Changeset 6371


Ignore:
Timestamp:
05/24/10 21:00:38 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Merged r6370 back to trunk.

Location:
trunk/components/bio-formats/src/loci/formats
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/FormatReader.java

    r6304 r6371  
    4444import loci.formats.ome.OMEXMLMetadata; 
    4545import loci.formats.services.OMEXMLService; 
     46 
     47import ome.xml.r201004.enums.AcquisitionMode; 
     48import ome.xml.r201004.enums.ArcType; 
     49import ome.xml.r201004.enums.Binning; 
     50import ome.xml.r201004.enums.Compression; 
     51import ome.xml.r201004.enums.ContrastMethod; 
     52import ome.xml.r201004.enums.Correction; 
     53import ome.xml.r201004.enums.DetectorType; 
     54import ome.xml.r201004.enums.DimensionOrder; 
     55import ome.xml.r201004.enums.EnumerationException; 
     56import ome.xml.r201004.enums.ExperimentType; 
     57import ome.xml.r201004.enums.FilamentType; 
     58import ome.xml.r201004.enums.FillRule; 
     59import ome.xml.r201004.enums.FilterType; 
     60import ome.xml.r201004.enums.FontFamily; 
     61import ome.xml.r201004.enums.FontStyle; 
     62import ome.xml.r201004.enums.IlluminationType; 
     63import ome.xml.r201004.enums.Immersion; 
     64import ome.xml.r201004.enums.LaserMedium; 
     65import ome.xml.r201004.enums.LaserType; 
     66import ome.xml.r201004.enums.LineCap; 
     67import ome.xml.r201004.enums.Marker; 
     68import ome.xml.r201004.enums.Medium; 
     69import ome.xml.r201004.enums.MicrobeamManipulationType; 
     70import ome.xml.r201004.enums.MicroscopeType; 
     71import ome.xml.r201004.enums.NamingConvention; 
     72import ome.xml.r201004.enums.PixelType; 
     73import ome.xml.r201004.enums.Pulse; 
     74import ome.xml.r201004.enums.handlers.AcquisitionModeEnumHandler; 
     75import ome.xml.r201004.enums.handlers.ArcTypeEnumHandler; 
     76import ome.xml.r201004.enums.handlers.BinningEnumHandler; 
     77import ome.xml.r201004.enums.handlers.CompressionEnumHandler; 
     78import ome.xml.r201004.enums.handlers.ContrastMethodEnumHandler; 
     79import ome.xml.r201004.enums.handlers.CorrectionEnumHandler; 
     80import ome.xml.r201004.enums.handlers.DetectorTypeEnumHandler; 
     81import ome.xml.r201004.enums.handlers.DimensionOrderEnumHandler; 
     82import ome.xml.r201004.enums.handlers.ExperimentTypeEnumHandler; 
     83import ome.xml.r201004.enums.handlers.FilamentTypeEnumHandler; 
     84import ome.xml.r201004.enums.handlers.FillRuleEnumHandler; 
     85import ome.xml.r201004.enums.handlers.FilterTypeEnumHandler; 
     86import ome.xml.r201004.enums.handlers.FontFamilyEnumHandler; 
     87import ome.xml.r201004.enums.handlers.FontStyleEnumHandler; 
     88import ome.xml.r201004.enums.handlers.IlluminationTypeEnumHandler; 
     89import ome.xml.r201004.enums.handlers.ImmersionEnumHandler; 
     90import ome.xml.r201004.enums.handlers.LaserMediumEnumHandler; 
     91import ome.xml.r201004.enums.handlers.LaserTypeEnumHandler; 
     92import ome.xml.r201004.enums.handlers.LineCapEnumHandler; 
     93import ome.xml.r201004.enums.handlers.MarkerEnumHandler; 
     94import ome.xml.r201004.enums.handlers.MediumEnumHandler; 
     95import ome.xml.r201004.enums.handlers.MicrobeamManipulationTypeEnumHandler; 
     96import ome.xml.r201004.enums.handlers.MicroscopeTypeEnumHandler; 
     97import ome.xml.r201004.enums.handlers.NamingConventionEnumHandler; 
     98import ome.xml.r201004.enums.handlers.PixelTypeEnumHandler; 
     99import ome.xml.r201004.enums.handlers.PulseEnumHandler; 
    46100 
    47101/** 
     
