Changeset 6278


Ignore:
Timestamp:
05/11/10 15:58:48 (10 years ago)
Author:
curtis
Message:

Progress on Bio-Formats Importer refactoring.

Location:
trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins
Files:
15 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/BF.java

    r6273 r6278  
    5555    if (IJ.debugMode) IJ.log("LOCI: " + msg); 
    5656  } 
     57   
     58  public static void status(boolean quiet, String msg) { 
     59    if (quiet) return; 
     60    IJ.showStatus(msg); 
     61  } 
     62   
     63  public static void progress(boolean quiet, int value, int max) { 
     64    if (quiet) return; 
     65    IJ.showProgress(value, max); 
     66  } 
    5767 
    5868  public static ImagePlus[] openImagePlus(String path) 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/Updater.java

    r5634 r6278  
    179179    if (plugin.exists()) { 
    180180      if (!plugin.delete()) { 
    181         IJ.showStatus(""); 
    182         IJ.showProgress(1); 
     181        BF.status(false, ""); 
     182        BF.progress(false, 1, 1); 
    183183        WindowTools.reportException( 
    184184          new IOException("Could not delete " + downloadPath), false, 
     
    189189 
    190190    // download new version to plugins directory 
    191     IJ.showStatus("Connecting to download server..."); 
     191    BF.status(false, "Connecting to download server..."); 
    192192    try { 
    193193      URL url = new URL(urlPath); 
     
    199199      int off = 0; 
    200200      while (off < total) { 
    201         IJ.showStatus("Downloading loci_tools.jar..."); 
    202         IJ.showProgress((double) off / total); 
     201        BF.status(false, "Downloading loci_tools.jar..."); 
     202        BF.progress(false, off, total); 
    203203        int len = CHUNK_SIZE; 
    204204        if (off + len > total) len = total - off; 
    205205        int r = in.read(buf, off, len); 
    206206        if (r <= 0) { 
    207           IJ.showStatus(""); 
     207          BF.status(false, ""); 
    208208          IJ.showMessage("Error downloading the LOCI plugins."); 
    209209          return; 
     
    212212      } 
    213213      in.close(); 
    214       IJ.showProgress(1); 
    215       IJ.showStatus("Saving loci_tools.jar..."); 
     214      BF.progress(false, 1, 1); 
     215      BF.status(false, "Saving loci_tools.jar..."); 
    216216 
    217217      FileOutputStream out = new FileOutputStream(plugin); 
     
    221221      boolean success = plugin.renameTo(new File(jarPath)); 
    222222      if (!success) { 
    223         IJ.showStatus(""); 
     223        BF.status(false, ""); 
    224224        IJ.showMessage("The LOCI plugins have been downloaded to:\n" + 
    225225          downloadPath + "\n" + 
     
    231231    } 
    232232    catch (IOException e) { 
    233       IJ.showStatus(""); 
    234       IJ.showProgress(1); 
     233      BF.status(false, ""); 
     234      BF.progress(false, 1, 1); 
    235235      WindowTools.reportException(e, false, 
    236236        "An error occurred while downloading the LOCI plugins"); 
    237237      return; 
    238238    } 
    239     IJ.showStatus(""); 
     239    BF.status(false, ""); 
    240240    IJ.showMessage("The LOCI plugins have been downloaded.\n" + 
    241241      "Please restart ImageJ to complete the upgrade process."); 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/colorize/Colorizer.java

    r6265 r6278  
    4343 
    4444import loci.formats.FormatTools; 
     45import loci.plugins.BF; 
    4546import loci.plugins.in.ImportProcess; 
    4647import loci.plugins.prefs.OptionsDialog; 
     
    129130    } 
    130131 
     132    int nTimes = imp.getNFrames(); 
     133    int nSlices = imp.getNSlices(); 
     134    BF.status(false, "Running colorizer on " + (nTimes * nSlices) + " images"); 
     135 
    131136    ImagePlus newImp = Colorizer.colorize(imp, color, stackOrder, lut, series, mergeOption, hyperstack); 
    132137 
     
    156161    int nTimes = imp.getNFrames(); 
    157162    int nSlices = imp.getNSlices(); 
    158  
    159     IJ.showStatus("Running colorizer on " + (nTimes * nSlices) + " images"); 
    160163 
    161164    if (imp.isComposite() || stack.isRGB() || (nChannels == 1 && !color)) { 
     
