Ignore:
Timestamp:
03/05/11 15:29:21 (9 years ago)
Author:
curtis
Message:

Fix some Eclipse warnings and formatting.

Location:
trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/AbstractCurveFitter.java

    r7288 r7639  
    4747    double[] m_instrumentResponse; 
    4848     
    49     /** 
    50      * @inheritDoc 
    51      */ 
     49    @Override 
    5250    public FitFunction getFitFunction() { 
    5351        return m_fitFunction; 
    5452    } 
    5553     
    56     /** 
    57      * @inheritDoc 
    58      */ 
     54    @Override 
    5955    public void setFitFunction(FitFunction function) { 
    6056        m_fitFunction = function; 
    6157    } 
    6258 
    63     /** 
    64      * @inheritDoc 
    65      */ 
     59    @Override 
    6660    public int getNumberComponents() { 
    6761        int number = 0; 
     
    7367    } 
    7468 
    75     /** 
    76      * @inheritDoc 
    77      */ 
     69    @Override 
    7870    public double getXInc() { 
    7971        return m_xInc; 
    8072    } 
    8173 
    82     /** 
    83      * @inheritDoc 
    84      */ 
     74    @Override 
    8575    public void setXInc(double xInc) { 
    8676        m_xInc = xInc; 
    8777    } 
    8878 
    89     /** 
    90      * @inheritDoc 
    91      */ 
     79    @Override 
    9280    public boolean[] getFree() { 
    9381        return m_free; 
    9482    } 
    9583 
    96     /** 
    97      * @inheritDoc 
    98      */ 
     84    @Override 
    9985    public void setFree(boolean[] free) { 
    10086        m_free = free; 
    10187    } 
    10288 
    103     /** 
    104      * @inheritDoc 
    105      */ 
     89    @Override 
    10690    public double[] getInstrumentResponse() { 
    10791        return m_instrumentResponse; 
    10892    } 
    10993 
    110     /** 
    111      * @inheritDoc 
    112      */ 
     94    @Override 
    11395    public void setInstrumentResponse(double response[]) { 
    11496        m_instrumentResponse = response; 
    11597    } 
    11698 
    117     /** 
    118      * @inheritDoc 
    119      */ 
    120      public int fitData(ICurveFitData[] data) { 
     99    @Override 
     100    public int fitData(ICurveFitData[] data) { 
    121101        int nData = data[0].getYCount().length; 
    122102        return fitData(data, 0, nData - 1); 
    123103    } 
    124104 
    125     /** 
    126      * @inheritDoc 
    127      */ 
    128     abstract public int fitData(ICurveFitData[] data, int start, int stop); 
     105    @Override 
     106    public abstract int fitData(ICurveFitData[] data, int start, int stop); 
    129107} 
    130108 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/AkutanCurveFitter.java

    r7026 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import cern.colt.matrix.DoubleFactory1D; 
    38 import cern.colt.matrix.DoubleFactory2D; 
    3937import cern.colt.matrix.DoubleMatrix1D; 
    4038import cern.colt.matrix.DoubleMatrix2D; 
     
    5654public class AkutanCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    5755 
    58     /** 
    59      * @inheritDoc 
    60      */ 
     56    @Override 
    6157    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    6258        int length = stop - start + 1; 
     
    8884            int paramsLength = params.length; 
    8985            for (int i = 0; i <  paramsLength; ++i) { 
    90                 params[i] = (double) solution.get(i); 
     86                params[i] = solution.get(i); 
    9187            } 
    9288            double yFittedX[] = data.getYFitted(); //TODO better name; was 'yFitted', collided with 'yFitted', formerly 'm_yFitted' 
    9389            for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    94                 yFittedX[start + i] = (double) yFitted.get(i); 
     90                yFittedX[start + i] = yFitted.get(i); 
    9591            } 
    9692        } 
     
    133129         * @param a parameters of the fit 
    134130         */ 
     131        @Override 
    135132        public double value(DoubleMatrix1D a) { 
    136133 
     
    176173         * Must be called after 'value()'. 
    177174         * 
    178          * @param x 
     175         * @param a 
    179176         * @return gradient 
    180177         */ 
     178        @Override 
    181179        public DoubleMatrix1D gradient(DoubleMatrix1D a) { 
    182180            DoubleMatrix1D g = new DenseDoubleMatrix1D(a.size()); 
     
