Changeset 7149


Ignore:
Timestamp:
11/02/10 20:05:54 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

A bunch of little export fixes.

Files:
18 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/FormatWriter.java

    r7103 r7149  
    411411    int z = r.getPixelsSizeZ(series).getValue().intValue(); 
    412412    int t = r.getPixelsSizeT(series).getValue().intValue(); 
    413     int c = r.getChannelCount(series); 
     413    int c = r.getPixelsSizeC(series).getValue().intValue(); 
     414    c /= r.getChannelSamplesPerPixel(series, 0).getValue().intValue(); 
    414415    return z * c * t; 
    415416  } 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SDTInfo.java

    r7007 r7149  
    542542 
    543543      if (hasMeasureInfo) { 
    544         byte[] timeBytes = new byte[9]; 
    545         in.readFully(timeBytes); 
    546         time = new String(timeBytes); 
    547  
    548         byte[] dateBytes = new byte[11]; 
    549         in.readFully(dateBytes); 
    550         date = new String(dateBytes); 
    551  
    552         byte[] modSerNoBytes = new byte[16]; 
    553         in.readFully(modSerNoBytes); 
    554         modSerNo = new String(modSerNoBytes); 
     544        time = in.readString(9).trim(); 
     545        date = in.readString(11).trim(); 
     546        modSerNo = in.readString(16).trim(); 
    555547 
    556548        measMode = in.readShort(); 
     
    583575        memBank = in.readShort(); 
    584576 
    585         byte[] modTypeBytes = new byte[16]; 
    586         in.readFully(modTypeBytes); 
    587         modType = new String(modTypeBytes); 
     577        modType = in.readString(16).trim(); 
    588578 
    589579        synTH = in.readFloat(); 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/meta/2008-09-to-2009-09.xsl

    r6663 r7149  
    864864 
    865865                                        <xsl:when test="local-name(.) = 'Pixels'"> 
    866                                                 <xsl:if test="@ID=$requiredPixels"> 
     866                                                <xsl:if test="@ID=$requiredPixels or $requiredPixels=''"> 
     867              <xsl:variable name="requiredPixels"> 
     868                <xsl:value-of select="@ID"/> 
     869              </xsl:variable> 
    867870                                                        <!-- add controls to make sure we only copy one. --> 
    868871                                                        <xsl:element name="{local-name(.)}" namespace="{$newOMENS}"> 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/out/OMETiffWriter.java

    r7148 r7149  
    155155    super.saveBytes(no, buf, x, y, w, h); 
    156156 
    157     int index = no; 
    158     int currentSeries = series; 
    159     for (int s=0; s<currentSeries; s++) { 
    160       setSeries(s); 
    161       index -= planeCount(); 
    162     } 
    163     setSeries(currentSeries); 
    164  
    165     imageLocations[series][index] = currentId; 
     157    imageLocations[series][no] = currentId; 
    166158  } 
    167159 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/out/TiffWriter.java

    r7145 r7149  
    193193    out.seek(out.length()); 
    194194    ifd.putIFDValue(IFD.PLANAR_CONFIGURATION, interleaved ? 1 : 2); 
     195 
     196    int sampleFormat = 1; 
     197    if (FormatTools.isSigned(type)) sampleFormat = 2; 
     198    if (FormatTools.isFloatingPoint(type)) sampleFormat = 3; 
     199    ifd.putIFDValue(IFD.SAMPLE_FORMAT, sampleFormat); 
    195200    RandomAccessInputStream in = new RandomAccessInputStream(currentId); 
    196201    in.order(littleEndian); 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/services/OMEXMLServiceImpl.java

    r7128 r7149  
    248248        Element e = XMLTools.parseDOM(xml).getDocumentElement(); 
    249249        String namespace = e.getAttribute("xmlns"); 
    250         if (namespace == null || namespace.equals("")) 
     250        if (namespace == null || namespace.equals("")) { 
    251251          namespace = e.getAttribute("xmlns:ome"); 
     252        } 
    252253 
    253254        return namespace.endsWith("ome.xsd") ? "2003-FC" : 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/tiff/TiffSaver.java