    317320      newStack.addSlice(s.getSliceLabel(indices[indices.length - 1][i]), 
    318321        ImagePlusTools.makeRGB(processors[i]).getProcessor()); 
    319       IJ.showProgress((double) ((i + 1) / indices[0].length) * 100); 
     322      BF.progress(false, i, indices[0].length); 
    320323    } 
    321324 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/CropDialog.java

    r6265 r6278  
    6666      r.setSeries(s); 
    6767 
    68       Region region = options.getCropRegion(s); 
    69       if (region == null) 
     68      Region region = process.getCropRegion(s); 
    7069 
    7170      gd.addMessage(process.getSeriesLabel(s).replaceAll("_", " ")); 
    72       gd.addNumericField("X_Coordinate_" + (s + 1), 0, 0); 
    73       gd.addNumericField("Y_Coordinate_" + (s + 1), 0, 0); 
    74       gd.addNumericField("Width_" + (s + 1), r.getSizeX(), 0); 
    75       gd.addNumericField("Height_" + (s + 1), r.getSizeY(), 0); 
     71      gd.addNumericField("X_Coordinate_" + (s + 1), region.x, 0); 
     72      gd.addNumericField("Y_Coordinate_" + (s + 1), region.y, 0); 
     73      gd.addNumericField("Width_" + (s + 1), region.width, 0); 
     74      gd.addNumericField("Height_" + (s + 1), region.height, 0); 
    7675    } 
    7776    WindowTools.addScrollBars(gd); 
     
    8988      r.setSeries(s); 
    9089 
    91       Region region = options.getCropRegion(s); 
    92       if (region == null) region = new Region(); 
    93  
     90      Region region = new Region(); 
    9491      region.x = (int) gd.getNextNumber(); 
    9592      region.y = (int) gd.getNextNumber(); 
     
    110107      } 
    111108 
    112       options.setCropRegion(s, region); // in case we got a copy 
     109      options.setCropRegion(s, region); 
    113110    } 
    114111 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/DisplayHandler.java

    r6265 r6278  
    2626package loci.plugins.in; 
    2727 
    28 import ij.IJ; 
    2928import ij.ImagePlus; 
    3029import ij.WindowManager; 
     
    4746import loci.formats.gui.XMLWindow; 
    4847import loci.formats.services.OMEXMLService; 
     48import loci.plugins.BF; 
    4949import loci.plugins.util.ROIHandler; 
    5050import loci.plugins.util.SearchableWindow; 
     
    233233  public void statusUpdated(StatusEvent e) { 
    234234    String msg = e.getStatusMessage(); 
    235     if (msg != null) IJ.showStatus(msg); 
     235    if (msg != null) BF.status(options.isQuiet(), msg); 
    236236    int value = e.getProgressValue(); 
    237237    int max = e.getProgressMaximum(); 
    238     if (value >= 0 && max >= 0) IJ.showProgress(value, max); 
     238    if (value >= 0 && max >= 0) BF.progress(options.isQuiet(), value, max); 
    239239  } 
    240240 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/ImagePlusReader.java

    r6271 r6278  
    152152 
    153153      boolean[] load = new boolean[reader.getImageCount()]; 
    154       int cBegin = options.getCBegin(s); 
    155       int cEnd = options.getCEnd(s); 
    156       if (cEnd < 0) cEnd = reader.getEffectiveSizeC() - 1; 
    157       int cStep = options.getCStep(s); 
    158       int zBegin = options.getZBegin(s); 
    159       int zEnd = options.getZEnd(s); 
    160       if (zEnd < 0) zEnd = reader.getSizeZ() - 1; 
    161       int zStep = options.getZStep(s); 
    162       int tBegin = options.getTBegin(s); 
    163       int tEnd = options.getTEnd(s); 
    164       if (tEnd < 0) tEnd = reader.getSizeT() - 1; 
    165       int tStep = options.getTStep(s); 
     154      int cBegin = process.getCBegin(s); 
     155      int cEnd = process.getCEnd(s); 
     156      int cStep = process.getCStep(s); 
     157      int zBegin = process.getZBegin(s); 
     158      int zEnd = process.getZEnd(s); 
     159      int zStep = process.getZStep(s); 
     160      int tBegin = process.getTBegin(s); 
     161      int tEnd = process.getTEnd(s); 
     162      int tStep = process.getTStep(s); 
    166163      for (int c=cBegin; c<=cEnd; c+=cStep) { 
    167164        for (int z=zBegin; z<=zEnd; z+=zStep) { 
     