    10181072  } 
    10191073 
     1074  // -- Metadata enumeration convenience methods -- 
     1075 
     1076  /** 
     1077   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.AcquisitionMode} enumeration 
     1078   * value for the given String. 
     1079   * 
     1080   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1081   *  enumeration value is not found. 
     1082   */ 
     1083  protected AcquisitionMode getAcquisitionMode(String value) 
     1084    throws FormatException 
     1085  { 
     1086    AcquisitionModeEnumHandler handler = new AcquisitionModeEnumHandler(); 
     1087    try { 
     1088      return (AcquisitionMode) handler.getEnumeration(value); 
     1089    } 
     1090    catch (EnumerationException e) { 
     1091      throw new FormatException("AcquisitionMode creation failed", e); 
     1092    } 
     1093  } 
     1094 
     1095  /** 
     1096   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.ArcType} enumeration 
     1097   * value for the given String. 
     1098   * 
     1099   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1100   *  enumeration value is not found. 
     1101   */ 
     1102  protected ArcType getArcType(String value) throws FormatException { 
     1103    ArcTypeEnumHandler handler = new ArcTypeEnumHandler(); 
     1104    try { 
     1105      return (ArcType) handler.getEnumeration(value); 
     1106    } 
     1107    catch (EnumerationException e) { 
     1108      throw new FormatException("ArcType creation failed", e); 
     1109    } 
     1110  } 
     1111 
     1112  /** 
     1113   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Binning} enumeration 
     1114   * value for the given String. 
     1115   * 
     1116   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1117   *  enumeration value is not found. 
     1118   */ 
     1119  protected Binning getBinning(String value) throws FormatException { 
     1120    BinningEnumHandler handler = new BinningEnumHandler(); 
     1121    try { 
     1122      return (Binning) handler.getEnumeration(value); 
     1123    } 
     1124    catch (EnumerationException e) { 
     1125      throw new FormatException("Binning creation failed", e); 
     1126    } 
     1127  } 
     1128  /** 
     1129   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Compression} enumeration 
     1130   * value for the given String. 
     1131   * 
     1132   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1133   *  enumeration value is not found. 
     1134   */ 
     1135  protected Compression getCompression(String value) throws FormatException { 
     1136    CompressionEnumHandler handler = new CompressionEnumHandler(); 
     1137    try { 
     1138      return (Compression) handler.getEnumeration(value); 
     1139    } 
     1140    catch (EnumerationException e) { 
     1141      throw new FormatException("Compression creation failed", e); 
     1142    } 
     1143  } 
     1144  /** 
     1145   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.ContrastMethod} enumeration 
     1146   * value for the given String. 
     1147   * 
     1148   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1149   *  enumeration value is not found. 
     1150   */ 
     1151  protected ContrastMethod getContrastMethod(String value) 
     1152    throws FormatException 
     1153  { 
     1154    ContrastMethodEnumHandler handler = new ContrastMethodEnumHandler(); 
     1155    try { 
     1156      return (ContrastMethod) handler.getEnumeration(value); 
     1157    } 
     1158    catch (EnumerationException e) { 
     1159      throw new FormatException("ContrastMethod creation failed", e); 
     1160    } 
     1161  } 
     1162  /** 
     1163   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Correction} enumeration 
     1164   * value for the given String. 
     1165   * 
     1166   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1167   *  enumeration value is not found. 
     1168   */ 
     1169  protected Correction getCorrection(String value) throws FormatException { 
     1170    CorrectionEnumHandler handler = new CorrectionEnumHandler(); 
     1171    try { 
     1172      return (Correction) handler.getEnumeration(value); 
     1173    } 
     1174    catch (EnumerationException e) { 
     1175      throw new FormatException("Correction creation failed", e); 
     1176    } 
     1177  } 
     1178  /** 
     1179   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.DetectorType} enumeration 
     1180   * value for the given String. 
     1181   * 
     1182   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1183   *  enumeration value is not found. 
     1184   */ 
     1185  protected DetectorType getDetectorType(String value) throws FormatException { 
     1186    DetectorTypeEnumHandler handler = new DetectorTypeEnumHandler(); 
     1187    try { 
     1188      return (DetectorType) handler.getEnumeration(value); 
     1189    } 
     1190    catch (EnumerationException e) { 
     1191      throw new FormatException("DetectorType creation failed", e); 
     1192    } 
     1193  } 
     1194  /** 
     1195   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.DimensionOrder} enumeration 
     1196   * value for the given String. 
     1197   * 
     1198   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1199   *  enumeration value is not found. 
     1200   */ 
     1201  protected DimensionOrder getDimensionOrder(String value) 
     1202    throws FormatException 
     1203  { 
     1204    DimensionOrderEnumHandler handler = new DimensionOrderEnumHandler(); 
     1205    try { 
     1206      return (DimensionOrder) handler.getEnumeration(value); 
     1207    } 
     1208    catch (EnumerationException e) { 
     1209      throw new FormatException("DimensionOrder creation failed", e); 
     1210    } 
     1211  } 
     1212  /** 
     1213   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.ExperimentType} enumeration 
     1214   * value for the given String. 
     1215   * 
     1216   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1217   *  enumeration value is not found. 
     1218   */ 
     1219  protected ExperimentType getExperimentType(String value) 
     1220    throws FormatException 
     1221  { 
     1222    ExperimentTypeEnumHandler handler = new ExperimentTypeEnumHandler(); 
     1223    try { 
