Changeset 6865


Ignore:
Timestamp:
09/01/10 15:01:01 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Skip tests if IFormatReader.setId(String) failed. Closes #539.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/junit-test-suite/components/test-suite/src/loci/tests/junit/FormatReaderTest.java

    r6851 r6865  
    9797 
    9898  private static ConfigurationTree config = new ConfigurationTree(dataDir); 
     99  private static OMEXMLService omexmlService = createOMEXMLService(); 
     100 
     101  static OMEXMLService createOMEXMLService() { 
     102    try { 
     103      ServiceFactory factory = new ServiceFactory(); 
     104      return factory.getInstance(OMEXMLService.class); 
     105    } 
     106    catch (DependencyException e) { 
     107      LOGGER.warn("", e); 
     108    } 
     109    return null; 
     110  } 
    99111 
    100112  // -- Fields -- 
     
    102114  private IFormatReader reader; 
    103115  private String file; 
    104   private OMEXMLService omexmlService = null; 
     116  private boolean initialized = false; 
    105117 
    106118  // -- Constructor -- 
     
    109121    this.reader = reader; 
    110122    this.file = file; 
    111  
    112     try { 
    113       ServiceFactory factory = new ServiceFactory(); 
    114       omexmlService = factory.getInstance(OMEXMLService.class); 
    115     } 
    116     catch (DependencyException e) { 
    117       LOGGER.warn("", e); 
    118     } 
    119123  } 
    120124 
     
    140144    config.setId(file); 
    141145    if (config.isTestable()) { 
    142       if (reader.getCurrentFile() == null) { 
     146      boolean firstInitialization = reader.getCurrentFile() == null; 
     147      if (firstInitialization) { 
    143148        reader.setNormalized(true); 
    144149        reader.setMetadataFiltered(true); 
     
    151156        } 
    152157        reader.setMetadataStore(store); 
     158        initialized = false; 
    153159      } 
    154160      reader.setId(file); 
     161      if (firstInitialization) initialized = true; 
    155162    } 
    156163  } 
     
    161168  public void testSeriesCount() { 
    162169    assumeTrue(config.isTestable()); 
    163     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    164     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     170    assumeTrue(initialized); 
     171    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    165172    assertEquals(file + ": series counts do not match", 
    166173      config.getSeriesCount(), reader.getSeriesCount()); 
     
    170177  public void testCoreMetadata() { 
    171178    assumeTrue(config.isTestable()); 
    172     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    173     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     179    assumeTrue(initialized); 
     180    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    174181    for (int series=0; series<reader.getSeriesCount(); series++) { 
    175182      String message = file + ": series #" + series; 
     
    200207  public void testSaneUsedFiles() { 
    201208    assumeTrue(config.isTestable()); 
    202     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    203     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     209    assumeTrue(initialized); 
     210    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    204211 
    205212    String[] base = reader.getUsedFiles(); 
     
    257264  public void testOMEXMLConsistency() { 
    258265    assumeTrue(config.isTestable()); 
    259     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    260     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     266    assumeTrue(initialized); 
     267    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    261268 
    262269    MetadataRetrieve meta = omexmlService.asRetrieve(reader.getMetadataStore()); 
     
    314321  public void testPixelsHashes() { 
    315322    assumeTrue(config.isTestable()); 
    316     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    317     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     323    assumeTrue(initialized); 
     324    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    318325 
    319326    for (int i=0; i<reader.getSeriesCount(); i++) { 
     
    339346  public void testBufferedImageDimensions() { 
    340347    assumeTrue(config.isTestable()); 
    341     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    342     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     348    assumeTrue(initialized); 
     349    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    343350    assumeTrue(reader instanceof BufferedImageReader); 
    344351 
     
    373380  public void testByteArrayDimensions() { 
    374381    assumeTrue(config.isTestable()); 
    375     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    376     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     382    assumeTrue(initialized); 
     383    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    377384    assumeTrue(!(reader instanceof BufferedImageReader)); 
    378385 
     
    405412  public void testThumbnailBufferedImageDimensions() { 
    406413    assumeTrue(config.isTestable()); 
    407     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    408     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     414    assumeTrue(initialized); 
     415    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    409416    assumeTrue(reader instanceof BufferedImageReader); 
    410417 
     
    440447  public void testThumbnailByteArrayDimensions() { 
    441448    assumeTrue(config.isTestable()); 
    442     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    443     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     449    assumeTrue(initialized); 
     450    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    444451    assumeTrue(!(reader instanceof BufferedImageReader)); 
    445452 
     
    468475  public void testImageCount() { 
    469476    assumeTrue(config.isTestable()); 
    470     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    471     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     477    assumeTrue(initialized); 
     478    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    472479 
    473480    for (int i=0; i<reader.getSeriesCount(); i++) { 
     
    484491  public void testSaneOMEXML() { 
    485492    assumeTrue(config.isTestable()); 
    486     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    487     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     493    assumeTrue(initialized); 
     494    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    488495 
    489496    MetadataRetrieve meta = omexmlService.asRetrieve(reader.getMetadataStore()); 
     
    518525  public void testValidOMEXML() { 
    519526    assumeTrue(config.isTestable()); 
    520     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    521     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     527    assumeTrue(initialized); 
     528    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    522529 
    523530    MetadataRetrieve meta = omexmlService.asRetrieve(reader.getMetadataStore()); 
     
    541548  public void testPerformance() { 
    542549    assumeTrue(config.isTestable()); 
    543     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    544     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     550    assumeTrue(initialized); 
     551    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    545552 
    546553    int properMem = config.getMemoryUse(); 
     
    584591  public void testIsThisType() { 
    585592    assumeTrue(config.isTestable()); 
    586     assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    587     assumeTrue(reader.getCurrentFile().equals(file)); 
     593    assumeTrue(initialized); 
     594    assertTrue(file, config.isConfigured()); 
    588595 
    589596    IFormatReader r = reader; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.