Changeset 6269


Ignore:
Timestamp:
05/11/10 11:56:10 (10 years ago)
Author:
bdezonia
Message:

Fixed expected values for split tests

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/loci-plugins/test/loci/plugins/in/ImporterTest.java

    r6268 r6269  
    2323 
    2424// TODO 
    25 //  - figure out what openIndiv is supposed to do and also where it fits in priorities 
    2625//  - flesh out existing tests 
    27 //      groups files test needs to be written/debugged 
    28 //      write test for open indiv files : getting dataset from Melissa. Priority may be wrong. 
    29 //      write tests for split options : 3 cases 
     26//      splits - see if for loops are in correct order by comparing to actual data 
    3027//      write tests for the color options : 4 cases 
    31 //      concat follows - see my test to see if sufficient 
    32 //      swap dims test needs to be changed after BF updated later 
     28//      open individual files: try to come up with a way to test without a disk file as source 
     29//      concatenate - test order of images in stack? 
     30//      swapped dims test needs to test more cases 
    3331//      lowest priority - record modifications 
     32//      output stack order - testing of iIndex? 
     33//      range - more combos of ztc 
    3434//  - add some tests for combination of options 
    3535 
     
    4040  private static final String[] FAKE_FILES; 
    4141  private static final String FAKE_PATTERN; 
     42  
    4243  static { 
     44     
    4345    //String template = "test_C%s_TP%s&sizeX=50&sizeY=20&sizeZ=7.fake"; 
    44     String template = constructFakeFilename("test_C%s_TP%s", 
    45       FormatTools.UINT8, 50, 20, 7, 1, 1, -1); 
     46    String template = constructFakeFilename("test_C%s_TP%s", FormatTools.UINT8, 50, 20, 7, 1, 1, -1); 
     47     
    4648    FAKE_FILES = new String[] { 
    4749      String.format(template, "1", "1"), 
     
    298300          assertEquals(y,proc.getHeight()); 
    299301          assertEquals(0,sIndex(proc)); 
    300           //test iIndex too? : assertEquals(count,somethingOrOther(iIndex(proc))); 
     302          //TODO - test iIndex too? : assertEquals(count,somethingOrOther(iIndex(proc))); 
    301303          //System.out.println("iIndex " + iIndex(proc) + " calc " + 
    302304          //    ((maxJ*maxI*k) + (maxI*j) + i) 
     
    463465   
    464466      assertNotNull(imps); 
    465       assertTrue(imps.length == 1); 
     467      assertEquals(1,imps.length); 
    466468      ImagePlus ip = imps[0]; 
    467469      assertNotNull(ip); 
    468       assertTrue(ip.getWidth() == x); 
    469       assertTrue(ip.getHeight() == y); 
     470      assertEquals(x,ip.getWidth()); 
     471      assertEquals(y,ip.getHeight()); 
    470472   
    471473      assertEquals(desireVirtual,ip.getStack().isVirtual()); 
     
    521523    // should have the data in one series 
    522524    assertNotNull(imps); 
    523     assertTrue(imps.length == 1); 
     525    assertEquals(1,imps.length); 
    524526    ImagePlus ip = imps[0]; 
    525527    assertNotNull(ip); 
    526     assertTrue(ip.getWidth() == x); 
    527     assertTrue(ip.getHeight() == y); 
     528    assertEquals(x,ip.getWidth()); 
     529    assertEquals(y,ip.getHeight()); 
    528530    ImageStack st = ip.getStack(); 
    529531     
     
    554556 
    555557    assertNotNull(imps); 
    556     assertTrue(imps.length == 1); 
     558    assertEquals(1,imps.length); 
    557559    assertNotNull(imps[0]); 
    558     assertTrue(imps[0].getWidth() == cx); 
    559     assertTrue(imps[0].getHeight() == cy); 
     560    assertEquals(cx,imps[0].getWidth()); 
     561    assertEquals(cy,imps[0].getHeight()); 
    560562  } 
    561563 
     
    660662  public void testDatasetSwapDims() 
    661663  { 
    662     // TODO - can't really test this with fake files. It needs a series of files from grouping 
    663     //   to reorder. 
    664      
    665     // TODO - Curtis says I should be able to test this without grouping 
     664    // TODO: testing only swapping Z&T of XYZTC. Add more option testing 
    666665     
    667666    datasetSwapDimsTest(FormatTools.UINT8, 82, 47, 1, 3); 
     
    684683  public void testDatasetConcatenate() 
    685684  { 
    686      
    687     // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
    688  
    689685    // open a dataset that has multiple series and should get back a single series 
    690686    datasetConcatenateTest(FormatTools.UINT8, "XYZCT", 82, 47, 1, 1, 1, 1); 
     
    697693  { 
    698694    // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     695    fail("to be implemented"); 
    699696  } 
    700697   
     
