Changeset 7683 for trunk/projects


Ignore:
Timestamp:
04/07/11 20:42:59 (9 years ago)
Author:
aivar
Message:

Display critical messages with IJ.log. New style of using NativeLibraryUtility. New assembly-descriptor to produce jar with shared libraries.

Location:
trunk/projects/curve-fitter
Files:
1 added
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/curve-fitter/pom.xml

    r7612 r7683  
    5454      <version>3.2.2</version> 
    5555    </dependency> 
     56    <dependency> 
     57      <groupId>loci</groupId> 
     58      <artifactId>slim-curve</artifactId> 
     59      <version>1.0-SNAPSHOT</version> 
     60      <!-- classifier>x86_64-MacOSX-gpp-jni</classifier --> 
     61      <!-- dont understandt this part anyway scope>test</scope --> 
     62    </dependency> 
    5663  </dependencies> 
    5764 
    5865  <build> 
    5966    <plugins> 
     67     
    6068      <plugin> 
     69        <artifactId>maven-nar-plugin</artifactId> 
     70        <extensions>true</extensions> <!-- what does this do? --> 
     71        <configuration> 
     72          <ignore>true</ignore> 
     73          <classifiers> 
     74            <classifier>x86-Windows-msvc-shared</classifier> 
     75            <classifier>x86_64-MacOSX-gpp-shared</classifier> 
     76            <classifier>i386-Linux-g++-shared</classifier> 
     77          </classifiers> 
     78          <libraries> 
     79            <library> 
     80              <type>shared</type> 
     81            </library> 
     82          </libraries> 
     83        </configuration> 
     84        <executions> 
     85          <execution> 
     86            <goals> 
     87              <goal>nar-download</goal> 
     88              <goal>nar-unpack</goal> 
     89              <goal>nar-assembly</goal> 
     90            </goals> 
     91          </execution> 
     92        </executions> 
     93      </plugin> 
     94      <plugin> 
     95        <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId> 
     96        <configuration> 
     97          <descriptors> 
     98            <descriptor> 
     99              assembly-descriptor.xml 
     100            </descriptor> 
     101          </descriptors> 
     102        </configuration> 
     103        <executions> 
     104          <execution> 
     105            <id>make-assembly</id> <!-- this is used for inheritance merges --> 
     106            <phase>package</phase> <!-- bind to the packaging phase --> 
     107            <goals> 
     108              <goal>single</goal> 
     109            </goals> 
     110          </execution> 
     111        </executions> 
     112      </plugin> 
     113     
     114 
     115      <!-- THIS WAS THE ONLY PREVIOUS PLUGIN plugin> 
    61116        <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId> 
    62117        <configuration> 
     
    67122          </archive> 
    68123        </configuration> 
    69       </plugin> 
     124      </plugin --> 
    70125    </plugins> 
    71126  </build> 
  • trunk/projects/curve-fitter/src/main/java/loci/curvefitter/SLIMCurveFitter.java

    r7673 r7683  
    3838import com.sun.jna.Native; 
    3939import com.sun.jna.ptr.DoubleByReference; 
     40 
     41import ij.IJ; 
    4042 
    4143import imagej.nativelibrary.NativeLibraryUtil; 
     
    139141                // extract to library path 
    140142                //TODO sort out the nameSystem.out.println("extract native library returns " + NativeLibraryUtil.extractNativeLibraryToPath(this.getClass(), "SLIMCurve-2.0-SNAPSHOT")); 
    141                 System.out.println("extract native library returns " + NativeLibraryUtil.extractNativeLibraryToPath(this.getClass(), "slim-curve-1.0-SNAPSHOT")); 
     143                //System.out.println("extract native library returns " + NativeLibraryUtil.extractNativeLibraryToPath(this.getClass(), "slim-curve-1.0-SNAPSHOT")); 
     144                System.out.println("loadNativeLibrary returns " + NativeLibraryUtil.loadNativeLibrary(this.getClass(), "slim-curve")); 
     145 
     146                IJ.log("before System load library"); 
     147                System.loadLibrary("slim-curve-1.0-SNAPSHOT"); 
     148                IJ.log("after System load library"); 
    142149 
    143150                // load once, on-demand 
     
    150157            } 
    151158            catch (UnsatisfiedLinkError e) { 
     159                IJ.log("unable to load dynamic library " + e.getMessage()); 
    152160                System.out.println("unable to load dynamic library " + e.getMessage()); 
    153161                return 0; 
     
    229237                    nInstrumentResponse = m_instrumentResponse.length; 
    230238                } 
    231                 for (int i = 0; i < m_free.length; ++i) { 
    232                     if (!m_free[i]) { 
    233                         System.out.println("fix " + i + " at " + data.getParams()[i]); 
    234                     } 
    235                 } 
    236239                returnValue = s_library.LMA_fit( 
    237240                        m_xInc, 
     
    249252                        chiSquareTarget 
    250253                        ); 
    251                 for (int i = 0; i < m_free.length; ++i) { 
    252                     if (!m_free[i]) { 
    253                         System.out.println("fixed " + i + " result " + data.getParams()[i]); 
    254                     } 
    255                 } 
    256254            } 
    257255        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.