Changeset 7534


Ignore:
Timestamp:
01/13/11 21:44:35 (9 years ago)
Author:
aivar
Message:

Multiple changes to get discovery and workflow save/restore to Preferences working.

Location:
branches/maven/projects/workflow
Files:
14 added
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/maven/projects/workflow/nbproject/project.properties

    r7526 r7534  
    2020dist.javadoc.dir=${dist.dir}/javadoc 
    2121excludes= 
     22file.reference.sezpoz-1.8.jar=lib/sezpoz-1.8.jar 
    2223includes=** 
    2324jar.compress=false 
    24 javac.classpath= 
     25javac.classpath=\ 
     26    ${file.reference.sezpoz-1.8.jar} 
    2527# Space-separated list of extra javac options 
    2628javac.compilerargs= 
  • branches/maven/projects/workflow/src/loci/plugin/annotations/Input.java

    r7526 r7534  
    66package loci.plugin.annotations; 
    77 
     8import java.lang.annotation.ElementType; 
    89import java.lang.annotation.Retention; 
    910import java.lang.annotation.RetentionPolicy; 
     11import java.lang.annotation.Target; 
     12 
     13import net.java.sezpoz.Indexable; 
     14 
     15import loci.workflow.plugin.IPlugin; 
    1016 
    1117/** 
     
    1319 * @author aivar 
    1420 */ 
    15 @Retention(RetentionPolicy.RUNTIME) 
     21@Target({ElementType.TYPE, ElementType.METHOD, ElementType.FIELD}) 
     22@Retention(RetentionPolicy.RUNTIME) //SOURCE) //TODO was RUNTIME, sezPoz wants SOURCE: 
     23// "warning: should be marked @Retention(RetentionPolicy.SOURCE)" 
     24@Indexable(type=IPlugin.class) 
    1625public @interface Input { 
    1726    public final String DEFAULT = "INPUT"; 
  • branches/maven/projects/workflow/src/loci/plugin/annotations/Output.java

    r7526 r7534  
    66package loci.plugin.annotations; 
    77 
     8import java.lang.annotation.ElementType; 
    89import java.lang.annotation.Retention; 
    910import java.lang.annotation.RetentionPolicy; 
     11import java.lang.annotation.Target; 
    1012 
     13import net.java.sezpoz.Indexable; 
     14 
     15import loci.workflow.plugin.IPlugin; 
    1116 
    1217/** 
     
    1419 * @author aivar 
    1520 */ 
    16 @Retention(RetentionPolicy.RUNTIME) 
     21@Target({ElementType.TYPE, ElementType.METHOD, ElementType.FIELD}) 
     22@Retention(RetentionPolicy.RUNTIME) //SOURCE) //TODO was RUNTIME, sezPoz wants SOURCE: 
     23// "warning: should be marked @Retention(RetentionPolicy.SOURCE)" 
     24@Indexable(type=IPlugin.class) 
    1725public @interface Output { 
    1826    public final String DEFAULT = "OUTPUT"; 
  • branches/maven/projects/workflow/src/loci/util/xmllight/XMLTag.java

    r7526 r7534  
    1212 */ 
    1313public class XMLTag { 
    14     static final String EMPTY_STRING = ""; 
     14    public static final String EMPTY_STRING = ""; 
    1515    private String m_name; 
    1616    private String m_content; 
  • branches/maven/projects/workflow/src/loci/workflow/ModuleFactory.java

    r7526 r7534  
    2222     
    2323    private ModuleFactory() { 
    24         register(WorkFlow.WORKFLOW, WorkFlowFactory.getInstance()); 
     24        register(Workflow.WORKFLOW, WorkflowFactory.getInstance()); 
    2525        //register(Component.COMPONENT, ComponentFactory.getInstance()); 
    2626        register(PluginModule.PLUGIN, PluginModuleFactory.getInstance()); 
  • branches/maven/projects/workflow/src/loci/workflow/PluginModule.java