    202200         * @return hessian 
    203201         */ 
     202        @Override 
    204203        public DoubleMatrix2D hessian(DoubleMatrix1D a) { 
    205204            DoubleMatrix2D H = new DenseDoubleMatrix2D(a.size(), a.size()); 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/CurveFitData.java

    r7186 r7639  
    5656    Object m_userData; 
    5757 
    58     /** 
    59      * @inheritDoc 
    60      */ 
     58    @Override 
    6159    public int getChannel() { 
    6260        return m_channel; 
    6361    } 
    6462 
    65     /** 
    66      * @inheritDoc 
    67      */ 
     63    @Override 
    6864    public void setChannel(int channel) { 
    6965        m_channel = channel; 
    7066    } 
    7167 
    72     /** 
    73      * @inheritDoc 
    74      */ 
     68    @Override 
    7569    public int getX() { 
    7670        return m_x; 
    7771    } 
    7872 
    79     /** 
    80      * @inheritDoc 
    81      */ 
     73    @Override 
    8274    public void setX(int x) { 
    8375        m_x = x; 
    8476    } 
    8577 
    86     /** 
    87      * @inheritDoc 
    88      */ 
     78    @Override 
    8979    public int getY() { 
    9080        return m_y; 
    9181    } 
    9282 
    93     /** 
    94      * @inheritDoc 
    95      */ 
     83    @Override 
    9684    public void setY(int y) { 
    9785        m_y = y; 
    9886    } 
    9987 
    100     /** 
    101      * @inheritDoc 
    102      */ 
     88    @Override 
    10389    public double[] getParams() { 
    10490        return m_params; 
    10591    } 
    10692 
    107     /** 
    108      * @inheritDoc 
    109      */ 
     93    @Override 
    11094    public void setParams(double[] params) { 
    11195        m_params = params; 
    11296    } 
    11397 
    114     /** 
    115      * @inheritDoc 
    116      */ 
    11798    public boolean[] getFree() { 
    11899        return m_free; 
    119100    } 
    120101 
    121     /** 
    122      * @inheritDoc 
    123      */ 
    124102    public void setFree(boolean[] free) { 
    125103        m_free = free; 
    126104    } 
    127105 
    128     /** 
    129      * @inheritDoc 
    130      */ 
     106    @Override 
    131107    public double[] getYCount() { 
    132108        return m_yCount; 
    133109    } 
    134110 
    135     /** 
    136      * @inheritDoc 
    137      */ 
     111    @Override 
    138112    public void setYCount(double yCount[]) { 
    139113        m_yCount = yCount; 
    140114    } 
    141115 
    142     /** 
    143      * @inheritDoc 
    144      */ 
     116    @Override 
    145117    public double[] getSig() { 
    146118        return m_sig; 
    147119    } 
    148120 
    149     /** 
    150      * @inheritDoc 
    151      */ 
     121    @Override 
    152122    public void setSig(double sig[]) { 
    153123        m_sig = sig; 
    154124    } 
    155125 
    156     /** 
    157      * @inheritDoc 
    158      */ 
     126    @Override 
    159127    public double[] getYFitted() { 
    160128        return m_yFitted; 
    161129    } 
    162130 
    163     /** 
    164      * @inheritDoc 
    165      */ 
     131    @Override 
    166132    public void setYFitted(double yFitted[]) { 
    167133        m_yFitted = yFitted; 
    168134    } 
    169135 
    170     /** 
    171      * @inheritDoc 
    172      */ 
    173136    public double getChiSquare() { 
    174137        return m_chiSquare; 
    175138    } 
    176139 
    177     /** 
    178      * @inheritDoc 
    179      */ 
    180140    public void setChiSquare(double chiSquare) { 
    181141        m_chiSquare = chiSquare; 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/GrayCurveFitter.java

    r7028 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3837import com.sun.jna.Library; 
    3938import com.sun.jna.Native; 
    40 import com.sun.jna.Platform; 
     39import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    4140 
    4241/** 
     
    9089    } 
    9190 
    92  
    93     /** 
    94      * @inheritDoc 
    95      */ 
     91    @Override 
    9692    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    97  
    98         CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("GrayCode", CLibrary.class); 
     93        CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("GrayCode", CLibrary.class); 
    9994 
    10095        //TODO ARG since initial x = fit_start * xincr we have to supply the unused portion of y[] before fit_start. 
     
