Changeset 6402


Ignore:
Timestamp:
05/27/10 09:22:48 (10 years ago)
Author:
callan
Message:

Merging r6401 from Trunk.

Location:
branches/4.2/components/ome-xml
Files:
118 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/4.2/components/ome-xml/build.properties

    r6143 r6402  
    1010component.jar            = ome-xml.jar 
    1111component.version        = 4.1.1 
    12 component.classpath      = ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
     12component.classpath      = ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
     13                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    1314component.java-version   = 1.5 
    1415component.deprecation    = true 
    … …  
    1819 
    1920component.main-class     = ome.xml.About 
    20 component.runtime-cp     = ${component.classpath} 
     21component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
     22                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
     23                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
    2124 
    2225testng.xml               = ${tests.dir}/ome/xml/utests/testng.xml 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Annotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
    5860 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Annotation.class); 
     64 
    5965        // -- Instance variables -- 
    6066 
    … …  
    8692        private List<Experimenter> experimenter_BackReferenceList = new ArrayList<Experimenter>(); 
    8793 
     94        // Back reference ROI_BackReference 
     95        private List<ROI> roi_backReferenceList = new ArrayList<ROI>(); 
     96 
     97        // Back reference Shape_BackReference 
     98        private List<Shape> shape_BackReferenceList = new ArrayList<Shape>(); 
     99 
     100        // Back reference ListAnnotation_BackReference 
     101        private List<ListAnnotation> listAnnotation_BackReferenceList = new ArrayList<ListAnnotation>(); 
     102 
    88103        // Back reference Plate_BackReference 
    89104        private List<Plate> plate_BackReferenceList = new ArrayList<Plate>(); 
    … …  
    103118        // Back reference WellSample_BackReference 
    104119        private List<WellSample> wellSample_BackReferenceList = new ArrayList<WellSample>(); 
    105  
    106         // Back reference ROI_BackReference 
    107         private List<ROI> roi_backReferenceList = new ArrayList<ROI>(); 
    108  
    109         // Back reference Shape_BackReference 
    110         private List<Shape> shape_BackReferenceList = new ArrayList<Shape>(); 
    111  
    112         // Back reference ListAnnotation_BackReference 
    113         private List<ListAnnotation> listAnnotation_BackReferenceList = new ArrayList<ListAnnotation>(); 
    114120 
    115121        // -- Constructors -- 
    … …  
    158164                if (!"Annotation".equals(tagName)) 
    159165                { 
    160                         System.err.println(String.format( 
    161                                         "WARNING: Expecting node name of Annotation got %s", 
    162                                         tagName)); 
    163                         // TODO: Should be its own Exception 
    164                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    165                         //              "Expecting node name of Annotation got %s", 
    166                         //              tagName)); 
     166                        LOGGER.debug("Expecting node name of Annotation got {}", tagName); 
    167167                } 
    168168                if (element.hasAttribute("Namespace")) 
    … …  
    193193                // *** IGNORING *** Skipped back reference Dataset_BackReference 
    194194                // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
     195                // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
     196                // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
     197                // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    195198                // *** IGNORING *** Skipped back reference Plate_BackReference 
    196199                // *** IGNORING *** Skipped back reference Reagent_BackReference 
    … …  
    199202                // *** IGNORING *** Skipped back reference Well_BackReference 
    200203                // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
    201                 // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
    202                 // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
    203                 // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    204204        } 
    205205 
    … …  
    454454 
    455455        // Reference which occurs more than once 
     456        public int sizeOfLinkedROIList() 
     457        { 
     458                return roi_backReferenceList.size(); 
     459        } 
     460 
     461        public List<ROI> copyLinkedROIList() 
     462        { 
     463                return new ArrayList<ROI>(roi_backReferenceList); 
     464        } 
     465 
     466        public ROI getLinkedROI(int index) 
     467        { 
     468                return roi_backReferenceList.get(index); 
     469        } 
     470 
     471        public ROI setLinkedROI(int index, ROI o) 
     472        { 
     473                return roi_backReferenceList.set(index, o); 
     474        } 
     475 
     476        public boolean linkROI(ROI o) 
     477        { 
     478                return roi_backReferenceList.add(o); 
     479        } 
     480 
     481        public boolean unlinkROI(ROI o) 
     482        { 
     483                return roi_backReferenceList.remove(o); 
     484        } 
     485 
     486        // Reference which occurs more than once 
     487        public int sizeOfLinkedShapeList() 
     488        { 
     489                return shape_BackReferenceList.size(); 
     490        } 
     491 
     492        public List<Shape> copyLinkedShapeList() 
     493        { 
     494                return new ArrayList<Shape>(shape_BackReferenceList); 
     495        } 
     496 
     497        public Shape getLinkedShape(int index) 
     498        { 
     499                return shape_BackReferenceList.get(index); 
     500        } 
     501 
     502        public Shape setLinkedShape(int index, Shape o) 
     503        { 
     504                return shape_BackReferenceList.set(index, o); 
     505        } 
     506 
     507        public boolean linkShape(Shape o) 
     508        { 
     509                return shape_BackReferenceList.add(o); 
     510        } 
     511 
     512        public boolean unlinkShape(Shape o) 
     513        { 
     514                return shape_BackReferenceList.remove(o); 
     515        } 
     516 
     517        // Reference which occurs more than once 
     518        public int sizeOfLinkedListAnnotationList() 
     519        { 
     520                return listAnnotation_BackReferenceList.size(); 
     521        } 
     522 
     523        public List<ListAnnotation> copyLinkedListAnnotationList() 
     524        { 
     525                return new ArrayList<ListAnnotation>(listAnnotation_BackReferenceList); 
     526        } 
     527 
     528        public ListAnnotation getLinkedListAnnotation(int index) 
     529        { 
     530                return listAnnotation_BackReferenceList.get(index); 
     531        } 
     532 
     533        public ListAnnotation setLinkedListAnnotation(int index, ListAnnotation o) 
     534        { 
     535                return listAnnotation_BackReferenceList.set(index, o); 
     536        } 
     537 
     538        public boolean linkListAnnotation(ListAnnotation o) 
     539        { 
     540                return listAnnotation_BackReferenceList.add(o); 
     541        } 
     542 
     543        public boolean unlinkListAnnotation(ListAnnotation o) 
     544        { 
     545                return listAnnotation_BackReferenceList.remove(o); 
     546        } 
     547 
     548        // Reference which occurs more than once 
    456549        public int sizeOfLinkedPlateList() 
    457550        { 
    … …  
    637730        { 
    638731                return wellSample_BackReferenceList.remove(o); 
    639         } 
    640  
    641         // Reference which occurs more than once 
    642         public int sizeOfLinkedROIList() 
    643         { 
    644                 return roi_backReferenceList.size(); 
    645         } 
    646  
    647         public List<ROI> copyLinkedROIList() 
    648         { 
    649                 return new ArrayList<ROI>(roi_backReferenceList); 
    650         } 
    651  
    652         public ROI getLinkedROI(int index) 
    653         { 
    654                 return roi_backReferenceList.get(index); 
    655         } 
    656  
    657         public ROI setLinkedROI(int index, ROI o) 
    658         { 
    659                 return roi_backReferenceList.set(index, o); 
    660         } 
    661  
    662         public boolean linkROI(ROI o) 
    663         { 
    664                 return roi_backReferenceList.add(o); 
    665         } 
    666  
    667         public boolean unlinkROI(ROI o) 
    668         { 
    669                 return roi_backReferenceList.remove(o); 
    670         } 
    671  
    672         // Reference which occurs more than once 
    673         public int sizeOfLinkedShapeList() 
    674         { 
    675                 return shape_BackReferenceList.size(); 
