Changeset 7639 for trunk/projects


Ignore:
Timestamp:
03/05/11 15:29:21 (9 years ago)
Author:
curtis
Message:

Fix some Eclipse warnings and formatting.

Location:
trunk/projects
Files:
19 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/AbstractCurveFitter.java

    r7288 r7639  
    4747    double[] m_instrumentResponse; 
    4848     
    49     /** 
    50      * @inheritDoc 
    51      */ 
     49    @Override 
    5250    public FitFunction getFitFunction() { 
    5351        return m_fitFunction; 
    5452    } 
    5553     
    56     /** 
    57      * @inheritDoc 
    58      */ 
     54    @Override 
    5955    public void setFitFunction(FitFunction function) { 
    6056        m_fitFunction = function; 
    6157    } 
    6258 
    63     /** 
    64      * @inheritDoc 
    65      */ 
     59    @Override 
    6660    public int getNumberComponents() { 
    6761        int number = 0; 
     
    7367    } 
    7468 
    75     /** 
    76      * @inheritDoc 
    77      */ 
     69    @Override 
    7870    public double getXInc() { 
    7971        return m_xInc; 
    8072    } 
    8173 
    82     /** 
    83      * @inheritDoc 
    84      */ 
     74    @Override 
    8575    public void setXInc(double xInc) { 
    8676        m_xInc = xInc; 
    8777    } 
    8878 
    89     /** 
    90      * @inheritDoc 
    91      */ 
     79    @Override 
    9280    public boolean[] getFree() { 
    9381        return m_free; 
    9482    } 
    9583 
    96     /** 
    97      * @inheritDoc 
    98      */ 
     84    @Override 
    9985    public void setFree(boolean[] free) { 
    10086        m_free = free; 
    10187    } 
    10288 
    103     /** 
    104      * @inheritDoc 
    105      */ 
     89    @Override 
    10690    public double[] getInstrumentResponse() { 
    10791        return m_instrumentResponse; 
    10892    } 
    10993 
    110     /** 
    111      * @inheritDoc 
    112      */ 
     94    @Override 
    11395    public void setInstrumentResponse(double response[]) { 
    11496        m_instrumentResponse = response; 
    11597    } 
    11698 
    117     /** 
    118      * @inheritDoc 
    119      */ 
    120      public int fitData(ICurveFitData[] data) { 
     99    @Override 
     100    public int fitData(ICurveFitData[] data) { 
    121101        int nData = data[0].getYCount().length; 
    122102        return fitData(data, 0, nData - 1); 
    123103    } 
    124104 
    125     /** 
    126      * @inheritDoc 
    127      */ 
    128     abstract public int fitData(ICurveFitData[] data, int start, int stop); 
     105    @Override 
     106    public abstract int fitData(ICurveFitData[] data, int start, int stop); 
    129107} 
    130108 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/AkutanCurveFitter.java

    r7026 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import cern.colt.matrix.DoubleFactory1D; 
    38 import cern.colt.matrix.DoubleFactory2D; 
    3937import cern.colt.matrix.DoubleMatrix1D; 
    4038import cern.colt.matrix.DoubleMatrix2D; 
     
    5654public class AkutanCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    5755 
    58     /** 
    59      * @inheritDoc 
    60      */ 
     56    @Override 
    6157    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    6258        int length = stop - start + 1; 
     
    8884            int paramsLength = params.length; 
    8985            for (int i = 0; i <  paramsLength; ++i) { 
    90                 params[i] = (double) solution.get(i); 
     86                params[i] = solution.get(i); 
    9187            } 
    9288            double yFittedX[] = data.getYFitted(); //TODO better name; was 'yFitted', collided with 'yFitted', formerly 'm_yFitted' 
    9389            for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    94                 yFittedX[start + i] = (double) yFitted.get(i); 
     90                yFittedX[start + i] = yFitted.get(i); 
    9591            } 
    9692        } 
     
    133129         * @param a parameters of the fit 
    134130         */ 
     131        @Override 
    135132        public double value(DoubleMatrix1D a) { 
    136133 
     
    176173         * Must be called after 'value()'. 
    177174         * 
    178          * @param x 
     175         * @param a 
    179176         * @return gradient 
    180177         */ 
     178        @Override 
    181179        public DoubleMatrix1D gradient(DoubleMatrix1D a) { 
    182180            DoubleMatrix1D g = new DenseDoubleMatrix1D(a.size()); 
     
    202200         * @return hessian 
    203201         */ 
     202        @Override 
    204203        public DoubleMatrix2D hessian(DoubleMatrix1D a) { 
    205204            DoubleMatrix2D H = new DenseDoubleMatrix2D(a.size(), a.size()); 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/CurveFitData.java

