Ignore:
Timestamp:
03/05/11 15:29:21 (9 years ago)
Author:
curtis
Message:

Fix some Eclipse warnings and formatting.

Location:
trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/Detector.java

    r6933 r7639  
    9393    //IJ.run("Haar wavelet filter", "k1=3 k2=3 k3=3 std=1.6"); 
    9494 
    95     d.findParticles((ByteProcessor) Detector.imp3.getProcessor()); 
     95    d.findParticles(Detector.imp3.getProcessor()); 
    9696    d.crunchArray(); 
    9797    displayImage(d.floodArray); 
     
    180180  } 
    181181 
    182   private int fillParticles(int[][] floodArray) { 
     182  private int fillParticles(int[][] floodArr) { 
    183183    int num = 2; 
    184184    for (int i=0; i<size; i++) { 
    185185      for (int j=0; j<size; j++) { 
    186         if (floodArray[i][j]==0) continue; 
    187         if (floodArray[i][j]==1) { 
     186        if (floodArr[i][j]==0) continue; 
     187        if (floodArr[i][j]==1) { 
    188188          //System.out.println("Starting flood fill "+num+" at ("+i+", "+j+")"); 
    189           heuristicFloodFill(floodArray, i, j, num++); 
     189          heuristicFloodFill(floodArr, i, j, num++); 
    190190        } 
    191191      } 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCytometry.java

    r6933 r7639  
    7272import loci.formats.FormatException; 
    7373import loci.formats.ImageWriter; 
    74 import loci.formats.MetadataTools; 
    7574import loci.formats.ome.OMEXMLMetadata; 
    7675import loci.formats.services.OMEXMLService; 
    77  
    78 import ome.xml.model.enums.*; 
    79 import ome.xml.model.primitives.*; 
    80  
     76import ome.xml.model.enums.DimensionOrder; 
     77import ome.xml.model.enums.EnumerationException; 
     78import ome.xml.model.enums.PixelType; 
     79import ome.xml.model.primitives.PositiveInteger; 
    8180import visad.DataReferenceImpl; 
    8281import visad.Display; 
     
    210209    } 
    211210    else if (nSlices == 2) { 
    212       ImageWindow stackwin = ((ImageWindow) imp.getWindow()); 
     211      ImageWindow stackwin = imp.getWindow(); 
    213212      scroll = (Scrollbar) stackwin.getComponent(1); 
    214213 
    215214      AdjustmentListener l = new AdjustmentListener() { 
     215        @SuppressWarnings("synthetic-access") 
     216        @Override 
    216217        public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent arg0) { 
    217218          try { 
     
    239240            //  getData(imp.getCurrentSlice(), cumulative, intensity, fn)); 
    240241          } 
    241           catch (RemoteException e) {} 
    242           catch (VisADException e) {} 
     242          catch (RemoteException e) { 
     243            // ignore exceptions 
     244          } 
     245          catch (VisADException e) { 
     246            // ignore exceptions 
     247          } 
    243248        } 
    244249      }; 
     
    333338 
    334339      ItemListener CBitemListener = new ItemListener() { 
     340        @SuppressWarnings("synthetic-access") 
     341        @Override 
    335342        public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent) { 
    336343          cumulative = itemEvent.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED; 
     
    339346              imp.getCurrentSlice(), cumulative, intensity, fn)); 
    340347            FlowCytometry.display.reDisplayAll(); 
    341           } catch (RemoteException e) {} catch (VisADException e) {} 
     348          } 
     349          catch (RemoteException e) { 
     350            // ignore exceptions 
     351          } 
     352          catch (VisADException e) { 
     353            // ignore exceptions 
     354          } 
    342355        } 
    343356      }; 
     
    462475      omexmlMeta = service.createOMEXMLMetadata(); 
    463476    } 
    464     catch (DependencyException e) { exc = e; } 
    465     catch (ServiceException e) { exc = e; } 
    466  
    467     if (exc != null) { 
    468       IJ.log("Could not create OMEXMLMetadataStore: " + exc.getMessage()); 
    469       exc = null; 
     477    catch (DependencyException e) { 
     478      throw new FormatException("Could not create OMEXMLMetadataStore", exc); 
     479    } 
     480    catch (ServiceException e) { 
     481      throw new FormatException("Could not create OMEXMLMetadataStore", exc); 
    470482    } 
    471483 
     
