Changeset 7981


Ignore:
Timestamp:
04/17/12 21:36:18 (7 years ago)
Author:
avivekan
Message:

reverted bad code

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCyto.java

    r7980 r7981  
    1212import ij.plugin.frame.RoiManager; 
    1313import ij.process.ByteProcessor; 
    14 import ij.process.ShortProcessor; 
    1514 
    1615import java.awt.image.ColorModel; 
     
    2625        private static ImageStack stack, stackBF, stackIN; 
    2726        private static int nSlices, nSlicesBF, nSlicesIN; 
    28 //      private static ByteProcessor bp; 
    29         private static ShortProcessor sp; 
     27        private static ByteProcessor bp; 
    3028        private static ColorModel theCM;         
    3129        //      private static String s_Name, s_Experiment, s_Params, s_Date, tempImageName; 
    3230        private static double pixelMicronSquared; 
    33         private static short[] dummyData; 
     31        private static byte[] dummyData; 
    3432        private static Duplicator dup; 
    3533        private static float sumIntensityAreasHolder; 
    36         private static long debugTimeStart; 
    3734 
    3835 
     
    4946                impBF.close(); 
    5047                impIN.close(); 
    51                 sp=null; 
    52  
     48                bp=null; 
    5349                try{ 
    5450                        ResultsTable.getResultsTable().reset(); 
     
    8783                                r[ii]=(byte)ii; 
    8884 
    89                         theCM = new IndexColorModel(8, 256, r,r,r);             //8, 256, r,g,b...but r,g,and b are all byte[256], exactly the same... 
    90                         ShortProcessor initSP = new ShortProcessor(width,height);                        
    91                         dummyData = new short[width*height]; 
    92                         sp = new ShortProcessor(width,height,dummyData, theCM); 
    93                         sp.createImage(); 
     85                        theCM = new IndexColorModel(8, 256, r,r,r); 
     86                        ByteProcessor initBP = new ByteProcessor(width,height);                          
     87                        dummyData = new byte[width*height]; 
     88                        bp = new ByteProcessor(width,height,dummyData, theCM); 
     89                        bp.createImage(); 
    9490 
    9591                        mode=mode.toLowerCase(); 
    9692 
    9793                        if ("brightfield".equals(mode)) { 
    98                                 impBF = new ImagePlus("Brightfield images",     initSP); 
     94                                impBF = new ImagePlus("Brightfield images",     initBP); 
    9995                                stackBF = new ImageStack(width,height, theCM); 
    10096                                impBF.show(); 
    10197                                impBF.unlock(); 
    10298 
    103                                 stackBF.addSlice("Slice "+nSlicesBF, sp); 
     99                                stackBF.addSlice("Slice "+nSlicesBF, bp); 
    104100                                impBF.setStack("Brightfield images", stackBF); 
    105101                                impBF.setSlice(1);       
     
    107103                        } 
    108104                        else if ("intensity".equals(mode)) { 
    109                                 impIN = new ImagePlus("Intensity images", initSP); 
     105                                impIN = new ImagePlus("Intensity images", initBP); 
    110106                                stackIN = new ImageStack(width,height, theCM); 
    111107                                impIN.show(); 
    112108                                impIN.unlock(); 
    113109 
    114                                 stackIN.addSlice("Slice "+nSlicesIN, sp); 
     110                                stackIN.addSlice("Slice "+nSlicesIN, bp); 
    115111                                impIN.setStack("Intensity images", stackIN); 
    116112                                impIN.setSlice(1); 
     
    118114                        } 
    119115                        else if ("both".equals(mode)) { 
    120                                 impBF = new ImagePlus("Brightfield images",     initSP); 
     116                                impBF = new ImagePlus("Brightfield images",     initBP); 
    121117                                stackBF = new ImageStack(width,height, theCM); 
    122118                                impBF.show(); 
    123119                                impBF.unlock(); 
    124120 
    125                                 stackBF.addSlice("Slice "+nSlicesBF, sp); 
     121                                stackBF.addSlice("Slice "+nSlicesBF, bp); 
    126122                                impBF.setStack("Brightfield images", stackBF); 
    127123                                impBF.setSlice(1);       
    128124                                impBF.unlock(); 
    129125 
    130                                 impIN = new ImagePlus("Intensity images", initSP); 
     126                                impIN = new ImagePlus("Intensity images", initBP); 
    131127                                stackIN = new ImageStack(width,height, theCM); 
    132128                                impIN.show(); 
    133129                                impIN.unlock(); 
    134130 
    135                                 stackIN.addSlice("Slice "+nSlicesIN, sp); 
     131                                stackIN.addSlice("Slice "+nSlicesIN, bp); 
    136132                                impIN.setStack("Intensity images", stackIN); 
    137133                                impIN.setSlice(1); 
     
