Changeset 6655


Ignore:
Timestamp:
07/06/10 19:58:48 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Added MetadataLevel.NO_OVERLAYS, and updated readers accordingly.

Location:
trunk/components/bio-formats
Files:
75 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/FormatReader.java

    r6458 r6655  
    481481    Set<MetadataLevel> supportedLevels = new HashSet<MetadataLevel>(); 
    482482    supportedLevels.add(MetadataLevel.ALL); 
     483    supportedLevels.add(MetadataLevel.NO_OVERLAYS); 
    483484    supportedLevels.add(MetadataLevel.MINIMUM); 
    484485    return supportedLevels; 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/APLReader.java

    r6301 r6655  
    155155    // add full table to metadata hashtable 
    156156 
    157     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     157    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    158158      for (int i=1; i<rows.size(); i++) { 
    159159        String[] row = rows.get(i); 
     
    274274      store.setImageName(row[imageName], i); 
    275275 
    276       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     276      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    277277        // populate Dimensions data 
    278278 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ARFReader.java

    r6601 r6655  
    135135    core[0].metadataComplete = true; 
    136136 
    137     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     137    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    138138      // populate original metadata 
    139139 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/AliconaReader.java

    r6507 r6655  
    198198    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    199199 
    200     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     200    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    201201      // link Image and Instrument 
    202202      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/AmiraReader.java

    r6601 r6655  
    166166    // Note that Amira specifies a bounding box, not pixel sizes. 
    167167    // The bounding box is the range of the centre of the voxels 
    168     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     168    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    169169      double pixelWidth = (double) (parameters.x1 - parameters.x0) / 
    170170        (parameters.width - 1); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/AnalyzeReader.java

    r6495 r6655  
    169169    double voxelWidth = 0d, voxelHeight = 0d, sliceThickness = 0d, deltaT = 0d; 
    170170 
    171     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     171    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    172172      in.skipBytes(6); 
    173173 
     
    290290    store.setImageName(imageName, 0); 
    291291 
    292     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     292    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    293293      store.setImageDescription(description, 0); 
    294294      store.setPixelsPhysicalSizeX(voxelWidth * 0.001, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BDReader.java

    r6531 r6655  
    202202    IniList experiment = readMetaData(id); 
    203203 
    204     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     204    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    205205      objective = experiment.getTable("Geometry").get("Name"); 
    206206      IniTable camera = experiment.getTable("Camera"); 
     
    265265    MetadataStore store = makeFilterMetadata(); 
    266266    boolean populatePlanes = 
    267       getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL; 
     267      getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM; 
    268268    MetadataTools.populatePixels(store, this, populatePlanes); 
    269269 
     
    286286    } 
    287287 
    288     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     288    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
     289    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    289290      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
    290291      store.setInstrumentID(instrumentID, 0); 
     
    346347      store.setPlateDescription(plateDescription, 0); 
    347348 
    348       parseROIs(store); 
     349      if (level != MetadataLevel.NO_OVERLAYS) { 
     350        parseROIs(store); 
     351      } 
    349352    } 
    350353  } 
     
    381384      else if (filename.endsWith("RoiSummary.txt")) { 
    382385        roiFile = filename; 
    383         if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     386        if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    384387          RandomAccessInputStream s = new RandomAccessInputStream(filename); 
    385388          String line = s.readLine().trim(); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BMPReader.java

    r6495 r6655  
    250250    core[0].falseColor = false; 
    251251 
    252     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     252    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    253253      addGlobalMeta("Indexed color", palette != null); 
    254254      addGlobalMeta("Image width", getSizeX()); 
     
    283283    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    284284 
    285     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     285    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    286286      // resolution is stored as pixels per meter; we want to convert to 
    287287      // microns per pixel 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r6495 r6655  
    8383   */ 
    8484  protected void initStandardMetadata() throws FormatException, IOException { 
    85     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) { 
     85    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
    8686      return; 
    8787    } 
     
    395395    } 
    396396 
    397     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     397    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    398398      // populate Experimenter 
    399399      String artist = firstIFD.getIFDTextValue(IFD.ARTIST); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BioRadGelReader.java

    r6230 r6655  
    107107 
    108108    double physicalWidth = 0d, physicalHeight = 0d; 
    109     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     109    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    110110      in.seek(348 + skip - 8187); 
    111111      String scannerName = in.readCString(); 
     
    164164 
    165165    store.setImageAcquiredDate(date, 0); 
    166     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     166    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    167167      store.setPixelsPhysicalSizeX(physicalWidth / getSizeX(), 0); 
    168168      store.setPixelsPhysicalSizeY(physicalHeight / getSizeY(), 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r6531 r6655  
    313313    int lens = 0; 
    314314 
    315     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     315    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    316316      int merged = in.readShort(); 
    317317      int color1 = in.readShort(); 
     
    476476    store.setImageName(name, 0); 
    477477 
    478     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     478    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    479479      // link Instrument and Image 
    480480      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
     
    601601    for (int noteIndex=0; noteIndex<noteStrings.size(); noteIndex++) { 
    602602      Note n = noteStrings.get(noteIndex); 
    603       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     603      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    604604        switch (n.type) { 
    605605          case NOTE_TYPE_USER: 
     
    950950        } 
    951951 
    952         if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL && 
     952        if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM && 
    953953          values.length > 2) 
    954954        { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/BurleighReader.java

    r6230 r6655  
    108108    pixelsOffset = version == 1 ? 8 : 260; 
    109109 
    110     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     110    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    111111      double timePerPixel = 0d; 
    112112      int mode = 0, gain = 0, mag = 0; 
     
    176176    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    177177 
    178     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     178    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    179179      store.setPixelsPhysicalSizeX(xSize / getSizeX(), 0); 
    180180      store.setPixelsPhysicalSizeY(ySize / getSizeY(), 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/CellomicsReader.java

    r6230 r6655  
    120120    int pixelWidth = 0, pixelHeight = 0; 
    121121 
    122     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     122    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    123123      pixelWidth = in.readInt(); 
    124124      pixelHeight = in.readInt(); 
     
    157157    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    158158 
    159     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     159    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    160160      // physical dimensions are stored as pixels per meter - we want them 
    161161      // in microns per pixel 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r6635 r6655  
    201201        break; 
    202202      } 
    203       case ALL: { 
     203      case NO_OVERLAYS: 
     204      case ALL: 
    204205        initFileOld(id); 
    205206        break; 
    206       } 
    207207      default: { 
    208208        LOGGER.warn("Unsupported level: " + metadataLevel); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/DicomReader.java

    r6230 r6655  
    427427    in.seek(128); 
    428428    if (in.readString(4).equals("DICM")) { 
    429       if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     429      if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    430430        // header exists, so we'll read it 
    431431        in.seek(0); 
     