    703700  { 
    704701    // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     702    fail("to be implemented"); 
    705703  } 
    706704   
     
    709707  { 
    710708    // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     709    fail("to be implemented"); 
    711710  } 
    712711   
     
    715714  { 
    716715    // TODO - Curtis says impl broken right now - will test later 
     716    fail("to be implemented"); 
    717717  } 
    718718   
     
    728728  { 
    729729    // TODO - how to test this? lowest priority 
     730    fail("to be implemented"); 
    730731  } 
    731732   
     
    735736    int z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy; 
    736737     
     738    // test partial z: from 
     739    z=8; c=3; t=2; zFrom=2; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
     740    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     741     
     742    // test partial z: to 
     743    z=8; c=3; t=2; zFrom=0; zTo=4; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
     744    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     745 
     746    // test partial z: by 
     747    z=8; c=3; t=2; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=3; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
     748    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     749 
    737750    // test full z 
    738751    z=8; c=3; t=2; zFrom=2; zTo=7; zBy=3; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    739752    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    740753     
     754    // test partial c: from 
     755    z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=3; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
     756    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     757     
     758    // test partial c: to 
     759    z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=6; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
     760    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     761     
     762    // test partial c: by 
     763    z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=4; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
     764    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     765     
    741766    // test full c 
    742767    z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=12; cBy=4; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    743768    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    744769     
     770    // test partial t: from 
     771    z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=4; tTo=t-1; tBy=1; 
     772    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     773     
     774    // test partial t: to 
     775    z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=8; tBy=1; 
     776    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     777     
     778    // test partial t: by 
     779    z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=2; 
     780    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
     781     
    745782    // test full t 
    746783    z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=4; tTo=13; tBy=2; 
    747     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    748      
    749     // test partial z: from 
    750     z=8; c=3; t=2; zFrom=2; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    751     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    752      
    753     // test partial z: to 
    754     z=8; c=3; t=2; zFrom=0; zTo=4; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    755     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    756  
    757     // test partial z: by 
    758     z=8; c=3; t=2; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=3; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    759     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    760  
    761     // test partial c: from 
    762     z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=3; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    763     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    764      
    765     // test partial c: to 
    766     z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=6; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    767     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    768      
    769     // test partial c: by 
    770     z=6; c=14; t=4; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=4; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=1; 
    771     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    772      
    773     // test partial t: from 
    774     z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=4; tTo=t-1; tBy=1; 
    775     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    776      
    777     // test partial t: to 
    778     z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=8; tBy=1; 
    779     memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    780      
    781     // test partial t: by 
    782     z=3; c=5; t=13; zFrom=0; zTo=z-1; zBy=1; cFrom=0; cTo=c-1; cBy=1; tFrom=0; tTo=t-1; tBy=2; 
    783784    memorySpecifyRangeTest(z,c,t,zFrom,zTo,zBy,cFrom,cTo,cBy,tFrom,tTo,tBy); 
    784785     
     
