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05/03/10 09:03:16 (10 years ago)
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callan
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Re-run of code generation ( ome-xml:r583).

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     35 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-03 15:00:30+0100 
    3636 * 
    3737 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    284284        } 
    285285 
    286                 // Parents: {u'LightPath': {u'Channel': {u'Pixels': {u'Image': {u'OME': None}}}}, u'FilterSet': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
    287286        // ExcitationFilterRef entity counting 
    288287        public int getLightPathExcitationFilterRefCount(int imageIndex, int channelIndex) 
     
    50875086                // FileName is not a reference 
    50885087                OME o0 = root; 
     5088                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     5089                { 
     5090                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     5091                } 
    50895092                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    50905093                if (o1.sizeOfFileAnnotationList() == fileAnnotationIndex) 
     
    50935096                } 
    50945097                FileAnnotation o2 = o1.getFileAnnotation(fileAnnotationIndex); 
     5098                if (o2.getBinaryFile() == null) 
     5099                { 
     5100                        o2.setBinaryFile(new BinaryFile()); 
     5101                } 
    50955102                BinaryFile o3 = o2.getBinaryFile(); 
    50965103                o3.setFileName(fileName); 
     
    51125119                } 
    51135120                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     5121                if (o2.getBinaryFile() == null) 
     5122                { 
     5123                        o2.setBinaryFile(new BinaryFile()); 
     5124                } 
    51145125                BinaryFile o3 = o2.getBinaryFile(); 
    51155126                o3.setFileName(fileName); 
     
    51215132                // MIMEType is not a reference 
    51225133                OME o0 = root; 
     5134                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     5135                { 
     5136                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     5137                } 
    51235138                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    51245139                if (o1.sizeOfFileAnnotationList() == fileAnnotationIndex) 
     
    51275142                } 
    51285143                FileAnnotation o2 = o1.getFileAnnotation(fileAnnotationIndex); 
     5144                if (o2.getBinaryFile() == null) 
     5145                { 
     5146                        o2.setBinaryFile(new BinaryFile()); 
     5147                } 
    51295148                BinaryFile o3 = o2.getBinaryFile(); 
    51305149                o3.setMIMEType(mimetype); 
     
    51465165                } 
    51475166                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     5167                if (o2.getBinaryFile() == null) 
     5168                { 
     5169                        o2.setBinaryFile(new BinaryFile()); 
     5170                } 
    51485171                BinaryFile o3 = o2.getBinaryFile(); 
    51495172                o3.setMIMEType(mimetype); 
     
    51555178                // Size is not a reference 
    51565179                OME o0 = root; 
     5180                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     5181                { 
     5182                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     5183                } 
    51575184                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    51585185                if (o1.sizeOfFileAnnotationList() == fileAnnotationIndex) 
     
    51615188                } 
    51625189                FileAnnotation o2 = o1.getFileAnnotation(fileAnnotationIndex); 
     5190                if (o2.getBinaryFile() == null) 
     5191                { 
     5192                        o2.setBinaryFile(new BinaryFile()); 
     5193                } 
    51635194                BinaryFile o3 = o2.getBinaryFile(); 
    51645195                o3.setSize(size); 
     
    51805211                } 
    51815212                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     5213                if (o2.getBinaryFile() == null) 
     5214                { 
     5215                        o2.setBinaryFile(new BinaryFile()); 
     5216                } 
    51825217                BinaryFile o3 = o2.getBinaryFile(); 
    51835218                o3.setSize(size); 
     
    51985233                // ID is not a reference 
    51995234                OME o0 = root; 
     5235                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     5236                { 
     5237                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     5238                } 
    52005239                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    52015240                if (o1.sizeOfBooleanAnnotationList() == booleanAnnotationIndex) 
     
    52155254                // Namespace is not a reference 
    52165255                OME o0 = root; 
     5256                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     5257                { 
     5258                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     5259                } 
    52175260                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    52185261                if (o1.sizeOfBooleanAnnotationList() == booleanAnnotationIndex) 
     
    52385281                // Value is not a reference 
    52395282                OME o0 = root; 
     5283                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     5284                { 
     5285                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     5286                } 
    52405287                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    52415288                if (o1.sizeOfBooleanAnnotationList() == booleanAnnotationIndex) 
     
    52655312                } 
    52665313                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5314                if (o1.getPixels() == null) 
     5315                { 
     5316                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5317                } 
    52675318                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    52685319                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    52955346                } 
    52965347                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5348                if (o1.getPixels() == null) 
     5349                { 
     5350                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5351                } 
    52975352                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    52985353                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    53145369                } 
    53155370                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5371                if (o1.getPixels() == null) 
     5372                { 
     5373                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5374                } 
    53165375                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    53175376                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    53345393                } 
    53355394                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5395                if (o1.getPixels() == null) 
     5396                { 
     5397                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5398                } 
    53365399                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    53375400                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    53535416                } 
    53545417                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5418                if (o1.getPixels() == null) 
     5419                { 
     5420                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5421                } 
    53555422                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    53565423                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    53835450                } 
    53845451                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5452                if (o1.getPixels() == null) 
     5453                { 
     5454                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5455                } 
    53855456                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    53865457                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    54025473                } 
    54035474                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5475                if (o1.getPixels() == null) 
     5476                { 
     5477                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5478                } 
    54045479                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    54055480                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    54225497                } 
    54235498                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5499                if (o1.getPixels() == null) 
     5500                { 
     5501                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5502                } 
    54245503                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    54255504                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    54435522                } 
    54445523                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5524                if (o1.getPixels() == null) 
     5525                { 
     5526                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5527                } 
    54455528                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    54465529                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    54625545                } 
    54635546                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5547                if (o1.getPixels() == null) 
     5548                { 
     5549                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5550                } 
    54645551                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    54655552                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    54925579                } 
    54935580                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5581                if (o1.getPixels() == null) 
     5582                { 
     5583                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5584                } 
    54945585                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    54955586                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    55115602                } 
    55125603                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5604                if (o1.getPixels() == null) 
     5605                { 
     5606                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5607                } 
    55135608                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    55145609                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    55305625                } 
    55315626                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5627                if (o1.getPixels() == null) 
     5628                { 
     5629                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5630                } 
    55325631                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    55335632                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    58715970                } 
    58725971                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     5972                if (o1.getPixels() == null) 
     5973                { 
     5974                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     5975                } 
    58735976                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    58745977                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    58775980                } 
    58785981                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     5982                if (o3.getDetectorSettings() == null) 
     5983                { 
     5984                        o3.setDetectorSettings(new DetectorSettings()); 
     5985                } 
    58795986                DetectorSettings o4 = o3.getDetectorSettings(); 
    58805987                o4.setBinning(binning); 
     
    58915998                } 
    58925999                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     6000                if (o1.getPixels() == null) 
     6001                { 
     6002                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     6003                } 
    58936004                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    58946005                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    58976008                } 
    58986009                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     6010                if (o3.getDetectorSettings() == null) 
     6011                { 
     6012                        o3.setDetectorSettings(new DetectorSettings()); 
     6013                } 
    58996014                DetectorSettings o4 = o3.getDetectorSettings(); 
    59006015                o4.setGain(gain); 
     