    690690    } 
    691691 
    692     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     692    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    693693      for (int i=0; i<core.length; i++) { 
    694694        store.setImageDescription(imageType, i); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FEIReader.java

    r6230 r6655  
    115115    LOGGER.info("Reading file header"); 
    116116 
    117     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     117    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    118118      in.skipBytes(44); 
    119119 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FV1000Reader.java

    r6534 r6655  
    464464    } 
    465465 
    466     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     466    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    467467      index = 1; 
    468468      IniTable guiChannel = f.getTable("GUI Channel " + index + " Parameters"); 
     
    637637      } 
    638638 
    639       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     639      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    640640        for (IniTable table : pty) { 
    641641          String[] keys = table.keySet().toArray(new String[table.size()]); 
     
    827827    } 
    828828 
    829     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     829    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    830830      populateMetadataStore(store, path); 
    831831    } 
     
    975975    store.setImageObjectiveSettingsID(objectiveID, 0); 
    976976 
    977     int nextROI = -1; 
    978  
    979     // populate ROI data - there is one ROI file per plane 
    980     for (int i=0; i<roiFilenames.size(); i++) { 
    981       if (i >= getImageCount()) break; 
    982       String filename = roiFilenames.get(new Integer(i)); 
    983       filename = sanitizeFile(filename, path); 
    984       nextROI = parseROIFile(filename, store, nextROI, i); 
     977    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.NO_OVERLAYS) { 
     978      int nextROI = -1; 
     979 
     980      // populate ROI data - there is one ROI file per plane 
     981      for (int i=0; i<roiFilenames.size(); i++) { 
     982        if (i >= getImageCount()) break; 
     983        String filename = roiFilenames.get(new Integer(i)); 
     984        filename = sanitizeFile(filename, path); 
     985        nextROI = parseROIFile(filename, store, nextROI, i); 
     986      } 
    985987    } 
    986988  } 
     
    10491051            store.setPointTheZ(new NonNegativeInteger(zIndex), nextROI, shape); 
    10501052            store.setPointTheT(new NonNegativeInteger(tIndex), nextROI, shape); 
    1051             store.setPointFontSize(new NonNegativeInteger(fontSize), nextROI, shape); 
     1053            store.setPointFontSize( 
     1054              new NonNegativeInteger(fontSize), nextROI, shape); 
    10521055            store.setPointStrokeWidth(new Double(lineWidth), nextROI, shape); 
    10531056 
     
    10691072                store.setRectangleHeight(new Double(height), nextROI, shape); 
    10701073 
    1071                 store.setRectangleTheZ(new NonNegativeInteger(zIndex), nextROI, shape); 
    1072                 store.setRectangleTheT(new NonNegativeInteger(tIndex), nextROI, shape); 
    1073                 store.setRectangleFontSize(new NonNegativeInteger(fontSize), nextROI, shape); 
     1074                store.setRectangleTheZ( 
     1075                  new NonNegativeInteger(zIndex), nextROI, shape); 
     1076                store.setRectangleTheT( 
     1077                  new NonNegativeInteger(tIndex), nextROI, shape); 
     1078                store.setRectangleFontSize( 
     1079                  new NonNegativeInteger(fontSize), nextROI, shape); 
    10741080                store.setRectangleStrokeWidth( 
    10751081                  new Double(lineWidth), nextROI, shape); 
     
    10931099            store.setLineTheZ(new NonNegativeInteger(zIndex), nextROI, shape); 
    10941100            store.setLineTheT(new NonNegativeInteger(tIndex), nextROI, shape); 
    1095             store.setLineFontSize(new NonNegativeInteger(fontSize), nextROI, shape); 
     1101            store.setLineFontSize( 
     1102              new NonNegativeInteger(fontSize), nextROI, shape); 
    10961103            store.setLineStrokeWidth(new Double(lineWidth), nextROI, shape); 
    10971104 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FlexReader.java

    r6458 r6655  
    464464    } 
    465465 
    466     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     466    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    467467      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
    468468      store.setInstrumentID(instrumentID, 0); 
     
    12751275        } 
    12761276      } 
    1277       else if (qName.equals("LightSource") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1277      else if (qName.equals("LightSource") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    12781278        parentQName = qName; 
    12791279        String type = attributes.getValue("LightSourceType"); 
     
    12831283      } 
    12841284      else if (qName.equals("LightSourceCombination") && 
    1285         level == MetadataLevel.ALL) 
     1285        level != MetadataLevel.MINIMUM) 
    12861286      { 
    12871287        lightSourceID = attributes.getValue("ID"); 
    12881288        lightSourceCombinationIDs.put(lightSourceID, new Vector<String>()); 
    12891289      } 
    1290       else if (qName.equals("LightSourceRef") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1290      else if (qName.equals("LightSourceRef") && level != MetadataLevel.MINIMUM) 
     1291      { 
    12911292        Vector<String> v = lightSourceCombinationIDs.get(lightSourceID); 
    12921293        if (v != null) { 
     
    12971298        } 
    12981299      } 
    1299       else if (qName.equals("Camera") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1300      else if (qName.equals("Camera") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    13001301        parentQName = qName; 
    13011302        String detectorID = MetadataTools.createLSID("Detector", 0, nextCamera); 
     
    13111312        nextCamera++; 
    13121313      } 
    1313       else if (qName.equals("Objective") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1314      else if (qName.equals("Objective") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    13141315        parentQName = qName; 
    13151316        nextObjective++; 
     
    13461347        nextImage++; 
    13471348 
    1348         if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     1349        if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    13491350          //Implemented for FLEX v1.7 and below 
    13501351          String x = attributes.getValue("CameraBinningX"); 
     
    13671368        } 
    13681369      } 
    1369       else if (qName.equals("Slider") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1370      else if (qName.equals("Slider") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    13701371        sliderName = attributes.getValue("Name"); 
    13711372      } 
    1372       else if (qName.equals("Filter") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1373      else if (qName.equals("Filter") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    13731374        String id = attributes.getValue("ID"); 
    13741375        if (sliderName.endsWith("Dichro")) { 
     