    192189      ImageStack stackO = null; // for all other images (24-bit RGB) 
    193190 
    194       Region region = options.getCropRegion(s); 
    195       if (region == null) region = new Region(); 
     191      Region region = process.getCropRegion(s); 
    196192      int sizeX = reader.getSizeX(), sizeY = reader.getSizeY(); 
    197193      if (options.doCrop()) { 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/ImportProcess.java

    r6273 r6278  
    2626package loci.plugins.in; 
    2727 
    28 import ij.IJ; 
    29  
    3028import java.io.IOException; 
    3129import java.util.ArrayList; 
     
    3331 
    3432import loci.common.Location; 
     33import loci.common.Region; 
    3534import loci.common.StatusEvent; 
    3635import loci.common.StatusListener; 
     
    4948import loci.formats.meta.IMetadata; 
    5049import loci.formats.services.OMEXMLService; 
     50import loci.plugins.BF; 
    5151import loci.plugins.util.IJStatusEchoer; 
    5252import loci.plugins.util.ImageProcessorReader; 
     
    143143    return seriesLabels[s]; 
    144144  } 
     145   
     146  // series options 
     147  public int getCBegin(int s) { return options.getCBegin(s); } 
     148  /** Valid only after {@link ImportStep#STACK}. */ 
     149  public int getCEnd(int s) { 
     150    int cEnd = options.getCEnd(s); 
     151    if (cEnd >= 0) return cEnd; 
     152    return reader.getEffectiveSizeC() - 1; 
     153  } 
     154  public int getCStep(int s) { return options.getCStep(s); } 
     155  public int getZBegin(int s) { return options.getZBegin(s); } 
     156  /** Valid only after {@link ImportStep#STACK}. */ 
     157  public int getZEnd(int s) { 
     158    int zEnd = options.getZEnd(s); 
     159    if (zEnd >= 0) return zEnd; 
     160    return reader.getSizeZ() - 1; 
     161  } 
     162  public int getZStep(int s) { return options.getZStep(s); } 
     163  public int getTBegin(int s) { return options.getTBegin(s); } 
     164  /** Valid only after {@link ImportStep#STACK}. */ 
     165  public int getTEnd(int s) { 
     166    int tEnd = options.getTEnd(s); 
     167    if (tEnd >= 0) return tEnd; 
     168    return reader.getSizeT() - 1; 
     169  } 
     170  public int getTStep(int s) { return options.getTStep(s); } 
     171   
     172  // crop options 
     173  /** Valid only after {@link ImportStep#STACK}. */ 
     174  public Region getCropRegion(int s) { 
     175    Region region = options.getCropRegion(s); 
     176    if (region != null) return region; 
     177    ImageProcessorReader r = getReader(); 
     178    return new Region(0, 0, r.getSizeX(), r.getSizeY()); 
     179  } 
    145180 
    146181  /** Valid only after {@link ImportStep#METADATA}. */ 
     
    227262    saveDefaults(); 
    228263 
    229     if (!options.isQuiet()) IJ.showStatus("Analyzing " + getIdName()); 
     264    BF.status(options.isQuiet(), "Analyzing " + getIdName()); 
    230265    baseReader.setMetadataFiltered(true); 
    231266    baseReader.setOriginalMetadataPopulated(true); 
     
    333368  private void createBaseReader() { 
    334369    if (options.isLocal() || options.isHTTP()) { 
    335       if (!options.isQuiet()) IJ.showStatus("Identifying " + idName); 
     370      BF.status(options.isQuiet(), "Identifying " + idName); 
    336371      ImageReader reader = LociPrefs.makeImageReader(); 
    337372      try { baseReader = reader.getReader(options.getId()); } 
     
    379414    baseReader.setMetadataStore(meta); 
    380415 
    381     if (!options.isQuiet()) IJ.showStatus(""); 
     416    BF.status(options.isQuiet(), ""); 
    382417 
    383418    Logger root = Logger.getRootLogger(); 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/ImporterPrompter.java

    r6271 r6278  
    2626package loci.plugins.in; 
    2727 
    28 import ij.IJ; 
    29  
    3028import loci.common.StatusEvent; 
    3129import loci.common.StatusListener; 
     30import loci.plugins.BF; 
    3231import loci.plugins.prefs.OptionsDialog; 
    3332 
     
