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02/18/12 02:11:40 (8 years ago)
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avivekan
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small bugfix

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trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow
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  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCytometry.java

    r7877 r7893  
    5151import ij.process.ImageProcessor; 
    5252import java.awt.BorderLayout; 
     53import java.awt.Component; 
    5354import java.awt.Scrollbar; 
    5455import java.awt.event.AdjustmentEvent; 
    5556import java.awt.event.AdjustmentListener; 
     57import java.awt.event.ComponentEvent; 
     58import java.awt.event.ComponentListener; 
    5659import java.awt.event.ItemEvent; 
    5760import java.awt.event.ItemListener; 
     
    166169        private static FunctionType fn; 
    167170        private static DataReferenceImpl data_ref; 
    168         private static Scrollbar scroll; 
     171        private static Component scroll; 
    169172        private static DisplayImpl display; 
    170173        private static ResultsTable rt; 
     
    274277                else if (nSlices == 2) { 
    275278                        ImageWindow stackwin = imp.getWindow(); 
    276                         scroll = (Scrollbar) stackwin.getComponent(1); 
    277  
    278                         AdjustmentListener l = new AdjustmentListener() { 
     279                        scroll = stackwin.getComponent(1); 
     280 
     281                        ComponentListener l = new ComponentListener() { 
    279282                                @SuppressWarnings("synthetic-access") 
    280                                 @Override 
    281283                                public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent arg0) { 
    282284                                        try { 
     
    311313                                        } 
    312314                                } 
     315 
     316                                @Override 
     317                                public void componentHidden(ComponentEvent e) { 
     318                                        // TODO Auto-generated method stub 
     319                                         
     320                                } 
     321 
     322                                @Override 
     323                                public void componentMoved(ComponentEvent e) { 
     324                                        // TODO Auto-generated method stub 
     325                                         
     326                                } 
     327 
     328                                @Override 
     329                                public void componentResized(ComponentEvent e) { 
     330                                        // TODO Auto-generated method stub 
     331                                         
     332                                } 
     333 
     334                                @Override 
     335                                public void componentShown(ComponentEvent e) { 
     336                                        // TODO Auto-generated method stub 
     337                                         
     338                                } 
    313339                        }; 
    314                         scroll.addAdjustmentListener(l); 
     340                        scroll.addComponentListener((ComponentListener) l); 
    315341                } 
    316342        } 
     
    648674                        IJ.run("bf ParticleAreasPlugin"); 
    649675//                      IJ.runPlugIn("bf ParticleAreasPlugin", null); 
    650                         RoiManager rm = RoiManager.getInstance(); 
    651                         ResultsTable rt = ResultsTable.getResultsTable(); 
    652  
    653                         int lengthOfRoiTable = rm.getCount(); 
    654                         rm.runCommand("Deselect"); 
    655                         rm.runCommand("Delete"); 
    656                          
     676                        RoiManager rman = RoiManager.getInstance(); 
     677                        ResultsTable rtab = ResultsTable.getResultsTable(); 
     678 
     679                        int lengthOfRoiTable = rman.getCount(); 
     680 
    657681                        if (lengthOfRoiTable!=0){ 
     682                                rman.runCommand("Deselect"); 
     683                                rman.runCommand("Delete"); 
    658684 
    659685                                retVal = new int[lengthOfRoiTable]; 
    660                                 float[] temp = rt.getColumn(rt.getColumnIndex("Area")); 
    661  
    662                                 if(temp!=null && retVal!=null){ 
     686                                float[] temp = rtab.getColumn(rtab.getColumnIndex("Area")); 
     687 
     688                                if(temp!=null){ 
    663689                                        for (int i = 0; i < lengthOfRoiTable; i++){ 
    664690                                                retVal[i]=(int)temp[i]; 
     
    12181244                        //fall through 
    12191245                } 
     1246                ResultsTable.getResultsTable().reset(); 
     1247                WindowManager.closeAllWindows(); 
    12201248                ij.quit(); 
    12211249        } 
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/bf_ParticleAreasPlugin.java

    r7876 r7893  
    11package loci.apps.flow; 
    2 // DELETE the package script above, and place in WiscScan/plugins 
     2 
     3 
    34import ij.*; 
    45import ij.plugin.*; 
     
    2526                try{ 
    2627                        Interpreter.batchMode=true; 
    27                         Duplicator dup = new Duplicator(); 
    28                         ImagePlus duplicate = dup.run(image); 
     28 
     29                        //Duplicator dup = new Duplicator(); 
     30                        //ImagePlus duplicate = dup.run(image); 
    2931                        //TODO use duplicate image in all "run"s,  
    30                         IJ.run("Duplicate...", "title=Duplicate"); 
    31                         IJ.run("Find Edges"); 
    32                         IJ.run("Find Edges"); 
    33                         IJ.run("Gaussian Blur...", "sigma=5"); 
    34                         IJ.run("Auto Threshold", "method=Minimum white"); 
    35                         IJ.run("Analyze Particles...", "size=0-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Masks exclude clear add"); 
    36                         IJ.runMacro("roiManager(\"Measure\")",null); 
     32                        IJ.log("Started scan");//TEMP                    
     33                        ImageProcessor duplicatedArg0 = arg0.duplicate(); 
     34                        ImagePlus imp = new ImagePlus("duplicate", duplicatedArg0); // has only one slice 
     35                        IJ.log("Duplicate ImageProcessor and ImagePlus successfully created");//TEMP 
     36                         
     37                        //IJ.run(imp, "Duplicate...", "title=Duplicate"); 
     38                        IJ.run(imp, "Find Edges", null); 
     39                        IJ.run(imp, "Find Edges", null); 
     40                        IJ.log("Ran Find Edges twice...");//TEMP 
     41                         
     42                        IJ.run(imp, "Gaussian Blur...", "sigma=5"); 
     43                        IJ.log("Gaussian Blur with sigma 5");//TEMP 
     44                         
     45                        IJ.run(imp, "Auto Threshold", "method=Minimum white"); 
     46                        IJ.log("thresholded ImagePlus duplicate with Auto Threshold Minimum");//TEMP 
     47                         
     48                        IJ.run(imp, "Analyze Particles...", "size=0-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Masks exclude clear add"); 
     49                        IJ.log("Analyzed particles, loaded to ROI Manager");//TEMP 
     50                         
     51                        IJ.log("ROI count = " + RoiManager.getInstance().getCount());//TEMP 
     52                        if(RoiManager.getInstance().getCount()>0) 
     53                                IJ.runMacro("roiManager(\"Measure\")",null); 
     54                         
     55                        IJ.log("Successfully measured, finished all calculations");//TEMP 
     56 
     57                        //IJ.selectWindow("Duplicate"); 
     58                        //WindowManager.removeWindow(WindowManager.getFrontWindow()); 
     59                        imp.close(); 
     60                        IJ.log("Closed ImagePlus duplicate.");//TEMP 
     61                        IJ.log("Done.");//TEMP 
     62                         
     63                        Interpreter.batchMode=false; 
     64 
    3765                } catch(Exception e){ 
    38  
     66                        e.printStackTrace(); 
     67                        //String stackTrace = DebugTools.printStackTrace(e); 
     68                        //IJ.handleException(e); 
    3969                } 
    4070                Interpreter.batchMode=false; 
    41  
     71//REPLACE SIZE IN ANALYZE PARTICLE TO ACCOMODATE MIN AND MAX 
    4272 
    4373        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.