, annotationList_reference); 
    312314                } 
    313                 NodeList LightPath_nodeList = element.getElementsByTagName("LightPath"); 
    314                 if (LightPath_nodeList.getLength() > 1) 
     315                List<Element> LightPath_nodeList = 
     316                                getChildrenByTagName(element, "LightPath"); 
     317                if (LightPath_nodeList.size() > 1) 
    315318                { 
    316319                        // TODO: Should be its own Exception 
    317320                        throw new RuntimeException(String.format( 
    318321                                        "LightPath node list size %d != 1", 
    319                                         LightPath_nodeList.getLength())); 
    320                 } 
    321                 else if (LightPath_nodeList.getLength() != 0) 
     322                                        LightPath_nodeList.size())); 
     323                } 
     324                else if (LightPath_nodeList.size() != 0) 
    322325                { 
    323326                        // Element property LightPath which is complex (has 
    324327                        // sub-elements) 
    325328                        setLightPath(new LightPath( 
    326                                         (Element) LightPath_nodeList.item(0), model)); 
     329                                        (Element) LightPath_nodeList.get(0), model)); 
    327330                } 
    328331        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelProfile.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        public void update(Element element, OMEModel model) 
    120120            throws EnumerationException 
    121         {        
     121        { 
    122122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
     
    138138                                        element.getAttribute("Origin"))); 
    139139                } 
    140                 NodeList Name_nodeList = element.getElementsByTagName("Name"); 
    141                 if (Name_nodeList.getLength() > 1) 
     140                List<Element> Name_nodeList = 
     141                                getChildrenByTagName(element, "Name"); 
     142                if (Name_nodeList.size() > 1) 
    142143                { 
    143144                        // TODO: Should be its own Exception 
    144145                        throw new RuntimeException(String.format( 
    145146                                        "Name node list size %d != 1", 
    146                                         Name_nodeList.getLength())); 
    147                 } 
    148                 else if (Name_nodeList.getLength() != 0) 
     147                                        Name_nodeList.size())); 
     148                } 
     149                else if (Name_nodeList.size() != 0) 
    149150                { 
    150151                        // Element property Name which is not complex (has no 
    151152                        // sub-elements) 
    152153                        setName( 
    153                                         String.valueOf(Name_nodeList.item(0).getTextContent())); 
    154                 } 
    155                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    156                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     154                                        String.valueOf(Name_nodeList.get(0).getTextContent())); 
     155                } 
     156                List<Element> Description_nodeList = 
     157                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     158                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    157159                { 
    158160                        // TODO: Should be its own Exception 
    159161                        throw new RuntimeException(String.format( 
    160162                                        "Description node list size %d != 1", 
    161                                         Description_nodeList.getLength())); 
    162                 } 
    163                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     163                                        Description_nodeList.size())); 
     164                } 
     165                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    164166                { 
    165167                        // Element property Description which is not complex (has no 
    166168                        // sub-elements) 
    167169                        setDescription( 
    168                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
    169                 } 
    170                 NodeList LightSourceSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSourceSettings"); 
    171                 if (LightSourceSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     170                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
     171                } 
     172                List<Element> LightSourceSettings_nodeList = 
     173                                getChildrenByTagName(element, "LightSourceSettings"); 
     174                if (LightSourceSettings_nodeList.size() > 1) 
    172175                { 
    173176                        // TODO: Should be its own Exception 
    174177                        throw new RuntimeException(String.format( 
    175178                                        "LightSourceSettings node list size %d != 1", 
    176                                         LightSourceSettings_nodeList.getLength())); 
    177                 } 
    178                 else if (LightSourceSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     179                                        LightSourceSettings_nodeList.size())); 
     180                } 
     181                else if (LightSourceSettings_nodeList.size() != 0) 
    179182                { 
    180183                        // Element property LightSourceSettings which is complex (has 
    181184                        // sub-elements) 
    182185                        setLightSourceSettings(new LightSourceSettings( 
    183                                         (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(0), model)); 
     186                                        (Element) LightSourceSettings_nodeList.get(0), model)); 
    184187                } 
    185188                // Element reference OTFRef 
    186                 NodeList OTFRef_nodeList = element.getElementsByTagName("OTFRef"); 
    187                 for (int i = 0; i < OTFRef_nodeList.getLength(); i++) 
    188                 { 
    189                         Element OTFRef_element = (Element) OTFRef_nodeList.item(i); 
     189                List<Element> OTFRef_nodeList = 
     190                                getChildrenByTagName(element, "OTFRef"); 
     191                for (Element OTFRef_element : OTFRef_nodeList) 
     192                { 
    190193                        OTFRef otf_reference = new OTFRef(); 
    191194                        otf_reference.setID(OTFRef_element.getAttribute("ID")); 
    192195                        model.addReference(this, otf_reference); 
    193196                } 
    194                 NodeList DetectorSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("DetectorSettings"); 
    195                 if (DetectorSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     197                List<Element> DetectorSettings_nodeList = 
     198                                getChildrenByTagName(element, "DetectorSettings"); 
     199                if (DetectorSettings_nodeList.size() > 1) 
    196200                { 
    197201                        // TODO: Should be its own Exception 
    198202                        throw new RuntimeException(String.format( 
    199203                                        "DetectorSettings node list size %d != 1", 
    200                                         DetectorSettings_nodeList.getLength())); 
    201                 } 
    202                 else if (DetectorSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     204                                        DetectorSettings_nodeList.size())); 
     205                } 
     206                else if (DetectorSettings_nodeList.size() != 0) 
    203207                { 
    204208                        // Element property DetectorSettings which is complex (has 
    205209                        // sub-elements) 
    206210                        setDetectorSettings(new DetectorSettings( 
    207                                         (Element) DetectorSettings_nodeList.item(0), model)); 
     211                                        (Element) DetectorSettings_nodeList.get(0), model)); 
    208212                } 
    209213                // Element reference FilterSetRef 
    210                 NodeList FilterSetRef_nodeList = element.getElementsByTagName("FilterSetRef"); 
    211                 for (int i = 0; i < FilterSetRef_nodeList.getLength(); i++) 
    212                 { 
    213                         Element FilterSetRef_element = (Element) FilterSetRef_nodeList.item(i); 
     214                List<Element> FilterSetRef_nodeList = 
     215                                getChildrenByTagName(element, "FilterSetRef"); 
     216                for (Element FilterSetRef_element : FilterSetRef_nodeList) 
     217                { 
    214218                        FilterSetRef filterSet_reference = new FilterSetRef(); 
    215219                        filterSet_reference.setID(FilterSetRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Contact.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dataset.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        public void update(Element element, OMEModel model) 
    123123            throws EnumerationException 
    124         {        
     124        { 
    125125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
     
    155155                        model.addModelObject(getID(), this); 
    156156                } 
    157                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    158                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     157                List<Element> Description_nodeList = 
     158                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     159                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    159160                { 
    160161                        // TODO: Should be its own Exception 
    161162                        throw new RuntimeException(String.format( 
    162163                                        "Description node list size %d != 1", 
    163                                         Description_nodeList.getLength())); 
    164                 } 
    165                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     164                                        Description_nodeList.size())); 
     165                } 
     166                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    166167                { 
    167168                        // Element property Description which is not complex (has no 
    168169                        // sub-elements) 
    169170                        setDescription( 
    170                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     171                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    171172                } 
    172173                // Element reference ExperimenterRef 
    173                 NodeList ExperimenterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExperimenterRef"); 
    174                 for (int i = 0; i < ExperimenterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    175                 { 
    176                         Element ExperimenterRef_element = (Element) ExperimenterRef_nodeList.item(i); 
     174                List<Element> ExperimenterRef_nodeList = 
     175                                getChildrenByTagName(element, "ExperimenterRef"); 
     176                for (Element ExperimenterRef_element : ExperimenterRef_nodeList) 
     177                { 
    177178                        ExperimenterRef experimenter_reference = new ExperimenterRef(); 
    178179                        experimenter_reference.setID(ExperimenterRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    180181                } 
    181182                // Element reference GroupRef 
    182                 NodeList GroupRef_nodeList = element.getElementsByTagName("GroupRef"); 
    183                 for (int i = 0; i < GroupRef_nodeList.getLength(); i++) 
    184                 { 
    185                         Element GroupRef_element = (Element) GroupRef_nodeList.item(i); 
     183                List<Element> GroupRef_nodeList = 
     184                                getChildrenByTagName(element, "GroupRef"); 
     185                for (Element GroupRef_element : GroupRef_nodeList) 
     186                { 
    186187                        GroupRef group_reference = new GroupRef(); 
    187188                        group_reference.setID(GroupRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    189190                } 
    190191                // Element reference ProjectRef 
    191                 NodeList ProjectRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ProjectRef"); 
    192                 for (int i = 0; i < ProjectRef_nodeList.getLength(); i++) 
    193                 { 
    194                         Element ProjectRef_element = (Element) ProjectRef_nodeList.item(i); 
     192                List<Element> ProjectRef_nodeList = 
     193                                getChildrenByTagName(element, "ProjectRef"); 
     194                for (Element ProjectRef_element : ProjectRef_nodeList) 
     195                { 
    195196                        ProjectRef projectList_reference = new ProjectRef(); 
    196197                        projectList_reference.setID(ProjectRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    198199                } 
    199200                // Element reference AnnotationRef 
    200                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    201                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    202                 { 
    203                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     201                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     202                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     203                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     204                { 
    204205                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    205206                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DatasetRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Detector.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        public void update(Element element, OMEModel model) 
    120120            throws EnumerationException 
    121         {        
     121        { 
    122122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DetectorSettings.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    116116        public void update(Element element, OMEModel model) 
    117117            throws EnumerationException 
    118         {        
     118        { 
    119119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dichroic.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public void update(Element element, OMEModel model) 
    108108            throws EnumerationException 
    109         {        
     109        { 
    110110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DichroicRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DoubleAnnotation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
     
    114114                        //              tagName)); 
    115115                } 
    116                 NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
    117                 if (Value_nodeList.getLength() > 1) 
     116                List<Element> Value_nodeList = 
     117                                getChildrenByTagName(element, "Value"); 
     118                if (Value_nodeList.size() > 1) 
    118119                { 
    119120                        // TODO: Should be its own Exception 
    120121                        throw new RuntimeException(String.format( 
    121122                                        "Value node list size %d != 1", 
    122                                         Value_nodeList.getLength())); 
     123                                        Value_nodeList.size())); 
    123124                } 
    124                 else if (Value_nodeList.getLength() != 0) 
     125                else if (Value_nodeList.size() != 0) 
    125126                { 
    126127                        // Element property Value which is not complex (has no 
    127128                        // sub-elements) 
    128129                        setValue( 
    129                                         Double.valueOf(Value_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     130                                        Double.valueOf(Value_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    130131                } 
    131132        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Ellipse.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/EmissionFilterRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public void update(Element element, OMEModel model) 
    9999            throws EnumerationException 
    100         {        
     100        { 
    101101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExcitationFilterRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public void update(Element element, OMEModel model) 
    9999            throws EnumerationException 
    100         {        
     100        { 
    101101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experiment.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    116116        public void update(Element element, OMEModel model) 
    117117            throws EnumerationException 
    118         {        
     118        { 
    119119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
     
