Changeset 6272


Ignore:
Timestamp:
05/11/10 13:46:22 (10 years ago)
Author:
melissa
Message:

Transforming from old OME-XML versions to 2010-04 *finally* works.

Location:
trunk/components/bio-formats/src/loci/formats
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r6230 r6272  
    358358        binDataChars += length; 
    359359      } 
     360      else xmlBuffer.append(new String(ch, start, length)); 
    360361      nextBinDataOffset += length; 
    361362      hadCharData = true; 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/meta/2003-FC-to-2008-09.xsl

    r6234 r6272  
    308308                        </xsl:variable> 
    309309                        <xsl:apply-templates select="@*"/> 
    310                         <xsl:attribute name="Power"> 
    311                                 <xsl:value-of select="$power"/> 
    312                         </xsl:attribute> 
     310      <xsl:if test="$power != ''"> 
     311                        <xsl:attribute name="Power"> 
     312                                <xsl:value-of select="$power"/> 
     313                          </xsl:attribute> 
     314      </xsl:if> 
    313315                        <xsl:apply-templates select="node()"/> 
    314316                </xsl:element> 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/meta/2008-09-to-2009-09.xsl

    r6234 r6272  
    657657                        </xsl:choose> 
    658658                </xsl:for-each> 
     659 
     660    <xsl:element name="BinData" namespace="{$newBINNS}"> 
     661      <xsl:attribute name="BigEndian"> 
     662        <xsl:value-of select="$bg"/> 
     663      </xsl:attribute> 
     664    </xsl:element> 
    659665 
    660666                <!-- Convert the logical Channels --> 
     
    13221328                                        <xsl:apply-templates select="@*|node()"/> 
    13231329                                </xsl:element> 
    1324                         </xsl:otherwise> 
     1330                  </xsl:otherwise> 
    13251331                </xsl:choose> 
    1326         </xsl:template> 
     1332  </xsl:template> 
    13271333 
    13281334        <!-- Screen Plate Well --> 
    1329          
     1335 
    13301336        <!-- Add any SA links to Screen --> 
    13311337        <xsl:template match="SA:Screen"> 
     
    15701576                <xsl:param name="cc"/> 
    15711577                <xsl:choose> 
    1572                         <xsl:when test="contains($cc,'red') or contains($cc,'r')">4278190335</xsl:when> 
    1573                         <xsl:when test="contains($cc,'green') or contains($cc,'g')">16711935</xsl:when> 
    1574                         <xsl:when test="contains($cc,'blue') or contains($cc,'b')">65535</xsl:when> 
    1575                         <xsl:otherwise>4294967295</xsl:otherwise> 
     1578                        <xsl:when test="contains($cc,'red') or contains($cc,'r')">16711680</xsl:when> 
     1579                        <xsl:when test="contains($cc,'green') or contains($cc,'g')">65280</xsl:when> 
     1580                        <xsl:when test="contains($cc,'blue') or contains($cc,'b')">255</xsl:when> 
     1581                        <xsl:otherwise>16777215</xsl:otherwise> 
    15761582                </xsl:choose> 
    15771583        </xsl:template> 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/services/OMEXMLServiceImpl.java

    r6243 r6272  
    135135      } 
    136136      transformed = XMLTools.transformXML(transformed, UPDATE_200909); 
     137      // fix namespaces 
     138      transformed = transformed.replaceAll("<ns.*?:", "<"); 
     139      transformed = transformed.replaceAll("xmlns:ns.*?=", "xmlns:OME="); 
     140      transformed = transformed.replaceAll("</ns.*?:", "</"); 
     141 
    137142      return transformed; 
    138143    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.