Changeset 6543


Ignore:
Timestamp:
06/21/10 12:25:48 (9 years ago)
Author:
callan
Message:

Re-run of code generation; superclass reference support. Added test case for ListAnnotations within the InOut test suite. (See  ome-xml:r637)

Location:
trunk/components
Files:
99 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/test/loci/formats/utests/IMetadataBasedOMEModelMock.java

    r6531 r6543  
    3636 
    3737import loci.formats.ome.OMEXMLMetadataImpl; 
    38 import ome.xml.model.Arc; 
    39 import ome.xml.model.BinaryFile; 
    40 import ome.xml.model.BooleanAnnotation; 
    41 import ome.xml.model.Channel; 
    42 import ome.xml.model.Detector; 
    43 import ome.xml.model.Dichroic; 
    44 import ome.xml.model.DoubleAnnotation; 
    45 import ome.xml.model.External; 
    46 import ome.xml.model.Filament; 
    47 import ome.xml.model.Filter; 
    48 import ome.xml.model.FilterSet; 
    49 import ome.xml.model.Image; 
    50 import ome.xml.model.Instrument; 
    51 import ome.xml.model.Laser; 
    52 import ome.xml.model.LightEmittingDiode; 
    53 import ome.xml.model.LongAnnotation; 
    54 import ome.xml.model.MetadataOnly; 
    5538import ome.xml.model.OME; 
    56 import ome.xml.model.OMEModel; 
    57 import ome.xml.model.OTF; 
    58 import ome.xml.model.Objective; 
    59 import ome.xml.model.ObjectiveSettings; 
    60 import ome.xml.model.Pixels; 
    61 import ome.xml.model.Plate; 
    62 import ome.xml.model.ROI; 
    63 import ome.xml.model.Rectangle; 
    64 import ome.xml.model.CommentAnnotation; 
    65 import ome.xml.model.StructuredAnnotations; 
    66 import ome.xml.model.TimestampAnnotation; 
    67 import ome.xml.model.Union; 
    68 import ome.xml.model.Well; 
    69 import ome.xml.model.WellSample; 
    70 import ome.xml.model.XMLAnnotation; 
    7139import ome.xml.model.primitives.NonNegativeInteger; 
    7240import ome.xml.model.primitives.PositiveInteger; 
     
    9967    // Create <Image/> 
    10068    store.setImageID(InOut201004Test.IMAGE_ID, 0); 
     69    store.setListAnnotationID(InOut201004Test.IMAGE_LIST_ANNOTATION_ID, 0); 
     70    store.setListAnnotationNamespace( 
     71        InOut201004Test.GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE, 0); 
    10172    store.setBooleanAnnotationID(InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_ID, 0); 
    10273    store.setBooleanAnnotationNamespace( 
    10374        InOut201004Test.GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE, 0); 
     75    store.setListAnnotationAnnotationRef( 
     76        InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_ID, 0, 0); 
    10477    store.setBooleanAnnotationValue(InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_VALUE, 0); 
    10578    store.setBooleanAnnotationNamespace(InOut201004Test.GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE, 0); 
    10679    store.setBooleanAnnotationValue(InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_VALUE, 0); 
    107     store.setImageAnnotationRef(InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_ID, 0, 0); 
     80    store.setImageAnnotationRef(InOut201004Test.IMAGE_LIST_ANNOTATION_ID, 0, 0); 
    10881    // Create <Pixels/> 
    10982    store.setPixelsID(InOut201004Test.PIXELS_ID, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/test/loci/formats/utests/InOut201004Test.java

    r6531 r6543  
    3939import java.io.UnsupportedEncodingException; 
    4040import java.lang.reflect.Constructor; 
    41 import java.lang.reflect.InvocationTargetException; 
    4241import java.util.List; 
    4342import java.util.Map; 
     
    4645import javax.xml.parsers.DocumentBuilder; 
    4746import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory; 
    48 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException; 
    4947import javax.xml.transform.OutputKeys; 
    5048import javax.xml.transform.Result; 
     
    6866import ome.xml.model.Filament; 
    6967import ome.xml.model.LightEmittingDiode; 
     68import ome.xml.model.ListAnnotation; 
    7069import ome.xml.model.LongAnnotation; 
    7170import ome.xml.model.OMEModel; 
     
    7675import ome.xml.model.Reference; 
    7776import ome.xml.model.CommentAnnotation; 
    78 import ome.xml.model.StructuredAnnotations; 
    7977import ome.xml.model.TiffData; 
    8078import ome.xml.model.TimestampAnnotation; 
     
    8987import ome.xml.model.Instrument; 
    9088import ome.xml.model.Laser; 
    91 import ome.xml.model.MetadataOnly; 
    9289import ome.xml.model.OME; 
    9390import ome.xml.model.OTF; 
     
    108105import ome.xml.model.enums.NamingConvention; 
    109106import ome.xml.model.enums.PixelType; 
    110 import ome.xml.model.primitives.NonNegativeInteger; 
    111107import ome.xml.model.primitives.NonNegativeLong; 
    112108import ome.xml.model.primitives.PositiveInteger; 
    113109 
    114110import org.testng.annotations.BeforeClass; 
    115 import org.testng.annotations.BeforeMethod; 
    116111import org.testng.annotations.Parameters; 
    117112import org.testng.annotations.Test; 
     
    132127 
    133128  public static final String IMAGE_ANNOTATION_ID = "Annotation:Boolean0"; 
     129 
     130  public static final String IMAGE_LIST_ANNOTATION_ID = "Annotation:List0"; 
    134131 
    135132  public static final String PIXELS_ID = "Pixels:0"; 
     