    149149                        model.addModelObject(getID(), this); 
    150150                } 
    151                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    152                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     151                List<Element> Description_nodeList = 
     152                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     153                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    153154                { 
    154155                        // TODO: Should be its own Exception 
    155156                        throw new RuntimeException(String.format( 
    156157                                        "Description node list size %d != 1", 
    157                                         Description_nodeList.getLength())); 
    158                 } 
    159                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     158                                        Description_nodeList.size())); 
     159                } 
     160                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    160161                { 
    161162                        // Element property Description which is not complex (has no 
    162163                        // sub-elements) 
    163164                        setDescription( 
    164                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     165                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    165166                } 
    166167                // Element reference ExperimenterRef 
    167                 NodeList ExperimenterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExperimenterRef"); 
    168                 for (int i = 0; i < ExperimenterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    169                 { 
    170                         Element ExperimenterRef_element = (Element) ExperimenterRef_nodeList.item(i); 
     168                List<Element> ExperimenterRef_nodeList = 
     169                                getChildrenByTagName(element, "ExperimenterRef"); 
     170                for (Element ExperimenterRef_element : ExperimenterRef_nodeList) 
     171                { 
    171172                        ExperimenterRef experimenter_reference = new ExperimenterRef(); 
    172173                        experimenter_reference.setID(ExperimenterRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    175176                // Element property MicrobeamManipulation which is complex (has 
    176177                // sub-elements) and occurs more than once 
    177                 NodeList MicrobeamManipulation_nodeList = element.getElementsByTagName("MicrobeamManipulation"); 
    178                 for (int i = 0; i < MicrobeamManipulation_nodeList.getLength(); i++) 
    179                 { 
    180                         Element MicrobeamManipulation_element = (Element) MicrobeamManipulation_nodeList.item(i); 
     178                List<Element> MicrobeamManipulation_nodeList = 
     179                                getChildrenByTagName(element, "MicrobeamManipulation"); 
     180                for (Element MicrobeamManipulation_element : MicrobeamManipulation_nodeList) 
     181                { 
    181182                        addMicrobeamManipulation( 
    182183                                        new MicrobeamManipulation(MicrobeamManipulation_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimentRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experimenter.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    143143        public void update(Element element, OMEModel model) 
    144144            throws EnumerationException 
    145         {        
     145        { 
    146146                super.update(element, model); 
    147147                String tagName = element.getTagName(); 
     
    213213                } 
    214214                // Element reference GroupRef 
    215                 NodeList GroupRef_nodeList = element.getElementsByTagName("GroupRef"); 
    216                 for (int i = 0; i < GroupRef_nodeList.getLength(); i++) 
    217                 { 
    218                         Element GroupRef_element = (Element) GroupRef_nodeList.item(i); 
     215                List<Element> GroupRef_nodeList = 
     216                                getChildrenByTagName(element, "GroupRef"); 
     217                for (Element GroupRef_element : GroupRef_nodeList) 
     218                { 
    219219                        GroupRef groupList_reference = new GroupRef(); 
    220220                        groupList_reference.setID(GroupRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    222222                } 
    223223                // Element reference AnnotationRef 
    224                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    225                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    226                 { 
    227                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     224                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     225                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     226                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     227                { 
    228228                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    229229                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimenterRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/External.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public void update(Element element, OMEModel model) 
    108108            throws EnumerationException 
    109         {        
     109        { 
    110110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filament.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FileAnnotation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
     
    114114                        //              tagName)); 
    115115                } 
    116                 NodeList BinaryFile_nodeList = element.getElementsByTagName("BinaryFile"); 
    117                 if (BinaryFile_nodeList.getLength() > 1) 
     116                List<Element> BinaryFile_nodeList = 
     117                                getChildrenByTagName(element, "BinaryFile"); 
     118                if (BinaryFile_nodeList.size() > 1) 
    118119                { 
    119120                        // TODO: Should be its own Exception 
    120121                        throw new RuntimeException(String.format( 
    121122                                        "BinaryFile node list size %d != 1", 
    122                                         BinaryFile_nodeList.getLength())); 
     123                                        BinaryFile_nodeList.size())); 
    123124                } 
    124                 else if (BinaryFile_nodeList.getLength() != 0) 
     125                else if (BinaryFile_nodeList.size() != 0) 
    125126                { 
    126127                        // Element property BinaryFile which is complex (has 
    127128                        // sub-elements) 
    128129                        setBinaryFile(new BinaryFile( 
    129                                         (Element) BinaryFile_nodeList.item(0), model)); 
     130                                        (Element) BinaryFile_nodeList.get(0), model)); 
    130131                } 
    131132        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filter.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    116116        public void update(Element element, OMEModel model) 
    117117            throws EnumerationException 
    118         {        
     118        { 
    119119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
     
    155155                        model.addModelObject(getID(), this); 
    156156                } 
    157                 NodeList TransmittanceRange_nodeList = element.getElementsByTagName("TransmittanceRange"); 
    158                 if (TransmittanceRange_nodeList.getLength() > 1) 
     157                List<Element> TransmittanceRange_nodeList = 
     158                                getChildrenByTagName(element, "TransmittanceRange"); 
     159                if (TransmittanceRange_nodeList.size() > 1) 
    159160                { 
    160161                        // TODO: Should be its own Exception 
    161162                        throw new RuntimeException(String.format( 
    162163                                        "TransmittanceRange node list size %d != 1", 
    163                                         TransmittanceRange_nodeList.getLength())); 
    164                 } 
    165                 else if (TransmittanceRange_nodeList.getLength() != 0) 
     164                                        TransmittanceRange_nodeList.size())); 
     165                } 
     166                else if (TransmittanceRange_nodeList.size() != 0) 
    166167                { 
    167168                        // Element property TransmittanceRange which is complex (has 
    168169                        // sub-elements) 
    169170                        setTransmittanceRange(new TransmittanceRange( 
    170                                         (Element) TransmittanceRange_nodeList.item(0), model)); 
     171                                        (Element) TransmittanceRange_nodeList.get(0), model)); 
    171172                } 
    172173                // *** IGNORING *** Skipped back reference FilterSet_BackReference 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSet.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        public void update(Element element, OMEModel model) 
    120120            throws EnumerationException 
    121         {        
     121        { 
    122122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
     
    147147                } 
    148148                // Element reference ExcitationFilterRef 
    149                 NodeList ExcitationFilterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExcitationFilterRef"); 
    150                 for (int i = 0; i < ExcitationFilterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    151                 { 
    152                         Element ExcitationFilterRef_element = (Element) ExcitationFilterRef_nodeList.item(i); 
     149                List<Element> ExcitationFilterRef_nodeList = 
     150                                getChildrenByTagName(element, "ExcitationFilterRef"); 
     151                for (Element ExcitationFilterRef_element : ExcitationFilterRef_nodeList) 
     152                { 
    153153                        ExcitationFilterRef excitationFilterList_reference = new ExcitationFilterRef(); 
    154154                        excitationFilterList_reference.setID(ExcitationFilterRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    156156                } 
    157157                // Element reference DichroicRef 
    158                 NodeList DichroicRef_nodeList = element.getElementsByTagName("DichroicRef"); 
    159                 for (int i = 0; i < DichroicRef_nodeList.getLength(); i++) 
    160                 { 
    161                         Element DichroicRef_element = (Element) DichroicRef_nodeList.item(i); 
     158                List<Element> DichroicRef_nodeList = 
     159                                getChildrenByTagName(element, "DichroicRef"); 
     160                for (Element DichroicRef_element : DichroicRef_nodeList) 
     161                { 
    162162                        DichroicRef dichroic_reference = new DichroicRef(); 
    163163                        dichroic_reference.setID(DichroicRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    165165                } 
    166166                // Element reference EmissionFilterRef 
    167                 NodeList EmissionFilterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("EmissionFilterRef"); 
    168                 for (int i = 0; i < EmissionFilterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    169                 { 
    170                         Element EmissionFilterRef_element = (Element) EmissionFilterRef_nodeList.item(i); 
     167                List<Element> EmissionFilterRef_nodeList = 
     168                                getChildrenByTagName(element, "EmissionFilterRef"); 
     169                for (Element EmissionFilterRef_element : EmissionFilterRef_nodeList) 
     170                { 
    171171                        EmissionFilterRef emissionFilterList_reference = new EmissionFilterRef(); 
    172172                        emissionFilterList_reference.setID(EmissionFilterRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSetRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Group.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    125125        public void update(Element element, OMEModel model) 
    126126            throws EnumerationException 
    127         {        
     127        { 
    128128                super.update(element, model); 
    129129                String tagName = element.getTagName(); 
     
    158158                        model.addModelObject(getID(), this); 
    159159                } 
    160                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    161                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     160                List<Element> Description_nodeList = 
     161                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     162                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    162163                { 
    163164                        // TODO: Should be its own Exception 
    164165                        throw new RuntimeException(String.format( 
    165166                                        "Description node list size %d != 1", 
    166                                         Description_nodeList.getLength())); 
    167                 } 
    168                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     167                                        Description_nodeList.size())); 
     168                } 
     169                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    169170                { 
    170171                        // Element property Description which is not complex (has no 
    171172                        // sub-elements) 
    172173                        setDescription( 
    173                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     174                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    174175                } 
    175176                // Element reference Leader 
    176                 NodeList Leader_nodeList = element.getElementsByTagName("Leader"); 
    177                 for (int i = 0; i < Leader_nodeList.getLength(); i++) 
    178                 { 
    179                         Element Leader_element = (Element) Leader_nodeList.item(i); 
     177                List<Element> Leader_nodeList = 
     178                                getChildrenByTagName(element, "Leader"); 
     179                for (Element Leader_element : Leader_nodeList) 
     180                { 
    180181                        Leader leader_reference = new Leader(); 
    181182                        leader_reference.setID(Leader_element.getAttribute("ID")); 
     
    183184                } 
    184185                // Element reference Contact 
    185                 NodeList Contact_nodeList = element.getElementsByTagName("Contact"); 
    186                 for (int i = 0; i < Contact_nodeList.getLength(); i++) 
    187                 { 
    188                         Element Contact_element = (Element) Contact_nodeList.item(i); 
     186                List<Element> Contact_nodeList = 
     187                                getChildrenByTagName(element, "Contact"); 
     188                for (Element Contact_element : Contact_nodeList) 
     189                { 
    189190                        Contact contact_reference = new Contact(); 
    190191                        contact_reference.setID(Contact_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/GroupRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Image.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    149149        public void update(Element element, OMEModel model) 
    150150            throws EnumerationException 
    151         {        
     151        { 
    152152                super.update(element, model); 
    153153                String tagName = element.getTagName(); 
     
