Changeset 6441


Ignore:
Timestamp:
06/02/10 11:33:36 (10 years ago)
Author:
bdezonia
Message:

Fixed comboConcatSplit code. BF broken here.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/loci-plugins/test/loci/plugins/in/ImporterTest.java

    r6439 r6441  
    10251025  } 
    10261026   
    1027   private void concatSplitFocalPlanesTest() 
     1027  private void comboConcatSplitFocalPlanesTest() 
    10281028  { 
    10291029    // take a nontrivial zct set of series 
     
    10521052    // one time point per image 
    10531053    impsCountTest(imps,sizeZ); 
    1054      
    1055     // TODO : passes - is order of indices correct? 
     1054 
     1055    // from ZCT order: Z pulled out, CT in order 
    10561056    for (int z = 0; z < sizeZ; z++) 
    10571057    { 
     
    10591059      xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,1,sizeC,sizeT); 
    10601060      ImageStack st = imp.getStack(); 
    1061       assertEquals(sizeC * sizeT,st.getSize()); 
     1061      assertEquals(series*sizeC*sizeT,st.getSize()); 
    10621062      for (int s = 0; s < series; s++) { 
    1063         int index = 0; 
     1063        int index = 1; // IJ 1-based 
    10641064        for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
    10651065          for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    1066             ImageProcessor proc = st.getProcessor(++index); 
     1066            System.out.println("index "+index); 
     1067            ImageProcessor proc = st.getProcessor(s*sizeT*sizeC + index++); 
     1068            //System.out.println("s z c t "+s+" "+z+" "+c+" "+t); 
     1069            System.out.println("z c t "+z+" "+c+" "+t); 
     1070            System.out.println("is iz ic it "+sIndex(proc)+" "+zIndex(proc)+" "+cIndex(proc)+" "+tIndex(proc)); 
     1071            // test the values 
     1072            assertEquals(z,zIndex(proc)); 
     1073            assertEquals(c,cIndex(proc)); 
     1074            assertEquals(t,tIndex(proc)); 
     1075            assertEquals(s,sIndex(proc)); 
     1076          } 
     1077        } 
     1078      } 
     1079    } 
     1080  } 
     1081   
     1082  private void comboConcatSplitChannelsTest() 
     1083  { 
     1084    // take a nontrivial zct set of series 
     1085    // run split and concat at same time 
     1086 
     1087    final int sizeX = 50, sizeY = 20, sizeZ = 5, sizeC = 3, sizeT = 7, series = 3; 
     1088    final String path = constructFakeFilename("concatSplitC", 
     1089      FormatTools.UINT8, 50, 20, sizeZ, sizeC, sizeT, series, false, -1, false); 
     1090 
     1091    // open image 
     1092    ImagePlus[] imps = null; 
     1093    try { 
     1094      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
     1095      options.setConcatenate(true); 
     1096      options.setSplitChannels(true); 
     1097      options.setId(path); 
     1098      imps = BF.openImagePlus(options); 
     1099    } 
     1100    catch (IOException e) { 
     1101      fail(e.getMessage()); 
     1102    } 
     1103    catch (FormatException e) { 
     1104      fail(e.getMessage()); 
     1105      } 
     1106     
     1107    // one time point per image 
     1108    impsCountTest(imps,sizeC); 
     1109     
     1110    // from ZCT order: C pulled out, ZT in order 
     1111    for (int c = 0; c < sizeC; c++) 
     1112    { 
     1113      ImagePlus imp = imps[c]; 
     1114      xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,1,sizeT); 
     1115      ImageStack st = imp.getStack(); 
     1116      assertEquals(series*sizeZ*sizeT,st.getSize()); 
     1117      for (int s = 0; s < series; s++) { 
     1118        int index = 1; 
     1119        for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
     1120          for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     1121            ImageProcessor proc = st.getProcessor(s*sizeZ*sizeT + index++); 
    10671122            //System.out.println("index "+index); 
    10681123            //System.out.println("s z c t "+s+" "+z+" "+c+" "+t); 
     
    10721127            assertEquals(c,cIndex(proc)); 
    10731128            assertEquals(t,tIndex(proc)); 
     1129            assertEquals(s,sIndex(proc)); 
    10741130          } 
    10751131        } 
     
    10781134  } 
    10791135   
    1080   private void concatSplitChannelsTest() 
     1136  private void comboConcatSplitTimepointsTest() 
    10811137  { 
    10821138    // take a nontrivial zct set of series 
     