    122117            float chiSqTarget = 1.0f; //TODO note 'chiSqTarget' is internally known as 'division'!!!! 
    123118 
    124             boolean success; 
    125             int goodPixels = 0; 
    126             int badPixels = 0; 
    127  
    128119           // double[][] lmaData; 
    129120 
     
    160151//System.out.println("returnValue " + returnValue + " z " + z.getValue() + " a " + a.getValue() + " tau " + tau.getValue() + " chiSq " + chiSq.getValue()); 
    161152                //data.setYFitted(); 
    162                 params[0] = (double) a.getValue(); 
    163                 params[1] = 1.0 / ((double) tau.getValue()); // convert tau to lambda 
    164                 params[2] = (double) z.getValue(); 
     153                params[0] = a.getValue(); 
     154                params[1] = 1.0 / tau.getValue(); // convert tau to lambda 
     155                params[2] = z.getValue(); 
    165156                data.setParams(params); 
    166157            } 
     
    184175            FloatByReference chiSq = new FloatByReference(); 
    185176            float chiSqTarget = 1.0f; //TODO note 'chiSqTarget' is internally known as 'division'!!!! 
    186  
    187             boolean success; 
    188             int goodPixels = 0; 
    189             int badPixels = 0; 
    190177 
    191178           // double[][] lmaData; 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/GrayNRCurveFitter.java

    r7598 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    38 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3937import com.sun.jna.Library; 
    4038import com.sun.jna.Native; 
    41 import com.sun.jna.Platform; 
     39import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    4240 
    4341/** 
     
    131129 
    132130 
    133     /** 
    134      * @inheritDoc 
    135      */ 
     131    @Override 
    136132    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    137133        int returnValue = 0; 
     
    161157        double sig[] = new double[stop+1]; 
    162158        for (int i = 0; i < sig.length; ++i) { 
    163                 sig[i] = 1.0; // basically ignoring sig for now 
     159            sig[i] = 1.0; // basically ignoring sig for now 
    164160        } 
    165161 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/JaolhoCurveFitter.java