    182182                                        element.getAttribute("Name"))); 
    183183                } 
    184                 NodeList AcquiredDate_nodeList = element.getElementsByTagName("AcquiredDate"); 
    185                 if (AcquiredDate_nodeList.getLength() > 1) 
     184                List<Element> AcquiredDate_nodeList = 
     185                                getChildrenByTagName(element, "AcquiredDate"); 
     186                if (AcquiredDate_nodeList.size() > 1) 
    186187                { 
    187188                        // TODO: Should be its own Exception 
    188189                        throw new RuntimeException(String.format( 
    189190                                        "AcquiredDate node list size %d != 1", 
    190                                         AcquiredDate_nodeList.getLength())); 
    191                 } 
    192                 else if (AcquiredDate_nodeList.getLength() != 0) 
     191                                        AcquiredDate_nodeList.size())); 
     192                } 
     193                else if (AcquiredDate_nodeList.size() != 0) 
    193194                { 
    194195                        // Element property AcquiredDate which is not complex (has no 
    195196                        // sub-elements) 
    196197                        setAcquiredDate( 
    197                                         String.valueOf(AcquiredDate_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     198                                        String.valueOf(AcquiredDate_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    198199                } 
    199200                // Element reference ExperimenterRef 
    200                 NodeList ExperimenterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExperimenterRef"); 
    201                 for (int i = 0; i < ExperimenterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    202                 { 
    203                         Element ExperimenterRef_element = (Element) ExperimenterRef_nodeList.item(i); 
     201                List<Element> ExperimenterRef_nodeList = 
     202                                getChildrenByTagName(element, "ExperimenterRef"); 
     203                for (Element ExperimenterRef_element : ExperimenterRef_nodeList) 
     204                { 
    204205                        ExperimenterRef experimenter_reference = new ExperimenterRef(); 
    205206                        experimenter_reference.setID(ExperimenterRef_element.getAttribute("ID")); 
    206207                        model.addReference(this, experimenter_reference); 
    207208                } 
    208                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    209                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     209                List<Element> Description_nodeList = 
     210                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     211                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    210212                { 
    211213                        // TODO: Should be its own Exception 
    212214                        throw new RuntimeException(String.format( 
    213215                                        "Description node list size %d != 1", 
    214                                         Description_nodeList.getLength())); 
    215                 } 
    216                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     216                                        Description_nodeList.size())); 
     217                } 
     218                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    217219                { 
    218220                        // Element property Description which is not complex (has no 
    219221                        // sub-elements) 
    220222                        setDescription( 
    221                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     223                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    222224                } 
    223225                // Element reference ExperimentRef 
    224                 NodeList ExperimentRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExperimentRef"); 
    225                 for (int i = 0; i < ExperimentRef_nodeList.getLength(); i++) 
    226                 { 
    227                         Element ExperimentRef_element = (Element) ExperimentRef_nodeList.item(i); 
     226                List<Element> ExperimentRef_nodeList = 
     227                                getChildrenByTagName(element, "ExperimentRef"); 
     228                for (Element ExperimentRef_element : ExperimentRef_nodeList) 
     229                { 
    228230                        ExperimentRef experiment_reference = new ExperimentRef(); 
    229231                        experiment_reference.setID(ExperimentRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    231233                } 
    232234                // Element reference GroupRef 
    233                 NodeList GroupRef_nodeList = element.getElementsByTagName("GroupRef"); 
    234                 for (int i = 0; i < GroupRef_nodeList.getLength(); i++) 
    235                 { 
    236                         Element GroupRef_element = (Element) GroupRef_nodeList.item(i); 
     235                List<Element> GroupRef_nodeList = 
     236                                getChildrenByTagName(element, "GroupRef"); 
     237                for (Element GroupRef_element : GroupRef_nodeList) 
     238                { 
    237239                        GroupRef group_reference = new GroupRef(); 
    238240                        group_reference.setID(GroupRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    240242                } 
    241243                // Element reference DatasetRef 
    242                 NodeList DatasetRef_nodeList = element.getElementsByTagName("DatasetRef"); 
    243                 for (int i = 0; i < DatasetRef_nodeList.getLength(); i++) 
    244                 { 
    245                         Element DatasetRef_element = (Element) DatasetRef_nodeList.item(i); 
     244                List<Element> DatasetRef_nodeList = 
     245                                getChildrenByTagName(element, "DatasetRef"); 
     246                for (Element DatasetRef_element : DatasetRef_nodeList) 
     247                { 
    246248                        DatasetRef datasetList_reference = new DatasetRef(); 
    247249                        datasetList_reference.setID(DatasetRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    249251                } 
    250252                // Element reference InstrumentRef 
    251                 NodeList InstrumentRef_nodeList = element.getElementsByTagName("InstrumentRef"); 
    252                 for (int i = 0; i < InstrumentRef_nodeList.getLength(); i++) 
    253                 { 
    254                         Element InstrumentRef_element = (Element) InstrumentRef_nodeList.item(i); 
     253                List<Element> InstrumentRef_nodeList = 
     254                                getChildrenByTagName(element, "InstrumentRef"); 
     255                for (Element InstrumentRef_element : InstrumentRef_nodeList) 
     256                { 
    255257                        InstrumentRef instrument_reference = new InstrumentRef(); 
    256258                        instrument_reference.setID(InstrumentRef_element.getAttribute("ID")); 
    257259                        model.addReference(this, instrument_reference); 
    258260                } 
    259                 NodeList ObjectiveSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("ObjectiveSettings"); 
    260                 if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     261                List<Element> ObjectiveSettings_nodeList = 
     262                                getChildrenByTagName(element, "ObjectiveSettings"); 
     263                if (ObjectiveSettings_nodeList.size() > 1) 
    261264                { 
    262265                        // TODO: Should be its own Exception 
    263266                        throw new RuntimeException(String.format( 
    264267                                        "ObjectiveSettings node list size %d != 1", 
    265                                         ObjectiveSettings_nodeList.getLength())); 
    266                 } 
    267                 else if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     268                                        ObjectiveSettings_nodeList.size())); 
     269                } 
     270                else if (ObjectiveSettings_nodeList.size() != 0) 
    268271                { 
    269272                        // Element property ObjectiveSettings which is complex (has 
    270273                        // sub-elements) 
    271274                        setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings( 
    272                                         (Element) ObjectiveSettings_nodeList.item(0), model)); 
    273                 } 
    274                 NodeList ImagingEnvironment_nodeList = element.getElementsByTagName("ImagingEnvironment"); 
    275                 if (ImagingEnvironment_nodeList.getLength() > 1) 
     275                                        (Element) ObjectiveSettings_nodeList.get(0), model)); 
     276                } 
     277                List<Element> ImagingEnvironment_nodeList = 
     278                                getChildrenByTagName(element, "ImagingEnvironment"); 
     279                if (ImagingEnvironment_nodeList.size() > 1) 
    276280                { 
    277281                        // TODO: Should be its own Exception 
    278282                        throw new RuntimeException(String.format( 
    279283                                        "ImagingEnvironment node list size %d != 1", 
    280                                         ImagingEnvironment_nodeList.getLength())); 
    281                 } 
    282                 else if (ImagingEnvironment_nodeList.getLength() != 0) 
     284                                        ImagingEnvironment_nodeList.size())); 
     285                } 
     286                else if (ImagingEnvironment_nodeList.size() != 0) 
    283287                { 
    284288                        // Element property ImagingEnvironment which is complex (has 
    285289                        // sub-elements) 
    286290                        setImagingEnvironment(new ImagingEnvironment( 
    287                                         (Element) ImagingEnvironment_nodeList.item(0), model)); 
    288                 } 
    289                 NodeList StageLabel_nodeList = element.getElementsByTagName("StageLabel"); 
    290                 if (StageLabel_nodeList.getLength() > 1) 
     291                                        (Element) ImagingEnvironment_nodeList.get(0), model)); 
     292                } 
     293                List<Element> StageLabel_nodeList = 
     294                                getChildrenByTagName(element, "StageLabel"); 
     295                if (StageLabel_nodeList.size() > 1) 
    291296                { 
    292297                        // TODO: Should be its own Exception 
    293298                        throw new RuntimeException(String.format( 
    294299                                        "StageLabel node list size %d != 1", 
    295                                         StageLabel_nodeList.getLength())); 
    296                 } 
    297                 else if (StageLabel_nodeList.getLength() != 0) 
     300                                        StageLabel_nodeList.size())); 
     301                } 
     302                else if (StageLabel_nodeList.size() != 0) 
    298303                { 
    299304                        // Element property StageLabel which is complex (has 
    300305                        // sub-elements) 
    301306                        setStageLabel(new StageLabel( 
    302                                         (Element) StageLabel_nodeList.item(0), model)); 
    303                 } 
    304                 NodeList Pixels_nodeList = element.getElementsByTagName("Pixels"); 
    305                 if (Pixels_nodeList.getLength() > 1) 
     307                                        (Element) StageLabel_nodeList.get(0), model)); 
     308                } 
     309                List<Element> Pixels_nodeList = 
     310                                getChildrenByTagName(element, "Pixels"); 
     311                if (Pixels_nodeList.size() > 1) 
    306312                { 
    307313                        // TODO: Should be its own Exception 
    308314                        throw new RuntimeException(String.format( 
    309315                                        "Pixels node list size %d != 1", 
    310                                         Pixels_nodeList.getLength())); 
    311                 } 
    312                 else if (Pixels_nodeList.getLength() != 0) 
     316                                        Pixels_nodeList.size())); 
     317                } 
     318                else if (Pixels_nodeList.size() != 0) 
    313319                { 
    314320                        // Element property Pixels which is complex (has 
    315321                        // sub-elements) 
    316322                        setPixels(new Pixels( 
    317                                         (Element) Pixels_nodeList.item(0), model)); 
     323                                        (Element) Pixels_nodeList.get(0), model)); 
    318324                } 
    319325                // Element reference ROIRef 
    320                 NodeList ROIRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ROIRef"); 
    321                 for (int i = 0; i < ROIRef_nodeList.getLength(); i++) 
    322                 { 
    323                         Element ROIRef_element = (Element) ROIRef_nodeList.item(i); 
     326                List<Element> ROIRef_nodeList = 
     327                                getChildrenByTagName(element, "ROIRef"); 
     328                for (Element ROIRef_element : ROIRef_nodeList) 
     329                { 
    324330                        ROIRef roiList_reference = new ROIRef(); 
    325331                        roiList_reference.setID(ROIRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    327333                } 
    328334                // Element reference MicrobeamManipulationRef 
    329                 NodeList MicrobeamManipulationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("MicrobeamManipulationRef"); 
    330                 for (int i = 0; i < MicrobeamManipulationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    331                 { 
    332                         Element MicrobeamManipulationRef_element = (Element) MicrobeamManipulationRef_nodeList.item(i); 
     335                List<Element> MicrobeamManipulationRef_nodeList = 
     336                                getChildrenByTagName(element, "MicrobeamManipulationRef"); 
     337                for (Element MicrobeamManipulationRef_element : MicrobeamManipulationRef_nodeList) 
     338                { 
    333339                        MicrobeamManipulationRef microbeamManipulationList_reference = new MicrobeamManipulationRef(); 
    334340                        microbeamManipulationList_reference.setID(MicrobeamManipulationRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    336342                } 
    337343                // Element reference AnnotationRef 
    338                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    339                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    340                 { 
    341                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     344                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     345                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     346                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     347                { 
    342348                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    343349                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageProfile.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    113113        public void update(Element element, OMEModel model) 
    114114            throws EnumerationException 
    115         {        
     115        { 
    116116                super.update(element, model); 
    117117                String tagName = element.getTagName(); 
     
    132132                                        element.getAttribute("origin"))); 
    133133                } 
    134                 NodeList Name_nodeList = element.getElementsByTagName("Name"); 
    135                 if (Name_nodeList.getLength() > 1) 
     134                List<Element> Name_nodeList = 
     135                                getChildrenByTagName(element, "Name"); 
     136                if (Name_nodeList.size() > 1) 
    136137                { 
    137138                        // TODO: Should be its own Exception 
    138139                        throw new RuntimeException(String.format( 
    139140                                        "Name node list size %d != 1", 
    140                                         Name_nodeList.getLength())); 
    141                 } 
    142                 else if (Name_nodeList.getLength() != 0) 
     141                                        Name_nodeList.size())); 
     142                } 
     143                else if (Name_nodeList.size() != 0) 
    143144                { 
    144145                        // Element property Name which is not complex (has no 
    145146                        // sub-elements) 
    146147                        setName( 
    147                                         String.valueOf(Name_nodeList.item(0).getTextContent())); 
    148                 } 
    149                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    150                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     148                                        String.valueOf(Name_nodeList.get(0).getTextContent())); 
     149                } 
     150                List<Element> Description_nodeList = 
     151                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     152                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    151153                { 
    152154                        // TODO: Should be its own Exception 
    153155                        throw new RuntimeException(String.format( 
    154156                                        "Description node list size %d != 1", 
    155                                         Description_nodeList.getLength())); 
    156                 } 
    157                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     157                                        Description_nodeList.size())); 
     158                } 
     159                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    158160                { 
    159161                        // Element property Description which is not complex (has no 
    160162                        // sub-elements) 
    161163                        setDescription( 
    162                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     164                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    163165                } 
    164166                // Element reference InstrumentRef 
    165                 NodeList InstrumentRef_nodeList = element.getElementsByTagName("InstrumentRef"); 
    166                 for (int i = 0; i < InstrumentRef_nodeList.getLength(); i++) 
    167                 { 
    168                         Element InstrumentRef_element = (Element) InstrumentRef_nodeList.item(i); 
     167                List<Element> InstrumentRef_nodeList = 
     168                                getChildrenByTagName(element, "InstrumentRef"); 
     169                for (Element InstrumentRef_element : InstrumentRef_nodeList) 
     170                { 
    169171                        InstrumentRef instrument_reference = new InstrumentRef(); 
    170172                        instrument_reference.setID(InstrumentRef_element.getAttribute("ID")); 
    171173                        model.addReference(this, instrument_reference); 
    172174                } 
    173                 NodeList ObjectiveSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("ObjectiveSettings"); 
    174                 if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     175                List<Element> ObjectiveSettings_nodeList = 
     176                                getChildrenByTagName(element, "ObjectiveSettings"); 
     177                if (ObjectiveSettings_nodeList.size() > 1) 
    175178                { 
    176179                        // TODO: Should be its own Exception 
    177180                        throw new RuntimeException(String.format( 
    178181                                        "ObjectiveSettings node list size %d != 1", 
    179                                         ObjectiveSettings_nodeList.getLength())); 
    180                 } 
    181                 else if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     182                                        ObjectiveSettings_nodeList.size())); 
     183                } 
     184                else if (ObjectiveSettings_nodeList.size() != 0) 
    182185                { 
    183186                        // Element property ObjectiveSettings which is complex (has 
    184187                        // sub-elements) 
    185188                        setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings( 
    186                                         (Element) ObjectiveSettings_nodeList.item(0), model)); 
     189                                        (Element) ObjectiveSettings_nodeList.get(0), model)); 
    187190                } 
    188191        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImagingEnvironment.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Instrument.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    131131        public void update(Element element, OMEModel model) 
    132132            throws EnumerationException 
    133         {        
     133        { 
    134134                super.update(element, model); 
    135135                String tagName = element.getTagName(); 
     
