Changeset 6204


Ignore:
Timestamp:
04/29/10 11:59:09 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

Initial version of OME XML metadata and updated metadata store and retrieve. Re-run of code generation ( ome-xml:r580).

Location:
trunk/components/ome-xml/src/ome/xml
Files:
1 added
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/MetadataRetrieve.java

    r6199 r6204  
    3333 * 
    3434 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-28 16:12:52+0100 
     35 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-29 17:45:10+0100 
    3636 * 
    3737 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    7777 
    7878        // AnnotationRef entity counting 
     79        int getPlateAnnotationRefCount(int plateIndex); 
     80 
     81        int getListAnnotationAnnotationRefCount(int listAnnotationIndex); 
     82 
     83        int getPlateAcquisitionAnnotationRefCount(int plateIndex, int plateAcquisitionIndex); 
     84 
     85        int getImageAnnotationRefCount(int imageIndex); 
     86 
     87        int getScreenAnnotationRefCount(int screenIndex); 
     88 
     89        int getWellAnnotationRefCount(int plateIndex, int wellIndex); 
     90 
    7991        int getROIAnnotationRefCount(int ROIIndex); 
    8092 
     93        int getDatasetAnnotationRefCount(int datasetIndex); 
     94 
     95        int getProjectAnnotationRefCount(int projectIndex); 
     96 
    8197        int getReagentAnnotationRefCount(int screenIndex, int reagentIndex); 
    82  
    83         int getPlateAcquisitionAnnotationRefCount(int plateIndex, int plateAcquisitionIndex); 
    84  
    85         int getPlateAnnotationRefCount(int plateIndex); 
    86  
    87         int getImageAnnotationRefCount(int imageIndex); 
    88  
    89         int getScreenAnnotationRefCount(int screenIndex); 
    90  
    91         int getWellAnnotationRefCount(int plateIndex, int wellIndex); 
    92  
    93         int getDatasetAnnotationRefCount(int datasetIndex); 
    94  
    95         int getProjectAnnotationRefCount(int projectIndex); 
    96  
    97         int getListAnnotationAnnotationRefCount(int listAnnotationIndex); 
    9898 
    9999        int getShapeAnnotationRefCount(int ROIIndex, int shapeIndex); 
     
    121121        // Channel entity counting 
    122122        int getChannelCount(int imageIndex); 
    123  
    124         // ChannelProfile entity counting 
    125         int getChannelProfileCount(); 
    126123 
    127124        // Contact entity counting 
     
    182179        // Image entity counting 
    183180        int getImageCount(); 
    184  
    185         // ImageProfile entity counting 
    186         int getImageProfileCount(); 
    187181 
    188182        // ImageRef entity counting 
     
    301295        // AnnotationRef property storage 
    302296        // 
    303         // {u'ROI': {u'OME': None}, u'Reagent': {u'Screen': {u'OME': None}}, u'PlateAcquisition': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'Plate': {u'OME': None}, u'Image': {u'OME': None}, u'Screen': {u'OME': None}, u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'Dataset': {u'OME': None}, u'Project': {u'OME': None}, u'ListAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}, u'Plane': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'Experimenter': {u'OME': None}, u'WellSample': {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}}, u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     297        // {u'Plate': {u'OME': None}, u'ListAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'PlateAcquisition': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'Image': {u'OME': None}, u'Screen': {u'OME': None}, u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'ROI': {u'OME': None}, u'Dataset': {u'OME': None}, u'Project': {u'OME': None}, u'Reagent': {u'Screen': {u'OME': None}}, u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}, u'Plane': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'Experimenter': {u'OME': None}, u'WellSample': {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}}, u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    304298        // Is multi path? True 
    305299 
     
    333327 
    334328        // 
    335         // BinData property storage 
    336         // 
    337         // {u'BinaryFile': {u'FileAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}}, u'Mask': {u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}}, u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}} 
    338         // Is multi path? True 
    339  
    340         Boolean getBinaryFileBinDataBigEndian(int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    341  
    342         Boolean getMaskBinDataBigEndian(int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    343  
    344         Boolean getPixelsBinDataBigEndian(int imageIndex, int binDataIndex); 
    345  
    346         Compression getBinaryFileBinDataCompression(int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    347  
    348         Compression getMaskBinDataCompression(int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    349  
    350         Compression getPixelsBinDataCompression(int imageIndex, int binDataIndex); 
    351  
    352         NonNegativeInteger getBinaryFileBinDataLength(int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    353  
    354         NonNegativeInteger getMaskBinDataLength(int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    355  
    356         NonNegativeInteger getPixelsBinDataLength(int imageIndex, int binDataIndex); 
    357  
    358         // 
    359329        // BinaryFile property storage 
    360330        // 
     
    362332        // Is multi path? True 
    363333 
    364         String getFileAnnotationBinaryFileBinData(int fileAnnotationIndex); 
    365  
    366         String getOTFBinaryFileBinData(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    367  
    368         String getFileAnnotationBinaryFileExternal(int fileAnnotationIndex); 
    369  
    370         String getOTFBinaryFileExternal(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    371  
     334        // Ignoring BinData element, complex property 
     335        // Ignoring External element, complex property 
    372336        String getFileAnnotationBinaryFileFileName(int fileAnnotationIndex); 
    373337 
     
    388352        // Is multi path? False 
    389353 
     354        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     355        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     356        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    390357        String getBooleanAnnotationID(int booleanAnnotationIndex); 
    391358 
     359        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     360        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    392361        String getBooleanAnnotationNamespace(int booleanAnnotationIndex); 
    393362 
     363        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     364        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     365        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     366        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     367        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     368        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     369        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     370        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     371        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    394372        Boolean getBooleanAnnotationValue(int booleanAnnotationIndex); 
    395373 
     374        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     375        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    396376        // 
    397377        // Channel property storage 
     
    408388        ContrastMethod getChannelContrastMethod(int imageIndex, int channelIndex); 
    409389 
    410         String getChannelDetectorSettings(int imageIndex, int channelIndex); 
    411  
     390        // Ignoring DetectorSettings element, complex property 
    412391        PositiveInteger getChannelEmissionWavelength(int imageIndex, int channelIndex); 
    413392 
     
    422401        IlluminationType getChannelIlluminationType(int imageIndex, int channelIndex); 
    423402 
    424         String getChannelLightPath(int imageIndex, int channelIndex); 
    425  
    426         String getChannelLightSourceSettings(int imageIndex, int channelIndex); 
    427  
     403        // Ignoring LightPath element, complex property 
     404        // Ignoring LightSourceSettings element, complex property 
    428405        Double getChannelNDFilter(int imageIndex, int channelIndex); 
    429406 
     
    439416 
    440417        // 
    441         // ChannelProfile property storage 
    442         // 
    443         // {u'ProfileSet': None} 
    444         // Is multi path? False 
    445  
    446         String getChannelProfileDescription(int channelProfileIndex); 
    447  
    448         String getChannelProfileDetectorSettings(int channelProfileIndex); 
    449  
    450         String getChannelProfileFilterSetRef(int channelProfileIndex); 
    451  
    452         String getChannelProfileLightSourceSettings(int channelProfileIndex); 
    453  
    454         String getChannelProfileName(int channelProfileIndex); 
    455  
    456         String getChannelProfileOTFRef(int channelProfileIndex); 
    457  
    458         ProfileSource getChannelProfileOrigin(int channelProfileIndex); 
    459  
    460         // 
    461418        // Contact property storage 
    462419        // 
     
    484441        String getDatasetID(int datasetIndex); 
    485442 
     443        // Ignoring Image_BackReference back reference 
    486444        String getDatasetName(int datasetIndex); 
    487445 
     