    10921148      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    10931149      options.setConcatenate(true); 
    1094       options.setSplitChannels(true); 
     1150      options.setSplitTimepoints(true); 
    10951151      options.setId(path); 
    10961152      imps = BF.openImagePlus(options); 
     
    11041160     
    11051161    // one time point per image 
    1106     impsCountTest(imps,sizeC); 
    1107      
    1108     // TODO : passes - is order of indices correct? 
    1109     for (int c = 0; c < sizeC; c++) 
     1162    impsCountTest(imps,sizeT); 
     1163     
     1164    // from ZCT order: T pulled out, ZC in order 
     1165    for (int t = 0; t < sizeT; t++) 
    11101166    { 
    1111       ImagePlus imp = imps[c]; 
    1112       xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,1,sizeT); 
     1167      ImagePlus imp = imps[t]; 
     1168      xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,1); 
    11131169      ImageStack st = imp.getStack(); 
    1114       assertEquals(sizeZ * sizeT,st.getSize()); 
     1170      assertEquals(series*sizeZ*sizeC,st.getSize()); 
    11151171      for (int s = 0; s < series; s++) { 
    1116         int index = 0; 
    1117         for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
     1172        int index = 1; 
     1173        for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    11181174          for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
    1119             ImageProcessor proc = st.getProcessor(++index); 
     1175            ImageProcessor proc = st.getProcessor(s*sizeZ*sizeC + index++); 
    11201176            //System.out.println("index "+index); 
    11211177            //System.out.println("s z c t "+s+" "+z+" "+c+" "+t); 
     
    11251181            assertEquals(c,cIndex(proc)); 
    11261182            assertEquals(t,tIndex(proc)); 
    1127           } 
    1128         } 
    1129       } 
    1130     } 
    1131   } 
    1132    
    1133   private void concatSplitTimepointsTest() 
    1134   { 
    1135     // take a nontrivial zct set of series 
    1136     // run split and concat at same time 
    1137  
    1138     final int sizeX = 50, sizeY = 20, sizeZ = 5, sizeC = 3, sizeT = 7, series = 3; 
    1139     final String path = constructFakeFilename("concatSplitC", 
    1140       FormatTools.UINT8, 50, 20, sizeZ, sizeC, sizeT, series, false, -1, false); 
    1141  
    1142     // open image 
    1143     ImagePlus[] imps = null; 
    1144     try { 
    1145       ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    1146       options.setConcatenate(true); 
    1147       options.setSplitTimepoints(true); 
    1148       options.setId(path); 
    1149       imps = BF.openImagePlus(options); 
    1150     } 
    1151     catch (IOException e) { 
    1152       fail(e.getMessage()); 
    1153     } 
    1154     catch (FormatException e) { 
    1155       fail(e.getMessage()); 
    1156       } 
    1157      
    1158     // one time point per image 
    1159     impsCountTest(imps,sizeT); 
    1160      
    1161     // TODO : passes - is order of indices correct? 
    1162     for (int t = 0; t < sizeT; t++) 
    1163     { 
    1164       ImagePlus imp = imps[t]; 
    1165       xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,1); 
    1166       ImageStack st = imp.getStack(); 
    1167       assertEquals(sizeZ * sizeC,st.getSize()); 
    1168       for (int s = 0; s < series; s++) { 
    1169         int index = 0; 
    1170         for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    1171           for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
    1172             ImageProcessor proc = st.getProcessor(++index); 
    1173             //System.out.println("index "+index); 
    1174             //System.out.println("s z c t "+s+" "+z+" "+c+" "+t); 
    1175             //System.out.println("iz ic it "+zIndex(proc)+" "+cIndex(proc)+" "+tIndex(proc)); 
    1176             // test the values 
    1177             assertEquals(z,zIndex(proc)); 
    1178             assertEquals(c,cIndex(proc)); 
    1179             assertEquals(t,tIndex(proc)); 
     1183            assertEquals(s,sIndex(proc)); 
    11801184          } 
    11811185        } 
     
    19071911  public void testComboConcatSplit() 
    19081912  { 
    1909     concatSplitFocalPlanesTest(); 
    1910     concatSplitChannelsTest(); 
    1911     concatSplitTimepointsTest(); 
     1913    comboConcatSplitFocalPlanesTest(); 
     1914    comboConcatSplitChannelsTest(); 
     1915    comboConcatSplitTimepointsTest(); 
    19121916  } 
    19131917 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.