    158158                        model.addModelObject(getID(), this); 
    159159                } 
    160                 NodeList Microscope_nodeList = element.getElementsByTagName("Microscope"); 
    161                 if (Microscope_nodeList.getLength() > 1) 
     160                List<Element> Microscope_nodeList = 
     161                                getChildrenByTagName(element, "Microscope"); 
     162                if (Microscope_nodeList.size() > 1) 
    162163                { 
    163164                        // TODO: Should be its own Exception 
    164165                        throw new RuntimeException(String.format( 
    165166                                        "Microscope node list size %d != 1", 
    166                                         Microscope_nodeList.getLength())); 
    167                 } 
    168                 else if (Microscope_nodeList.getLength() != 0) 
     167                                        Microscope_nodeList.size())); 
     168                } 
     169                else if (Microscope_nodeList.size() != 0) 
    169170                { 
    170171                        // Element property Microscope which is complex (has 
    171172                        // sub-elements) 
    172173                        setMicroscope(new Microscope( 
    173                                         (Element) Microscope_nodeList.item(0), model)); 
     174                                        (Element) Microscope_nodeList.get(0), model)); 
    174175                } 
    175176                // Element property LightSource which is complex (has 
     
    177178                // object type is also abstract so we need to have a handler for 
    178179                // each "subclass". 
    179                 NodeList LightSource_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSource"); 
    180                 for (int i = 0; i < LightSource_nodeList.getLength(); i++) 
    181                 { 
    182                         Element LightSource_element = (Element) LightSource_nodeList.item(i); 
    183                         NodeList Laser_nodeList =  
    184                                         LightSource_element.getElementsByTagName("Laser"); 
    185                         for (int j = 0; j < Laser_nodeList.getLength(); j++) 
    186                         { 
    187                                 Element Laser_element = (Element) Laser_nodeList.item(j); 
     180                List<Element> LightSource_nodeList = 
     181                                getChildrenByTagName(element, "LightSource"); 
     182                for (Element LightSource_element : LightSource_nodeList) 
     183                { 
     184                        List<Element> Laser_nodeList =  
     185                                        getChildrenByTagName(LightSource_element, "Laser"); 
     186                        for (Element Laser_element : Laser_nodeList) 
     187                        { 
    188188                                Laser o = new Laser(LightSource_element, model); 
    189189                                o.update(Laser_element, model); 
    190190                                addLightSource(o); 
    191191                        } 
    192                         NodeList Filament_nodeList =  
    193                                         LightSource_element.getElementsByTagName("Filament"); 
    194                         for (int j = 0; j < Filament_nodeList.getLength(); j++) 
    195                         { 
    196                                 Element Filament_element = (Element) Filament_nodeList.item(j); 
     192                        List<Element> Filament_nodeList =  
     193                                        getChildrenByTagName(LightSource_element, "Filament"); 
     194                        for (Element Filament_element : Filament_nodeList) 
     195                        { 
    197196                                Filament o = new Filament(LightSource_element, model); 
    198197                                o.update(Filament_element, model); 
    199198                                addLightSource(o); 
    200199                        } 
    201                         NodeList Arc_nodeList =  
    202                                         LightSource_element.getElementsByTagName("Arc"); 
    203                         for (int j = 0; j < Arc_nodeList.getLength(); j++) 
    204                         { 
    205                                 Element Arc_element = (Element) Arc_nodeList.item(j); 
     200                        List<Element> Arc_nodeList =  
     201                                        getChildrenByTagName(LightSource_element, "Arc"); 
     202                        for (Element Arc_element : Arc_nodeList) 
     203                        { 
    206204                                Arc o = new Arc(LightSource_element, model); 
    207205                                o.update(Arc_element, model); 
    208206                                addLightSource(o); 
    209207                        } 
    210                         NodeList LightEmittingDiode_nodeList =  
    211                                         LightSource_element.getElementsByTagName("LightEmittingDiode"); 
    212                         for (int j = 0; j < LightEmittingDiode_nodeList.getLength(); j++) 
    213                         { 
    214                                 Element LightEmittingDiode_element = (Element) LightEmittingDiode_nodeList.item(j); 
     208                        List<Element> LightEmittingDiode_nodeList =  
     209                                        getChildrenByTagName(LightSource_element, "LightEmittingDiode"); 
     210                        for (Element LightEmittingDiode_element : LightEmittingDiode_nodeList) 
     211                        { 
    215212                                LightEmittingDiode o = new LightEmittingDiode(LightSource_element, model); 
    216213                                o.update(LightEmittingDiode_element, model); 
     
    220217                // Element property Detector which is complex (has 
    221218                // sub-elements) and occurs more than once 
    222                 NodeList Detector_nodeList = element.getElementsByTagName("Detector"); 
    223                 for (int i = 0; i < Detector_nodeList.getLength(); i++) 
    224                 { 
    225                         Element Detector_element = (Element) Detector_nodeList.item(i); 
     219                List<Element> Detector_nodeList = 
     220                                getChildrenByTagName(element, "Detector"); 
     221                for (Element Detector_element : Detector_nodeList) 
     222                { 
    226223                        addDetector( 
    227224                                        new Detector(Detector_element, model)); 
     
    229226                // Element property Objective which is complex (has 
    230227                // sub-elements) and occurs more than once 
    231                 NodeList Objective_nodeList = element.getElementsByTagName("Objective"); 
    232                 for (int i = 0; i < Objective_nodeList.getLength(); i++) 
    233                 { 
    234                         Element Objective_element = (Element) Objective_nodeList.item(i); 
     228                List<Element> Objective_nodeList = 
     229                                getChildrenByTagName(element, "Objective"); 
     230                for (Element Objective_element : Objective_nodeList) 
     231                { 
    235232                        addObjective( 
    236233                                        new Objective(Objective_element, model)); 
     
    238235                // Element property FilterSet which is complex (has 
    239236                // sub-elements) and occurs more than once 
    240                 NodeList FilterSet_nodeList = element.getElementsByTagName("FilterSet"); 
    241                 for (int i = 0; i < FilterSet_nodeList.getLength(); i++) 
    242                 { 
    243                         Element FilterSet_element = (Element) FilterSet_nodeList.item(i); 
     237                List<Element> FilterSet_nodeList = 
     238                                getChildrenByTagName(element, "FilterSet"); 
     239                for (Element FilterSet_element : FilterSet_nodeList) 
     240                { 
    244241                        addFilterSet( 
    245242                                        new FilterSet(FilterSet_element, model)); 
     
    247244                // Element property Filter which is complex (has 
    248245                // sub-elements) and occurs more than once 
    249                 NodeList Filter_nodeList = element.getElementsByTagName("Filter"); 
    250                 for (int i = 0; i < Filter_nodeList.getLength(); i++) 
    251                 { 
    252                         Element Filter_element = (Element) Filter_nodeList.item(i); 
     246                List<Element> Filter_nodeList = 
     247                                getChildrenByTagName(element, "Filter"); 
     248                for (Element Filter_element : Filter_nodeList) 
     249                { 
    253250                        addFilter( 
    254251                                        new Filter(Filter_element, model)); 
     
    256253                // Element property Dichroic which is complex (has 
    257254                // sub-elements) and occurs more than once 
    258                 NodeList Dichroic_nodeList = element.getElementsByTagName("Dichroic"); 
    259                 for (int i = 0; i < Dichroic_nodeList.getLength(); i++) 
    260                 { 
    261                         Element Dichroic_element = (Element) Dichroic_nodeList.item(i); 
     255                List<Element> Dichroic_nodeList = 
     256                                getChildrenByTagName(element, "Dichroic"); 
     257                for (Element Dichroic_element : Dichroic_nodeList) 
     258                { 
    262259                        addDichroic( 
    263260                                        new Dichroic(Dichroic_element, model)); 
     
    265262                // Element property OTF which is complex (has 
    266263                // sub-elements) and occurs more than once 
    267                 NodeList OTF_nodeList = element.getElementsByTagName("OTF"); 
    268                 for (int i = 0; i < OTF_nodeList.getLength(); i++) 
    269                 { 
    270                         Element OTF_element = (Element) OTF_nodeList.item(i); 
     264                List<Element> OTF_nodeList = 
     265                                getChildrenByTagName(element, "OTF"); 
     266                for (Element OTF_element : OTF_nodeList) 
     267                { 
    271268                        addOTF( 
    272269                                        new OTF(OTF_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/InstrumentRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Laser.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    125125        public void update(Element element, OMEModel model) 
    126126            throws EnumerationException 
    127         {        
     127        { 
    128128                super.update(element, model); 
    129129                String tagName = element.getTagName(); 
     
    187187                } 
    188188                // Element reference Pump 
    189                 NodeList Pump_nodeList = element.getElementsByTagName("Pump"); 
    190                 for (int i = 0; i < Pump_nodeList.getLength(); i++) 
    191                 { 
    192                         Element Pump_element = (Element) Pump_nodeList.item(i); 
     189                List<Element> Pump_nodeList = 
     190                                getChildrenByTagName(element, "Pump"); 
     191                for (Element Pump_element : Pump_nodeList) 
     192                { 
    193193                        Pump pump_reference = new Pump(); 
    194194                        pump_reference.setID(Pump_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Leader.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightEmittingDiode.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public void update(Element element, OMEModel model) 
    9999            throws EnumerationException 
    100         {        
     100        { 
    101101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightPath.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public void update(Element element, OMEModel model) 
    108108            throws EnumerationException 
    109         {        
     109        { 
    110110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
     
    121121                } 
    122122                // Element reference ExcitationFilterRef 
    123                 NodeList ExcitationFilterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExcitationFilterRef"); 
    124                 for (int i = 0; i < ExcitationFilterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    125                 { 
    126                         Element ExcitationFilterRef_element = (Element) ExcitationFilterRef_nodeList.item(i); 
     123                List<Element> ExcitationFilterRef_nodeList = 
     124                                getChildrenByTagName(element, "ExcitationFilterRef"); 
     125                for (Element ExcitationFilterRef_element : ExcitationFilterRef_nodeList) 
     126                { 
    127127                        ExcitationFilterRef excitationFilterList_reference = new ExcitationFilterRef(); 
    128128                        excitationFilterList_reference.setID(ExcitationFilterRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    130130                } 
    131131                // Element reference DichroicRef 
    132                 NodeList DichroicRef_nodeList = element.getElementsByTagName("DichroicRef"); 
    133                 for (int i = 0; i < DichroicRef_nodeList.getLength(); i++) 
    134                 { 
    135                         Element DichroicRef_element = (Element) DichroicRef_nodeList.item(i); 
     132                List<Element> DichroicRef_nodeList = 
     133                                getChildrenByTagName(element, "DichroicRef"); 
     134                for (Element DichroicRef_element : DichroicRef_nodeList) 
     135                { 
    136136                        DichroicRef dichroic_reference = new DichroicRef(); 
    137137                        dichroic_reference.setID(DichroicRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    139139                } 
    140140                // Element reference EmissionFilterRef 
    141                 NodeList EmissionFilterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("EmissionFilterRef"); 
    142                 for (int i = 0; i < EmissionFilterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    143                 { 
    144                         Element EmissionFilterRef_element = (Element) EmissionFilterRef_nodeList.item(i); 
     141                List<Element> EmissionFilterRef_nodeList = 
     142                                getChildrenByTagName(element, "EmissionFilterRef"); 
     143                for (Element EmissionFilterRef_element : EmissionFilterRef_nodeList) 
     144                { 
    145145                        EmissionFilterRef emissionFilterList_reference = new EmissionFilterRef(); 
    146146                        emissionFilterList_reference.setID(EmissionFilterRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSource.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    112112        public void update(Element element, OMEModel model) 
    113113            throws EnumerationException 
    114         {        
     114        { 
    115115                super.update(element, model); 
    116116                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 
     