    676         } 
    677  
    678         public List<Shape> copyLinkedShapeList() 
    679         { 
    680                 return new ArrayList<Shape>(shape_BackReferenceList); 
    681         } 
    682  
    683         public Shape getLinkedShape(int index) 
    684         { 
    685                 return shape_BackReferenceList.get(index); 
    686         } 
    687  
    688         public Shape setLinkedShape(int index, Shape o) 
    689         { 
    690                 return shape_BackReferenceList.set(index, o); 
    691         } 
    692  
    693         public boolean linkShape(Shape o) 
    694         { 
    695                 return shape_BackReferenceList.add(o); 
    696         } 
    697  
    698         public boolean unlinkShape(Shape o) 
    699         { 
    700                 return shape_BackReferenceList.remove(o); 
    701         } 
    702  
    703         // Reference which occurs more than once 
    704         public int sizeOfLinkedListAnnotationList() 
    705         { 
    706                 return listAnnotation_BackReferenceList.size(); 
    707         } 
    708  
    709         public List<ListAnnotation> copyLinkedListAnnotationList() 
    710         { 
    711                 return new ArrayList<ListAnnotation>(listAnnotation_BackReferenceList); 
    712         } 
    713  
    714         public ListAnnotation getLinkedListAnnotation(int index) 
    715         { 
    716                 return listAnnotation_BackReferenceList.get(index); 
    717         } 
    718  
    719         public ListAnnotation setLinkedListAnnotation(int index, ListAnnotation o) 
    720         { 
    721                 return listAnnotation_BackReferenceList.set(index, o); 
    722         } 
    723  
    724         public boolean linkListAnnotation(ListAnnotation o) 
    725         { 
    726                 return listAnnotation_BackReferenceList.add(o); 
    727         } 
    728  
    729         public boolean unlinkListAnnotation(ListAnnotation o) 
    730         { 
    731                 return listAnnotation_BackReferenceList.remove(o); 
    732732        } 
    733733 
    … …  
    784784                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Experimenter_BackReference 
    785785                } 
     786                if (roi_backReferenceList != null) 
     787                { 
     788                        // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
     789                } 
     790                if (shape_BackReferenceList != null) 
     791                { 
     792                        // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
     793                } 
     794                if (listAnnotation_BackReferenceList != null) 
     795                { 
     796                        // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
     797                } 
    786798                if (plate_BackReferenceList != null) 
    787799                { 
    … …  
    808820                        // *** IGNORING *** Skipped back reference WellSample_BackReference 
    809821                } 
    810                 if (roi_backReferenceList != null) 
    811                 { 
    812                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ROI_BackReference 
    813                 } 
    814                 if (shape_BackReferenceList != null) 
    815                 { 
    816                         // *** IGNORING *** Skipped back reference Shape_BackReference 
    817                 } 
    818                 if (listAnnotation_BackReferenceList != null) 
    819                 { 
    820                         // *** IGNORING *** Skipped back reference ListAnnotation_BackReference 
    821                 } 
    822822                return super.asXMLElement(document, Annotation_element); 
    823823        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/AnnotationRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(AnnotationRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"AnnotationRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of AnnotationRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of AnnotationRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of AnnotationRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Arc.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Arc.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Arc".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Arc got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Arc got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Arc got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (element.hasAttribute("Type")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BinData.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(BinData.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"BinData".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of BinData got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of BinData got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of BinData got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                if (element.hasAttribute("BigEndian")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BinaryFile.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(BinaryFile.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    119125                if (!"BinaryFile".equals(tagName)) 
    120126                { 
    121                         System.err.println(String.format( 
    122                                         "WARNING: Expecting node name of BinaryFile got %s", 
    123                                         tagName)); 
    124                         // TODO: Should be its own Exception 
    125                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    126                         //              "Expecting node name of BinaryFile got %s", 
    127                         //              tagName)); 
     127                        LOGGER.debug("Expecting node name of BinaryFile got {}", tagName); 
    128128                } 
    129129                if (element.hasAttribute("MIMEType")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/BooleanAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(BooleanAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"BooleanAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of BooleanAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of BooleanAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of BooleanAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> Value_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Channel.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Channel.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    161167                if (!"Channel".equals(tagName)) 
    162168                { 
    163                         System.err.println(String.format( 
    164                                         "WARNING: Expecting node name of Channel got %s", 
    165                                         tagName)); 
    166                         // TODO: Should be its own Exception 
    167                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    168                         //              "Expecting node name of Channel got %s", 
    169                         //              tagName)); 
     169                        LOGGER.debug("Expecting node name of Channel got {}", tagName); 
    170170                } 
    171171                if (element.hasAttribute("PinholeSize")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ChannelRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ChannelRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ChannelRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ChannelRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ChannelRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ChannelRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Contact.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Contact.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Contact".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Contact got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Contact got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Contact got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dataset.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Dataset.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    128134                if (!"Dataset".equals(tagName)) 
    129135                { 
    130                         System.err.println(String.format( 
    131                                         "WARNING: Expecting node name of Dataset got %s", 
    132                                         tagName)); 
    133                         // TODO: Should be its own Exception 
    134                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    135                         //              "Expecting node name of Dataset got %s", 
    136                         //              tagName)); 
     136                        LOGGER.debug("Expecting node name of Dataset got {}", tagName); 
    137137                } 
    138138                if (element.hasAttribute("Name")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DatasetRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(DatasetRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"DatasetRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of DatasetRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of DatasetRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of DatasetRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Detector.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Detector.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    125131                if (!"Detector".equals(tagName)) 