    r7526 r7534  
    172172        // add workflow tag, name, and class name 
    173173        xmlHelper.addTag(PLUGIN); 
    174         xmlHelper.addTagWithContent(WorkFlow.NAME, getName()); 
     174        xmlHelper.addTagWithContent(Workflow.NAME, getName()); 
    175175        xmlHelper.addTagWithContent(CLASSNAME, m_pluginClassName); 
    176176 
    177177        // add inputs 
    178         xmlHelper.addTag(WorkFlow.INPUTS); 
     178        xmlHelper.addTag(Workflow.INPUTS); 
    179179        for (String name : m_inputNames) { 
    180             xmlHelper.addTag(WorkFlow.INPUT); 
    181             xmlHelper.addTagWithContent(WorkFlow.NAME, name); 
    182             xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.INPUT); 
    183         } 
    184         xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.INPUTS); 
     180            xmlHelper.addTag(Workflow.INPUT); 
     181            xmlHelper.addTagWithContent(Workflow.NAME, name); 
     182            xmlHelper.addEndTag(Workflow.INPUT); 
     183        } 
     184        xmlHelper.addEndTag(Workflow.INPUTS); 
    185185 
    186186        // add outputs 
    187         xmlHelper.addTag(WorkFlow.OUTPUTS); 
     187        xmlHelper.addTag(Workflow.OUTPUTS); 
    188188        for (String name : m_outputNames) { 
    189             xmlHelper.addTag(WorkFlow.OUTPUT); 
    190             xmlHelper.addTagWithContent(WorkFlow.NAME, name); 
    191             xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.OUTPUT); 
    192         } 
    193         xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.OUTPUTS); 
     189            xmlHelper.addTag(Workflow.OUTPUT); 
     190            xmlHelper.addTagWithContent(Workflow.NAME, name); 
     191            xmlHelper.addEndTag(Workflow.OUTPUT); 
     192        } 
     193        xmlHelper.addEndTag(Workflow.OUTPUTS); 
    194194 
    195195        // end workflow 
     
    197197 
    198198        return xmlBuilder.toString(); 
    199  
    200199    } 
    201200 
     
    222221            xml = tag.getContent(); 
    223222            tag = xmlHelper.getNextTag(xml); 
    224             if (!WorkFlow.NAME.equals(tag.getName())) { 
     223            if (!Workflow.NAME.equals(tag.getName())) { 
    225224                throw new XMLException("Missing <name> for <plugin>"); 
    226225            } 
     
    245244 
    246245            tag = xmlHelper.getNextTag(xml); 
    247             if (!WorkFlow.INPUTS.equals(tag.getName())) { 
     246            if (!Workflow.INPUTS.equals(tag.getName())) { 
    248247                throw new XMLException("Missing <inputs> within <plugin>"); 
    249248            } 
     
    258257                } 
    259258 
    260                 if (!WorkFlow.INPUT.equals(tag.getName())) { 
     259                if (!Workflow.INPUT.equals(tag.getName())) { 
    261260                    throw new XMLException("Missing <input> within <inputs>"); 
    262261                } 
     
    266265                inputXML = tag.getRemainder(); 
    267266 
    268                 if (!WorkFlow.NAME.equals(tag.getName())) { 
     267                if (!Workflow.NAME.equals(tag.getName())) { 
    269268                    throw new XMLException("Missing <name> within <input>"); 
    270269                } 
     
    281280            //  </outputs> 
    282281            tag = xmlHelper.getNextTag(xml); 
    283             if (!WorkFlow.OUTPUTS.equals(tag.getName())) { 
     282            if (!Workflow.OUTPUTS.equals(tag.getName())) { 
    284283                throw new XMLException("Missing <outputs> within <plugin>"); 
    285284            } 
     
    294293                } 
    295294 
    296                 if (!WorkFlow.OUTPUT.equals(tag.getName())) { 
     295                if (!Workflow.OUTPUT.equals(tag.getName())) { 
    297296                    throw new XMLException("Missing <output> within <outputs>"); 
    298297                } 
     
    302301                outputXML = tag.getRemainder(); 
    303302 
    304                 if (!WorkFlow.NAME.equals(tag.getName())) { 
     303                if (!Workflow.NAME.equals(tag.getName())) { 
    305304                    throw new XMLException("Missing <name> within <output>"); 
    306305                } 
  • branches/maven/projects/workflow/test/loci/workflow/FinalizeTest.java

    r7526 r7534  
    4646 
    4747 
    48         WorkFlow workFlow1 = new WorkFlow(); 
     48        Workflow workFlow1 = new Workflow(); 
    4949        workFlow1.setName("workFlow1"); 
    5050        workFlow1.add(testComponentA); 
  • branches/maven/projects/workflow/test/loci/workflow/PluginWiringTest.java

    r7526 r7534  
    4343 
    4444        // create workflow, add & wire modules 
    45         IWorkFlow workflow = new WorkFlow(); 
     45        IWorkflow workflow = new Workflow(); 
    4646        workflow.setName("My Workflow"); 
    4747        workflow.add(module1); 
  • branches/maven/projects/workflow/test/loci/workflow/SerializeDeserializeTest.java

    r7526 r7534  
    5454        ModuleFactory.getInstance().register(TestComponent.TESTCOMPONENT, componentFactory); 
    5555 
    56         WorkFlow workFlow1 = new WorkFlow(); 
     56        Workflow workFlow1 = new Workflow(); 
    5757        workFlow1.setName("workFlow1"); 
    5858       // workFlow1.setModuleFactory(componentFactory); 
     
