Changeset 6388


Ignore:
Timestamp:
05/25/10 16:21:27 (10 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed a bunch of Leica LIF metadata population bugs.

Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaHandler.java

    r6376 r6388  
    105105 
    106106  private MetadataLevel level; 
     107  private int laserCount = 0; 
    107108 
    108109  // -- Constructor -- 
    … …  
    192193 
    193194        for (int i=0; i<xPos.size(); i++) { 
    194           int nPlanes = 
    195             coreMeta.imageCount / (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    196           for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    197             int index = image * nChannels + i; 
    198             store.setPlanePositionX(xPos.get(i), numDatasets, index); 
    199             store.setPlanePositionY(yPos.get(i), numDatasets, index); 
    200             store.setPlanePositionZ(zPos.get(i), numDatasets, index); 
     195          for (int image=0; image<coreMeta.imageCount; image++) { 
     196            store.setPlanePositionX(xPos.get(i), numDatasets, image); 
     197            store.setPlanePositionY(yPos.get(i), numDatasets, image); 
     198            store.setPlanePositionZ(zPos.get(i), numDatasets, image); 
    201199          } 
    202200        } 
    … …  
    331329          String id = MetadataTools.createLSID("Filter", numDatasets, filter); 
    332330          if (i < numChannels && detectors.get(filter).active) { 
     331            String lsid = MetadataTools.createLSID("Channel", numDatasets, i); 
     332            store.setChannelID(lsid, numDatasets, i); 
    333333            store.setLightPathEmissionFilterRef(id, numDatasets, i, 0); 
    334334          } 
    … …  
    339339      core.add(new CoreMetadata()); 
    340340      numDatasets++; 
     341      laserCount = 0; 
    341342      linkedInstruments = false; 
    342343      detectorChannel = 0; 
    … …  
    520521      if (attribute.equals("NumericalAperture")) { 
    521522        store.setObjectiveLensNA(new Double(variant), numDatasets, 0); 
    522         store.setObjectiveCorrection(Correction.OTHER, numDatasets, 0); 
    523         store.setObjectiveImmersion(Immersion.OTHER, numDatasets, 0); 
    524523      } 
    525524      else if (attribute.equals("OrderNumber")) { 
    526525        store.setObjectiveSerialNumber(variant, numDatasets, 0); 
    527         store.setObjectiveCorrection(Correction.OTHER, numDatasets, 0); 
    528         store.setObjectiveImmersion(Immersion.OTHER, numDatasets, 0); 
    529526      } 
    530527      else if (objectClass.equals("CDetectionUnit")) { 
    … …  
    610607      else if (attribute.equals("XPos")) { 
    611608        int c = coreMeta.rgb || coreMeta.sizeC == 0 ? 1 : coreMeta.sizeC; 
    612         int nPlanes = coreMeta.imageCount / c; 
     609        int nPlanes = coreMeta.imageCount; 
    613610        Double posX = new Double(variant); 
    614611        for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    615           int index = image * (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    616           if (index >= nPlanes) continue; 
    617           store.setPlanePositionX(posX, numDatasets, index); 
     612          store.setPlanePositionX(posX, numDatasets, image); 
    618613        } 
    619614        if (numChannels == 0) xPos.add(posX); 
    … …  
    621616      else if (attribute.equals("YPos")) { 
    622617        int c = coreMeta.rgb || coreMeta.sizeC == 0 ? 1 : coreMeta.sizeC; 
    623         int nPlanes = coreMeta.imageCount / c; 
     618        int nPlanes = coreMeta.imageCount; 
    624619        Double posY = new Double(variant); 
    625620        for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    626           int index = image * (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    627           if (index >= nPlanes) continue; 
