Changeset 6572


Ignore:
Timestamp:
06/25/10 18:15:26 (9 years ago)
Author:
bdezonia
Message:

Fixed the two split timepoints tests to match against modified CZT order

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/loci-plugins/test/loci/plugins/in/ImporterTest.java

    r6552 r6572  
    802802      int slice = 0; 
    803803      for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
    804         for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
     804        for (int c = 0; c < sizeC; c++) { // CT (Z)    -- CZT 
    805805          ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
    806806          // test the values 
     
    824824      int slice = 0; 
    825825      for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
    826         for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     826        for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { //ZT (C)  -- CZT 
    827827          ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
    828828          // test the values 
     
    836836   
    837837  /** tests if images split on T are ordered correctly */ 
    838   private void imagesInTzcOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
     838  private void imagesInTczOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    839839  { 
    840840    // unwind ZTC loop : T pulled outside, ZC in order 
     
    845845      ImageStack st = imp.getStack(); 
    846846      int slice = 0; 
    847       for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    848         for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     847      for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { // ZC (T)  -- CZT 
     848        for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    849849          ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
    850850          // test the values 
     
    917917   
    918918  /** tests that a set of images is ordered via T first - used by concatSplit tests */ 
    919   private void imageSeriesInTzcOrderTest(ImagePlus[] imps, int numSeries, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
     919  private void imageSeriesInTczOrderTest(ImagePlus[] imps, int numSeries, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    920920  { 
    921921    // from ZCT order: T pulled out, ZC in order 
     
    928928      for (int s = 0; s < numSeries; s++) { 
    929929        int slice = s*sizeZ*sizeC; 
    930         for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    931           for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     930        for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     931          for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    932932            ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
    933933            //System.out.println("index "+index); 
     
    11461146    impsCountTest(imps,1); 
    11471147 
    1148     multipleSeriesInZtcOrderTest(imps[0],s,z,c,t); 
     1148    ImagePlus imp = imps[0]; 
     1149     
     1150    // TODO 
     1151    //   BF right now does not scale one of z/c/t by s. So z*c*t != stacksize. IJ jandles by reordering dimensions as 
     1152    //   1x1xnSlices. Once BF is updated to specify which dimension to concat along then uncomment a modified version 
     1153    //   the next test 
     1154    //xyzctTest(x,y,z,c,t); // this test but one of z,c,t scaled by s 
     1155     
     1156    multipleSeriesInZtcOrderTest(imp,s,z,c,t); 
    11491157  } 
    11501158   
     
    17361744    impsCountTest(imps,sizeT); 
    17371745     
    1738     imageSeriesInTzcOrderTest(imps,series,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,sizeT); 
     1746    imageSeriesInTczOrderTest(imps,series,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,sizeT); 
    17391747  } 
    17401748   
     
    23402348    impsCountTest(imps,sizeT); 
    23412349 
    2342     imagesInTzcOrderTest(imps,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,sizeT); 
     2350    imagesInTczOrderTest(imps,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,sizeT); 
    23432351  } 
    23442352 
     
    25412549    colorColorizedTester(FormatTools.UINT8,1,1,true,false,2); 
    25422550     
     2551    // sizeC == 1, rgb == 1, indexed, 16 bit, implicit lut length of 3 - 2nd important test to do, also note can vary lut len 
     2552    System.out.println("1/1 indexed (16-bit)"); 
     2553    colorColorizedTester(FormatTools.UINT16,1,1,true,false,-1); 
     2554    System.out.println("1/1 indexed (16-bit) falseColor"); 
     2555    colorColorizedTester(FormatTools.UINT16,1,1,true,true,-1); 
     2556    System.out.println("1/1/indexed (16-bit) lutLen==2"); 
     2557    colorColorizedTester(FormatTools.UINT16,1,1,true,false,2); 
     2558 
    25432559    // sizeC = 3 and rgb = 1 
    25442560    System.out.println("3/1 indexed"); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.