    529487        // DetectorSettings property storage 
    530488        // 
    531         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    532         // Is multi path? True 
    533  
    534         Binning getChannelProfileDetectorSettingsBinning(int channelProfileIndex); 
    535  
    536         Binning getChannelDetectorSettingsBinning(int imageIndex, int channelIndex); 
    537  
    538         Double getChannelProfileDetectorSettingsGain(int channelProfileIndex); 
    539  
    540         Double getChannelDetectorSettingsGain(int imageIndex, int channelIndex); 
    541  
    542         String getChannelProfileDetectorSettingsID(int channelProfileIndex); 
    543  
    544         String getChannelDetectorSettingsID(int imageIndex, int channelIndex); 
    545  
    546         Double getChannelProfileDetectorSettingsOffset(int channelProfileIndex); 
    547  
    548         Double getChannelDetectorSettingsOffset(int imageIndex, int channelIndex); 
    549  
    550         Double getChannelProfileDetectorSettingsReadOutRate(int channelProfileIndex); 
    551  
    552         Double getChannelDetectorSettingsReadOutRate(int imageIndex, int channelIndex); 
    553  
    554         Double getChannelProfileDetectorSettingsVoltage(int channelProfileIndex); 
    555  
    556         Double getChannelDetectorSettingsVoltage(int imageIndex, int channelIndex); 
     489        // {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     490        // Is multi path? False 
     491 
     492        Binning getDetectorSettingsBinning(int imageIndex, int channelIndex); 
     493 
     494        Double getDetectorSettingsGain(int imageIndex, int channelIndex); 
     495 
     496        String getDetectorSettingsID(int imageIndex, int channelIndex); 
     497 
     498        Double getDetectorSettingsOffset(int imageIndex, int channelIndex); 
     499 
     500        Double getDetectorSettingsReadOutRate(int imageIndex, int channelIndex); 
     501 
     502        Double getDetectorSettingsVoltage(int imageIndex, int channelIndex); 
    557503 
    558504        // 
     
    562508        // Is multi path? False 
    563509 
     510        // Ignoring FilterSet_BackReference back reference 
    564511        String getDichroicID(int instrumentIndex, int dichroicIndex); 
    565512 
     513        // Ignoring LightPath_BackReference back reference 
    566514        String getDichroicLotNumber(int instrumentIndex, int dichroicIndex); 
    567515 
     
    588536        // Is multi path? False 
    589537 
     538        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     539        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     540        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    590541        String getDoubleAnnotationID(int doubleAnnotationIndex); 
    591542 
     543        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     544        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    592545        String getDoubleAnnotationNamespace(int doubleAnnotationIndex); 
    593546 
     547        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     548        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     549        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     550        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     551        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     552        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     553        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     554        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     555        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    594556        Double getDoubleAnnotationValue(int doubleAnnotationIndex); 
    595557 
     558        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     559        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    596560        // 
    597561        // Ellipse property storage 
     
    685649        String getExperimentID(int experimentIndex); 
    686650 
    687         String getExperimentMicrobeamManipulation(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex); 
    688  
     651        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     652        // Ignoring MicrobeamManipulation element, complex property 
    689653        ExperimentType getExperimentType(int experimentIndex); 
    690654 
     
    707671        String getExperimenterAnnotationRef(int experimenterIndex, int annotationRefIndex); 
    708672 
     673        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
    709674        String getExperimenterDisplayName(int experimenterIndex); 
    710675 
    711676        String getExperimenterEmail(int experimenterIndex); 
    712677 
     678        // Ignoring Experiment_BackReference back reference 
    713679        String getExperimenterFirstName(int experimenterIndex); 
    714680 
     
    717683        String getExperimenterID(int experimenterIndex); 
    718684 
     685        // Ignoring Image_BackReference back reference 
    719686        String getExperimenterInstitution(int experimenterIndex); 
    720687 
    721688        String getExperimenterLastName(int experimenterIndex); 
    722689 
     690        // Ignoring MicrobeamManipulation_BackReference back reference 
    723691        String getExperimenterMiddleName(int experimenterIndex); 
    724692 
     693        // Ignoring Project_BackReference back reference 
    725694        String getExperimenterUserName(int experimenterIndex); 
    726695 
     
    736705 
    737706        // 
    738         // External property storage 
    739         // 
    740         // {u'BinaryFile': {u'FileAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}}} 
    741         // Is multi path? True 
    742  
    743         Compression getBinaryFileExternalCompression(int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    744  
    745         String getBinaryFileExternalSHA1(int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    746  
    747         String getBinaryFileExternalhref(int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    748  
    749         // 
    750707        // Filament property storage 
    751708        // 
     
    777734        // Is multi path? False 
    778735 
    779         String getFileAnnotationBinaryFile(int fileAnnotationIndex); 
    780  
     736        // Ignoring BinaryFile element, complex property 
     737        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     738        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     739        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    781740        String getFileAnnotationID(int fileAnnotationIndex); 
    782741 
     742        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     743        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    783744        String getFileAnnotationNamespace(int fileAnnotationIndex); 
    784745 
     746        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     747        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     748        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     749        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     750        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     751        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     752        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     753        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     754        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
     755        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     756        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    785757        // 
    786758        // Filter property storage 
     
    789761        // Is multi path? False 
    790762 
     763        // Ignoring FilterSet_BackReference back reference 
    791764        String getFilterFilterWheel(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    792765 
    793766        String getFilterID(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    794767 
     768        // Ignoring LightPath_BackReference back reference 
    795769        String getFilterLotNumber(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    796770 
     
    801775        String getFilterSerialNumber(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    802776 
    803         String getFilterTransmittanceRange(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    804  
     777        // Ignoring TransmittanceRange element, complex property 
    805778        FilterType getFilterType(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    806779 
     
    811784        // Is multi path? False 
    812785 
     786        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
    813787        String getFilterSetDichroicRef(int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    814788 
     
    825799        String getFilterSetModel(int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    826800 
     801        // Ignoring OTF_BackReference back reference 
    827802        String getFilterSetSerialNumber(int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    828803 
     
    830805        // FilterSetRef property storage 
    831806        // 
    832         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     807        // {u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    833808        // Is multi path? True 
    834809 
     
    845820        String getGroupContact(int groupIndex); 
    846821 
     822        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
    847823        String getGroupDescription(int groupIndex); 
    848824 
     825        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    849826        String getGroupID(int groupIndex); 
    850827 
     828        // Ignoring Image_BackReference back reference 
    851829        String getGroupLeader(int groupIndex); 
    852830 
    853831        String getGroupName(int groupIndex); 
    854832 
     833        // Ignoring Project_BackReference back reference 
    855834        // 
    856835        // GroupRef property storage 
     
    885864        String getImageID(int imageIndex); 
    886865 
    887         String getImageImagingEnvironment(int imageIndex); 
    888  
     866        // Ignoring ImagingEnvironment element, complex property 
    889867        String getImageInstrumentRef(int imageIndex); 
    890868 
     
    893871        String getImageName(int imageIndex); 
    894872 
    895         String getImageObjectiveSettings(int imageIndex); 
    896  
    897         String getImagePixels(int imageIndex); 
    898  
     873        // Ignoring ObjectiveSettings element, complex property 
     874        // Ignoring Pixels element, complex property 
    899875        String getImageROIRef(int imageIndex, int ROIRefIndex); 
    900876 
    901         String getImageStageLabel(int imageIndex); 
    902  
    903         // 
    904         // ImageProfile property storage 
    905         // 
    906         // {u'ProfileSet': None} 
    907         // Is multi path? False 
    908  
    909         String getImageProfileDescription(int imageProfileIndex); 
    910  
    911         String getImageProfileInstrumentRef(int imageProfileIndex); 
    912  
    913         String getImageProfileName(int imageProfileIndex); 
    914  
    915         String getImageProfileObjectiveSettings(int imageProfileIndex); 
    916  
    917         ProfileSource getImageProfileorigin(int imageProfileIndex); 
    918  
     877        // Ignoring StageLabel element, complex property 
     878        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
    919879        // 
    920880        // ImageRef property storage 
     
    935895        Double getImagingEnvironmentAirPressure(int imageIndex); 
    936896 
    937         String getImagingEnvironmentCO2Percent(int imageIndex); 
    938  
    939         String getImagingEnvironmentHumidity(int imageIndex); 
     897        PercentFraction getImagingEnvironmentCO2Percent(int imageIndex); 
     898 
     899        PercentFraction getImagingEnvironmentHumidity(int imageIndex); 
    940900 
    941901        Double getImagingEnvironmentTemperature(int imageIndex); 
     