    356353    Annotation n = ome.getImage(0).getLinkedAnnotation(0); 
    357354    assertNotNull(n); 
    358     assertEquals(BooleanAnnotation.class, n.getClass()); 
    359     BooleanAnnotation b = (BooleanAnnotation) n; 
     355    assertEquals(ListAnnotation.class, n.getClass()); 
     356    ListAnnotation l = (ListAnnotation) n; 
     357    assertEquals(l.getID(), IMAGE_LIST_ANNOTATION_ID); 
     358    assertEquals(l.getNamespace(), GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE); 
     359    Annotation n2 = l.getLinkedAnnotation(0); 
     360    assertEquals(BooleanAnnotation.class, n2.getClass()); 
     361    BooleanAnnotation b = (BooleanAnnotation) n2; 
    360362    assertEquals(b.getValue(), IMAGE_ANNOTATION_VALUE); 
    361363    assertEquals(b.getNamespace(), GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE); 
     
    365367  @Test(dependsOnMethods={"testValidImageMetadata"}) 
    366368  public void testValidImageAnnotationMetadata() { 
     369    assertEquals(1, metadata.getListAnnotationCount()); 
    367370    assertEquals(1, metadata.getBooleanAnnotationCount()); 
    368371    assertEquals(1, metadata.getImageAnnotationRefCount(0)); 
     372    assertEquals(IMAGE_LIST_ANNOTATION_ID, metadata.getListAnnotationID(0)); 
    369373    assertEquals(IMAGE_ANNOTATION_VALUE, metadata.getBooleanAnnotationValue(0)); 
    370374    assertEquals(GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE, 
  • trunk/components/bio-formats/test/loci/formats/utests/ObjectBasedOMEModelMock.java

    r6531 r6543  
    5151import ome.xml.model.Laser; 
    5252import ome.xml.model.LightEmittingDiode; 
     53import ome.xml.model.ListAnnotation; 
    5354import ome.xml.model.LongAnnotation; 
    54 import ome.xml.model.MetadataOnly; 
    5555import ome.xml.model.OME; 
    5656import ome.xml.model.OMEModel; 
     
    8585  private StructuredAnnotations annotations; 
    8686 
    87   private OMEModel model; 
    88  
    8987  public ObjectBasedOMEModelMock() { 
    9088    ome = new OME(); 
     
    105103    Image image = new Image(); 
    106104    image.setID(InOut201004Test.IMAGE_ID); 
     105    ListAnnotation listAnnotation = new ListAnnotation(); 
     106    listAnnotation.setID(InOut201004Test.IMAGE_LIST_ANNOTATION_ID); 
     107    listAnnotation.setNamespace(InOut201004Test.GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE); 
     108    annotations.addListAnnotation(listAnnotation); 
    107109    BooleanAnnotation annotation = new BooleanAnnotation(); 
    108110    annotation.setID(InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_ID); 
    109111    annotation.setValue(InOut201004Test.IMAGE_ANNOTATION_VALUE); 
    110112    annotation.setNamespace(InOut201004Test.GENERAL_ANNOTATION_NAMESPACE); 
    111     image.linkAnnotation(annotation); 
     113    listAnnotation.linkAnnotation(annotation); 
     114    image.linkAnnotation(listAnnotation); 
    112115    annotations.addBooleanAnnotation(annotation); 
    113116    // Create <Pixels/> 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/OMEXMLFactory.java

    r6243 r6543  
    5353 
    5454  /** Latest OME-XML version namespace. */ 
    55   public static final String LATEST_VERSION = "201004"; 
     55  public static final String LATEST_VERSION = "2010-06"; 
    5656 
    5757  /** Basic skeleton for an OME-XML root node with modern schema. */ 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/AbstractOMEModelObject.java

    r6458 r6543  
    8787   * @see ome.xml.r201004.OMEModelObject#link(ome.xml.r201004.Reference, ome.xml.r201004.OMEModelObject) 
    8888   */ 
    89   public abstract void link(Reference reference, OMEModelObject o); 
     89  public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) { 
     90    return false; 
     91  } 
    9092 
    9193  /** 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Annotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    232232        // -- Annotation API methods -- 
    233233 
    234         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    235         { 
     234        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     235        { 
     236                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     237                if (wasHandledBySuperClass) 
     238                { 
     239                        return true; 
     240                } 
    236241                if (reference instanceof AnnotationRef) 
    237242                { 
    238243                        Annotation o_casted = (Annotation) o; 
    239                         o_casted.linkAnnotation(this); 
    240244                        annotationList.add(o_casted); 
    241                         return; 
    242                 } 
    243                 // TODO: Should be its own Exception 
    244                 throw new RuntimeException( 
    245                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     245                        return true; 
     246                } 
     247                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     248                return false; 
    246249        } 
    247250 
     
    303306        public boolean linkAnnotation(Annotation o) 
    304307        { 
    305                 o.linkAnnotation(this); 
    306308                return annotationList.add(o); 
    307309        } 
     
    309311        public boolean unlinkAnnotation(Annotation o) 
    310312        { 
    311                 o.unlinkAnnotation(this); 
    312313                return annotationList.remove(o); 
    313314        } 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/AnnotationRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- AnnotationRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Arc.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        // -- Arc API methods -- 
    129129 
    130         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     130        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    131131        { 
    132                 // TODO: Should be its own Exception 
    133                 throw new RuntimeException( 
    134                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     132                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     133                if (wasHandledBySuperClass) 
     134                { 
     135                        return true; 
     136                } 
     137                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     138                return false; 
    135139        } 
    136140 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/BinData.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    146146        // -- BinData API methods -- 
    147147 
    148         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    149         { 
    150                 // TODO: Should be its own Exception 
    151                 throw new RuntimeException( 
    152                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     148        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     149        { 
     150                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     151                if (wasHandledBySuperClass) 
     152                { 
     153                        return true; 
     154                } 
     155                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     156                return false; 
    153157        } 
    154158 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/BinaryFile.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    184184        // -- BinaryFile API methods -- 
    185185 
    186         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    187         { 
    188                 // TODO: Should be its own Exception 
    189                 throw new RuntimeException( 
    190                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     186        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     187        { 
     188                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     189                if (wasHandledBySuperClass) 
     190                { 
     191                        return true; 
     192                } 
     193                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     194                return false; 
    191195        } 
    192196 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/BooleanAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- BooleanAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Channel.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    337337        // -- Channel API methods -- 
    338338 
    339         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    340         { 
     339        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     340        { 
     341                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     342                if (wasHandledBySuperClass) 
     343                { 
     344                        return true; 
     345                } 
    341346                if (reference instanceof OTFRef) 
    342347                { 
     