    r7186 r7639  
    5656    Object m_userData; 
    5757 
    58     /** 
    59      * @inheritDoc 
    60      */ 
     58    @Override 
    6159    public int getChannel() { 
    6260        return m_channel; 
    6361    } 
    6462 
    65     /** 
    66      * @inheritDoc 
    67      */ 
     63    @Override 
    6864    public void setChannel(int channel) { 
    6965        m_channel = channel; 
    7066    } 
    7167 
    72     /** 
    73      * @inheritDoc 
    74      */ 
     68    @Override 
    7569    public int getX() { 
    7670        return m_x; 
    7771    } 
    7872 
    79     /** 
    80      * @inheritDoc 
    81      */ 
     73    @Override 
    8274    public void setX(int x) { 
    8375        m_x = x; 
    8476    } 
    8577 
    86     /** 
    87      * @inheritDoc 
    88      */ 
     78    @Override 
    8979    public int getY() { 
    9080        return m_y; 
    9181    } 
    9282 
    93     /** 
    94      * @inheritDoc 
    95      */ 
     83    @Override 
    9684    public void setY(int y) { 
    9785        m_y = y; 
    9886    } 
    9987 
    100     /** 
    101      * @inheritDoc 
    102      */ 
     88    @Override 
    10389    public double[] getParams() { 
    10490        return m_params; 
    10591    } 
    10692 
    107     /** 
    108      * @inheritDoc 
    109      */ 
     93    @Override 
    11094    public void setParams(double[] params) { 
    11195        m_params = params; 
    11296    } 
    11397 
    114     /** 
    115      * @inheritDoc 
    116      */ 
    11798    public boolean[] getFree() { 
    11899        return m_free; 
    119100    } 
    120101 
    121     /** 
    122      * @inheritDoc 
    123      */ 
    124102    public void setFree(boolean[] free) { 
    125103        m_free = free; 
    126104    } 
    127105 
    128     /** 
    129      * @inheritDoc 
    130      */ 
     106    @Override 
    131107    public double[] getYCount() { 
    132108        return m_yCount; 
    133109    } 
    134110 
    135     /** 
    136      * @inheritDoc 
    137      */ 
     111    @Override 
    138112    public void setYCount(double yCount[]) { 
    139113        m_yCount = yCount; 
    140114    } 
    141115 
    142     /** 
    143      * @inheritDoc 
    144      */ 
     116    @Override 
    145117    public double[] getSig() { 
    146118        return m_sig; 
    147119    } 
    148120 
    149     /** 
    150      * @inheritDoc 
    151      */ 
     121    @Override 
    152122    public void setSig(double sig[]) { 
    153123        m_sig = sig; 
    154124    } 
    155125 
    156     /** 
    157      * @inheritDoc 
    158      */ 
     126    @Override 
    159127    public double[] getYFitted() { 
    160128        return m_yFitted; 
    161129    } 
    162130 
    163     /** 
    164      * @inheritDoc 
    165      */ 
     131    @Override 
    166132    public void setYFitted(double yFitted[]) { 
    167133        m_yFitted = yFitted; 
    168134    } 
    169135 
    170     /** 
    171      * @inheritDoc 
    172      */ 
    173136    public double getChiSquare() { 
    174137        return m_chiSquare; 
    175138    } 
    176139 
    177     /** 
    178      * @inheritDoc 
    179      */ 
    180140    public void setChiSquare(double chiSquare) { 
    181141        m_chiSquare = chiSquare; 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/GrayCurveFitter.java

    r7028 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3837import com.sun.jna.Library; 
    3938import com.sun.jna.Native; 
    40 import com.sun.jna.Platform; 
     39import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    4140 
    4241/** 
     
    9089    } 
    9190 
    92  
    93     /** 
    94      * @inheritDoc 
    95      */ 
     91    @Override 
    9692    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    97  
    98         CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("GrayCode", CLibrary.class); 
     93        CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("GrayCode", CLibrary.class); 
    9994 
    10095        //TODO ARG since initial x = fit_start * xincr we have to supply the unused portion of y[] before fit_start. 
     
    122117            float chiSqTarget = 1.0f; //TODO note 'chiSqTarget' is internally known as 'division'!!!! 
    123118 
    124             boolean success; 
    125             int goodPixels = 0; 
    126             int badPixels = 0; 
    127  
    128119           // double[][] lmaData; 
    129120 
     
    160151//System.out.println("returnValue " + returnValue + " z " + z.getValue() + " a " + a.getValue() + " tau " + tau.getValue() + " chiSq " + chiSq.getValue()); 
    161152                //data.setYFitted(); 
    162                 params[0] = (double) a.getValue(); 
    163                 params[1] = 1.0 / ((double) tau.getValue()); // convert tau to lambda 
    164                 params[2] = (double) z.getValue(); 
     153                params[0] = a.getValue(); 
     154                params[1] = 1.0 / tau.getValue(); // convert tau to lambda 
     155                params[2] = z.getValue(); 
    165156                data.setParams(params); 
    166157            } 
     
    184175            FloatByReference chiSq = new FloatByReference(); 
    185176            float chiSqTarget = 1.0f; //TODO note 'chiSqTarget' is internally known as 'division'!!!! 
    186  
    187             boolean success; 
    188             int goodPixels = 0; 
    189             int badPixels = 0; 
    190177 
    191178           // double[][] lmaData; 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/GrayNRCurveFitter.java

    r7598 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    38 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3937import com.sun.jna.Library; 
    4038import com.sun.jna.Native; 
    41 import com.sun.jna.Platform; 
     39import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    4240 
    4341/** 
     
    131129 
    132130 
    133     /** 
    134      * @inheritDoc 
    135      */ 
     131    @Override 
    136132    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    137133        int returnValue = 0; 
     