    480492      omexmlMeta.setPixelsType(PixelType.fromString("uint8"), 0); 
    481493    } 
    482     catch (EnumerationException e) { } 
     494    catch (EnumerationException e) { 
     495      throw new FormatException(e); 
     496    } 
    483497    omexmlMeta.setPixelsBinDataBigEndian(Boolean.FALSE, 0, 0); 
    484498    try { 
    485499      omexmlMeta.setPixelsDimensionOrder(DimensionOrder.fromString("XYTZC"), 0); 
    486500    } 
    487     catch (EnumerationException e) { } 
     501    catch (EnumerationException e) { 
     502      throw new FormatException(e); 
     503    } 
    488504    omexmlMeta.setExperimenterFirstName(s_Name, 0); 
    489505 
     
    618634    //Do something with the x-position and flow rate here. 
    619635 
    620     if (nMatches > 2) return true; 
    621     else return false; 
     636    return nMatches > 2; 
    622637  } 
    623638 
     
    657672    double totalArea=0, totalIntensity=0; 
    658673    for (int j=0; j<rt.getCounter(); j++) { 
    659       double area = rt.getValue("Area", j); 
    660       totalArea += area; 
    661       totalIntensity += (rt.getValue("Mean", j))*area; 
     674      double jArea = rt.getValue("Area", j); 
     675      totalArea += jArea; 
     676      totalIntensity += (rt.getValue("Mean", j))*jArea; 
    662677    } 
    663678    if (totalArea > maxArea) maxArea = totalArea; 
     
    683698 
    684699    if (minX !=0) return minX; 
    685     else { 
    686       switch (xAxis) { 
    687         case AREA_AXIS: 
    688           return (minArea - 0.05*areaRange); 
    689         case INTENSITY_AXIS: 
    690           return MIN_INTENSITY; 
    691         default: 
    692           return (minArea - 0.05*areaRange); 
    693       } 
     700    switch (xAxis) { 
     701      case AREA_AXIS: 
     702        return (minArea - 0.05*areaRange); 
     703      case INTENSITY_AXIS: 
     704        return MIN_INTENSITY; 
     705      default: 
     706        return (minArea - 0.05*areaRange); 
    694707    } 
    695708  } 
     
    699712 
    700713    if (maxX !=0) return maxX; 
    701     else { 
    702       switch (xAxis) { 
    703         case AREA_AXIS: 
    704           return (maxArea+0.05*areaRange); 
    705         case INTENSITY_AXIS: 
    706           return MAX_INTENSITY; 
    707         default: 
    708           return (maxArea+0.05*areaRange); 
    709       } 
     714    switch (xAxis) { 
     715      case AREA_AXIS: 
     716        return (maxArea+0.05*areaRange); 
     717      case INTENSITY_AXIS: 
     718        return MAX_INTENSITY; 
     719      default: 
     720        return (maxArea+0.05*areaRange); 
    710721    } 
    711722  } 
     
    716727 
    717728    if (minY !=0) return minY; 
    718     else { 
    719       switch(yAxis) { 
    720         case AREA_AXIS: 
    721           retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
    722           break; 
    723         case INTENSITY_AXIS: 
    724           retval = MIN_INTENSITY; 
    725           break; 
    726         default: 
    727           retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
    728           break; 
    729       } 
     729    switch(yAxis) { 
     730      case AREA_AXIS: 
     731        retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
     732        break; 
     733      case INTENSITY_AXIS: 
     734        retval = MIN_INTENSITY; 
     735        break; 
     736      default: 
     737        retval = (minArea - 0.05*areaRange); 
     738        break; 
    730739    } 
    731740 
     
    735744        return 0; 
    736745      } 
    737       else return Math.log(retval); 
    738     } 
    739     else return retval; 
     746      return Math.log(retval); 
     747    } 
     748    return retval; 
    740749  } 
    741750 
     
    745754 
    746755    if (maxY !=0) return maxY; 
    747     else { 
    748       switch (yAxis) { 
    749         case AREA_AXIS: 
    750           retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
    751           break; 
    752         case INTENSITY_AXIS: 
    753           retval = MAX_INTENSITY; 
    754           break; 
    755         default: 
    756           retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
    757           break; 
    758       } 
     756    switch (yAxis) { 
     757      case AREA_AXIS: 
     758        retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
     759        break; 
     760      case INTENSITY_AXIS: 
     761        retval = MAX_INTENSITY; 
     762        break; 
     763      default: 
     764        retval = (maxArea+0.05*areaRange); 
     765        break; 
    759766    } 
    760767 
    761768    if (b_logY) { 
    762769      if (retval < 0) return 0; 
    763       else return Math.log(retval); 
    764     } 
    765     else return retval; 
     770      return Math.log(retval); 
     771    } 
     772    return retval; 
    766773  } 
    767774 
     