    344349                        o_casted.linkChannel(this); 
    345350                        otf = o_casted; 
    346                         return; 
     351                        return true; 
    347352                } 
    348353                if (reference instanceof FilterSetRef) 
     
    351356                        o_casted.linkChannel(this); 
    352357                        filterSet = o_casted; 
    353                         return; 
     358                        return true; 
    354359                } 
    355360                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    358363                        o_casted.linkChannel(this); 
    359364                        annotationList.add(o_casted); 
    360                         return; 
    361                 } 
    362                 // TODO: Should be its own Exception 
    363                 throw new RuntimeException( 
    364                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     365                        return true; 
     366                } 
     367                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     368                return false; 
    365369        } 
    366370 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ChannelRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ChannelRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/CommentAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- CommentAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Contact.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- Contact API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Dataset.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    216216        // -- Dataset API methods -- 
    217217 
    218         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    219         { 
     218        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     219        { 
     220                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     221                if (wasHandledBySuperClass) 
     222                { 
     223                        return true; 
     224                } 
    220225                if (reference instanceof ExperimenterRef) 
    221226                { 
     
    223228                        o_casted.linkDataset(this); 
    224229                        experimenter = o_casted; 
    225                         return; 
     230                        return true; 
    226231                } 
    227232                if (reference instanceof GroupRef) 
     
    230235                        o_casted.linkDataset(this); 
    231236                        group = o_casted; 
    232                         return; 
     237                        return true; 
    233238                } 
    234239                if (reference instanceof ProjectRef) 
     
    237242                        o_casted.linkDataset(this); 
    238243                        projectList.add(o_casted); 
    239                         return; 
     244                        return true; 
    240245                } 
    241246                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    244249                        o_casted.linkDataset(this); 
    245250                        annotationList.add(o_casted); 
    246                         return; 
    247                 } 
    248                 // TODO: Should be its own Exception 
    249                 throw new RuntimeException( 
    250                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     251                        return true; 
     252                } 
     253                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     254                return false; 
    251255        } 
    252256 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/DatasetRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- DatasetRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Detector.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    190190        // -- Detector API methods -- 
    191191 
    192         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    193         { 
    194                 // TODO: Should be its own Exception 
    195                 throw new RuntimeException( 
    196                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     192        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     193        { 
     194                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     195                if (wasHandledBySuperClass) 
     196                { 
     197                        return true; 
     198                } 
     199                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     200                return false; 
    197201        } 
    198202 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/DetectorSettings.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    181181        // -- DetectorSettings API methods -- 
    182182 
    183         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    184         { 
    185                 // TODO: Should be its own Exception 
    186                 throw new RuntimeException( 
    187                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     183        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     184        { 
     185                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     186                if (wasHandledBySuperClass) 
     187                { 
     188                        return true; 
     189                } 
     190                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     191                return false; 
    188192        } 
    189193 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Dichroic.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    144144        // -- Dichroic API methods -- 
    145145 
    146         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    147         { 
    148                 // TODO: Should be its own Exception 
    149                 throw new RuntimeException( 
    150                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     146        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     147        { 
     148                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     149                if (wasHandledBySuperClass) 
     150                { 
     151                        return true; 
     152                } 
     153                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     154                return false; 
    151155        } 
    152156 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/DichroicRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- DichroicRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/DoubleAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- DoubleAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Ellipse.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- Ellipse API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
    159                 // TODO: Should be its own Exception 
    160                 throw new RuntimeException( 
    161                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
     164                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     165                return false; 
    162166        } 
    163167 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/EmissionFilterRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        // -- EmissionFilterRef API methods -- 
    120120 
    121         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     121        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    122122        { 
    123                 // TODO: Should be its own Exception 
    124                 throw new RuntimeException( 
    125                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     123                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     124                if (wasHandledBySuperClass) 
     125                { 
     126                        return true; 
     127                } 
     128                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     129                return false; 
    126130        } 
    127131 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ExcitationFilterRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        // -- ExcitationFilterRef API methods -- 
    120120 
    121         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     121        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    122122        { 
    123                 // TODO: Should be its own Exception 
    124                 throw new RuntimeException( 
    125                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     123                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     124                if (wasHandledBySuperClass) 
     125                { 
     126                        return true; 
     127                } 
     128                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     129                return false; 
    126130        } 
    127131 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Experiment.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    192192        // -- Experiment API methods -- 
    193193 
    194         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    195         { 
     194        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     195        { 
     196                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     197                if (wasHandledBySuperClass) 
     198                { 
     199                        return true; 
     200                } 
    196201                if (reference instanceof ExperimenterRef) 
    197202                { 
     
    199204                        o_casted.linkExperiment(this); 
    200205                        experimenter = o_casted; 
    201                         return; 
    202                 } 
    203                 // TODO: Should be its own Exception 
    204                 throw new RuntimeException( 
    205                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     206                        return true; 
     207                } 
     208                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     209                return false; 
    206210        } 
    207211 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ExperimentRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ExperimentRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Experimenter.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    243243        // -- Experimenter API methods -- 
    244244 
    245         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    246         { 
     245        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     246        { 
     247                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     248                if (wasHandledBySuperClass) 
     249                { 
     250                        return true; 
     251                } 
    247252                if (reference instanceof GroupRef) 
    248253                { 
     