    59116026                } 
    59126027                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     6028                if (o1.getPixels() == null) 
     6029                { 
     6030                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     6031                } 
    59136032                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    59146033                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    59176036                } 
    59186037                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     6038                if (o3.getDetectorSettings() == null) 
     6039                { 
     6040                        o3.setDetectorSettings(new DetectorSettings()); 
     6041                } 
    59196042                DetectorSettings o4 = o3.getDetectorSettings(); 
    59206043                model.addModelObject(id, o4); 
     
    59326055                } 
    59336056                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     6057                if (o1.getPixels() == null) 
     6058                { 
     6059                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     6060                } 
    59346061                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    59356062                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    59386065                } 
    59396066                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     6067                if (o3.getDetectorSettings() == null) 
     6068                { 
     6069                        o3.setDetectorSettings(new DetectorSettings()); 
     6070                } 
    59406071                DetectorSettings o4 = o3.getDetectorSettings(); 
    59416072                o4.setOffset(offset); 
     
    59526083                } 
    59536084                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     6085                if (o1.getPixels() == null) 
     6086                { 
     6087                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     6088                } 
    59546089                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    59556090                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    59586093                } 
    59596094                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     6095                if (o3.getDetectorSettings() == null) 
     6096                { 
     6097                        o3.setDetectorSettings(new DetectorSettings()); 
     6098                } 
    59606099                DetectorSettings o4 = o3.getDetectorSettings(); 
    59616100                o4.setReadOutRate(readOutRate); 
     
    59726111                } 
    59736112                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     6113                if (o1.getPixels() == null) 
     6114                { 
     6115                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     6116                } 
    59746117                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    59756118                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    59786121                } 
    59796122                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     6123                if (o3.getDetectorSettings() == null) 
     6124                { 
     6125                        o3.setDetectorSettings(new DetectorSettings()); 
     6126                } 
    59806127                DetectorSettings o4 = o3.getDetectorSettings(); 
    59816128                o4.setVoltage(voltage); 
     
    61056252                // ID is not a reference 
    61066253                OME o0 = root; 
     6254                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     6255                { 
     6256                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     6257                } 
    61076258                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    61086259                if (o1.sizeOfDoubleAnnotationList() == doubleAnnotationIndex) 
     
    61226273                // Namespace is not a reference 
    61236274                OME o0 = root; 
     6275                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     6276                { 
     6277                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     6278                } 
    61246279                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    61256280                if (o1.sizeOfDoubleAnnotationList() == doubleAnnotationIndex) 
     
    61456300                // Value is not a reference 
    61466301                OME o0 = root; 
     6302                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     6303                { 
     6304                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     6305                } 
    61476306                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    61486307                if (o1.sizeOfDoubleAnnotationList() == doubleAnnotationIndex) 
     
    61746333                } 
    61756334                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6335                if (o1.getUnion() == null) 
     6336                { 
     6337                        o1.setUnion(new Union()); 
     6338                } 
    61766339                Union o2 = o1.getUnion(); 
    61776340                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    61956358                } 
    61966359                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6360                if (o1.getUnion() == null) 
     6361                { 
     6362                        o1.setUnion(new Union()); 
     6363                } 
    61976364                Union o2 = o1.getUnion(); 
    61986365                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    62176384                } 
    62186385                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6386                if (o1.getUnion() == null) 
     6387                { 
     6388                        o1.setUnion(new Union()); 
     6389                } 
    62196390                Union o2 = o1.getUnion(); 
    62206391                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    62386409                } 
    62396410                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6411                if (o1.getUnion() == null) 
     6412                { 
     6413                        o1.setUnion(new Union()); 
     6414                } 
    62406415                Union o2 = o1.getUnion(); 
    62416416                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    62596434                } 
    62606435                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6436                if (o1.getUnion() == null) 
     6437                { 
     6438                        o1.setUnion(new Union()); 
     6439                } 
    62616440                Union o2 = o1.getUnion(); 
    62626441                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    62846463                } 
    62856464                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6465                if (o1.getUnion() == null) 
     6466                { 
     6467                        o1.setUnion(new Union()); 
     6468                } 
    62866469                Union o2 = o1.getUnion(); 
    62876470                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    63086491                } 
    63096492                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6493                if (o1.getUnion() == null) 
     6494                { 
     6495                        o1.setUnion(new Union()); 
     6496                } 
    63106497                Union o2 = o1.getUnion(); 
    63116498                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    63286515                } 
    63296516                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6517                if (o1.getUnion() == null) 
     6518                { 
     6519                        o1.setUnion(new Union()); 
     6520                } 
    63306521                Union o2 = o1.getUnion(); 
    63316522                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    63486539                } 
    63496540                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6541                if (o1.getUnion() == null) 
     6542                { 
     6543                        o1.setUnion(new Union()); 
     6544                } 
    63506545                Union o2 = o1.getUnion(); 
    63516546                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    63696564                } 
    63706565                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6566                if (o1.getUnion() == null) 
     6567                { 
     6568                        o1.setUnion(new Union()); 
     6569                } 
    63716570                Union o2 = o1.getUnion(); 
    63726571                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    63896588                } 
    63906589                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6590                if (o1.getUnion() == null) 
     6591                { 
     6592                        o1.setUnion(new Union()); 
     6593                } 
    63916594                Union o2 = o1.getUnion(); 
    63926595                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    64096612                } 
    64106613                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6614                if (o1.getUnion() == null) 
     6615                { 
     6616                        o1.setUnion(new Union()); 
     6617                } 
    64116618                Union o2 = o1.getUnion(); 
    64126619                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    64296636                } 
    64306637                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6638                if (o1.getUnion() == null) 
     6639                { 
     6640                        o1.setUnion(new Union()); 
     6641                } 
    64316642                Union o2 = o1.getUnion(); 
    64326643                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    64486659                } 
    64496660                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6661                if (o1.getUnion() == null) 
     6662                { 
     6663                        o1.setUnion(new Union()); 
     6664                } 
    64506665                Union o2 = o1.getUnion(); 
    64516666                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    64676682                } 
    64686683                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6684                if (o1.getUnion() == null) 
     6685                { 
     6686                        o1.setUnion(new Union()); 
     6687                } 
    64696688                Union o2 = o1.getUnion(); 
    64706689                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    64866705                } 
    64876706                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6707                if (o1.getUnion() == null) 
     6708                { 
     6709                        o1.setUnion(new Union()); 
     6710                } 
    64886711                Union o2 = o1.getUnion(); 
    64896712                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    65056728                } 
    65066729                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     6730                if (o1.getUnion() == null) 
     6731                { 
     6732                        o1.setUnion(new Union()); 
     6733                } 
    65076734                Union o2 = o1.getUnion(); 
    65086735                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    69137140                // ID is not a reference 
    69147141                OME o0 = root; 
     7142                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     7143                { 
     7144                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     7145                } 
    69157146                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    69167147                if (o1.sizeOfFileAnnotationList() == fileAnnotationIndex) 
     
    69307161                // Namespace is not a reference 
    69317162                OME o0 = root; 
     7163                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     7164                { 
     7165                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     7166                } 
    69327167                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    69337168                if (o1.sizeOfFileAnnotationList() == fileAnnotationIndex) 
     
    74887723                } 
    74897724                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     7725                if (o1.getImagingEnvironment() == null) 
     7726                { 
     7727                        o1.setImagingEnvironment(new ImagingEnvironment()); 
     7728                } 
    74907729                ImagingEnvironment o2 = o1.getImagingEnvironment(); 
    74917730                o2.setAirPressure(airPressure); 
     
