Changeset 7127


Ignore:
Timestamp:
10/25/10 15:31:08 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

A few more fixes for small bugs exposed during testing.

Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/FileStitcher.java

    r7097 r7127  
    843843      core[i].indexed = rr.isIndexed(); 
    844844      core[i].falseColor = rr.isFalseColor(); 
     845      core[i].bitsPerPixel = rr.getBitsPerPixel(); 
    845846      sizeZ[i] = rr.getSizeZ(); 
    846847      sizeC[i] = rr.getSizeC(); 
     
    936937      } 
    937938    } 
     939    core[sno].imageCount = core[sno].sizeZ * core[sno].sizeT; 
     940    if (!isRGB()) core[sno].imageCount *= core[sno].sizeC; 
    938941 
    939942    int[] cLengths = reader.getChannelDimLengths(); 
     
    10021005      else if (axes[i] == AxisGuesser.C_AXIS) pos[i] = posC[c++]; 
    10031006      else if (axes[i] == AxisGuesser.T_AXIS) pos[i] = posT[t++]; 
     1007      else if (axes[i] == AxisGuesser.S_AXIS) { 
     1008        pos[i] = 0; 
     1009      } 
    10041010      else { 
    10051011        throw new FormatException("Unknown axis type for axis #" + 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r7074 r7127  
    380380      double posX = 0d, posY = 0d, posZ = 0d; 
    381381 
    382       if (montageOffsets != null) { 
    383         posX += montageOffsets[montage][0]; 
    384         posY += montageOffsets[montage][1]; 
    385         posZ += montageOffsets[montage][2]; 
    386       } 
    387       if (fieldOffsets != null) { 
    388         posX += fieldOffsets[field][0]; 
    389         posY += fieldOffsets[field][1]; 
    390         posZ += fieldOffsets[field][2]; 
     382      if (montageOffsets != null && montage < montageOffsets.length) { 
     383        if (montageOffsets[montage].length > 0) { 
     384          posX += montageOffsets[montage][0]; 
     385        } 
     386        if (montageOffsets[montage].length > 1) { 
     387          posY += montageOffsets[montage][1]; 
     388        } 
     389        if (montageOffsets[montage].length > 2) { 
     390          posZ += montageOffsets[montage][2]; 
     391        } 
     392      } 
     393      if (fieldOffsets != null && field < fieldOffsets.length) { 
     394        if (fieldOffsets[field].length > 0) { 
     395          posX += fieldOffsets[field][0]; 
     396        } 
     397        if (fieldOffsets[field].length > 1) { 
     398          posY += fieldOffsets[field][1]; 
     399        } 
     400        if (fieldOffsets[field].length > 2) { 
     401          posZ += fieldOffsets[field][2]; 
     402        } 
    391403      } 
    392404 
     
    607619              String[] v = offsets[i].trim().split(","); 
    608620              for (int j=0; j<v.length; j++) { 
    609                 fieldOffsets[i - 1][j] = Double.parseDouble(v[j].trim()); 
     621                try { 
     622                  fieldOffsets[i - 1][j] = Double.parseDouble(v[j].trim()); 
     623                } 
     624                catch (NumberFormatException e) { } 
    610625              } 
    611626            } 
     
    674689      lengths[0] = fieldOffsets == null ? 1 : fieldOffsets.length; 
    675690    } 
     691    if (lengths[0] == 0) lengths[0] = 1; 
     692    if (lengths[1] == 0) lengths[1] = 1; 
    676693    return FormatTools.rasterToPosition(lengths, seriesIndex); 
    677694  } 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TCSReader.java

    r7097 r7127  
    207207    if (!fileOnly) { 
    208208      tiffs = null; 
     209      if (tiffReaders != null) { 
     210        for (TiffReader r : tiffReaders) { 
     211          if (r != null) r.close(); 
     212        } 
     213      } 
    209214      tiffReaders = null; 
    210215      tiffParser = null; 
     
    510515          long stamp = DateTools.getTime(date, "yyyy:MM:dd HH:mm:ss"); 
    511516 
    512           rais.close(); 
    513517          String software = ifd.getIFDStringValue(IFD.SOFTWARE); 
    514518          if (software != null && software.trim().startsWith("TCS")) { 
     