    947907        // Is multi path? False 
    948908 
    949         String getInstrumentDetector(int instrumentIndex, int detectorIndex); 
    950  
    951         String getInstrumentDichroic(int instrumentIndex, int dichroicIndex); 
    952  
    953         String getInstrumentFilter(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    954  
    955         String getInstrumentFilterSet(int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    956  
     909        // Ignoring Detector element, complex property 
     910        // Ignoring Dichroic element, complex property 
     911        // Ignoring Filter element, complex property 
     912        // Ignoring FilterSet element, complex property 
    957913        String getInstrumentID(int instrumentIndex); 
    958914 
    959         String getInstrumentLightSource(int instrumentIndex, int lightSourceIndex); 
    960  
    961         String getInstrumentMicroscope(int instrumentIndex); 
    962  
    963         String getInstrumentOTF(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    964  
    965         String getInstrumentObjective(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    966  
     915        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     916        // Ignoring LightSource element, complex property 
     917        // Ignoring Microscope element, complex property 
     918        // Ignoring OTF element, complex property 
     919        // Ignoring Objective element, complex property 
    967920        // 
    968921        // InstrumentRef property storage 
    969922        // 
    970         // {u'Image': {u'OME': None}, u'ImageProfile': {u'ProfileSet': None}} 
    971         // Is multi path? True 
     923        // {u'Image': {u'OME': None}} 
     924        // Is multi path? False 
    972925 
    973926        // 1:1 
    974         // Is multi path? True 
     927        // Is multi path? False 
    975928        // Ignoring ID property of reference InstrumentRef 
    976929 
     
    10621015        // LightSourceSettings property storage 
    10631016        // 
    1064         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'MicrobeamManipulation': {u'Experiment': {u'OME': None}}} 
     1017        // {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'MicrobeamManipulation': {u'Experiment': {u'OME': None}}} 
    10651018        // Is multi path? True 
    10661019 
    1067         String getChannelProfileLightSourceSettingsAttenuation(int channelProfileIndex); 
    1068  
    1069         String getChannelLightSourceSettingsAttenuation(int imageIndex, int channelIndex); 
    1070  
    1071         String getMicrobeamManipulationLightSourceSettingsAttenuation(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    1072  
    1073         String getChannelProfileLightSourceSettingsID(int channelProfileIndex); 
     1020        PercentFraction getChannelLightSourceSettingsAttenuation(int imageIndex, int channelIndex); 
     1021 
     1022        PercentFraction getMicrobeamManipulationLightSourceSettingsAttenuation(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    10741023 
    10751024        String getChannelLightSourceSettingsID(int imageIndex, int channelIndex); 
    10761025 
    10771026        String getMicrobeamManipulationLightSourceSettingsID(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    1078  
    1079         PositiveInteger getChannelProfileLightSourceSettingsWavelength(int channelProfileIndex); 
    10801027 
    10811028        PositiveInteger getChannelLightSourceSettingsWavelength(int imageIndex, int channelIndex); 
     
    11461093        String getListAnnotationAnnotationRef(int listAnnotationIndex, int annotationRefIndex); 
    11471094 
     1095        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1096        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1097        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    11481098        String getListAnnotationID(int listAnnotationIndex); 
    11491099 
     1100        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1101        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    11501102        String getListAnnotationNamespace(int listAnnotationIndex); 
    11511103 
     1104        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1105        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1106        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1107        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1108        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1109        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1110        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1111        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1112        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
     1113        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1114        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    11521115        // 
    11531116        // LongAnnotation property storage 
     
    11561119        // Is multi path? False 
    11571120 
     1121        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1122        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1123        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    11581124        String getLongAnnotationID(int longAnnotationIndex); 
    11591125 
     1126        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1127        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    11601128        String getLongAnnotationNamespace(int longAnnotationIndex); 
    11611129 
     1130        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1131        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1132        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1133        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1134        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1135        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1136        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1137        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1138        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    11621139        Long getLongAnnotationValue(int longAnnotationIndex); 
    11631140 
     1141        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1142        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    11641143        // 
    11651144        // Mask property storage 
     
    12091188        String getMaskTransform(int ROIIndex, int shapeIndex); 
    12101189 
    1211         String getMaskBinData(int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    1212  
     1190        // Ignoring BinData element, complex property 
    12131191        Double getMaskX(int ROIIndex, int shapeIndex); 
    12141192 
     
    12311209        String getMicrobeamManipulationID(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex); 
    12321210 
    1233         String getMicrobeamManipulationLightSourceSettings(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    1234  
     1211        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1212        // Ignoring LightSourceSettings element, complex property 
    12351213        String getMicrobeamManipulationROIRef(int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int ROIRefIndex); 
    12361214 
     
    12691247        // Is multi path? False 
    12701248 
    1271         String getOTFBinaryFile(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    1272  
     1249        // Ignoring BinaryFile element, complex property 
     1250        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
    12731251        String getOTFFilterSetRef(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    12741252 
    12751253        String getOTFID(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    12761254 
    1277         String getOTFObjectiveSettings(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    1278  
     1255        // Ignoring ObjectiveSettings element, complex property 
    12791256        Boolean getOTFOpticalAxisAveraged(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    12801257 
     
    12881265        // OTFRef property storage 
    12891266        // 
    1290         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     1267        // {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     1268        // Is multi path? False 
     1269 
     1270        // 1:1 
     1271        // Is multi path? False 
     1272        // Ignoring ID property of reference OTFRef 
     1273 
     1274        // 
     1275        // Objective property storage 
     1276        // 
     1277        // {u'Instrument': {u'OME': None}} 
     1278        // Is multi path? False 
     1279 
     1280        Double getObjectiveCalibratedMagnification(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1281 
     1282        Correction getObjectiveCorrection(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1283 
     1284        String getObjectiveID(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1285 
     1286        Immersion getObjectiveImmersion(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1287 
     1288        Boolean getObjectiveIris(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1289 
     1290        Double getObjectiveLensNA(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1291 
     1292        String getObjectiveLotNumber(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1293 
     1294        String getObjectiveManufacturer(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1295 
     1296        String getObjectiveModel(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1297 
     1298        Integer getObjectiveNominalMagnification(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1299 
     1300        String getObjectiveSerialNumber(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1301 
     1302        Double getObjectiveWorkingDistance(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
     1303 
     1304        // 
     1305        // ObjectiveSettings property storage 
     1306        // 
     1307        // {u'Image': {u'OME': None}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
    12911308        // Is multi path? True 
    12921309 
    1293         // 1:1 
    1294         // Is multi path? True 
    1295         // Ignoring ID property of reference OTFRef 
    1296  
    1297         // 
    1298         // Objective property storage 
    1299         // 
    1300         // {u'Instrument': {u'OME': None}} 
    1301         // Is multi path? False 
    1302  
    1303         Double getObjectiveCalibratedMagnification(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1304  
    1305         Correction getObjectiveCorrection(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1306  
    1307         String getObjectiveID(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1308  
    1309         Immersion getObjectiveImmersion(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1310  
    1311         Boolean getObjectiveIris(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1312  
    1313         Double getObjectiveLensNA(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1314  
    1315         String getObjectiveLotNumber(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1316  
    1317         String getObjectiveManufacturer(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1318  
    1319         String getObjectiveModel(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1320  
    1321         Integer getObjectiveNominalMagnification(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1322  
    1323         String getObjectiveSerialNumber(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1324  
    1325         Double getObjectiveWorkingDistance(int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    1326  
    1327         // 
    1328         // ObjectiveSettings property storage 
    1329         // 
    1330         // {u'Image': {u'OME': None}, u'ImageProfile': {u'ProfileSet': None}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
    1331         // Is multi path? True 
    1332  
    13331310        Double getImageObjectiveSettingsCorrectionCollar(int imageIndex); 
    13341311 
    1335         Double getImageProfileObjectiveSettingsCorrectionCollar(int imageProfileIndex); 
    1336  
    13371312        Double getOTFObjectiveSettingsCorrectionCollar(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    13381313 
    13391314        String getImageObjectiveSettingsID(int imageIndex); 
    13401315 
    1341         String getImageProfileObjectiveSettingsID(int imageProfileIndex); 
    1342  
    13431316        String getOTFObjectiveSettingsID(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    13441317 
    13451318        Medium getImageObjectiveSettingsMedium(int imageIndex); 
    13461319 
    1347         Medium getImageProfileObjectiveSettingsMedium(int imageProfileIndex); 
    1348  
    13491320        Medium getOTFObjectiveSettingsMedium(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    13501321 
    13511322        Double getImageObjectiveSettingsRefractiveIndex(int imageIndex); 
    1352  
    1353         Double getImageProfileObjectiveSettingsRefractiveIndex(int imageProfileIndex); 
    13541323 
    13551324        Double getOTFObjectiveSettingsRefractiveIndex(int instrumentIndex, int OTFIndex); 
     
