Changeset 6517


Ignore:
Timestamp:
06/10/10 14:02:32 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed scan-deps.pl warnings.

Files:
24 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.2/build.xml

    r6050 r6517  
    2323    License:       GPL 
    2424 
    25 Bio-Formats Ice framework 
    26     Bindings for Bio-Formats client/server communication enabling 
    27     cross-language interoperability 
    28     -=- 
    29     JAR file:      bf-ice.jar 
    30     Path:          components/bf-ice 
    31     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
    32     Library deps:  Ice, Apache log4j 
    33     Optional:      (none) 
    34     License:       GPL 
    35  
    3625Bio-Formats 
    3726    A library for reading and writing popular microscopy file formats 
     
    4231                   MDB Tools (Java port), Apache Jakarta POI, 
    4332                   Luratech LuraWave stubs 
    44     Library deps:  JGoodies Forms, Apache log4j, NetCDF, 
    45                    Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    46     Optional:      OME I/O, OME Notes 
     33    Library deps:  JGoodies Forms, NetCDF, Simple Logging Facade for Java API, 
     34                   TestNG 
     35    Optional:      OME I/O, Apache log4j, 
     36                   Simple Logging Facade for Java log4j Binding, 
     37                   Xalan Serializer, Xalan 
    4738    License:       GPL 
    4839 
     
    5243    JAR file:      flow-cytometry.jar 
    5344    Path:          components/flow-cytometry 
    54     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
     45    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, OME-XML Java library 
    5546    Library deps:  ImageJ, VisAD 
    5647    Optional:      (none) 
     
    7465    Project deps:  (none) 
    7566    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    76     Optional:      (none) 
     67    Optional:      Apache log4j, Simple Logging Facade for Java log4j Binding 
    7768    License:       GPL 
    7869 
     
    8475    JAR file:      loci_plugins.jar 
    8576    Path:          components/loci-plugins 
    86     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
    87     Library deps:  JGoodies Forms, ImageJ, Apache log4j 
    88     Optional:      OME I/O, VisBio 
     77    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, OME-XML Java library 
     78    Library deps:  JGoodies Forms, ImageJ, JUnit, Apache log4j 
     79    Optional:      (none) 
    8980    License:       GPL 
    9081 
     
    10697    JAR file:      ome_plugins.jar 
    10798    Path:          components/ome-plugins 
    108     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, LOCI Plugins for ImageJ, OME I/O 
     99    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, LOCI Plugins for ImageJ, OME I/O, 
     100                   OME-XML Java library 
    109101    Library deps:  ImageJ 
    110102    Optional:      (none) 
     
    117109    Path:          components/ome-xml 
    118110    Project deps:  (none) 
    119     Library deps:  (none) 
     111    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    120112    Optional:      (none) 
    121113    License:       GPL 
     
    182174    Path:          components/legacy/ome-editor 
    183175    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, OME-XML Java library 
    184     Optional:      (none) 
    185     License:       LGPL 
    186  
    187 OME Notes 
    188     A library for flexible organization and presentation of OME-XML metadata 
    189     within a graphical browser and editor interface 
    190     -=- 
    191     JAR file:      ome-notes.jar 
    192     Path:          components/legacy/ome-notes 
    193     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
    194176    Optional:      (none) 
    195177    License:       LGPL 
     
    357339    License:   BSD 
    358340 
    359 Simple Logging Facade for Java Binding 
     341Simple Logging Facade for Java log4j Binding 
    360342    JAR file:  slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
    361343    URL:       http://www.slf4j.org/ 
     
    387369    License:   GPL 
    388370 
     371Xalan Serializer 
     372    JAR file:  serializer-2.7.1.jar 
     373    URL:       http://xml.apache.org/xalan-j/ 
     374    Notes:     used for OME-XML transformations 
     375    License:   Apache 
     376 
    389377Skin Look and Feel 
    390378    JAR file:  skinlf.jar 
     