    799806  } 
    800807 
    801   public static FlatField newestGetData(int slice, boolean cumulative, 
    802     RealType x, FunctionType fn) 
     808  public static FlatField newestGetData(int slice, boolean cumul, 
     809    RealType x, FunctionType funcType) 
    803810  { 
    804811    //slice is NOT zero-indexed. 
    805812    double[] xArray, yArray; 
    806813    int beginSlice=0, endSlice=slice-1; 
    807     if (!cumulative) beginSlice = slice-1; 
     814    if (!cumul) beginSlice = slice-1; 
    808815    int beginIndex = Integer.MAX_VALUE; 
    809816    int endIndex = Integer.MIN_VALUE; 
     
    902909    if (xArray.length > 0) try { 
    903910      xSet = new List1DDoubleSet(xArray, x, null, null); 
    904       ff = new FlatField(fn, xSet); 
     911      ff = new FlatField(funcType, xSet); 
    905912      double[][] ff_vals = new double[1][xArray.length]; 
    906913      ff_vals[0] = yArray; 
     
    917924 
    918925  public static FlatField newGetData(int slice, 
    919     boolean cumulative, RealType x, FunctionType fn) 
     926    boolean cumul, RealType x, FunctionType funcType) 
    920927  { 
    921928    //slice is NOT zero-indexed. 
    922929    double[] xArray, yArray; 
    923930    int beginIndex=0, endIndex; 
    924     if (!cumulative) beginIndex = slice-1; 
     931    if (!cumul) beginIndex = slice-1; 
    925932    endIndex = slice-1; 
    926933    xArray = new double[endIndex - beginIndex + 1]; 
     
    945952    if (endIndex >= beginIndex) try { 
    946953      xSet = new List1DDoubleSet(xArray, x, null, null); 
    947       ff = new FlatField(fn, xSet); 
     954      ff = new FlatField(funcType, xSet); 
    948955      double[][] ff_vals = new double[1][xArray.length]; 
    949956      ff_vals[0] = yArray; 
     
    960967 
    961968  public static FlatField getData(int slice, 
    962     boolean cumulative, RealType x, FunctionType fn) 
     969    boolean cumul, RealType x, FunctionType funcType) 
    963970  { 
    964971    double[] xArray, yArray; 
    965972    int beginIndex=0, endIndex; 
    966     if (!cumulative) beginIndex = sliceBegin.get(slice); 
     973    if (!cumul) beginIndex = sliceBegin.get(slice); 
    967974    endIndex = sliceEnd.get(slice); 
    968975    xArray = new double[endIndex - beginIndex + 1]; 
     
    985992      try { 
    986993        intensitySet = new List1DDoubleSet(xArray, x, null, null); 
    987         ff = new FlatField(fn, intensitySet); 
     994        ff = new FlatField(funcType, intensitySet); 
    988995        double[][] ff_vals = new double[1][xArray.length]; 
    989996        ff_vals[0] = yArray; 
     
    10281035 
    10291036  public static void processFile(String filename) throws IOException { 
    1030     ImagePlus imp = IJ.openImage(filename); 
    1031     ImageStack stack = imp.getStack(); //TODO : Handle exception here. 
    1032     int size = imp.getWidth(); 
     1037    ImagePlus imagePlus = IJ.openImage(filename); 
     1038    ImageStack imageStack = imagePlus.getStack(); // TODO: handle exception 
     1039    int size = imagePlus.getWidth(); 
    10331040 
    10341041    double PixelsPerMicron = Double.valueOf(IJ.getString( 
     
    10381045    // Close the other open windows 
    10391046    if (frame != null) frame.dispose(); 
    1040     if (imp != null) imp.close(); 
     1047    imagePlus.close(); 
    10411048 
    10421049    init(size, size, PixelsPerMicron); 
    10431050    showParticles(true); 
    1044     for (int i=1; i<=stack.getSize(); i++) { 
    1045       byte[] imageData = (byte[]) stack.getPixels(i); 
     1051    for (int i=1; i<=imageStack.getSize(); i++) { 
     1052      byte[] imageData = (byte[]) imageStack.getPixels(i); 
    10461053      incrementSlices(); 
    10471054      showImage(size, size, imageData); 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/Particle.java

    r6933 r7639  
    116116  public int getMeanIntensity() { 
    117117    if (pixelArea==0) return 0; 
    118     else return totalIntensity/pixelArea; 
     118    return totalIntensity/pixelArea; 
    119119  } 
    120120 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.