    13891390        } 
    13901391      } 
    1391       else if (qName.equals("FilterCombination") && level == MetadataLevel.ALL) 
     1392      else if (qName.equals("FilterCombination") && 
     1393        level != MetadataLevel.MINIMUM) 
    13921394      { 
    13931395        filterSet = "FilterSet:" + attributes.getValue("ID"); 
    13941396        filterSetMap.put(filterSet, new FilterGroup()); 
    13951397      } 
    1396       else if (qName.equals("SliderRef") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     1398      else if (qName.equals("SliderRef") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    13971399        String filterName = attributes.getValue("Filter"); 
    13981400        String slider = attributes.getValue("ID"); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r6495 r6655  
    155155    ras.order(isLittleEndian()); 
    156156 
    157     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     157    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    158158      put("Header Flag", ras.readShort()); 
    159159      put("Image Type", ras.read()); 
     
    191191    } 
    192192 
    193     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     193    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    194194      ras.skipBytes(4); // skip pointer to spatial position data 
    195195 
     
    307307    } 
    308308 
    309     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     309    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    310310      // cut up the comment, if necessary 
    311311      comment = ifds.get(0).getComment(); 
     
    333333    } 
    334334 
    335     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) { 
     335    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
    336336      return; 
    337337    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/GatanDM2Reader.java

    r6377 r6655  
    125125 
    126126    while (in.getFilePointer() < in.length()) { 
    127       if (level != MetadataLevel.ALL && date != null && 
     127      if (level == MetadataLevel.MINIMUM && date != null && 
    128128        time != null && name != null) 
    129129      { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/GatanReader.java

    r6495 r6655  
    196196    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    197197 
    198     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     198    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    199199      if (pixelSizes.size() > 0) { 
    200200        store.setPixelsPhysicalSizeX(pixelSizes.get(0), 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/GelReader.java

    r6495 r6655  
    164164    String prepTime = firstIFD.getIFDStringValue(MD_PREP_TIME); 
    165165 
    166     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     166    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    167167      String units = firstIFD.getIFDStringValue(MD_FILE_UNITS); 
    168168      String lab = firstIFD.getIFDStringValue(MD_LAB_NAME); 
     
    194194    } 
    195195 
    196     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     196    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    197197      Double pixelSize = new Double(scale.doubleValue()); 
    198198      store.setPixelsPhysicalSizeX(pixelSize, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/HISReader.java

    r6377 r6655  
    181181      in.skipBytes(50); 
    182182      String comment = in.readString(commentBytes); 
    183       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     183      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    184184        String[] data = comment.split(";"); 
    185185        for (String token : data) { 
     
    235235    store.setInstrumentID(instrumentID, 0); 
    236236 
    237     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     237    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    238238      for (int i=0; i<nSeries; i++) { 
    239239        store.setImageInstrumentRef(instrumentID, i); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ICSReader.java

    r6601 r6655  
    479479          if (v.equalsIgnoreCase("time resolved")) lifetime = true; 
    480480        } 
    481         else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     481        else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != 
     482          MetadataLevel.MINIMUM) 
     483        { 
    482484          if (k.equalsIgnoreCase("sensor s_params LambdaEm")) { 
    483485            String[] waves = v.split(" "); 
     
    755757    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    756758 
    757     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     759    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    758760      store.setImageDescription(description, 0); 
    759761 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r6601 r6655  
    186186    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    187187 
    188     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     188    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    189189      in.skipBytes(dataSize); 
    190190      parseTags(store); 
     
    277277        in.skipBytes(size); 
    278278      } 
    279       else if (tag.equals("roi ")) { 
     279      else if (tag.equals("roi ") && 
     280        getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.NO_OVERLAYS) 
     281      { 
    280282        // read in ROI information 
    281283 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/IPWReader.java

    r6601 r6655  
    166166        name.substring(name.lastIndexOf(File.separator) + 1); 
    167167 
    168       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     168      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    169169        if (relativePath.equals("CONTENTS")) { 
    170170          addGlobalMeta("Version", new String(poi.getDocumentBytes(name)).trim()); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ImaconReader.java

    r6495 r6655  
    127127    IFD firstIFD = ifds.get(0); 
    128128 
    129     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     129    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    130130      String xml = firstIFD.getIFDTextValue(XML_TAG).trim(); 
    131131      xml = xml.substring(xml.indexOf("<")); 
     
    167167    } 
    168168 
    169     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     169    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    170170      if (experimenterName == null) experimenterName = ""; 
    171171 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ImarisHDFReader.java

    r6601 r6655  
    254254    } 
    255255 
    256     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) return; 
     256    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
     257      return; 
     258    } 
    257259 
    258260    int cIndex = 0; 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r6601 r6655  
    154154    float[] pinholes = new float[getSizeC()]; 
    155155 
    156     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     156    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    157157      for (int i=0; i<getSizeC(); i++) { 
    158158        addGlobalMeta("Channel #" + i + " Comment", in.readString(128)); 
     
    199199    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    200200 
    201     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     201    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    202202      store.setImageDescription(description, 0); 
    203203 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ImarisTiffReader.java

    r6601 r6655  
    111111    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    112112 
    113     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     113    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    114114      String description = null, creationDate = null; 
    115115      Vector<Integer> emWave = new Vector<Integer>(); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ImprovisionTiffReader.java

    r6601 r6655  
    167167        } 
    168168 
    169         if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL && 
     169        if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM && 
    170170          coords[i][0] >= 0 && coords[i][1] >= 0 && coords[i][2] >= 0) 
    171171        { 
     
    175175    } 
    176176 
    177     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     177    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    178178      // determine average time per plane 
    179179 
     
    217217    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    218218 
    219     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     219    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    220220      store.setPixelsPhysicalSizeX(pixelSizeX, 0); 
    221221      store.setPixelsPhysicalSizeY(pixelSizeY, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/InCellReader.java

    r6531 r6655  
    346346    MetadataTools.populatePixels(store, this, true); 
    347347 
    348     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     348    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    349349      handler = new InCellHandler(store); 
    350350      XMLTools.parseXML(b, handler); 
     
    410410    } 
    411411 
    412     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     412    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    413413      // populate PlaneTiming data 
    414414 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/IvisionReader.java

    r6601 r6655  
    209209    imageOffset = in.getFilePointer(); 
    210210 
    211     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     211    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    212212      in.skipBytes(getSizeZ() * getSizeC() * getSizeT() * getSizeX() * 
    213213        getSizeY() * FormatTools.getBytesPerPixel(getPixelType())); 
     