    161157        double sig[] = new double[stop+1]; 
    162158        for (int i = 0; i < sig.length; ++i) { 
    163                 sig[i] = 1.0; // basically ignoring sig for now 
     159            sig[i] = 1.0; // basically ignoring sig for now 
    164160        } 
    165161 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/JaolhoCurveFitter.java

    r7291 r7639  
    4545public class JaolhoCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    4646 
    47     /** 
    48      * @inheritDoc 
    49      */ 
    50     public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    51         boolean success; 
    52         int goodPixels = 0; 
    53         int badPixels = 0; 
    54         double[][] lmaData; 
    55         LMAFunction function; 
    56         LMA lma; 
    57          
    58         int length = stop - start + 1; 
    59         lmaData = new double[2][length]; 
    60         double x_value = start * m_xInc; 
    61         for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    62             lmaData[0][i] = x_value; 
    63             x_value += m_xInc; 
    64         } 
     47  @Override 
     48  public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
     49    int goodPixels = 0; 
     50    int badPixels = 0; 
     51    double[][] lmaData; 
     52    LMAFunction function; 
     53    LMA lma; 
    6554 
    66         if (ICurveFitter.FitFunction.STRETCHED_EXPONENTIAL.equals(getFitFunction())) { 
    67             System.out.println("Stretched exponentials not supported in Jaolho at this time."); 
    68             return 0; 
    69         } 
    70         function = new ExpFunction(getNumberComponents()); 
     55    int length = stop - start + 1; 
     56    lmaData = new double[2][length]; 
     57    double x_value = start * m_xInc; 
     58    for (int i = 0; i < length; ++i) { 
     59      lmaData[0][i] = x_value; 
     60      x_value += m_xInc; 
     61    } 
    7162 
    72         for (ICurveFitData data: dataArray) { 
    73             double yData[] = data.getYCount(); 
    74             for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    75                 lmaData[1][i] = yData[start + i]; 
    76             } 
     63    if (ICurveFitter.FitFunction.STRETCHED_EXPONENTIAL.equals(getFitFunction())) { 
     64      System.out.println("Stretched exponentials not supported in Jaolho at this time."); 
     65      return 0; 
     66    } 
     67    function = new ExpFunction(getNumberComponents()); 
    7768 
    78             double inParams[] = data.getParams(); 
    79             double params[] = new double[inParams.length - 1]; 
    80             switch (getNumberComponents()) { 
    81                 case 1: 
    82                     params[0] = inParams[2]; // A1 
    83                     params[1] = inParams[3]; // T1 
    84                     params[2] = inParams[1]; // C 
    85                     break; 
    86                 case 2: 
    87                     params[0] = inParams[2]; // A1 
    88                     params[1] = inParams[3]; // T1 
    89                     params[2] = inParams[4]; // A2 
    90                     params[3] = inParams[5]; // T2 
    91                     params[4] = inParams[1]; // C 
    92                     break; 
    93                 case 3: 
    94                     params[0] = inParams[2]; // A1 
    95                     params[1] = inParams[3]; // T1 
    96                     params[2] = inParams[4]; // A2 
    97                     params[3] = inParams[5]; // T2 
    98                     params[4] = inParams[6]; // A3 
    99                     params[5] = inParams[7]; // T3 
    100                     params[6] = inParams[1]; // C 
    101                     break; 
    102             } 
    103             lma = new LMA(function, params, lmaData); 
     69    for (ICurveFitData data: dataArray) { 
     70      double yData[] = data.getYCount(); 
     71      for (int i = 0; i < length; ++i) { 
     72        lmaData[1][i] = yData[start + i]; 
     73      } 
    10474 
    105             try { 
    106                 lma.fit(); 
    107                 ++goodPixels; 
    108                 success = true; 
    109             } 
    110             catch (Exception e) { 
    111                 ++badPixels; 
    112                 success = false; 
    113                 System.out.println("exception " + e); 
    114             } 
    115             for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    116                 data.getYFitted()[start + i] = function.getY(lmaData[0][i], lma.parameters); 
    117             } 
    118             double outParams[] = data.getParams(); 
    119             switch (getNumberComponents()) { 
    120                 case 1: 
    121                     outParams[0] = lma.chi2; 
    122                     outParams[1] = params[2]; // C 
    123                     outParams[2] = params[0]; // A1 
    124                     outParams[3] = params[1]; // T1 
    125                     break; 
    126                 case 2: 
    127                     outParams[0] = lma.chi2; 
    128                     outParams[1] = params[4]; // C 
    129                     outParams[2] = params[0]; // A1 
    130                     outParams[3] = params[1]; // T1 
    131                     outParams[4] = params[2]; // A2 
    132                     outParams[5] = params[3]; // T2 
    133                     break; 
    134                 case 3: 
    135                     outParams[0] = lma.chi2; 
    136                     outParams[1] = params[6]; // C 
    137                     outParams[2] = params[0]; // A1 
    138                     outParams[3] = params[1]; // T1 
    139                     outParams[4] = params[2]; // A2 
    140                     outParams[5] = params[3]; // T2 
    141                     outParams[6] = params[4]; // A3 
    142                     outParams[7] = params[5]; // T3 
    143                     break; 
    144             } 
    145         } 
    146         //TODO error return deserves more thought 
    147         return 0; 
     75      double inParams[] = data.getParams(); 
     76      double params[] = new double[inParams.length - 1]; 
     77      switch (getNumberComponents()) { 
     78        case 1: 
     79          params[0] = inParams[2]; // A1 
     80          params[1] = inParams[3]; // T1 
     81          params[2] = inParams[1]; // C 
     82          break; 
     83        case 2: 
     84          params[0] = inParams[2]; // A1 
     85          params[1] = inParams[3]; // T1 
     86          params[2] = inParams[4]; // A2 
     87          params[3] = inParams[5]; // T2 
     88          params[4] = inParams[1]; // C 
     89          break; 
     90        case 3: 
     91          params[0] = inParams[2]; // A1 
     92          params[1] = inParams[3]; // T1 
     93          params[2] = inParams[4]; // A2 
     94          params[3] = inParams[5]; // T2 
     95          params[4] = inParams[6]; // A3 
     96          params[5] = inParams[7]; // T3 
     97          params[6] = inParams[1]; // C 
     98          break; 
     99      } 
     100      lma = new LMA(function, params, lmaData); 
     101 
     102      try { 
     103        lma.fit(); 
     104        ++goodPixels; 
     105      } 
     106      catch (Exception e) { 
     107        ++badPixels; 
     108        System.out.println("exception " + e); 
     109      } 
     110      for (int i = 0; i < length; ++i) { 
     111        data.getYFitted()[start + i] = function.getY(lmaData[0][i], lma.parameters); 
     112      } 
     113      double outParams[] = data.getParams(); 
     114      switch (getNumberComponents()) { 
     115        case 1: 
     116          outParams[0] = lma.chi2; 
     117          outParams[1] = params[2]; // C 
     118          outParams[2] = params[0]; // A1 
     119          outParams[3] = params[1]; // T1 
     120          break; 
     121        case 2: 
     122          outParams[0] = lma.chi2; 
     123          outParams[1] = params[4]; // C 
     124          outParams[2] = params[0]; // A1 
     125          outParams[3] = params[1]; // T1 
     126          outParams[4] = params[2]; // A2 
     127          outParams[5] = params[3]; // T2 
     128          break; 
     129        case 3: 
     130          outParams[0] = lma.chi2; 
     131          outParams[1] = params[6]; // C 
     132          outParams[2] = params[0]; // A1 
     133          outParams[3] = params[1]; // T1 
     134          outParams[4] = params[2]; // A2 
     135          outParams[5] = params[3]; // T2 
     136          outParams[6] = params[4]; // A3 
     137          outParams[7] = params[5]; // T3 
     138          break; 
     139      } 
    148140    } 
     141    //TODO error return deserves more thought 
     142    return 0; 
     143  } 
    149144 
    150145  /** 
     