    134134                                        element.getAttribute("Power"))); 
    135135                } 
    136                 NodeList Laser_nodeList = element.getElementsByTagName("Laser"); 
    137                 if (Laser_nodeList.getLength() > 1) 
     136                List<Element> Laser_nodeList = 
     137                                getChildrenByTagName(element, "Laser"); 
     138                if (Laser_nodeList.size() > 1) 
    138139                { 
    139140                        // TODO: Should be its own Exception 
    140141                        throw new RuntimeException(String.format( 
    141142                                        "Laser node list size %d != 1", 
    142                                         Laser_nodeList.getLength())); 
    143                 } 
    144                 else if (Laser_nodeList.getLength() != 0) 
    145                 { 
    146                 } 
    147                 NodeList Filament_nodeList = element.getElementsByTagName("Filament"); 
    148                 if (Filament_nodeList.getLength() > 1) 
     143                                        Laser_nodeList.size())); 
     144                } 
     145                else if (Laser_nodeList.size() != 0) 
     146                { 
     147                } 
     148                List<Element> Filament_nodeList = 
     149                                getChildrenByTagName(element, "Filament"); 
     150                if (Filament_nodeList.size() > 1) 
    149151                { 
    150152                        // TODO: Should be its own Exception 
    151153                        throw new RuntimeException(String.format( 
    152154                                        "Filament node list size %d != 1", 
    153                                         Filament_nodeList.getLength())); 
    154                 } 
    155                 else if (Filament_nodeList.getLength() != 0) 
    156                 { 
    157                 } 
    158                 NodeList Arc_nodeList = element.getElementsByTagName("Arc"); 
    159                 if (Arc_nodeList.getLength() > 1) 
     155                                        Filament_nodeList.size())); 
     156                } 
     157                else if (Filament_nodeList.size() != 0) 
     158                { 
     159                } 
     160                List<Element> Arc_nodeList = 
     161                                getChildrenByTagName(element, "Arc"); 
     162                if (Arc_nodeList.size() > 1) 
    160163                { 
    161164                        // TODO: Should be its own Exception 
    162165                        throw new RuntimeException(String.format( 
    163166                                        "Arc node list size %d != 1", 
    164                                         Arc_nodeList.getLength())); 
    165                 } 
    166                 else if (Arc_nodeList.getLength() != 0) 
    167                 { 
    168                 } 
    169                 NodeList LightEmittingDiode_nodeList = element.getElementsByTagName("LightEmittingDiode"); 
    170                 if (LightEmittingDiode_nodeList.getLength() > 1) 
     167                                        Arc_nodeList.size())); 
     168                } 
     169                else if (Arc_nodeList.size() != 0) 
     170                { 
     171                } 
     172                List<Element> LightEmittingDiode_nodeList = 
     173                                getChildrenByTagName(element, "LightEmittingDiode"); 
     174                if (LightEmittingDiode_nodeList.size() > 1) 
    171175                { 
    172176                        // TODO: Should be its own Exception 
    173177                        throw new RuntimeException(String.format( 
    174178                                        "LightEmittingDiode node list size %d != 1", 
    175                                         LightEmittingDiode_nodeList.getLength())); 
    176                 } 
    177                 else if (LightEmittingDiode_nodeList.getLength() != 0) 
     179                                        LightEmittingDiode_nodeList.size())); 
     180                } 
     181                else if (LightEmittingDiode_nodeList.size() != 0) 
    178182                { 
    179183                } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSourceSettings.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public void update(Element element, OMEModel model) 
    108108            throws EnumerationException 
    109         {        
     109        { 
    110110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Line.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ListAnnotation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
     
    115115                } 
    116116                // Element reference AnnotationRef 
    117                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    118                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    119                 { 
    120                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     117                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     118                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     119                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     120                { 
    121121                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    122122                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LongAnnotation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
     
    114114                        //              tagName)); 
    115115                } 
    116                 NodeList Value_nodeList = element.getElementsByTagName("Value"); 
    117                 if (Value_nodeList.getLength() > 1) 
     116                List<Element> Value_nodeList = 
     117                                getChildrenByTagName(element, "Value"); 
     118                if (Value_nodeList.size() > 1) 
    118119                { 
    119120                        // TODO: Should be its own Exception 
    120121                        throw new RuntimeException(String.format( 
    121122                                        "Value node list size %d != 1", 
    122                                         Value_nodeList.getLength())); 
     123                                        Value_nodeList.size())); 
    123124                } 
    124                 else if (Value_nodeList.getLength() != 0) 
     125                else if (Value_nodeList.size() != 0) 
    125126                { 
    126127                        // Element property Value which is not complex (has no 
    127128                        // sub-elements) 
    128129                        setValue( 
    129                                         Long.valueOf(Value_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     130                                        Long.valueOf(Value_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    130131                } 
    131132        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ManufacturerSpec.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Mask.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    107107        public void update(Element element, OMEModel model) 
    108108            throws EnumerationException 
    109         {        
     109        { 
    110110                super.update(element, model); 
    111111                String tagName = element.getTagName(); 
     
    134134                // Element property BinData which is complex (has 
    135135                // sub-elements) and occurs more than once 
    136                 NodeList BinData_nodeList = element.getElementsByTagName("BinData"); 
    137                 for (int i = 0; i < BinData_nodeList.getLength(); i++) 
    138                 { 
    139                         Element BinData_element = (Element) BinData_nodeList.item(i); 
     136                List<Element> BinData_nodeList = 
     137                                getChildrenByTagName(element, "BinData"); 
     138                for (Element BinData_element : BinData_nodeList) 
     139                { 
    140140                        addBinData( 
    141141                                        new BinData(BinData_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MetadataOnly.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public void update(Element element, OMEModel model) 
    9999            throws EnumerationException 
    100         {        
     100        { 
    101101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulation.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    116116        public void update(Element element, OMEModel model) 
    117117            throws EnumerationException 
    118         {        
     118        { 
    119119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
     
    150150                } 
    151151                // Element reference ROIRef 
    152                 NodeList ROIRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ROIRef"); 
    153                 for (int i = 0; i < ROIRef_nodeList.getLength(); i++) 
    154                 { 
    155                         Element ROIRef_element = (Element) ROIRef_nodeList.item(i); 
     152                List<Element> ROIRef_nodeList = 
     153                                getChildrenByTagName(element, "ROIRef"); 
     154                for (Element ROIRef_element : ROIRef_nodeList) 
     155                { 
    156156                        ROIRef roiList_reference = new ROIRef(); 
    157157                        roiList_reference.setID(ROIRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    159159                } 
    160160                // Element reference ExperimenterRef 
    161                 NodeList ExperimenterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExperimenterRef"); 
    162                 for (int i = 0; i < ExperimenterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    163                 { 
    164                         Element ExperimenterRef_element = (Element) ExperimenterRef_nodeList.item(i); 
     161                List<Element> ExperimenterRef_nodeList = 
     162                                getChildrenByTagName(element, "ExperimenterRef"); 
     163                for (Element ExperimenterRef_element : ExperimenterRef_nodeList) 
     164                { 
    165165                        ExperimenterRef experimenter_reference = new ExperimenterRef(); 
    166166                        experimenter_reference.setID(ExperimenterRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    169169                // Element property LightSourceSettings which is complex (has 
    170170                // sub-elements) and occurs more than once 
    171                 NodeList LightSourceSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("LightSourceSettings"); 
    172                 for (int i = 0; i < LightSourceSettings_nodeList.getLength(); i++) 
    173                 { 
    174                         Element LightSourceSettings_element = (Element) LightSourceSettings_nodeList.item(i); 
     171                List<Element> LightSourceSettings_nodeList = 
     172                                getChildrenByTagName(element, "LightSourceSettings"); 
     173                for (Element LightSourceSettings_element : LightSourceSettings_nodeList) 
     174                { 
    175175                        addLightSourceSettings( 
    176176                                        new LightSourceSettings(LightSourceSettings_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulationRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Microscope.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OME.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    134134        public void update(Element element, OMEModel model) 
    135135            throws EnumerationException 
    136         {        
     136        { 
    137137                super.update(element, model); 
    138138                String tagName = element.getTagName(); 
     
    155155                // Element property Project which is complex (has 
    156156                // sub-elements) and occurs more than once 
    157                 NodeList Project_nodeList = element.getElementsByTagName("Project"); 
    158                 for (int i = 0; i < Project_nodeList.getLength(); i++) 
    159                 { 
    160                         Element Project_element = (Element) Project_nodeList.item(i); 
     157                List<Element> Project_nodeList = 
     158                                getChildrenByTagName(element, "Project"); 
     159                for (Element Project_element : Project_nodeList) 
     160                { 
    161161                        addProject( 
    162162                                        new Project(Project_element, model)); 
     
    164164                // Element property Dataset which is complex (has 
    165165                // sub-elements) and occurs more than once 
    166                 NodeList Dataset_nodeList = element.getElementsByTagName("Dataset"); 
    167                 for (int i = 0; i < Dataset_nodeList.getLength(); i++) 
    168                 { 
    169                         Element Dataset_element = (Element) Dataset_nodeList.item(i); 
     166                List<Element> Dataset_nodeList = 
     167                                getChildrenByTagName(element, "Dataset"); 
     168                for (Element Dataset_element : Dataset_nodeList) 
     169                { 
    170170                        addDataset( 
    171171                                        new Dataset(Dataset_element, model)); 
     
    173173                // Element property Experiment which is complex (has 
    174174                // sub-elements) and occurs more than once 
    175                 NodeList Experiment_nodeList = element.getElementsByTagName("Experiment"); 
    176                 for (int i = 0; i < Experiment_nodeList.getLength(); i++) 
    177                 { 
    178                         Element Experiment_element = (Element) Experiment_nodeList.item(i); 
     175                List<Element> Experiment_nodeList = 
     176                                getChildrenByTagName(element, "Experiment"); 
     177                for (Element Experiment_element : Experiment_nodeList) 
     178                { 
    179179                        addExperiment( 
    180180                                        new Experiment(Experiment_element, model)); 
     
    182182                // Element property Plate which is complex (has 
    183183                // sub-elements) and occurs more than once 
    184                 NodeList Plate_nodeList = element.getElementsByTagName("Plate"); 
    185                 for (int i = 0; i < Plate_nodeList.getLength(); i++) 
    186                 { 
    187                         Element Plate_element = (Element) Plate_nodeList.item(i); 
     184                List<Element> Plate_nodeList = 
     185                                getChildrenByTagName(element, "Plate"); 
     186                for (Element Plate_element : Plate_nodeList) 
     187                { 
    188188                        addPlate( 
    189189                                        new Plate(Plate_element, model)); 
     
    191191                // Element property Screen which is complex (has 
    192192                // sub-elements) and occurs more than once 
    193                 NodeList Screen_nodeList = element.getElementsByTagName("Screen"); 
    194                 for (int i = 0; i < Screen_nodeList.getLength(); i++) 
    195                 { 
    196                         Element Screen_element = (Element) Screen_nodeList.item(i); 
     193                List<Element> Screen_nodeList = 
     194                                getChildrenByTagName(element, "Screen"); 
     195                for (Element Screen_element : Screen_nodeList) 
     196                { 
    197197                        addScreen( 
    198198                                        new Screen(Screen_element, model)); 
     
    200200                // Element property Experimenter which is complex (has 
    201201                // sub-elements) and occurs more than once 
    202                 NodeList Experimenter_nodeList = element.getElementsByTagName("Experimenter"); 
    203                 for (int i = 0; i < Experimenter_nodeList.getLength(); i++) 
    204                 { 
    205                         Element Experimenter_element = (Element) Experimenter_nodeList.item(i); 
     202                List<Element> Experimenter_nodeList = 
     203                                getChildrenByTagName(element, "Experimenter"); 
     204                for (Element Experimenter_element : Experimenter_nodeList) 
     205                { 
    206206                        addExperimenter( 
    207207                                        new Experimenter(Experimenter_element, model)); 
     