    245245    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    246246 
    247     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     247    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    248248      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
    249249 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/JPKReader.java

    r6230 r6655  
    106106      core[s].dimensionOrder = "XYCZT"; 
    107107 
    108       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     108      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    109109        setSeries(s); 
    110110        for (Integer key : ifds.get(s).keySet()) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/L2DReader.java

    r6458 r6655  
    274274    } 
    275275 
    276     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     276    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    277277      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
    278278      store.setInstrumentID(instrumentID, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LEOReader.java

    r6495 r6655  
    9494    } 
    9595 
    96     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     96    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    9797      // physical sizes stored in meters 
    9898      xSize = Double.parseDouble(lines[3]) * 1000000; 
     
    118118    store.setImageAcquiredDate(date, 0); 
    119119 
    120     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     120    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    121121      store.setPixelsPhysicalSizeX(xSize, 0); 
    122122      store.setPixelsPhysicalSizeY(xSize, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaHandler.java

    r6531 r6655  
    186186      } 
    187187 
    188       if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     188      if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    189189        int nChannels = coreMeta.rgb ? 0 : numChannels; 
    190190 
     
    215215      detectorIndices.clear(); 
    216216    } 
    217     else if (qName.equals("Element") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     217    else if (qName.equals("Element") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    218218      multiBands.clear(); 
    219219      nextROI = 0; 
     
    237237      canParse = true; 
    238238    } 
    239     else if (qName.equals("Annotation") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     239    else if (qName.equals("Annotation") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    240240      roi.storeROI(store, numDatasets, nextROI++); 
    241241    } 
     
    270270    String value = attributes.getValue("Variant"); 
    271271    if (suffix == null) suffix = attributes.getValue("Description"); 
    272     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     272    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    273273      if (suffix != null && value != null) { 
    274274        int index = 1; 
     
    295295    } 
    296296    else if (qName.equals("Image")) { 
    297       if (!linkedInstruments && level == MetadataLevel.ALL) { 
     297      if (!linkedInstruments && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    298298        int c = 0; 
    299299        for (Detector d : detectors) { 
     
    355355      extras = 1; 
    356356    } 
    357     else if (qName.equals("Attachment") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     357    else if (qName.equals("Attachment") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    358358      if ("ContextDescription".equals(attributes.getValue("Name"))) { 
    359359        store.setImageDescription(attributes.getValue("Content"), numDatasets); 
     
    458458      count++; 
    459459    } 
    460     else if (qName.equals("ScannerSettingRecord") && level == MetadataLevel.ALL) 
     460    else if (qName.equals("ScannerSettingRecord") && 
     461      level != MetadataLevel.MINIMUM) 
    461462    { 
    462463      String id = attributes.getValue("Identifier"); 
     
    512513      } 
    513514    } 
    514     else if (qName.equals("FilterSettingRecord") && level == MetadataLevel.ALL) 
     515    else if (qName.equals("FilterSettingRecord") && 
     516      level != MetadataLevel.MINIMUM) 
    515517    { 
    516518      String object = attributes.getValue("ObjectName"); 
     
    659661      } 
    660662    } 
    661     else if (qName.equals("Detector") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     663    else if (qName.equals("Detector") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    662664      String v = attributes.getValue("Gain"); 
    663665      Double gain = v == null ? null : new Double(v); 
     
    746748      } 
    747749    } 
    748     else if (qName.equals("LaserLineSetting") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     750    else if (qName.equals("LaserLineSetting") && level != MetadataLevel.MINIMUM) 
     751    { 
    749752      Laser l = new Laser(); 
    750753      String lineIndex = attributes.getValue("LineIndex"); 
     
    796799        store.setPlaneDeltaT(0.0, numDatasets, count); 
    797800      } 
    798       else if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     801      else if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    799802        CoreMetadata coreMeta = core.get(numDatasets); 
    800803        int nImages = coreMeta.sizeZ * coreMeta.sizeT * coreMeta.sizeC; 
     
    807810      count++; 
    808811    } 
    809     else if (qName.equals("RelTimeStamp") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     812    else if (qName.equals("RelTimeStamp") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    810813      CoreMetadata coreMeta = core.get(numDatasets); 
    811814      int nImages = coreMeta.sizeZ * coreMeta.sizeT * coreMeta.sizeC; 
     
    815818      } 
    816819    } 
    817     else if (qName.equals("Annotation") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     820    else if (qName.equals("Annotation") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    818821      roi = new ROI(); 
    819822      String type = attributes.getValue("type"); 
     
    833836      roi.text = attributes.getValue("text"); 
    834837    } 
    835     else if (qName.equals("Vertex") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     838    else if (qName.equals("Vertex") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    836839      String x = attributes.getValue("x"); 
    837840      String y = attributes.getValue("y"); 
     
    848851      alternateCenter = true; 
    849852    } 
    850     else if (qName.equals("MultiBand") && level == MetadataLevel.ALL) { 
     853    else if (qName.equals("MultiBand") && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    851854      MultiBand m = new MultiBand(); 
    852855      m.dyeName = attributes.getValue("DyeName"); 
     
    915918 
    916919    public void storeROI(MetadataStore store, int series, int roi) { 
     920      if (level == MetadataLevel.NO_OVERLAYS || level == MetadataLevel.MINIMUM) 
     921      { 
     922        return; 
     923      } 
     924 
    917925      // keep in mind that vertices are given relative to the center 
    918926      // point of the ROI and the transX/transY values are relative to 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r6645 r6655  
    519519          parseDimensionTag(i); 
    520520        } 
    521         else if (key.equals(TIMEINFO) && metadataLevel == MetadataLevel.ALL) { 
     521        else if (key.equals(TIMEINFO) && metadataLevel != MetadataLevel.MINIMUM) 
     522        { 
    522523          parseTimeTag(i); 
    523524        } 
    524         else if (key.equals(EXPERIMENT) && metadataLevel == MetadataLevel.ALL) { 
     525        else if (key.equals(EXPERIMENT) && 
     526          metadataLevel != MetadataLevel.MINIMUM) 
     527        { 
    525528          parseExperimentTag(); 
    526529        } 
     