    75027741                } 
    75037742                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     7743                if (o1.getImagingEnvironment() == null) 
     7744                { 
     7745                        o1.setImagingEnvironment(new ImagingEnvironment()); 
     7746                } 
    75047747                ImagingEnvironment o2 = o1.getImagingEnvironment(); 
    75057748                o2.setCO2Percent(co2percent); 
     
    75167759                } 
    75177760                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     7761                if (o1.getImagingEnvironment() == null) 
     7762                { 
     7763                        o1.setImagingEnvironment(new ImagingEnvironment()); 
     7764                } 
    75187765                ImagingEnvironment o2 = o1.getImagingEnvironment(); 
    75197766                o2.setHumidity(humidity); 
     
    75307777                } 
    75317778                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     7779                if (o1.getImagingEnvironment() == null) 
     7780                { 
     7781                        o1.setImagingEnvironment(new ImagingEnvironment()); 
     7782                } 
    75327783                ImagingEnvironment o2 = o1.getImagingEnvironment(); 
    75337784                o2.setTemperature(temperature); 
     
    77738024        { 
    77748025                // Parents: {u'LightSource': {u'Instrument': {u'OME': None}}} 
     8026                // Pump is abstract proprietary and is a reference 
     8027                Pump pump_reference = new Pump(); 
     8028                pump_reference.setID(pump); 
     8029                model.addReference( 
     8030                                root.getInstrument(instrumentIndex).getLightSource(lightSourceIndex), 
     8031                                pump_reference); 
    77758032                // LightSource is abstract proprietary 
    7776                 Laser o = (Laser) root.getInstrument(instrumentIndex).getLightSource(lightSourceIndex); 
    7777                 // TODO: Do link here 
    77788033        } 
    77798034 
     
    80408295                } 
    80418296                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     8297                if (o1.getPixels() == null) 
     8298                { 
     8299                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     8300                } 
    80428301                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    80438302                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    80468305                } 
    80478306                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     8307                if (o3.getLightSourceSettings() == null) 
     8308                { 
     8309                        o3.setLightSourceSettings(new LightSourceSettings()); 
     8310                } 
    80488311                LightSourceSettings o4 = o3.getLightSourceSettings(); 
    80498312                o4.setAttenuation(attenuation); 
     
    80838346                } 
    80848347                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     8348                if (o1.getPixels() == null) 
     8349                { 
     8350                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     8351                } 
    80858352                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    80868353                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    80898356                } 
    80908357                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     8358                if (o3.getLightSourceSettings() == null) 
     8359                { 
     8360                        o3.setLightSourceSettings(new LightSourceSettings()); 
     8361                } 
    80918362                LightSourceSettings o4 = o3.getLightSourceSettings(); 
    80928363                model.addModelObject(id, o4); 
     
    81288399                } 
    81298400                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     8401                if (o1.getPixels() == null) 
     8402                { 
     8403                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     8404                } 
    81308405                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    81318406                if (o2.sizeOfChannelList() == channelIndex) 
     
    81348409                } 
    81358410                Channel o3 = o2.getChannel(channelIndex); 
     8411                if (o3.getLightSourceSettings() == null) 
     8412                { 
     8413                        o3.setLightSourceSettings(new LightSourceSettings()); 
     8414                } 
    81368415                LightSourceSettings o4 = o3.getLightSourceSettings(); 
    81378416                o4.setWavelength(wavelength); 
     
    81798458                } 
    81808459                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8460                if (o1.getUnion() == null) 
     8461                { 
     8462                        o1.setUnion(new Union()); 
     8463                } 
    81818464                Union o2 = o1.getUnion(); 
    81828465                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    82008483                } 
    82018484                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8485                if (o1.getUnion() == null) 
     8486                { 
     8487                        o1.setUnion(new Union()); 
     8488                } 
    82028489                Union o2 = o1.getUnion(); 
    82038490                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    82228509                } 
    82238510                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8511                if (o1.getUnion() == null) 
     8512                { 
     8513                        o1.setUnion(new Union()); 
     8514                } 
    82248515                Union o2 = o1.getUnion(); 
    82258516                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    82438534                } 
    82448535                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8536                if (o1.getUnion() == null) 
     8537                { 
     8538                        o1.setUnion(new Union()); 
     8539                } 
    82458540                Union o2 = o1.getUnion(); 
    82468541                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    82648559                } 
    82658560                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8561                if (o1.getUnion() == null) 
     8562                { 
     8563                        o1.setUnion(new Union()); 
     8564                } 
    82668565                Union o2 = o1.getUnion(); 
    82678566                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    82898588                } 
    82908589                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8590                if (o1.getUnion() == null) 
     8591                { 
     8592                        o1.setUnion(new Union()); 
     8593                } 
    82918594                Union o2 = o1.getUnion(); 
    82928595                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    83138616                } 
    83148617                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8618                if (o1.getUnion() == null) 
     8619                { 
     8620                        o1.setUnion(new Union()); 
     8621                } 
    83158622                Union o2 = o1.getUnion(); 
    83168623                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    83338640                } 
    83348641                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8642                if (o1.getUnion() == null) 
     8643                { 
     8644                        o1.setUnion(new Union()); 
     8645                } 
    83358646                Union o2 = o1.getUnion(); 
    83368647                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    83538664                } 
    83548665                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8666                if (o1.getUnion() == null) 
     8667                { 
     8668                        o1.setUnion(new Union()); 
     8669                } 
    83558670                Union o2 = o1.getUnion(); 
    83568671                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    83748689                } 
    83758690                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8691                if (o1.getUnion() == null) 
     8692                { 
     8693                        o1.setUnion(new Union()); 
     8694                } 
    83768695                Union o2 = o1.getUnion(); 
    83778696                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    83948713                } 
    83958714                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8715                if (o1.getUnion() == null) 
     8716                { 
     8717                        o1.setUnion(new Union()); 
     8718                } 
    83968719                Union o2 = o1.getUnion(); 
    83978720                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    84148737                } 
    84158738                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8739                if (o1.getUnion() == null) 
     8740                { 
     8741                        o1.setUnion(new Union()); 
     8742                } 
    84168743                Union o2 = o1.getUnion(); 
    84178744                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    84348761                } 
    84358762                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8763                if (o1.getUnion() == null) 
     8764                { 
     8765                        o1.setUnion(new Union()); 
     8766                } 
    84368767                Union o2 = o1.getUnion(); 
    84378768                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    84538784                } 
    84548785                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8786                if (o1.getUnion() == null) 
     8787                { 
     8788                        o1.setUnion(new Union()); 
     8789                } 
    84558790                Union o2 = o1.getUnion(); 
    84568791                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    84728807                } 
    84738808                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8809                if (o1.getUnion() == null) 
     8810                { 
     8811                        o1.setUnion(new Union()); 
     8812                } 
    84748813                Union o2 = o1.getUnion(); 
    84758814                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    84918830                } 
    84928831                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8832                if (o1.getUnion() == null) 
     8833                { 
     8834                        o1.setUnion(new Union()); 
     8835                } 
    84938836                Union o2 = o1.getUnion(); 
    84948837                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    85108853                } 
    85118854                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     8855                if (o1.getUnion() == null) 
     8856                { 
     8857                        o1.setUnion(new Union()); 
     8858                } 
    85128859                Union o2 = o1.getUnion(); 
    85138860                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    85448891                // ID is not a reference 
    85458892                OME o0 = root; 
     8893                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     8894                { 
     8895                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     8896                } 
    85468897                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    85478898                if (o1.sizeOfListAnnotationList() == listAnnotationIndex) 
     