    516520          } 
    517521        } 
     522        rais.close(); 
    518523      } 
    519524    } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/FileStitcher.java

    r7086 r7127  
    843843      core[i].indexed = rr.isIndexed(); 
    844844      core[i].falseColor = rr.isFalseColor(); 
     845      core[i].bitsPerPixel = rr.getBitsPerPixel(); 
    845846      sizeZ[i] = rr.getSizeZ(); 
    846847      sizeC[i] = rr.getSizeC(); 
     
    936937      } 
    937938    } 
     939    core[sno].imageCount = core[sno].sizeZ * core[sno].sizeT; 
     940    if (!isRGB()) core[sno].imageCount *= core[sno].sizeC; 
    938941 
    939942    int[] cLengths = reader.getChannelDimLengths(); 
     
    10021005      else if (axes[i] == AxisGuesser.C_AXIS) pos[i] = posC[c++]; 
    10031006      else if (axes[i] == AxisGuesser.T_AXIS) pos[i] = posT[t++]; 
     1007      else if (axes[i] == AxisGuesser.S_AXIS) { 
     1008        pos[i] = 0; 
     1009      } 
    10041010      else { 
    10051011        throw new FormatException("Unknown axis type for axis #" + 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r7074 r7127  
    380380      double posX = 0d, posY = 0d, posZ = 0d; 
    381381 
    382       if (montageOffsets != null) { 
    383         posX += montageOffsets[montage][0]; 
    384         posY += montageOffsets[montage][1]; 
    385         posZ += montageOffsets[montage][2]; 
    386       } 
    387       if (fieldOffsets != null) { 
    388         posX += fieldOffsets[field][0]; 
    389         posY += fieldOffsets[field][1]; 
    390         posZ += fieldOffsets[field][2]; 
     382      if (montageOffsets != null && montage < montageOffsets.length) { 
     383        if (montageOffsets[montage].length > 0) { 
     384          posX += montageOffsets[montage][0]; 
     385        } 
     386        if (montageOffsets[montage].length > 1) { 
     387          posY += montageOffsets[montage][1]; 
     388        } 
     389        if (montageOffsets[montage].length > 2) { 
     390          posZ += montageOffsets[montage][2]; 
     391        } 
     392      } 
     393      if (fieldOffsets != null && field < fieldOffsets.length) { 
     394        if (fieldOffsets[field].length > 0) { 
     395          posX += fieldOffsets[field][0]; 
     396        } 
     397        if (fieldOffsets[field].length > 1) { 
     398          posY += fieldOffsets[field][1]; 
     399        } 
     400        if (fieldOffsets[field].length > 2) { 
     401          posZ += fieldOffsets[field][2]; 
     402        } 
    391403      } 
    392404 
     
    607619              String[] v = offsets[i].trim().split(","); 
    608620              for (int j=0; j<v.length; j++) { 
    609                 fieldOffsets[i - 1][j] = Double.parseDouble(v[j].trim()); 
     621                try { 
     622                  fieldOffsets[i - 1][j] = Double.parseDouble(v[j].trim()); 
     623                } 
     624                catch (NumberFormatException e) { } 
    610625              } 
    611626            } 
     
    674689      lengths[0] = fieldOffsets == null ? 1 : fieldOffsets.length; 
    675690    } 
     691    if (lengths[0] == 0) lengths[0] = 1; 
     692    if (lengths[1] == 0) lengths[1] = 1; 
    676693    return FormatTools.rasterToPosition(lengths, seriesIndex); 
    677694  } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/TCSReader.java

    r7070 r7127  
    207207    if (!fileOnly) { 
    208208      tiffs = null; 
     209      if (tiffReaders != null) { 
     210        for (TiffReader r : tiffReaders) { 
     211          if (r != null) r.close(); 
     212        } 
     213      } 
    209214      tiffReaders = null; 
    210215      tiffParser = null; 
     
    510515          long stamp = DateTools.getTime(date, "yyyy:MM:dd HH:mm:ss"); 
    511516 
    512           rais.close(); 
    513517          String software = ifd.getIFDStringValue(IFD.SOFTWARE); 
    514518          if (software != null && software.trim().startsWith("TCS")) { 
     
    516520          } 
    517521        } 
     522        rais.close(); 
    518523      } 
    519524    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.