    162157    public ExpFunction(int num) { numExp = num; } 
    163158 
     159    @Override 
    164160    public double getY(double x, double[] a) { 
    165161      double sum = 0; 
     
    176172    } 
    177173 
     174    @Override 
    178175    public double getPartialDerivate(double x, double[] a, int parameterIndex) { 
    179176      if (parameterIndex == 2 * numExp) return 1; // c term 
     
    192189    } 
    193190  } 
    194      
     191 
    195192} 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/MarkwardtCurveFitter.java

    r7033 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3837import com.sun.jna.Library; 
    3938import com.sun.jna.Native; 
    40 import com.sun.jna.Platform; 
    4139 
    4240/** 
     
    5048 */ 
    5149public class MarkwardtCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    52     int m_algType; 
     50  int m_algType; 
    5351 
    54     public interface CLibrary extends Library { 
    55         public int markwardt_fit(double x_incr, double y[], int fit_start, int fit_end, 
    56                 double param[], int param_free[], int n_param); 
     52  public interface CLibrary extends Library { 
     53    public int markwardt_fit(double x_incr, double y[], int fit_start, int fit_end, 
     54      double param[], int param_free[], int n_param); 
     55  } 
     56 
     57  @Override 
     58  public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
     59    CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("Markwardt", CLibrary.class); 
     60 
     61    for (ICurveFitData data: dataArray) { 
     62      double y[] = data.getYCount(); 
     63      int nParams = data.getParams().length; 
     64      double params[] = data.getParams(); 
     65      int paramFree[] = new int[nParams]; 
     66      for (int i = 0; i < nParams; ++i) { 
     67        paramFree[i] = 1; 
     68      } 
     69 
     70      int returnValue = lib.markwardt_fit(m_xInc, y, start, stop, params, paramFree, nParams); 
    5771    } 
    5872 
    59     /** 
    60      * @inheritDoc 
    61      */ 
    62     public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    63  
    64         CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("Markwardt", CLibrary.class); 
    65  
    66         for (ICurveFitData data: dataArray) { 
    67             int nData = data.getYCount().length; 
    68             double y[] = data.getYCount(); 
    69             int nParams = data.getParams().length; 
    70             double params[] = data.getParams(); 
    71             int paramFree[] = new int[nParams]; 
    72             for (int i = 0; i < nParams; ++i) { 
    73                 paramFree[i] = 1; 
    74             } 
    75  
    76             int returnValue = lib.markwardt_fit(m_xInc, y, start, stop, params, paramFree, nParams); 
    77         } 
    78  
    79         //TODO error return deserves more thought 
    80         return 0; 
    81     } 
     73    //TODO error return deserves more thought 
     74    return 0; 
     75  } 
    8276} 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/SLIMCurveFitter.java

    r7598 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    38 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3937import com.sun.jna.Library; 
    4038import com.sun.jna.Native; 
    41 import com.sun.jna.Platform; 
     39import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    4240 
    4341import imagej.nativelibrary.NativeLibraryUtil; 
     