    139135                        } 
    140136                        else { 
    141                                 imp = new ImagePlus("Islet images",     initSP); 
     137                                imp = new ImagePlus("Islet images",     initBP); 
    142138                                stack = new ImageStack(width,height, theCM); 
    143139                                imp.show(); 
    144140                                imp.unlock(); 
    145141 
    146                                 stack.addSlice("Slice "+nSlices, sp); 
     142                                stack.addSlice("Slice "+nSlices, bp); 
    147143                                imp.setStack("Islet images", stack); 
    148144                                imp.setSlice(1);         
     
    170166 
    171167        @SuppressWarnings("static-access") 
    172         public static void showImage(int mode, int width, int height, short[] imageData) { 
     168        public static void showImage(int mode, int width, int height, byte[] imageData) { 
    173169                try{ 
    174170                        long initialTime = System.nanoTime(); 
    175                 //      bp = new ByteProcessor(width,height,imageData, theCM); 
    176                         sp = new ShortProcessor(width, height, imageData, theCM, true); 
    177         //              bp.createImage(); 
     171                        bp = new ByteProcessor(width,height,imageData, theCM); 
     172                        bp.createImage(); 
    178173 
    179174                        //brightfield 
    180175                        if (mode == 1) { 
    181                                 stackBF.addSlice("Slice "+nSlicesBF, sp); 
     176                                stackBF.addSlice("Slice "+nSlicesBF, bp); 
    182177                                impBF.setStack("Brightfield Images", stackBF); 
    183178                                impBF.setSlice(stackBF.getSize()); 
     
    192187                        //intensity 
    193188                        else if (mode == 2) { 
    194                                 stackIN.addSlice("Slice "+nSlicesIN, sp); 
     189                                stackIN.addSlice("Slice "+nSlicesIN, bp); 
    195190                                impIN.setStack("Intensity Images", stackIN); 
    196191                                impIN.setSlice(stackIN.getSize()); 
     
    205200                        //default 
    206201                        else { 
    207                                 stack.addSlice("Slice "+nSlices, sp); 
     202                                stack.addSlice("Slice "+nSlices, bp); 
    208203                                imp.setStack("Islet Images", stack); 
    209204                                imp.setSlice(stack.getSize()); 
     
    355350                                        if((sumBFPixelAreas!=0) && ((sumIntensityAreasHolder/sumBFPixelAreas) >= compareTOLow) && ((sumIntensityAreasHolder/sumBFPixelAreas) <= compareTOHigh)){ 
    356351 
    357                                                 //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
    358                                                 IJ.log("plugin finished -TRUE- on brightfield ratio image "+nSlicesBF+" in \t \t \t"+ ((System.nanoTime() - initialTime)/1000000) +"ms"); 
    359                                                 //-------------------------------------------------------------// 
    360                                                 //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
    361                                                 IJ.log("_"); 
    362                                                 //-------------------------------------------------------------// 
    363  
    364                                                 return true; 
     352                                        //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
     353                                        IJ.log("plugin finished -TRUE- on brightfield ratio image "+nSlicesBF+" in \t \t \t"+ ((System.nanoTime() - initialTime)/1000000) +"ms"); 
     354                                        //-------------------------------------------------------------// 
     355                                        //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
     356                                        IJ.log("_"); 
     357                                        //-------------------------------------------------------------// 
     358                                         
     359                                        return true; 
    365360                                        } 
    366361 
     
    373368                                        if((sumBFPixelAreas!=0) && ((sumIntensityAreasHolder/sumBFPixelAreas) >= compareTOLow) && ((sumIntensityAreasHolder/sumBFPixelAreas) <= compareTOHigh)){ 
    374369 
    375                                                 //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
    376                                                 IJ.log("plugin finished TRUE on ISLET DEFAULT image "+nSlicesIN+" in \t \t \t"+ ((System.nanoTime() - initialTime)/1000000) +"ms"); 
    377                                                 //-------------------------------------------------------------// 
    378                                                 //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
    379                                                 IJ.log("_"); 
    380                                                 //-------------------------------------------------------------// 
    381  
    382                                                 return true; 
     370                                        //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
     371                                        IJ.log("plugin finished TRUE on ISLET DEFAULT image "+nSlicesIN+" in \t \t \t"+ ((System.nanoTime() - initialTime)/1000000) +"ms"); 
     372                                        //-------------------------------------------------------------// 
     373                                        //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
     374                                        IJ.log("_"); 
     375                                        //-------------------------------------------------------------// 
     376                                         
     377                                        return true; 
    383378                                        } 
    384379 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.