    250255                        o_casted.linkExperimenter(this); 
    251256                        groupList.add(o_casted); 
    252                         return; 
     257                        return true; 
    253258                } 
    254259                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    257262                        o_casted.linkExperimenter(this); 
    258263                        annotationList.add(o_casted); 
    259                         return; 
    260                 } 
    261                 // TODO: Should be its own Exception 
    262                 throw new RuntimeException( 
    263                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     264                        return true; 
     265                } 
     266                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     267                return false; 
    264268        } 
    265269 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ExperimenterRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ExperimenterRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/External.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    146146        // -- External API methods -- 
    147147 
    148         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    149         { 
    150                 // TODO: Should be its own Exception 
    151                 throw new RuntimeException( 
    152                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     148        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     149        { 
     150                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     151                if (wasHandledBySuperClass) 
     152                { 
     153                        return true; 
     154                } 
     155                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     156                return false; 
    153157        } 
    154158 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Filament.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        // -- Filament API methods -- 
    129129 
    130         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     130        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    131131        { 
    132                 // TODO: Should be its own Exception 
    133                 throw new RuntimeException( 
    134                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     132                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     133                if (wasHandledBySuperClass) 
     134                { 
     135                        return true; 
     136                } 
     137                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     138                return false; 
    135139        } 
    136140 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/FileAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- FileAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Filter.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    181181        // -- Filter API methods -- 
    182182 
    183         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    184         { 
    185                 // TODO: Should be its own Exception 
    186                 throw new RuntimeException( 
    187                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     183        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     184        { 
     185                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     186                if (wasHandledBySuperClass) 
     187                { 
     188                        return true; 
     189                } 
     190                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     191                return false; 
    188192        } 
    189193 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/FilterRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- FilterRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/FilterSet.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    180180        // -- FilterSet API methods -- 
    181181 
    182         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    183         { 
     182        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     183        { 
     184                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     185                if (wasHandledBySuperClass) 
     186                { 
     187                        return true; 
     188                } 
    184189                if (reference instanceof ExcitationFilterRef) 
    185190                { 
     
    187192                        o_casted.linkFilterSet(this); 
    188193                        excitationFilterList.add(o_casted); 
    189                         return; 
     194                        return true; 
    190195                } 
    191196                if (reference instanceof DichroicRef) 
     
    194199                        o_casted.linkFilterSet(this); 
    195200                        dichroic = o_casted; 
    196                         return; 
     201                        return true; 
    197202                } 
    198203                if (reference instanceof EmissionFilterRef) 
     
    201206                        o_casted.linkFilterSet(this); 
    202207                        emissionFilterList.add(o_casted); 
    203                         return; 
    204                 } 
    205                 // TODO: Should be its own Exception 
    206                 throw new RuntimeException( 
    207                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     208                        return true; 
     209                } 
     210                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     211                return false; 
    208212        } 
    209213 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/FilterSetRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- FilterSetRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Group.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    204204        // -- Group API methods -- 
    205205 
    206         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    207         { 
     206        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     207        { 
     208                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     209                if (wasHandledBySuperClass) 
     210                { 
     211                        return true; 
     212                } 
    208213                if (reference instanceof Leader) 
    209214                { 
     
    211216                        o_casted.linkGroup(this); 
    212217                        leader = o_casted; 
    213                         return; 
     218                        return true; 
    214219                } 
    215220                if (reference instanceof Contact) 
     
    218223                        o_casted.linkGroup(this); 
    219224                        contact = o_casted; 
    220                         return; 
    221                 } 
    222                 // TODO: Should be its own Exception 
    223                 throw new RuntimeException( 
    224                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     225                        return true; 
     226                } 
     227                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     228                return false; 
    225229        } 
    226230 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/GroupRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- GroupRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Image.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    359359        // -- Image API methods -- 
    360360 
    361         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    362         { 
     361        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     362        { 
     363                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     364                if (wasHandledBySuperClass) 
     365                { 
     366                        return true; 
     367                } 
    363368                if (reference instanceof ExperimenterRef) 
    364369                { 
     
    366371                        o_casted.linkImage(this); 
    367372                        experimenter = o_casted; 
    368                         return; 
     373                        return true; 
    369374                } 
    370375                if (reference instanceof ExperimentRef) 
     
    373378                        o_casted.linkImage(this); 
    374379                        experiment = o_casted; 
    375                         return; 
     380                        return true; 
    376381                } 
    377382                if (reference instanceof GroupRef) 
     
    380385                        o_casted.linkImage(this); 
    381386                        group = o_casted; 
    382                         return; 
     387                        return true; 
    383388                } 
    384389                if (reference instanceof DatasetRef) 
     
    387392                        o_casted.linkImage(this); 
    388393                        datasetList.add(o_casted); 
    389                         return; 
     394                        return true; 
    390395                } 
    391396                if (reference instanceof InstrumentRef) 
     
    394399                        o_casted.linkImage(this); 
    395400                        instrument = o_casted; 
    396                         return; 
     401                        return true; 
    397402                } 
    398403                if (reference instanceof ROIRef) 
     
    401406                        o_casted.linkImage(this); 
    402407                        roiList.add(o_casted); 
    403                         return; 
     408                        return true; 
    404409                } 
    405410                if (reference instanceof MicrobeamManipulationRef) 
     