     1224      return (ExperimentType) handler.getEnumeration(value); 
     1225    } 
     1226    catch (EnumerationException e) { 
     1227      throw new FormatException("ExperimentType creation failed", e); 
     1228    } 
     1229  } 
     1230  /** 
     1231   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.FilamentType} enumeration 
     1232   * value for the given String. 
     1233   * 
     1234   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1235   *  enumeration value is not found. 
     1236   */ 
     1237  protected FilamentType getFilamentType(String value) throws FormatException { 
     1238    FilamentTypeEnumHandler handler = new FilamentTypeEnumHandler(); 
     1239    try { 
     1240      return (FilamentType) handler.getEnumeration(value); 
     1241    } 
     1242    catch (EnumerationException e) { 
     1243      throw new FormatException("FilamentType creation failed", e); 
     1244    } 
     1245  } 
     1246  /** 
     1247   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.FillRule} enumeration 
     1248   * value for the given String. 
     1249   * 
     1250   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1251   *  enumeration value is not found. 
     1252   */ 
     1253  protected FillRule getFillRule(String value) throws FormatException { 
     1254    FillRuleEnumHandler handler = new FillRuleEnumHandler(); 
     1255    try { 
     1256      return (FillRule) handler.getEnumeration(value); 
     1257    } 
     1258    catch (EnumerationException e) { 
     1259      throw new FormatException("FillRule creation failed", e); 
     1260    } 
     1261  } 
     1262  /** 
     1263   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.FilterType} enumeration 
     1264   * value for the given String. 
     1265   * 
     1266   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1267   *  enumeration value is not found. 
     1268   */ 
     1269  protected FilterType getFilterType(String value) throws FormatException { 
     1270    FilterTypeEnumHandler handler = new FilterTypeEnumHandler(); 
     1271    try { 
     1272      return (FilterType) handler.getEnumeration(value); 
     1273    } 
     1274    catch (EnumerationException e) { 
     1275      throw new FormatException("FilterType creation failed", e); 
     1276    } 
     1277  } 
     1278  /** 
     1279   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.FontFamily} enumeration 
     1280   * value for the given String. 
     1281   * 
     1282   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1283   *  enumeration value is not found. 
     1284   */ 
     1285  protected FontFamily getFontFamily(String value) throws FormatException { 
     1286    FontFamilyEnumHandler handler = new FontFamilyEnumHandler(); 
     1287    try { 
     1288      return (FontFamily) handler.getEnumeration(value); 
     1289    } 
     1290    catch (EnumerationException e) { 
     1291      throw new FormatException("FontFamily creation failed", e); 
     1292    } 
     1293  } 
     1294  /** 
     1295   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.FontStyle} enumeration 
     1296   * value for the given String. 
     1297   * 
     1298   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1299   *  enumeration value is not found. 
     1300   */ 
     1301  protected FontStyle getFontStyle(String value) throws FormatException { 
     1302    FontStyleEnumHandler handler = new FontStyleEnumHandler(); 
     1303    try { 
     1304      return (FontStyle) handler.getEnumeration(value); 
     1305    } 
     1306    catch (EnumerationException e) { 
     1307      throw new FormatException("FontStyle creation failed", e); 
     1308    } 
     1309  } 
     1310  /** 
     1311   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.IlluminationType} enumeration 
     1312   * value for the given String. 
     1313   * 
     1314   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1315   *  enumeration value is not found. 
     1316   */ 
     1317  protected IlluminationType getIlluminationType(String value) 
     1318    throws FormatException 
     1319  { 
     1320    IlluminationTypeEnumHandler handler = new IlluminationTypeEnumHandler(); 
     1321    try { 
     1322      return (IlluminationType) handler.getEnumeration(value); 
     1323    } 
     1324    catch (EnumerationException e) { 
     1325      throw new FormatException("IlluminationType creation failed", e); 
     1326    } 
     1327  } 
     1328  /** 
     1329   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Immersion} enumeration 
     1330   * value for the given String. 
     1331   * 
     1332   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1333   *  enumeration value is not found. 
     1334   */ 
     1335  protected Immersion getImmersion(String value) throws FormatException { 
     1336    ImmersionEnumHandler handler = new ImmersionEnumHandler(); 
     1337    try { 
     1338      return (Immersion) handler.getEnumeration(value); 
     1339    } 
     1340    catch (EnumerationException e) { 
     1341      throw new FormatException("Immersion creation failed", e); 
     1342    } 
     1343  } 
     1344  /** 
     1345   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.LaserMedium} enumeration 
     1346   * value for the given String. 
     1347   * 
     1348   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1349   *  enumeration value is not found. 
     1350   */ 
     1351  protected LaserMedium getLaserMedium(String value) throws FormatException { 
     1352    LaserMediumEnumHandler handler = new LaserMediumEnumHandler(); 
     1353    try { 
     1354      return (LaserMedium) handler.getEnumeration(value); 
     1355    } 
     1356    catch (EnumerationException e) { 
     1357      throw new FormatException("LaserMedium creation failed", e); 
     1358    } 
     1359  } 
     1360  /** 
     1361   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.LaserType} enumeration 
     1362   * value for the given String. 
     1363   * 
     1364   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1365   *  enumeration value is not found. 
     1366   */ 
     1367  protected LaserType getLaserType(String value) throws FormatException { 
     1368    LaserTypeEnumHandler handler = new LaserTypeEnumHandler(); 
     1369    try { 
     1370      return (LaserType) handler.getEnumeration(value); 