    14121381        String getPixelsAnnotationRef(int imageIndex, int annotationRefIndex); 
    14131382 
    1414         String getPixelsBinData(int imageIndex, int binDataIndex); 
    1415  
    1416         String getPixelsChannel(int imageIndex, int channelIndex); 
    1417  
     1383        // Ignoring BinData element, complex property 
     1384        // Ignoring Channel element, complex property 
    14181385        DimensionOrder getPixelsDimensionOrder(int imageIndex); 
    14191386 
    14201387        String getPixelsID(int imageIndex); 
    14211388 
    1422         String getPixelsMetadataOnly(int imageIndex); 
    1423  
     1389        // Ignoring MetadataOnly element, complex property 
    14241390        Double getPixelsPhysicalSizeX(int imageIndex); 
    14251391 
     
    14281394        Double getPixelsPhysicalSizeZ(int imageIndex); 
    14291395 
    1430         String getPixelsPlane(int imageIndex, int planeIndex); 
    1431  
     1396        // Ignoring Plane element, complex property 
    14321397        PositiveInteger getPixelsSizeC(int imageIndex); 
    14331398 
     
    14401405        PositiveInteger getPixelsSizeZ(int imageIndex); 
    14411406 
    1442         String getPixelsTiffData(int imageIndex, int tiffDataIndex); 
    1443  
     1407        // Ignoring TiffData element, complex property 
    14441408        Double getPixelsTimeIncrement(int imageIndex); 
    14451409 
     
    14921456        String getPlateName(int plateIndex); 
    14931457 
    1494         String getPlatePlateAcquisition(int plateIndex, int plateAcquisitionIndex); 
    1495  
     1458        // Ignoring PlateAcquisition element, complex property 
    14961459        NamingConvention getPlateRowNamingConvention(int plateIndex); 
    14971460 
     
    15021465        String getPlateStatus(int plateIndex); 
    15031466 
    1504         String getPlateWell(int plateIndex, int wellIndex); 
    1505  
     1467        // Ignoring Well element, complex property 
    15061468        Double getPlateWellOriginX(int plateIndex); 
    15071469 
     
    16501612        String getProjectAnnotationRef(int projectIndex, int annotationRefIndex); 
    16511613 
     1614        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
    16521615        String getProjectDescription(int projectIndex); 
    16531616 
     
    16921655        String getROIID(int ROIIndex); 
    16931656 
     1657        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1658        // Ignoring MicrobeamManipulation_BackReference back reference 
    16941659        String getROIName(int ROIIndex); 
    16951660 
    16961661        String getROINamespace(int ROIIndex); 
    16971662 
    1698         String getROIUnion(int ROIIndex); 
    1699  
     1663        // Ignoring Union element, complex property 
    17001664        // 
    17011665        // ROIRef property storage 
     
    17241688        String getReagentReagentIdentifier(int screenIndex, int reagentIndex); 
    17251689 
     1690        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    17261691        // 
    17271692        // ReagentRef property storage 
     
    18091774        String getScreenProtocolIdentifier(int screenIndex); 
    18101775 
    1811         String getScreenReagent(int screenIndex, int reagentIndex); 
    1812  
     1776        // Ignoring Reagent element, complex property 
    18131777        String getScreenReagentSetDescription(int screenIndex); 
    18141778 
     
    18471811        // Is multi path? False 
    18481812 
     1813        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1814        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1815        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    18491816        String getStringAnnotationID(int stringAnnotationIndex); 
    18501817 
     1818        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1819        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    18511820        String getStringAnnotationNamespace(int stringAnnotationIndex); 
    18521821 
     1822        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1823        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1824        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1825        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1826        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1827        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1828        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1829        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1830        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    18531831        String getStringAnnotationValue(int stringAnnotationIndex); 
    18541832 
     1833        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1834        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    18551835        // 
    18561836        // StructuredAnnotations property storage 
     
    18591839        // Is multi path? False 
    18601840 
    1861         String getStructuredAnnotationsBooleanAnnotation(int booleanAnnotationIndex); 
    1862  
    1863         String getStructuredAnnotationsDoubleAnnotation(int doubleAnnotationIndex); 
    1864  
    1865         String getStructuredAnnotationsFileAnnotation(int fileAnnotationIndex); 
    1866  
    1867         String getStructuredAnnotationsListAnnotation(int listAnnotationIndex); 
    1868  
    1869         String getStructuredAnnotationsLongAnnotation(int longAnnotationIndex); 
    1870  
    1871         String getStructuredAnnotationsStringAnnotation(int stringAnnotationIndex); 
    1872  
    1873         String getStructuredAnnotationsTimestampAnnotation(int timestampAnnotationIndex); 
    1874  
    1875         String getStructuredAnnotationsXMLAnnotation(int XMLAnnotationIndex); 
    1876  
     1841        // Ignoring BooleanAnnotation element, complex property 
     1842        // Ignoring DoubleAnnotation element, complex property 
     1843        // Ignoring FileAnnotation element, complex property 
     1844        // Ignoring ListAnnotation element, complex property 
     1845        // Ignoring LongAnnotation element, complex property 
     1846        // Ignoring StringAnnotation element, complex property 
     1847        // Ignoring TimestampAnnotation element, complex property 
     1848        // Ignoring XMLAnnotation element, complex property 
    18771849        // 
    18781850        // Text property storage 
     
    19441916        Integer getTiffDataPlaneCount(int imageIndex, int tiffDataIndex); 
    19451917 
    1946         String getTiffDataUUID(int imageIndex, int tiffDataIndex); 
    1947  
     1918        // Ignoring UUID element, complex property 
    19481919        // 
    19491920        // TimestampAnnotation property storage 
     
    19521923        // Is multi path? False 
    19531924 
     1925        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1926        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1927        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    19541928        String getTimestampAnnotationID(int timestampAnnotationIndex); 
    19551929 
     1930        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1931        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    19561932        String getTimestampAnnotationNamespace(int timestampAnnotationIndex); 
    19571933 
     1934        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1935        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1936        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1937        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1938        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1939        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1940        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1941        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1942        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    19581943        String getTimestampAnnotationValue(int timestampAnnotationIndex); 
    19591944 
     1945        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1946        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    19601947        // 
    19611948        // TransmittanceRange property storage 
     
    19721959        Integer getTransmittanceRangeCutOutTolerance(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    19731960 
    1974         String getTransmittanceRangeTransmittance(int instrumentIndex, int filterIndex); 
     1961        PercentFraction getTransmittanceRangeTransmittance(int instrumentIndex, int filterIndex); 
    19751962 
    19761963        // 
     
    19881975        // Is multi path? False 
    19891976 
    1990         String getUnionShape(int ROIIndex, int shapeIndex); 
    1991  
     1977        // Ignoring Shape element, complex property 
    19921978        // 
    19931979        // Well property storage 
     
    20142000        String getWellStatus(int plateIndex, int wellIndex); 
    20152001 
    2016         String getWellWellSample(int plateIndex, int wellIndex, int wellSampleIndex); 
    2017  
     2002        // Ignoring WellSample element, complex property 
    20182003        // 
    20192004        // WellSample property storage 
     
    20302015        NonNegativeInteger getWellSampleIndex(int plateIndex, int wellIndex, int wellSampleIndex); 
    20312016 
     2017        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
    20322018        Double getWellSamplePositionX(int plateIndex, int wellIndex, int wellSampleIndex); 
    20332019 
     
    20522038        // Is multi path? False 
    20532039 
     2040        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     2041        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     2042        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    20542043        String getXMLAnnotationID(int XMLAnnotationIndex); 
    20552044 
     2045        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     2046        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    20562047        String getXMLAnnotationNamespace(int XMLAnnotationIndex); 
    20572048 
     2049        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     2050        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     2051        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     2052        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     2053        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     2054        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     2055        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     2056        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     2057        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    20582058        String getXMLAnnotationValue(int XMLAnnotationIndex); 
    20592059 
     2060        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     2061        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    20602062} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/MetadataStore.java

    r6199 r6204  
    3333 * 
    3434 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    35  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-28 15:55:10+0100 
     35 * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-29 17:55:03+0100 
    3636 * 
    3737 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    8888        void createRoot(); 
    8989 
    90         Object getRoot(); 
     90        Object getRoot(); 
    9191 
    9292        void setRoot(Object root); 
     