    408413                        o_casted.linkImage(this); 
    409414                        microbeamManipulationList.add(o_casted); 
    410                         return; 
     415                        return true; 
    411416                } 
    412417                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    415420                        o_casted.linkImage(this); 
    416421                        annotationList.add(o_casted); 
    417                         return; 
    418                 } 
    419                 // TODO: Should be its own Exception 
    420                 throw new RuntimeException( 
    421                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     422                        return true; 
     423                } 
     424                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     425                return false; 
    422426        } 
    423427 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ImageRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ImageRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ImagingEnvironment.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- ImagingEnvironment API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
    159                 // TODO: Should be its own Exception 
    160                 throw new RuntimeException( 
    161                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
     164                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     165                return false; 
    162166        } 
    163167 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Instrument.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    275275        // -- Instrument API methods -- 
    276276 
    277         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    278         { 
    279                 // TODO: Should be its own Exception 
    280                 throw new RuntimeException( 
    281                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     277        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     278        { 
     279                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     280                if (wasHandledBySuperClass) 
     281                { 
     282                        return true; 
     283                } 
     284                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     285                return false; 
    282286        } 
    283287 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/InstrumentRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- InstrumentRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Laser.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    203203        // -- Laser API methods -- 
    204204 
    205         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    206         { 
     205        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     206        { 
     207                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     208                if (wasHandledBySuperClass) 
     209                { 
     210                        return true; 
     211                } 
    207212                if (reference instanceof Pump) 
    208213                { 
    209214                        Laser o_casted = (Laser) o; 
    210215                        pump = o_casted; 
    211                         return; 
    212                 } 
    213                 // TODO: Should be its own Exception 
    214                 throw new RuntimeException( 
    215                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     216                        return true; 
     217                } 
     218                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     219                return false; 
    216220        } 
    217221 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Leader.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- Leader API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/LightEmittingDiode.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        // -- LightEmittingDiode API methods -- 
    120120 
    121         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     121        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    122122        { 
    123                 // TODO: Should be its own Exception 
    124                 throw new RuntimeException( 
    125                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     123                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     124                if (wasHandledBySuperClass) 
     125                { 
     126                        return true; 
     127                } 
     128                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     129                return false; 
    126130        } 
    127131 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/LightPath.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- LightPath API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
    159164                if (reference instanceof ExcitationFilterRef) 
    160165                { 
     
    162167                        o_casted.linkLightPath(this); 
    163168                        excitationFilterList.add(o_casted); 
    164                         return; 
     169                        return true; 
    165170                } 
    166171                if (reference instanceof DichroicRef) 
     
    169174                        o_casted.linkLightPath(this); 
    170175                        dichroic = o_casted; 
    171                         return; 
     176                        return true; 
    172177                } 
    173178                if (reference instanceof EmissionFilterRef) 
     
    176181                        o_casted.linkLightPath(this); 
    177182                        emissionFilterList.add(o_casted); 
    178                         return; 
    179                 } 
    180                 // TODO: Should be its own Exception 
    181                 throw new RuntimeException( 
    182                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     183                        return true; 
     184                } 
     185                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     186                return false; 
    183187        } 
    184188 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/LightSource.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    196196        // -- LightSource API methods -- 
    197197 
    198         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    199         { 
    200                 // TODO: Should be its own Exception 
    201                 throw new RuntimeException( 
    202                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     198        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     199        { 
     200                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     201                if (wasHandledBySuperClass) 
     202                { 
     203                        return true; 
     204                } 
     205                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     206                return false; 
    203207        } 
    204208 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/LightSourceSettings.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    154154        // -- LightSourceSettings API methods -- 
    155155 
    156         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    157         { 
    158                 // TODO: Should be its own Exception 
    159                 throw new RuntimeException( 
    160                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     156        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     157        { 
     158                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     159                if (wasHandledBySuperClass) 
     160                { 
     161                        return true; 
     162                } 
     163                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     164                return false; 
    161165        } 
    162166 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Line.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- Line API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
    159                 // TODO: Should be its own Exception 
    160                 throw new RuntimeException( 
    161                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
     164                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     165                return false; 
    162166        } 
    163167 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ListAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        // -- ListAnnotation API methods -- 
    120120 
    121         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     121        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    122122        { 
    123                 // TODO: Should be its own Exception 
    124                 throw new RuntimeException( 
    125                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     123                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     124                if (wasHandledBySuperClass) 
     125                { 
     126                        return true; 
     127                } 
     128                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     129                return false; 
    126130        } 
    127131 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/LongAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- LongAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ManufacturerSpec.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- ManufacturerSpec API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
    159                 // TODO: Should be its own Exception 
    160                 throw new RuntimeException( 
    161                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
     164                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     165                return false; 
    162166        } 
    163167 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Mask.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    167167        // -- Mask API methods -- 
    168168 
    169         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    170         { 
    171                 // TODO: Should be its own Exception 
    172                 throw new RuntimeException( 
    173                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     169        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     170        { 
     171                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     172                if (wasHandledBySuperClass) 
     173                { 
     174                        return true; 
     175                } 
     176                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     177                return false; 
    174178        } 
    175179 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/MetadataOnly.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        // -- MetadataOnly API methods -- 
    120120 
    121         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     121        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    122122        { 
    123                 // TODO: Should be its own Exception 
    124                 throw new RuntimeException( 
    125                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     123                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     124                if (wasHandledBySuperClass) 
     125                { 
     126                        return true; 
     127                } 
     128                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     129                return false; 
    126130        } 
    127131 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/MicrobeamManipulation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    185185        // -- MicrobeamManipulation API methods -- 
    186186 
    187         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    188         { 
     187        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     188        { 
     189                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     190                if (wasHandledBySuperClass) 
     191                { 
     192                        return true; 
     193                } 
    189194                if (reference instanceof ROIRef) 
    190195                { 
     
    192197                        o_casted.linkMicrobeamManipulation(this); 
    193198                        roiList.add(o_casted); 
    194                         return; 
     199                        return true; 
    195200                } 
    196201                if (reference instanceof ExperimenterRef) 
     