    r7007 r7149  
    275275 
    276276    if (ifd.containsKey(IFD.STRIP_BYTE_COUNTS)) { 
    277       stripByteCounts = ifd.getStripByteCounts(); 
     277      long[] newStripByteCounts = ifd.getStripByteCounts(); 
     278      if (newStripByteCounts.length == nStrips) { 
     279        stripByteCounts = newStripByteCounts; 
     280      } 
    278281    } 
    279282    if (ifd.containsKey(IFD.STRIP_OFFSETS)) { 
    280       stripOffsets = ifd.getStripOffsets(); 
    281     } 
    282  
    283     for (int i=0; i<nStrips; i++) { 
     283      long[] newStripOffsets = ifd.getStripOffsets(); 
     284      if (newStripOffsets.length == nStrips) { 
     285        stripOffsets = newStripOffsets; 
     286      } 
     287    } 
     288 
     289    for (int i=0; i<stripByteCounts.length; i++) { 
    284290      if (stripByteCounts[i] == 0) { 
    285291        stripByteCounts[i] = strips[i].length; 
  • branches/4.2/components/bio-formats/src/loci/formats/tools/ImageConverter.java

    r7126 r7149  
    4444import loci.formats.ImageReader; 
    4545import loci.formats.ImageWriter; 
     46import loci.formats.MetadataTools; 
    4647import loci.formats.MissingLibraryException; 
    4748import loci.formats.ReaderWrapper; 
     
    227228      base = ((ImageReader) base).getReader(); 
    228229    } 
     230    MetadataTools.populatePixels(store, reader, false, false); 
    229231 
    230232    if (store instanceof MetadataRetrieve) { 
  • branches/4.2/components/loci-plugins/src/loci/plugins/out/Exporter.java

    r7007 r7149  
    367367      } 
    368368 
     369      if (!proc.isDefaultLut()) { 
     370        w.setColorModel(proc.getColorModel()); 
     371      } 
     372 
    369373      boolean notSupportedType = !w.isSupportedType(thisType); 
    370374      if (notSupportedType) { 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/FormatWriter.java

    r6881 r7149  
    411411    int z = r.getPixelsSizeZ(series).getValue().intValue(); 
    412412    int t = r.getPixelsSizeT(series).getValue().intValue(); 
    413     int c = r.getChannelCount(series); 
     413    int c = r.getPixelsSizeC(series).getValue().intValue(); 
     414    c /= r.getChannelSamplesPerPixel(series, 0).getValue().intValue(); 
    414415    return z * c * t; 
    415416  } 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/SDTInfo.java

    r6881 r7149  
    542542 
    543543      if (hasMeasureInfo) { 
    544         byte[] timeBytes = new byte[9]; 
    545         in.readFully(timeBytes); 
    546         time = new String(timeBytes); 
    547  
    548         byte[] dateBytes = new byte[11]; 
    549         in.readFully(dateBytes); 
    550         date = new String(dateBytes); 
    551  
    552         byte[] modSerNoBytes = new byte[16]; 
    553         in.readFully(modSerNoBytes); 
    554         modSerNo = new String(modSerNoBytes); 
     544        time = in.readString(9).trim(); 
     545        date = in.readString(11).trim(); 
     546        modSerNo = in.readString(16).trim(); 
    555547 
    556548        measMode = in.readShort(); 
     
    583575        memBank = in.readShort(); 
    584576 
    585         byte[] modTypeBytes = new byte[16]; 
    586         in.readFully(modTypeBytes); 
    587         modType = new String(modTypeBytes); 
     577        modType = in.readString(16).trim(); 
    588578 
    589579        synTH = in.readFloat(); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/meta/2008-09-to-2009-09.xsl