    9898 
    9999        // AnnotationRef property storage 
    100         // {u'ROI': {u'OME': None}, u'Reagent': {u'Screen': {u'OME': None}}, u'PlateAcquisition': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'Plate': {u'OME': None}, u'Image': {u'OME': None}, u'Screen': {u'OME': None}, u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'Dataset': {u'OME': None}, u'Project': {u'OME': None}, u'ListAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}, u'Plane': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'Experimenter': {u'OME': None}, u'WellSample': {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}}, u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     100        // {u'Plate': {u'OME': None}, u'ListAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'PlateAcquisition': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'Image': {u'OME': None}, u'Screen': {u'OME': None}, u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}, u'ROI': {u'OME': None}, u'Dataset': {u'OME': None}, u'Project': {u'OME': None}, u'Reagent': {u'Screen': {u'OME': None}}, u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}, u'Plane': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'Experimenter': {u'OME': None}, u'WellSample': {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}}, u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    101101        // Is multi path? True 
    102102 
     
    126126        void setArcType(ArcType type, int instrumentIndex, int lightSourceIndex); 
    127127 
    128         // BinData property storage 
    129         // {u'BinaryFile': {u'FileAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}}, u'Mask': {u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}}, u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}} 
    130         // Is multi path? True 
    131  
    132         void setBinaryFileBinDataBigEndian(Boolean bigEndian, int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    133  
    134         void setMaskBinDataBigEndian(Boolean bigEndian, int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    135  
    136         void setPixelsBinDataBigEndian(Boolean bigEndian, int imageIndex, int binDataIndex); 
    137  
    138         void setBinaryFileBinDataCompression(Compression compression, int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    139  
    140         void setMaskBinDataCompression(Compression compression, int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    141  
    142         void setPixelsBinDataCompression(Compression compression, int imageIndex, int binDataIndex); 
    143  
    144         void setBinaryFileBinDataLength(NonNegativeInteger length, int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    145  
    146         void setMaskBinDataLength(NonNegativeInteger length, int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    147  
    148         void setPixelsBinDataLength(NonNegativeInteger length, int imageIndex, int binDataIndex); 
    149  
    150128        // BinaryFile property storage 
    151129        // {u'FileAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
    152130        // Is multi path? True 
    153131 
    154         void setFileAnnotationBinaryFileBinData(String binData, int fileAnnotationIndex); 
    155  
    156         void setOTFBinaryFileBinData(String binData, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    157  
    158         void setFileAnnotationBinaryFileExternal(String external, int fileAnnotationIndex); 
    159  
    160         void setOTFBinaryFileExternal(String external, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    161  
     132        // Ignoring BinData element, complex property 
     133        // Ignoring External element, complex property 
    162134        void setFileAnnotationBinaryFileFileName(String fileName, int fileAnnotationIndex); 
    163135 
     
    176148        // Is multi path? False 
    177149 
     150        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     151        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     152        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    178153        void setBooleanAnnotationID(String id, int booleanAnnotationIndex); 
    179154 
     155        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     156        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    180157        void setBooleanAnnotationNamespace(String namespace, int booleanAnnotationIndex); 
    181158 
     159        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     160        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     161        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     162        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     163        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     164        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     165        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     166        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     167        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    182168        void setBooleanAnnotationValue(Boolean value, int booleanAnnotationIndex); 
    183169 
     170        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     171        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    184172        // Channel property storage 
    185173        // {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}} 
     
    194182        void setChannelContrastMethod(ContrastMethod contrastMethod, int imageIndex, int channelIndex); 
    195183 
    196         void setChannelDetectorSettings(String detectorSettings, int imageIndex, int channelIndex); 
    197  
     184        // Ignoring DetectorSettings element, complex property 
    198185        void setChannelEmissionWavelength(PositiveInteger emissionWavelength, int imageIndex, int channelIndex); 
    199186 
     
    208195        void setChannelIlluminationType(IlluminationType illuminationType, int imageIndex, int channelIndex); 
    209196 
    210         void setChannelLightPath(String lightPath, int imageIndex, int channelIndex); 
    211  
    212         void setChannelLightSourceSettings(String lightSourceSettings, int imageIndex, int channelIndex); 
    213  
     197        // Ignoring LightPath element, complex property 
     198        // Ignoring LightSourceSettings element, complex property 
    214199        void setChannelNDFilter(Double ndfilter, int imageIndex, int channelIndex); 
    215200 
     
    223208 
    224209        void setChannelSamplesPerPixel(Integer samplesPerPixel, int imageIndex, int channelIndex); 
    225  
    226         // ChannelProfile property storage 
    227         // {u'ProfileSet': None} 
    228         // Is multi path? False 
    229  
    230         void setChannelProfileDescription(String description, int channelProfileIndex); 
    231  
    232         void setChannelProfileDetectorSettings(String detectorSettings, int channelProfileIndex); 
    233  
    234         void setChannelProfileFilterSetRef(String filterSet, int channelProfileIndex); 
    235  
    236         void setChannelProfileLightSourceSettings(String lightSourceSettings, int channelProfileIndex); 
    237  
    238         void setChannelProfileName(String name, int channelProfileIndex); 
    239  
    240         void setChannelProfileOTFRef(String otf, int channelProfileIndex); 
    241  
    242         void setChannelProfileOrigin(ProfileSource origin, int channelProfileIndex); 
    243210 
    244211        // Contact property storage 
     
    263230        void setDatasetID(String id, int datasetIndex); 
    264231 
     232        // Ignoring Image_BackReference back reference 
    265233        void setDatasetName(String name, int datasetIndex); 
    266234 
     
    301269 
    302270        // DetectorSettings property storage 
    303         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    304         // Is multi path? True 
    305  
    306         void setChannelProfileDetectorSettingsBinning(Binning binning, int channelProfileIndex); 
    307  
    308         void setChannelDetectorSettingsBinning(Binning binning, int imageIndex, int channelIndex); 
    309  
    310         void setChannelProfileDetectorSettingsGain(Double gain, int channelProfileIndex); 
    311  
    312         void setChannelDetectorSettingsGain(Double gain, int imageIndex, int channelIndex); 
    313  
    314         void setChannelProfileDetectorSettingsID(String id, int channelProfileIndex); 
    315  
    316         void setChannelDetectorSettingsID(String id, int imageIndex, int channelIndex); 
    317  
    318         void setChannelProfileDetectorSettingsOffset(Double offset, int channelProfileIndex); 
    319  
    320         void setChannelDetectorSettingsOffset(Double offset, int imageIndex, int channelIndex); 
    321  
    322         void setChannelProfileDetectorSettingsReadOutRate(Double readOutRate, int channelProfileIndex); 
    323  
    324         void setChannelDetectorSettingsReadOutRate(Double readOutRate, int imageIndex, int channelIndex); 
    325  
    326         void setChannelProfileDetectorSettingsVoltage(Double voltage, int channelProfileIndex); 
    327  
    328         void setChannelDetectorSettingsVoltage(Double voltage, int imageIndex, int channelIndex); 
     271        // {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     272        // Is multi path? False 
     273 
     274        void setDetectorSettingsBinning(Binning binning, int imageIndex, int channelIndex); 
     275 
     276        void setDetectorSettingsGain(Double gain, int imageIndex, int channelIndex); 
     277 
     278        void setDetectorSettingsID(String id, int imageIndex, int channelIndex); 
     279 
     280        void setDetectorSettingsOffset(Double offset, int imageIndex, int channelIndex); 
     281 
     282        void setDetectorSettingsReadOutRate(Double readOutRate, int imageIndex, int channelIndex); 
     283 
     284        void setDetectorSettingsVoltage(Double voltage, int imageIndex, int channelIndex); 
    329285 
    330286        // Dichroic property storage 
     
    332288        // Is multi path? False 
    333289 
     290        // Ignoring FilterSet_BackReference back reference 
    334291        void setDichroicID(String id, int instrumentIndex, int dichroicIndex); 
    335292 
     293        // Ignoring LightPath_BackReference back reference 
    336294        void setDichroicLotNumber(String lotNumber, int instrumentIndex, int dichroicIndex); 
    337295 
     