    412400               interactive visualization 
    413401    License:   LGPL 
     402 
     403Xalan 
     404    JAR file:  xalan-2.7.1.jar 
     405    URL:       http://xml.apache.org/xalan-j/ 
     406    Notes:     used for OME-XML transformations 
     407    License:   Apache 
    414408 
    415409Apache XML-RPC 
  • branches/4.2/components/bio-formats/build.properties

    r6504 r6517  
    1818                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1919                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    20                            ${lib.dir}/serializer-2.7.1.jar:\ 
    2120                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    22                            ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar:\ 
    23                            ${lib.dir}/xalan-2.7.1.jar 
     21                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    2422component.java-version   = 1.5 
    2523component.deprecation    = true 
     
    3937component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    4038                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    41                            ${artifact.dir}/ome-notes.jar:\ 
    4239                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    43                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     40                           ${lib.dir}/serializer-2.7.1.jar:\ 
     41                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     42                           ${lib.dir}/xalan-2.7.1.jar 
    4443 
    4544# Used by TestNG suite that tests the absence of classes from ome-xml.jar 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/FormatHandler.java

    r6182 r6517  
    2828 
    2929// HACK: for scan-deps.pl: The following packages are not actually "optional": 
    30 // optional org.apache.log4j, optional org.slf4j.impl 
     30// optional org.apache.log4j, optional org.slf4j.impl, 
     31// optional org.apache.xalan, optional org.apache.xml.serializer 
    3132 
    3233/** 
  • branches/4.2/components/flow-cytometry/build.properties

    r6045 r6517  
    1212component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     14                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1415                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
    1516                           ${lib.dir}/visad-lite.jar 
  • branches/4.2/components/loci-plugins/build.properties

    r6229 r6517  
    1212component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     14                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1415                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1516                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
     17                           ${lib.dir}/junit.jar:\ 
    1618                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar 
    1719component.java-version   = 1.5 
     
    2426 
    2527component.main-class     = loci.plugins.About 
    26 component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    27                            ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    28                            ${artifact.dir}/visbio.jar 
     28component.runtime-cp     = ${component.classpath} 
  • branches/4.2/components/ome-io/.classpath

    r6235 r6517  
    88        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/common"/> 
    99        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
    10         <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-xml"/> 
    1110        <classpathentry kind="output" path="build-eclipse"/> 
    1211</classpath> 
  • branches/4.2/components/ome-plugins/build.properties

    r6045 r6517  
    1414                           ${artifact.dir}/loci_plugins.jar:\ 
    1515                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
     16                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1617                           ${lib.dir}/ij.jar 
    1718component.java-version   = 1.4 
  • branches/4.2/components/ome-xml/build.properties

    r6402 r6517  
    1919 
    2020component.main-class     = ome.xml.About 
    21 component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    22                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    23                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     21component.runtime-cp     = ${component.classpath} 
    2422 
    2523testng.xml               = ${tests.dir}/ome/xml/utests/testng.xml 
  • branches/4.2/components/test-suite/.classpath

    r6165 r6517  
    88        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-io"/> 
    99        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
    10         <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-xml"/> 
    1110        <classpathentry kind="output" path="build-eclipse"/> 
    1211</classpath> 
  • branches/4.2/components/test-suite/build.properties

    r6165 r6517  
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    15                            ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1615                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1716                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
  • branches/4.2/components/visbio/.classpath

    r6165 r6517  
    1010        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/common"/> 
    1111        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
     12        <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.junit.JUNIT_CONTAINER/4"/> 
    1213        <classpathentry kind="output" path="build-eclipse"/> 
    1314</classpath> 
  • branches/4.2/scan-deps.pl

    r6237 r6517  
    463463  TITLE   => "JUnit", 
    464464  JAR     => "junit.jar", 
    465   PACKAGE => "junit", 
     465  PACKAGE => ".*junit", 
    466466  LICENSE => "Common Public License", 
    467467  URL     => "http://www.junit.org/", 
     