    528531          parseLUT(i); 
    529532        } 
    530         else if (key.equals(CHANDESC) && metadataLevel == MetadataLevel.ALL) { 
     533        else if (key.equals(CHANDESC) && metadataLevel != MetadataLevel.MINIMUM) 
     534        { 
    531535          parseChannelTag(); 
    532536        } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LiFlimReader.java

    r6371 r6655  
    279279    version = infoTable.get(VERSION_KEY); 
    280280    compression = infoTable.get(COMPRESSION_KEY); 
    281  
    282     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     281    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
     282 
     283    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    283284      // add all INI entries to the global metadata list 
    284285      for (IniTable table : ini) { 
     
    297298            numRegions = Integer.parseInt(value); 
    298299          } 
    299           else if (metaKey.startsWith("ROI: ROI")) { 
     300          else if (metaKey.startsWith("ROI: ROI") && 
     301            level != MetadataLevel.NO_OVERLAYS) 
     302          { 
    300303            int start = metaKey.lastIndexOf("ROI") + 3; 
    301304            int end = metaKey.indexOf(" ", start); 
     
    409412    } 
    410413 
    411     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) { 
     414    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
    412415      return; 
    413416    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MIASReader.java

    r6630 r6655  
    605605 
    606606    if (resultFile != null && 
    607       getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) 
     607      getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) 
    608608    { 
    609609      String[] cols = null; 
     
    691691    } 
    692692 
    693     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     693    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
     694 
     695    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    694696      store.setExperimentID("Experiment:" + experiment.getName(), 0); 
    695697      store.setExperimentType(getExperimentType("Other"), 0); 
     
    714716      } 
    715717 
    716       // populate image-level ROIs 
    717       Integer[] colors = new Integer[getSizeC()]; 
    718       int nextROI = 0; 
    719       for (AnalysisFile af : analysisFiles) { 
    720         String file = af.filename; 
    721         String name = new Location(file).getName(); 
    722         if (!name.startsWith("Well")) continue; 
    723  
    724         int[] position = getPositionFromFile(file); 
    725         int well = position[0]; 
    726  
    727         if (name.endsWith("detail.txt")) { 
    728           String data = DataTools.readFile(file); 
    729           String[] lines = data.split("\n"); 
    730           int start = 0; 
    731           while (start < lines.length && !lines[start].startsWith("Label")) { 
    732             start++; 
     718      if (level != MetadataLevel.NO_OVERLAYS) { 
     719        // populate image-level ROIs 
     720        Integer[] colors = new Integer[getSizeC()]; 
     721        int nextROI = 0; 
     722        for (AnalysisFile af : analysisFiles) { 
     723          String file = af.filename; 
     724          String name = new Location(file).getName(); 
     725          if (!name.startsWith("Well")) continue; 
     726 
     727          int[] position = getPositionFromFile(file); 
     728          int well = position[0]; 
     729 
     730          if (name.endsWith("detail.txt")) { 
     731            String data = DataTools.readFile(file); 
     732            String[] lines = data.split("\n"); 
     733            int start = 0; 
     734            while (start < lines.length && !lines[start].startsWith("Label")) { 
     735              start++; 
     736            } 
     737            if (start >= lines.length) continue; 
     738 
     739            String[] columns = lines[start].split("\t"); 
     740            List<String> columnNames = Arrays.asList(columns); 
     741 
     742            for (int j=start+1; j<lines.length; j++) { 
     743              populateROI(columnNames, lines[j].split("\t"), well, 
     744                nextROI++, position[1], position[2], store); 
     745            } 
    733746          } 
    734           if (start >= lines.length) continue; 
    735  
    736           String[] columns = lines[start].split("\t"); 
    737           List<String> columnNames = Arrays.asList(columns); 
    738  
    739           for (int j=start+1; j<lines.length; j++) { 
    740             populateROI(columnNames, lines[j].split("\t"), well, 
    741               nextROI++, position[1], position[2], store); 
     747          else if (name.endsWith("AllModesOverlay.tif")) { 
     748            // original color for each channel is stored in 
     749            // results/Well<nnnn>_mode<n>_z<nnn>_t<nnn>_AllModesOverlay.tif 
     750            if (colors[position[3]] != null) continue; 
     751            try { 
     752              colors[position[3]] = getChannelColorFromFile(file); 
     753            } 
     754            catch (IOException e) { } 
     755            if (colors[position[3]] == null) continue; 
     756 
     757            for (int s=0; s<getSeriesCount(); s++) { 
     758              store.setChannelColor(colors[position[3]], s, position[3]); 
     759            } 
     760            if (position[3] == 0) { 
     761              nextROI += parseMasks(store, well, nextROI, file); 
     762            } 
    742763          } 
    743         } 
    744         else if (name.endsWith("AllModesOverlay.tif")) { 
    745           // original color for each channel is stored in 
    746           // results/Well<nnnn>_mode<n>_z<nnn>_t<nnn>_AllModesOverlay.tif 
    747           if (colors[position[3]] != null) continue; 
    748           try { 
    749             colors[position[3]] = getChannelColorFromFile(file); 
    750           } 
    751           catch (IOException e) { } 
    752           if (colors[position[3]] == null) continue; 
    753  
    754           for (int s=0; s<getSeriesCount(); s++) { 
    755             store.setChannelColor(colors[position[3]], s, position[3]); 
    756           } 
    757           if (position[3] == 0) { 
     764          else if (name.endsWith("overlay.tif")) { 
    758765            nextROI += parseMasks(store, well, nextROI, file); 
    759766          } 
    760         } 
    761         else if (name.endsWith("overlay.tif")) { 
    762           nextROI += parseMasks(store, well, nextROI, file); 
    763767        } 
    764768      } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MINCReader.java

    r6230 r6655  
    108108    } 
    109109 
    110     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     110    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    111111      Vector<String> variableList = netcdf.getVariableList(); 
    112112 
     
    155155    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    156156 
    157     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     157    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    158158      store.setImageDescription(netcdf.getAttributeValue("/history"), 0); 
    159159    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MRCReader.java

    r6230 r6655  
    153153    double xSize = 0d, ySize = 0d, zSize = 0d; 
    154154 
    155     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     155    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    156156      int mx = in.readInt(); 
    157157      int my = in.readInt(); 
     
    188188    extHeaderSize = in.readInt(); 
    189189 
    190     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     190    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    191191      in.skipBytes(64); 
    192192 
     