    r6619 r7149  
    864864 
    865865                                        <xsl:when test="local-name(.) = 'Pixels'"> 
    866                                                 <xsl:if test="@ID=$requiredPixels"> 
     866                                                <xsl:if test="@ID=$requiredPixels or $requiredPixels=''"> 
     867              <xsl:variable name="requiredPixels"> 
     868                <xsl:value-of select="@ID"/> 
     869              </xsl:variable> 
    867870                                                        <!-- add controls to make sure we only copy one. --> 
    868871                                                        <xsl:element name="{local-name(.)}" namespace="{$newOMENS}"> 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/out/OMETiffWriter.java

    r7148 r7149  
    155155    super.saveBytes(no, buf, x, y, w, h); 
    156156 
    157     int index = no; 
    158     int currentSeries = series; 
    159     for (int s=0; s<currentSeries; s++) { 
    160       setSeries(s); 
    161       index -= planeCount(); 
    162     } 
    163     setSeries(currentSeries); 
    164  
    165     imageLocations[series][index] = currentId; 
     157    imageLocations[series][no] = currentId; 
    166158  } 
    167159 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/out/TiffWriter.java

    r7147 r7149  
    193193    out.seek(out.length()); 
    194194    ifd.putIFDValue(IFD.PLANAR_CONFIGURATION, interleaved ? 1 : 2); 
     195 
     196    int sampleFormat = 1; 
     197    if (FormatTools.isSigned(type)) sampleFormat = 2; 
     198    if (FormatTools.isFloatingPoint(type)) sampleFormat = 3; 
     199    ifd.putIFDValue(IFD.SAMPLE_FORMAT, sampleFormat); 
    195200    RandomAccessInputStream in = new RandomAccessInputStream(currentId); 
    196201    in.order(littleEndian); 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/services/OMEXMLServiceImpl.java

    r7128 r7149  
    248248        Element e = XMLTools.parseDOM(xml).getDocumentElement(); 
    249249        String namespace = e.getAttribute("xmlns"); 
    250         if (namespace == null || namespace.equals("")) 
     250        if (namespace == null || namespace.equals("")) { 
    251251          namespace = e.getAttribute("xmlns:ome"); 
     252        } 
    252253 
    253254        return namespace.endsWith("ome.xsd") ? "2003-FC" : 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/tiff/TiffSaver.java

    r6976 r7149  
    275275 
    276276    if (ifd.containsKey(IFD.STRIP_BYTE_COUNTS)) { 
    277       stripByteCounts = ifd.getStripByteCounts(); 
     277      long[] newStripByteCounts = ifd.getStripByteCounts(); 
     278      if (newStripByteCounts.length == nStrips) { 
     279        stripByteCounts = newStripByteCounts; 
     280      } 
    278281    } 
    279282    if (ifd.containsKey(IFD.STRIP_OFFSETS)) { 
    280       stripOffsets = ifd.getStripOffsets(); 
    281     } 
    282  
    283     for (int i=0; i<nStrips; i++) { 
     283      long[] newStripOffsets = ifd.getStripOffsets(); 
     284      if (newStripOffsets.length == nStrips) { 
     285        stripOffsets = newStripOffsets; 
     286      } 
     287    } 
     288 
     289    for (int i=0; i<stripByteCounts.length; i++) { 
    284290      if (stripByteCounts[i] == 0) { 
    285291        stripByteCounts[i] = strips[i].length; 
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/tools/ImageConverter.java

    r7126 r7149  
    4444import loci.formats.ImageReader; 
    4545import loci.formats.ImageWriter; 
     46import loci.formats.MetadataTools; 
    4647import loci.formats.MissingLibraryException; 
    4748import loci.formats.ReaderWrapper; 
     
    227228      base = ((ImageReader) base).getReader(); 
    228229    } 
     230    MetadataTools.populatePixels(store, reader, false, false); 
    229231 
    230232    if (store instanceof MetadataRetrieve) { 
  • trunk/components/loci-plugins/src/loci/plugins/out/Exporter.java

    r6881 r7149  
    367367      } 
    368368 
     369      if (!proc.isDefaultLut()) { 
     370        w.setColorModel(proc.getColorModel()); 
     371      } 
     372 
    369373      boolean notSupportedType = !w.isSupportedType(thisType); 
    370374      if (notSupportedType) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.