    6968    final ImportStep step = ImportStep.getStep(value); 
    7069 
    71     if (!process.getOptions().isQuiet()) IJ.showStatus(message); 
     70    BF.status(!process.getOptions().isQuiet(), message); 
    7271 
    7372    switch (step) { 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/RangeDialog.java

    r6265 r6278  
    2727 
    2828import ij.gui.GenericDialog; 
    29 import loci.formats.IFormatReader; 
     29import loci.plugins.util.ImageProcessorReader; 
    3030import loci.plugins.util.WindowTools; 
    3131 
     
    5555    if (process.isWindowless() || !options.isSpecifyRanges()) return false; 
    5656     
     57    ImageProcessorReader r = process.getReader(); 
    5758    int seriesCount = process.getSeriesCount(); 
    58     IFormatReader r = process.getReader(); 
    59  
    60     boolean needRange = false; 
    6159    for (int s=0; s<seriesCount; s++) { 
    62       if (options.isSeriesOn(s) && r.getImageCount() > 1) { 
    63         needRange = true; 
    64         break; 
    65       } 
     60      if (options.isSeriesOn(s) && r.getImageCount() > 1) return true; 
    6661    } 
    67     return needRange; 
     62    return false; 
    6863  } 
    6964   
    7065  protected GenericDialog constructDialog() { 
     66    ImageProcessorReader r = process.getReader(); 
    7167    int seriesCount = process.getSeriesCount(); 
    72     IFormatReader r = process.getReader(); 
    73  
    74     // -- CTR TODO - refactor range-related options into RangeOptions class 
    75     // has a normalize(IFormatReader) method 
    76     // call both before and after the dialog here... 
    77  
    78     for (int s=0; s<seriesCount; s++) { 
    79       r.setSeries(s); 
    80       options.setCBegin(s, 0); 
    81       options.setZBegin(s, 0); 
    82       options.setTBegin(s, 0); 
    83       options.setCEnd(s, r.getEffectiveSizeC() - 1); 
    84       options.setZEnd(s, r.getSizeZ() - 1); 
    85       options.setTEnd(s, r.getSizeT() - 1); 
    86       options.setCStep(s, 1); 
    87       options.setZStep(s, 1); 
    88       options.setTStep(s, 1); 
    89     } 
    9068 
    9169    // construct dialog 
     
    9876      //if (r.isOrderCertain()) { 
    9977      if (r.getEffectiveSizeC() > 1) { 
    100         gd.addNumericField("C_Begin" + suffix, options.getCBegin(s) + 1, 0); 
    101         gd.addNumericField("C_End" + suffix, options.getCEnd(s) + 1, 0); 
    102         gd.addNumericField("C_Step" + suffix, options.getCStep(s), 0); 
     78        gd.addNumericField("C_Begin" + suffix, process.getCBegin(s) + 1, 0); 
     79        gd.addNumericField("C_End" + suffix, process.getCEnd(s) + 1, 0); 
     80        gd.addNumericField("C_Step" + suffix, process.getCStep(s), 0); 
    10381      } 
    10482      if (r.getSizeZ() > 1) { 
    105         gd.addNumericField("Z_Begin" + suffix, options.getZBegin(s) + 1, 0); 
    106         gd.addNumericField("Z_End" + suffix, options.getZEnd(s) + 1, 0); 
    107         gd.addNumericField("Z_Step" + suffix, options.getZStep(s), 0); 
     83        gd.addNumericField("Z_Begin" + suffix, process.getZBegin(s) + 1, 0); 
     84        gd.addNumericField("Z_End" + suffix, process.getZEnd(s) + 1, 0); 
     85        gd.addNumericField("Z_Step" + suffix, process.getZStep(s), 0); 
    10886      } 
    10987      if (r.getSizeT() > 1) { 
    110         gd.addNumericField("T_Begin" + suffix, options.getTBegin(s) + 1, 0); 
    111         gd.addNumericField("T_End" + suffix, options.getTEnd(s) + 1, 0); 
    112         gd.addNumericField("T_Step" + suffix, options.getTStep(s), 0); 
     88        gd.addNumericField("T_Begin" + suffix, process.getTBegin(s) + 1, 0); 
     89        gd.addNumericField("T_End" + suffix, process.getTEnd(s) + 1, 0); 
     90        gd.addNumericField("T_Step" + suffix, process.getTStep(s), 0); 
    11391      } 
    11492      //} 
    11593      //else { 
    116       //  gd.addNumericField("Begin" + suffix, options.getCBegin(s) + 1, 0); 
    117       //  gd.addNumericField("End" + suffix, options.getCEnd(s) + 1, 0); 
    118       //  gd.addNumericField("Step" + suffix, options.getCStep(s), 0); 
     94      //  gd.addNumericField("Begin" + suffix, process.getCBegin(s) + 1, 0); 
     95      //  gd.addNumericField("End" + suffix, process.getCEnd(s) + 1, 0); 
     96      //  gd.addNumericField("Step" + suffix, process.getCStep(s), 0); 
    11997      //} 
    12098    } 
     