    199204                        o_casted.linkMicrobeamManipulation(this); 
    200205                        experimenter = o_casted; 
    201                         return; 
    202                 } 
    203                 // TODO: Should be its own Exception 
    204                 throw new RuntimeException( 
    205                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     206                        return true; 
     207                } 
     208                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     209                return false; 
    206210        } 
    207211 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/MicrobeamManipulationRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- MicrobeamManipulationRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Microscope.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        // -- Microscope API methods -- 
    129129 
    130         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     130        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    131131        { 
    132                 // TODO: Should be its own Exception 
    133                 throw new RuntimeException( 
    134                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     132                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     133                if (wasHandledBySuperClass) 
     134                { 
     135                        return true; 
     136                } 
     137                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     138                return false; 
    135139        } 
    136140 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/OME.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    267267        // -- OME API methods -- 
    268268 
    269         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    270         { 
    271                 // TODO: Should be its own Exception 
    272                 throw new RuntimeException( 
    273                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     269        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     270        { 
     271                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     272                if (wasHandledBySuperClass) 
     273                { 
     274                        return true; 
     275                } 
     276                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     277                return false; 
    274278        } 
    275279 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/OMEModelObject.java

    r6458 r6543  
    6565   * <b>MUST</b> be of type <code>ImageRef</code>. 
    6666   * @param o Model object to link to. 
     67   * @return <code>true</code> if this model object was able to handle the 
     68   * reference, <code>false</code> otherwise. 
    6769   */ 
    68   void link(Reference reference, OMEModelObject o); 
     70  boolean link(Reference reference, OMEModelObject o); 
    6971} 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/OTF.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    226226        // -- OTF API methods -- 
    227227 
    228         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    229         { 
     228        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     229        { 
     230                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     231                if (wasHandledBySuperClass) 
     232                { 
     233                        return true; 
     234                } 
    230235                if (reference instanceof FilterSetRef) 
    231236                { 
     
    233238                        o_casted.linkOTF(this); 
    234239                        filterSet = o_casted; 
    235                         return; 
    236                 } 
    237                 // TODO: Should be its own Exception 
    238                 throw new RuntimeException( 
    239                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     240                        return true; 
     241                } 
     242                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     243                return false; 
    240244        } 
    241245 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/OTFRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- OTFRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Objective.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    199199        // -- Objective API methods -- 
    200200 
    201         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    202         { 
    203                 // TODO: Should be its own Exception 
    204                 throw new RuntimeException( 
    205                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     201        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     202        { 
     203                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     204                if (wasHandledBySuperClass) 
     205                { 
     206                        return true; 
     207                } 
     208                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     209                return false; 
    206210        } 
    207211 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ObjectiveSettings.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    163163        // -- ObjectiveSettings API methods -- 
    164164 
    165         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    166         { 
    167                 // TODO: Should be its own Exception 
    168                 throw new RuntimeException( 
    169                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     165        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     166        { 
     167                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     168                if (wasHandledBySuperClass) 
     169                { 
     170                        return true; 
     171                } 
     172                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     173                return false; 
    170174        } 
    171175 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Path.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    128128        // -- Path API methods -- 
    129129 
    130         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     130        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    131131        { 
    132                 // TODO: Should be its own Exception 
    133                 throw new RuntimeException( 
    134                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     132                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     133                if (wasHandledBySuperClass) 
     134                { 
     135                        return true; 
     136                } 
     137                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     138                return false; 
    135139        } 
    136140 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Pixels.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    314314        // -- Pixels API methods -- 
    315315 
    316         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    317         { 
     316        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     317        { 
     318                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     319                if (wasHandledBySuperClass) 
     320                { 
     321                        return true; 
     322                } 
    318323                if (reference instanceof AnnotationRef) 
    319324                { 
     
    321326                        o_casted.linkPixels(this); 
    322327                        annotationList.add(o_casted); 
    323                         return; 
    324                 } 
    325                 // TODO: Should be its own Exception 
    326                 throw new RuntimeException( 
    327                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     328                        return true; 
     329                } 
     330                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     331                return false; 
    328332        } 
    329333 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Plane.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    222222        // -- Plane API methods -- 
    223223 
    224         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    225         { 
     224        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     225        { 
     226                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     227                if (wasHandledBySuperClass) 
     228                { 
     229                        return true; 
     230                } 
    226231                if (reference instanceof AnnotationRef) 
    227232                { 
     
    229234                        o_casted.linkPlane(this); 
    230235                        annotationList.add(o_casted); 
    231                         return; 
    232                 } 
    233                 // TODO: Should be its own Exception 
    234                 throw new RuntimeException( 
    235                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     236                        return true; 
     237                } 
     238                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     239                return false; 
    236240        } 
    237241 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Plate.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    284284        // -- Plate API methods -- 
    285285 
    286         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    287         { 
     286        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     287        { 
     288                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     289                if (wasHandledBySuperClass) 
     290                { 
     291                        return true; 
     292                } 
    288293                if (reference instanceof ScreenRef) 
    289294                { 
     
    291296                        o_casted.linkPlate(this); 
    292297                        screenList.add(o_casted); 
    293                         return; 
     298                        return true; 
    294299                } 
    295300                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    298303                        o_casted.linkPlate(this); 
    299304                        annotationList.add(o_casted); 
    300                         return; 
    301                 } 
    302                 // TODO: Should be its own Exception 
    303                 throw new RuntimeException( 
    304                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     305                        return true; 
     306                } 
     307                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     308                return false; 
    305309        } 
    306310 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/PlateAcquisition.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    215215        // -- PlateAcquisition API methods -- 
    216216 
    217         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    218         { 
     217        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     218        { 
     219                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     220                if (wasHandledBySuperClass) 
     221                { 
     222                        return true; 
     223                } 
    219224                if (reference instanceof WellSampleRef) 
    220225                { 
     