    5452public class SLIMCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    5553    static CLibrary s_library; 
    56     public enum AlgorithmType { RLD, LMA }; 
     54    public enum AlgorithmType { RLD, LMA } 
    5755    private AlgorithmType m_algorithmType; 
    5856 
     
    134132 
    135133 
    136     /** 
    137      * @inheritDoc 
    138      */ 
     134    @Override 
    139135    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    140136        int returnValue = 0; 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/Detector.java

    r6933 r7639  
    9393    //IJ.run("Haar wavelet filter", "k1=3 k2=3 k3=3 std=1.6"); 
    9494 
    95     d.findParticles((ByteProcessor) Detector.imp3.getProcessor()); 
     95    d.findParticles(Detector.imp3.getProcessor()); 
    9696    d.crunchArray(); 
    9797    displayImage(d.floodArray); 
     
    180180  } 
    181181 
    182   private int fillParticles(int[][] floodArray) { 
     182  private int fillParticles(int[][] floodArr) { 
    183183    int num = 2; 
    184184    for (int i=0; i<size; i++) { 
    185185      for (int j=0; j<size; j++) { 
    186         if (floodArray[i][j]==0) continue; 
    187         if (floodArray[i][j]==1) { 
     186        if (floodArr[i][j]==0) continue; 
     187        if (floodArr[i][j]==1) { 
    188188          //System.out.println("Starting flood fill "+num+" at ("+i+", "+j+")"); 
    189           heuristicFloodFill(floodArray, i, j, num++); 
     189          heuristicFloodFill(floodArr, i, j, num++); 
    190190        } 
    191191      } 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCytometry.java

    r6933 r7639  
    7272import loci.formats.FormatException; 
    7373import loci.formats.ImageWriter; 
    74 import loci.formats.MetadataTools; 
    7574import loci.formats.ome.OMEXMLMetadata; 
    7675import loci.formats.services.OMEXMLService; 
    77  
    78 import ome.xml.model.enums.*; 
    79 import ome.xml.model.primitives.*; 
    80  
     76import ome.xml.model.enums.DimensionOrder; 
     77import ome.xml.model.enums.EnumerationException; 
     78import ome.xml.model.enums.PixelType; 
     79import ome.xml.model.primitives.PositiveInteger; 
    8180import visad.DataReferenceImpl; 
    8281import visad.Display; 
     
    210209    } 
    211210    else if (nSlices == 2) { 
    212       ImageWindow stackwin = ((ImageWindow) imp.getWindow()); 
     211      ImageWindow stackwin = imp.getWindow(); 
    213212      scroll = (Scrollbar) stackwin.getComponent(1); 
    214213 
    215214      AdjustmentListener l = new AdjustmentListener() { 
     215        @SuppressWarnings("synthetic-access") 
     216        @Override 
    216217        public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent arg0) { 
    217218          try { 
     
    239240            //  getData(imp.getCurrentSlice(), cumulative, intensity, fn)); 
    240241          } 
    241           catch (RemoteException e) {} 
    242           catch (VisADException e) {} 
     242          catch (RemoteException e) { 
     243            // ignore exceptions 
     244          } 
     245          catch (VisADException e) { 
     246            // ignore exceptions 
     247          } 
    243248        } 
    244249      }; 
     
    333338 
    334339      ItemListener CBitemListener = new ItemListener() { 
     340        @SuppressWarnings("synthetic-access") 
     341        @Override 
    335342        public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent) { 
    336343          cumulative = itemEvent.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED; 
     
    339346              imp.getCurrentSlice(), cumulative, intensity, fn)); 
    340347            FlowCytometry.display.reDisplayAll(); 
    341           } catch (RemoteException e) {} catch (VisADException e) {} 
     348          } 
     349          catch (RemoteException e) { 
     350            // ignore exceptions 
     351          } 
     352          catch (VisADException e) { 
     353            // ignore exceptions 
     354          } 
    342355        } 
    343356      }; 
     
    462475      omexmlMeta = service.createOMEXMLMetadata(); 
    463476    } 
    464     catch (DependencyException e) { exc = e; } 
    465     catch (ServiceException e) { exc = e; } 
    466  
    467     if (exc != null) { 
    468       IJ.log("Could not create OMEXMLMetadataStore: " + exc.getMessage()); 
    469       exc = null; 
     477    catch (DependencyException e) { 
     478      throw new FormatException("Could not create OMEXMLMetadataStore", exc); 
     479    } 
     480    catch (ServiceException e) { 
     481      throw new FormatException("Could not create OMEXMLMetadataStore", exc); 
    470482    } 
    471483 
     