    667667  VERSION => "1.2-b1" 
    668668); 
     669 
     670my %serializer = ( 
     671  NAME    => "serializer", 
     672  TITLE   => "Xalan Serializer", 
     673  JAR     => "serializer-2.7.1.jar", 
     674  PACKAGE => "org.apache.xml.serializer", 
     675  LICENSE => "Apache", 
     676  URL     => "http://xml.apache.org/xalan-j/", 
     677  NOTES   => <<ZZ, 
     678used for OME-XML transformations 
     679ZZ 
     680  VERSION => "2.7.1" 
     681); 
     682 
     683my %xalan = ( 
     684  NAME    => "xalan", 
     685  TITLE   => "Xalan", 
     686  JAR     => "xalan-2.7.1.jar", 
     687  PACKAGE => "org.apache.xalan", 
     688  LICENSE => "Apache", 
     689  URL     => "http://xml.apache.org/xalan-j/", 
     690  NOTES   => <<ZZ, 
     691used for OME-XML transformations 
     692ZZ 
     693  VERSION => "2.7.1" 
     694); 
     695 
     696 
    669697 
    670698# -- DATA STRUCTURES -- 
     
    733761  \%omeroClient, 
    734762  \%omeroCommon, 
     763  \%serializer, 
    735764  \%skinlf, 
    736765  \%testng, 
    737766  \%velocity, 
    738767  \%visad, 
     768  \%xalan, 
    739769  \%xmlrpc, 
    740770); 
     
    963993        push(@deps, "org.testng.TESTNG_CONTAINER"); 
    964994      } 
     995      if ($$q{NAME} eq $junit{NAME}) { 
     996        push(@deps, "org.eclipse.jdt.junit.JUNIT_CONTAINER/4"); 
     997      } 
    965998    } 
    966999  } 
  • trunk/build.xml

    r6050 r6517  
    2323    License:       GPL 
    2424 
    25 Bio-Formats Ice framework 
    26     Bindings for Bio-Formats client/server communication enabling 
    27     cross-language interoperability 
    28     -=- 
    29     JAR file:      bf-ice.jar 
    30     Path:          components/bf-ice 
    31     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
    32     Library deps:  Ice, Apache log4j 
    33     Optional:      (none) 
    34     License:       GPL 
    35  
    3625Bio-Formats 
    3726    A library for reading and writing popular microscopy file formats 
     
    4231                   MDB Tools (Java port), Apache Jakarta POI, 
    4332                   Luratech LuraWave stubs 
    44     Library deps:  JGoodies Forms, Apache log4j, NetCDF, 
    45                    Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    46     Optional:      OME I/O, OME Notes 
     33    Library deps:  JGoodies Forms, NetCDF, Simple Logging Facade for Java API, 
     34                   TestNG 
     35    Optional:      OME I/O, Apache log4j, 
     36                   Simple Logging Facade for Java log4j Binding, 
     37                   Xalan Serializer, Xalan 
    4738    License:       GPL 
    4839 
     
    5243    JAR file:      flow-cytometry.jar 
    5344    Path:          components/flow-cytometry 
    54     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
     45    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, OME-XML Java library 
    5546    Library deps:  ImageJ, VisAD 
    5647    Optional:      (none) 
     
    7465    Project deps:  (none) 
    7566    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    76     Optional:      (none) 
     67    Optional:      Apache log4j, Simple Logging Facade for Java log4j Binding 
    7768    License:       GPL 
    7869 
     
    8475    JAR file:      loci_plugins.jar 
    8576    Path:          components/loci-plugins 
    86     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
    87     Library deps:  JGoodies Forms, ImageJ, Apache log4j 
    88     Optional:      OME I/O, VisBio 
     77    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, OME-XML Java library 
     78    Library deps:  JGoodies Forms, ImageJ, JUnit, Apache log4j 
     79    Optional:      (none) 
    8980    License:       GPL 
    9081 
     
    10697    JAR file:      ome_plugins.jar 
    10798    Path:          components/ome-plugins 
    108     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, LOCI Plugins for ImageJ, OME I/O 
     99    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, LOCI Plugins for ImageJ, OME I/O, 
     100                   OME-XML Java library 
    109101    Library deps:  ImageJ 
    110102    Optional:      (none) 
     