    r7291 r7639  
    4545public class JaolhoCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    4646 
    47     /** 
    48      * @inheritDoc 
    49      */ 
    50     public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    51         boolean success; 
    52         int goodPixels = 0; 
    53         int badPixels = 0; 
    54         double[][] lmaData; 
    55         LMAFunction function; 
    56         LMA lma; 
    57          
    58         int length = stop - start + 1; 
    59         lmaData = new double[2][length]; 
    60         double x_value = start * m_xInc; 
    61         for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    62             lmaData[0][i] = x_value; 
    63             x_value += m_xInc; 
    64         } 
     47  @Override 
     48  public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
     49    int goodPixels = 0; 
     50    int badPixels = 0; 
     51    double[][] lmaData; 
     52    LMAFunction function; 
     53    LMA lma; 
    6554 
    66         if (ICurveFitter.FitFunction.STRETCHED_EXPONENTIAL.equals(getFitFunction())) { 
    67             System.out.println("Stretched exponentials not supported in Jaolho at this time."); 
    68             return 0; 
    69         } 
    70         function = new ExpFunction(getNumberComponents()); 
     55    int length = stop - start + 1; 
     56    lmaData = new double[2][length]; 
     57    double x_value = start * m_xInc; 
     58    for (int i = 0; i < length; ++i) { 
     59      lmaData[0][i] = x_value; 
     60      x_value += m_xInc; 
     61    } 
    7162 
    72         for (ICurveFitData data: dataArray) { 
    73             double yData[] = data.getYCount(); 
    74             for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    75                 lmaData[1][i] = yData[start + i]; 
    76             } 
     63    if (ICurveFitter.FitFunction.STRETCHED_EXPONENTIAL.equals(getFitFunction())) { 
     64      System.out.println("Stretched exponentials not supported in Jaolho at this time."); 
     65      return 0; 
     66    } 
     67    function = new ExpFunction(getNumberComponents()); 
    7768 
    78             double inParams[] = data.getParams(); 
    79             double params[] = new double[inParams.length - 1]; 
    80             switch (getNumberComponents()) { 
    81                 case 1: 
    82                     params[0] = inParams[2]; // A1 
    83                     params[1] = inParams[3]; // T1 
    84                     params[2] = inParams[1]; // C 
    85                     break; 
    86                 case 2: 
    87                     params[0] = inParams[2]; // A1 
    88                     params[1] = inParams[3]; // T1 
    89                     params[2] = inParams[4]; // A2 
    90                     params[3] = inParams[5]; // T2 
    91                     params[4] = inParams[1]; // C 
    92                     break; 
    93                 case 3: 
    94                     params[0] = inParams[2]; // A1 
    95                     params[1] = inParams[3]; // T1 
    96                     params[2] = inParams[4]; // A2 
    97                     params[3] = inParams[5]; // T2 
    98                     params[4] = inParams[6]; // A3 
    99                     params[5] = inParams[7]; // T3 
    100                     params[6] = inParams[1]; // C 
    101                     break; 
    102             } 
    103             lma = new LMA(function, params, lmaData); 
     69    for (ICurveFitData data: dataArray) { 
     70      double yData[] = data.getYCount(); 
     71      for (int i = 0; i < length; ++i) { 
     72        lmaData[1][i] = yData[start + i]; 
     73      } 
    10474 
    105             try { 
    106                 lma.fit(); 
    107                 ++goodPixels; 
    108                 success = true; 
    109             } 
    110             catch (Exception e) { 
    111                 ++badPixels; 
    112                 success = false; 
    113                 System.out.println("exception " + e); 
    114             } 
    115             for (int i = 0; i < length; ++i) { 
    116                 data.getYFitted()[start + i] = function.getY(lmaData[0][i], lma.parameters); 
    117             } 
    118             double outParams[] = data.getParams(); 
    119             switch (getNumberComponents()) { 
    120                 case 1: 
    121                     outParams[0] = lma.chi2; 
    122                     outParams[1] = params[2]; // C 
    123                     outParams[2] = params[0]; // A1 
    124                     outParams[3] = params[1]; // T1 
    125                     break; 
    126                 case 2: 
    127                     outParams[0] = lma.chi2; 
    128                     outParams[1] = params[4]; // C 
    129                     outParams[2] = params[0]; // A1 
    130                     outParams[3] = params[1]; // T1 
    131                     outParams[4] = params[2]; // A2 
    132                     outParams[5] = params[3]; // T2 
    133                     break; 
    134                 case 3: 
    135                     outParams[0] = lma.chi2; 
    136                     outParams[1] = params[6]; // C 
    137                     outParams[2] = params[0]; // A1 
    138                     outParams[3] = params[1]; // T1 
    139                     outParams[4] = params[2]; // A2 
    140                     outParams[5] = params[3]; // T2 
    141                     outParams[6] = params[4]; // A3 
    142                     outParams[7] = params[5]; // T3 
    143                     break; 
    144             } 
    145         } 
    146         //TODO error return deserves more thought 
    147         return 0; 
     75      double inParams[] = data.getParams(); 
     76      double params[] = new double[inParams.length - 1]; 
     77      switch (getNumberComponents()) { 
     78        case 1: 
     79          params[0] = inParams[2]; // A1 
     80          params[1] = inParams[3]; // T1 
     81          params[2] = inParams[1]; // C 
     82          break; 
     83        case 2: 
     84          params[0] = inParams[2]; // A1 
     85          params[1] = inParams[3]; // T1 
     86          params[2] = inParams[4]; // A2 
     87          params[3] = inParams[5]; // T2 
     88          params[4] = inParams[1]; // C 
     89          break; 
     90        case 3: 
     91          params[0] = inParams[2]; // A1 
     92          params[1] = inParams[3]; // T1 
     93          params[2] = inParams[4]; // A2 
     94          params[3] = inParams[5]; // T2 
     95          params[4] = inParams[6]; // A3 
     96          params[5] = inParams[7]; // T3 
     97          params[6] = inParams[1]; // C 
     98          break; 
     99      } 
     100      lma = new LMA(function, params, lmaData); 
     101 
     102      try { 
     103        lma.fit(); 
     104        ++goodPixels; 
     105      } 
     106      catch (Exception e) { 
     107        ++badPixels; 
     108        System.out.println("exception " + e); 
     109      } 
     110      for (int i = 0; i < length; ++i) { 
     111        data.getYFitted()[start + i] = function.getY(lmaData[0][i], lma.parameters); 
     112      } 
     113      double outParams[] = data.getParams(); 
     114      switch (getNumberComponents()) { 
     115        case 1: 
     116          outParams[0] = lma.chi2; 
     117          outParams[1] = params[2]; // C 
     118          outParams[2] = params[0]; // A1 
     119          outParams[3] = params[1]; // T1 
     120          break; 
     121        case 2: 
     122          outParams[0] = lma.chi2; 
     123          outParams[1] = params[4]; // C 
     124          outParams[2] = params[0]; // A1 
     125          outParams[3] = params[1]; // T1 
     126          outParams[4] = params[2]; // A2 
     127          outParams[5] = params[3]; // T2 
     128          break; 
     129        case 3: 
     130          outParams[0] = lma.chi2; 
     131          outParams[1] = params[6]; // C 
     132          outParams[2] = params[0]; // A1 
     133          outParams[3] = params[1]; // T1 
     134          outParams[4] = params[2]; // A2 
     135          outParams[5] = params[3]; // T2 
     136          outParams[6] = params[4]; // A3 
     137          outParams[7] = params[5]; // T3 
     138          break; 
     139      } 
    148140    } 
     141    //TODO error return deserves more thought 
     142    return 0; 
     143  } 
    149144 
    150145  /** 
     