    125103   
    126104  protected boolean harvestResults(GenericDialog gd) { 
     105    ImageProcessorReader r = process.getReader(); 
    127106    int seriesCount = process.getSeriesCount(); 
    128     IFormatReader r = process.getReader(); 
    129107 
    130108    for (int s=0; s<seriesCount; s++) { 
     
    136114      boolean certain = r.isOrderCertain(); 
    137115 
    138       int cBegin = options.getCBegin(s); 
    139       int cEnd = options.getCEnd(s); 
    140       int cStep = options.getCStep(s); 
    141       int zBegin = options.getZBegin(s); 
    142       int zEnd = options.getZEnd(s); 
    143       int zStep = options.getZStep(s); 
    144       int tBegin = options.getTBegin(s); 
    145       int tEnd = options.getTEnd(s); 
    146       int tStep = options.getTStep(s); 
     116      int cBegin = process.getCBegin(s); 
     117      int cEnd = process.getCEnd(s); 
     118      int cStep = process.getCStep(s); 
     119      int zBegin = process.getZBegin(s); 
     120      int zEnd = process.getZEnd(s); 
     121      int zStep = process.getZStep(s); 
     122      int tBegin = process.getTBegin(s); 
     123      int tEnd = process.getTEnd(s); 
     124      int tStep = process.getTStep(s); 
    147125 
    148126      //if (certain) { 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/SeriesDialog.java

    r6265 r6278  
    2626package loci.plugins.in; 
    2727 
    28 import ij.IJ; 
    2928import ij.gui.GenericDialog; 
    3029 
     
    5049import loci.formats.gui.AWTImageTools; 
    5150import loci.formats.gui.BufferedImageReader; 
     51import loci.plugins.BF; 
    5252import loci.plugins.util.WindowTools; 
    5353 
     
    129129      p[i].add(Box.createRigidArea(new Dimension(sx, sy))); 
    130130      if (options.isForceThumbnails()) { 
    131         IJ.showStatus("Reading thumbnail for series #" + (i + 1)); 
     131        BF.status(options.isQuiet(), 
     132          "Reading thumbnail for series #" + (i + 1)); 
    132133        int z = thumbReader.getSizeZ() / 2; 
    133134        int t = thumbReader.getSizeT() / 2; 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/ThumbLoader.java

    r6229 r6278  
    2626package loci.plugins.in; 
    2727 
    28 import ij.IJ; 
    29  
    3028import java.awt.Dialog; 
    3129import java.awt.Panel; 
     
    4240import loci.formats.gui.AWTImageTools; 
    4341import loci.formats.gui.BufferedImageReader; 
     42import loci.plugins.BF; 
    4443 
    4544/** 
     
    8685    if (loader == null) return; 
    8786    stop = true; 
    88     IJ.showStatus("Canceling thumbnail generation"); 
     87    BF.status(false, "Canceling thumbnail generation"); 
    8988    try { 
    9089      loader.join(); 
     
    9493      exc.printStackTrace(); 
    9594    } 
    96     IJ.showStatus(""); 
     95    BF.status(false, ""); 
    9796  } 
    9897 
     
    102101  public void run() { 
    103102    try { 
    104       IJ.showStatus("Gathering series information"); 
     103      BF.status(false, "Gathering series information"); 
    105104      int seriesCount = ir.getSeriesCount(); 
    106105 
     