    222227                        o_casted.linkPlateAcquisition(this); 
    223228                        wellSampleList.add(o_casted); 
    224                         return; 
     229                        return true; 
    225230                } 
    226231                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    229234                        o_casted.linkPlateAcquisition(this); 
    230235                        annotationList.add(o_casted); 
    231                         return; 
    232                 } 
    233                 // TODO: Should be its own Exception 
    234                 throw new RuntimeException( 
    235                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     236                        return true; 
     237                } 
     238                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     239                return false; 
    236240        } 
    237241 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/PlateRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- PlateRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Point.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    137137        // -- Point API methods -- 
    138138 
    139         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    140         { 
    141                 // TODO: Should be its own Exception 
    142                 throw new RuntimeException( 
    143                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     139        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        { 
     141                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     142                if (wasHandledBySuperClass) 
     143                { 
     144                        return true; 
     145                } 
     146                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     147                return false; 
    144148        } 
    145149 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Polyline.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    137137        // -- Polyline API methods -- 
    138138 
    139         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    140         { 
    141                 // TODO: Should be its own Exception 
    142                 throw new RuntimeException( 
    143                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     139        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        { 
     141                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     142                if (wasHandledBySuperClass) 
     143                { 
     144                        return true; 
     145                } 
     146                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     147                return false; 
    144148        } 
    145149 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Project.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    204204        // -- Project API methods -- 
    205205 
    206         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    207         { 
     206        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     207        { 
     208                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     209                if (wasHandledBySuperClass) 
     210                { 
     211                        return true; 
     212                } 
    208213                if (reference instanceof ExperimenterRef) 
    209214                { 
     
    211216                        o_casted.linkProject(this); 
    212217                        experimenter = o_casted; 
    213                         return; 
     218                        return true; 
    214219                } 
    215220                if (reference instanceof GroupRef) 
     
    218223                        o_casted.linkProject(this); 
    219224                        group = o_casted; 
    220                         return; 
     225                        return true; 
    221226                } 
    222227                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    225230                        o_casted.linkProject(this); 
    226231                        annotationList.add(o_casted); 
    227                         return; 
    228                 } 
    229                 // TODO: Should be its own Exception 
    230                 throw new RuntimeException( 
    231                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     232                        return true; 
     233                } 
     234                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     235                return false; 
    232236        } 
    233237 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ProjectRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ProjectRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Pump.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- Pump API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ROI.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    212212        // -- ROI API methods -- 
    213213 
    214         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    215         { 
     214        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     215        { 
     216                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     217                if (wasHandledBySuperClass) 
     218                { 
     219                        return true; 
     220                } 
    216221                if (reference instanceof AnnotationRef) 
    217222                { 
     
    219224                        o_casted.linkROI(this); 
    220225                        annotationList.add(o_casted); 
    221                         return; 
    222                 } 
    223                 // TODO: Should be its own Exception 
    224                 throw new RuntimeException( 
    225                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     226                        return true; 
     227                } 
     228                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     229                return false; 
    226230        } 
    227231 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ROIRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ROIRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Reagent.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    189189        // -- Reagent API methods -- 
    190190 
    191         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    192         { 
     191        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     192        { 
     193                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     194                if (wasHandledBySuperClass) 
     195                { 
     196                        return true; 
     197                } 
    193198                if (reference instanceof AnnotationRef) 
    194199                { 
     
    196201                        o_casted.linkReagent(this); 
    197202                        annotationList.add(o_casted); 
    198                         return; 
    199                 } 
    200                 // TODO: Should be its own Exception 
    201                 throw new RuntimeException( 
    202                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     203                        return true; 
     204                } 
     205                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     206                return false; 
    203207        } 
    204208 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ReagentRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ReagentRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Rectangle.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- Rectangle API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
    159                 // TODO: Should be its own Exception 
    160                 throw new RuntimeException( 
    161                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
     164                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     165                return false; 
    162166        } 
    163167 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Reference.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    130130        // -- Reference API methods -- 
    131131 
    132         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     132        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    133133        { 
    134                 // TODO: Should be its own Exception 
    135                 throw new RuntimeException( 
    136                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     134                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     135                if (wasHandledBySuperClass) 
     136                { 
     137                        return true; 
     138                } 
     139                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     140                return false; 
    137141        } 
    138142 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Screen.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    245245        // -- Screen API methods -- 
    246246 
    247         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    248         { 
     247        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     248        { 
     249                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     250                if (wasHandledBySuperClass) 
     251                { 
     252                        return true; 
     253                } 
    249254                if (reference instanceof PlateRef) 
    250255                { 
     