    126132                { 
    127                         System.err.println(String.format( 
    128                                         "WARNING: Expecting node name of Detector got %s", 
    129                                         tagName)); 
    130                         // TODO: Should be its own Exception 
    131                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    132                         //              "Expecting node name of Detector got %s", 
    133                         //              tagName)); 
     133                        LOGGER.debug("Expecting node name of Detector got {}", tagName); 
    134134                } 
    135135                if (element.hasAttribute("Zoom")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DetectorSettings.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(DetectorSettings.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"DetectorSettings".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of DetectorSettings got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of DetectorSettings got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of DetectorSettings got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (element.hasAttribute("Binning")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Dichroic.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Dichroic.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"Dichroic".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of Dichroic got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of Dichroic got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of Dichroic got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DichroicRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(DichroicRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"DichroicRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of DichroicRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of DichroicRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of DichroicRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/DoubleAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(DoubleAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"DoubleAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of DoubleAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of DoubleAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of DoubleAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> Value_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Ellipse.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Ellipse.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"Ellipse".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of Ellipse got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of Ellipse got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of Ellipse got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("Y")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/EmissionFilterRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(EmissionFilterRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    104110                if (!"EmissionFilterRef".equals(tagName)) 
    105111                { 
    106                         System.err.println(String.format( 
    107                                         "WARNING: Expecting node name of EmissionFilterRef got %s", 
    108                                         tagName)); 
    109                         // TODO: Should be its own Exception 
    110                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    111                         //              "Expecting node name of EmissionFilterRef got %s", 
    112                         //              tagName)); 
     112                        LOGGER.debug("Expecting node name of EmissionFilterRef got {}", tagName); 
    113113                } 
    114114        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExcitationFilterRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ExcitationFilterRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    104110                if (!"ExcitationFilterRef".equals(tagName)) 
    105111                { 
    106                         System.err.println(String.format( 
    107                                         "WARNING: Expecting node name of ExcitationFilterRef got %s", 
    108                                         tagName)); 
    109                         // TODO: Should be its own Exception 
    110                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    111                         //              "Expecting node name of ExcitationFilterRef got %s", 
    112                         //              tagName)); 
     112                        LOGGER.debug("Expecting node name of ExcitationFilterRef got {}", tagName); 
    113113                } 
    114114        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experiment.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Experiment.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"Experiment".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of Experiment got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of Experiment got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of Experiment got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (element.hasAttribute("Type")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimentRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ExperimentRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ExperimentRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ExperimentRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ExperimentRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ExperimentRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Experimenter.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Experimenter.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    149155                if (!"Experimenter".equals(tagName)) 
    150156                { 
    151                         System.err.println(String.format( 
    152                                         "WARNING: Expecting node name of Experimenter got %s", 
    153                                         tagName)); 
    154                         // TODO: Should be its own Exception 
    155                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    156                         //              "Expecting node name of Experimenter got %s", 
    157                         //              tagName)); 
     157                        LOGGER.debug("Expecting node name of Experimenter got {}", tagName); 
    158158                } 
    159159                if (element.hasAttribute("UserName")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ExperimenterRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ExperimenterRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ExperimenterRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ExperimenterRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ExperimenterRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ExperimenterRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/External.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(External.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"External".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of External got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of External got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of External got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                if (element.hasAttribute("href")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filament.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Filament.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Filament".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Filament got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Filament got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Filament got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (element.hasAttribute("Type")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FileAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(FileAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"FileAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of FileAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of FileAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of FileAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> BinaryFile_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Filter.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Filter.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"Filter".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of Filter got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of Filter got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of Filter got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (element.hasAttribute("FilterWheel")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(FilterRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"FilterRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of FilterRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of FilterRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of FilterRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSet.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(FilterSet.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"FilterSet".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of FilterSet got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of FilterSet got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of FilterSet got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/FilterSetRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(FilterSetRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"FilterSetRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of FilterSetRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of FilterSetRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of FilterSetRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Group.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Group.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    131137                if (!"Group".equals(tagName)) 