    85618912                // Namespace is not a reference 
    85628913                OME o0 = root; 
     8914                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     8915                { 
     8916                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     8917                } 
    85638918                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    85648919                if (o1.sizeOfListAnnotationList() == listAnnotationIndex) 
     
    85958950                // ID is not a reference 
    85968951                OME o0 = root; 
     8952                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     8953                { 
     8954                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     8955                } 
    85978956                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    85988957                if (o1.sizeOfLongAnnotationList() == longAnnotationIndex) 
     
    86128971                // Namespace is not a reference 
    86138972                OME o0 = root; 
     8973                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     8974                { 
     8975                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     8976                } 
    86148977                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    86158978                if (o1.sizeOfLongAnnotationList() == longAnnotationIndex) 
     
    86358998                // Value is not a reference 
    86368999                OME o0 = root; 
     9000                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     9001                { 
     9002                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     9003                } 
    86379004                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    86389005                if (o1.sizeOfLongAnnotationList() == longAnnotationIndex) 
     
    86649031                } 
    86659032                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9033                if (o1.getUnion() == null) 
     9034                { 
     9035                        o1.setUnion(new Union()); 
     9036                } 
    86669037                Union o2 = o1.getUnion(); 
    86679038                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    86859056                } 
    86869057                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9058                if (o1.getUnion() == null) 
     9059                { 
     9060                        o1.setUnion(new Union()); 
     9061                } 
    86879062                Union o2 = o1.getUnion(); 
    86889063                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    87079082                } 
    87089083                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9084                if (o1.getUnion() == null) 
     9085                { 
     9086                        o1.setUnion(new Union()); 
     9087                } 
    87099088                Union o2 = o1.getUnion(); 
    87109089                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    87289107                } 
    87299108                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9109                if (o1.getUnion() == null) 
     9110                { 
     9111                        o1.setUnion(new Union()); 
     9112                } 
    87309113                Union o2 = o1.getUnion(); 
    87319114                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    87499132                } 
    87509133                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9134                if (o1.getUnion() == null) 
     9135                { 
     9136                        o1.setUnion(new Union()); 
     9137                } 
    87519138                Union o2 = o1.getUnion(); 
    87529139                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    87749161                } 
    87759162                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9163                if (o1.getUnion() == null) 
     9164                { 
     9165                        o1.setUnion(new Union()); 
     9166                } 
    87769167                Union o2 = o1.getUnion(); 
    87779168                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    87989189                } 
    87999190                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9191                if (o1.getUnion() == null) 
     9192                { 
     9193                        o1.setUnion(new Union()); 
     9194                } 
    88009195                Union o2 = o1.getUnion(); 
    88019196                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    88189213                } 
    88199214                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9215                if (o1.getUnion() == null) 
     9216                { 
     9217                        o1.setUnion(new Union()); 
     9218                } 
    88209219                Union o2 = o1.getUnion(); 
    88219220                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    88389237                } 
    88399238                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9239                if (o1.getUnion() == null) 
     9240                { 
     9241                        o1.setUnion(new Union()); 
     9242                } 
    88409243                Union o2 = o1.getUnion(); 
    88419244                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    88599262                } 
    88609263                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9264                if (o1.getUnion() == null) 
     9265                { 
     9266                        o1.setUnion(new Union()); 
     9267                } 
    88619268                Union o2 = o1.getUnion(); 
    88629269                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    88799286                } 
    88809287                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9288                if (o1.getUnion() == null) 
     9289                { 
     9290                        o1.setUnion(new Union()); 
     9291                } 
    88819292                Union o2 = o1.getUnion(); 
    88829293                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    88999310                } 
    89009311                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9312                if (o1.getUnion() == null) 
     9313                { 
     9314                        o1.setUnion(new Union()); 
     9315                } 
    89019316                Union o2 = o1.getUnion(); 
    89029317                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    89199334                } 
    89209335                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9336                if (o1.getUnion() == null) 
     9337                { 
     9338                        o1.setUnion(new Union()); 
     9339                } 
    89219340                Union o2 = o1.getUnion(); 
    89229341                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    89399358                } 
    89409359                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9360                if (o1.getUnion() == null) 
     9361                { 
     9362                        o1.setUnion(new Union()); 
     9363                } 
    89419364                Union o2 = o1.getUnion(); 
    89429365                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    89589381                } 
    89599382                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     9383                if (o1.getUnion() == null) 
     9384                { 
     9385                        o1.setUnion(new Union()); 
     9386                } 
    89609387                Union o2 = o1.getUnion(); 
    89619388                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    90669493                } 
    90679494                Instrument o1 = o0.getInstrument(instrumentIndex); 
     9495                if (o1.getMicroscope() == null) 
     9496                { 
     9497                        o1.setMicroscope(new Microscope()); 
     9498                } 
    90689499                Microscope o2 = o1.getMicroscope(); 
    90699500                o2.setLotNumber(lotNumber); 
     
    90809511                } 
    90819512                Instrument o1 = o0.getInstrument(instrumentIndex); 
     9513                if (o1.getMicroscope() == null) 
     9514                { 
     9515                        o1.setMicroscope(new Microscope()); 
     9516                } 
    90829517                Microscope o2 = o1.getMicroscope(); 
    90839518                o2.setManufacturer(manufacturer); 
     
    90949529                } 
    90959530                Instrument o1 = o0.getInstrument(instrumentIndex); 
     9531                if (o1.getMicroscope() == null) 
     9532                { 
     9533                        o1.setMicroscope(new Microscope()); 
     9534                } 
    90969535                Microscope o2 = o1.getMicroscope(); 
    90979536                o2.setModel(model); 
     
    91089547                } 
    91099548                Instrument o1 = o0.getInstrument(instrumentIndex); 
     9549                if (o1.getMicroscope() == null) 
     9550                { 
     9551                        o1.setMicroscope(new Microscope()); 
     9552                } 
    91109553                Microscope o2 = o1.getMicroscope(); 
    91119554                o2.setSerialNumber(serialNumber); 
     
    91229565                } 
    91239566                Instrument o1 = o0.getInstrument(instrumentIndex); 
     9567                if (o1.getMicroscope() == null) 
     9568                { 
     9569                        o1.setMicroscope(new Microscope()); 
     9570                } 
    91249571                Microscope o2 = o1.getMicroscope(); 
    91259572                o2.setType(type); 
     
    94869933                } 
    94879934                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     9935                if (o1.getObjectiveSettings() == null) 
     9936                { 
     9937                        o1.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     9938                } 
    94889939                ObjectiveSettings o2 = o1.getObjectiveSettings(); 
    94899940                o2.setCorrectionCollar(correctionCollar); 
     
    95059956                } 
    95069957                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     9958                if (o2.getObjectiveSettings() == null) 
     9959                { 
     9960                        o2.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     9961                } 
    95079962                ObjectiveSettings o3 = o2.getObjectiveSettings(); 
    95089963                o3.setCorrectionCollar(correctionCollar); 
     
    95199974                } 
    95209975                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     9976                if (o1.getObjectiveSettings() == null) 
     9977                { 
     9978                        o1.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     9979                } 
    95219980                ObjectiveSettings o2 = o1.getObjectiveSettings(); 
    95229981                model.addModelObject(id, o2); 
     