     1371    } 
     1372    catch (EnumerationException e) { 
     1373      throw new FormatException("LaserType creation failed", e); 
     1374    } 
     1375  } 
     1376  /** 
     1377   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.LineCap} enumeration 
     1378   * value for the given String. 
     1379   * 
     1380   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1381   *  enumeration value is not found. 
     1382   */ 
     1383  protected LineCap getLineCap(String value) throws FormatException { 
     1384    LineCapEnumHandler handler = new LineCapEnumHandler(); 
     1385    try { 
     1386      return (LineCap) handler.getEnumeration(value); 
     1387    } 
     1388    catch (EnumerationException e) { 
     1389      throw new FormatException("LineCap creation failed", e); 
     1390    } 
     1391  } 
     1392  /** 
     1393   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Marker} enumeration 
     1394   * value for the given String. 
     1395   * 
     1396   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1397   *  enumeration value is not found. 
     1398   */ 
     1399  protected Marker getMarker(String value) throws FormatException { 
     1400    MarkerEnumHandler handler = new MarkerEnumHandler(); 
     1401    try { 
     1402      return (Marker) handler.getEnumeration(value); 
     1403    } 
     1404    catch (EnumerationException e) { 
     1405      throw new FormatException("Marker creation failed", e); 
     1406    } 
     1407  } 
     1408  /** 
     1409   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Medium} enumeration 
     1410   * value for the given String. 
     1411   * 
     1412   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1413   *  enumeration value is not found. 
     1414   */ 
     1415  protected Medium getMedium(String value) throws FormatException { 
     1416    MediumEnumHandler handler = new MediumEnumHandler(); 
     1417    try { 
     1418      return (Medium) handler.getEnumeration(value); 
     1419    } 
     1420    catch (EnumerationException e) { 
     1421      throw new FormatException("Medium creation failed", e); 
     1422    } 
     1423  } 
     1424  /** 
     1425   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.MicrobeamManipulationType} 
     1426   * enumeration value for the given String. 
     1427   * 
     1428   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1429   *  enumeration value is not found. 
     1430   */ 
     1431  protected MicrobeamManipulationType getMicrobeamManipulationType(String value) 
     1432    throws FormatException 
     1433  { 
     1434    MicrobeamManipulationTypeEnumHandler handler = 
     1435      new MicrobeamManipulationTypeEnumHandler(); 
     1436    try { 
     1437      return (MicrobeamManipulationType) handler.getEnumeration(value); 
     1438    } 
     1439    catch (EnumerationException e) { 
     1440      throw new FormatException("MicrobeamManipulationType creation failed", e); 
     1441    } 
     1442  } 
     1443  /** 
     1444   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.MicroscopeType} enumeration 
     1445   * value for the given String. 
     1446   * 
     1447   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1448   *  enumeration value is not found. 
     1449   */ 
     1450  protected MicroscopeType getMicroscopeType(String value) 
     1451    throws FormatException 
     1452  { 
     1453    MicroscopeTypeEnumHandler handler = new MicroscopeTypeEnumHandler(); 
     1454    try { 
     1455      return (MicroscopeType) handler.getEnumeration(value); 
     1456    } 
     1457    catch (EnumerationException e) { 
     1458      throw new FormatException("MicroscopeType creation failed", e); 
     1459    } 
     1460  } 
     1461  /** 
     1462   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.NamingConvention} enumeration 
     1463   * value for the given String. 
     1464   * 
     1465   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1466   *  enumeration value is not found. 
     1467   */ 
     1468  protected NamingConvention getNamingConvention(String value) 
     1469    throws FormatException 
     1470  { 
     1471    NamingConventionEnumHandler handler = new NamingConventionEnumHandler(); 
     1472    try { 
     1473      return (NamingConvention) handler.getEnumeration(value); 
     1474    } 
     1475    catch (EnumerationException e) { 
     1476      throw new FormatException("NamingConvention creation failed", e); 
     1477    } 
     1478  } 
     1479  /** 
     1480   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.PixelType} enumeration 
     1481   * value for the given String. 
     1482   * 
     1483   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1484   *  enumeration value is not found. 
     1485   */ 
     1486  protected PixelType getPixelType(String value) throws FormatException { 
     1487    PixelTypeEnumHandler handler = new PixelTypeEnumHandler(); 
     1488    try { 
     1489      return (PixelType) handler.getEnumeration(value); 
     1490    } 
     1491    catch (EnumerationException e) { 
     1492      throw new FormatException("PixelType creation failed", e); 
     1493    } 
     1494  } 
     1495  /** 
     1496   * Retrieves an {@link ome.xml.r201004.enums.Pulse} enumeration 
     1497   * value for the given String. 
     1498   * 
     1499   * @throws ome.xml.r201004.enums.EnumerationException if an appropriate 
     1500   *  enumeration value is not found. 
     1501   */ 
     1502  protected Pulse getPulse(String value) throws FormatException { 
     1503    PulseEnumHandler handler = new PulseEnumHandler(); 
     1504    try { 
     1505      return (Pulse) handler.getEnumeration(value); 
     1506    } 
     1507    catch (EnumerationException e) { 
     1508      throw new FormatException("Pulse creation failed", e); 
     1509    } 
     1510  } 
     1511 
    10201512} 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r6315 r6371  
    3838import loci.formats.meta.MetadataStore; 
    3939 
    40 import ome.xml.r201004.enums.Binning; 
    41 import ome.xml.r201004.enums.Correction; 
    42 import ome.xml.r201004.enums.DetectorType; 
    43 import ome.xml.r201004.enums.EnumerationException; 
    44 import ome.xml.r201004.enums.Immersion; 
    4540import ome.xml.r201004.primitives.PositiveInteger; 
    4641 
     
