Changeset 6760


Ignore:
Timestamp:
08/02/10 17:30:13 (9 years ago)
Author:
curtis
Message:

Remove tabs.

Location:
trunk/components/ome-io/src/loci/ome/io
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/ome-io/src/loci/ome/io/OMEWriter.java

    r6759 r6760  
    377377  /* @see loci.formats.IFormatWriter#canDoStacks(String) */ 
    378378  @Override 
    379         public boolean canDoStacks() { return true; } 
     379  public boolean canDoStacks() { return true; } 
    380380 
    381381  // -- IFormatHandler API methods -- 
     
    383383  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
    384384  @Override 
    385         public void close() throws IOException { 
     385  public void close() throws IOException { 
    386386    try { 
    387387      r.exec("rc.logout()"); 
  • trunk/components/ome-io/src/loci/ome/io/OmeroReader.java

    r6759 r6760  
    109109 
    110110    final byte[] plane; 
    111                 try { 
    112                         plane = store.getPlane(zct[0], zct[1], zct[2]); 
    113                 } 
    114                 catch (ServerError e) { 
    115                         throw new FormatException(e); 
    116                 } 
     111    try { 
     112      plane = store.getPlane(zct[0], zct[1], zct[2]); 
     113    } 
     114    catch (ServerError e) { 
     115      throw new FormatException(e); 
     116    } 
    117117 
    118118    final int len = getSizeX() * getSizeY() * 
     
    183183    } 
    184184 
    185                 try { 
    186             // authenticate with OMERO server 
    187  
    188             LOGGER.info("Logging in"); 
    189  
    190             omero.client client = new omero.client(server, port); 
    191                         final ServiceFactoryPrx serviceFactory = client.createSession(user, pass); 
    192  
    193             // get raw pixels store and pixels 
    194  
    195             store = serviceFactory.createRawPixelsStore(); 
    196             store.setPixelsId(pid, false); 
    197  
    198             final GatewayPrx gateway = serviceFactory.createGateway(); 
    199             pix = gateway.getPixels(pid); 
    200             final int sizeX = pix.getSizeX().getValue(); 
    201             final int sizeY = pix.getSizeY().getValue(); 
    202             final int sizeZ = pix.getSizeZ().getValue(); 
    203             final int sizeC = pix.getSizeC().getValue(); 
    204             final int sizeT = pix.getSizeT().getValue(); 
    205             final String pixelType = pix.getPixelsType().getValue().getValue(); 
    206  
    207             // populate metadata 
    208  
    209             LOGGER.info("Populating metadata"); 
    210  
    211             core[0].sizeX = sizeX; 
    212             core[0].sizeY = sizeY; 
    213             core[0].sizeZ = sizeZ; 
    214             core[0].sizeC = sizeC; 
    215             core[0].sizeT = sizeT; 
    216             core[0].rgb = false; 
    217             core[0].littleEndian = false; 
    218             core[0].dimensionOrder = "XYZCT"; 
    219             core[0].imageCount = sizeZ * sizeC * sizeT; 
    220             core[0].pixelType = FormatTools.pixelTypeFromString(pixelType); 
    221  
    222             // CTR TODO this is wrong 
    223             double px = pix.getSizeX().getValue(); 
    224             double py = pix.getSizeY().getValue(); 
    225             double pz = pix.getSizeZ().getValue(); 
    226  
    227             Image image = pix.getImage(); 
    228  
    229             String name = image.getName().getValue(); 
    230             String description = image.getDescription().getValue(); 
    231  
    232             MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    233             store.setImageName(name, 0); 
    234             store.setImageDescription(description, 0); 
    235             MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    236  
    237             store.setPixelsPhysicalSizeX(new Double(px), 0); 
    238             store.setPixelsPhysicalSizeY(new Double(py), 0); 
    239             store.setPixelsPhysicalSizeZ(new Double(pz), 0); 
    240                 } 
    241                 catch (CannotCreateSessionException e) { 
    242                         throw new FormatException(e); 
    243                 } 
    244                 catch (PermissionDeniedException e) { 
    245                         throw new FormatException(e); 
    246                 } 
    247                 catch (ServerError e) { 
    248                         throw new FormatException(e); 
    249                 } 
     185    try { 
     186      // authenticate with OMERO server 
     187 
     188      LOGGER.info("Logging in"); 
     189 
     190      omero.client client = new omero.client(server, port); 
     191      final ServiceFactoryPrx serviceFactory = client.createSession(user, pass); 
     192 
     193      // get raw pixels store and pixels 
     194 
     195      store = serviceFactory.createRawPixelsStore(); 
     196      store.setPixelsId(pid, false); 
     197 
     198      final GatewayPrx gateway = serviceFactory.createGateway(); 
     199      pix = gateway.getPixels(pid); 
     200      final int sizeX = pix.getSizeX().getValue(); 
     201      final int sizeY = pix.getSizeY().getValue(); 
     202      final int sizeZ = pix.getSizeZ().getValue(); 
     203      final int sizeC = pix.getSizeC().getValue(); 
     204      final int sizeT = pix.getSizeT().getValue(); 
     205      final String pixelType = pix.getPixelsType().getValue().getValue(); 
     206 
     207      // populate metadata 
     208 
     209      LOGGER.info("Populating metadata"); 
     210 
     211      core[0].sizeX = sizeX; 
     212      core[0].sizeY = sizeY; 
     213      core[0].sizeZ = sizeZ; 
     214      core[0].sizeC = sizeC; 
     215      core[0].sizeT = sizeT; 
     216      core[0].rgb = false; 
     217      core[0].littleEndian = false; 
     218      core[0].dimensionOrder = "XYZCT"; 
     219      core[0].imageCount = sizeZ * sizeC * sizeT; 
     220      core[0].pixelType = FormatTools.pixelTypeFromString(pixelType); 
     221 
     222      // CTR TODO this is wrong 
     223      double px = pix.getSizeX().getValue(); 
     224      double py = pix.getSizeY().getValue(); 
     225      double pz = pix.getSizeZ().getValue(); 
     226 
     227      Image image = pix.getImage(); 
     228 
     229      String name = image.getName().getValue(); 
     230      String description = image.getDescription().getValue(); 
     231 
     232      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     233      store.setImageName(name, 0); 
     234      store.setImageDescription(description, 0); 
     235      MetadataTools.populatePixels(store, this); 
     236 
     237      store.setPixelsPhysicalSizeX(new Double(px), 0); 
     238      store.setPixelsPhysicalSizeY(new Double(py), 0); 
     239      store.setPixelsPhysicalSizeZ(new Double(pz), 0); 
     240    } 
     241    catch (CannotCreateSessionException e) { 
     242      throw new FormatException(e); 
     243    } 
     244    catch (PermissionDeniedException e) { 
     245      throw new FormatException(e); 
     246    } 
     247    catch (ServerError e) { 
     248      throw new FormatException(e); 
     249    } 
    250250  } 
    251251 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.