    95399998                } 
    95409999                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     10000                if (o2.getObjectiveSettings() == null) 
     10001                { 
     10002                        o2.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     10003                } 
    954110004                ObjectiveSettings o3 = o2.getObjectiveSettings(); 
    954210005                model.addModelObject(id, o3); 
     
    955410017                } 
    955510018                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10019                if (o1.getObjectiveSettings() == null) 
     10020                { 
     10021                        o1.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     10022                } 
    955610023                ObjectiveSettings o2 = o1.getObjectiveSettings(); 
    955710024                o2.setMedium(medium); 
     
    957310040                } 
    957410041                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     10042                if (o2.getObjectiveSettings() == null) 
     10043                { 
     10044                        o2.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     10045                } 
    957510046                ObjectiveSettings o3 = o2.getObjectiveSettings(); 
    957610047                o3.setMedium(medium); 
     
    958710058                } 
    958810059                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10060                if (o1.getObjectiveSettings() == null) 
     10061                { 
     10062                        o1.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     10063                } 
    958910064                ObjectiveSettings o2 = o1.getObjectiveSettings(); 
    959010065                o2.setRefractiveIndex(refractiveIndex); 
     
    960610081                } 
    960710082                OTF o2 = o1.getOTF(OTFIndex); 
     10083                if (o2.getObjectiveSettings() == null) 
     10084                { 
     10085                        o2.setObjectiveSettings(new ObjectiveSettings()); 
     10086                } 
    960810087                ObjectiveSettings o3 = o2.getObjectiveSettings(); 
    960910088                o3.setRefractiveIndex(refractiveIndex); 
     
    962810107                } 
    962910108                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10109                if (o1.getUnion() == null) 
     10110                { 
     10111                        o1.setUnion(new Union()); 
     10112                } 
    963010113                Union o2 = o1.getUnion(); 
    963110114                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    964910132                } 
    965010133                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10134                if (o1.getUnion() == null) 
     10135                { 
     10136                        o1.setUnion(new Union()); 
     10137                } 
    965110138                Union o2 = o1.getUnion(); 
    965210139                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    967110158                } 
    967210159                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10160                if (o1.getUnion() == null) 
     10161                { 
     10162                        o1.setUnion(new Union()); 
     10163                } 
    967310164                Union o2 = o1.getUnion(); 
    967410165                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    969210183                } 
    969310184                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10185                if (o1.getUnion() == null) 
     10186                { 
     10187                        o1.setUnion(new Union()); 
     10188                } 
    969410189                Union o2 = o1.getUnion(); 
    969510190                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    971310208                } 
    971410209                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10210                if (o1.getUnion() == null) 
     10211                { 
     10212                        o1.setUnion(new Union()); 
     10213                } 
    971510214                Union o2 = o1.getUnion(); 
    971610215                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    973810237                } 
    973910238                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10239                if (o1.getUnion() == null) 
     10240                { 
     10241                        o1.setUnion(new Union()); 
     10242                } 
    974010243                Union o2 = o1.getUnion(); 
    974110244                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    976210265                } 
    976310266                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10267                if (o1.getUnion() == null) 
     10268                { 
     10269                        o1.setUnion(new Union()); 
     10270                } 
    976410271                Union o2 = o1.getUnion(); 
    976510272                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    978210289                } 
    978310290                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10291                if (o1.getUnion() == null) 
     10292                { 
     10293                        o1.setUnion(new Union()); 
     10294                } 
    978410295                Union o2 = o1.getUnion(); 
    978510296                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    980210313                } 
    980310314                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10315                if (o1.getUnion() == null) 
     10316                { 
     10317                        o1.setUnion(new Union()); 
     10318                } 
    980410319                Union o2 = o1.getUnion(); 
    980510320                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    982310338                } 
    982410339                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10340                if (o1.getUnion() == null) 
     10341                { 
     10342                        o1.setUnion(new Union()); 
     10343                } 
    982510344                Union o2 = o1.getUnion(); 
    982610345                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    984310362                } 
    984410363                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10364                if (o1.getUnion() == null) 
     10365                { 
     10366                        o1.setUnion(new Union()); 
     10367                } 
    984510368                Union o2 = o1.getUnion(); 
    984610369                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    986310386                } 
    986410387                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10388                if (o1.getUnion() == null) 
     10389                { 
     10390                        o1.setUnion(new Union()); 
     10391                } 
    986510392                Union o2 = o1.getUnion(); 
    986610393                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    988310410                } 
    988410411                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10412                if (o1.getUnion() == null) 
     10413                { 
     10414                        o1.setUnion(new Union()); 
     10415                } 
    988510416                Union o2 = o1.getUnion(); 
    988610417                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    990210433                } 
    990310434                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     10435                if (o1.getUnion() == null) 
     10436                { 
     10437                        o1.setUnion(new Union()); 
     10438                } 
    990410439                Union o2 = o1.getUnion(); 
    990510440                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    994010475                } 
    994110476                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10477                if (o1.getPixels() == null) 
     10478                { 
     10479                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10480                } 
    994210481                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    994310482                o2.setDimensionOrder(dimensionOrder); 
     
    995410493                } 
    995510494                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10495                if (o1.getPixels() == null) 
     10496                { 
     10497                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10498                } 
    995610499                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    995710500                model.addModelObject(id, o2); 
     
    997010513                } 
    997110514                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10515                if (o1.getPixels() == null) 
     10516                { 
     10517                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10518                } 
    997210519                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    997310520                o2.setPhysicalSizeX(physicalSizeX); 
     
    998410531                } 
    998510532                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10533                if (o1.getPixels() == null) 
     10534                { 
     10535                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10536                } 
    998610537                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    998710538                o2.setPhysicalSizeY(physicalSizeY); 
     
    999810549                } 
    999910550                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10551                if (o1.getPixels() == null) 
     10552                { 
     10553                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10554                } 
    1000010555                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1000110556                o2.setPhysicalSizeZ(physicalSizeZ); 
     
    1001310568                } 
    1001410569                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10570                if (o1.getPixels() == null) 
     10571                { 
     10572                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10573                } 
    1001510574                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1001610575                o2.setSizeC(sizeC); 
     
    1002710586                } 
    1002810587                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10588                if (o1.getPixels() == null) 
     10589                { 
     10590                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10591                } 
    1002910592                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1003010593                o2.setSizeT(sizeT); 
     
    1004110604                } 
    1004210605                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10606                if (o1.getPixels() == null) 
     10607                { 
     10608                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10609                } 
    1004310610                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1004410611                o2.setSizeX(sizeX); 
     
    1005510622                } 
    1005610623                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10624                if (o1.getPixels() == null) 
     10625                { 
     10626                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10627                } 
    1005710628                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1005810629                o2.setSizeY(sizeY); 
     
    1006910640                } 
    1007010641                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10642                if (o1.getPixels() == null) 
     10643                { 
     10644                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10645                } 
    1007110646                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1007210647                o2.setSizeZ(sizeZ); 
     
    1008410659                } 
    1008510660                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10661                if (o1.getPixels() == null) 
     10662                { 
     10663                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10664                } 
    1008610665                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1008710666                o2.setTimeIncrement(timeIncrement); 
     