    758753 
    759754  /** Extract metadata from associated log file, if it exists. */ 
    760   private boolean parseLogFile(MetadataStore store) throws IOException { 
     755  private boolean parseLogFile(MetadataStore store) 
     756    throws FormatException, IOException 
     757  { 
    761758    if (logFile == null || !new Location(logFile).exists()) { 
    762759      logFile = null; 
     
    820817            } 
    821818            if (tokens.length >= 2) { 
    822               try { 
    823                 store.setObjectiveCorrection( 
    824                   Correction.fromString(tokens[1]), 0, 0); 
    825               } 
    826               catch (EnumerationException e) { } 
     819              store.setObjectiveCorrection(getCorrection(tokens[1]), 0, 0); 
    827820            } 
    828821            // TODO:  Token #2 is the microscope model name. 
     
    837830          store.setObjectiveID(objectiveID, 0, 0); 
    838831          store.setImageObjectiveSettingsID(objectiveID, 0); 
    839           store.setObjectiveCorrection(Correction.OTHER, 0, 0); 
    840           store.setObjectiveImmersion(Immersion.OTHER, 0, 0); 
     832          store.setObjectiveCorrection(getCorrection("Other"), 0, 0); 
     833          store.setObjectiveImmersion(getImmersion("Other"), 0, 0); 
    841834        } 
    842835        // Image properties 
     