    353311        // Is multi path? False 
    354312 
     313        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     314        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     315        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    355316        void setDoubleAnnotationID(String id, int doubleAnnotationIndex); 
    356317 
     318        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     319        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    357320        void setDoubleAnnotationNamespace(String namespace, int doubleAnnotationIndex); 
    358321 
     322        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     323        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     324        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     325        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     326        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     327        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     328        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     329        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     330        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    359331        void setDoubleAnnotationValue(Double value, int doubleAnnotationIndex); 
    360332 
     333        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     334        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    361335        // Ellipse property storage 
    362336        // {u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}} 
     
    438412        void setExperimentID(String id, int experimentIndex); 
    439413 
    440         void setExperimentMicrobeamManipulation(String microbeamManipulation, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex); 
    441  
     414        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     415        // Ignoring MicrobeamManipulation element, complex property 
    442416        void setExperimentType(ExperimentType type, int experimentIndex); 
    443417 
     
    455429        void setExperimenterAnnotationRef(String annotation, int experimenterIndex, int annotationRefIndex); 
    456430 
     431        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
    457432        void setExperimenterDisplayName(String displayName, int experimenterIndex); 
    458433 
    459434        void setExperimenterEmail(String email, int experimenterIndex); 
    460435 
     436        // Ignoring Experiment_BackReference back reference 
    461437        void setExperimenterFirstName(String firstName, int experimenterIndex); 
    462438 
     
    465441        void setExperimenterID(String id, int experimenterIndex); 
    466442 
     443        // Ignoring Image_BackReference back reference 
    467444        void setExperimenterInstitution(String institution, int experimenterIndex); 
    468445 
    469446        void setExperimenterLastName(String lastName, int experimenterIndex); 
    470447 
     448        // Ignoring MicrobeamManipulation_BackReference back reference 
    471449        void setExperimenterMiddleName(String middleName, int experimenterIndex); 
    472450 
     451        // Ignoring Project_BackReference back reference 
    473452        void setExperimenterUserName(String userName, int experimenterIndex); 
    474453 
     
    480459        // Is multi path? True 
    481460        // Ignoring ID property of reference ExperimenterRef 
    482         // External property storage 
    483         // {u'BinaryFile': {u'FileAnnotation': {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}}} 
    484         // Is multi path? True 
    485  
    486         void setBinaryFileExternalCompression(Compression compression, int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    487  
    488         void setBinaryFileExternalSHA1(String sha1, int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    489  
    490         void setBinaryFileExternalhref(String href, int fileAnnotationIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    491  
    492461        // Filament property storage 
    493462        // {u'LightSource': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
     
    516485        // Is multi path? False 
    517486 
    518         void setFileAnnotationBinaryFile(String binaryFile, int fileAnnotationIndex); 
    519  
     487        // Ignoring BinaryFile element, complex property 
     488        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     489        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     490        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    520491        void setFileAnnotationID(String id, int fileAnnotationIndex); 
    521492 
     493        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     494        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    522495        void setFileAnnotationNamespace(String namespace, int fileAnnotationIndex); 
    523496 
     497        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     498        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     499        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     500        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     501        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     502        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     503        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     504        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     505        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
     506        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     507        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    524508        // Filter property storage 
    525509        // {u'Instrument': {u'OME': None}} 
    526510        // Is multi path? False 
    527511 
     512        // Ignoring FilterSet_BackReference back reference 
    528513        void setFilterFilterWheel(String filterWheel, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    529514 
    530515        void setFilterID(String id, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    531516 
     517        // Ignoring LightPath_BackReference back reference 
    532518        void setFilterLotNumber(String lotNumber, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    533519 
     
    538524        void setFilterSerialNumber(String serialNumber, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    539525 
    540         void setFilterTransmittanceRange(String transmittanceRange, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    541  
     526        // Ignoring TransmittanceRange element, complex property 
    542527        void setFilterType(FilterType type, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    543528 
     
    546531        // Is multi path? False 
    547532 
     533        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
    548534        void setFilterSetDichroicRef(String dichroic, int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    549535 
     
    560546        void setFilterSetModel(String model, int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    561547 
     548        // Ignoring OTF_BackReference back reference 
    562549        void setFilterSetSerialNumber(String serialNumber, int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    563550 
    564551        // FilterSetRef property storage 
    565         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     552        // {u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    566553        // Is multi path? True 
    567554 
     
    575562        void setGroupContact(String contact, int groupIndex); 
    576563 
     564        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
    577565        void setGroupDescription(String description, int groupIndex); 
    578566 
     567        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    579568        void setGroupID(String id, int groupIndex); 
    580569 
     570        // Ignoring Image_BackReference back reference 
    581571        void setGroupLeader(String leader, int groupIndex); 
    582572 
    583573        void setGroupName(String name, int groupIndex); 
    584574 
     575        // Ignoring Project_BackReference back reference 
    585576        // GroupRef property storage 
    586577        // {u'Project': {u'OME': None}, u'Image': {u'OME': None}, u'Experimenter': {u'OME': None}, u'Dataset': {u'OME': None}} 
     
    610601        void setImageID(String id, int imageIndex); 
    611602 
    612         void setImageImagingEnvironment(String imagingEnvironment, int imageIndex); 
    613  
     603        // Ignoring ImagingEnvironment element, complex property 
    614604        void setImageInstrumentRef(String instrument, int imageIndex); 
    615605 
     
    618608        void setImageName(String name, int imageIndex); 
    619609 
    620         void setImageObjectiveSettings(String objectiveSettings, int imageIndex); 
    621  
    622         void setImagePixels(String pixels, int imageIndex); 
    623  
     610        // Ignoring ObjectiveSettings element, complex property 
     611        // Ignoring Pixels element, complex property 
    624612        void setImageROIRef(String roi, int imageIndex, int ROIRefIndex); 
    625613 
    626         void setImageStageLabel(String stageLabel, int imageIndex); 
    627  
    628         // ImageProfile property storage 
    629         // {u'ProfileSet': None} 
    630         // Is multi path? False 
    631  
    632         void setImageProfileDescription(String description, int imageProfileIndex); 
    633  
    634         void setImageProfileInstrumentRef(String instrument, int imageProfileIndex); 
    635  
    636         void setImageProfileName(String name, int imageProfileIndex); 
    637  
    638         void setImageProfileObjectiveSettings(String objectiveSettings, int imageProfileIndex); 
    639  
    640         void setImageProfileorigin(ProfileSource origin, int imageProfileIndex); 
    641  
     614        // Ignoring StageLabel element, complex property 
     615        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
    642616        // ImageRef property storage 
    643617        // {u'WellSample': {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}}} 
     
    653627        void setImagingEnvironmentAirPressure(Double airPressure, int imageIndex); 
    654628 
    655         void setImagingEnvironmentCO2Percent(String co2percent, int imageIndex); 
    656  
    657         void setImagingEnvironmentHumidity(String humidity, int imageIndex); 
     629        void setImagingEnvironmentCO2Percent(PercentFraction co2percent, int imageIndex); 
     630 
     631        void setImagingEnvironmentHumidity(PercentFraction humidity, int imageIndex); 
    658632 
    659633        void setImagingEnvironmentTemperature(Double temperature, int imageIndex); 
     
    663637        // Is multi path? False 
    664638 
    665         void setInstrumentDetector(String detector, int instrumentIndex, int detectorIndex); 
    666  
    667         void setInstrumentDichroic(String dichroic, int instrumentIndex, int dichroicIndex); 
    668  
    669         void setInstrumentFilter(String filter, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    670  
    671         void setInstrumentFilterSet(String filterSet, int instrumentIndex, int filterSetIndex); 
    672  
     639        // Ignoring Detector element, complex property 
     640        // Ignoring Dichroic element, complex property 
     641        // Ignoring Filter element, complex property 
     642        // Ignoring FilterSet element, complex property 
    673643        void setInstrumentID(String id, int instrumentIndex); 
    674644 
    675         void setInstrumentLightSource(String lightSource, int instrumentIndex, int lightSourceIndex); 
    676  
    677         void setInstrumentMicroscope(String microscope, int instrumentIndex); 
    678  
    679         void setInstrumentOTF(String otf, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    680  
    681         void setInstrumentObjective(String objective, int instrumentIndex, int objectiveIndex); 
    682  
     645        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     646        // Ignoring LightSource element, complex property 
     647        // Ignoring Microscope element, complex property 
     648        // Ignoring OTF element, complex property 
     649        // Ignoring Objective element, complex property 
    683650        // InstrumentRef property storage 
    684         // {u'Image': {u'OME': None}, u'ImageProfile': {u'ProfileSet': None}} 
    685         // Is multi path? True 
    686  
    687         // 1:1 
    688         // Is multi path? True 
     651        // {u'Image': {u'OME': None}} 
     652        // Is multi path? False 
     653 
     654        // 1:1 
     655        // Is multi path? False 
    689656        // Ignoring ID property of reference InstrumentRef 
    690657        // Laser property storage 
     
