Changeset 7871 for trunk/projects


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Timestamp:
01/26/12 20:57:49 (8 years ago)
Author:
avivekan
Message:

modified flow code and macro

Location:
trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow
Files:
2 edited

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  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCytometry.java

    r7870 r7871  
    678678                } 
    679679                 */ 
    680                 ImagePlus currentImg = WindowManager.getCurrentImage(); 
    681                 IJ.run("bf ParticleAreasPlugin"); 
    682  
    683                 RoiManager rm = RoiManager.getInstance(); 
    684                 ResultsTable rt = ResultsTable.getResultsTable(); 
    685  
    686                 int lengthOfRoiTable = rm.getRoisAsArray().length; 
     680 
    687681                int[] retVal = null; 
    688                  
    689                 if (lengthOfRoiTable!=(Integer)null ){ 
    690  
    691                         retVal = new int[lengthOfRoiTable]; 
    692                         float[] temp = rt.getColumn(rt.getColumnIndex("Area")); 
    693  
    694                         if(temp!=null && retVal!=null){ 
    695                                 for (int i = 0; i < lengthOfRoiTable; i++){ 
    696                                         retVal[i]=(int)temp[i]; 
     682 
     683                try{ 
     684//                      ImagePlus currentImg = WindowManager.getCurrentImage(); 
     685                        IJ.run("bf ParticleAreasPlugin"); 
     686 
     687                        RoiManager rm = RoiManager.getInstance(); 
     688                        ResultsTable rt = ResultsTable.getResultsTable(); 
     689 
     690                        int lengthOfRoiTable = rm.getRoisAsArray().length; 
     691 
     692                        if (lengthOfRoiTable!=(Integer)null ){ 
     693 
     694                                retVal = new int[lengthOfRoiTable]; 
     695                                float[] temp = rt.getColumn(rt.getColumnIndex("Area")); 
     696 
     697                                if(temp!=null && retVal!=null){ 
     698                                        for (int i = 0; i < lengthOfRoiTable; i++){ 
     699                                                retVal[i]=(int)temp[i]; 
     700                                        } 
     701 
     702//                                      rm.dispose(); 
     703//                                      rt.reset(); 
     704//                                      currentImg.flush(); 
     705//                                      currentImg.close(); 
     706 
     707                                        return retVal; 
    697708                                } 
    698  
    699                                 rm.dispose(); 
    700                                 rt.reset(); 
    701                                 currentImg.flush(); 
    702                                 currentImg.close(); 
    703  
    704                                 return retVal; 
    705709                        } 
     710                }catch (Exception e){ 
     711 
    706712                } 
    707713                retVal[0]=0; 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/bf_ParticleAreasPlugin.java

    r7854 r7871  
    11package loci.apps.flow; 
    2  
     2// DELETE the package script above, and place in WiscScan/plugins 
    33import ij.*; 
    4 //import ij.process.*; 
    5 import ij.gui.*; 
    6 //import java.awt.*; 
    74import ij.plugin.*; 
    8 //import ij.plugin.frame.*; 
     5import ij.plugin.frame.*; 
     6import ij.measure.*; 
    97import ij.macro.*; 
    108 
     
    1210 
    1311        public void run(String arg) { 
    14           ImagePlus img = WindowManager.getCurrentImage(); 
     12//        ImagePlus img = WindowManager.getCurrentImage(); 
    1513         
    1614          Interpreter.batchMode=true; 
     
    1917          IJ.run("Find Edges"); 
    2018          IJ.run("Gaussian Blur...", "sigma=5"); 
    21           IJ.run("Auto Threshold", "method=Minimum"); 
    22           IJ.makeRectangle(2,2,img.getWidth()-4, img.getHeight()-4); 
     19          IJ.run("Auto Threshold", "method=Minimum white"); 
     20          IJ.run("Analyze Particles...", "size=0-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Masks exclude clear add"); 
     21          IJ.run("Create Selection"); 
     22/*        IJ.makeRectangle(2,2,img.getWidth()-4, img.getHeight()-4); 
    2323          IJ.run("Crop"); 
    2424          IJ.run("Create Selection"); 
     
    2626          IJ.run("Fill Holes"); 
    2727          IJ.run("Create Selection"); 
    28  
    29           IJ.selectWindow("Mask"); 
     28*/ 
     29          IJ.selectWindow("Mask of Duplicate"); 
    3030          WindowManager.removeWindow(WindowManager.getFrontWindow()); 
    3131 
     
    3535 
    3636          IJ.run("Restore Selection"); 
    37           IJ.run("ROI Manager..."); 
    38           IJ.runMacro("roiManager(\"add\")",null); 
     37//        IJ.run("ROI Manager..."); 
     38//        IJ.runMacro("roiManager(\"add\")",null); 
    3939 
    40           img = WindowManager.getCurrentImage(); 
    41           Roi roi = img.getRoi(); 
     40//        img = WindowManager.getCurrentImage(); 
     41//        Roi roi = img.getRoi(); 
    4242 
    43         if(roi.getType()==Roi.COMPOSITE){ 
    44           IJ.runMacro("roiManager(\"Split\")",null); 
    45           IJ.runMacro("roiManager(\"Select\", 0)",null); 
    46           IJ.runMacro("roiManager(\"Delete\")",null); 
    47         } 
     43//      if(roi.getType()==Roi.COMPOSITE){ 
     44//        IJ.runMacro("roiManager(\"Split\")",null); 
     45//        IJ.runMacro("roiManager(\"Select\", 0)",null); 
     46//        IJ.runMacro("roiManager(\"Delete\")",null); 
     47//      } 
    4848          IJ.runMacro("roiManager(\"Measure\")",null); 
    49           IJ.runMacro("roiManager(\"Show All\")",null);  
     49//        IJ.runMacro("roiManager(\"Show All\")",null);  
    5050          Interpreter.batchMode=false; 
    5151 
    5252//        WindowManager.closeAllWindows(); 
     53 
     54/*              RoiManager rm = RoiManager.getInstance(); 
     55                ResultsTable rt = ResultsTable.getResultsTable(); 
     56 
     57 
     58                Integer lenghtOfRoiTable = rm.getRoisAsArray().length; 
     59                if (lenghtOfRoiTable == (Integer) null) IJ.showMessage("Null value at lenghtOfRoiTable"); 
     60                String asdf= lenghtOfRoiTable.toString(); 
     61                IJ.showMessage("My_Plugin",asdf); 
     62 
     63                Integer[] retVal = new Integer[lenghtOfRoiTable]; 
     64                float[] temp = rt.getColumn(rt.getColumnIndex("Area")); 
     65                if (temp==null) IJ.showMessage("Null value at getColumn(1)"); 
     66 
     67                for (int i = 0; i < lenghtOfRoiTable; i++){ 
     68                        retVal[i]=(int)temp[i]; 
     69                } 
     70 
     71                asdf = retVal[0].toString(); 
     72                if(asdf!=null) IJ.showMessage(asdf); 
     73                else IJ.showMessage("My_Plugin","S... hit the fan"); 
     74 
     75                ImagePlus img = WindowManager.getCurrentImage(); 
     76                rm.dispose(); 
     77                rt.reset(); 
     78                img.flush(); 
     79                img.close(); 
     80*/ 
     81 
     82 
     83 
     84 
    5385        } 
    5486 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.