    628           store.setPlanePositionY(posY, numDatasets, index); 
     621          store.setPlanePositionY(posY, numDatasets, image); 
    629622        } 
    630623        if (numChannels == 0) yPos.add(posY); 
    … …  
    632625      else if (attribute.equals("ZPos")) { 
    633626        int c = coreMeta.rgb || coreMeta.sizeC == 0 ? 1 : coreMeta.sizeC; 
    634         int nPlanes = coreMeta.imageCount / c; 
     627        int nPlanes = coreMeta.imageCount; 
    635628        Double posZ = new Double(variant); 
    636629        for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    637           int index = image * (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    638           if (index >= nPlanes) continue; 
    639           store.setPlanePositionZ(posZ, numDatasets, index); 
     630          store.setPlanePositionZ(posZ, numDatasets, image); 
    640631        } 
    641632        if (numChannels == 0) zPos.add(posZ); 
    … …  
    718709        } 
    719710 
     711        store.setDetectorID(id, numDatasets, nextChannel); 
    720712        if (detector != null) { 
    721           store.setDetectorID(id, numDatasets, nextChannel); 
    722713          store.setDetectorSettingsGain(gain, numDatasets, nextChannel); 
    723714          store.setDetectorSettingsOffset(offset, numDatasets, nextChannel); 
    … …  
    759750      l.id = MetadataTools.createLSID("LightSource", numDatasets, l.index); 
    760751      l.wavelength = new Integer(attributes.getValue("LaserLine")); 
     752      while (l.index > laserCount) { 
     753        String lsid = 
     754          MetadataTools.createLSID("LightSource", numDatasets, laserCount); 
     755        store.setLaserID(lsid, numDatasets, laserCount); 
     756        laserCount++; 
     757      } 
    761758      store.setLaserID(l.id, numDatasets, l.index); 
     759      laserCount++; 
    762760      if (l.wavelength > 0) { 
    763761        store.setLaserWavelength( 
    … …  
    948946            if (i < x.size() - 1) points.append(" "); 
    949947          } 
    950           store.setPolylinePoints(points.toString(), roi, 0); 
    951           store.setPolylineClosed(Boolean.TRUE, roi, 0); 
     948          store.setPolylinePoints(points.toString(), roi, 1); 
     949          store.setPolylineClosed(Boolean.TRUE, roi, 1); 
    952950 
    953951          break; 
    954952        case TEXT: 
    955953        case RECTANGLE: 
    956           store.setRectangleX(roiX - Math.abs(cornerX), roi, 0); 
    957           store.setRectangleY(roiY - Math.abs(cornerY), roi, 0); 
     954          store.setRectangleX(roiX - Math.abs(cornerX), roi, 1); 
     955          store.setRectangleY(roiY - Math.abs(cornerY), roi, 1); 
    958956          double width = 2 * Math.abs(cornerX); 
    959957          double height = 2 * Math.abs(cornerY); 
    960           store.setRectangleWidth(width, roi, 0); 
    961           store.setRectangleHeight(height, roi, 0); 
     958          store.setRectangleWidth(width, roi, 1); 
     959          store.setRectangleHeight(height, roi, 1); 
    962960 
    963961          break; 
    … …  
    965963        case ARROW: 
    966964        case LINE: 
    967           store.setLineX1(roiX + x.get(0), roi, 0); 
    968           store.setLineY1(roiY + y.get(0), roi, 0); 
    969           store.setLineX2(roiX + x.get(1), roi, 0); 
    970           store.setLineY2(roiY + y.get(1), roi, 0); 
     965          store.setLineX1(roiX + x.get(0), roi, 1); 
     966          store.setLineY1(roiY + y.get(0), roi, 1); 
     967          store.setLineX2(roiX + x.get(1), roi, 1); 
     968          store.setLineY2(roiY + y.get(1), roi, 1); 
    971969          break; 
    972970      } 