    132138                { 
    133                         System.err.println(String.format( 
    134                                         "WARNING: Expecting node name of Group got %s", 
    135                                         tagName)); 
    136                         // TODO: Should be its own Exception 
    137                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    138                         //              "Expecting node name of Group got %s", 
    139                         //              tagName)); 
     139                        LOGGER.debug("Expecting node name of Group got {}", tagName); 
    140140                } 
    141141                if (element.hasAttribute("Name")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/GroupRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(GroupRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"GroupRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of GroupRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of GroupRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of GroupRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Image.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Image.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    155161                if (!"Image".equals(tagName)) 
    156162                { 
    157                         System.err.println(String.format( 
    158                                         "WARNING: Expecting node name of Image got %s", 
    159                                         tagName)); 
    160                         // TODO: Should be its own Exception 
    161                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    162                         //              "Expecting node name of Image got %s", 
    163                         //              tagName)); 
     163                        LOGGER.debug("Expecting node name of Image got {}", tagName); 
    164164                } 
    165165                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImageRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ImageRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ImageRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ImageRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ImageRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ImageRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ImagingEnvironment.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ImagingEnvironment.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"ImagingEnvironment".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of ImagingEnvironment got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of ImagingEnvironment got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of ImagingEnvironment got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("CO2Percent")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Instrument.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Instrument.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    134140                if (!"Instrument".equals(tagName)) 
    135141                { 
    136                         System.err.println(String.format( 
    137                                         "WARNING: Expecting node name of Instrument got %s", 
    138                                         tagName)); 
    139                         // TODO: Should be its own Exception 
    140                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    141                         //              "Expecting node name of Instrument got %s", 
    142                         //              tagName)); 
     142                        LOGGER.debug("Expecting node name of Instrument got {}", tagName); 
    143143                } 
    144144                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/InstrumentRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(InstrumentRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"InstrumentRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of InstrumentRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of InstrumentRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of InstrumentRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Laser.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Laser.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    131137                if (!"Laser".equals(tagName)) 
    132138                { 
    133                         System.err.println(String.format( 
    134                                         "WARNING: Expecting node name of Laser got %s", 
    135                                         tagName)); 
    136                         // TODO: Should be its own Exception 
    137                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    138                         //              "Expecting node name of Laser got %s", 
    139                         //              tagName)); 
     139                        LOGGER.debug("Expecting node name of Laser got {}", tagName); 
    140140                } 
    141141                if (element.hasAttribute("PockelCell")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Leader.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Leader.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Leader".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Leader got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Leader got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Leader got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightEmittingDiode.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(LightEmittingDiode.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    104110                if (!"LightEmittingDiode".equals(tagName)) 
    105111                { 
    106                         System.err.println(String.format( 
    107                                         "WARNING: Expecting node name of LightEmittingDiode got %s", 
    108                                         tagName)); 
    109                         // TODO: Should be its own Exception 
    110                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    111                         //              "Expecting node name of LightEmittingDiode got %s", 
    112                         //              tagName)); 
     112                        LOGGER.debug("Expecting node name of LightEmittingDiode got {}", tagName); 
    113113                } 
    114114        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightPath.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(LightPath.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"LightPath".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of LightPath got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of LightPath got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of LightPath got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                // Element reference ExcitationFilterRef 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSource.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(LightSource.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LightSourceSettings.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(LightSourceSettings.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"LightSourceSettings".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of LightSourceSettings got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of LightSourceSettings got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of LightSourceSettings got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                if (element.hasAttribute("Wavelength")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Line.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Line.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"Line".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of Line got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of Line got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of Line got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("Y1")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ListAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ListAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ListAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ListAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ListAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ListAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                // Element reference AnnotationRef 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/LongAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(LongAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"LongAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of LongAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of LongAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of LongAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> Value_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ManufacturerSpec.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ManufacturerSpec.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"ManufacturerSpec".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of ManufacturerSpec got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of ManufacturerSpec got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of ManufacturerSpec got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("LotNumber")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Mask.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Mask.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"Mask".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of Mask got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of Mask got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of Mask got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                if (element.hasAttribute("Y")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MetadataOnly.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(MetadataOnly.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    104110                if (!"MetadataOnly".equals(tagName)) 
    105111                { 
    106                         System.err.println(String.format( 
    107                                         "WARNING: Expecting node name of MetadataOnly got %s", 
    108                                         tagName)); 
    109                         // TODO: Should be its own Exception 
    110                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    111                         //              "Expecting node name of MetadataOnly got %s", 
    112                         //              tagName)); 
     112                        LOGGER.debug("Expecting node name of MetadataOnly got {}", tagName); 
    113113                } 
    114114        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(MicrobeamManipulation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"MicrobeamManipulation".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of MicrobeamManipulation got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of MicrobeamManipulation got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of MicrobeamManipulation got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (element.hasAttribute("Type")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/MicrobeamManipulationRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(MicrobeamManipulationRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"MicrobeamManipulationRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of MicrobeamManipulationRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of MicrobeamManipulationRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of MicrobeamManipulationRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Microscope.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Microscope.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Microscope".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Microscope got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Microscope got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Microscope got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (element.hasAttribute("Type")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OME.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(OME.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    140146                if (!"OME".equals(tagName)) 
    141147                { 
    142                         System.err.println(String.format( 
    143                                         "WARNING: Expecting node name of OME got %s", 
    144                                         tagName)); 
    145                         // TODO: Should be its own Exception 
    146                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    147                         //              "Expecting node name of OME got %s", 
    148                         //              tagName)); 
     148                        LOGGER.debug("Expecting node name of OME got {}", tagName); 
    149149                } 
    150150                if (element.hasAttribute("UUID")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTF.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(OTF.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    131137                if (!"OTF".equals(tagName)) 
    132138                { 
    133                         System.err.println(String.format( 
    134                                         "WARNING: Expecting node name of OTF got %s", 
    135                                         tagName)); 
    136                         // TODO: Should be its own Exception 
    137                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    138                         //              "Expecting node name of OTF got %s", 
    139                         //              tagName)); 
     139                        LOGGER.debug("Expecting node name of OTF got {}", tagName); 
    140140                } 
    141141                if (element.hasAttribute("SizeX")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/OTFRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(OTFRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"OTFRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of OTFRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of OTFRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of OTFRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Objective.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Objective.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    128134                if (!"Objective".equals(tagName)) 
    129135                { 
    130                         System.err.println(String.format( 
    131                                         "WARNING: Expecting node name of Objective got %s", 
    132                                         tagName)); 
    133                         // TODO: Should be its own Exception 
    134                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    135                         //              "Expecting node name of Objective got %s", 
    136                         //              tagName)); 
     136                        LOGGER.debug("Expecting node name of Objective got {}", tagName); 
    137137                } 
    138138                if (element.hasAttribute("Iris")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ObjectiveSettings.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ObjectiveSettings.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"ObjectiveSettings".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of ObjectiveSettings got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of ObjectiveSettings got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of ObjectiveSettings got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("RefractiveIndex")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Path.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Path.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Path".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Path got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Path got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Path got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (element.hasAttribute("Definition")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pixels.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Pixels.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    158164                if (!"Pixels".equals(tagName)) 
    159165                { 
    160                         System.err.println(String.format( 
    161                                         "WARNING: Expecting node name of Pixels got %s", 
    162                                         tagName)); 
    163                         // TODO: Should be its own Exception 
    164                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    165                         //              "Expecting node name of Pixels got %s", 
    166                         //              tagName)); 
     166                        LOGGER.debug("Expecting node name of Pixels got {}", tagName); 
    167167                } 
    168168                if (element.hasAttribute("SizeT")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plane.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Plane.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    134140                if (!"Plane".equals(tagName)) 
    135141                { 
    136                         System.err.println(String.format( 
    137                                         "WARNING: Expecting node name of Plane got %s", 
    138                                         tagName)); 
    139                         // TODO: Should be its own Exception 
    140                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    141                         //              "Expecting node name of Plane got %s", 
    142                         //              tagName)); 
     142                        LOGGER.debug("Expecting node name of Plane got {}", tagName); 