    252257                        o_casted.linkScreen(this); 
    253258                        plateList.add(o_casted); 
    254                         return; 
     259                        return true; 
    255260                } 
    256261                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    259264                        o_casted.linkScreen(this); 
    260265                        annotationList.add(o_casted); 
    261                         return; 
    262                 } 
    263                 // TODO: Should be its own Exception 
    264                 throw new RuntimeException( 
    265                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     266                        return true; 
     267                } 
     268                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     269                return false; 
    266270        } 
    267271 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/ScreenRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- ScreenRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Settings.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    119119        // -- Settings API methods -- 
    120120 
    121         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     121        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    122122        { 
    123                 // TODO: Should be its own Exception 
    124                 throw new RuntimeException( 
    125                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     123                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     124                if (wasHandledBySuperClass) 
     125                { 
     126                        return true; 
     127                } 
     128                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     129                return false; 
    126130        } 
    127131 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Shape.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    415415        // -- Shape API methods -- 
    416416 
    417         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    418         { 
    419                 // TODO: Should be its own Exception 
    420                 throw new RuntimeException( 
    421                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     417        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     418        { 
     419                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     420                if (wasHandledBySuperClass) 
     421                { 
     422                        return true; 
     423                } 
     424                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     425                return false; 
    422426        } 
    423427 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/StageLabel.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    155155        // -- StageLabel API methods -- 
    156156 
    157         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    158         { 
    159                 // TODO: Should be its own Exception 
    160                 throw new RuntimeException( 
    161                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     157        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     158        { 
     159                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     160                if (wasHandledBySuperClass) 
     161                { 
     162                        return true; 
     163                } 
     164                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     165                return false; 
    162166        } 
    163167 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/StructuredAnnotations.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    239239        // -- StructuredAnnotations API methods -- 
    240240 
    241         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    242         { 
    243                 // TODO: Should be its own Exception 
    244                 throw new RuntimeException( 
    245                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     241        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     242        { 
     243                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     244                if (wasHandledBySuperClass) 
     245                { 
     246                        return true; 
     247                } 
     248                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     249                return false; 
    246250        } 
    247251 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/TagAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- TagAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/TermAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- TermAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Text.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    156156        // -- Text API methods -- 
    157157 
    158         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    159         { 
    160                 // TODO: Should be its own Exception 
    161                 throw new RuntimeException( 
    162                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     158        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     159        { 
     160                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     161                if (wasHandledBySuperClass) 
     162                { 
     163                        return true; 
     164                } 
     165                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     166                return false; 
    163167        } 
    164168 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/TiffData.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    183183        // -- TiffData API methods -- 
    184184 
    185         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    186         { 
    187                 // TODO: Should be its own Exception 
    188                 throw new RuntimeException( 
    189                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     185        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     186        { 
     187                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     188                if (wasHandledBySuperClass) 
     189                { 
     190                        return true; 
     191                } 
     192                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     193                return false; 
    190194        } 
    191195 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/TimestampAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- TimestampAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/TransmittanceRange.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    164164        // -- TransmittanceRange API methods -- 
    165165 
    166         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    167         { 
    168                 // TODO: Should be its own Exception 
    169                 throw new RuntimeException( 
    170                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     166        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     167        { 
     168                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     169                if (wasHandledBySuperClass) 
     170                { 
     171                        return true; 
     172                } 
     173                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     174                return false; 
    171175        } 
    172176 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/UUID.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    135135        // -- UUID API methods -- 
    136136 
    137         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     137        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    138138        { 
    139                 // TODO: Should be its own Exception 
    140                 throw new RuntimeException( 
    141                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     139                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     140                if (wasHandledBySuperClass) 
     141                { 
     142                        return true; 
     143                } 
     144                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     145                return false; 
    142146        } 
    143147 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Union.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    195195        // -- Union API methods -- 
    196196 
    197         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    198         { 
    199                 // TODO: Should be its own Exception 
    200                 throw new RuntimeException( 
    201                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     197        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     198        { 
     199                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     200                if (wasHandledBySuperClass) 
     201                { 
     202                        return true; 
     203                } 
     204                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     205                return false; 
    202206        } 
    203207 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/Well.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    226226        // -- Well API methods -- 
    227227 
    228         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    229         { 
     228        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     229        { 
     230                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     231                if (wasHandledBySuperClass) 
     232                { 
     233                        return true; 
     234                } 
    230235                if (reference instanceof ReagentRef) 
    231236                { 
     
    233238                        o_casted.linkWell(this); 
    234239                        reagent = o_casted; 
    235                         return; 
     240                        return true; 
    236241                } 
    237242                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    240245                        o_casted.linkWell(this); 
    241246                        annotationList.add(o_casted); 
    242                         return; 
    243                 } 
    244                 // TODO: Should be its own Exception 
    245                 throw new RuntimeException( 
    246                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     247                        return true; 
     248                } 
     249                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     250                return false; 
    247251        } 
    248252 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/WellSample.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    200200        // -- WellSample API methods -- 
    201201 
    202         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    203         { 
     202        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     203        { 
     204                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     205                if (wasHandledBySuperClass) 
     206                { 
     207                        return true; 
     208                } 
    204209                if (reference instanceof ImageRef) 
    205210                { 
     
    207212                        o_casted.linkWellSample(this); 
    208213                        image = o_casted; 
    209                         return; 
     214                        return true; 
    210215                } 
    211216                if (reference instanceof AnnotationRef) 
     
    214219                        o_casted.linkWellSample(this); 
    215220                        annotationList.add(o_casted); 
    216                         return; 
    217                 } 
    218                 // TODO: Should be its own Exception 
    219                 throw new RuntimeException( 
    220                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     221                        return true; 
     222                } 
     223                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     224                return false; 
    221225        } 
    222226 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/WellSampleRef.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    136136        // -- WellSampleRef API methods -- 
    137137 
    138         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     138        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    139139        { 
    140                 // TODO: Should be its own Exception 
    141                 throw new RuntimeException( 
    142                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     140                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     141                if (wasHandledBySuperClass) 
     142                { 
     143                        return true; 
     144                } 
     145                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     146                return false; 
    143147        } 
    144148 
  • trunk/components/ome-xml/src/ome/xml/model/XMLAnnotation.java

    r6531 r6543  
    3232 * 
    3333 * THIS IS AUTOMATICALLY GENERATED CODE.  DO NOT MODIFY. 
    34  * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-11 17:48:15+0100 
     34 * Created by callan via xsd-fu on 2010-06-21 18:12:22+0100 
    3535 * 
    3636 *----------------------------------------------------------------------------- 
     
    138138        // -- XMLAnnotation API methods -- 
    139139 
    140         public void link(Reference reference, OMEModelObject o) 
     140        public boolean link(Reference reference, OMEModelObject o) 
    141141        { 
    142                 // TODO: Should be its own Exception 
    143                 throw new RuntimeException( 
    144                                 "Unable to handle reference of type: " + reference.getClass()); 
     142                boolean wasHandledBySuperClass = super.link(reference, o); 
     143                if (wasHandledBySuperClass) 
     144                { 
     145                        return true; 
     146                } 
     147                LOGGER.debug("Unable to handle reference of type: {}", reference.getClass()); 
     148                return false; 
    145149        } 
    146150 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.