    209209                // Element property Group which is complex (has 
    210210                // sub-elements) and occurs more than once 
    211                 NodeList Group_nodeList = element.getElementsByTagName("Group"); 
    212                 for (int i = 0; i < Group_nodeList.getLength(); i++) 
    213                 { 
    214                         Element Group_element = (Element) Group_nodeList.item(i); 
     211                List<Element> Group_nodeList = 
     212                                getChildrenByTagName(element, "Group"); 
     213                for (Element Group_element : Group_nodeList) 
     214                { 
    215215                        addGroup( 
    216216                                        new Group(Group_element, model)); 
     
    218218                // Element property Instrument which is complex (has 
    219219                // sub-elements) and occurs more than once 
    220                 NodeList Instrument_nodeList = element.getElementsByTagName("Instrument"); 
    221                 for (int i = 0; i < Instrument_nodeList.getLength(); i++) 
    222                 { 
    223                         Element Instrument_element = (Element) Instrument_nodeList.item(i); 
     220                List<Element> Instrument_nodeList = 
     221                                getChildrenByTagName(element, "Instrument"); 
     222                for (Element Instrument_element : Instrument_nodeList) 
     223                { 
    224224                        addInstrument( 
    225225                                        new Instrument(Instrument_element, model)); 
     
    227227                // Element property Image which is complex (has 
    228228                // sub-elements) and occurs more than once 
    229                 NodeList Image_nodeList = element.getElementsByTagName("Image"); 
    230                 for (int i = 0; i < Image_nodeList.getLength(); i++) 
    231                 { 
    232                         Element Image_element = (Element) Image_nodeList.item(i); 
     229                List<Element> Image_nodeList = 
     230                                getChildrenByTagName(element, "Image"); 
     231                for (Element Image_element : Image_nodeList) 
     232                { 
    233233                        addImage( 
    234234                                        new Image(Image_element, model)); 
    235235                } 
    236                 NodeList StructuredAnnotations_nodeList = element.getElementsByTagName("StructuredAnnotations"); 
    237                 if (StructuredAnnotations_nodeList.getLength() > 1) 
     236                List<Element> StructuredAnnotations_nodeList = 
     237                                getChildrenByTagName(element, "StructuredAnnotations"); 
     238                if (StructuredAnnotations_nodeList.size() > 1) 
    238239                { 
    239240                        // TODO: Should be its own Exception 
    240241                        throw new RuntimeException(String.format( 
    241242                                        "StructuredAnnotations node list size %d != 1", 
    242                                         StructuredAnnotations_nodeList.getLength())); 
    243                 } 
    244                 else if (StructuredAnnotations_nodeList.getLength() != 0) 
     243                                        StructuredAnnotations_nodeList.size())); 
     244                } 
     245                else if (StructuredAnnotations_nodeList.size() != 0) 
    245246                { 
    246247                        // Element property StructuredAnnotations which is complex (has 
    247248                        // sub-elements) 
    248249                        setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations( 
    249                                         (Element) StructuredAnnotations_nodeList.item(0), model)); 
     250                                        (Element) StructuredAnnotations_nodeList.get(0), model)); 
    250251                } 
    251252                // Element property ROI which is complex (has 
    252253                // sub-elements) and occurs more than once 
    253                 NodeList ROI_nodeList = element.getElementsByTagName("ROI"); 
    254                 for (int i = 0; i < ROI_nodeList.getLength(); i++) 
    255                 { 
    256                         Element ROI_element = (Element) ROI_nodeList.item(i); 
     254                List<Element> ROI_nodeList = 
     255                                getChildrenByTagName(element, "ROI"); 
     256                for (Element ROI_element : ROI_nodeList) 
     257                { 
    257258                        addROI( 
    258259                                        new ROI(ROI_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTF.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        public void update(Element element, OMEModel model) 
    129129            throws EnumerationException 
    130         {        
     130        { 
    131131                super.update(element, model); 
    132132                String tagName = element.getTagName(); 
     
    179179                                        element.getAttribute("OpticalAxisAveraged"))); 
    180180                } 
    181                 NodeList ObjectiveSettings_nodeList = element.getElementsByTagName("ObjectiveSettings"); 
    182                 if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() > 1) 
     181                List<Element> ObjectiveSettings_nodeList = 
     182                                getChildrenByTagName(element, "ObjectiveSettings"); 
     183                if (ObjectiveSettings_nodeList.size() > 1) 
    183184                { 
    184185                        // TODO: Should be its own Exception 
    185186                        throw new RuntimeException(String.format( 
    186187                                        "ObjectiveSettings node list size %d != 1", 
    187                                         ObjectiveSettings_nodeList.getLength())); 
    188                 } 
    189                 else if (ObjectiveSettings_nodeList.getLength() != 0) 
     188                                        ObjectiveSettings_nodeList.size())); 
     189                } 
     190                else if (ObjectiveSettings_nodeList.size() != 0) 
    190191                { 
    191192                        // Element property ObjectiveSettings which is complex (has 
    192193                        // sub-elements) 
    193194                        setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings( 
    194                                         (Element) ObjectiveSettings_nodeList.item(0), model)); 
     195                                        (Element) ObjectiveSettings_nodeList.get(0), model)); 
    195196                } 
    196197                // Element reference FilterSetRef 
    197                 NodeList FilterSetRef_nodeList = element.getElementsByTagName("FilterSetRef"); 
    198                 for (int i = 0; i < FilterSetRef_nodeList.getLength(); i++) 
    199                 { 
    200                         Element FilterSetRef_element = (Element) FilterSetRef_nodeList.item(i); 
     198                List<Element> FilterSetRef_nodeList = 
     199                                getChildrenByTagName(element, "FilterSetRef"); 
     200                for (Element FilterSetRef_element : FilterSetRef_nodeList) 
     201                { 
    201202                        FilterSetRef filterSet_reference = new FilterSetRef(); 
    202203                        filterSet_reference.setID(FilterSetRef_element.getAttribute("ID")); 
    203204                        model.addReference(this, filterSet_reference); 
    204205                } 
    205                 NodeList BinaryFile_nodeList = element.getElementsByTagName("BinaryFile"); 
    206                 if (BinaryFile_nodeList.getLength() > 1) 
     206                List<Element> BinaryFile_nodeList = 
     207                                getChildrenByTagName(element, "BinaryFile"); 
     208                if (BinaryFile_nodeList.size() > 1) 
    207209                { 
    208210                        // TODO: Should be its own Exception 
    209211                        throw new RuntimeException(String.format( 
    210212                                        "BinaryFile node list size %d != 1", 
    211                                         BinaryFile_nodeList.getLength())); 
    212                 } 
    213                 else if (BinaryFile_nodeList.getLength() != 0) 
     213                                        BinaryFile_nodeList.size())); 
     214                } 
     215                else if (BinaryFile_nodeList.size() != 0) 
    214216                { 
    215217                        // Element property BinaryFile which is complex (has 
    216218                        // sub-elements) 
    217219                        setBinaryFile(new BinaryFile( 
    218                                         (Element) BinaryFile_nodeList.item(0), model)); 
     220                                        (Element) BinaryFile_nodeList.get(0), model)); 
    219221                } 
    220222                // *** IGNORING *** Skipped back reference Channel_BackReference 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTFRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Objective.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        public void update(Element element, OMEModel model) 
    123123            throws EnumerationException 
    124         {        
     124        { 
    125125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ObjectiveSettings.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Path.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pixels.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    152152        public void update(Element element, OMEModel model) 
    153153            throws EnumerationException 
    154         {        
     154        { 
    155155                super.update(element, model); 
    156156                String tagName = element.getTagName(); 
     
    247247                // Element property Channel which is complex (has 
    248248                // sub-elements) and occurs more than once 
    249                 NodeList Channel_nodeList = element.getElementsByTagName("Channel"); 
    250                 for (int i = 0; i < Channel_nodeList.getLength(); i++) 
    251                 { 
    252                         Element Channel_element = (Element) Channel_nodeList.item(i); 
     249                List<Element> Channel_nodeList = 
     250                                getChildrenByTagName(element, "Channel"); 
     251                for (Element Channel_element : Channel_nodeList) 
     252                { 
    253253                        addChannel( 
    254254                                        new Channel(Channel_element, model)); 
     
    256256                // Element property BinData which is complex (has 
    257257                // sub-elements) and occurs more than once 
    258                 NodeList BinData_nodeList = element.getElementsByTagName("BinData"); 
    259                 for (int i = 0; i < BinData_nodeList.getLength(); i++) 
    260                 { 
    261                         Element BinData_element = (Element) BinData_nodeList.item(i); 
     258                List<Element> BinData_nodeList = 
     259                                getChildrenByTagName(element, "BinData"); 
     260                for (Element BinData_element : BinData_nodeList) 
     261                { 
    262262                        addBinData( 
    263263                                        new BinData(BinData_element, model)); 
     
    265265                // Element property TiffData which is complex (has 
    266266                // sub-elements) and occurs more than once 
    267                 NodeList TiffData_nodeList = element.getElementsByTagName("TiffData"); 
    268                 for (int i = 0; i < TiffData_nodeList.getLength(); i++) 
    269                 { 
    270                         Element TiffData_element = (Element) TiffData_nodeList.item(i); 
     267                List<Element> TiffData_nodeList = 
     268                                getChildrenByTagName(element, "TiffData"); 
     269                for (Element TiffData_element : TiffData_nodeList) 
     270                { 
    271271                        addTiffData( 
    272272                                        new TiffData(TiffData_element, model)); 
    273273                } 
    274                 NodeList MetadataOnly_nodeList = element.getElementsByTagName("MetadataOnly"); 
    275                 if (MetadataOnly_nodeList.getLength() > 1) 
     274                List<Element> MetadataOnly_nodeList = 
     275                                getChildrenByTagName(element, "MetadataOnly"); 
     276                if (MetadataOnly_nodeList.size() > 1) 
    276277                { 
    277278                        // TODO: Should be its own Exception 
    278279                        throw new RuntimeException(String.format( 
    279280                                        "MetadataOnly node list size %d != 1", 
    280                                         MetadataOnly_nodeList.getLength())); 
    281                 } 
    282                 else if (MetadataOnly_nodeList.getLength() != 0) 
     281                                        MetadataOnly_nodeList.size())); 
     282                } 
     283                else if (MetadataOnly_nodeList.size() != 0) 
    283284                { 
    284285                        // Element property MetadataOnly which is complex (has 
    285286                        // sub-elements) 
    286287                        setMetadataOnly(new MetadataOnly( 
    287                                         (Element) MetadataOnly_nodeList.item(0), model)); 
     288                                        (Element) MetadataOnly_nodeList.get(0), model)); 
    288289                } 
    289290                // Element property Plane which is complex (has 
    290291                // sub-elements) and occurs more than once 
    291                 NodeList Plane_nodeList = element.getElementsByTagName("Plane"); 
    292                 for (int i = 0; i < Plane_nodeList.getLength(); i++) 
    293                 { 
    294                         Element Plane_element = (Element) Plane_nodeList.item(i); 
     292                List<Element> Plane_nodeList = 
     293                                getChildrenByTagName(element, "Plane"); 
     294                for (Element Plane_element : Plane_nodeList) 
     295                { 
    295296                        addPlane( 
    296297                                        new Plane(Plane_element, model)); 
    297298                } 
    298299                // Element reference AnnotationRef 
    299                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    300                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    301                 { 
    302                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     300                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     301                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     302                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     303                { 
    303304                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    304305                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plane.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        public void update(Element element, OMEModel model) 
    129129            throws EnumerationException 
    130         {        
     130        { 
    131131                super.update(element, model); 
    132132                String tagName = element.getTagName(); 
     