    764731 
    765732        // LightSourceSettings property storage 
    766         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'MicrobeamManipulation': {u'Experiment': {u'OME': None}}} 
    767         // Is multi path? True 
    768  
    769         void setChannelProfileLightSourceSettingsAttenuation(String attenuation, int channelProfileIndex); 
    770  
    771         void setChannelLightSourceSettingsAttenuation(String attenuation, int imageIndex, int channelIndex); 
    772  
    773         void setMicrobeamManipulationLightSourceSettingsAttenuation(String attenuation, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    774  
    775         void setChannelProfileLightSourceSettingsID(String id, int channelProfileIndex); 
     733        // {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}, u'MicrobeamManipulation': {u'Experiment': {u'OME': None}}} 
     734        // Is multi path? True 
     735 
     736        void setChannelLightSourceSettingsAttenuation(PercentFraction attenuation, int imageIndex, int channelIndex); 
     737 
     738        void setMicrobeamManipulationLightSourceSettingsAttenuation(PercentFraction attenuation, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    776739 
    777740        void setChannelLightSourceSettingsID(String id, int imageIndex, int channelIndex); 
    778741 
    779742        void setMicrobeamManipulationLightSourceSettingsID(String id, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    780  
    781         void setChannelProfileLightSourceSettingsWavelength(PositiveInteger wavelength, int channelProfileIndex); 
    782743 
    783744        void setChannelLightSourceSettingsWavelength(PositiveInteger wavelength, int imageIndex, int channelIndex); 
     
    844805        void setListAnnotationAnnotationRef(String annotation, int listAnnotationIndex, int annotationRefIndex); 
    845806 
     807        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     808        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     809        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    846810        void setListAnnotationID(String id, int listAnnotationIndex); 
    847811 
     812        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     813        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    848814        void setListAnnotationNamespace(String namespace, int listAnnotationIndex); 
    849815 
     816        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     817        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     818        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     819        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     820        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     821        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     822        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     823        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     824        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
     825        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     826        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    850827        // LongAnnotation property storage 
    851828        // {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}} 
    852829        // Is multi path? False 
    853830 
     831        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     832        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     833        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    854834        void setLongAnnotationID(String id, int longAnnotationIndex); 
    855835 
     836        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     837        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    856838        void setLongAnnotationNamespace(String namespace, int longAnnotationIndex); 
    857839 
     840        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     841        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     842        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     843        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     844        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     845        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     846        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     847        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     848        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    858849        void setLongAnnotationValue(Long value, int longAnnotationIndex); 
    859850 
     851        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     852        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    860853        // Mask property storage 
    861854        // {u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}} 
     
    903896        void setMaskTransform(String transform, int ROIIndex, int shapeIndex); 
    904897 
    905         void setMaskBinData(String binData, int ROIIndex, int shapeIndex, int binDataIndex); 
    906  
     898        // Ignoring BinData element, complex property 
    907899        void setMaskX(Double x, int ROIIndex, int shapeIndex); 
    908900 
     
    921913        void setMicrobeamManipulationID(String id, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex); 
    922914 
    923         void setMicrobeamManipulationLightSourceSettings(String lightSourceSettings, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int lightSourceSettingsIndex); 
    924  
     915        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     916        // Ignoring LightSourceSettings element, complex property 
    925917        void setMicrobeamManipulationROIRef(String roi, int experimentIndex, int microbeamManipulationIndex, int ROIRefIndex); 
    926918 
     
    952944        // Is multi path? False 
    953945 
    954         void setOTFBinaryFile(String binaryFile, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    955  
     946        // Ignoring BinaryFile element, complex property 
     947        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
    956948        void setOTFFilterSetRef(String filterSet, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    957949 
    958950        void setOTFID(String id, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    959951 
    960         void setOTFObjectiveSettings(String objectiveSettings, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    961  
     952        // Ignoring ObjectiveSettings element, complex property 
    962953        void setOTFOpticalAxisAveraged(Boolean opticalAxisAveraged, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    963954 
     
    969960 
    970961        // OTFRef property storage 
    971         // {u'ChannelProfile': {u'ProfileSet': None}, u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
    972         // Is multi path? True 
    973  
    974         // 1:1 
    975         // Is multi path? True 
     962        // {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}} 
     963        // Is multi path? False 
     964 
     965        // 1:1 
     966        // Is multi path? False 
    976967        // Ignoring ID property of reference OTFRef 
    977968        // Objective property storage 
     
    1004995 
    1005996        // ObjectiveSettings property storage 
    1006         // {u'Image': {u'OME': None}, u'ImageProfile': {u'ProfileSet': None}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
     997        // {u'Image': {u'OME': None}, u'OTF': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
    1007998        // Is multi path? True 
    1008999 
    10091000        void setImageObjectiveSettingsCorrectionCollar(Double correctionCollar, int imageIndex); 
    10101001 
    1011         void setImageProfileObjectiveSettingsCorrectionCollar(Double correctionCollar, int imageProfileIndex); 
    1012  
    10131002        void setOTFObjectiveSettingsCorrectionCollar(Double correctionCollar, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    10141003 
    10151004        void setImageObjectiveSettingsID(String id, int imageIndex); 
    10161005 
    1017         void setImageProfileObjectiveSettingsID(String id, int imageProfileIndex); 
    1018  
    10191006        void setOTFObjectiveSettingsID(String id, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    10201007 
    10211008        void setImageObjectiveSettingsMedium(Medium medium, int imageIndex); 
    10221009 
    1023         void setImageProfileObjectiveSettingsMedium(Medium medium, int imageProfileIndex); 
    1024  
    10251010        void setOTFObjectiveSettingsMedium(Medium medium, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
    10261011 
    10271012        void setImageObjectiveSettingsRefractiveIndex(Double refractiveIndex, int imageIndex); 
    1028  
    1029         void setImageProfileObjectiveSettingsRefractiveIndex(Double refractiveIndex, int imageProfileIndex); 
    10301013 
    10311014        void setOTFObjectiveSettingsRefractiveIndex(Double refractiveIndex, int instrumentIndex, int OTFIndex); 
     
    10841067        void setPixelsAnnotationRef(String annotation, int imageIndex, int annotationRefIndex); 
    10851068 
    1086         void setPixelsBinData(String binData, int imageIndex, int binDataIndex); 
    1087  
    1088         void setPixelsChannel(String channel, int imageIndex, int channelIndex); 
    1089  
     1069        // Ignoring BinData element, complex property 
     1070        // Ignoring Channel element, complex property 
    10901071        void setPixelsDimensionOrder(DimensionOrder dimensionOrder, int imageIndex); 
    10911072 
    10921073        void setPixelsID(String id, int imageIndex); 
    10931074 
    1094         void setPixelsMetadataOnly(String metadataOnly, int imageIndex); 
    1095  
     1075        // Ignoring MetadataOnly element, complex property 
    10961076        void setPixelsPhysicalSizeX(Double physicalSizeX, int imageIndex); 
    10971077 
     
    11001080        void setPixelsPhysicalSizeZ(Double physicalSizeZ, int imageIndex); 
    11011081 
    1102         void setPixelsPlane(String plane, int imageIndex, int planeIndex); 
    1103  
     1082        // Ignoring Plane element, complex property 
    11041083        void setPixelsSizeC(PositiveInteger sizeC, int imageIndex); 
    11051084 
     