    143143                } 
    144144                if (element.hasAttribute("ExposureTime")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Plate.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Plate.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    149155                if (!"Plate".equals(tagName)) 
    150156                { 
    151                         System.err.println(String.format( 
    152                                         "WARNING: Expecting node name of Plate got %s", 
    153                                         tagName)); 
    154                         // TODO: Should be its own Exception 
    155                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    156                         //              "Expecting node name of Plate got %s", 
    157                         //              tagName)); 
     157                        LOGGER.debug("Expecting node name of Plate got {}", tagName); 
    158158                } 
    159159                if (element.hasAttribute("Status")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateAcquisition.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(PlateAcquisition.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    128134                if (!"PlateAcquisition".equals(tagName)) 
    129135                { 
    130                         System.err.println(String.format( 
    131                                         "WARNING: Expecting node name of PlateAcquisition got %s", 
    132                                         tagName)); 
    133                         // TODO: Should be its own Exception 
    134                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    135                         //              "Expecting node name of PlateAcquisition got %s", 
    136                         //              tagName)); 
     136                        LOGGER.debug("Expecting node name of PlateAcquisition got {}", tagName); 
    137137                } 
    138138                if (element.hasAttribute("MaximumFieldCount")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/PlateRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(PlateRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"PlateRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of PlateRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of PlateRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of PlateRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Point.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Point.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    110116                if (!"Point".equals(tagName)) 
    111117                { 
    112                         System.err.println(String.format( 
    113                                         "WARNING: Expecting node name of Point got %s", 
    114                                         tagName)); 
    115                         // TODO: Should be its own Exception 
    116                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    117                         //              "Expecting node name of Point got %s", 
    118                         //              tagName)); 
     118                        LOGGER.debug("Expecting node name of Point got {}", tagName); 
    119119                } 
    120120                if (element.hasAttribute("Y")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Polyline.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Polyline.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    110116                if (!"Polyline".equals(tagName)) 
    111117                { 
    112                         System.err.println(String.format( 
    113                                         "WARNING: Expecting node name of Polyline got %s", 
    114                                         tagName)); 
    115                         // TODO: Should be its own Exception 
    116                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    117                         //              "Expecting node name of Polyline got %s", 
    118                         //              tagName)); 
     118                        LOGGER.debug("Expecting node name of Polyline got {}", tagName); 
    119119                } 
    120120                if (element.hasAttribute("Points")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Project.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Project.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    125131                if (!"Project".equals(tagName)) 
    126132                { 
    127                         System.err.println(String.format( 
    128                                         "WARNING: Expecting node name of Project got %s", 
    129                                         tagName)); 
    130                         // TODO: Should be its own Exception 
    131                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    132                         //              "Expecting node name of Project got %s", 
    133                         //              tagName)); 
     133                        LOGGER.debug("Expecting node name of Project got {}", tagName); 
    134134                } 
    135135                if (element.hasAttribute("Name")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ProjectRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ProjectRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ProjectRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ProjectRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ProjectRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ProjectRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Pump.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Pump.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Pump".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Pump got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Pump got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Pump got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROI.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ROI.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    128134                if (!"ROI".equals(tagName)) 
    129135                { 
    130                         System.err.println(String.format( 
    131                                         "WARNING: Expecting node name of ROI got %s", 
    132                                         tagName)); 
    133                         // TODO: Should be its own Exception 
    134                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    135                         //              "Expecting node name of ROI got %s", 
    136                         //              tagName)); 
     136                        LOGGER.debug("Expecting node name of ROI got {}", tagName); 
    137137                } 
    138138                if (element.hasAttribute("Namespace")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ROIRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ROIRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ROIRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ROIRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ROIRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ROIRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reagent.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Reagent.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"Reagent".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of Reagent got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of Reagent got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of Reagent got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (element.hasAttribute("ReagentIdentifier")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ReagentRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ReagentRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ReagentRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ReagentRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ReagentRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ReagentRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Rectangle.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Rectangle.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"Rectangle".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of Rectangle got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of Rectangle got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of Rectangle got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("Y")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Reference.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Reference.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    115121                if (!"Reference".equals(tagName)) 
    116122                { 
    117                         System.err.println(String.format( 
    118                                         "WARNING: Expecting node name of Reference got %s", 
    119                                         tagName)); 
    120                         // TODO: Should be its own Exception 
    121                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    122                         //              "Expecting node name of Reference got %s", 
    123                         //              tagName)); 
     123                        LOGGER.debug("Expecting node name of Reference got {}", tagName); 
    124124                } 