    859852        } 
    860853        else if (key.equals("Binning")) { 
    861           store.setDetectorType(DetectorType.OTHER, 0, 0); 
     854          store.setDetectorType(getDetectorType("Other"), 0, 0); 
    862855          String detectorID = MetadataTools.createLSID("Detector", 0, 0); 
    863856          store.setDetectorID(detectorID, 0, 0); 
    864857          for (int c=0; c<getSizeC(); c++) { 
    865             try { 
    866               store.setDetectorSettingsBinning(Binning.fromString(value), 0, c); 
    867             } 
    868             catch (EnumerationException e) { } 
     858            store.setDetectorSettingsBinning(getBinning(value), 0, c); 
    869859            // link DetectorSettings to an actual Detector 
    870860            store.setDetectorSettingsID(detectorID, 0, c); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FlexReader.java

    r6352 r6371  
    4747import loci.formats.tiff.TiffParser; 
    4848 
    49  
    50 import ome.xml.r201004.enums.Binning; 
    51 import ome.xml.r201004.enums.Correction; 
    52 import ome.xml.r201004.enums.DetectorType; 
    53 import ome.xml.r201004.enums.EnumerationException; 
    54 import ome.xml.r201004.enums.Immersion; 
    55 import ome.xml.r201004.enums.LaserMedium; 
    56 import ome.xml.r201004.enums.LaserType; 
    57 import ome.xml.r201004.enums.NamingConvention; 
    5849import ome.xml.r201004.primitives.NonNegativeInteger; 
    5950import ome.xml.r201004.primitives.PositiveInteger; 
     
    434425  } 
    435426 
    436   private void populateMetadataStore(MetadataStore store) { 
     427  private void populateMetadataStore(MetadataStore store) throws FormatException 
     428  { 
    437429    LOGGER.info("Populating MetadataStore"); 
    438430    MetadataTools.populatePixels(store, this, true); 
     
    463455      if (wellRows == 0 && wellColumns == 0) { 
    464456        well = pos[1]; 
    465         store.setWellRow( 
    466           new NonNegativeInteger(wellNumber[well][0]), pos[2], well); 
    467         store.setWellColumn( 
    468           new NonNegativeInteger(wellNumber[well][1]), pos[2], well); 
     457        NonNegativeInteger row = new NonNegativeInteger(wellNumber[pos[1]][0]); 
     458        NonNegativeInteger col = new NonNegativeInteger(wellNumber[pos[1]][1]); 
     459        store.setWellRow(row, pos[2], pos[1]); 
     460        store.setWellColumn(col, pos[2], pos[1]); 
    469461      } 
    470462      store.setWellSampleIndex(new NonNegativeInteger(i), pos[2], well, pos[0]); 
     
    479471      if (plateBarcode != null) plateName = plateBarcode + " " + plateName; 
    480472      store.setPlateName(plateName, 0); 
    481       store.setPlateRowNamingConvention(NamingConvention.LETTER, 0); 
    482       store.setPlateColumnNamingConvention(NamingConvention.NUMBER, 0); 
     473      store.setPlateRowNamingConvention(getNamingConvention("Letter"), 0); 
     474      store.setPlateColumnNamingConvention(getNamingConvention("Number"), 0); 
    483475 
    484476      for (int i=0; i<getSeriesCount(); i++) { 
     
