Changeset 7053


Ignore:
Timestamp:
10/08/10 16:12:28 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Parse physical pixel sizes.

Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MINCReader.java

    r7041 r7053  
    111111    } 
    112112 
     113    Double physicalX = null; 
     114    Double physicalY = null; 
     115    Double physicalZ = null; 
     116 
    113117    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    114118      Vector<String> variableList = netcdf.getVariableList(); 
     
    129133            addGlobalMeta(variable + " " + key, sb.toString()); 
    130134          } 
     135          else { 
     136            addGlobalMeta(variable + " " + key, attributes.get(key)); 
     137 
     138            if (key.equals("step")) { 
     139              if (variable.equals("/xspace")) { 
     140                physicalX = new Double(attributes.get(key).toString()); 
     141              } 
     142              else if (variable.equals("/yspace")) { 
     143                physicalY = new Double(attributes.get(key).toString()); 
     144              } 
     145              else if (variable.equals("/zspace")) { 
     146                physicalZ = new Double(attributes.get(key).toString()); 
     147              } 
     148            } 
     149          } 
    131150        } 
    132151      } 
     
    214233    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    215234      store.setImageDescription(netcdf.getAttributeValue("/history"), 0); 
     235 
     236      if (physicalX != null) store.setPixelsPhysicalSizeX(physicalX, 0); 
     237      if (physicalY != null) store.setPixelsPhysicalSizeY(physicalY, 0); 
     238      if (physicalZ != null) store.setPixelsPhysicalSizeZ(physicalZ, 0); 
    216239    } 
    217240  } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MINCReader.java

    r7041 r7053  
    111111    } 
    112112 
     113    Double physicalX = null; 
     114    Double physicalY = null; 
     115    Double physicalZ = null; 
     116 
    113117    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    114118      Vector<String> variableList = netcdf.getVariableList(); 
     
    129133            addGlobalMeta(variable + " " + key, sb.toString()); 
    130134          } 
     135          else { 
     136            addGlobalMeta(variable + " " + key, attributes.get(key)); 
     137 
     138            if (key.equals("step")) { 
     139              if (variable.equals("/xspace")) { 
     140                physicalX = new Double(attributes.get(key).toString()); 
     141              } 
     142              else if (variable.equals("/yspace")) { 
     143                physicalY = new Double(attributes.get(key).toString()); 
     144              } 
     145              else if (variable.equals("/zspace")) { 
     146                physicalZ = new Double(attributes.get(key).toString()); 
     147              } 
     148            } 
     149          } 
    131150        } 
    132151      } 
     
    214233    if (getMetadataOptions().getMetadataLevel() != MetadataLevel.MINIMUM) { 
    215234      store.setImageDescription(netcdf.getAttributeValue("/history"), 0); 
     235 
     236      if (physicalX != null) store.setPixelsPhysicalSizeX(physicalX, 0); 
     237      if (physicalY != null) store.setPixelsPhysicalSizeY(physicalY, 0); 
     238      if (physicalZ != null) store.setPixelsPhysicalSizeZ(physicalZ, 0); 
    216239    } 
    217240  } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.