    6767        System.out.println("workFlow1 XML [\n" + xml1 + "]"); 
    6868 
    69         WorkFlow workFlow2 = new WorkFlow(); 
     69        Workflow workFlow2 = new Workflow(); 
    7070        workFlow2.fromXML(xml1); 
    7171        String xml2 = workFlow2.toXML(); 
  • branches/maven/projects/workflow/test/loci/workflow/TestComponent.java

    r7526 r7534  
    7373        // add workflow tag and name 
    7474        xmlHelper.addTag(TESTCOMPONENT); 
    75         xmlHelper.addTagWithContent(WorkFlow.NAME, getName()); 
     75        xmlHelper.addTagWithContent(Workflow.NAME, getName()); 
    7676 
    7777        // add inputs 
    78         xmlHelper.addTag(WorkFlow.INPUTS); 
     78        xmlHelper.addTag(Workflow.INPUTS); 
    7979        for (String name : m_inputNames) { 
    80             xmlHelper.addTag(WorkFlow.INPUT); 
    81             xmlHelper.addTagWithContent(WorkFlow.NAME, name); 
    82             xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.INPUT); 
    83         } 
    84         xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.INPUTS); 
     80            xmlHelper.addTag(Workflow.INPUT); 
     81            xmlHelper.addTagWithContent(Workflow.NAME, name); 
     82            xmlHelper.addEndTag(Workflow.INPUT); 
     83        } 
     84        xmlHelper.addEndTag(Workflow.INPUTS); 
    8585 
    8686        // add outputs 
    87         xmlHelper.addTag(WorkFlow.OUTPUTS); 
     87        xmlHelper.addTag(Workflow.OUTPUTS); 
    8888        for (String name : m_outputNames) { 
    89             xmlHelper.addTag(WorkFlow.OUTPUT); 
    90             xmlHelper.addTagWithContent(WorkFlow.NAME, name); 
    91             xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.OUTPUT); 
    92         } 
    93         xmlHelper.addEndTag(WorkFlow.OUTPUTS); 
     89            xmlHelper.addTag(Workflow.OUTPUT); 
     90            xmlHelper.addTagWithContent(Workflow.NAME, name); 
     91            xmlHelper.addEndTag(Workflow.OUTPUT); 
     92        } 
     93        xmlHelper.addEndTag(Workflow.OUTPUTS); 
    9494 
    9595        // end workflow 
     
    121121            xml = tag.getContent(); 
    122122            tag = xmlHelper.getNextTag(xml); 
    123             if (!WorkFlow.NAME.equals(tag.getName())) { 
     123            if (!Workflow.NAME.equals(tag.getName())) { 
    124124                throw new XMLException("Missing <name> for <workflow>"); 
    125125            } 
     
    136136 
    137137            tag = xmlHelper.getNextTag(xml); 
    138             if (!WorkFlow.INPUTS.equals(tag.getName())) { 
     138            if (!Workflow.INPUTS.equals(tag.getName())) { 
    139139                throw new XMLException("Missing <inputs> within <testcomponent>"); 
    140140            } 
     
    149149                } 
    150150 
    151                 if (!WorkFlow.INPUT.equals(tag.getName())) { 
     151                if (!Workflow.INPUT.equals(tag.getName())) { 
    152152                    throw new XMLException("Missing <input> within <inputs"); 
    153153                } 
     
    157157                inputXML = tag.getRemainder(); 
    158158 
    159                 if (!WorkFlow.NAME.equals(tag.getName())) { 
     159                if (!Workflow.NAME.equals(tag.getName())) { 
    160160                    throw new XMLException("Missing <name> within <input>"); 
    161161                } 
     
    173173            //  </outputs> 
    174174            tag = xmlHelper.getNextTag(xml); 
    175             if (!WorkFlow.OUTPUTS.equals(tag.getName())) { 
     175            if (!Workflow.OUTPUTS.equals(tag.getName())) { 
    176176                throw new XMLException("Missing <outputs> within <testcomponent>"); 
    177177            } 
     
    186186                } 
    187187 
    188                 if (!WorkFlow.OUTPUT.equals(tag.getName())) { 
     188                if (!Workflow.OUTPUT.equals(tag.getName())) { 
    189189                    throw new XMLException("Missing <output> within <outputs>"); 
    190190                } 
     
    194194                outputXML = tag.getRemainder(); 
    195195 
    196                 if (!WorkFlow.NAME.equals(tag.getName())) { 
     196                if (!Workflow.NAME.equals(tag.getName())) { 
    197197                    throw new XMLException("Missing <name> within <output>"); 
    198198                } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.