Changeset 6453


Ignore:
Timestamp:
06/03/10 10:10:42 (10 years ago)
Author:
bdezonia
Message:

testComboManyOptions - save working version with debug code in place

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/loci-plugins/test/loci/plugins/in/ImporterTest.java

    r6449 r6453  
    224224  private int numInSeries(int from, int to, int by) 
    225225  { 
     226    if (by < 1) 
     227      throw new IllegalArgumentException("numInSeries passed a stepBy value < 1"); 
     228     
    226229    // could calc this but simple loop suffices for our purposes 
    227230    int count = 0; 
     
    19231926  { 
    19241927    int pixType = FormatTools.UINT16, sizeX = 106, sizeY = 33, sizeZ = 3, sizeC = 5, sizeT = 7; 
    1925     int cropOriginX = 0, cropOriginY = 0, cropSizeX = 55, cropSizeY = 16, tStepBy = 2; 
     1928    int cropOriginX = 0, cropOriginY = 0, cropSizeX = 55, cropSizeY = 16, stepBy = 2; 
    19261929    ChannelOrder swappedOrder = ChannelOrder.CTZ;  // orig is ZCT : this is a deadly swap of all dims 
    19271930 
     
    19361939      options.setCrop(true); 
    19371940      options.setCropRegion(0, new Region(cropOriginX,cropOriginY,cropSizeX,cropSizeY)); 
    1938       options.setTStep(0, tStepBy); 
     1941      options.setTStep(0, stepBy); 
    19391942      options.setSplitFocalPlanes(true); 
    19401943      imps = BF.openImagePlus(options); 
     
    19471950    } 
    19481951 
    1949     impsCountTest(imps,sizeT); 
    1950  
    1951     for (int z = 0; z < sizeT; z++) 
     1952    impsCountTest(imps,sizeT);  // we split on Z but that dim was swapped with T 
     1953 
     1954    for (int zIndex = 0; zIndex < sizeT; zIndex++) 
    19521955    { 
    19531956     
    1954       ImagePlus imp = imps[z]; 
     1957      ImagePlus imp = imps[zIndex]; 
    19551958       
    19561959      final int actualSizeZ = imp.getNSlices(); 
     
    19581961      final int actualSizeT = imp.getNFrames(); 
    19591962 
     1963      int numC = numInSeries(0,sizeC-1,stepBy); 
     1964 
    19601965      System.out.println("Actual z c t "+actualSizeZ+" "+actualSizeC+" "+actualSizeT); 
    1961       xyzctTest(imp,cropSizeX,cropSizeY,1,3,3); // all dims swapped 
    1962    
    1963       int numT = numInSeries(0,actualSizeT,tStepBy); 
     1966      System.out.println("  numInSeries(0,actualSizeZ-1,2)"+numInSeries(0,actualSizeZ-1,2)); 
     1967      System.out.println("  numInSeries(0,actualSizeC-1,2)"+numInSeries(0,actualSizeC-1,2)); 
     1968      System.out.println("  numInSeries(0,actualSizeT-1,2)"+numInSeries(0,actualSizeT-1,2)); 
     1969      System.out.println("  numInSeries(0,sizeZ-1,2)"+numInSeries(0,sizeZ-1,2)); 
     1970      System.out.println("  numInSeries(0,sizeC-1,2)"+numInSeries(0,sizeC-1,2)); 
     1971      System.out.println("  numInSeries(0,sizeT-1,2)"+numInSeries(0,sizeT-1,2)); 
     1972      System.out.println("About to test ZCT vs. "+1+" "+sizeZ+" "+numC); 
    19641973       
     1974      //xyzctTest(imp,cropSizeX,cropSizeY,1,sizeZ,sizeC); //  Before tStepBy and works 
     1975      xyzctTest(imp,cropSizeX,cropSizeY,1,sizeZ,numC); // all dims swapped 
     1976   
    19651977      ImageStack st = imp.getStack(); 
    1966       assertEquals(sizeC*numT,st.getSize()); 
     1978      //assertEquals(actualSizeC*actualSizeT,st.getSize());  // works before tSTepBy 
     1979      assertEquals(sizeZ*numC,st.getSize());  // sizeZ = C, numC = T 
    19671980       
    19681981      int p = 1; 
    1969       for (int tIndex = 0; tIndex < actualSizeT; tIndex += tStepBy) 
     1982//      for (int tIndex = 0; tIndex < actualSizeT; tIndex++) // worked before tStepBy 
     1983      for (int tIndex = 0; tIndex < sizeC; tIndex += stepBy) 
    19701984        for (int cIndex = 0; cIndex < actualSizeC; cIndex++) 
    1971           for (int zIndex = 0; zIndex < actualSizeZ; zIndex++) 
    1972           { 
    1973             ImageProcessor proc = st.getProcessor(p++); 
    1974             final int actualZ = cIndex(proc); 
    1975             final int actualC = tIndex(proc); 
    1976             final int actualT = zIndex(proc); 
    1977             assertEquals(zIndex, actualZ); 
    1978             assertEquals(cIndex, actualC); 
    1979             assertEquals(tIndex, actualT); 
    1980           } 
    1981        
     1985        { 
     1986          ImageProcessor proc = st.getProcessor(p++); 
     1987          final int actualZ = tIndex(proc); 
     1988          final int actualC = zIndex(proc); 
     1989          final int actualT = cIndex(proc); 
     1990          System.out.println(" indices z c t "+zIndex+" "+cIndex+" "+tIndex); 
     1991          System.out.println(" values z c t "+actualZ+" "+actualC+" "+actualT); 
     1992          assertEquals(zIndex, actualZ); 
     1993          assertEquals(cIndex, actualC); 
     1994          assertEquals(tIndex, actualT); 
     1995        } 
    19821996    } 
    19831997  } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.