    231231    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    232232 
    233     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     233    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    234234      store.setPixelsPhysicalSizeX(xSize, 0); 
    235235      store.setPixelsPhysicalSizeY(ySize, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MRWReader.java

    r6230 r6655  
    196196      } 
    197197      else if (blockName.endsWith("TTW") && 
    198         getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) 
     198        getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) 
    199199      { 
    200200        byte[] b = new byte[len]; 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MetadataLevel.java

    r6074 r6655  
    3535 
    3636  MINIMUM, 
     37  NO_OVERLAYS, 
    3738  ALL; 
    3839 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r6527 r6655  
    513513      store.setImageName(makeImageName(i), i); 
    514514 
    515       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) { 
     515      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
    516516        continue; 
    517517      } 
     
    658658    setSeries(0); 
    659659 
    660     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     660    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    661661      store.setDetectorID(detectorID, 0, 0); 
    662662      store.setDetectorZoom(zoom, 0, 0); 
     
    686686      mmPlanes = uic4tagEntry.getValueCount(); 
    687687      parseUIC2Tags(uic2tagEntry.getValueOffset()); 
    688       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     688      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    689689        parseUIC4Tags(uic4tagEntry.getValueOffset()); 
    690690        parseUIC1Tags(uic1tagEntry.getValueOffset(), 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MetamorphTiffReader.java

    r6495 r6655  
    121121    store.setImageAcquiredDate(date, 0); 
    122122 
    123     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     123    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    124124      for (int i=0; i<timestamps.size(); i++) { 
    125125        long timestamp = DateTools.getTime(timestamps.get(i), DATE_FORMAT); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MicromanagerReader.java

    r6501 r6655  
    417417    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    418418 
    419     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     419    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    420420      store.setImageDescription(comment, 0); 
    421421 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MolecularImagingReader.java

    r6230 r6655  
    150150    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    151151 
    152     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     152    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    153153      store.setPixelsPhysicalSizeX(pixelSizeX, 0); 
    154154      store.setPixelsPhysicalSizeY(pixelSizeY, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/NRRDReader.java

    r6601 r6655  
    269269    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    270270 
    271     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     271    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    272272      for (int i=0; i<pixelSizes.length; i++) { 
    273273        Double d = new Double(pixelSizes[i].trim()); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/NativeND2Reader.java

    r6531 r6655  
    329329          skip = 0; 
    330330        } 
    331         else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     331        else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != 
     332          MetadataLevel.MINIMUM) 
     333        { 
    332334          if (blockType.startsWith("CustomData|A")) { 
    333335            customDataOffsets.add(new Long(fp)); 
     
    548550      // read first CustomData block 
    549551 
    550       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     552      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    551553        if (customDataOffsets.size() > 0) { 
    552554          in.seek(customDataOffsets.get(0).longValue()); 
     
    10761078    // populate ROI data 
    10771079 
     1080    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.NO_OVERLAYS) { 
     1081      return; 
     1082    } 
    10781083    for (int r=0; r<rois.size(); r++) { 
    10791084      Hashtable<String, String> roi = rois.get(r); 
     
    10811086 
    10821087      if (type.equals("Text")) { 
    1083         store.setTextFontSize(NonNegativeInteger.valueOf(roi.get("fHeight")), r, 0); 
     1088        store.setTextFontSize( 
     1089          NonNegativeInteger.valueOf(roi.get("fHeight")), r, 0); 
    10841090        store.setTextValue(roi.get("eval-text"), r, 0); 
    10851091        store.setTextStrokeWidth(new Double(roi.get("line-width")), r, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/NiftiReader.java

    r6601 r6655  
    219219    pixelOffset = (int) in.readFloat(); 
    220220 
    221     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     221    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    222222      populateExtendedMetadata(); 
    223223    } 
     
    242242    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    243243 
    244     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     244    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    245245      store.setImageDescription(description, 0); 
    246246      store.setPixelsPhysicalSizeX(new Double(voxelWidth), 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/NikonTiffReader.java

    r6531 r6655  
    103103    super.initStandardMetadata(); 
    104104 
    105     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) return; 
     105    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
     106      return; 
     107    } 
    106108 
    107109    filterModels = new Vector<String>(); 
     
    211213    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    212214 
    213     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     215    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    214216      store.setImageDescription("", 0); 
    215217 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r6601 r6655  
    424424        imagesFound++; 
    425425      } 
    426       else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     426      else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) 
     427      { 
    427428        if (tag == CALIBRATION) { 
    428429          in.skipBytes(4); 
     
    556557 
    557558    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
    558     boolean planeInfoNeeded = level == MetadataLevel.ALL && 
     559    boolean planeInfoNeeded = level != MetadataLevel.MINIMUM && 
    559560      (xPos != null || yPos != null || zPos != null); 
    560561 
     
    562563    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    563564 
    564     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     565    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    565566      // populate MetadataStore 
    566567 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/OxfordInstrumentsReader.java

    r6230 r6655  
    135135    headerSize = in.getFilePointer(); 
    136136 
    137     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     137    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    138138      in.skipBytes(FormatTools.getPlaneSize(this)); 
    139139 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/PCIReader.java

    r6495 r6655  
    215215        creationDate = DateTools.convertDate(date, DateTools.COBOL); 
    216216      } 
    217       else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     217      else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) 
     218      { 
    218219        if (relativePath.equals("Binning")) { 
    219220          binning = (int) stream.readDouble(); 
     
    285286    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    286287 
    287     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     288    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    288289      store.setPixelsPhysicalSizeX(scaleFactor, 0); 
    289290      store.setPixelsPhysicalSizeY(scaleFactor, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r6495 r6655  
    536536    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    537537 
    538     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     538    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    539539      // populate Dimensions element 
    540540      store.setPixelsPhysicalSizeX(pixelSizeX, 0); 
     
    732732 
    733733  private void parseCSVFile(String csvFile) throws IOException { 
    734     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) return; 
     734    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
     735      return; 
     736    } 
    735737    String[] tokens = DataTools.readFile(csvFile).split("\\s"); 
    736738    Vector<String> tmp = new Vector<String>(); 
     
    767769 
    768770  private void parseZpoFile(String zpoFile) throws IOException { 
    769     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) return; 
     771    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
     772      return; 
     773    } 
    770774    String[] tokens = DataTools.readFile(zpoFile).split("\\s"); 
    771775    for (int t=0; t<tokens.length; t++) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r6377 r6655  
    281281        else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    282282 
    283         if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     283        if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    284284          // link Instrument and Image 
    285285          String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/QuesantReader.java

    r6230 r6655  
    121121    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    122122 
    123     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     123    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    124124      store.setImageDescription(comment, 0); 
    125125      store.setPixelsPhysicalSizeX((double) xSize / getSizeX(), 0); 
     