    119118        if (stop) return; 
    120119        final int ii = info[i].index; 
    121         IJ.showStatus("Reading thumbnail for series #" + (ii + 1)); 
     120        BF.status(false, "Reading thumbnail for series #" + (ii + 1)); 
    122121        ir.setSeries(ii); 
    123122        // open middle image thumbnail 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/in/UpgradeDialog.java

    r6265 r6278  
    2828import ij.IJ; 
    2929import ij.gui.GenericDialog; 
     30import loci.plugins.BF; 
    3031import loci.plugins.Updater; 
    3132 
     
    7879 
    7980    if (options.doUpgradeCheck()) { 
    80       IJ.showStatus("Checking for new version..."); 
     81      BF.status(false, "Checking for new version..."); 
    8182      if (Updater.newVersionAvailable()) { 
    8283        boolean doUpgrade = IJ.showMessageWithCancel("", 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/out/Exporter.java

    r6230 r6278  
    6363import loci.formats.meta.IMetadata; 
    6464import loci.formats.services.OMEXMLService; 
     65import loci.plugins.BF; 
    6566import loci.plugins.LociExporter; 
    6667import loci.plugins.util.RecordedImageProcessor; 
     
    344345        GenericDialog gd = 
    345346          new GenericDialog("Bio-Formats Exporter Options"); 
    346         if (codecs != null) { 
    347           gd.addChoice("Compression type: ", codecs, codecs[0]); 
    348         } 
     347        gd.addChoice("Compression type: ", codecs, codecs[0]); 
    349348        gd.showDialog(); 
    350349        if (gd.wasCanceled()) return; 
    351350 
    352         if (codecs != null) w.setCompression(gd.getNextChoice()); 
     351        w.setCompression(gd.getNextChoice()); 
    353352      } 
    354353 
     
    376375      for (int i=start; i<end; i+=n) { 
    377376        if (doStack) { 
    378           IJ.showStatus("Saving plane " + (i + 1) + "/" + size); 
    379           IJ.showProgress((double) (i + 1) / size); 
    380         } 
    381         else IJ.showStatus("Saving image"); 
     377          BF.status(false, "Saving plane " + (i + 1) + "/" + size); 
     378          BF.progress(false, i, size); 
     379        } 
     380        else BF.status(false, "Saving image"); 
    382381        proc = is.getProcessor(i + 1); 
    383382 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/util/IJStatusEchoer.java

    r6265 r6278  
    2626package loci.plugins.util; 
    2727 
    28 import ij.IJ; 
     28import loci.plugins.BF; 
    2929 
    3030import org.apache.log4j.AppenderSkeleton; 
     
    4343 
    4444  protected void append(LoggingEvent event) { 
    45     IJ.showStatus(event.getMessage().toString()); 
     45    BF.status(false, event.getMessage().toString()); 
    4646  } 
    4747 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/util/WindowTools.java

    r6271 r6278  
    5050import java.util.StringTokenizer; 
    5151 
     52import loci.plugins.BF; 
     53 
    5254/** 
    5355 * Utility methods for managing ImageJ dialogs and windows. 
     
    181183  /** Reports the given exception with stack trace in an ImageJ error dialog. */ 
    182184  public static void reportException(Throwable t, boolean quiet, String msg) { 
    183     IJ.showStatus(""); 
    184     if (!quiet) { 
    185       if (t != null) { 
    186         ByteArrayOutputStream buf = new ByteArrayOutputStream(); 
    187         t.printStackTrace(new PrintStream(buf)); 
    188         String s = new String(buf.toByteArray()); 
    189         StringTokenizer st = new StringTokenizer(s, "\n\r"); 
    190         while (st.hasMoreTokens()) IJ.write(st.nextToken()); 
    191       } 
    192       if (msg != null) IJ.error("Bio-Formats Importer", msg); 
    193     } 
     185    if (quiet) return; 
     186    BF.status(quiet, ""); 
     187    if (t != null) { 
     188      ByteArrayOutputStream buf = new ByteArrayOutputStream(); 
     189      t.printStackTrace(new PrintStream(buf)); 
     190      String s = new String(buf.toByteArray()); 
     191      StringTokenizer st = new StringTokenizer(s, "\n\r"); 
     192      while (st.hasMoreTokens()) IJ.write(st.nextToken()); 
     193    } 
     194    if (msg != null) IJ.error("Bio-Formats Importer", msg); 
    194195  } 
    195196 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.