    480492      omexmlMeta.setPixelsType(PixelType.fromString("uint8"), 0); 
    481493    } 
    482     catch (EnumerationException e) { } 
     494    catch (EnumerationException e) { 
     495      throw new FormatException(e); 
     496    } 
    483497    omexmlMeta.setPixelsBinDataBigEndian(Boolean.FALSE, 0, 0); 
    484498    try { 
    485499      omexmlMeta.setPixelsDimensionOrder(DimensionOrder.fromString("XYTZC"), 0); 
    486500    } 
    487     catch (EnumerationException e) { } 
     501    catch (EnumerationException e) { 
     502      throw new FormatException(e); 
     503    } 
    488504    omexmlMeta.setExperimenterFirstName(s_Name, 0); 
    489505 
     
    618634    //Do something with the x-position and flow rate here. 
    619635 
    620     if (nMatches > 2) return true; 
    621     else return false; 
     636    return nMatches > 2; 
    622637  } 
    623638 
     
    657672    double totalArea=0, totalIntensity=0; 
    658673    for (int j=0; j<rt.getCounter(); j++) { 
    659       double area = rt.getValue("Area", j); 
    660       totalArea += area; 
    661       totalIntensity += (rt.getValue("Mean", j))*area; 
     674      double jArea = rt.getValue("Area", j); 
     675      totalArea += jArea; 
     676      totalIntensity += (rt.getValue("Mean", j))*jArea; 
    662677    } 
    663678    if (totalArea > maxArea) maxArea = totalArea; 
     
    683698 
    684699    if (minX !=0) return minX; 
    685     else { 
    686       switch (xAxis) { 
    687         case AREA_AXIS: 
    688           return (minArea - 0.05*areaRange); 
    689         case INTENSITY_AXIS: 
    690           return MIN_INTENSITY; 
    691         default: 
    692           return (minArea - 0.05*areaRange); 
    693       } 
     700    switch (xAxis) { 
     701      case AREA_AXIS: 
     702        return (minArea - 0.05*areaRange); 
     703      case INTENSITY_AXIS: 
     704        return MIN_INTENSITY; 
     705      default: 
     706        return (minArea - 0.05*areaRange); 
    694707    } 
    695708  } 
     
    699712 
    700713    if (maxX !=0) return maxX; 
    701     else { 
    702       switch (xAxis) { 
    703         case AREA_AXIS: 
    704           return (maxArea+0.05*areaRange); 
    705         case INTENSITY_AXIS: 
    706           return MAX_INTENSITY; 
    707         default: 
    708           return (maxArea+0.05*areaRange); 
    709       } 
     714    switch (xAxis) { 
     715      case AREA_AXIS: 
     716        return (maxArea+0.05*areaRange); 
     717      case INTENSITY_AXIS: 
     718        return MAX_INTENSITY; 
     719      default: 
     720        return (maxArea+0.05*areaRange); 
    710721    } 
    711722  } 
     
    716727 
    717728    if (minY !=0) return minY; 
    718     else { 
    719       switch(yAxis) { 
    720         case AREA_AXIS: 
    721           retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
    722           break; 
    723         case INTENSITY_AXIS: 
    724           retval = MIN_INTENSITY; 
    725           break; 
    726         default: 
    727           retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
    728           break; 
    729       } 
     729    switch(yAxis) { 
     730      case AREA_AXIS: 
     731        retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
     732        break; 
     733      case INTENSITY_AXIS: 
     734        retval = MIN_INTENSITY; 
     735        break; 
     736      default: 
     737        retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
     738        break; 
    730739    } 
    731740 
     
    735744        return 0; 
    736745      } 
    737       else return Math.log(retval); 
    738     } 
    739     else return retval; 
     746      return Math.log(retval); 
     747    } 
     748    return retval; 
    740749  } 
    741750 
     
    745754 
    746755    if (maxY !=0) return maxY; 
    747     else { 
    748       switch (yAxis) { 
    749         case AREA_AXIS: 
    750           retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
    751           break; 
    752         case INTENSITY_AXIS: 
    753           retval = MAX_INTENSITY; 
    754           break; 
    755         default: 
    756           retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
    757           break; 
    758       } 
     756    switch (yAxis) { 
     757      case AREA_AXIS: 
     758        retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
     759        break; 
     760      case INTENSITY_AXIS: 
     761        retval = MAX_INTENSITY; 
     762        break; 
     763      default: 
     764        retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
     765        break; 
    759766    } 
    760767 
    761768    if (b_logY) { 
    762769      if (retval < 0) return 0; 
    763       else return Math.log(retval); 
    764     } 
    765     else return retval; 
     770      return Math.log(retval); 
     771    } 
     772    return retval; 
    766773  } 
    767774 
     
    799806  } 
    800807 
    801   public static FlatField newestGetData(int slice, boolean cumulative, 
    802     RealType x, FunctionType fn) 
     808  public static FlatField newestGetData(int slice, boolean cumul, 
     809    RealType x, FunctionType funcType) 
    803810  { 
    804811    //slice is NOT zero-indexed. 
    805812    double[] xArray, yArray; 
    806813    int beginSlice=0, endSlice=slice-1; 
    807     if (!cumulative) beginSlice = slice-1; 
     814    if (!cumul) beginSlice = slice-1; 
    808815    int beginIndex = Integer.MAX_VALUE; 
    809816    int endIndex = Integer.MIN_VALUE; 
     