    1009810677                } 
    1009910678                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10679                if (o1.getPixels() == null) 
     10680                { 
     10681                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10682                } 
    1010010683                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1010110684                o2.setType(type); 
     
    1012910712                } 
    1013010713                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10714                if (o1.getPixels() == null) 
     10715                { 
     10716                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10717                } 
    1013110718                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1013210719                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1014810735                } 
    1014910736                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10737                if (o1.getPixels() == null) 
     10738                { 
     10739                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10740                } 
    1015010741                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1015110742                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1016710758                } 
    1016810759                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10760                if (o1.getPixels() == null) 
     10761                { 
     10762                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10763                } 
    1016910764                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1017010765                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1018610781                } 
    1018710782                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10783                if (o1.getPixels() == null) 
     10784                { 
     10785                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10786                } 
    1018810787                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1018910788                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1020510804                } 
    1020610805                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10806                if (o1.getPixels() == null) 
     10807                { 
     10808                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10809                } 
    1020710810                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1020810811                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1022410827                } 
    1022510828                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10829                if (o1.getPixels() == null) 
     10830                { 
     10831                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10832                } 
    1022610833                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1022710834                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1024310850                } 
    1024410851                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10852                if (o1.getPixels() == null) 
     10853                { 
     10854                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10855                } 
    1024510856                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1024610857                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1026210873                } 
    1026310874                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10875                if (o1.getPixels() == null) 
     10876                { 
     10877                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10878                } 
    1026410879                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1026510880                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1028110896                } 
    1028210897                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     10898                if (o1.getPixels() == null) 
     10899                { 
     10900                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     10901                } 
    1028310902                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1028410903                if (o2.sizeOfPlaneList() == planeIndex) 
     
    1062911248                } 
    1063011249                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11250                if (o1.getUnion() == null) 
     11251                { 
     11252                        o1.setUnion(new Union()); 
     11253                } 
    1063111254                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1063211255                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1065011273                } 
    1065111274                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11275                if (o1.getUnion() == null) 
     11276                { 
     11277                        o1.setUnion(new Union()); 
     11278                } 
    1065211279                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1065311280                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1067211299                } 
    1067311300                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11301                if (o1.getUnion() == null) 
     11302                { 
     11303                        o1.setUnion(new Union()); 
     11304                } 
    1067411305                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1067511306                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1069311324                } 
    1069411325                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11326                if (o1.getUnion() == null) 
     11327                { 
     11328                        o1.setUnion(new Union()); 
     11329                } 
    1069511330                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1069611331                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1071411349                } 
    1071511350                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11351                if (o1.getUnion() == null) 
     11352                { 
     11353                        o1.setUnion(new Union()); 
     11354                } 
    1071611355                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1071711356                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1073911378                } 
    1074011379                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11380                if (o1.getUnion() == null) 
     11381                { 
     11382                        o1.setUnion(new Union()); 
     11383                } 
    1074111384                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1074211385                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1076311406                } 
    1076411407                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11408                if (o1.getUnion() == null) 
     11409                { 
     11410                        o1.setUnion(new Union()); 
     11411                } 
    1076511412                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1076611413                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1078311430                } 
    1078411431                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11432                if (o1.getUnion() == null) 
     11433                { 
     11434                        o1.setUnion(new Union()); 
     11435                } 
    1078511436                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1078611437                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1080311454                } 
    1080411455                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11456                if (o1.getUnion() == null) 
     11457                { 
     11458                        o1.setUnion(new Union()); 
     11459                } 
    1080511460                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1080611461                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1082411479                } 
    1082511480                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11481                if (o1.getUnion() == null) 
     11482                { 
     11483                        o1.setUnion(new Union()); 
     11484                } 
    1082611485                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1082711486                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1084411503                } 
    1084511504                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11505                if (o1.getUnion() == null) 
     11506                { 
     11507                        o1.setUnion(new Union()); 
     11508                } 
    1084611509                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1084711510                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1086411527                } 
    1086511528                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11529                if (o1.getUnion() == null) 
     11530                { 
     11531                        o1.setUnion(new Union()); 
     11532                } 
    1086611533                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1086711534                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1088411551                } 
    1088511552                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11553                if (o1.getUnion() == null) 
     11554                { 
     11555                        o1.setUnion(new Union()); 
     11556                } 
    1088611557                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1088711558                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1090311574                } 
    1090411575                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11576                if (o1.getUnion() == null) 
     11577                { 
     11578                        o1.setUnion(new Union()); 
     11579                } 
    1090511580                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1090611581                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1092211597                } 
    1092311598                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11599                if (o1.getUnion() == null) 
     11600                { 
     11601                        o1.setUnion(new Union()); 
     11602                } 
    1092411603                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1092511604                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1094911628                } 
    1095011629                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11630                if (o1.getUnion() == null) 
     11631                { 
     11632                        o1.setUnion(new Union()); 
     11633                } 
    1095111634                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1095211635                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1097011653                } 
    1097111654                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11655                if (o1.getUnion() == null) 
     11656                { 
     11657                        o1.setUnion(new Union()); 
     11658                } 
    1097211659                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1097311660                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1099211679                } 
    1099311680                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11681                if (o1.getUnion() == null) 
     11682                { 
     11683                        o1.setUnion(new Union()); 
     11684                } 
    1099411685                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1099511686                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1101311704                } 
    1101411705                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11706                if (o1.getUnion() == null) 
     11707                { 
     11708                        o1.setUnion(new Union()); 
     11709                } 
    1101511710                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1101611711                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1103411729                } 
    1103511730                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11731                if (o1.getUnion() == null) 
     11732                { 
     11733                        o1.setUnion(new Union()); 
     11734                } 
    1103611735                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1103711736                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1105911758                } 
    1106011759                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11760                if (o1.getUnion() == null) 
     11761                { 
     11762                        o1.setUnion(new Union()); 
     11763                } 
    1106111764                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1106211765                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1108311786                } 
    1108411787                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11788                if (o1.getUnion() == null) 
     11789                { 
     11790                        o1.setUnion(new Union()); 
     11791                } 
    1108511792                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1108611793                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1110311810                } 
    1110411811                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11812                if (o1.getUnion() == null) 
     11813                { 
     11814                        o1.setUnion(new Union()); 
     11815                } 
    1110511816                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1110611817                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1112311834                } 
    1112411835                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11836                if (o1.getUnion() == null) 
     11837                { 
     11838                        o1.setUnion(new Union()); 
     11839                } 
    1112511840                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1112611841                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1114411859                } 
    1114511860                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11861                if (o1.getUnion() == null) 
     11862                { 
     11863                        o1.setUnion(new Union()); 
     11864                } 
    1114611865                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1114711866                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1116411883                } 
    1116511884                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11885                if (o1.getUnion() == null) 
     11886                { 
     11887                        o1.setUnion(new Union()); 
     11888                } 
    1116611889                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1116711890                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1118411907                } 
    1118511908                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11909                if (o1.getUnion() == null) 
     11910                { 
     11911                        o1.setUnion(new Union()); 
     11912                } 
    1118611913                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1118711914                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1120411931                } 
    1120511932                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11933                if (o1.getUnion() == null) 
     11934                { 
     11935                        o1.setUnion(new Union()); 
     11936                } 
    1120611937                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1120711938                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1122311954                } 
    1122411955                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11956                if (o1.getUnion() == null) 
     11957                { 
     11958                        o1.setUnion(new Union()); 
     11959                } 
    1122511960                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1122611961                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1124211977                } 
    1124311978                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     11979                if (o1.getUnion() == null) 
     11980                { 
     11981                        o1.setUnion(new Union()); 
     11982                } 
    1124411983                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1124511984                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1155312292                } 
    1155412293                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12294                if (o1.getUnion() == null) 
     12295                { 
     12296                        o1.setUnion(new Union()); 
     12297                } 
    1155512298                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1155612299                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1157412317                } 
    1157512318                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12319                if (o1.getUnion() == null) 
     12320                { 
     12321                        o1.setUnion(new Union()); 
     12322                } 
    1157612323                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1157712324                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1159612343                } 
    1159712344                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12345                if (o1.getUnion() == null) 
     12346                { 
     12347                        o1.setUnion(new Union()); 
     12348                } 
    1159812349                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1159912350                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1161712368                } 
    1161812369                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12370                if (o1.getUnion() == null) 
     12371                { 
     12372                        o1.setUnion(new Union()); 
     12373                } 
    1161912374                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1162012375                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1163812393                } 
    1163912394                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12395                if (o1.getUnion() == null) 
     12396                { 
     12397                        o1.setUnion(new Union()); 
     12398                } 
    1164012399                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1164112400                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1166312422                } 
    1166412423                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12424                if (o1.getUnion() == null) 
     12425                { 
     12426                        o1.setUnion(new Union()); 
     12427                } 
    1166512428                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1166612429                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1168712450                } 
    1168812451                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12452                if (o1.getUnion() == null) 
     12453                { 
     12454                        o1.setUnion(new Union()); 
     12455                } 
    1168912456                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1169012457                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1170712474                } 
    1170812475                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12476                if (o1.getUnion() == null) 
     12477                { 
     12478                        o1.setUnion(new Union()); 
     12479                } 
    1170912480                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1171012481                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1172712498                } 
    1172812499                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12500                if (o1.getUnion() == null) 
     12501                { 
     12502                        o1.setUnion(new Union()); 
     12503                } 
    1172912504                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1173012505                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1174812523                } 
    1174912524                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12525                if (o1.getUnion() == null) 
     12526                { 
     12527                        o1.setUnion(new Union()); 
     12528                } 
    1175012529                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1175112530                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1176812547                } 
    1176912548                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12549                if (o1.getUnion() == null) 
     12550                { 
     12551                        o1.setUnion(new Union()); 
     12552                } 
    1177012553                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1177112554                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1178812571                } 
    1178912572                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12573                if (o1.getUnion() == null) 
     12574                { 
     12575                        o1.setUnion(new Union()); 
     12576                } 
    1179012577                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1179112578                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1180812595                } 
    1180912596                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12597                if (o1.getUnion() == null) 
     12598                { 
     12599                        o1.setUnion(new Union()); 
     12600                } 
    1181012601                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1181112602                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1182712618                } 
    1182812619                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12620                if (o1.getUnion() == null) 
     12621                { 
     12622                        o1.setUnion(new Union()); 
     12623                } 
    1182912624                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1183012625                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1184612641                } 
    1184712642                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12643                if (o1.getUnion() == null) 
     12644                { 
     12645                        o1.setUnion(new Union()); 
     12646                } 
    1184812647                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1184912648                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1186512664                } 
    1186612665                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12666                if (o1.getUnion() == null) 
     12667                { 
     12668                        o1.setUnion(new Union()); 
     12669                } 
    1186712670                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1186812671                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1188412687                } 
    1188512688                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     12689                if (o1.getUnion() == null) 
     12690                { 
     12691                        o1.setUnion(new Union()); 
     12692                } 
    1188612693                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1188712694                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1205312860                } 
    1205412861                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     12862                if (o1.getStageLabel() == null) 
     12863                { 
     12864                        o1.setStageLabel(new StageLabel()); 
     12865                } 
    1205512866                StageLabel o2 = o1.getStageLabel(); 
    1205612867                o2.setName(name); 
     
