Changeset 6260


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05/10/10 17:06:37 (10 years ago)
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bdezonia
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initial impl of the split routines

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  • trunk/components/loci-plugins/test/loci/plugins/in/ImporterTest.java

    r6259 r6260  
    3939 
    4040  private enum Axis {Z,C,T}; 
     41   
     42  private boolean loaded = false; 
    4143   
    4244  // ** Helper methods ******************************************************************* 
     
    187189  private int getEffectiveSizeC(ImagePlus imp) { return getField(imp, "nChannels"); } 
    188190   
     191  private void loadFakeFileSequenceIntoBF() 
     192  { 
     193    synchronized(this) 
     194    { 
     195      if (loaded) return; 
     196       
     197      String[] files = { 
     198          "test_C1_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     199          "test_C2_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     200          "test_C3_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     201          "test_C1_TP2&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     202          "test_C2_TP2&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     203          "test_C3_TP2&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     204          "test_C1_TP3&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     205          "test_C2_TP3&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     206          "test_C3_TP3&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     207          "test_C1_TP4&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     208          "test_C2_TP4&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     209          "test_C3_TP4&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     210          "test_C1_TP5&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     211          "test_C2_TP5&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     212          "test_C3_TP5&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
     213          "outlier.txt" 
     214        }; 
     215       
     216      for (String file : files) 
     217        Location.mapId(file, "iThinkI'mImportantButI'mNot"); 
     218       
     219      loaded = true; 
     220    } 
     221  } 
     222 
     223  private String getFirstFileInSequence() 
     224  { 
     225    return "test_C1_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake"; 
     226  } 
     227 
    189228  // ****** helper tests **************************************************************************************** 
    190229   
     
    551590  public void testDatasetGroupFiles() 
    552591  { 
    553     String[] files = { 
    554         "test_C1_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    555         "test_C2_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    556         "test_C3_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    557         "test_C1_TP2&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    558         "test_C2_TP2&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    559         "test_C3_TP2&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    560         "test_C1_TP3&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    561         "test_C2_TP3&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    562         "test_C3_TP3&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    563         "test_C1_TP4&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    564         "test_C2_TP4&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    565         "test_C3_TP4&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    566         "test_C1_TP5&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    567         "test_C2_TP5&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    568         "test_C3_TP5&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake", 
    569         "outlier.txt" 
    570       }; 
    571      
    572     for (String file : files) 
    573       Location.mapId(file, "iThinkI'mImportantButI'mNot"); 
    574  
    575     String path = "test_C1_TP1&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake"; 
     592 
     593    loadFakeFileSequenceIntoBF(); 
     594     
     595    String path = getFirstFileInSequence(); 
    576596 
    577597    ImagePlus[] imps = null; 
     
    754774  public void testSplitChannels() 
    755775  { 
    756     // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     776    loadFakeFileSequenceIntoBF(); 
     777     
     778    String path = getFirstFileInSequence(); 
     779 
     780    ImagePlus[] imps = null; 
     781    try { 
     782      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
     783      options.setSplitChannels(true); 
     784      options.setId(path); 
     785      imps = BF.openImagePlus(options); 
     786    } 
     787    catch (IOException e) { 
     788      fail(e.getMessage()); 
     789    } 
     790    catch (FormatException e) { 
     791      fail(e.getMessage()); 
     792      } 
     793     
     794    assertEquals(3,imps.length); 
     795    for (int i = 0; i < 3; i++) 
     796      assertEquals(35,imps[i].getStack().getSize()); 
     797     
     798    // TODO - test values in files 
    757799  } 
    758800   
     
    760802  public void testSplitFocalPlanes() 
    761803  { 
    762     // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     804    loadFakeFileSequenceIntoBF(); 
     805     
     806    String path = getFirstFileInSequence(); 
     807 
     808    ImagePlus[] imps = null; 
     809    try { 
     810      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
     811      options.setSplitFocalPlanes(true); 
     812      options.setId(path); 
     813      imps = BF.openImagePlus(options); 
     814    } 
     815    catch (IOException e) { 
     816      fail(e.getMessage()); 
     817    } 
     818    catch (FormatException e) { 
     819      fail(e.getMessage()); 
     820      } 
     821     
     822    assertEquals(7,imps.length); 
     823    for (int i = 0; i < 7; i++) 
     824      assertEquals(15,imps[0].getStack().getSize()); 
     825 
     826    // TODO - test values in files 
    763827  } 
    764828   
     
    766830  public void testSplitTimepoints() 
    767831  { 
    768     // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     832    loadFakeFileSequenceIntoBF(); 
     833     
     834    String path = getFirstFileInSequence(); 
     835 
     836    ImagePlus[] imps = null; 
     837    try { 
     838      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
     839      options.setSplitTimepoints(true); 
     840      options.setId(path); 
     841      imps = BF.openImagePlus(options); 
     842    } 
     843    catch (IOException e) { 
     844      fail(e.getMessage()); 
     845    } 
     846    catch (FormatException e) { 
     847      fail(e.getMessage()); 
     848      } 
     849     
     850    assertEquals(5,imps.length); 
     851    for (int i = 0; i < 5; i++) 
     852      assertEquals(35,imps[i].getStack().getSize()); 
     853 
     854    // TODO - test values in files 
    769855  } 
    770856 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.