    902909    if (xArray.length > 0) try { 
    903910      xSet = new List1DDoubleSet(xArray, x, null, null); 
    904       ff = new FlatField(fn, xSet); 
     911      ff = new FlatField(funcType, xSet); 
    905912      double[][] ff_vals = new double[1][xArray.length]; 
    906913      ff_vals[0] = yArray; 
     
    917924 
    918925  public static FlatField newGetData(int slice, 
    919     boolean cumulative, RealType x, FunctionType fn) 
     926    boolean cumul, RealType x, FunctionType funcType) 
    920927  { 
    921928    //slice is NOT zero-indexed. 
    922929    double[] xArray, yArray; 
    923930    int beginIndex=0, endIndex; 
    924     if (!cumulative) beginIndex = slice-1; 
     931    if (!cumul) beginIndex = slice-1; 
    925932    endIndex = slice-1; 
    926933    xArray = new double[endIndex - beginIndex + 1]; 
     
    945952    if (endIndex >= beginIndex) try { 
    946953      xSet = new List1DDoubleSet(xArray, x, null, null); 
    947       ff = new FlatField(fn, xSet); 
     954      ff = new FlatField(funcType, xSet); 
    948955      double[][] ff_vals = new double[1][xArray.length]; 
    949956      ff_vals[0] = yArray; 
     
    960967 
    961968  public static FlatField getData(int slice, 
    962     boolean cumulative, RealType x, FunctionType fn) 
     969    boolean cumul, RealType x, FunctionType funcType) 
    963970  { 
    964971    double[] xArray, yArray; 
    965972    int beginIndex=0, endIndex; 
    966     if (!cumulative) beginIndex = sliceBegin.get(slice); 
     973    if (!cumul) beginIndex = sliceBegin.get(slice); 
    967974    endIndex = sliceEnd.get(slice); 
    968975    xArray = new double[endIndex - beginIndex + 1]; 
     
    985992      try { 
    986993        intensitySet = new List1DDoubleSet(xArray, x, null, null); 
    987         ff = new FlatField(fn, intensitySet); 
     994        ff = new FlatField(funcType, intensitySet); 
    988995        double[][] ff_vals = new double[1][xArray.length]; 
    989996        ff_vals[0] = yArray; 
     
    10281035 
    10291036  public static void processFile(String filename) throws IOException { 
    1030     ImagePlus imp = IJ.openImage(filename); 
    1031     ImageStack stack = imp.getStack(); //TODO : Handle exception here. 
    1032     int size = imp.getWidth(); 
     1037    ImagePlus imagePlus = IJ.openImage(filename); 
     1038    ImageStack imageStack = imagePlus.getStack(); // TODO: handle exception 
     1039    int size = imagePlus.getWidth(); 
    10331040 
    10341041    double PixelsPerMicron = Double.valueOf(IJ.getString( 
     
    10381045    // Close the other open windows 
    10391046    if (frame != null) frame.dispose(); 
    1040     if (imp != null) imp.close(); 
     1047    imagePlus.close(); 
    10411048 
    10421049    init(size, size, PixelsPerMicron); 
    10431050    showParticles(true); 
    1044     for (int i=1; i<=stack.getSize(); i++) { 
    1045       byte[] imageData = (byte[]) stack.getPixels(i); 
     1051    for (int i=1; i<=imageStack.getSize(); i++) { 
     1052      byte[] imageData = (byte[]) imageStack.getPixels(i); 
    10461053      incrementSlices(); 
    10471054      showImage(size, size, imageData); 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/Particle.java

    r6933 r7639  
    116116  public int getMeanIntensity() { 
    117117    if (pixelArea==0) return 0; 
    118     else return totalIntensity/pixelArea; 
     118    return totalIntensity/pixelArea; 
    119119  } 
    120120 
  • trunk/projects/jar2lib/src/main/java/loci/jar2lib/ClassList.java

    r7635 r7639  
    3535package loci.jar2lib; 
    3636 
    37 import java.io.File; 
    3837import java.io.IOException; 
    3938import java.util.ArrayList; 
  • trunk/projects/jar2lib/src/main/java/loci/jar2lib/FixProxies.java

    r6926 r7639  
    122122        " conflicts.txt /path/to/proxies [/path/to/more/proxies ...]"); 
    123123      System.exit(1); 
     124      return; 
    124125    } 
    125126    final String conflictsFile = args[0]; 
  • trunk/projects/jar2lib/src/main/java/loci/jar2lib/Jar2Lib.java

    r7635 r7639  
    261261    log("--> Generating CMake build file"); 
    262262    generator.createCMakeLists(projectId, projectName, 
    263         sourceFiles, path(outputDir)); 
     263      sourceFiles, path(outputDir)); 
    264264  } 
    265265 
     
    267267   * Copies static project resources into the project directory. 
    268268   * In particular, copies the Jace C++ distribution and related files. 
    269    * 
    270    * @param includeDir Folder containing the C++ headers. 
    271269   */ 
    272270  public void generateSkeleton() throws IOException { 
     
    312310   * Post-processes the generated proxies to correct any 
    313311   * conflicts identified in the specified conflicts file. 
    314    * 
    315    * @param proxiesDir Folder containing the generated C++ proxies. 
    316    * @throws IOException 
    317312   */ 
    318313  public void fixConflicts() throws IOException { 
     