    117109    Path:          components/ome-xml 
    118110    Project deps:  (none) 
    119     Library deps:  (none) 
     111    Library deps:  Simple Logging Facade for Java API, TestNG 
    120112    Optional:      (none) 
    121113    License:       GPL 
     
    182174    Path:          components/legacy/ome-editor 
    183175    Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common, OME-XML Java library 
    184     Optional:      (none) 
    185     License:       LGPL 
    186  
    187 OME Notes 
    188     A library for flexible organization and presentation of OME-XML metadata 
    189     within a graphical browser and editor interface 
    190     -=- 
    191     JAR file:      ome-notes.jar 
    192     Path:          components/legacy/ome-notes 
    193     Project deps:  Bio-Formats, LOCI Common 
    194176    Optional:      (none) 
    195177    License:       LGPL 
     
    357339    License:   BSD 
    358340 
    359 Simple Logging Facade for Java Binding 
     341Simple Logging Facade for Java log4j Binding 
    360342    JAR file:  slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
    361343    URL:       http://www.slf4j.org/ 
     
    387369    License:   GPL 
    388370 
     371Xalan Serializer 
     372    JAR file:  serializer-2.7.1.jar 
     373    URL:       http://xml.apache.org/xalan-j/ 
     374    Notes:     used for OME-XML transformations 
     375    License:   Apache 
     376 
    389377Skin Look and Feel 
    390378    JAR file:  skinlf.jar 
     
    412400               interactive visualization 
    413401    License:   LGPL 
     402 
     403Xalan 
     404    JAR file:  xalan-2.7.1.jar 
     405    URL:       http://xml.apache.org/xalan-j/ 
     406    Notes:     used for OME-XML transformations 
     407    License:   Apache 
    414408 
    415409Apache XML-RPC 
  • trunk/components/bio-formats/build.properties

    r6504 r6517  
    1818                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1919                           ${lib.dir}/netcdf-4.0.jar:\ 
    20                            ${lib.dir}/serializer-2.7.1.jar:\ 
    2120                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
    22                            ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar:\ 
    23                            ${lib.dir}/xalan-2.7.1.jar 
     21                           ${lib.dir}/testng-5.11-jdk15.jar 
    2422component.java-version   = 1.5 
    2523component.deprecation    = true 
     
    3937component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    4038                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    41                            ${artifact.dir}/ome-notes.jar:\ 
    4239                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    43                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     40                           ${lib.dir}/serializer-2.7.1.jar:\ 
     41                           ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar:\ 
     42                           ${lib.dir}/xalan-2.7.1.jar 
    4443 
    4544# Used by TestNG suite that tests the absence of classes from ome-xml.jar 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/FormatHandler.java

    r6182 r6517  
    2828 
    2929// HACK: for scan-deps.pl: The following packages are not actually "optional": 
    30 // optional org.apache.log4j, optional org.slf4j.impl 
     30// optional org.apache.log4j, optional org.slf4j.impl, 
     31// optional org.apache.xalan, optional org.apache.xml.serializer  
    3132 
    3233/** 
  • trunk/components/flow-cytometry/build.properties

    r6045 r6517  
    1212component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     14                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1415                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
    1516                           ${lib.dir}/visad-lite.jar 
  • trunk/components/loci-plugins/build.properties

    r6506 r6517  
    1212component.classpath      = ${artifact.dir}/bio-formats.jar:\ 
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
     14                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1415                           ${lib.dir}/forms-1.3.0.jar:\ 
    1516                           ${lib.dir}/ij.jar:\ 
     
