Changeset 7034


Ignore:
Timestamp:
10/04/10 18:58:40 (9 years ago)
Author:
aivar
Message:

Deal with sigma and instrument response.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/maven/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/SLIMCurveFitter.java

    r7015 r7034  
    140140                // load once, on-demand 
    141141                s_library = (CLibrary) Native.loadLibrary("SLIMCurve", CLibrary.class); 
     142                System.out.println("s_library is " + s_library); 
    142143            } 
    143144            catch (UnsatisfiedLinkError e) { 
     
    156157        DoubleByReference chiSquare = new DoubleByReference(); 
    157158        double chiSquareTarget = 1.0; //TODO s/b specified incoming 
    158  
    159         double sig[] = new double[stop+1]; 
    160         for (int i = 0; i < sig.length; ++i) { 
    161                 sig[i] = 1.0; // basically ignoring sig for now 
    162         } 
    163159 
    164160        if (0 == m_algType) { //TODO crude; use enums 
     
    174170                z.setValue(data.getParams()[2]); 
    175171 
     172                int nInstrumentResponse = 0; 
     173                if (null != m_instrumentResponse) { 
     174                    nInstrumentResponse = m_instrumentResponse.length; 
     175                } 
     176 
    176177                returnValue = s_library.RLD_fit( 
    177178                        m_xInc, 
    178                         data.getYData(), //TODO data get data??? 
     179                        data.getYCount(), //TODO data get data??? 
    179180                        start, 
    180181                        stop, 
    181                         null, // no instr 
    182                         0,    // nInstr 
    183                         sig, 
     182                        m_instrumentResponse, 
     183                        nInstrumentResponse, 
     184                        data.getSig(), 
    184185                        z, 
    185186                        a, 
     
    198199            // LMA fit 
    199200            for (ICurveFitData data: dataArray) { 
     201                int nInstrumentResponse = 0; 
     202                if (null != m_instrumentResponse) { 
     203                    nInstrumentResponse = m_instrumentResponse.length; 
     204                } 
    200205                returnValue = s_library.LMA_fit( 
    201206                        m_xInc, 
    202                         data.getYData(), 
     207                        data.getYCount(), 
    203208                        start, 
    204209                        stop, 
    205                         null, // no instr 
    206                         0,    // nInstr 
    207                         sig, 
     210                        m_instrumentResponse, 
     211                        nInstrumentResponse, 
     212                        data.getSig(), 
    208213                        data.getParams(), 
    209214                        toIntArray(m_free), 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.