    132132  private void readVariable() throws IOException { 
    133133    String code = in.readString(4); 
    134     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL && 
     134    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM && 
    135135      !code.equals("IMAG")) 
    136136    { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/RHKReader.java

    r6487 r6655  
    196196    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    197197    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    198     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     198    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    199199      store.setPixelsPhysicalSizeX(xScale, 0); 
    200200      store.setPixelsPhysicalSizeY(yScale, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SBIGReader.java

    r6230 r6655  
    186186    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    187187 
    188     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     188    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    189189      store.setPixelsPhysicalSizeX(sizeX, 0); 
    190190      store.setPixelsPhysicalSizeY(sizeY, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SEQReader.java

    r6601 r6655  
    8484    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
    8585    for (IFD ifd : ifds) { 
    86       if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     86      if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    8787        short[] tag1 = (short[]) ifd.getIFDValue(IMAGE_PRO_TAG_1); 
    8888 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SVSReader.java

    r6406 r6655  
    9797      core[i] = new CoreMetadata(); 
    9898 
    99       if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     99      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    100100        String comment = ifds.get(i).getComment(); 
    101101        String[] lines = comment.split("\n"); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ScanrReader.java

    r6461 r6655  
    447447    } 
    448448 
    449     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     449    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    450450      // populate LogicalChannel data 
    451451 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SeikoReader.java

    r6230 r6655  
    8383    double xSize = 0d, ySize = 0d; 
    8484 
    85     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     85    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    8686      in.seek(40); 
    8787      comment = in.readCString(); 
     
    112112    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, currentId, 0); 
    113113 
    114     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     114    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    115115      store.setImageDescription(comment, 0); 
    116116      store.setPixelsPhysicalSizeX(xSize, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r6566 r6655  
    524524    } 
    525525 
    526     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     526    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    527527      // link Instrument and Image 
    528528      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TCSReader.java

    r6495 r6655  
    364364    String comment = ifds.get(0).getComment(); 
    365365    if (comment != null && comment.startsWith("[") && 
    366       getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) 
     366      getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) 
    367367    { 
    368368      String[] lines = comment.split("\n"); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TargaReader.java

    r6230 r6655  
    237237 
    238238    MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, id, 0); 
    239     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     239    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    240240      store.setImageDescription(identification, 0); 
    241241    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TiffReader.java

    r6495 r6655  
    121121 
    122122    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
    123     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     123    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    124124      Integer[] tags = ifds.get(0).keySet().toArray(new Integer[0]); 
    125125      for (Integer tag : tags) { 
     
    156156    // check for MetaMorph-style TIFF comment 
    157157    boolean metamorph = checkCommentMetamorph(comment); 
    158     if (metamorph && level == MetadataLevel.ALL) parseCommentMetamorph(comment); 
     158    if (metamorph && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
     159      parseCommentMetamorph(comment); 
     160    } 
    159161    put("MetaMorph", metamorph ? "yes" : "no"); 
    160162 
    161163    // check for other INI-style comment 
    162     if (!ij && !metamorph && level == MetadataLevel.ALL) { 
     164    if (!ij && !metamorph && level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    163165      parseCommentGeneric(comment); 
    164166    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TillVisionReader.java

    r6567 r6655  
    383383        core[i].pixelType = convertPixelType(dataType); 
    384384 
    385         if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     385        if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    386386          for (IniTable table : data) { 
    387387            for (String key : table.keySet()) { 
     
    428428    } 
    429429 
    430     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     430    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    431431      for (int i=0; i<getSeriesCount(); i++) { 
    432432        // populate PlaneTiming data 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TopometrixReader.java

    r6487 r6655  
    125125    double adc = 0d, dacToWorldZero = 0d; 
    126126 
    127     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     127    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    128128      in.skipBytes(10); 
    129129      if (version == 5) { 
     
    179179      new String[] {"MM/dd/yy HH:mm:ss", "MM/dd/yyyy HH:mm:ss"}), 0); 
    180180 
    181     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     181    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    182182      store.setPixelsPhysicalSizeX((double) xSize / getSizeX(), 0); 
    183183      store.setPixelsPhysicalSizeY((double) ySize / getSizeY(), 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/UnisokuReader.java

    r6230 r6655  
    145145            FormatTools.pixelTypeFromBytes(bytes, signed, bytes == 4); 
    146146        } 
    147         else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     147        else if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != 
     148          MetadataLevel.MINIMUM) 
     149        { 
    148150          if (key.equals(":sample name")) { 
    149151            imageName = value; 
     
    188190    store.setImageAcquiredDate(date, 0); 
    189191 
    190     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     192    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    191193      store.setImageDescription(remark, 0); 
    192194      store.setPixelsPhysicalSizeX(pixelSizeX, 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/WATOPReader.java

    r6230 r6655  
    9292 
    9393    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
    94     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     94    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    9595      in.seek(49); 
    9696      comment = in.readString(33); 
     
    115115    core[0].sizeY = in.readInt(); 
    116116 
    117     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     117    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    118118      double tunnelCurrent = in.readInt() / 1000d; 
    119119      double sampleVolts = in.readInt() / 1000d; 
     
    148148    store.setImageAcquiredDate(date, 0); 
    149149 
    150     if (level == MetadataLevel.ALL) { 
     150    if (level != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    151151      store.setImageDescription(comment, 0); 
    152152      store.setPixelsPhysicalSizeX((double) xSize / getSizeX(), 0); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r6531 r6655  
    518518    } 
    519519 
    520     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     520    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    521521      ras.seek(0); 
    522522      addSeriesMeta("MagicNumber ", ras.readInt()); 
     
    650650    } 
    651651 
    652     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     652    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    653653      int spectralScan = ras.readShort(); 
    654654      if (spectralScan != 1) { 
     
    700700      overlayOffsets[8] = ras.readInt(); 
    701701 
    702       for (int i=0; i<overlayOffsets.length; i++) { 
    703         parseOverlays(series, overlayOffsets[i], overlayKeys[i], store); 
     702      if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.NO_OVERLAYS) 
     703      { 
     704        for (int i=0; i<overlayOffsets.length; i++) { 
     705          parseOverlays(series, overlayOffsets[i], overlayKeys[i], store); 
     706        } 
    704707      } 
    705708 
     