    189189                                        element.getAttribute("TheT"))); 
    190190                } 
    191                 NodeList HashSHA1_nodeList = element.getElementsByTagName("HashSHA1"); 
    192                 if (HashSHA1_nodeList.getLength() > 1) 
     191                List<Element> HashSHA1_nodeList = 
     192                                getChildrenByTagName(element, "HashSHA1"); 
     193                if (HashSHA1_nodeList.size() > 1) 
    193194                { 
    194195                        // TODO: Should be its own Exception 
    195196                        throw new RuntimeException(String.format( 
    196197                                        "HashSHA1 node list size %d != 1", 
    197                                         HashSHA1_nodeList.getLength())); 
    198                 } 
    199                 else if (HashSHA1_nodeList.getLength() != 0) 
     198                                        HashSHA1_nodeList.size())); 
     199                } 
     200                else if (HashSHA1_nodeList.size() != 0) 
    200201                { 
    201202                        // Element property HashSHA1 which is not complex (has no 
    202203                        // sub-elements) 
    203204                        setHashSHA1( 
    204                                         String.valueOf(HashSHA1_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     205                                        String.valueOf(HashSHA1_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    205206                } 
    206207                // Element reference AnnotationRef 
    207                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    208                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    209                 { 
    210                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     208                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     209                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     210                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     211                { 
    211212                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    212213                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plate.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    143143        public void update(Element element, OMEModel model) 
    144144            throws EnumerationException 
    145         {        
     145        { 
    146146                super.update(element, model); 
    147147                String tagName = element.getTagName(); 
     
    224224                                        element.getAttribute("Name"))); 
    225225                } 
    226                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    227                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     226                List<Element> Description_nodeList = 
     227                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     228                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    228229                { 
    229230                        // TODO: Should be its own Exception 
    230231                        throw new RuntimeException(String.format( 
    231232                                        "Description node list size %d != 1", 
    232                                         Description_nodeList.getLength())); 
    233                 } 
    234                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     233                                        Description_nodeList.size())); 
     234                } 
     235                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    235236                { 
    236237                        // Element property Description which is not complex (has no 
    237238                        // sub-elements) 
    238239                        setDescription( 
    239                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     240                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    240241                } 
    241242                // Element reference ScreenRef 
    242                 NodeList ScreenRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ScreenRef"); 
    243                 for (int i = 0; i < ScreenRef_nodeList.getLength(); i++) 
    244                 { 
    245                         Element ScreenRef_element = (Element) ScreenRef_nodeList.item(i); 
     243                List<Element> ScreenRef_nodeList = 
     244                                getChildrenByTagName(element, "ScreenRef"); 
     245                for (Element ScreenRef_element : ScreenRef_nodeList) 
     246                { 
    246247                        ScreenRef screenList_reference = new ScreenRef(); 
    247248                        screenList_reference.setID(ScreenRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    250251                // Element property Well which is complex (has 
    251252                // sub-elements) and occurs more than once 
    252                 NodeList Well_nodeList = element.getElementsByTagName("Well"); 
    253                 for (int i = 0; i < Well_nodeList.getLength(); i++) 
    254                 { 
    255                         Element Well_element = (Element) Well_nodeList.item(i); 
     253                List<Element> Well_nodeList = 
     254                                getChildrenByTagName(element, "Well"); 
     255                for (Element Well_element : Well_nodeList) 
     256                { 
    256257                        addWell( 
    257258                                        new Well(Well_element, model)); 
    258259                } 
    259260                // Element reference AnnotationRef 
    260                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    261                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    262                 { 
    263                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     261                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     262                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     263                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     264                { 
    264265                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    265266                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    268269                // Element property PlateAcquisition which is complex (has 
    269270                // sub-elements) and occurs more than once 
    270                 NodeList PlateAcquisition_nodeList = element.getElementsByTagName("PlateAcquisition"); 
    271                 for (int i = 0; i < PlateAcquisition_nodeList.getLength(); i++) 
    272                 { 
    273                         Element PlateAcquisition_element = (Element) PlateAcquisition_nodeList.item(i); 
     271                List<Element> PlateAcquisition_nodeList = 
     272                                getChildrenByTagName(element, "PlateAcquisition"); 
     273                for (Element PlateAcquisition_element : PlateAcquisition_nodeList) 
     274                { 
    274275                        addPlateAcquisition( 
    275276                                        new PlateAcquisition(PlateAcquisition_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateAcquisition.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        public void update(Element element, OMEModel model) 
    123123            throws EnumerationException 
    124         {        
     124        { 
    125125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
     
    173173                                        element.getAttribute("Name"))); 
    174174                } 
    175                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    176                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     175                List<Element> Description_nodeList = 
     176                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     177                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    177178                { 
    178179                        // TODO: Should be its own Exception 
    179180                        throw new RuntimeException(String.format( 
    180181                                        "Description node list size %d != 1", 
    181                                         Description_nodeList.getLength())); 
    182                 } 
    183                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     182                                        Description_nodeList.size())); 
     183                } 
     184                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    184185                { 
    185186                        // Element property Description which is not complex (has no 
    186187                        // sub-elements) 
    187188                        setDescription( 
    188                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     189                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    189190                } 
    190191                // Element reference WellSampleRef 
    191                 NodeList WellSampleRef_nodeList = element.getElementsByTagName("WellSampleRef"); 
    192                 for (int i = 0; i < WellSampleRef_nodeList.getLength(); i++) 
    193                 { 
    194                         Element WellSampleRef_element = (Element) WellSampleRef_nodeList.item(i); 
     192                List<Element> WellSampleRef_nodeList = 
     193                                getChildrenByTagName(element, "WellSampleRef"); 
     194                for (Element WellSampleRef_element : WellSampleRef_nodeList) 
     195                { 
    195196                        WellSampleRef wellSampleList_reference = new WellSampleRef(); 
    196197                        wellSampleList_reference.setID(WellSampleRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    198199                } 
    199200                // Element reference AnnotationRef 
    200                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    201                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    202                 { 
    203                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     201                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     202                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     203                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     204                { 
    204205                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    205206                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Point.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        public void update(Element element, OMEModel model) 
    105105            throws EnumerationException 
    106         {        
     106        { 
    107107                super.update(element, model); 
    108108                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Polyline.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        public void update(Element element, OMEModel model) 
    105105            throws EnumerationException 
    106         {        
     106        { 
    107107                super.update(element, model); 
    108108                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProfileSet.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    104104        public void update(Element element, OMEModel model) 
    105105            throws EnumerationException 
    106         {        
     106        { 
    107107                super.update(element, model); 
    108108                String tagName = element.getTagName(); 
     
    119119                // Element property ImageProfile which is complex (has 
    120120                // sub-elements) and occurs more than once 
    121                 NodeList ImageProfile_nodeList = element.getElementsByTagName("ImageProfile"); 
    122                 for (int i = 0; i < ImageProfile_nodeList.getLength(); i++) 
    123                 { 
    124                         Element ImageProfile_element = (Element) ImageProfile_nodeList.item(i); 
     121                List<Element> ImageProfile_nodeList = 
     122                                getChildrenByTagName(element, "ImageProfile"); 
     123                for (Element ImageProfile_element : ImageProfile_nodeList) 
     124                { 
    125125                        addImageProfile( 
    126126                                        new ImageProfile(ImageProfile_element, model)); 
     
    128128                // Element property ChannelProfile which is complex (has 
    129129                // sub-elements) and occurs more than once 
    130                 NodeList ChannelProfile_nodeList = element.getElementsByTagName("ChannelProfile"); 
    131                 for (int i = 0; i < ChannelProfile_nodeList.getLength(); i++) 
    132                 { 
    133                         Element ChannelProfile_element = (Element) ChannelProfile_nodeList.item(i); 
     130                List<Element> ChannelProfile_nodeList = 
     131                                getChildrenByTagName(element, "ChannelProfile"); 
     132                for (Element ChannelProfile_element : ChannelProfile_nodeList) 
     133                { 
    134134                        addChannelProfile( 
    135135                                        new ChannelProfile(ChannelProfile_element, model)); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Project.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        public void update(Element element, OMEModel model) 
    120120            throws EnumerationException 
    121         {        
     121        { 
    122122                super.update(element, model); 
    123123                String tagName = element.getTagName(); 
     
    152152                        model.addModelObject(getID(), this); 
    153153                } 
    154                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    155                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     154                List<Element> Description_nodeList = 
     155                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     156                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    156157                { 
    157158                        // TODO: Should be its own Exception 
    158159                        throw new RuntimeException(String.format( 
    159160                                        "Description node list size %d != 1", 
    160                                         Description_nodeList.getLength())); 
    161                 } 
    162                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     161                                        Description_nodeList.size())); 
     162                } 
     163                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    163164                { 
    164165                        // Element property Description which is not complex (has no 
    165166                        // sub-elements) 
    166167                        setDescription( 
    167                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     168                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    168169                } 
    169170                // Element reference ExperimenterRef 
    170                 NodeList ExperimenterRef_nodeList = element.getElementsByTagName("ExperimenterRef"); 
    171                 for (int i = 0; i < ExperimenterRef_nodeList.getLength(); i++) 
    172                 { 
    173                         Element ExperimenterRef_element = (Element) ExperimenterRef_nodeList.item(i); 
     171                List<Element> ExperimenterRef_nodeList = 
     172                                getChildrenByTagName(element, "ExperimenterRef"); 
     173                for (Element ExperimenterRef_element : ExperimenterRef_nodeList) 
     174                { 
    174175                        ExperimenterRef experimenter_reference = new ExperimenterRef(); 
    175176                        experimenter_reference.setID(ExperimenterRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    177178                } 
    178179                // Element reference GroupRef 
    179                 NodeList GroupRef_nodeList = element.getElementsByTagName("GroupRef"); 
    180                 for (int i = 0; i < GroupRef_nodeList.getLength(); i++) 
    181                 { 
    182                         Element GroupRef_element = (Element) GroupRef_nodeList.item(i); 
     180                List<Element> GroupRef_nodeList = 
     181                                getChildrenByTagName(element, "GroupRef"); 
     182                for (Element GroupRef_element : GroupRef_nodeList) 
     183                { 
    183184                        GroupRef group_reference = new GroupRef(); 
    184185                        group_reference.setID(GroupRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    186187                } 
    187188                // Element reference AnnotationRef 
    188                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    189                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    190                 { 
    191                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     189                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     190                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     191                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     192                { 
    192193                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    193194                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProjectRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pump.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROI.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    122122        public void update(Element element, OMEModel model) 
    123123            throws EnumerationException 
    124         {        
     124        { 
    125125                super.update(element, model); 
    126126                String tagName = element.getTagName(); 
     
    161161                                        element.getAttribute("Name"))); 
    162162                } 
    163                 NodeList Union_nodeList = element.getElementsByTagName("Union"); 
    164                 if (Union_nodeList.getLength() > 1) 
     163                List<Element> Union_nodeList = 
     164                                getChildrenByTagName(element, "Union"); 
     165                if (Union_nodeList.size() > 1) 
    165166                { 
    166167                        // TODO: Should be its own Exception 
    167168                        throw new RuntimeException(String.format( 
    168169                                        "Union node list size %d != 1", 
    169                                         Union_nodeList.getLength())); 
    170                 } 
    171                 else if (Union_nodeList.getLength() != 0) 
     170                                        Union_nodeList.size())); 
     171                } 
     172                else if (Union_nodeList.size() != 0) 
    172173                { 
    173174                        // Element property Union which is complex (has 
    174175                        // sub-elements) 
    175176                        setUnion(new Union( 
    176                                         (Element) Union_nodeList.item(0), model)); 
     177                                        (Element) Union_nodeList.get(0), model)); 
    177178                } 
    178179                // Element reference AnnotationRef 
    179                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    180                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    181                 { 
    182                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     180                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     181                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     182                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     183                { 
    183184                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    184185                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
    185186                        model.addReference(this, annotationList_reference); 
    186187                } 
    187                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    188                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     188                List<Element> Description_nodeList = 
     189                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     190                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    189191                { 
    190192                        // TODO: Should be its own Exception 
    191193                        throw new RuntimeException(String.format( 
    192194                                        "Description node list size %d != 1", 
    193                                         Description_nodeList.getLength())); 
    194                 } 
    195                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     195                                        Description_nodeList.size())); 
     196                } 
     197                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    196198                { 
    197199                        // Element property Description which is not complex (has no 
    198200                        // sub-elements) 
    199201                        setDescription( 
    200                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     202                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    201203                } 
    202204                // *** IGNORING *** Skipped back reference Image_BackReference 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROIRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reagent.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    116116        public void update(Element element, OMEModel model) 
    117117            throws EnumerationException 
    118         {        
     118        { 
    119119                super.update(element, model); 
    120120                String tagName = element.getTagName(); 
     
