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aivar
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  • trunk/projects/slim-plugin/src/main/java/loci/slim/analysis/plugins/Display.java

    r7603 r7651  
    4545import java.math.RoundingMode; 
    4646 
    47 import java.util.HashMap; 
     47import java.util.LinkedHashMap; 
    4848import java.util.Map; 
    4949 
     
    6767@SLIMAnalyzer(name="Display Fit Results") 
    6868public class Display implements ISLIMAnalyzer { 
    69     private static final int C_INDEX = 1; 
     69    private static final int X2_INDEX = 0; 
     70    private static final int Z_INDEX = 1; 
    7071    private static final int A1_INDEX = 2; 
    7172    private static final int T1_INDEX = 3; 
     
    7475    private static final int A3_INDEX = 6; 
    7576    private static final int T3_INDEX = 7; 
     77    private static final String X2 = "" + 'X' + '2'; //TODO use Unicode 
    7678    private static final Character TAU = 'T'; //TODO IJ1 doesn't display Unicode, was: = '\u03c4'; 
    7779    private static final String T = "" + TAU; 
     
    9597    private static final String A2_A3 = "A2/A3"; 
    9698    private static final String A3_A2 = "A3/A2"; 
    97     private static final String C = "C"; 
     99    private static final String Z = "Z"; 
    98100 
    99101    private static final boolean MIN = true; 
     
    113115    //TODO need Ta, Ti, Tm 
    114116    private static enum Formula { 
     117        X2_FORMULA(X2, X2_INDEX), 
    115118        T_FORMULA(T, T1_INDEX), 
    116119        T1_FORMULA(T1, T1_INDEX), 
     
    133136        A2_A3_FORMULA(A2_A3, A2_INDEX, A3_INDEX), 
    134137        A3_A2_FORMULA(A3_A2, A3_INDEX, A2_INDEX), 
    135         C_FORMULA(C, C_INDEX); 
     138        Z_FORMULA(Z, Z_INDEX); 
    136139 
    137140        // This contains the displayable name 
     
