Changeset 6574


Ignore:
Timestamp:
06/28/10 12:20:26 (9 years ago)
Author:
bdezonia
Message:

minor edits. enabled openAllSeries with concatenate in the combo tests.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/loci-plugins/test/loci/plugins/in/ImporterTest.java

    r6572 r6574  
    794794  private void imagesInZctOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    795795  { 
    796     // unwind ZCT loop : Z pulled outside, CT in order 
     796    // unwind CZT loop : Z pulled outside, CT in order 
    797797    for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
    798798      ImagePlus imp = imps[z]; 
     
    802802      int slice = 0; 
    803803      for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
    804         for (int c = 0; c < sizeC; c++) { // CT (Z)    -- CZT 
    805           ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
    806           // test the values 
    807           assertEquals(z,zIndex(proc)); 
    808           assertEquals(c,cIndex(proc)); 
    809           assertEquals(t,tIndex(proc)); 
    810         } 
    811       } 
    812     } 
    813   } 
    814    
    815   /** tests if images split on C are ordered correctly */ 
    816   private void imagesInCztOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    817   { 
    818     // unwind ZCT loop : C pulled outside, ZT in order 
    819     for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    820       ImagePlus imp = imps[c]; 
    821       xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,1,sizeT); 
    822       stackTest(imp,sizeZ * sizeT); 
    823       ImageStack st = imp.getStack(); 
    824       int slice = 0; 
    825       for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
    826         for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { //ZT (C)  -- CZT 
    827           ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
    828           // test the values 
    829           assertEquals(z,zIndex(proc)); 
    830           assertEquals(c,cIndex(proc)); 
    831           assertEquals(t,tIndex(proc)); 
    832         } 
    833       } 
    834     } 
    835   } 
    836    
    837   /** tests if images split on T are ordered correctly */ 
    838   private void imagesInTczOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    839   { 
    840     // unwind ZTC loop : T pulled outside, ZC in order 
    841     for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
    842       ImagePlus imp = imps[t]; 
    843       xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,1); 
    844       stackTest(imp,sizeZ * sizeC); 
    845       ImageStack st = imp.getStack(); 
    846       int slice = 0; 
    847       for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { // ZC (T)  -- CZT 
    848804        for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
    849805          ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
     
    857813  } 
    858814   
     815  /** tests if images split on C are ordered correctly */ 
     816  private void imagesInCztOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
     817  { 
     818    // unwind CZT loop : C pulled outside, ZT in order 
     819    for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
     820      ImagePlus imp = imps[c]; 
     821      xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,1,sizeT); 
     822      stackTest(imp,sizeZ * sizeT); 
     823      ImageStack st = imp.getStack(); 
     824      int slice = 0; 
     825      for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
     826        for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     827          ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
     828          // test the values 
     829          assertEquals(z,zIndex(proc)); 
     830          assertEquals(c,cIndex(proc)); 
     831          assertEquals(t,tIndex(proc)); 
     832        } 
     833      } 
     834    } 
     835  } 
     836   
     837  /** tests if images split on T are ordered correctly */ 
     838  private void imagesInTczOrderTest(ImagePlus[] imps, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
     839  { 
     840    // unwind CZT loop : T pulled outside, CZ in order 
     841    for (int t = 0; t < sizeT; t++) { 
     842      ImagePlus imp = imps[t]; 
     843      xyzctTest(imp,sizeX,sizeY,sizeZ,sizeC,1); 
     844      stackTest(imp,sizeZ * sizeC); 
     845      ImageStack st = imp.getStack(); 
     846      int slice = 0; 
     847      for (int z = 0; z < sizeZ; z++) { 
     848        for (int c = 0; c < sizeC; c++) { 
     849          ImageProcessor proc = st.getProcessor(++slice); 
     850          // test the values 
     851          assertEquals(z,zIndex(proc)); 
     852          assertEquals(c,cIndex(proc)); 
     853          assertEquals(t,tIndex(proc)); 
     854        } 
     855      } 
     856    } 
     857  } 
     858   
    859859  /** tests that a set of images is ordered via Z first - used by concatSplit tests */ 
    860860  private void imageSeriesInZctOrderTest(ImagePlus[] imps, int numSeries, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    861861  { 
    862     // from ZCT order: Z pulled out, CT in order 
     862    // from CZT order: Z pulled out, CT in order 
    863863    for (int z = 0; z < sizeZ; z++) 
    864864    { 
     
    890890  private void imageSeriesInCztOrderTest(ImagePlus[] imps, int numSeries, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    891891  { 
    892     // from ZCT order: C pulled out, ZT in order 
     892    // from CZT order: C pulled out, ZT in order 
    893893    for (int c = 0; c < sizeC; c++) 
    894894    { 
     
    919919  private void imageSeriesInTczOrderTest(ImagePlus[] imps, int numSeries, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int sizeC, int sizeT) 
    920920  { 
    921     // from ZCT order: T pulled out, ZC in order 
     921    // from CZT order: T pulled out, CZ in order 
    922922    for (int t = 0; t < sizeT; t++) 
    923923    { 
     
    16581658    try { 
    16591659      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    1660       //options.setOpenAllSeries(true);  // TODO - added to see if needed for passing 
     1660      options.setOpenAllSeries(true);  // TODO - added to see if needed for passing 
    16611661      options.setConcatenate(true); 
    16621662      options.setSplitFocalPlanes(true); 
     
    16931693    try { 
    16941694      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    1695       //options.setOpenAllSeries(true);  // TODO - added to see if needed for passing 
     1695      options.setOpenAllSeries(true);  // TODO - added to see if needed for passing 
    16961696      options.setConcatenate(true); 
    16971697      options.setSplitChannels(true); 
     
    17281728    try { 
    17291729      ImporterOptions options = new ImporterOptions(); 
    1730       //options.setOpenAllSeries(true);  // TODO - added to see if needed for passing 
     1730      options.setOpenAllSeries(true);  // TODO - added to see if needed for passing 
    17311731      options.setConcatenate(true); 
    17321732      options.setSplitTimepoints(true); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.