  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/ome/OMEXMLMetadataImpl.java

    r6383 r6388  
    55415541                model.addModelObject(id, o3); 
    55425542                o3.setID(id); 
     5543    if (o3.getLightPath() == null) { 
     5544      o3.setLightPath(new LightPath()); 
     5545    } 
    55435546        } 
    55445547 

  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaHandler.java

    r6377 r6388  
    105105 
    106106  private MetadataLevel level; 
     107  private int laserCount = 0; 
    107108 
    108109  // -- Constructor -- 
    … …  
    192193 
    193194        for (int i=0; i<xPos.size(); i++) { 
    194           int nPlanes = 
    195             coreMeta.imageCount / (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    196           for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    197             int index = image * nChannels + i; 
    198             store.setPlanePositionX(xPos.get(i), numDatasets, index); 
    199             store.setPlanePositionY(yPos.get(i), numDatasets, index); 
    200             store.setPlanePositionZ(zPos.get(i), numDatasets, index); 
     195          for (int image=0; image<coreMeta.imageCount; image++) { 
     196            store.setPlanePositionX(xPos.get(i), numDatasets, image); 
     197            store.setPlanePositionY(yPos.get(i), numDatasets, image); 
     198            store.setPlanePositionZ(zPos.get(i), numDatasets, image); 
    201199          } 
    202200        } 
    … …  
    331329          String id = MetadataTools.createLSID("Filter", numDatasets, filter); 
    332330          if (i < numChannels && detectors.get(filter).active) { 
     331            String lsid = MetadataTools.createLSID("Channel", numDatasets, i); 
     332            store.setChannelID(lsid, numDatasets, i); 
    333333            store.setLightPathEmissionFilterRef(id, numDatasets, i, 0); 
    334334          } 
    … …  
    339339      core.add(new CoreMetadata()); 
    340340      numDatasets++; 
     341      laserCount = 0; 
    341342      linkedInstruments = false; 
    342343      detectorChannel = 0; 
    … …  
    520521      if (attribute.equals("NumericalAperture")) { 
    521522        store.setObjectiveLensNA(new Double(variant), numDatasets, 0); 
    522         store.setObjectiveCorrection(Correction.OTHER, numDatasets, 0); 
    523         store.setObjectiveImmersion(Immersion.OTHER, numDatasets, 0); 
    524523      } 
    525524      else if (attribute.equals("OrderNumber")) { 
    526525        store.setObjectiveSerialNumber(variant, numDatasets, 0); 
    527         store.setObjectiveCorrection(Correction.OTHER, numDatasets, 0); 
    528         store.setObjectiveImmersion(Immersion.OTHER, numDatasets, 0); 
    529526      } 
    530527      else if (objectClass.equals("CDetectionUnit")) { 
    … …  
    610607      else if (attribute.equals("XPos")) { 
    611608        int c = coreMeta.rgb || coreMeta.sizeC == 0 ? 1 : coreMeta.sizeC; 
    612         int nPlanes = coreMeta.imageCount / c; 
     609        int nPlanes = coreMeta.imageCount; 
    613610        Double posX = new Double(variant); 
    614611        for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    615           int index = image * (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    616           if (index >= nPlanes) continue; 
    617           store.setPlanePositionX(posX, numDatasets, index); 
     612          store.setPlanePositionX(posX, numDatasets, image); 
    618613        } 
    619614        if (numChannels == 0) xPos.add(posX); 
    … …  
    621616      else if (attribute.equals("YPos")) { 
    622617        int c = coreMeta.rgb || coreMeta.sizeC == 0 ? 1 : coreMeta.sizeC; 
    623         int nPlanes = coreMeta.imageCount / c; 
     618        int nPlanes = coreMeta.imageCount; 
    624619        Double posY = new Double(variant); 
    625620        for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    626           int index = image * (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    627           if (index >= nPlanes) continue; 