    162157    public ExpFunction(int num) { numExp = num; } 
    163158 
     159    @Override 
    164160    public double getY(double x, double[] a) { 
    165161      double sum = 0; 
     
    176172    } 
    177173 
     174    @Override 
    178175    public double getPartialDerivate(double x, double[] a, int parameterIndex) { 
    179176      if (parameterIndex == 2 * numExp) return 1; // c term 
     
    192189    } 
    193190  } 
    194      
     191 
    195192} 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/MarkwardtCurveFitter.java

    r7033 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3837import com.sun.jna.Library; 
    3938import com.sun.jna.Native; 
    40 import com.sun.jna.Platform; 
    4139 
    4240/** 
     
    5048 */ 
    5149public class MarkwardtCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    52     int m_algType; 
     50  int m_algType; 
    5351 
    54     public interface CLibrary extends Library { 
    55         public int markwardt_fit(double x_incr, double y[], int fit_start, int fit_end, 
    56                 double param[], int param_free[], int n_param); 
     52  public interface CLibrary extends Library { 
     53    public int markwardt_fit(double x_incr, double y[], int fit_start, int fit_end, 
     54      double param[], int param_free[], int n_param); 
     55  } 
     56 
     57  @Override 
     58  public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
     59    CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("Markwardt", CLibrary.class); 
     60 
     61    for (ICurveFitData data: dataArray) { 
     62      double y[] = data.getYCount(); 
     63      int nParams = data.getParams().length; 
     64      double params[] = data.getParams(); 
     65      int paramFree[] = new int[nParams]; 
     66      for (int i = 0; i < nParams; ++i) { 
     67        paramFree[i] = 1; 
     68      } 
     69 
     70      int returnValue = lib.markwardt_fit(m_xInc, y, start, stop, params, paramFree, nParams); 
    5771    } 
    5872 
    59     /** 
    60      * @inheritDoc 
    61      */ 
    62     public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    63  
    64         CLibrary lib = (CLibrary) Native.loadLibrary("Markwardt", CLibrary.class); 
    65  
    66         for (ICurveFitData data: dataArray) { 
    67             int nData = data.getYCount().length; 
    68             double y[] = data.getYCount(); 
    69             int nParams = data.getParams().length; 
    70             double params[] = data.getParams(); 
    71             int paramFree[] = new int[nParams]; 
    72             for (int i = 0; i < nParams; ++i) { 
    73                 paramFree[i] = 1; 
    74             } 
    75  
    76             int returnValue = lib.markwardt_fit(m_xInc, y, start, stop, params, paramFree, nParams); 
    77         } 
    78  
    79         //TODO error return deserves more thought 
    80         return 0; 
    81     } 
     73    //TODO error return deserves more thought 
     74    return 0; 
     75  } 
    8276} 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/SLIMCurveFitter.java

    r7598 r7639  
    3535package loci.curvefitter; 
    3636 
    37 import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    38 import com.sun.jna.ptr.FloatByReference; 
    3937import com.sun.jna.Library; 
    4038import com.sun.jna.Native; 
    41 import com.sun.jna.Platform; 
     39import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
    4240 
    4341import imagej.nativelibrary.NativeLibraryUtil; 
     
    5452public class SLIMCurveFitter extends AbstractCurveFitter { 
    5553    static CLibrary s_library; 
    56     public enum AlgorithmType { RLD, LMA }; 
     54    public enum AlgorithmType { RLD, LMA } 
    5755    private AlgorithmType m_algorithmType; 
    5856 
     
    134132 
    135133 
    136     /** 
    137      * @inheritDoc 
    138      */ 
     134    @Override 
    139135    public int fitData(ICurveFitData[] dataArray, int start, int stop) { 
    140136        int returnValue = 0; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.