    2526 
    2627component.main-class     = loci.plugins.About 
    27 component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    28                            ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    29                            ${artifact.dir}/visbio.jar 
     28component.runtime-cp     = ${component.classpath} 
  • trunk/components/ome-io/.classpath

    r6235 r6517  
    88        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/common"/> 
    99        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
    10         <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-xml"/> 
    1110        <classpathentry kind="output" path="build-eclipse"/> 
    1211</classpath> 
  • trunk/components/ome-plugins/build.properties

    r6045 r6517  
    1414                           ${artifact.dir}/loci_plugins.jar:\ 
    1515                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
     16                           ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1617                           ${lib.dir}/ij.jar 
    1718component.java-version   = 1.4 
  • trunk/components/ome-xml/build.properties

    r6401 r6517  
    1919 
    2020component.main-class     = ome.xml.About 
    21 component.runtime-cp     = ${component.classpath}:\ 
    22                            ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    23                            ${lib.dir}/slf4j-log4j12-1.5.10.jar 
     21component.runtime-cp     = ${component.classpath} 
    2422 
    2523testng.xml               = ${tests.dir}/ome/xml/utests/testng.xml 
  • trunk/components/test-suite/.classpath

    r6165 r6517  
    88        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-io"/> 
    99        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
    10         <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/ome-xml"/> 
    1110        <classpathentry kind="output" path="build-eclipse"/> 
    1211</classpath> 
  • trunk/components/test-suite/build.properties

    r6165 r6517  
    1313                           ${artifact.dir}/loci-common.jar:\ 
    1414                           ${artifact.dir}/ome-io.jar:\ 
    15                            ${artifact.dir}/ome-xml.jar:\ 
    1615                           ${lib.dir}/log4j-1.2.15.jar:\ 
    1716                           ${lib.dir}/slf4j-api-1.5.10.jar:\ 
  • trunk/components/visbio/.classpath

    r6165 r6517  
    1010        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/common"/> 
    1111        <classpathentry combineaccessrules="false" kind="src" path="/External libraries"/> 
     12  <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.junit.JUNIT_CONTAINER/4"/> 
    1213        <classpathentry kind="output" path="build-eclipse"/> 
    1314</classpath> 
  • trunk/scan-deps.pl

    r6237 r6517  
    463463  TITLE   => "JUnit", 
    464464  JAR     => "junit.jar", 
    465   PACKAGE => "junit", 
     465  PACKAGE => ".*junit", 
    466466  LICENSE => "Common Public License", 
    467467  URL     => "http://www.junit.org/", 
     
    667667  VERSION => "1.2-b1" 
    668668); 
     669 
     670my %serializer = ( 
     671  NAME    => "serializer", 
     672  TITLE   => "Xalan Serializer", 
     673  JAR     => "serializer-2.7.1.jar", 
     674  PACKAGE => "org.apache.xml.serializer", 
     675  LICENSE => "Apache", 
     676  URL     => "http://xml.apache.org/xalan-j/", 
     677  NOTES   => <<ZZ, 
     678used for OME-XML transformations 
     679ZZ 
     680  VERSION => "2.7.1" 
     681); 
     682 
     683my %xalan = ( 
     684  NAME    => "xalan", 
     685  TITLE   => "Xalan", 
     686  JAR     => "xalan-2.7.1.jar", 
     687  PACKAGE => "org.apache.xalan", 
     688  LICENSE => "Apache", 
     689  URL     => "http://xml.apache.org/xalan-j/", 
     690  NOTES   => <<ZZ, 
     691used for OME-XML transformations 
     692ZZ 
     693  VERSION => "2.7.1" 
     694); 
     695 
     696 
    669697 
    670698# -- DATA STRUCTURES -- 
     
    733761  \%omeroClient, 
    734762  \%omeroCommon, 
     763  \%serializer, 
    735764  \%skinlf, 
    736765  \%testng, 
    737766  \%velocity, 
    738767  \%visad, 
     768  \%xalan, 
    739769  \%xmlrpc, 
    740770); 
     
    963993        push(@deps, "org.testng.TESTNG_CONTAINER"); 
    964994      } 
     995      if ($$q{NAME} eq $junit{NAME}) { 
     996        push(@deps, "org.eclipse.jdt.junit.JUNIT_CONTAINER/4"); 
     997      } 
    965998    } 
    966999  } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.