    405400  } 
    406401 
    407         /** 
     402  /** 
    408403   * Copies the given file to to the source folder 
    409404   * of the specified output directory. 
    410         * @throws IOException  
     405  * @throws IOException  
    411406   */ 
    412407  private void copySourceFile(final File sourceFile) throws IOException { 
    413         log(sourceFile.getPath()); 
    414         final File outputFile = new File(outputSourceDir, sourceFile.getName()); 
    415         final FileInputStream in = new FileInputStream(sourceFile); 
    416         writeStreamToFile(in, outputFile); 
    417         in.close(); 
     408    log(sourceFile.getPath()); 
     409    final File outputFile = new File(outputSourceDir, sourceFile.getName()); 
     410    final FileInputStream in = new FileInputStream(sourceFile); 
     411    writeStreamToFile(in, outputFile); 
     412    in.close(); 
    418413  } 
    419414 
     
    481476  /** Writes the contents of the given input stream to the specified file. */ 
    482477  private static void writeStreamToFile(final InputStream in, 
    483         final File outputFile) throws IOException 
    484         { 
    485           final OutputStream out = new FileOutputStream(outputFile); 
    486           final byte[] buf = new byte[512 * 1024]; // 512K buffer 
    487           while (true) { 
    488             int r = in.read(buf); 
    489             if (r <= 0) break; // EOF 
    490             out.write(buf, 0, r); 
    491           } 
    492           out.close(); 
    493         } 
     478    final File outputFile) throws IOException 
     479  { 
     480    final OutputStream out = new FileOutputStream(outputFile); 
     481    final byte[] buf = new byte[512 * 1024]; // 512K buffer 
     482    while (true) { 
     483      int r = in.read(buf); 
     484      if (r <= 0) break; // EOF 
     485      out.write(buf, 0, r); 
     486    } 
     487    out.close(); 
     488  } 
    494489 
    495490} 
  • trunk/projects/jar2lib/src/main/java/loci/jar2lib/StringReplace.java

    r6926 r7639  
    127127  // -- Helper utility methods -- 
    128128 
    129   public static String fixEscaped(String s) { 
    130     s = s.replaceAll("\\\\n", "\n"); 
     129  public static String fixEscaped(final String escapedString) { 
     130    String s = escapedString.replaceAll("\\\\n", "\n"); 
    131131    s = s.replaceAll("\\\\r", "\r"); 
    132132    s = s.replaceAll("\\\\t", "\t"); 
  • trunk/projects/loci-checks/src/main/java/loci/checks/About.java

    r6928 r7639  
    5656    "http://checkstyle.sourceforge.net/"; 
    5757 
    58   private About() { } 
     58  private About() { 
     59    // prevent instantiation of utility class 
     60  } 
    5961 
    6062  public static void main(String[] args) { 
  • trunk/projects/loci-checks/src/main/java/loci/checks/BlankLinesCheck.java

    r6928 r7639  
    5757 
    5858  /** Sets the maximum allowed number of consecutive blank lines. */ 
    59   public void setMax(int max) { this.max = max; } 
     59  public void setMax(final int max) { this.max = max; } 
    6060 
    6161  // -- Check API methods -- 
    6262 
    63   /* @see com.puppycrawl.tools.checkstyle.api.Check#getDefaultTokens() */ 
     63  @Override 
    6464  public int[] getDefaultTokens() { 
    6565    return new int[0]; 
    6666  } 
    6767 
    68   /* @see com.puppycrawl.tools.checkstyle.api.Check#beginTree(DetailAST) */ 
    69   public void beginTree(DetailAST aRootAST) { 
     68  @Override 
     69  public void beginTree(final DetailAST aRootAST) { 
    7070    String[] lines = getLines(); 
    7171    int count = 0; 
  • trunk/projects/misc-plugins/src/main/java/Export_As_Text.java

    r6927 r7639  
    6161    private Roi[] m_rois = {}; 
    6262 
     63    @Override 
    6364    public int setup(String arg, ImagePlus imp) { 
    6465        this.imp = imp; 
     
    6667    } 
    6768 
     69    @Override 
    6870    public void run(ImageProcessor ip) { 
    6971        boolean floatType = ip instanceof FloatProcessor; 
     
    8991        try { 
    9092            fw = new FileWriter(m_file); 
    91         } catch (IOException e) { 
     93        } 
     94        catch (IOException e) { 
    9295            IJ.log("exception opening file " + m_file); 
    9396            IJ.handleException(e); 
     97            return; 
    9498        } 
    9599 
  • trunk/projects/misc-plugins/src/main/java/Roi_Map.java

    r6927 r7639  
    6363    ColorModel m_colorModel; 
    6464     
    65     public int setup(String arg, ImagePlus imp) { 
     65    @Override 
     66                public int setup(String arg, ImagePlus imp) { 
    6667        if (arg.equals("about")) { 
    6768            showAbout(); 
     
    7677    } 
    7778     
    78     public void run(ImageProcessor ip) { 
     79    @Override 
     80                public void run(ImageProcessor ip) { 
    7981        // get list of current ROIs 
    8082        Roi[] rois = {}; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.