    125125        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Screen.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Screen.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    137143                if (!"Screen".equals(tagName)) 
    138144                { 
    139                         System.err.println(String.format( 
    140                                         "WARNING: Expecting node name of Screen got %s", 
    141                                         tagName)); 
    142                         // TODO: Should be its own Exception 
    143                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    144                         //              "Expecting node name of Screen got %s", 
    145                         //              tagName)); 
     145                        LOGGER.debug("Expecting node name of Screen got {}", tagName); 
    146146                } 
    147147                if (element.hasAttribute("Name")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/ScreenRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(ScreenRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"ScreenRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of ScreenRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of ScreenRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of ScreenRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Settings.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Settings.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    104110                if (!"Settings".equals(tagName)) 
    105111                { 
    106                         System.err.println(String.format( 
    107                                         "WARNING: Expecting node name of Settings got %s", 
    108                                         tagName)); 
    109                         // TODO: Should be its own Exception 
    110                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    111                         //              "Expecting node name of Settings got %s", 
    112                         //              tagName)); 
     112                        LOGGER.debug("Expecting node name of Settings got {}", tagName); 
    113113                } 
    114114        } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Shape.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Shape.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StageLabel.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(StageLabel.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    116122                if (!"StageLabel".equals(tagName)) 
    117123                { 
    118                         System.err.println(String.format( 
    119                                         "WARNING: Expecting node name of StageLabel got %s", 
    120                                         tagName)); 
    121                         // TODO: Should be its own Exception 
    122                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    123                         //              "Expecting node name of StageLabel got %s", 
    124                         //              tagName)); 
     124                        LOGGER.debug("Expecting node name of StageLabel got {}", tagName); 
    125125                } 
    126126                if (element.hasAttribute("Y")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StringAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(StringAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"StringAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of StringAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of StringAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of StringAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> Value_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/StructuredAnnotations.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(StructuredAnnotations.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    128134                if (!"StructuredAnnotations".equals(tagName)) 
    129135                { 
    130                         System.err.println(String.format( 
    131                                         "WARNING: Expecting node name of StructuredAnnotations got %s", 
    132                                         tagName)); 
    133                         // TODO: Should be its own Exception 
    134                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    135                         //              "Expecting node name of StructuredAnnotations got %s", 
    136                         //              tagName)); 
     136                        LOGGER.debug("Expecting node name of StructuredAnnotations got {}", tagName); 
    137137                } 
    138138                // Element property XMLAnnotation which is complex (has 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Text.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Text.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    113119                if (!"Text".equals(tagName)) 
    114120                { 
    115                         System.err.println(String.format( 
    116                                         "WARNING: Expecting node name of Text got %s", 
    117                                         tagName)); 
    118                         // TODO: Should be its own Exception 
    119                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    120                         //              "Expecting node name of Text got %s", 
    121                         //              tagName)); 
     121                        LOGGER.debug("Expecting node name of Text got {}", tagName); 
    122122                } 
    123123                if (element.hasAttribute("Y")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/TiffData.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(TiffData.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    122128                if (!"TiffData".equals(tagName)) 
    123129                { 
    124                         System.err.println(String.format( 
    125                                         "WARNING: Expecting node name of TiffData got %s", 
    126                                         tagName)); 
    127                         // TODO: Should be its own Exception 
    128                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    129                         //              "Expecting node name of TiffData got %s", 
    130                         //              tagName)); 
     130                        LOGGER.debug("Expecting node name of TiffData got {}", tagName); 
    131131                } 
    132132                if (element.hasAttribute("IFD")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/TimestampAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(TimestampAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"TimestampAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of TimestampAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of TimestampAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of TimestampAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> Value_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/TransmittanceRange.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(TransmittanceRange.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    119125                if (!"TransmittanceRange".equals(tagName)) 
    120126                { 
    121                         System.err.println(String.format( 
    122                                         "WARNING: Expecting node name of TransmittanceRange got %s", 
    123                                         tagName)); 
    124                         // TODO: Should be its own Exception 
    125                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    126                         //              "Expecting node name of TransmittanceRange got %s", 
    127                         //              tagName)); 
     127                        LOGGER.debug("Expecting node name of TransmittanceRange got {}", tagName); 
    128128                } 
    129129                if (element.hasAttribute("CutIn")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/UUID.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(UUID.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"UUID".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of UUID got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of UUID got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of UUID got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (element.hasAttribute("FileName")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Union.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Union.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"Union".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of Union got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of Union got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of Union got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                // Element property Shape which is complex (has 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/Well.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(Well.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    134140                if (!"Well".equals(tagName)) 
    135141                { 
    136                         System.err.println(String.format( 
    137                                         "WARNING: Expecting node name of Well got %s", 
    138                                         tagName)); 