    11121091        void setPixelsSizeZ(PositiveInteger sizeZ, int imageIndex); 
    11131092 
    1114         void setPixelsTiffData(String tiffData, int imageIndex, int tiffDataIndex); 
    1115  
     1093        // Ignoring TiffData element, complex property 
    11161094        void setPixelsTimeIncrement(Double timeIncrement, int imageIndex); 
    11171095 
     
    11601138        void setPlateName(String name, int plateIndex); 
    11611139 
    1162         void setPlatePlateAcquisition(String plateAcquisition, int plateIndex, int plateAcquisitionIndex); 
    1163  
     1140        // Ignoring PlateAcquisition element, complex property 
    11641141        void setPlateRowNamingConvention(NamingConvention rowNamingConvention, int plateIndex); 
    11651142 
     
    11701147        void setPlateStatus(String status, int plateIndex); 
    11711148 
    1172         void setPlateWell(String well, int plateIndex, int wellIndex); 
    1173  
     1149        // Ignoring Well element, complex property 
    11741150        void setPlateWellOriginX(Double wellOriginX, int plateIndex); 
    11751151 
     
    13071283        void setProjectAnnotationRef(String annotation, int projectIndex, int annotationRefIndex); 
    13081284 
     1285        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
    13091286        void setProjectDescription(String description, int projectIndex); 
    13101287 
     
    13411318        void setROIID(String id, int ROIIndex); 
    13421319 
     1320        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1321        // Ignoring MicrobeamManipulation_BackReference back reference 
    13431322        void setROIName(String name, int ROIIndex); 
    13441323 
    13451324        void setROINamespace(String namespace, int ROIIndex); 
    13461325 
    1347         void setROIUnion(String union, int ROIIndex); 
    1348  
     1326        // Ignoring Union element, complex property 
    13491327        // ROIRef property storage 
    13501328        // {u'Image': {u'OME': None}, u'MicrobeamManipulation': {u'Experiment': {u'OME': None}}} 
     
    13681346        void setReagentReagentIdentifier(String reagentIdentifier, int screenIndex, int reagentIndex); 
    13691347 
     1348        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    13701349        // ReagentRef property storage 
    13711350        // {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}} 
     
    14461425        void setScreenProtocolIdentifier(String protocolIdentifier, int screenIndex); 
    14471426 
    1448         void setScreenReagent(String reagent, int screenIndex, int reagentIndex); 
    1449  
     1427        // Ignoring Reagent element, complex property 
    14501428        void setScreenReagentSetDescription(String reagentSetDescription, int screenIndex); 
    14511429 
     
    14771455        // Is multi path? False 
    14781456 
     1457        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1458        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1459        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    14791460        void setStringAnnotationID(String id, int stringAnnotationIndex); 
    14801461 
     1462        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1463        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    14811464        void setStringAnnotationNamespace(String namespace, int stringAnnotationIndex); 
    14821465 
     1466        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1467        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1468        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1469        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1470        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1471        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1472        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1473        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1474        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    14831475        void setStringAnnotationValue(String value, int stringAnnotationIndex); 
    14841476 
     1477        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1478        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    14851479        // StructuredAnnotations property storage 
    14861480        // {u'OME': None} 
    14871481        // Is multi path? False 
    14881482 
    1489         void setStructuredAnnotationsBooleanAnnotation(String booleanAnnotation); 
    1490  
    1491         void setStructuredAnnotationsDoubleAnnotation(String doubleAnnotation); 
    1492  
    1493         void setStructuredAnnotationsFileAnnotation(String fileAnnotation); 
    1494  
    1495         void setStructuredAnnotationsListAnnotation(String listAnnotation); 
    1496  
    1497         void setStructuredAnnotationsLongAnnotation(String longAnnotation); 
    1498  
    1499         void setStructuredAnnotationsStringAnnotation(String stringAnnotation); 
    1500  
    1501         void setStructuredAnnotationsTimestampAnnotation(String timestampAnnotation); 
    1502  
    1503         void setStructuredAnnotationsXMLAnnotation(String xmlannotation); 
    1504  
     1483        // Ignoring BooleanAnnotation element, complex property 
     1484        // Ignoring DoubleAnnotation element, complex property 
     1485        // Ignoring FileAnnotation element, complex property 
     1486        // Ignoring ListAnnotation element, complex property 
     1487        // Ignoring LongAnnotation element, complex property 
     1488        // Ignoring StringAnnotation element, complex property 
     1489        // Ignoring TimestampAnnotation element, complex property 
     1490        // Ignoring XMLAnnotation element, complex property 
    15051491        // Text property storage 
    15061492        // {u'Shape': {u'Union': {u'ROI': {u'OME': None}}}} 
     
    15681554        void setTiffDataPlaneCount(Integer planeCount, int imageIndex, int tiffDataIndex); 
    15691555 
    1570         void setTiffDataUUID(String uuid, int imageIndex, int tiffDataIndex); 
    1571  
     1556        // Ignoring UUID element, complex property 
    15721557        // TimestampAnnotation property storage 
    15731558        // {u'StructuredAnnotations': {u'OME': None}} 
    15741559        // Is multi path? False 
    15751560 
     1561        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1562        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1563        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    15761564        void setTimestampAnnotationID(String id, int timestampAnnotationIndex); 
    15771565 
     1566        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1567        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    15781568        void setTimestampAnnotationNamespace(String namespace, int timestampAnnotationIndex); 
    15791569 
     1570        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1571        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1572        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1573        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1574        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1575        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1576        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1577        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1578        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    15801579        void setTimestampAnnotationValue(String value, int timestampAnnotationIndex); 
    15811580 
     1581        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1582        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    15821583        // TransmittanceRange property storage 
    15831584        // {u'Filter': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
     
    15921593        void setTransmittanceRangeCutOutTolerance(Integer cutOutTolerance, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    15931594 
    1594         void setTransmittanceRangeTransmittance(String transmittance, int instrumentIndex, int filterIndex); 
     1595        void setTransmittanceRangeTransmittance(PercentFraction transmittance, int instrumentIndex, int filterIndex); 
    15951596 
    15961597        // UUID property storage 
     
    16041605        // Is multi path? False 
    16051606 
    1606         void setUnionShape(String shape, int ROIIndex, int shapeIndex); 
    1607  
     1607        // Ignoring Shape element, complex property 
    16081608        // Well property storage 
    16091609        // {u'Plate': {u'OME': None}} 
     
    16281628        void setWellStatus(String status, int plateIndex, int wellIndex); 
    16291629 
    1630         void setWellWellSample(String wellSample, int plateIndex, int wellIndex, int wellSampleIndex); 
    1631  
     1630        // Ignoring WellSample element, complex property 
    16321631        // WellSample property storage 
    16331632        // {u'Well': {u'Plate': {u'OME': None}}} 
     
    16421641        void setWellSampleIndex(NonNegativeInteger index, int plateIndex, int wellIndex, int wellSampleIndex); 
    16431642 
     1643        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
    16441644        void setWellSamplePositionX(Double positionX, int plateIndex, int wellIndex, int wellSampleIndex); 
    16451645 
     
    16591659        // Is multi path? False 
    16601660 
     1661        // Ignoring Channel_BackReference back reference 
     1662        // Ignoring Dataset_BackReference back reference 
     1663        // Ignoring Experimenter_BackReference back reference 
    16611664        void setXMLAnnotationID(String id, int XMLAnnotationIndex); 
    16621665 
     1666        // Ignoring Image_BackReference back reference 
     1667        // Ignoring ListAnnotation_BackReference back reference 
    16631668        void setXMLAnnotationNamespace(String namespace, int XMLAnnotationIndex); 
    16641669 
     1670        // Ignoring Pixels_BackReference back reference 
     1671        // Ignoring Plane_BackReference back reference 
     1672        // Ignoring PlateAcquisition_BackReference back reference 
     1673        // Ignoring Plate_BackReference back reference 
     1674        // Ignoring Project_BackReference back reference 
     1675        // Ignoring ROI_BackReference back reference 
     1676        // Ignoring Reagent_BackReference back reference 
     1677        // Ignoring Screen_BackReference back reference 
     1678        // Ignoring Shape_BackReference back reference 
    16651679        void setXMLAnnotationValue(String value, int XMLAnnotationIndex); 
    16661680 
     1681        // Ignoring WellSample_BackReference back reference 
     1682        // Ignoring Well_BackReference back reference 
    16671683} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.