Changeset 7055


Ignore:
Timestamp:
10/08/10 17:04:42 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Standardized storage of stage positions in the original metadata hashtable. See #570.

All readers that store stage positions in Plane.PositionX or Plane.PositionY will now also store them in the original metadata hashtable as "X position for position #n" and "Y position for position #n", where n is the series number indexed from 1.

Location:
trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in
Files:
16 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/CellWorxReader.java

    r6987 r7055  
    409409              store.setWellSamplePositionX(new Double(axes[0]), 0, well, field); 
    410410              store.setWellSamplePositionY(new Double(axes[1]), 0, well, field); 
     411 
     412              addGlobalMeta("X position for position #" + (field + 1), axes[0]); 
     413              addGlobalMeta("Y position for position #" + (field + 1), axes[1]); 
    411414            } 
    412415          } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r6881 r7055  
    669669      String prefix = "Extended header Z" + z + " W" + w + " T" + t; 
    670670      addGlobalMeta(prefix, hdr); 
     671 
     672      addGlobalMeta("X position for position #1", hdr.stageXCoord); 
     673      addGlobalMeta("Y position for position #1", hdr.stageYCoord); 
     674      addGlobalMeta("Z position for position #1", hdr.stageZCoord); 
    671675 
    672676      // -- record OME metadata -- 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FlexReader.java

    r6881 r7055  
    12381238          Double v = new Double(Double.parseDouble(value) * 1000000); 
    12391239          store.setPlanePositionX(v, currentSeries, currentImage); 
     1240          addGlobalMeta("X position for position #" + (currentSeries + 1), v); 
    12401241        } 
    12411242        else if (qName.equals("PositionY")) { 
    12421243          Double v = new Double(Double.parseDouble(value) * 1000000); 
    12431244          store.setPlanePositionY(v, currentSeries, currentImage); 
     1245          addGlobalMeta("Y position for position #" + (currentSeries + 1), v); 
    12441246        } 
    12451247        else if (qName.equals("PositionZ")) { 
    12461248          Double v = new Double(Double.parseDouble(value) * 1000000); 
    12471249          store.setPlanePositionZ(v, currentSeries, currentImage); 
     1250          addGlobalMeta("Z position for position #" + (currentSeries + 1), v); 
    12481251        } 
    12491252        else if (qName.equals("TimepointOffsetUsed")) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ICSReader.java

    r6881 r7055  
    877877          if (stagePos.length > 0) { 
    878878            store.setPlanePositionX(stagePos[0], 0, i); 
     879            addGlobalMeta("X position for position #1", stagePos[0]); 
    879880          } 
    880881          if (stagePos.length > 1) { 
    881882            store.setPlanePositionY(stagePos[1], 0, i); 
     883            addGlobalMeta("Y position for position #1", stagePos[1]); 
    882884          } 
    883885          if (stagePos.length > 2) { 
    884886            store.setPlanePositionZ(stagePos[2], 0, i); 
     887            addGlobalMeta("Z position for position #1", stagePos[2]); 
    885888          } 
    886889        } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/InCellReader.java

    r6881 r7055  
    896896      } 
    897897      else if (qName.equals("offset_point")) { 
    898         posX.add(new Double(attributes.getValue("x"))); 
    899         posY.add(new Double(attributes.getValue("y"))); 
     898        String x = attributes.getValue("x"); 
     899        String y = attributes.getValue("y"); 
     900 
     901        posX.add(new Double(x)); 
     902        posY.add(new Double(y)); 
     903 
     904        addGlobalMeta("X position for position #" + posX.size(), x); 
     905        addGlobalMeta("Y position for position #" + posY.size(), y); 
    900906      } 
    901907    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaHandler.java

    r6986 r7055  
    196196 
    197197        for (int i=0; i<xPos.size(); i++) { 
     198          int pos = i + 1; 
     199          globalMetadata.put("X position for position #" + pos, xPos.get(i)); 
     200          globalMetadata.put("Y position for position #" + pos, yPos.get(i)); 
     201          globalMetadata.put("Z position for position #" + pos, zPos.get(i)); 
    198202          for (int image=0; image<coreMeta.imageCount; image++) { 
    199203            store.setPlanePositionX(xPos.get(i), numDatasets, image); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r6881 r7055  
    13341334          for (int q=0; q<core[series].imageCount; q++) { 
    13351335            store.setPlanePositionX(new Double(data), series, q); 
     1336            if (q == 0) { 
     1337              addGlobalMeta("X position for position #" + (series + 1), data); 
     1338            } 
    13361339          } 
    13371340        } 
     
    13391342          for (int q=0; q<core[series].imageCount; q++) { 
    13401343            store.setPlanePositionY(new Double(data), series, q); 
     1344            if (q == 0) { 
     1345              addGlobalMeta("Y position for position #" + (series + 1), data); 
     1346            } 
    13411347          } 
    13421348        } 
     
    13441350          for (int q=0; q<core[series].imageCount; q++) { 
    13451351            store.setPlanePositionZ(new Double(data), series, q); 
     1352            if (q == 0) { 
     1353              addGlobalMeta("Z position for position #" + (series + 1), data); 
     1354            } 
    13461355          } 
    13471356        } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MetamorphHandler.java

    r6881 r7055  
    194194    else if (key.equals("stage-position-x")) { 
    195195      positionX = Double.parseDouble(value); 
     196      metadata.put("X position for position #1", positionX); 
    196197    } 
    197198    else if (key.equals("stage-position-y")) { 
    198199      positionY = Double.parseDouble(value); 
     200      metadata.put("Y position for position #1", positionY); 
    199201    } 
    200202    else if (key.equals("Speed")) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r6917 r7055  
    11421142      addSeriesMeta("stageX[" + pos + "]", stageX[i]); 
    11431143      addSeriesMeta("stageY[" + pos + "]", stageY[i]); 
     1144      addGlobalMeta("X position for position #" + (getSeries() + 1), stageX[i]); 
     1145      addGlobalMeta("Y position for position #" + (getSeries() + 1), stageY[i]); 
    11441146    } 
    11451147  } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ND2Handler.java