    1206712878                } 
    1206812879                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     12880                if (o1.getStageLabel() == null) 
     12881                { 
     12882                        o1.setStageLabel(new StageLabel()); 
     12883                } 
    1206912884                StageLabel o2 = o1.getStageLabel(); 
    1207012885                o2.setX(x); 
     
    1208112896                } 
    1208212897                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     12898                if (o1.getStageLabel() == null) 
     12899                { 
     12900                        o1.setStageLabel(new StageLabel()); 
     12901                } 
    1208312902                StageLabel o2 = o1.getStageLabel(); 
    1208412903                o2.setY(y); 
     
    1209512914                } 
    1209612915                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     12916                if (o1.getStageLabel() == null) 
     12917                { 
     12918                        o1.setStageLabel(new StageLabel()); 
     12919                } 
    1209712920                StageLabel o2 = o1.getStageLabel(); 
    1209812921                o2.setZ(z); 
     
    1211312936                // ID is not a reference 
    1211412937                OME o0 = root; 
     12938                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     12939                { 
     12940                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     12941                } 
    1211512942                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1211612943                if (o1.sizeOfStringAnnotationList() == stringAnnotationIndex) 
     
    1213012957                // Namespace is not a reference 
    1213112958                OME o0 = root; 
     12959                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     12960                { 
     12961                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     12962                } 
    1213212963                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1213312964                if (o1.sizeOfStringAnnotationList() == stringAnnotationIndex) 
     
    1215312984                // Value is not a reference 
    1215412985                OME o0 = root; 
     12986                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     12987                { 
     12988                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     12989                } 
    1215512990                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1215612991                if (o1.sizeOfStringAnnotationList() == stringAnnotationIndex) 
     
    1219613031                } 
    1219713032                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13033                if (o1.getUnion() == null) 
     13034                { 
     13035                        o1.setUnion(new Union()); 
     13036                } 
    1219813037                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1219913038                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1221713056                } 
    1221813057                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13058                if (o1.getUnion() == null) 
     13059                { 
     13060                        o1.setUnion(new Union()); 
     13061                } 
    1221913062                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1222013063                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1223913082                } 
    1224013083                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13084                if (o1.getUnion() == null) 
     13085                { 
     13086                        o1.setUnion(new Union()); 
     13087                } 
    1224113088                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1224213089                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1226013107                } 
    1226113108                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13109                if (o1.getUnion() == null) 
     13110                { 
     13111                        o1.setUnion(new Union()); 
     13112                } 
    1226213113                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1226313114                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1228113132                } 
    1228213133                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13134                if (o1.getUnion() == null) 
     13135                { 
     13136                        o1.setUnion(new Union()); 
     13137                } 
    1228313138                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1228413139                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1230613161                } 
    1230713162                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13163                if (o1.getUnion() == null) 
     13164                { 
     13165                        o1.setUnion(new Union()); 
     13166                } 
    1230813167                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1230913168                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1233013189                } 
    1233113190                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13191                if (o1.getUnion() == null) 
     13192                { 
     13193                        o1.setUnion(new Union()); 
     13194                } 
    1233213195                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1233313196                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1235013213                } 
    1235113214                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13215                if (o1.getUnion() == null) 
     13216                { 
     13217                        o1.setUnion(new Union()); 
     13218                } 
    1235213219                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1235313220                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1237013237                } 
    1237113238                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13239                if (o1.getUnion() == null) 
     13240                { 
     13241                        o1.setUnion(new Union()); 
     13242                } 
    1237213243                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1237313244                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1239113262                } 
    1239213263                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13264                if (o1.getUnion() == null) 
     13265                { 
     13266                        o1.setUnion(new Union()); 
     13267                } 
    1239313268                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1239413269                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1241113286                } 
    1241213287                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13288                if (o1.getUnion() == null) 
     13289                { 
     13290                        o1.setUnion(new Union()); 
     13291                } 
    1241313292                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1241413293                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1243113310                } 
    1243213311                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13312                if (o1.getUnion() == null) 
     13313                { 
     13314                        o1.setUnion(new Union()); 
     13315                } 
    1243313316                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1243413317                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1245113334                } 
    1245213335                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13336                if (o1.getUnion() == null) 
     13337                { 
     13338                        o1.setUnion(new Union()); 
     13339                } 
    1245313340                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1245413341                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1247013357                } 
    1247113358                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13359                if (o1.getUnion() == null) 
     13360                { 
     13361                        o1.setUnion(new Union()); 
     13362                } 
    1247213363                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1247313364                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1248913380                } 
    1249013381                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13382                if (o1.getUnion() == null) 
     13383                { 
     13384                        o1.setUnion(new Union()); 
     13385                } 
    1249113386                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1249213387                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1250813403                } 
    1250913404                ROI o1 = o0.getROI(ROIIndex); 
     13405                if (o1.getUnion() == null) 
     13406                { 
     13407                        o1.setUnion(new Union()); 
     13408                } 
    1251013409                Union o2 = o1.getUnion(); 
    1251113410                if (o2.sizeOfShapeList() == shapeIndex) 
     
