Changeset 7919


Ignore:
Timestamp:
03/13/12 22:07:00 (8 years ago)
Author:
avivekan
Message:

open file method created for wiscscan

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCytometry.java

    r7918 r7919  
    11661166                else Detector.impParticles.hide(); 
    11671167        } 
     1168         
     1169        public static void openFile(String filename, double PixelsPerMicron) throws IOException { 
     1170                setPixelMicronSquared(PixelsPerMicron); 
     1171                startImageJ(); 
     1172                IJ.open("\""+filename+"\""); 
     1173        } 
    11681174 
    11691175        public static void processFile(String filename) throws IOException { 
     
    11721178                int size = imagePlus.getWidth(); 
    11731179 
    1174                 double PixelsPerMicron = Double.valueOf(IJ.getString( 
    1175                                 "Please enter the pixels/micron value for this analysis", "0.1")); 
    1176                 pixelMicronSquared = PixelsPerMicron*PixelsPerMicron; 
    1177  
     1180//              double PixelsPerMicron=Math.sqrt(pixelMicronSquared); 
    11781181                // Close the other open windows 
    11791182                if (frame != null) frame.dispose(); 
    11801183                imagePlus.close(); 
    11811184 
    1182                 init(size, size, PixelsPerMicron); 
    1183                 showParticles(true); 
     1185//              init(size, size, PixelsPerMicron); 
     1186                showParticles(false); 
    11841187                for (int i=1; i<=imageStack.getSize(); i++) { 
    11851188                        byte[] imageData = (byte[]) imageStack.getPixels(i); 
    1186                         incrementSlices(); 
     1189//                      incrementSlices(); 
    11871190                        showImage(size, size, imageData); 
    1188                         newestProcessFrame(i); 
    1189                         updateGraph(); 
    1190                 } 
    1191  
    1192                 saveValues(filename+".values"); 
     1191//                      newestProcessFrame(i); 
     1192//                      updateGraph(); 
     1193                } 
     1194 
     1195//              saveValues(filename+".values"); 
    11931196        } 
    11941197 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.