    155155                                        element.getAttribute("Name"))); 
    156156                } 
    157                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    158                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     157                List<Element> Description_nodeList = 
     158                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     159                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    159160                { 
    160161                        // TODO: Should be its own Exception 
    161162                        throw new RuntimeException(String.format( 
    162163                                        "Description node list size %d != 1", 
    163                                         Description_nodeList.getLength())); 
    164                 } 
    165                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     164                                        Description_nodeList.size())); 
     165                } 
     166                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    166167                { 
    167168                        // Element property Description which is not complex (has no 
    168169                        // sub-elements) 
    169170                        setDescription( 
    170                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     171                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    171172                } 
    172173                // Element reference AnnotationRef 
    173                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    174                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    175                 { 
    176                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     174                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     175                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     176                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     177                { 
    177178                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    178179                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ReagentRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Rectangle.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reference.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    109109        public void update(Element element, OMEModel model) 
    110110            throws EnumerationException 
    111         {        
     111        { 
    112112                super.update(element, model); 
    113113                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Screen.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    131131        public void update(Element element, OMEModel model) 
    132132            throws EnumerationException 
    133         {        
     133        { 
    134134                super.update(element, model); 
    135135                String tagName = element.getTagName(); 
     
    194194                                        element.getAttribute("ReagentSetIdentifier"))); 
    195195                } 
    196                 NodeList Description_nodeList = element.getElementsByTagName("Description"); 
    197                 if (Description_nodeList.getLength() > 1) 
     196                List<Element> Description_nodeList = 
     197                                getChildrenByTagName(element, "Description"); 
     198                if (Description_nodeList.size() > 1) 
    198199                { 
    199200                        // TODO: Should be its own Exception 
    200201                        throw new RuntimeException(String.format( 
    201202                                        "Description node list size %d != 1", 
    202                                         Description_nodeList.getLength())); 
    203                 } 
    204                 else if (Description_nodeList.getLength() != 0) 
     203                                        Description_nodeList.size())); 
     204                } 
     205                else if (Description_nodeList.size() != 0) 
    205206                { 
    206207                        // Element property Description which is not complex (has no 
    207208                        // sub-elements) 
    208209                        setDescription( 
    209                                         String.valueOf(Description_nodeList.item(0).getTextContent())); 
     210                                        String.valueOf(Description_nodeList.get(0).getTextContent())); 
    210211                } 
    211212                // Element property Reagent which is complex (has 
    212213                // sub-elements) and occurs more than once 
    213                 NodeList Reagent_nodeList = element.getElementsByTagName("Reagent"); 
    214                 for (int i = 0; i < Reagent_nodeList.getLength(); i++) 
    215                 { 
    216                         Element Reagent_element = (Element) Reagent_nodeList.item(i); 
     214                List<Element> Reagent_nodeList = 
     215                                getChildrenByTagName(element, "Reagent"); 
     216                for (Element Reagent_element : Reagent_nodeList) 
     217                { 
    217218                        addReagent( 
    218219                                        new Reagent(Reagent_element, model)); 
    219220                } 
    220221                // Element reference PlateRef 
    221                 NodeList PlateRef_nodeList = element.getElementsByTagName("PlateRef"); 
    222                 for (int i = 0; i < PlateRef_nodeList.getLength(); i++) 
    223                 { 
    224                         Element PlateRef_element = (Element) PlateRef_nodeList.item(i); 
     222                List<Element> PlateRef_nodeList = 
     223                                getChildrenByTagName(element, "PlateRef"); 
     224                for (Element PlateRef_element : PlateRef_nodeList) 
     225                { 
    225226                        PlateRef plateList_reference = new PlateRef(); 
    226227                        plateList_reference.setID(PlateRef_element.getAttribute("ID")); 
     
    228229                } 
    229230                // Element reference AnnotationRef 
    230                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    231                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    232                 { 
    233                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     231                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     232                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     233                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     234                { 
    234235                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    235236                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ScreenRef.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    101101        public void update(Element element, OMEModel model) 
    102102            throws EnumerationException 
    103         {        
     103        { 
    104104                super.update(element, model); 
    105105                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Settings.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    9898        public void update(Element element, OMEModel model) 
    9999            throws EnumerationException 
    100         {        
     100        { 
    101101                super.update(element, model); 
    102102                String tagName = element.getTagName(); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Shape.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    173173        public void update(Element element, OMEModel model) 
    174174            throws EnumerationException 
    175         {        
     175        { 
    176176                super.update(element, model); 
    177177                if (element.hasAttribute("StrokeDashArray")) 
     
    291291                                        element.getAttribute("Name"))); 
    292292                } 
    293                 NodeList Line_nodeList = element.getElementsByTagName("Line"); 
    294                 if (Line_nodeList.getLength() > 1) 
     293                List<Element> Line_nodeList = 
     294                                getChildrenByTagName(element, "Line"); 
     295                if (Line_nodeList.size() > 1) 
    295296                { 
    296297                        // TODO: Should be its own Exception 
    297298                        throw new RuntimeException(String.format( 
    298299                                        "Line node list size %d != 1", 
    299                                         Line_nodeList.getLength())); 
    300                 } 
    301                 else if (Line_nodeList.getLength() != 0) 
    302                 { 
    303                 } 
    304                 NodeList Rectangle_nodeList = element.getElementsByTagName("Rectangle"); 
    305                 if (Rectangle_nodeList.getLength() > 1) 
     300                                        Line_nodeList.size())); 
     301                } 
     302                else if (Line_nodeList.size() != 0) 
     303                { 
     304                } 
     305                List<Element> Rectangle_nodeList = 
     306                                getChildrenByTagName(element, "Rectangle"); 
     307                if (Rectangle_nodeList.size() > 1) 
    306308                { 
    307309                        // TODO: Should be its own Exception 
    308310                        throw new RuntimeException(String.format( 
    309311                                        "Rectangle node list size %d != 1", 
    310                                         Rectangle_nodeList.getLength())); 
    311                 } 
    312                 else if (Rectangle_nodeList.getLength() != 0) 
    313                 { 
    314                 } 
    315                 NodeList Mask_nodeList = element.getElementsByTagName("Mask"); 
    316                 if (Mask_nodeList.getLength() > 1) 
     312                                        Rectangle_nodeList.size())); 
     313                } 
     314                else if (Rectangle_nodeList.size() != 0) 
     315                { 
     316                } 
     317                List<Element> Mask_nodeList = 
     318                                getChildrenByTagName(element, "Mask"); 
     319                if (Mask_nodeList.size() > 1) 
    317320                { 
    318321                        // TODO: Should be its own Exception 
    319322                        throw new RuntimeException(String.format( 
    320323                                        "Mask node list size %d != 1", 
    321                                         Mask_nodeList.getLength())); 
    322                 } 
    323                 else if (Mask_nodeList.getLength() != 0) 
    324                 { 
    325                 } 
    326                 NodeList Ellipse_nodeList = element.getElementsByTagName("Ellipse"); 
    327                 if (Ellipse_nodeList.getLength() > 1) 
     324                                        Mask_nodeList.size())); 
     325                } 
     326                else if (Mask_nodeList.size() != 0) 
     327                { 
     328                } 
     329                List<Element> Ellipse_nodeList = 
     330                                getChildrenByTagName(element, "Ellipse"); 
     331                if (Ellipse_nodeList.size() > 1) 
    328332                { 
    329333                        // TODO: Should be its own Exception 
    330334                        throw new RuntimeException(String.format( 
    331335                                        "Ellipse node list size %d != 1", 
    332                                         Ellipse_nodeList.getLength())); 
    333                 } 
    334                 else if (Ellipse_nodeList.getLength() != 0) 
    335                 { 
    336                 } 
    337                 NodeList Point_nodeList = element.getElementsByTagName("Point"); 
    338                 if (Point_nodeList.getLength() > 1) 
     336                                        Ellipse_nodeList.size())); 
     337                } 
     338                else if (Ellipse_nodeList.size() != 0) 
     339                { 
     340                } 
     341                List<Element> Point_nodeList = 
     342                                getChildrenByTagName(element, "Point"); 
     343                if (Point_nodeList.size() > 1) 
    339344                { 
    340345                        // TODO: Should be its own Exception 
    341346                        throw new RuntimeException(String.format( 
    342347                                        "Point node list size %d != 1", 
    343                                         Point_nodeList.getLength())); 
    344                 } 
    345                 else if (Point_nodeList.getLength() != 0) 
    346                 { 
    347                 } 
    348                 NodeList Polyline_nodeList = element.getElementsByTagName("Polyline"); 
    349                 if (Polyline_nodeList.getLength() > 1) 
     348                                        Point_nodeList.size())); 
     349                } 
     350                else if (Point_nodeList.size() != 0) 
     351                { 
     352                } 
     353                List<Element> Polyline_nodeList = 
     354                                getChildrenByTagName(element, "Polyline"); 
     355                if (Polyline_nodeList.size() > 1) 
    350356                { 
    351357                        // TODO: Should be its own Exception 
    352358                        throw new RuntimeException(String.format( 
    353359                                        "Polyline node list size %d != 1", 
    354                                         Polyline_nodeList.getLength())); 
    355                 } 
    356                 else if (Polyline_nodeList.getLength() != 0) 
    357                 { 
    358                 } 
    359                 NodeList Path_nodeList = element.getElementsByTagName("Path"); 
    360                 if (Path_nodeList.getLength() > 1) 
     360                                        Polyline_nodeList.size())); 
     361                } 
     362                else if (Polyline_nodeList.size() != 0) 
     363                { 
     364                } 
     365                List<Element> Path_nodeList = 
     366                                getChildrenByTagName(element, "Path"); 
     367                if (Path_nodeList.size() > 1) 
    361368                { 
    362369                        // TODO: Should be its own Exception 
    363370                        throw new RuntimeException(String.format( 
    364371                                        "Path node list size %d != 1", 
    365                                         Path_nodeList.getLength())); 
    366                 } 
    367                 else if (Path_nodeList.getLength() != 0) 
    368                 { 
    369                 } 
    370                 NodeList Text_nodeList = element.getElementsByTagName("Text"); 
    371                 if (Text_nodeList.getLength() > 1) 
     372                                        Path_nodeList.size())); 
     373                } 
     374                else if (Path_nodeList.size() != 0) 
     375                { 
     376                } 
     377                List<Element> Text_nodeList = 
     378                                getChildrenByTagName(element, "Text"); 
     379                if (Text_nodeList.size() > 1) 
    372380                { 
    373381                        // TODO: Should be its own Exception 
    374382                        throw new RuntimeException(String.format( 
    375383                                        "Text node list size %d != 1", 
    376                                         Text_nodeList.getLength())); 
    377                 } 
    378                 else if (Text_nodeList.getLength() != 0) 
     384                                        Text_nodeList.size())); 
     385                } 
     386                else if (Text_nodeList.size() != 0) 
    379387                { 
    380388                } 
    381389                // Element reference AnnotationRef 
    382                 NodeList AnnotationRef_nodeList = element.getElementsByTagName("AnnotationRef"); 
    383                 for (int i = 0; i < AnnotationRef_nodeList.getLength(); i++) 
    384                 { 
    385                         Element AnnotationRef_element = (Element) AnnotationRef_nodeList.item(i); 
     390                List<Element> AnnotationRef_nodeList = 
     391                                getChildrenByTagName(element, "AnnotationRef"); 
     392                for (Element AnnotationRef_element : AnnotationRef_nodeList) 
     393                { 
    386394                        AnnotationRef annotationList_reference = new AnnotationRef(); 
    387395                        annotationList_reference.setID(AnnotationRef_element.getAttribute("ID")); 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StageLabel.java

    r6194 r6195  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-26 21:43:56+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-27 09:14:49+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    110110        public void update(Element element, OMEModel model) 
    111111            throws EnumerationException 
    112         {        
     112        { 
    113113                super.update(element, model); 
    114114&nbs