    r7042 r7055  
    330330    else if ("dPosX".equals(prevElement) && qName.startsWith("item_")) { 
    331331      posX.add(new Double(sanitizeDouble(value))); 
     332      metadata.put("X position for position #" + posX.size(), value); 
    332333    } 
    333334    else if ("dPosY".equals(prevElement) && qName.startsWith("item_")) { 
    334335      posY.add(new Double(sanitizeDouble(value))); 
     336      metadata.put("Y position for position #" + posY.size(), value); 
    335337    } 
    336338    else if ("dPosZ".equals(prevElement) && qName.startsWith("item_")) { 
    337339      posZ.add(new Double(sanitizeDouble(value))); 
     340      metadata.put("Z position for position #" + posZ.size(), value); 
    338341    } 
    339342    else if (qName.startsWith("item_")) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r6881 r7055  
    662662    if (name.equals("Gain")) gain = value; 
    663663    else if (name.equals("Offset")) detectorOffset = value; 
    664     else if (name.equals("X-Y Stage: X Position")) xPos = value; 
    665     else if (name.equals("X-Y Stage: Y Position")) yPos = value; 
    666     else if (name.equals("ZPosition")) zPos = value; 
     664    else if (name.equals("X-Y Stage: X Position")) { 
     665      xPos = value; 
     666      addGlobalMeta("X position for position #1", xPos); 
     667    } 
     668    else if (name.equals("X-Y Stage: Y Position")) { 
     669      yPos = value; 
     670      addGlobalMeta("Y position for position #1", yPos); 
     671    } 
     672    else if (name.equals("ZPosition")) { 
     673      zPos = value; 
     674      addGlobalMeta("Z position for position #1", zPos); 
     675    } 
    667676  } 
    668677 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/PDSReader.java

    r6758 r7055  
    199199      else if (key.equals("XPOS")) { 
    200200        xPos = new Double(value); 
     201        addGlobalMeta("X position for position #1", xPos); 
    201202      } 
    202203      else if (key.equals("YPOS")) { 
    203204        yPos = new Double(value); 
     205        addGlobalMeta("Y position for position #1", yPos); 
    204206      } 
    205207      else if (key.equals("SIGNX")) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r6945 r7055  
    501501        else if (key.equals("positionCurrent_XAxis")) { 
    502502          positionX.add(new Double(value)); 
     503          addGlobalMeta("X position for position #" + positionX.size(), value); 
    503504        } 
    504505        else if (key.equals("positionCurrent_YAxis")) { 
    505506          positionY.add(new Double(value)); 
     507          addGlobalMeta("Y position for position #" + positionY.size(), value); 
    506508        } 
    507509        else if (key.equals("positionCurrent_ZAxis")) { 
    508510          positionZ.add(new Double(value)); 
     511          addGlobalMeta("Z position for position #" + positionZ.size(), value); 
    509512        } 
    510513        else if (key.equals("opticalZoom")) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/VarianFDFReader.java

    r6845 r7055  
    239239        if (values.length > 0) { 
    240240          originX = computePhysicalSize(1, values[0], units[0]); 
     241          addGlobalMeta("X position for position #1", originX); 
    241242        } 
    242243        if (values.length > 1) { 
    243244          originY = computePhysicalSize(1, values[1], units[1]); 
     245          addGlobalMeta("Y position for position #1", originY); 
    244246        } 
    245247        if (values.length > 2) { 
    246248          originZ = computePhysicalSize(1, values[2], units[2]); 
     249          addGlobalMeta("Z position for position #1", originZ); 
    247250        } 
    248251      } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r7043 r7055  
    870870          yCoordinates.add(yPos); 
    871871          zCoordinates.add(zPos); 
     872 
     873          addGlobalMeta("X position for position #" + (i + 1), xPos); 
     874          addGlobalMeta("Y position for position #" + (i + 1), yPos); 
     875          addGlobalMeta("Z position for position #" + (i + 1), zPos); 
    872876        } 
    873877      } 
     
    877881        int nTiles = in.readInt(); 
    878882        for (int i=0; i<nTiles; i++) { 
    879           xCoordinates.add(originX + in.readDouble() * 1000000); 
    880           yCoordinates.add(originY + in.readDouble() * 1000000); 
    881           zCoordinates.add(originZ + in.readDouble() * 1000000); 
     883          double xPos = originX + in.readDouble() * 1000000; 
     884          double yPos = originY + in.readDouble() * 1000000; 
     885          double zPos = originZ + in.readDouble() * 1000000; 
     886          xCoordinates.add(xPos); 
     887          yCoordinates.add(yPos); 
     888          zCoordinates.add(zPos); 
     889 
     890          addGlobalMeta("X position for position #" + (i + 1), xPos); 
     891          addGlobalMeta("Y position for position #" + (i + 1), yPos); 
     892          addGlobalMeta("Z position for position #" + (i + 1), zPos); 
    882893        } 
    883894      } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r7039 r7055  
    10001000        else if (key.indexOf("Stage Position X") != -1) { 
    10011001          stageX = Double.parseDouble(value); 
     1002          addGlobalMeta("X position for position #1", stageX); 
    10021003        } 
    10031004        else if (key.indexOf("Stage Position Y") != -1) { 
    10041005          stageY = Double.parseDouble(value); 
     1006          addGlobalMeta("Y position for position #1", stageY); 
    10051007        } 
    10061008        else if (key.startsWith("Orca Analog Gain")) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.