Changeset 6503


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06/08/10 13:06:49 (9 years ago)
Author:
melissa
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Fixed XZ/XT scans to display as they do in Olympus' software.

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  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FV1000Reader.java

    r6495 r6503  
    688688      if (pixelSize[i] == null) pixelSize[i] = 1.0; 
    689689      if (code[i].equals("X")) core[0].sizeX = ss; 
    690       else if (code[i].equals("Y")) core[0].sizeY = ss; 
     690      else if (code[i].equals("Y") && ss > 1) core[0].sizeY = ss; 
    691691      else if (code[i].equals("Z")) { 
    692         core[0].sizeZ = ss; 
    693         // Z size stored in nm 
    694         pixelSizeZ = 
    695           Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeZ() - 1)) / 1000); 
     692        if (getSizeY() == 0) { 
     693          core[0].sizeY = ss; 
     694        } 
     695        else { 
     696          core[0].sizeZ = ss; 
     697          // Z size stored in nm 
     698          pixelSizeZ = 
     699            Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeZ() - 1)) / 1000); 
     700        } 
    696701      } 
    697702      else if (code[i].equals("T")) { 
    698         core[0].sizeT = ss; 
    699         pixelSizeT = 
    700           Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeT() - 1)) / 1000); 
     703        if (getSizeY() == 0) { 
     704          core[0].sizeY = ss; 
     705        } 
     706        else { 
     707          core[0].sizeT = ss; 
     708          pixelSizeT = 
     709            Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeT() - 1)) / 1000); 
     710        } 
    701711      } 
    702712      else if (ss > 0) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FV1000Reader.java

    r6495 r6503  
    688688      if (pixelSize[i] == null) pixelSize[i] = 1.0; 
    689689      if (code[i].equals("X")) core[0].sizeX = ss; 
    690       else if (code[i].equals("Y")) core[0].sizeY = ss; 
     690      else if (code[i].equals("Y") && ss > 1) core[0].sizeY = ss; 
    691691      else if (code[i].equals("Z")) { 
    692         core[0].sizeZ = ss; 
    693         // Z size stored in nm 
    694         pixelSizeZ = 
    695           Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeZ() - 1)) / 1000); 
     692        if (getSizeY() == 0) { 
     693          core[0].sizeY = ss; 
     694        } 
     695        else { 
     696          core[0].sizeZ = ss; 
     697          // Z size stored in nm 
     698          pixelSizeZ = 
     699            Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeZ() - 1)) / 1000); 
     700        } 
    696701      } 
    697702      else if (code[i].equals("T")) { 
    698         core[0].sizeT = ss; 
    699         pixelSizeT = 
    700           Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeT() - 1)) / 1000); 
     703        if (getSizeY() == 0) { 
     704          core[0].sizeY = ss; 
     705        } 
     706        else { 
     707          core[0].sizeT = ss; 
     708          pixelSizeT = 
     709            Math.abs((pixelSize[i].doubleValue() / (getSizeT() - 1)) / 1000); 
     710        } 
    701711      } 
    702712      else if (ss > 0) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.