    1253313432                } 
    1253413433                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     13434                if (o1.getPixels() == null) 
     13435                { 
     13436                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     13437                } 
    1253513438                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1253613439                if (o2.sizeOfTiffDataList() == tiffDataIndex) 
     
    1255213455                } 
    1255313456                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     13457                if (o1.getPixels() == null) 
     13458                { 
     13459                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     13460                } 
    1255413461                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1255513462                if (o2.sizeOfTiffDataList() == tiffDataIndex) 
     
    1257113478                } 
    1257213479                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     13480                if (o1.getPixels() == null) 
     13481                { 
     13482                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     13483                } 
    1257313484                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1257413485                if (o2.sizeOfTiffDataList() == tiffDataIndex) 
     
    1259013501                } 
    1259113502                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     13503                if (o1.getPixels() == null) 
     13504                { 
     13505                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     13506                } 
    1259213507                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1259313508                if (o2.sizeOfTiffDataList() == tiffDataIndex) 
     
    1260913524                } 
    1261013525                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     13526                if (o1.getPixels() == null) 
     13527                { 
     13528                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     13529                } 
    1261113530                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1261213531                if (o2.sizeOfTiffDataList() == tiffDataIndex) 
     
    1263313552                // ID is not a reference 
    1263413553                OME o0 = root; 
     13554                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     13555                { 
     13556                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     13557                } 
    1263513558                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1263613559                if (o1.sizeOfTimestampAnnotationList() == timestampAnnotationIndex) 
     
    1265013573                // Namespace is not a reference 
    1265113574                OME o0 = root; 
     13575                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     13576                { 
     13577                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     13578                } 
    1265213579                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1265313580                if (o1.sizeOfTimestampAnnotationList() == timestampAnnotationIndex) 
     
    1267313600                // Value is not a reference 
    1267413601                OME o0 = root; 
     13602                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     13603                { 
     13604                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     13605                } 
    1267513606                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1267613607                if (o1.sizeOfTimestampAnnotationList() == timestampAnnotationIndex) 
     
    1270513636                } 
    1270613637                Filter o2 = o1.getFilter(filterIndex); 
     13638                if (o2.getTransmittanceRange() == null) 
     13639                { 
     13640                        o2.setTransmittanceRange(new TransmittanceRange()); 
     13641                } 
    1270713642                TransmittanceRange o3 = o2.getTransmittanceRange(); 
    1270813643                o3.setCutIn(cutIn); 
     
    1272413659                } 
    1272513660                Filter o2 = o1.getFilter(filterIndex); 
     13661                if (o2.getTransmittanceRange() == null) 
     13662                { 
     13663                        o2.setTransmittanceRange(new TransmittanceRange()); 
     13664                } 
    1272613665                TransmittanceRange o3 = o2.getTransmittanceRange(); 
    1272713666                o3.setCutInTolerance(cutInTolerance); 
     
    1274313682                } 
    1274413683                Filter o2 = o1.getFilter(filterIndex); 
     13684                if (o2.getTransmittanceRange() == null) 
     13685                { 
     13686                        o2.setTransmittanceRange(new TransmittanceRange()); 
     13687                } 
    1274513688                TransmittanceRange o3 = o2.getTransmittanceRange(); 
    1274613689                o3.setCutOut(cutOut); 
     
    1276213705                } 
    1276313706                Filter o2 = o1.getFilter(filterIndex); 
     13707                if (o2.getTransmittanceRange() == null) 
     13708                { 
     13709                        o2.setTransmittanceRange(new TransmittanceRange()); 
     13710                } 
    1276413711                TransmittanceRange o3 = o2.getTransmittanceRange(); 
    1276513712                o3.setCutOutTolerance(cutOutTolerance); 
     
    1278113728                } 
    1278213729                Filter o2 = o1.getFilter(filterIndex); 
     13730                if (o2.getTransmittanceRange() == null) 
     13731                { 
     13732                        o2.setTransmittanceRange(new TransmittanceRange()); 
     13733                } 
    1278313734                TransmittanceRange o3 = o2.getTransmittanceRange(); 
    1278413735                o3.setTransmittance(transmittance); 
     
    1280113752                } 
    1280213753                Image o1 = o0.getImage(imageIndex); 
     13754                if (o1.getPixels() == null) 
     13755                { 
     13756                        o1.setPixels(new Pixels()); 
     13757                } 
    1280313758                Pixels o2 = o1.getPixels(); 
    1280413759                if (o2.sizeOfTiffDataList() == tiffDataIndex) 
     
    1280713762                } 
    1280813763                TiffData o3 = o2.getTiffData(tiffDataIndex); 
     13764                if (o3.getUUID() == null) 
     13765                { 
     13766                        o3.setUUID(new UUID()); 
     13767                } 
    1280913768                UUID o4 = o3.getUUID(); 
    1281013769                o4.setFileName(fileName); 
     
    1314314102                // ID is not a reference 
    1314414103                OME o0 = root; 
     14104                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     14105                { 
     14106                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     14107                } 
    1314514108                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1314614109                if (o1.sizeOfXMLAnnotationList() == XMLAnnotationIndex) 
     
    1316014123                // Namespace is not a reference 
    1316114124                OME o0 = root; 
     14125                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     14126                { 
     14127                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     14128                } 
    1316214129                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1316314130                if (o1.sizeOfXMLAnnotationList() == XMLAnnotationIndex) 
     
    1318314150                // Value is not a reference 
    1318414151                OME o0 = root; 
     14152                if (o0.getStructuredAnnotations() == null) 
     14153                { 
     14154                        o0.setStructuredAnnotations(new StructuredAnnotations()); 
     14155                } 
    1318514156                StructuredAnnotations o1 = o0.getStructuredAnnotations(); 
    1318614157                if (o1.sizeOfXMLAnnotationList() == XMLAnnotationIndex) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.