    875878    imageNames.add(imageName); 
    876879 
    877     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     880    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    878881      Double pixX = new Double(pixelSizeX); 
    879882      Double pixY = new Double(pixelSizeY); 
     
    913916    throws FormatException 
    914917  { 
    915     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) { 
     918    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.MINIMUM) { 
    916919      return; 
    917920    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r6531 r6655  
    688688    else MetadataTools.setDefaultCreationDate(store, getCurrentFile(), 0); 
    689689 
    690     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() == MetadataLevel.ALL) { 
     690    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    691691      // link Instrument and Image 
    692692      String instrumentID = MetadataTools.createLSID("Instrument", 0); 
     
    995995    throws IOException 
    996996  { 
    997     if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.ALL) { 
     997    MetadataLevel level = getMetadataOptions().getMetadataLevel(); 
     998    if (level == MetadataLevel.MINIMUM || level == MetadataLevel.NO_OVERLAYS) { 
    998999      return; 
    9991000    } 
  • trunk/components/bio-formats/test/loci/formats/utests/MetadataConfigurableTest.java

    r6485 r6655  
    3535import loci.formats.FormatException; 
    3636import loci.formats.ImageReader; 
     37import loci.formats.MetadataTools; 
    3738import loci.formats.in.DefaultMetadataOptions; 
    3839import loci.formats.in.MetadataLevel; 
     40import loci.formats.meta.IMetadata; 
    3941 
    4042import org.testng.annotations.BeforeClass; 
     
    5355  private ImageReader pixelsOnly; 
    5456  private ImageReader all; 
     57  private ImageReader noOverlays; 
    5558  private String id; 
    5659 
     
    6265    all = new ImageReader(); 
    6366    all.setMetadataOptions(new DefaultMetadataOptions(MetadataLevel.ALL)); 
     67    noOverlays = new ImageReader(); 
     68    noOverlays.setMetadataOptions( 
     69      new DefaultMetadataOptions(MetadataLevel.NO_OVERLAYS)); 
    6470    id = System.getProperty(FILENAME_PROPERTY); 
    6571  } 
     
    8288    System.err.println(String.format("Pixels only: %d -- All: %d", 
    8389      t1 - t0, t2 - t1)); 
     90 
     91    IMetadata metadata = MetadataTools.createOMEXMLMetadata(); 
     92    noOverlays.setMetadataStore(metadata); 
     93    noOverlays.setId(id); 
     94    assertEquals(MetadataLevel.NO_OVERLAYS, 
     95      noOverlays.getMetadataOptions().getMetadataLevel()); 
     96    assertEquals(metadata.getROICount(), 0); 
    8497  } 
    8598 
     
    87100  public void testDimensions() { 
    88101    assertEquals(all.getSeriesCount(), pixelsOnly.getSeriesCount()); 
     102    assertEquals(all.getSeriesCount(), noOverlays.getSeriesCount()); 
    89103    for (int i=0; i<pixelsOnly.getSeriesCount(); i++) { 
    90104      all.setSeries(i); 
    91105      pixelsOnly.setSeries(i); 
     106      noOverlays.setSeries(i); 
    92107 
    93108      assertEquals(all.getSizeX(), pixelsOnly.getSizeX()); 
     
    99114      assertEquals(all.isLittleEndian(), pixelsOnly.isLittleEndian()); 
    100115      assertEquals(all.isIndexed(), pixelsOnly.isIndexed()); 
     116 
     117      assertEquals(all.getSizeX(), noOverlays.getSizeX()); 
     118      assertEquals(all.getSizeY(), noOverlays.getSizeY()); 
     119      assertEquals(all.getSizeZ(), noOverlays.getSizeZ()); 
     120      assertEquals(all.getSizeC(), noOverlays.getSizeC()); 
     121      assertEquals(all.getSizeT(), noOverlays.getSizeT()); 
     122      assertEquals(all.getPixelType(), noOverlays.getPixelType()); 
     123      assertEquals(all.isLittleEndian(), noOverlays.isLittleEndian()); 
     124      assertEquals(all.isIndexed(), noOverlays.isIndexed()); 
    101125    } 
    102126  } 
     
    107131      pixelsOnly.setSeries(i); 
    108132      all.setSeries(i); 
     133      noOverlays.setSeries(i); 
    109134      assertEquals(all.getImageCount(), pixelsOnly.getImageCount()); 
     135      assertEquals(all.getImageCount(), noOverlays.getImageCount()); 
    110136      for (int j=0; j<pixelsOnly.getImageCount(); j++) { 
    111137        byte[] pixelsOnlyPlane = pixelsOnly.openBytes(j); 
     
    113139        byte[] allPlane = all.openBytes(j); 
    114140        String allSHA1 = sha1(allPlane); 
     141        byte[] noOverlaysPlane = noOverlays.openBytes(j); 
     142        String noOverlaysSHA1 = sha1(noOverlaysPlane); 
    115143 
    116144        if (!pixelsOnlySHA1.equals(allSHA1)) { 
    117145          fail(String.format("MISMATCH: Series:%d Image:%d PixelsOnly%s All:%s", 
    118146            i, j, pixelsOnlySHA1, allSHA1)); 
     147        } 
     148        if (!noOverlaysSHA1.equals(allSHA1)) { 
     149          fail(String.format("MISMATCH: Series:%d Image:%d PixelsOnly%s All:%s", 
     150            i, j, noOverlaysSHA1, allSHA1)); 
    119151        } 
    120152      } 
     
    127159      pixelsOnly.setSeries(i); 
    128160      all.setSeries(i); 
     161      noOverlays.setSeries(i); 
    129162 
    130163      String[] pixelsOnlyFiles = pixelsOnly.getSeriesUsedFiles(); 
    131164      String[] allFiles = all.getSeriesUsedFiles(); 
     165      String[] noOverlaysFiles = noOverlays.getSeriesUsedFiles(); 
    132166 
    133167      assertEquals(allFiles.length, pixelsOnlyFiles.length); 
     168      assertEquals(allFiles.length, noOverlaysFiles.length); 
    134169 
    135170      Arrays.sort(allFiles); 
    136171      Arrays.sort(pixelsOnlyFiles); 
     172      Arrays.sort(noOverlaysFiles); 
    137173 
    138174      for (int j=0; j<pixelsOnlyFiles.length; j++) { 
    139175        assertEquals(allFiles[j], pixelsOnlyFiles[j]); 
     176        assertEquals(allFiles[j], noOverlaysFiles[j]); 
    140177      } 
    141178    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.