Ignore:
Timestamp:
02/24/12 20:28:14 (8 years ago)
Author:
aivar
Message:

SLIM Plugin: Changing start/stop bin integers to time value doubles to agree with TRI2 UI.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/slim-plugin/src/main/java/loci/slim/heuristics/CursorHelper.java

    r7892 r7903  
    5252 */ 
    5353public class CursorHelper { 
     54    public static final int PROMPT_START        = 0; 
     55    public static final int PROMPT_STOP         = 1; 
     56    public static final int PROMPT_BASELINE     = 2; 
     57    public static final int TRANSIENT_START     = 3; 
     58    public static final int TRANSIENT_FIT_START = 4; 
     59    public static final int TRANSIENT_STOP      = 5; 
     60    public static final int DECAY_START = 0; // use for 'estimateDecayCursors' results 
     61    public static final int DECAY_STOP  = 1; 
    5462    private static final int ATTEMPTS = 10; 
    5563 
     
    119127 
    120128        double[] returnValue = new double[3]; 
    121         returnValue[0] = startp; 
    122         returnValue[1] = endp; 
    123         returnValue[2] = baseline; 
     129        returnValue[PROMPT_START]    = startp; 
     130        returnValue[PROMPT_STOP]    = endp; 
     131        returnValue[PROMPT_BASELINE] = baseline; 
    124132        return returnValue; 
    125133    } 
     
    149157 
    150158    public static double[] estimateCursors(double xInc, double[] prompt, double[] decay) { 
    151         double[] returnValue = new double[5]; 
     159        double[] returnValue = new double[6]; 
    152160        double baseline; 
    153161        double maxval; // TRCursors.c has "unsigned short maxsval, maxval; double maxfval, *diffed;" 
     
    255263        transEndIndex = 9 * decay.length / 10; // "90% of transient" 
    256264        if (transEndIndex <= transStartIndex + 2 * ATTEMPTS) { // "oops" 
    257             returnValue[0] = startp; 
    258             returnValue[1] = endp; 
    259             returnValue[2] = baseline; 
    260             returnValue[3] = startt; 
    261             returnValue[4] = transEndIndex; 
     265            returnValue[PROMPT_START]        = startp; 
     266            returnValue[PROMPT_STOP]         = endp; 
     267            returnValue[PROMPT_BASELINE]     = baseline; 
     268            returnValue[TRANSIENT_START]     = transStartIndex; 
     269            returnValue[TRANSIENT_FIT_START] = startt; 
     270            returnValue[TRANSIENT_STOP]      = transEndIndex; 
     271             
    262272            return returnValue; //TODO "do_estimate_resets; do_estimate_frees; " 
    263273        } 
     
    314324            } 
    315325            System.out.println("index is " + index); 
    316             returnValue[0] = startp; 
    317             returnValue[1] = endp; 
    318             returnValue[2] = baseline; 
    319             returnValue[3] = startt; 
    320             returnValue[4] = transEndIndex; 
     326 
     327            returnValue[PROMPT_START]        = startp; 
     328            returnValue[PROMPT_STOP]         = endp; 
     329            returnValue[PROMPT_BASELINE]     = baseline; 
     330            returnValue[TRANSIENT_START]     = transStartIndex; 
     331            returnValue[TRANSIENT_FIT_START] = startt; 
     332            returnValue[TRANSIENT_STOP]      = transEndIndex; 
    321333            return returnValue; //TODO do estimate resets/frees??? 
    322334        } 
     
    329341        transStartIndex += index; 
    330342        transFitStartIndex = transStartIndex + (transEndIndex - transStartIndex) / 20; 
    331  
    332         returnValue[0] = startp; 
    333         returnValue[1] = endp; 
    334         returnValue[2] = baseline; 
    335         returnValue[3] = transStartIndex; 
    336         returnValue[4] = transFitStartIndex; 
    337         returnValue[5] = transEndIndex; 
     343         
     344        returnValue[PROMPT_START]        = startp; 
     345        returnValue[PROMPT_STOP]        = endp; 
     346        returnValue[PROMPT_BASELINE]    = baseline; 
     347        returnValue[TRANSIENT_START]    = transStartIndex; 
     348        returnValue[TRANSIENT_FIT_START] = transFitStartIndex; 
     349        returnValue[TRANSIENT_STOP]      = transEndIndex; 
    338350        return returnValue; 
    339351    } 
     
    372384     */ 
    373385    public static int getEstimateStartIndex(double[] trans, int transFitStartIndex, int transEndIndex) { 
    374         int transEstimateStartIndex = transFitStartIndex + findMax(trans, transFitStartIndex, transEndIndex); 
     386        System.out.println("transFitStartIndex is " + transFitStartIndex + " transEndIndex is " + transEndIndex); 
     387        System.out.println("finMax is " + findMax(trans, transFitStartIndex, transEndIndex)); 
     388        int transEstimateStartIndex = /*transFitStartIndex +*/ findMax(trans, transFitStartIndex, transEndIndex); 
    375389        return transEstimateStartIndex; 
    376390    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.