    139                         // TODO: Should be its own Exception 
    140                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    141                         //              "Expecting node name of Well got %s", 
    142                         //              tagName)); 
     142                        LOGGER.debug("Expecting node name of Well got {}", tagName); 
    143143                } 
    144144                if (element.hasAttribute("Status")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/WellSample.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(WellSample.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    128134                if (!"WellSample".equals(tagName)) 
    129135                { 
    130                         System.err.println(String.format( 
    131                                         "WARNING: Expecting node name of WellSample got %s", 
    132                                         tagName)); 
    133                         // TODO: Should be its own Exception 
    134                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    135                         //              "Expecting node name of WellSample got %s", 
    136                         //              tagName)); 
     136                        LOGGER.debug("Expecting node name of WellSample got {}", tagName); 
    137137                } 
    138138                if (element.hasAttribute("Index")) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/WellSampleRef.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(WellSampleRef.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"WellSampleRef".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of WellSampleRef got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of WellSampleRef got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of WellSampleRef got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                if (!element.hasAttribute("ID") && getID() == null) 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/XMLAnnotation.java

    r6206 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-04-30 16:52:08+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:15:11.052999 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4242import java.util.List; 
    4343 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4446 
    4547import org.w3c.dom.Document; 
    … …  
    5658 
    5759        public static final String NAMESPACE = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2010-04"; 
     60 
     61        /** Logger for this class. */ 
     62        private static final Logger LOGGER = 
     63                LoggerFactory.getLogger(XMLAnnotation.class); 
    5864 
    5965        // -- Instance variables -- 
    … …  
    107113                if (!"XMLAnnotation".equals(tagName)) 
    108114                { 
    109                         System.err.println(String.format( 
    110                                         "WARNING: Expecting node name of XMLAnnotation got %s", 
    111                                         tagName)); 
    112                         // TODO: Should be its own Exception 
    113                         //throw new RuntimeException(String.format( 
    114                         //              "Expecting node name of XMLAnnotation got %s", 
    115                         //              tagName)); 
     115                        LOGGER.debug("Expecting node name of XMLAnnotation got {}", tagName); 
    116116                } 
    117117                List<Element> Value_nodeList = 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/AcquisitionModeEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class AcquisitionModeEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(AcquisitionModeEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    99108      } 
    100109    } 
    101     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     110    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    102111    return AcquisitionMode.OTHER; 
    103112  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/ArcTypeEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class ArcTypeEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(ArcTypeEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8392      } 
    8493    } 
    85     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     94    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    8695    return ArcType.OTHER; 
    8796  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/BinningEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class BinningEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(BinningEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8493      } 
    8594    } 
    86     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     95    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    8796    return Binning.OTHER; 
    8897  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/CompressionEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class CompressionEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(CompressionEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8291      } 
    8392    } 
     93    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    8494    throw new EnumerationException(this.getClass().getName() + 
    8595     " could not find enumeration for " + value); 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/ContrastMethodEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class ContrastMethodEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(ContrastMethodEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8897      } 
    8998    } 
    90     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     99    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    91100    return ContrastMethod.OTHER; 
    92101  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/CorrectionEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class CorrectionEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(CorrectionEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    104113      } 
    105114    } 
    106     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     115    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    107116    return Correction.OTHER; 
    108117  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/DetectorTypeEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class DetectorTypeEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(DetectorTypeEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    97106      } 
    98107    } 
    99     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     108    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    100109    return DetectorType.OTHER; 
    101110  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/DimensionOrderEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class DimensionOrderEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(DimensionOrderEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8594      } 
    8695    } 
     96    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    8797    throw new EnumerationException(this.getClass().getName() + 
    8898     " could not find enumeration for " + value); 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/ExperimentTypeEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class ExperimentTypeEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(ExperimentTypeEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    95104      } 
    96105    } 
    97     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     106    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    98107    return ExperimentType.OTHER; 
    99108  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/FilamentTypeEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class FilamentTypeEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(FilamentTypeEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8291      } 
    8392    } 
    84     System.err.println("WARN: Could not find enumeration for " + value); 
     93    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    8594    return FilamentType.OTHER; 
    8695  } 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/FillRuleEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class FillRuleEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(FillRuleEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8190      } 
    8291    } 
     92    LOGGER.warn("Could not find enumeration for {}", value); 
    8393    throw new EnumerationException(this.getClass().getName() + 
    8494     " could not find enumeration for " + value); 

  • branches/4.2/components/ome-xml/src/ome/xml/r201004/enums/handlers/FilterTypeEnumHandler.java

    r6391 r6402  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-26 16:31:31.789920 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-05-27 15:11:27.217603 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4141import java.util.Hashtable; 
    4242import java.util.List; 
     43 
     44import org.slf4j.Logger; 
     45import org.slf4j.LoggerFactory; 
    4346 
    4447import ome.xml.r201004.enums.Enumeration; 
    … …  
    5457 */ 
    5558public class FilterTypeEnumHandler implements IEnumerationHandler { 
     59 
     60  // -- Constants -- 
     61 
     62  /** Logger for this class. */ 
     63  private static final Logger LOGGER = 
     64    LoggerFactory.getLogger(FilterTypeEnumHandler.class); 
    5665 
    5766  // -- Fields -- 
    … …  
    8695      } 
    8796