Changeset 7544


Ignore:
Timestamp:
01/18/11 11:44:40 (9 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed channel name and wavelength population. See  omero:#3865.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/components/bio-formats/src/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r7251 r7544  
    608608    LOGGER.info("Populating metadata"); 
    609609 
    610     for (String name : tagsToParse) { 
    611       int imageNum = getImageNumber(name, -1); 
    612       parseTags(imageNum, name, store); 
    613     } 
    614  
    615610    core[0].sizeZ = zIndices.size(); 
    616611    core[0].sizeT = tIndices.size(); 
     
    625620    core[0].rgb = (bpp % 3) == 0; 
    626621    if (isRGB()) core[0].sizeC *= 3; 
     622 
     623    for (String name : tagsToParse) { 
     624      int imageNum = getImageNumber(name, -1); 
     625      parseTags(imageNum, name, store); 
     626    } 
    627627 
    628628    // calculate tile dimensions and number of tiles 
     
    930930        } 
    931931        else if (key.startsWith("Emission Wavelength")) { 
    932           if (cIndex != -1 && nextEmWave <= effectiveSizeC) { 
     932          if (cIndex != -1) { 
    933933            Integer wave = new Integer(value); 
    934934            if (wave.intValue() > 0) { 
    935               emWavelength.put(nextEmWave++, new PositiveInteger(wave)); 
     935              emWavelength.put(cIndex, new PositiveInteger(wave)); 
    936936            } 
    937937          } 
    938938        } 
    939939        else if (key.startsWith("Excitation Wavelength")) { 
    940           if (cIndex != -1 && nextExWave <= effectiveSizeC) { 
    941             Integer wave = new Integer(value); 
     940          if (cIndex != -1) { 
     941            Integer wave = new Integer((int) Double.parseDouble(value)); 
    942942            if (wave.intValue() > 0) { 
    943               exWavelength.put(nextExWave++, new PositiveInteger(wave)); 
     943              exWavelength.put(cIndex, new PositiveInteger(wave)); 
    944944            } 
    945945          } 
    946946        } 
    947947        else if (key.startsWith("Channel Name")) { 
    948           if (cIndex != -1 && nextChName <= effectiveSizeC) { 
    949             channelName.put(nextChName++, value); 
     948          if (cIndex != -1) { 
     949            channelName.put(cIndex, value); 
    950950          } 
    951951        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.