    503495            } 
    504496            if (index < binnings.size()) { 
    505               try { 
    506                 store.setDetectorSettingsBinning( 
    507                   Binning.fromString(binnings.get(index)), i, c); 
    508               } 
    509               catch (EnumerationException e) { } 
     497              store.setDetectorSettingsBinning( 
     498                getBinning(binnings.get(index)), i, c); 
    510499            } 
    511500            if (lightSources != null && c < lightSources.size()) { 
     
    11701159        store.setLaserWavelength( 
    11711160          new PositiveInteger(new Integer(value)), 0, nextLaser); 
    1172         store.setLaserType(LaserType.OTHER, 0, nextLaser); 
    1173         store.setLaserLaserMedium(LaserMedium.OTHER, 0, nextLaser); 
     1161        try { 
     1162          store.setLaserType(getLaserType("Other"), 0, nextLaser); 
     1163          store.setLaserLaserMedium(getLaserMedium("Other"), 0, nextLaser); 
     1164        } 
     1165        catch (FormatException e) { 
     1166          LOGGER.warn("", e); 
     1167        } 
    11741168      } 
    11751169      else if (qName.equals("Magnification")) { 
     
    11811175      } 
    11821176      else if (qName.equals("Immersion")) { 
    1183         Immersion immersion = Immersion.OTHER; 
    1184         if (value.equals("1.33")) immersion = Immersion.WATER; 
    1185         else if (value.equals("1.00")) immersion = Immersion.AIR; 
     1177        String immersion = "Other"; 
     1178        if (value.equals("1.33")) immersion = "Water"; 
     1179        else if (value.equals("1.00")) immersion = "Air"; 
    11861180        else LOGGER.warn("Unknown immersion medium: {}", value); 
    1187         store.setObjectiveImmersion(immersion, 0, nextObjective); 
     1181        try { 
     1182          store.setObjectiveImmersion( 
     1183            getImmersion(immersion), 0, nextObjective); 
     1184        } 
     1185        catch (FormatException e) { 
     1186          LOGGER.warn("", e); 
     1187        } 
    11881188      } 
    11891189      else if (qName.equals("OffsetX") || qName.equals("OffsetY")) { 
     
    13021302        store.setDetectorID(detectorID, 0, nextCamera); 
    13031303        try { 
    1304           store.setDetectorType(DetectorType.fromString( 
     1304          store.setDetectorType(getDetectorType( 
    13051305            attributes.getValue("CameraType")), 0, nextCamera); 
    13061306        } 
    1307         catch (EnumerationException e) { } 
     1307        catch (FormatException e) { 
     1308          LOGGER.warn("", e); 
     1309        } 
    13081310        cameraIDs.add(attributes.getValue("ID")); 
    13091311        nextCamera++; 
     
    13161318          MetadataTools.createLSID("Objective", 0, nextObjective); 
    13171319        store.setObjectiveID(objectiveID, 0, nextObjective); 
    1318         store.setObjectiveCorrection(Correction.OTHER, 0, nextObjective); 
     1320        try { 
     1321          store.setObjectiveCorrection( 
     1322            getCorrection("Other"), 0, nextObjective); 
     1323        } 
     1324        catch (FormatException e) { 
     1325          LOGGER.warn("", e); 
     1326        } 
    13191327        objectiveIDs.add(attributes.getValue("ID")); 
    13201328      } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LiFlimReader.java

    r6336 r6371  
    373373    core[0].indexed = false; 
    374374    core[0].dimensionOrder = "XYCZT"; 
    375     core[0].pixelType = getPixelType(datatype); 
     375    core[0].pixelType = getPixelTypeFromString(datatype); 
    376376    core[0].littleEndian = true; 
    377377    core[0].interleaved = true; 
     
    388388      core[1].indexed = false; 
    389389      core[1].dimensionOrder = "XYCZT"; 
    390       core[1].pixelType = getPixelType(backgroundDatatype); 
     390      core[1].pixelType = getPixelTypeFromString(backgroundDatatype); 
    391391      core[1].littleEndian = true; 
    392392      core[1].interleaved = true; 
     
    458458  } 
    459459 
    460   private int getPixelType(String type) throws FormatException { 
     460  private int getPixelTypeFromString(String type) throws FormatException { 
    461461    // check data type 
    462462    if (DATATYPE_UINT8.equals(type)) return FormatTools.UINT8; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.