    366369     */ 
    367370    private Map<String, Formula[]> initFormulasMap(FitFunction function) { 
    368         Map<String, Formula[]> map = new HashMap<String, Formula[]>(); 
     371        Map<String, Formula[]> map = new LinkedHashMap<String, Formula[]>(); 
    369372        switch (function) { 
    370373            case SINGLE_EXPONENTIAL: 
    371                 map.put("T", new Formula[] { 
     374                map.put("X2 A T C", new Formula[] { 
     375                    Formula.X2_FORMULA, 
     376                    Formula.A_FORMULA, 
     377                    Formula.T_FORMULA, 
     378                    Formula.Z_FORMULA }); 
     379                map.put("X2 A T", new Formula[] { 
     380                    Formula.X2_FORMULA, 
     381                    Formula.A_FORMULA, 
    372382                    Formula.T_FORMULA }); 
     383                map.put("X2 T", new Formula[] { 
     384                    Formula.X2_FORMULA, 
     385                    Formula.T_FORMULA }); 
     386                map.put("X2", new Formula[] { 
     387                    Formula.X2_FORMULA }); 
     388                map.put("A T C", new Formula[] { 
     389                    Formula.A_FORMULA, 
     390                    Formula.T_FORMULA, 
     391                    Formula.Z_FORMULA }); 
    373392                map.put("A T", new Formula[] { 
    374393                    Formula.A_FORMULA, 
    375394                    Formula.T_FORMULA }); 
    376                 map.put("A T C", new Formula[] { 
    377                     Formula.A_FORMULA, 
    378                     Formula.T_FORMULA, 
    379                     Formula.C_FORMULA }); 
    380                 break; 
     395                map.put("T", new Formula[] { 
     396                    Formula.T_FORMULA }); 
     397              break; 
    381398            case DOUBLE_EXPONENTIAL: 
    382                 map.put("T1/T2", new Formula[] { 
     399                map.put("X2 A1 A2 T1 T2 C", new Formula[] { 
     400                    Formula.X2_FORMULA, 
     401                    Formula.A1_FORMULA, 
     402                    Formula.A2_FORMULA, 
     403                    Formula.T1_FORMULA, 
     404                    Formula.T2_FORMULA, 
     405                    Formula.Z_FORMULA }); 
     406                map.put("X2 A1 A2 T1 T2", new Formula[] { 
     407                    Formula.X2_FORMULA, 
     408                    Formula.A1_FORMULA, 
     409                    Formula.A2_FORMULA, 
     410                    Formula.T1_FORMULA, 
     411                    Formula.T2_FORMULA }); 
     412                map.put("X2 T1 T2", new Formula[] { 
     413                    Formula.X2_FORMULA, 
     414                    Formula.T1_FORMULA, 
     415                    Formula.T2_FORMULA }); 
     416                map.put("X2 A1/A2 T1/T2", new Formula[] { 
     417                    Formula.X2_FORMULA, 
     418                    Formula.A1_A2_FORMULA, 
    383419                    Formula.T1_T2_FORMULA }); 
     420                map.put("X2 T1/T2", new Formula[] { 
     421                    Formula.X2_FORMULA, 
     422                    Formula.T1_T2_FORMULA }); 
     423                map.put("X2", new Formula[] { 
     424                    Formula.X2_FORMULA }); 
     425                map.put("A1 A2 T1 T2 C", new Formula[] { 
     426                    Formula.A1_FORMULA, 
     427                    Formula.A2_FORMULA, 
     428                    Formula.T1_FORMULA, 
     429                    Formula.T2_FORMULA, 
     430                    Formula.Z_FORMULA }); 
     431                map.put("A1 A2 T1 T2", new Formula[] { 
     432                    Formula.A1_FORMULA, 
     433                    Formula.A2_FORMULA, 
     434                    Formula.T1_FORMULA, 
     435                    Formula.T2_FORMULA }); 
     436                map.put("T1 T2", new Formula[] { 
     437                    Formula.T1_FORMULA, 
     438                    Formula.T2_FORMULA }); 
    384439                map.put("A1/A2 T1/T2", new Formula[] { 
    385440                    Formula.A1_A2_FORMULA, 
    386441                    Formula.T1_T2_FORMULA }); 
    387                 map.put("T1 T2", new Formula[] { 
    388                     Formula.T1_FORMULA, 
    389                     Formula.T2_FORMULA }); 
    390                 map.put("A1 A2 T1 T2", new Formula[] { 
     442                map.put("T1/T2", new Formula[] { 
     443                    Formula.T1_T2_FORMULA }); 
     444                break; 
     445            case TRIPLE_EXPONENTIAL: 
     446                map.put("X2 A1 A2 A3 T1 T2 T3 C", new Formula[] { 
     447                    Formula.X2_FORMULA, 
    391448                    Formula.A1_FORMULA, 
    392449                    Formula.A2_FORMULA, 
    393                     Formula.T1_FORMULA, 
    394                     Formula.T2_FORMULA }); 
    395                 map.put("A1 A2 T1 T2 C", new Formula[] { 
     450                    Formula.A3_FORMULA, 
     451                    Formula.T1_FORMULA, 
     452                    Formula.T2_FORMULA, 
     453                    Formula.T3_FORMULA, 
     454                    Formula.Z_FORMULA }); 
     455                map.put("X2 A1 A2 A3 T1 T2 T3", new Formula[] { 
     456                    Formula.X2_FORMULA, 
    396457                    Formula.A1_FORMULA, 
    397458                    Formula.A2_FORMULA, 
     459                    Formula.A3_FORMULA, 
    398460                    Formula.T1_FORMULA, 
    399461                    Formula.T2_FORMULA, 
    400                     Formula.C_FORMULA }); 
    401                 break; 
    402             case TRIPLE_EXPONENTIAL: 
    403                 map.put("T1/T2 T1/T3", new Formula[] { 
     462                    Formula.T3_FORMULA }); 
     463                map.put("X2 T1 T2 T3", new Formula[] { 
     464                    Formula.X2_FORMULA, 
     465                    Formula.T1_FORMULA, 
     466                    Formula.T2_FORMULA, 
     467                    Formula.T3_FORMULA }); 
     468                map.put("X2 A1/A2 A1/A3 T1/T2 T1/T3", new Formula[] { 
     469                    Formula.X2_FORMULA, 
     470                    Formula.A1_A2_FORMULA, 
     471                    Formula.A1_A3_FORMULA, 
    404472                    Formula.T1_T2_FORMULA, 
    405473                    Formula.T1_T3_FORMULA }); 
     474                map.put("X2 T1/T2 T1/T3", new Formula[] { 
     475                    Formula.X2_FORMULA, 
     476                    Formula.T1_T2_FORMULA, 
     477                    Formula.T1_T3_FORMULA }); 
     478                map.put("X2", new Formula[] { 
     479                    Formula.X2_FORMULA }); 
     480                map.put("A1 A2 A3 T1 T2 T3 C", new Formula[] { 
     481                    Formula.A1_FORMULA, 
     482                    Formula.A2_FORMULA, 
     483                    Formula.A3_FORMULA, 
     484                    Formula.T1_FORMULA, 
     485                    Formula.T2_FORMULA, 
     486                    Formula.T3_FORMULA, 
     487                    Formula.Z_FORMULA }); 
     488                map.put("A1 A2 A3 T1 T2 T3", new Formula[] { 
     489                    Formula.A1_FORMULA, 
     490                    Formula.A2_FORMULA, 
     491                    Formula.A3_FORMULA, 
     492                    Formula.T1_FORMULA, 
     493                    Formula.T2_FORMULA, 
     494                    Formula.T3_FORMULA }); 
     495                map.put("T1 T2 T3", new Formula[] { 
     496                    Formula.T1_FORMULA, 
     497                    Formula.T2_FORMULA, 
     498                    Formula.T3_FORMULA }); 
    406499                map.put("A1/A2 A1/A3 T1/T2 T1/T3", new Formula[] { 
    407500                    Formula.A1_A2_FORMULA, 
     
    409502                    Formula.T1_T2_FORMULA, 
    410503                    Formula.T1_T3_FORMULA }); 
    411                 map.put("T1 T2 T3", new Formula[] { 
    412                     Formula.T1_FORMULA, 
    413                     Formula.T2_FORMULA, 
    414                     Formula.T3_FORMULA }); 
    415                 map.put("A1 A2 A3 T1 T2 T3", new Formula[] { 
    416                     Formula.A1_FORMULA, 
    417                     Formula.A2_FORMULA, 
    418                     Formula.A3_FORMULA, 
    419                     Formula.T1_FORMULA, 
    420                     Formula.T2_FORMULA, 
    421                     Formula.T3_FORMULA }); 
    422                 map.put("A1 A2 A3 T1 T2 T3 C", new Formula[] { 
    423                     Formula.A1_FORMULA, 
    424                     Formula.A2_FORMULA, 
    425                     Formula.A3_FORMULA, 
    426                     Formula.T1_FORMULA, 
    427                     Formula.T2_FORMULA, 
    428                     Formula.T3_FORMULA, 
    429                     Formula.C_FORMULA }); 
     504                map.put("T1/T2 T1/T3", new Formula[] { 
     505                    Formula.T1_T2_FORMULA, 
     506                    Formula.T1_T3_FORMULA }); 
    430507                break; 
    431508            case STRETCHED_EXPONENTIAL: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.