    818819    catch (FormatException e) { 
    819820      fail(e.getMessage()); 
     821    } 
     822 
     823    // 3 channels goes to 3 images 
     824    assertEquals(3,imps.length); 
     825     
     826    // TODO - order of for loops correct? 
     827    for (int k = 0; k < 5; k++) 
     828      for (int j = 0; j < 3; j++) 
     829        for (int i = 0; i < 7; i++) 
     830        { 
     831          // these next three statements called more times than needed but simplifies for loop logic 
     832          ImageStack st = imps[j].getStack(); 
     833          assertEquals(35,st.getSize()); 
     834          ImageProcessor proc = st.getProcessor(j+1); 
     835          // test the values 
     836          assertEquals(i,zIndex(proc)); 
     837          assertEquals(0,cIndex(proc));  // this one should always be 0 
     838          assertEquals(k,tIndex(proc)); 
     839        } 
     840  } 
     841 
     842   
     843  @Test 
     844  public void testSplitFocalPlanes() 
     845  { 
     846    String path = FAKE_FILES[0]; 
     847 
     848    ImagePlus[] imps = null; 
     849    try { 
     850      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
     851      options.setSplitFocalPlanes(true); 
     852      options.setId(path); 
     853      imps = BF.openImagePlus(options); 
     854    } 
     855    catch (IOException e) { 
     856      fail(e.getMessage()); 
     857    } 
     858    catch (FormatException e) { 
     859      fail(e.getMessage()); 
    820860      } 
    821861     
    822     assertEquals(3,imps.length); 
    823     for (int i = 0; i < 3; i++) 
    824     { 
    825       ImageStack st = imps[i].getStack(); 
    826       assertEquals(35,st.getSize()); 
    827       for (int j = 0; j < 35; j++) 
    828       { 
    829         ImageProcessor proc = st.getProcessor(j+1); 
    830         assertEquals(0,cIndex(proc));  // this one should always be 0 
    831         assertEquals(0,zIndex(proc));  // TODO - figure actual values of others 
    832         assertEquals(0,tIndex(proc)); 
     862    // 7 planes goes to 7 images 
     863    assertEquals(7,imps.length); 
     864     
     865    // TODO - order of for loops correct? 
     866    for (int k = 0; k < 5; k++) 
     867      for (int j = 0; j < 3; j++) 
     868        for (int i = 0; i < 7; i++) 
     869        { 
     870          // these next three statements called more times than needed but simplifies for loop logic 
     871          ImageStack st = imps[i].getStack(); 
     872          assertEquals(15,st.getSize()); 
     873          ImageProcessor proc = st.getProcessor(j+1); 
     874          // test the values 
     875          assertEquals(0,zIndex(proc));  // this one should always be 0 
     876          assertEquals(j,cIndex(proc)); 
     877          assertEquals(k,tIndex(proc)); 
     878        } 
     879  } 
     880   
     881  @Test 
     882  public void testSplitTimepoints() 
     883  { 
     884    String path = FAKE_FILES[0]; 
     885 
     886    ImagePlus[] imps = null; 
     887    try { 
     888      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
     889      options.setSplitTimepoints(true); 
     890      options.setId(path); 
     891      imps = BF.openImagePlus(options); 
     892    } 
     893    catch (IOException e) { 
     894      fail(e.getMessage()); 
     895    } 
     896    catch (FormatException e) { 
     897      fail(e.getMessage()); 
    833898      } 
    834     } 
    835   } 
    836    
    837   @Test 
    838   public void testSplitFocalPlanes() 
    839   { 
    840     String path = FAKE_FILES[0]; 
    841  
    842     ImagePlus[] imps = null; 
    843     try { 
    844       ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    845       options.setSplitFocalPlanes(true); 
    846       options.setId(path); 
    847       imps = BF.openImagePlus(options); 
    848     } 
    849     catch (IOException e) { 
    850       fail(e.getMessage()); 
    851     } 
    852     catch (FormatException e) { 
    853       fail(e.getMessage()); 
    854       } 
    855      
    856     assertEquals(7,imps.length); 
    857     for (int i = 0; i < 7; i++) 
    858     { 
    859       ImageStack st = imps[i].getStack(); 
    860       assertEquals(15,st.getSize()); 
    861       for (int j = 0; j < 15; j++) 
    862       { 
    863         ImageProcessor proc = st.getProcessor(j+1); 
    864         assertEquals(0,zIndex(proc));  // this one should always be 0 
    865         assertEquals(0,cIndex(proc));  // TODO - figure actual values of others 
    866         assertEquals(0,tIndex(proc)); 
    867       } 
    868     } 
    869   } 
    870    
    871   @Test 
    872   public void testSplitTimepoints() 
    873   { 
    874     String path = FAKE_FILES[0]; 
    875  
    876     ImagePlus[] imps = null; 
    877     try { 
    878       ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    879       options.setSplitTimepoints(true); 
    880       options.setId(path); 
    881       imps = BF.openImagePlus(options); 
    882     } 
    883     catch (IOException e) { 
    884       fail(e.getMessage()); 
    885     } 
    886     catch (FormatException e) { 
    887       fail(e.getMessage()); 
    888       } 
    889      
     899     
     900    // 5 time points goes to 5 images 
    890901    assertEquals(5,imps.length); 
    891     for (int i = 0; i < 5; i++) 
    892     { 
    893       ImageStack st = imps[i].getStack(); 
    894       assertEquals(21,st.getSize()); 
    895       for (int j = 0; j < 21; j++) 
    896       { 
    897         ImageProcessor proc = st.getProcessor(j+1); 
    898         assertEquals(0,tIndex(proc));  // this one should always be 0 
    899         assertEquals(0,zIndex(proc));  // TODO - figure actual values of others 
    900         assertEquals(0,cIndex(proc)); 
    901       } 
    902     } 
     902     
     903    // TODO - order of for loops correct? 
     904    for (int k = 0; k < 5; k++) 
     905      for (int j = 0; j < 3; j++) 
     906        for (int i = 0; i < 7; i++) 
     907        { 
     908          // these next three statements called more times than needed but simplifies for loop logic 
     909          ImageStack st = imps[k].getStack(); 
     910          assertEquals(21,st.getSize()); 
     911          ImageProcessor proc = st.getProcessor(j+1); 
     912          // test the values 
     913          assertEquals(i,zIndex(proc)); 
     914          assertEquals(j,cIndex(proc)); 
     915          assertEquals(0,tIndex(proc));  // this one should always be 0 
     916        } 
    903917  } 
    904918 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.