    628           store.setPlanePositionY(posY, numDatasets, index); 
     621          store.setPlanePositionY(posY, numDatasets, image); 
    629622        } 
    630623        if (numChannels == 0) yPos.add(posY); 
    … …  
    632625      else if (attribute.equals("ZPos")) { 
    633626        int c = coreMeta.rgb || coreMeta.sizeC == 0 ? 1 : coreMeta.sizeC; 
    634         int nPlanes = coreMeta.imageCount / c; 
     627        int nPlanes = coreMeta.imageCount; 
    635628        Double posZ = new Double(variant); 
    636629        for (int image=0; image<nPlanes; image++) { 
    637           int index = image * (coreMeta.rgb ? 1 : coreMeta.sizeC); 
    638           if (index >= nPlanes) continue; 
    639           store.setPlanePositionZ(posZ, numDatasets, index); 
     630          store.setPlanePositionZ(posZ, numDatasets, image); 
    640631        } 
    641632        if (numChannels == 0) zPos.add(posZ); 
    … …  
    718709        } 
    719710 
     711        store.setDetectorID(id, numDatasets, nextChannel); 
    720712        if (detector != null) { 
    721           store.setDetectorID(id, numDatasets, nextChannel); 
    722713          store.setDetectorSettingsGain(gain, numDatasets, nextChannel); 
    723714          store.setDetectorSettingsOffset(offset, numDatasets, nextChannel); 
    … …  
    759750      l.id = MetadataTools.createLSID("LightSource", numDatasets, l.index); 
    760751      l.wavelength = new Integer(attributes.getValue("LaserLine")); 
     752      while (l.index > laserCount) { 
     753        String lsid = 
     754          MetadataTools.createLSID("LightSource", numDatasets, laserCount); 
     755        store.setLaserID(lsid, numDatasets, laserCount); 
     756        laserCount++; 
     757      } 
    761758      store.setLaserID(l.id, numDatasets, l.index); 
     759      laserCount++; 
    762760      if (l.wavelength > 0) { 
    763761        store.setLaserWavelength( 
    … …  
    948946            if (i < x.size() - 1) points.append(" "); 
    949947          } 
    950           store.setPolylinePoints(points.toString(), roi, 0); 
    951           store.setPolylineClosed(Boolean.TRUE, roi, 0); 
     948          store.setPolylinePoints(points.toString(), roi, 1); 
     949          store.setPolylineClosed(Boolean.TRUE, roi, 1); 
    952950 
    953951          break; 
    954952        case TEXT: 
    955953        case RECTANGLE: 
    956           store.setRectangleX(roiX - Math.abs(cornerX), roi, 0); 
    957           store.setRectangleY(roiY - Math.abs(cornerY), roi, 0); 
     954          store.setRectangleX(roiX - Math.abs(cornerX), roi, 1); 
     955          store.setRectangleY(roiY - Math.abs(cornerY), roi, 1); 
    958956          double width = 2 * Math.abs(cornerX); 
    959957          double height = 2 * Math.abs(cornerY); 
    960           store.setRectangleWidth(width, roi, 0); 
    961           store.setRectangleHeight(height, roi, 0); 
     958          store.setRectangleWidth(width, roi, 1); 
     959          store.setRectangleHeight(height, roi, 1); 
    962960 
    963961          break; 
    … …  
    965963        case ARROW: 
    966964        case LINE: 
    967           store.setLineX1(roiX + x.get(0), roi, 0); 
    968           store.setLineY1(roiY + y.get(0), roi, 0); 
    969           store.setLineX2(roiX + x.get(1), roi, 0); 
    970           store.setLineY2(roiY + y.get(1), roi, 0); 
     965          store.setLineX1(roiX + x.get(0), roi, 1); 
     966          store.setLineY1(roiY + y.get(0), roi, 1); 
     967          store.setLineX2(roiX + x.get(1), roi, 1); 
     968          store.setLineY2(roiY + y.get(1), roi, 1); 
    971969          break; 
    972970      } 

  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/ome/OMEXMLMetadataImpl.java

    r6383 r6388  
    55415541                model.addModelObject(id, o3); 
    55425542                o3.setID(id); 
     5543    if (o3.getLightPath() == null) { 
     5544      o3.setLightPath(new LightPath()); 
     5545    } 
    55435546        } 
    55445547 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.